IDENTIFIKASI DAN ANALISIS FILOGENETIK LALAT BUAH Bactrocera bryoniae (Tryon) (Diptera:Tephritidae) DI PULAU BALI MENGGUNAKAN GEN ITS1
|
|
- Sonny Gunawan
- 6 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 IDENTIFIKASI DAN ANALISIS FILOGENETIK LALAT BUAH Bactrocera bryoniae (Tryon) (Diptera:Tephritidae) DI PULAU BALI MENGGUNAKAN GEN ITS1 Putu Shinta Devi, I Putu Sudiarta *), dan Gusti Ngurah Alit Susanta Wirya Program Magister Bioteknologi Pertanian, Program Pascasarjana Universitas Udayana *) Corresponding author at : Jl. PB. Sudirman Denpasar Bali Indonesia putu.ueda@yahoo.com Abstract Some species of Bactrocera are the important pest on fruits and vegetables. B. bryoniae, one of exotic species have been found in Bali. this species is potentially causing economic losses. accurate identification Information required to determine the appropriate pest control. The objective of the research are (1) Identify B. bryoniae based on the morphological characteristics (2) Identify B. bryoniae based on molecular characteristics using ITS1 gene (3) Knowing the genetic diversity of B. bryoniae that found in Bali island based gene ITS1. (4) to analyze the phylogenetic of B. bryoniae that found in Bali based on ITS1 gene. Based on their morphological characteristics, the new Bactrocera species found in Bali is Bactrocera bryoniae. molecular Identification of B. bryoniae were successfully performed with ITS1 gene, B. bryoniae species that found in Bali could be distinguished from other Bactrocera species based on ITS1 gene, Phylogenetic analysis of B. bryoniae based on ITS1 genes showed that B. bryoniae from Bali were in different groups with other Bactrocera species. The level of homology and phylogeny tree construction were show that B. bryoniae Bali could be distinguished from other Bactrocera species based on ITS1 Gene. Keywords: Fruitfly, Bactrocera Bryoniae, Internal Transcribed Spacer1(ITS1), identification, Phylogenetic. 1. Pendahuluan Ancaman serangan organisme penganggu tumbuhan semakin bertambah terhadap pertumbuhan ekonomi dan kesehatan manusia serta keamanan lingkungan. Famili Tephritidae adalah salah satu organisme pengganggu tumbuhan penting yang telah mengakibatkan kerugian secara ekonomi pada budidaya pertanian (Li et al., 2013). Lalat buah genus Bactrocera termasuk dalam famili Tephritidae yang merupakan famili dengan jumlah terbesar dari ordo Diptera. Genus Bactrocera adalah kelompok lalat buah yang terdiri lebih dari 450 spesies (Drew dan Hancock, 2000). Beberapa spesies Bactrocera adalah hama penting pada buah dan sayuran (Allwood et al., 1999). Setidaknya 28 Subgenera 35
2 Bactrocera telah dinyatakan sebagai hama penting dan dibagi menjadi 4 Group yaitu: Bactrocera, Melanodacus, Queenslandacus, dan Zeudacus (Drew,1989). Karakter morfologi dapat digunakan sebagai dasar dalam melakukan identifikasi dan ini merupakan cara yang paling sederhana serta mudah dilakukan, karakter morfologi pada lalat buah yang digunakan untuk melakukan identifikasi meliputi bagian caput, torak, karakter scutellum, karakter sayap dan karakter abdomen (Suputa et al., 2006). Adanya perbedaan dari beberapa hasil identifikasi lalat buah secara morfologi atau konvensional ini menunjukkan adanya kelemahan pada metode identifikasi konvensional tersebut. Metode konvensional yang berdasarkan ciri morfologi kurang akurat akibat adanya pengaruh perubahan-perubahan lingkungan. Karakter-karakter morfologi sering tidak menggambarkan hubungan genetik akibat adanya interaksi lingkungan dan sejumlah kontrol genetik yang tidak diketahui, sehingga perlu dilakukan karakterisasi molekuler untuk mendapatkan hasil yang akurat dalam mengkarakterisasi perbedaan spesies (McPheron dan Steck, 1996; Smith et al., 2003; Siwi, 2004). Identifikasi molekuler digunakan untuk mendukung dan meningkatkan akurasi identifikasi morfologi, Karakter DNA diketahui relatif lebih konsisten dibandingkan karakter morfologi (Hidayat, 2005). Identifikasi molekuler dapat dilakukan dengan teknik Polymerase chain reaction (PCR) dengan target gen Internal Transcribed Spacer dari Ribosomal RNA operon atau yang dikenal dengan ITS1. Berdasarkan pemantauan tahun Balai Karantina Pertanian Kelas I Denpasar ditemukan jenis Bactrocera eksotik di Pulau Bali yaitu Bactrocera bryoniae, spesies ini adalah salah satu spesies Bactrocera yang perlu diwaspadai, B. bryoniae ditemukan di Kabupaten Buleleng pada pertanaman cabe, serangan lalat buah ini dikhawatirkan dapat menimbulkan kerusakan dan kerugian ekonomi. Informasi identifikasi dan filogenetik tentang B. bryoniae sangat diperlukan guna pengambilan kebijakan manajemen pengendalian dan tindakan karantina yang akan dilakukan untuk mencegah tersebarnya B. bryoniae ke seluruh wilayah Republik Indonesia Sehingga identifikasi molekuler dan filogenetik lalat buah Bactrocera bryoniae perlu dipelajari lebih lanjut. 2. Bahan dan Metode 2.1. Pemasangan perangkap Metode pemasangan perangkap mengacu pada Pedoman surveilensi organisme pengganggu tumbuhan (OPT) atau OPT karantina (OPTK) dari Badan Karantina Pertanian. Pemasangan perangkap dilakukan dengan menggunakan perangkap (Trapping) tipe Steiner (Steiner Trap) dengan zat pemikat (attractant) Cue lure. Diteteskan atraktan Cuelure 2 ml dan insektisida 2 ml pada kapas dalam setiap perangkap dengan menggunakan jarum suntik. Pemasangan perangkap dilakukan pada pertanaman cabai yang merupakan inang dari lalat buah B. bryoniae di Desa Sumberklampok Kecamatan Gerokgak Kabupaten Buleleng, 36
3 penentuan lokasi pemasangan perangkap berdasarkan data pemantauan BKP Kelas I Denpasar bahwa sejak tahun 2013 hingga 2015 B. bryoniae hanya ditemukan di lokasi tersebut. Perangkap digantungkan pada cabang pohon yang ternaungi dengan ketinggian sekitar 2 m dari permukaan tanah. Pemasangan perangkap dilakukan pada saat tanaman cabai mulai berbuah, diulang sebanyak 3 kali dengan perangkap yang digunakan sebanyak 3 buah perangkap disetiap pemasangan dengan jarak pemasangan masing-masing 100 m, pemasangan dilakukan selama satu bulan dengan interval pengumpulan lalat buah yang terperangkap seminggu sekali. Penambahan atraktan dan pestisida dilakukan pengambilan lalat buah. Pengumpulan lalat buah dari perangkap dilakukan seminggu setelah waktu pemasangan. Lalat buah yang terkumpul dibawa ke laboratorium, dikeringanginkan dan dimasukkan dalam botol vial dengan tambahan silicagel didalamnya, selanjutnya lalat buah hasil perangkap ini digunakan untuk identifikasi secara morfologi dan molekuler Identifikasi secara morfologi Pengamatan untuk identifikasi morfologi dilihat berdasarkan ciri morfologinya yang mencakup karakter morfologi bagian tubuh lalat buah yang penting dalam penelusuran kunci identifikasi, di antaranya adalah: bentuk spot pada muka, warna mesonotum, ada tidaknya pita kuning di kedua sisi lateral dan tengah toraks, warna, pola dan jumlah rambut pada skutelum, pola pada pembuluh sayap (costa band), bentuk dan pola abdomen, serta warna dan spot pada tungkai (Drew, 1989; Lawson et al., 2003). Sebagai pustaka acuan digunakan buku yang berjudul Fruit Flies of Indonesia : Their Identification, Pest Status and Pest Menegement yang dikeluarkan oleh Griffith University, Brisbane, Australia dan Kementerian Pertanian RI tahun 2008, yang didalamnya berisi keterangan keterangan dan panduan untuk mengidentifikasi beserta semua nama jenis spesies lalat buah yang terdapat di Indonesia. Pengamatan dan identifikasi lalat buah dilakukan di bawah mikroskop stereo dan mikroskop digital. Spesimen yang telah diidentifikasi selanjutnya disimpan dalam freezer -80 o C untuk digunakan dalam identifikasi molekuler Identifikasi molekuler Identifikasi molekuler dimulai dengan melakukan ekstraksi DNA dari sampel B. bryoniae dan dilanjutkan dengan metode PCR, primer yang digunakan berdasarkan gen ITS1. Produk PCR kemudian dilanjutkan dengan elektroforesis dan sekuensing untuk mengetahui urutan basa nukleotidanya. Ekstraksi DNA dari sampel lalat buah menggunakan Qiagen DNeasy (Qiagen, Hilden, Germany) Blood and Tissue kits. Seekor lalat buah yang telah disimpan dalam freezer -80 o C digerus dengan menggunakan mortar dan pestel. 37
4 Ditambahkan 180 µl Buffer ATL dan dimasukkan kedalam Eppendof tube 1.5 ml. Ditambahkan 20 µl proteinase K, divortex untuk mencampur, kemudian diinkubasi pada suhu 56 o C overnight sampai lalat buah benar-benar lisis. Divortex kembali selama 15 detik dan ditambahkan 200 µl buffer AL kemudian divortex, ditambahkan 200 µl ethanol (96 100%) dan divortex kembali. Campuran tersebut dipindahkan dengan menggunakan mikropipet ke Dneasy Mini Spin column yang sudah dipasang pada tube 2 ml. Disentrifuges 8000 rpm selama 1 menit kemudian buang cairan yang tertampung dalam tube tersebut. Pindahkan DNeasy mini spin column ke tube 2 ml yang baru kemudian ditambahkan 500 µl buffer AW1 dan disentrifuges dengan kecepatan 8000 rpm selama 1 menit. Buang cairan yang tertampung dalam tube 2 ml. Dneasy mini spin column ditempatkan di tube 2 ml yang baru kemudian ditambahkan buffer AW2 sebanyak 500 µl, disetrifuges selama 3 menit dengan kecepatan rpm untuk mengeringkan membran DNeasy. Buang cairan yang tertampung dan tube. Tempatkan Dneasy mini spin column pada tube 1.5 ml atau 2 ml masukkan buffer AE di Dneasy membran, inkubasi pada suhu ruang selama 1 menit dan kemudian disentrifuge selama 1 menit dengan kecepatan 8000 rpm. PCR dengan gen ITS1 Hasil ekstraksi DNA kemudian diamplifikasi dengan PCR menggunakan primer yang didesain dari Gen ITS1 yaitu baits1f 5 GGA AGG ATC ATT ATT GTG TTC C 3 dan baits1r 5 ATG AGC CGA GTG ATC CAC C 3 (Plant Health Australia, 2011). PCR dilakukan dalam volume 25 μl yang terdiri dari 1 butir PCR bead, 1μl primer forward dan 1μl primer reverse, DNA template 2 μl dan Nuclease free water 21 μl dilakukan pada Thermal cycler. PCR dengan menggunakan primer ITS dilakukan pada kondisi predenaturasi pada 94 ºC selama 2 menit ; dilanjutkan dengan 35 siklus yang terdiri dari denaturasi pada 94 ºC selama 1 menit, penempelan primer (annealing) pada 60 ºC selama 1 menit dan pemanjangan (extension) pada 72 ºC selama 1 menit; dan siklus terakhir ditambahkan 5 menit pada 72 ºC (Plant Health Australia, 2011). Elektroforesis dilakukan dengan menggunakan Gel Agarose. Pembuatan 1% gel agarose dalam volume 80 ml 1x buffer TAE, maka jumlah agarose yang akan ditimbang yaitu: 1 gram/100ml x 80ml= 0,8 gram. Agarose 0,8 gram ditempatkan ke dalam labu erlenmeyer dan isi dengan larutan 1X Buffer TAE sampai volume 80ml, kemudian dikocok sampai merata. Setelah itu dianaskan dalam microwave sampai mendidih sampai larutan menjadi jernih. Kemudian agarose didinginkan kira-kira sampai 60 o C dan tambahkan 4 µl biotine gel red dan campur hingga merata, setelah itu larutan dituang ke dalam tray dan pasang wellforming combs, ditunggu kurang lebih 30 menit atau sampai gel mengeras. Kemudian well-forming combs dilepas secara perlahan-lahan dan gel agarose siap digunakan untuk elektroforesis. Produk PCR dengan primer ITS1 dielektreforesis dengan Gel agarose 1%, Elektroforesis dilakukan selama 120 menit pada 80 Volt, 38
5 Produk PCR yang digunakan dalam elektroforesis adalah sebanyak 2 μl ditambah 2 μl loading dye. DNA yang telah dielektroforesis kemudian divisualisasi dengan UV transluminator. Produk hasil PCR yang berhasil teramplifikasi saat elektroforesis dikirim ke Laboratorium FirstBase Malaysia untuk disekuensing, urutan basa nukleotida hasil sekuensing ini akan digunakan dalam analisis molekuler selanjutnya. Analisis sekuen hasil sekuen B. bryoniae berdasarkan Gen ITS1 digunakan untuk mencari sekuen gen B. bryoniae yang telah dipublikasikan di GeneBank dengan Program Basic Local Alignment Tool (BLAST) (NCBI 2014) yang dapat diakses pada situs the European Bioinformatic Institute (EBI) ( Sekuen-sekuen homolog tersebut selanjutnya digunakan untuk membuat alignment kemudian digunakan untuk mengetahui tingkat similaritas atau kesejajaran sekuen dengan menggunakan program ClustalW. Analisis filogenetik Penentuan jarak genetik dan analisis filogeni dilakukan dengan rekonstruksi pohon filogeni dengan menggunakan software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA 6.06) untuk mengetahui kekerabatan antara sekuen Gen B.bryoniae yang berasal dari Pulau Bali dengan spesies yang berasal dari negara yang berbeda. 3. Hasil dan Pembahasan 3.1 Karakteristik Morfologi B. bryoniae Spesies Bactrocera baru yang ditemukan di Pulau Bali diidentifikasi berdasarkan buku yang berjudul Fruit Flies of Indonesia : Their Identificatoin, Pest Status and Pest Menegement yang dikeluarkan oleh Griffith University, Brisbane, Australia dan Kementerian Pertanian RI. Pengamatan morfologi meliputi warna tubuh, bentuk spot pada wajah, warna mesonotum, scutum, dan scutelum, ada tidaknya pita kuning di kedua sisi lateral dan tengah toraks, warna, pola dan jumlah rambut pada skutelum, pola pada pembuluh sayap (costa band), bentuk dan pola abdomen, serta warna dan spot pada tungkai. Ciri morfologi spesifik yang sangat berbeda dengan spesies Bactrocera lainnya dan dapat digunakan untuk identifikasi B. bryoniae yaitu bentuk spot wajah, warna Postpronotal lobe, skutum dan scutellum, bentuk mesopleural stripe, costal band dan microtrichia pada sayap. Hasil pengamatan morfologi spesies Bactrocera baru yang ditemukan di Pulau Bali adalah sebagai berikut (Gambar 1). Seluruh karakter morfologi spesies Bactrocera baru yang ditemukan di Pulau Bali tersebut sangat mirip dengan morfologi B. bryoniae sesuai dengan acuan identifikasi yang digunakan. 39
6 a b c d e f g Gambar 1. Karakteristik Morfologi B. bryoniae.(a). Spesies utuh B. bryoniae, (b) caput: spot pada wajah berbentuk bulat tak beraturan, (c) Sayap dengan costal band yang sangat tebal confluent atau overlapping di sepanjang vein R4+5, (d) Microtrichia hanya menutupi setengah bagian sudut second costal cell (e) skutum berwarna hitam, Scutellum berwarna kuning, (f) mesopleural stripe lebih lebar dari notopleuron, (g). terdapat lateral postsutural vittae, namun tidak terdapat medial postsutural vittae (h). Abdomen terga III-V coklat orange dengan satu medial dan 2 lateral longitudinal band yang gelap sepanjang bagian anterior dari terga ke III hingga menutupi bagian lateral sampai ke terga V h 40
7 3.2 Karakteristik Molekuler B. bryoniae Spesies B.bryoniae hasil identifikasi morfologi selanjutnya didentifikasi secara molekuler berdasarkan gen ITS dan MT-CO1. Identifikasi molekuler B.bryoniae dalam penelitian ini menggunakan dua pasang primer yang berbeda,yaitu primer Internal Transcribed Spacer region (ITS1). Analisis gen ITS telah digunakan dalam protokol nasional Australia untuk mengidentifikasi lalat buah selain menggunakan metode identifikasi morfologi (Plant Health Australia, 2011) dapat mengamplifikasi fragmen DNA spesies B. bryoniae dengan ukuran fragmen bp. Pita DNA dengan ukuran yang sama teramplifikasi dari sampel BbryITS. Hasil pencarian sekuen yang homolog dalam BLAST, menunjukkan gen B. bryoniae asal Bali mempunyai similaritas dengan daerah ITS dari spesies Bactrocera lain. Hal ini menunjukkan bahwa PCR berhasil mengamplifikasi daerah ITS, namun tidak ditemukan sekuen spesies B. bryoniae yang memiliki similaritas dengan urutan basa dari B. bryoniae dari Bali berdasarkan gen ITS1. M BbryITS BbryITS 1000bp 820 bp Gambar 2. Hasil amplifikasi DNA B. bryoniae Bali berdasarkan Gen ITS dengan metode PCR menggunakan pasangan primer BaITS1f dan BaITS1r. Sampel BbryITS teramplifikasi dengan ukuran 820 bp. M : marker 100 bp. Daerah ITS rdna yang baik untuk diagnostik identifikasi spesies dan analisis filogenetik adalah daerah ITS-1 dan ITS-2 yang bersama-sama mengapit daerah 5.8S rdna, Gen ITS1 mampu digunakan untuk mengidentifikasi lebih dari 30 spesies lalat buah (McKenzie et al., 2004), namun tidak ditemukan data sekuen spesies B. bryoniae berdasarkan gen ITS1 pada Genbank, hal tersebut 41
8 menunjukkan bahwa Gen ITS1 belum pernah digunakan untuk identifikasi molekuler pada spesies B. bryoniae. Terdapat beberapa spesies Bactrocera lain dalam Genbank yang menunjukan similaritas dengan B. bryoniae Bali berdasarkan gen ITS1. Beberapa sekuen spesies yang similar ini selanjutnya digunakan dalam pensejajaran (alignment) dengan menggunakan program clustalw. Tabel 1. Tingkat homologi (%) B. bryoniae dengan spesies Bactrocera negara lain yang terdapat di GenBank berdasarkan gen ITS1 Sekuen BbryITS1Bali ID AF B. endiandrae Australia 91,6 ID AF B. tryoni 90,0 92,8 ID AF B. carambolae Malaysia 89,6 91,7 92,3 ID AF B. fuscitibia Indonesia 90,0 92,8 90,3 91,0 ID KM B. invadens 77,8 79,7 79,1 81,3 80,0 ID ALD83767 Ceratitis capitata 38,1 38,6 38,4 37,4 37,4 34,0 ID Keterangan: 1. B. bryoniae yang ditemukan di Bali, 2. B. endiandrae dari Australia, 3. B. tryoni dari Australia, 4. B. carambolae dari Malaysia, 5. B. fuscitibia dari Indonesia, 6. B.invaden, 7. Ceratitis capitata sebagai outgroup Hasil pensejajaran sekuen gen ITS menggunakan program Clustal W menunjukkan tingkat kekerabatan antara 34%-91%. Semakin tinggi nilai presentase maka kekerabatnnya semakin dekat. tingkat homologi sekuen gen ITS1 spesies B. bryoniae Bali tertinggi adalah dengan B. endiandrae yaitu hanya 91,6%, hal ini membuktikan bahwa B. bryoniae Bali berbeda dengan kelima spesies Bactrocera yang lain secara genetik. Hasil konstruksi pohon filogeni juga mendukung hal tersebut (Gambar 5.2), Analisis filogenetik B. bryoniae berdasarnya gen ITS1 menunjukkan bahwa B.bryoniae berada pada kelompok tersendiri berbeda kelompok dengan spesies B. endiandrae Australia, B. tryoni, B. carambolae, B. fuscitibia, dan B. invadens. B.bryoniae berada pada kelompok yang berbeda dengan lima spesies Bactrocera tersebut. Tingkat homologi dan konstruksi pohon filogeni tersebut menunjukkan bahwa B. bryoniae Bali dapat dibedakan dengan spesies Bactrocera lain berdasarkan Gen ITS
9 78 B. carambolae Malaysia B. fuscitibia Indonesia B. endiandra Australia B. tryoni B. invadens BbryBaliITS Ceratitis capitata Gambar 3. Pohon Filogeni B. bryoniae asal Bali dibandingkan dengan beberapa Bactrocera yang berasal dari negara lain berdasarkan gen ITS1. Nomor aksesi B. endiandra Australia AF297564, B. tryoni AF121159, B. carambolae Malaysia AF297560, B. fuscitibia Indonesia AF297565, B. invadens KM dan Ceratitis capitata ALD83767 sebagai pembanding luar spesies. Pohon filogeni dikonstruksi menggunakan perangkat MEGA versi 6.06 (Algoritma UPGMA dengan 1000 bootstrap method Replications). 4. Simpulan Berdasarkan karakteristik morfologinya, spesies Bactrocera baru yang ditemukan di Bali adalah Bactrocera bryoniae. Identifikasi molekuler B. bryoniae berhasil dilakukan dengan gen MT-CO1 dan ITS1. Tidak ditemukan data sekuen B. bryoniae berdasarkan Gen ITS1 di basis data Genbank, spesies B. bryoniae yang ditemukan di Bali dapat dibedakan dengan spesies Bactrocera lain berdasarkan gen ITS1, Analisis filogenetik B. bryoniae berdasarnya gen ITS1 menunjukkan bahwa B.bryoniae asal Bali berada pada kelompok tersendiri berbeda kelompok dengan spesies Bactrocera yang lain. Tingkat homologi dan konstruksi pohon filogeni tersebut menunjukkan bahwa B. bryoniae Bali dapat dibedakan dengan spesies Bactrocera lain berdasarkan Gen ITS1. Daftar Pustaka Allwood AJ, Chinajariyawong A, Kritsaneepaiboon S, Drew R, Hamacek EL, Hancock DL, Hengsawad C, Jipanin JC, Jirasurat M, Kong Krong C, Leong CTS, Vijaysegaran S Host plan records for fruit flies (Diptera: Tephritidae) in Southeast Asia. Singapore: Raffles Bulletin Zoology Supplement. 7:1 92. Drew RA & Hancock DL Phylogeny of the tribe Dacini (Dacinae) based on morphological, distributional, and biological data. In: Aluja M, Norrbom AL, editors. Fruit Flies (Tephritidae): Phylogeny and Evolution of Behavior, Florida: CRC Press. p
10 Drew RA The tropical fruit flies (Diptera: Tephritidae: Dacinae) of the Australasian and Oceanian regions. Queensland: Memorial Queensland Museum.26: Hidayat, T., Diah Kusumawaty, Kusdianti, Dian Din Yati, Astry Agusthina Muchtar, dan Dina Mariana Analisis filogenetik molekuler pada Phyllanthus niruri (Euphorbiaceae) menggunakan urutan basa DNA daerah Internal Transcribed Spacer (ITS). Jurusan Pendidikan Biologi, Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Pendidikan Indonesia, Bandung 13(1): Li Q, Di-Yan Li, Mo-Mo Li, Hua Ye, Wei Shi, Long Zhang and Yan-Qing Duan A Phylogenetic Analysis Within Tephritidae of Diptera Based on the Concatenated 13 Mitochondrial Protein Coding Genes of mt Genomes. Asian Journal of Animal and Veterinary Advances 8 (3) : Plant Health Australia The Australian Handbook for the Identification of Fruit Flies. Version 1.0. Plant Health Australia. Canberra, ACT. Suputa, Cahyanti, Kustaryati A, Railan M, Issusilaningtyas dan Taufiq A Pedoman Identifikasi Lalat Buah (Diptera: Tephritidae). Yogyakarta : UGM McPheron BA & Steck GJ, Overview of research on the behavior of fruit flies. In Fruit Fly Pests: A World Assessment of Their Biology and Management. Florida: St Lucie Press. Siwi SS Jenis-jenis lalat buah penting di Indonesia dan macam tanaman inangnya. Bogor: Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian. Smith, PT., Srini Kambhampati & Karen A. Amstrong Phylogenetic relationships among Bactrocera spesies (Diptera : Tephritidae) Inferred from mitochondrial DNA sequences. Manhattan: Molecular Phylogenetics and Evolution :
BAB I PENDAHULUAN. telah mengakibatkan kerugian secara ekonomi pada budidaya pertanian (Li et al.,
1 BAB I PENDAHULUAN 1.1. Latar Belakang Ancaman serangan organisme penganggu tumbuhan semakin bertambah terhadap pertumbuhan ekonomi dan kesehatan manusia serta keamanan lingkungan. Famili Tephritidae
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. penelitian ini
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth
III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Pengambilan sampel darah domba dilakukan di Kecamatan Koto Tengah Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober 2012. Amplifikasi gen Growth Hormone menggunakan
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Bahan dan Alat
12 BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Survei penyakit klorosis dan koleksi sampel tanaman tomat sakit dilakukan di sentra produksi tomat di daerah Cianjur, Cipanas, Lembang, dan Garut. Deteksi
Lebih terperinci3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat
3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Autentikasi Bahan Baku Ikan Tuna (Thunnus sp.) dalam Rangka Peningkatan Keamanan Pangan dengan Metode Berbasis DNA dilaksanakan pada bulan Januari sampai dengan
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan IPB dan Laboratorium Terpadu,
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN METODE
9 BAB III BAHAN DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian dilaksanakan pada bulan September 2011 sampai dengan Juli 2012. Kegiatan ekstraksi DNA sampai PCR-RFLP dilakukan di laboratorium Analisis
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian deskriptif. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode B. Objek Penelitian Objek penelitian ini adalah sampel DNA koleksi hasil
Lebih terperinciDAFTAR PUSTAKA. American Nature. 107p.
DAFTAR PUSTAKA [AQIS] Australian Quarantine and Inspection Service. 2008. Friut Flies Indonesia: Their Identification, Pest Status and Pest Management. Conducted by the international center for the management
Lebih terperinci3. METODE PENELITIAN
29 3. METODE PENELITIAN 3.1. Lokasi dan Waktu Penelitian Lokasi penelitian meliputi Laut Sulawesi, Selat Makassar, Teluk Bone, Laut Flores, Laut Banda, Teluk Tolo, Laut Maluku dan Teluk Tomini (Gambar
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan merupakan penelitian deskriptif. Data diperoleh dari sikuen DNA daerah ITS untuk merekonstruksi pohon filogenetik dalam menentukan
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan Metode Isolasi C. gloeosporioides dari Buah Avokad
15 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Balai Besar Karantina Pertanian (BBKP) Tanjung Priok Wilayah Kerja Bogor, mulai bulan Oktober 2011 sampai Februari 2012. Bahan
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinci4.1. Alat dan Bahan Penelitian a. Alat Penelitian. No. URAIAN ALAT. A. Pengambilan sampel
7 IV. METODE PENELITIAN Ikan Lais diperoleh dari hasil penangkapan ikan oleh nelayan dari sungaisungai di Propinsi Riau yaitu S. Kampar dan S. Indragiri. Identifikasi jenis sampel dilakukan dengan menggunakan
Lebih terperinciIII. METODE PENELITIAN. Wajwalku Wildlife Laboratory, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Kasetsart
III. METODE PENELITIAN A. Waktu dan Lokasi Penelitian Penelitian dilakukan pada bulan Februari hingga Maret 2016. Preparasi penelitian ini dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler, Fakultas Teknobiologi
Lebih terperinciOPTIMASI PCR : KONSENTRASI PRIMER DAN VOLUME TEMPLAT DNA PADA AMPLIFIKASI mtdna IKAN MEDAKA Oryzias spp. DI DAERAH ALIRAN SUNGAI (DAS) MAROS
OPTIMASI PCR : KONSENTRASI PRIMER DAN VOLUME TEMPLAT DNA PADA AMPLIFIKASI mtdna IKAN MEDAKA Oryzias spp. DI DAERAH ALIRAN SUNGAI (DAS) MAROS Aqzayunarsih 1) Irma Andriani 2) Rosana Agus 2) Onny Nurrahman
Lebih terperinciII. BAHAN DAN METODE
II. BAHAN DAN METODE 2.1. Waktu dan Lokasi Penelitian Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Agustus sampai September tahun 2011. Sampel ikan berasal dari 3 lokasi yaitu Jawa (Jawa Barat), Sumatera (Jambi),
Lebih terperinciBAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel
16 BAB III. METODOLOGI PENELITIAN Bab ini menggambarkan tahapan penelitian yang terdiri dari pengambilan sampel, penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel, amplifikasi D-loop mtdna dengan teknik
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan adalah penelitian deskriptif. Penelitian deskriptif adalah penelitian yang mendeskripsikan suatu gambaran yang sistematis dengan
Lebih terperinciIII. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk
56 III. METODOLOGI PENELITIAN A. Rancangan Penelitian Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk mengamplifikasi Gen FNBP1L. B. Tempat dan Waktu Penelitian 1. Tempat Penelitian
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Kondisi Geografis dan Iklim Kabupaten Rokan Hilir
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Kondisi Geografis dan Iklim Kabupaten Rokan Hilir Kabupaten Rokan Hilir terletak pada garis 00 25' 20 o LU - 010 25' 41 o LU dan 1000 02' 56 o BT - 1000 56' 59 o BT dengan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini
BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah D-loop
Lebih terperinciKATAPENGANTAR. Pekanbaru, Desember2008. Penulis
KATAPENGANTAR Fuji syukut ke Hadirat Allah SWT. berkat rahmat dan izin-nya penulis dapat menyelesaikan skripsi yang beijudul "Skrining Bakteri Vibrio sp Penyebab Penyakit Udang Berbasis Teknik Sekuens
Lebih terperinciII. MATERI DAN METODE. Tempat pengambilan sampel daun jati (Tectona grandis Linn. f.) dilakukan di
II. MATERI DAN METODE 2.1 Waktu dan Tempat Penelitian Tempat pengambilan sampel daun jati (Tectona grandis Linn. f.) dilakukan di enam desa yaitu tiga desa di Kecamatan Grokgak dan tiga desa di Kecamatan
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Analisis Kekerabatan Rayap Tanah M. gilvus dengan Pendekatan Perilaku
BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Sampel rayap diambil dari Cagar Alam Yanlappa-Jasinga dan Kampus IPB- Dramaga, Bogor. Rayap diidentifikasi dan diuji perilaku agonistiknya di Laboratorium Biosistematika
Lebih terperinciIII. MATERI DAN METODE A.
III. MATERI DAN METODE A. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan pada bulan September sampai dengan Desember 2015. Proses isolasi DNA, simplex-pcr dan duplex-pcr dilaksanakan di Sub Laboratorium
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap
BAB III METODE PENELITIAN Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap penyiapan templat mtdna, amplifikasi fragmen mtdna pada daerah D-loop mtdna manusia dengan teknik PCR, deteksi
Lebih terperinciIII. Bahan dan Metode
III. Bahan dan Metode A. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan selama 3 bulan dari bulan Mei-Juli 2011 yang dilakukan di LPPT UGM Yogyakarta. B. Bahan Penelitian Sampel yang digunakan
Lebih terperinciPRAKATA. Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas
PRAKATA Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas segala nikmat dan karunia-nya, penulisan Tugas Akhir dengan judul Keragaman Genetik Abalon (Haliotis asinina) Selat Lombok
Lebih terperinci4 HASIL DAN PEMBAHASAN
4 HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Karakteristik Morfologi Pada penelitian ini digunakan lima sampel koloni karang yang diambil dari tiga lokasi berbeda di sekitar perairan Kepulauan Seribu yaitu di P. Pramuka
Lebih terperinciE-Jurnal Agroekoteknologi Tropika ISSN: Vol. 5, No. 1, Januari 2016
Identifikasi Lalat Buah (Diptera: Tephritidae) serta Serangannya terhadap Beberapa Galur dan Varietas Tanaman Cabai ( Capsicum annum l.) Di Desa Pancasari, Sukasada, Buleleng I MADE YESTA SANTIATMA 1 )
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
39 BAB III METODE PENELITIAN A. Desain Penelitian Penelitian yang dilakukan merupakan penelitian deskriptif. Penelitian membuat deskripsi secara sistematis, faktual dan akurat mengenai fakta-fakta dan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode
16 BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode deskriptif. Penelitian deskriptif adalah suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi,
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut:
BAB III METODE PENELITIAN Tahapan-tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel, lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh, amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan
Lebih terperinciKunci identifikasi lalat buah (Diptera: Tephritidae) di Kabupaten Bogor dan sekitarnya
Jurnal Entomologi Indonesia Indonesian Journal of Entomology ISSN: 1829-7722 Maret 2016, Vol. 13 No. 1, 49 61 Online version: http://jurnal.pei-pusat.org DOI: 10.5994/jei.13.1.49 Kunci identifikasi lalat
Lebih terperinciJENIS LALAT BUAH Bactrocera spp PADA TANAMAN JAMBU KRISTAL Psidium guajava di Desa Bumiaji Kota Batu
137 Buana Sains Vol 16 No 2: 137-142, 2016 JENIS LALAT BUAH Bactrocera spp PADA TANAMAN JAMBU KRISTAL Psidium guajava di Desa Bumiaji Kota Batu I Made Indra Agastya dan Hidayati Karamina PS. Agroteknologi,
Lebih terperinciBAB 3 METODOLOGI PENELITIAN
BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN 3.1 Desain Penelitian Bentuk desain penelitian yang akan digunakan adalah bentuk deskriptif molekuler potong lintang untuk mengetahui dan membandingkan kekerapan mikrodelesi
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian dilaksanakan dari bulan Agustus 2010 Agustus Penelitian
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan lokasi penelitian Penelitian dilaksanakan dari bulan Agustus 2010 Agustus 2011. Penelitian ini bertempat di Laboratorium Analisis Genetika, Departemen Silvikultur,
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Pengaruh Suhu Annealing pada Program PCR terhadap Keberhasilan Amplifikasi DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans) Laguna Segara Anakan
Lebih terperinciFAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
ISOLASI TOTAL DNA TUMBUHAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA PHYTOPURE Halaman : 1 dari 5 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan tumbuhan, dapat dari daun, akar, batang,
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Isolasi DNA Metode isolasi dilakukan untuk memisahkan DNA dari komponen sel yang lain (Ilhak dan Arslan, 2007). Metode isolasi ini sesuai dengan protokol yang diberikan oleh
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Metode Penelitian Pengambilan Sampel Kutukebul dan Tanaman Tomat Sumber TICV
BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Kegiatan survei dan pengambilan sampel kutukebul dilakukan di sentra produksi tomat di Kecamatan Cikajang (kabupaten Garut), Kecamatan Pacet (Kabupaten Cianjur), Kecamatan
Lebih terperinciVISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum
VISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum Pendahuluan Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian, sehingga dapat menerangkan arti
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Karakterisasi genetik Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) hasil tangkapan dari Laguna Segara Anakan berdasarkan haplotipe
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7 individu udang Jari yang diambil dari Segara Anakan Kabupaten Cilacap Jawa Tengah.
Lebih terperinciIII. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk
27 III. METODOLOGI PENELITIAN 3.1 Desain Penelitian Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk mengamplifikasi Gen STX1A. 3.2 Tempat dan Waktu Penelitian 1. Tempat Penelitian
Lebih terperinciII. BAHAN DAN METODE. Betina BEST BB NB RB. Nirwana BN NN RN. Red NIFI BR NR RR
II. BAHAN DAN METODE Ikan Uji Ikan uji yang digunakan adalah ikan nila hibrida hasil persilangan resiprok 3 strain BEST, Nirwana dan Red NIFI koleksi Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar Sempur, Bogor.
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi. Tabel 1. Sampel Darah Sapi Perah dan Sapi Pedaging yang Digunakan No. Bangsa Sapi Jenis Kelamin
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. Penelitian ini berlangsung
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan jenis penelitian dasar dengan menggunakan metode deskriptif, yaitu untuk menganalisis hubungan kekerabatan antar anggota familia
Lebih terperinciIDENTIFIKASI ISOLAT BAKTERI DARI PANTAI BANDEALIT JEMBER BERDASARKAN SEKUEN DNA PENGKODE 16S rrna SKRIPSI. Oleh Dina Fitriyah NIM
IDENTIFIKASI ISOLAT BAKTERI DARI PANTAI BANDEALIT JEMBER BERDASARKAN SEKUEN DNA PENGKODE 16S rrna SKRIPSI Oleh Dina Fitriyah NIM 061810401071 JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN METODE
BAB III BAHAN DAN METODE 3.1. Tempat dan Waktu Penelitian 3.1.1. Tempat Penelitian Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi Perikanan dan Kelautan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu
BAB III METODOLOGI PENELITIAN Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu pengumpulan sampel berupa akar rambut, ekstraksi mtdna melalui proses lisis akar rambut, amplifikasi
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Penggunaan mikroorganisme antagonis sebagai agen pengendali hayati
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Penggunaan mikroorganisme antagonis sebagai agen pengendali hayati memberikan harapan baru untuk pengendalian hama pertanian terutama fungi yang bersifat patogen. Secara
Lebih terperinciIII. MATERI DAN METODE. Fakultas Pertanian dan Peternakan Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim
III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini akan dilaksanakan di Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Fakultas Pertanian dan Peternakan Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim Riau Pekanbaru
Lebih terperinciIDENTIFIKASI MOLEKULER ROTIFER Brachionus sp. ASAL PERAIRAN TUMPAAN, MINAHASA SELATAN
IDENTIFIKASI MOLEKULER ROTIFER Brachionus sp. ASAL PERAIRAN TUMPAAN, MINAHASA SELATAN (Molecular Identification of Rotifer Brachionus sp. Isolated from Tumpaan Waters, South Minahasa) JefriSahari 1 *,
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Virus Hepatitis B Gibbon Regio Pre-S1 Amplifikasi Virus Hepatitis B Regio Pre-S1 Hasil amplifikasi dari 9 sampel DNA owa jawa yang telah berstatus serologis positif terhadap antigen
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan teknik PCR;
BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar, langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah HVI mtdna
Lebih terperinciISOLASI DNA DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN D-LOOP MITOKONDRIAL PADA IKAN Ompok hypophthalmus (Bleeker, 1846) DARI SUNGAI KAMPAR PROVINSI RIAU
ISOLASI DNA DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN D-LOOP MITOKONDRIAL PADA IKAN Ompok hypophthalmus (Bleeker, 1846) DARI SUNGAI KAMPAR PROVINSI RIAU Della Rinarta, Roza Elvyra, Dewi Indriyani Roslim Mahasiswa Program
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Januari 2012 sampai bulan Juli 2012, yang bertempat di Laboratorium Genetika dan Biologi Molekuler Jurusan Biologi
Lebih terperinciBAB 4. METODE PENELITIAN
BAB 4. METODE PENELITIAN Penelitian penanda genetik spesifik dilakukan terhadap jenis-jenis ikan endemik sungai paparan banjir Riau yaitu dari Genus Kryptopterus dan Ompok. Penelitian ini bertujuan untuk
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
15 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Analisis DNA 4.1.1 Ekstraksi DNA Ekstraksi DNA merupakan langkah awal dalam analisis molekuler. Masalah-masalah yang timbul dalam ekstraksi DNA merupakan hal yang penting
Lebih terperinciBAB 3 METODOLOGI PENELITIAN
20 BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN 3.1. Desain Penelitian Penelitian ini bersifat deskriptif cross sectional molekuler. Data yang diperoleh berasal dari pemeriksaan langsung yang dilakukan peneliti sebanyak
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling
16 BAB III METODOLOGI PENELITIAN Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling sel folikel akar rambut. Sampel kemudian dilisis, diamplifikasi dan disekuensing dengan metode dideoksi
Lebih terperinciIDENTIFIKASI SPESIES BEGOMOVIRUS
TESIS IDENTIFIKASI SPESIES BEGOMOVIRUS YANG BERASOSIASI DENGAN PENYAKIT KUNING PADA TANAMAN KACANG PANJANG (Vigna sinensis L.) BERDASARKAN SEKUEN GEN TRAP DAN REP I GEDE PUTU DARMAWAN PROGRAM PASCASARJANA
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN IV (ISOLASI RNA DARI TANAMAN) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI RNA DARI TANAMAN TUJUAN Tujuan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Deteksi Fabavirus pada Tanaman Nilam Deteksi Fabavirus Melalui Uji Serologi Tanaman nilam dari sampel yang telah dikoleksi dari daerah Cicurug dan Gunung Bunder telah berhasil diuji
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian. Penelitian ini dapat menerangkan
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode
24 BAB III METODOLOGI PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode penelitian deskriptif. B. Objek Penelitian Empat spesies burung anggota Famili
Lebih terperinciMETODE. Materi. Tabel 1. Jumlah Sampel DNA yang Digunakan dan Asal Pengambilan Sampel Darah.
METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Pemuliaan dan Genetika Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinciLAPORAN BARU: SPESIES LALAT BUAH TERPIKAT 4-(4-HIDROKSI-FENIL)-2-BUTANON NEW REPORT: FRUIT FLY SPECIES RESPOND TO 4-(4-HIDROKSI-FENIL)-2-BUTANON
Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia, Vol. 15, No. 1, 2009: 13 17 LAPORAN BARU: SPESIES LALAT BUAH TERPIKAT 4-(4-HIDROKSI-FENIL)-2-BUTANON NEW REPORT: FRUIT FLY SPECIES RESPOND TO 4-(4-HIDROKSI-FENIL)-2-BUTANON
Lebih terperinciAsam Asetat Glacial = 5,7 ml EDTA 0,5 M ph 8.0 = 10 ml Aquades ditambahkan hingga volume larutan 100 ml
36 Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer A. Pembuatan Larutan Stok Tris HCL 1 M ph 8.0 (100 ml) : Timbang Tris sebanyak 12,114 g. Masukkan Tris ke dalam Erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades.
Lebih terperinciAMPLIFIKASI GEN 18S rrna PADA DNA METAGENOMIK MADU DARI DESA SERAYA TENGAH, KARANGASEM DENGAN TEKNIK PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)
AMPLIFIKASI GEN 18S rrna PADA DNA METAGENOMIK MADU DARI DESA SERAYA TENGAH, KARANGASEM DENGAN TEKNIK PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION) SKRIPSI Oleh: SATRIYA PUTRA PRAKOSO NIM. 1208105013 JURUSAN KIMIA FAKULTAS
Lebih terperinci3. METODE PENELITIAN
19 3. METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Maret sampai Juni 2010 di Laboratorium Mikrobiologi, Biokimia dan Bioteknologi Hasil Perairan Departemen Teknologi Hasil
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi ini membutuhkan primer spesifik (sekuen oligonukelotida khusus) untuk daerah tersebut. Primer biasanya terdiri dari 10-20 nukleotida dan dirancang berdasarkan daerah konservatif
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Metode penelitian yang digunakan pada penelitian ini adalah deskriptif. Penelitian deskriptif bertujuan untuk membuat deskripsi, gambaran, atau lukisan secara
Lebih terperinciKAJIAN MOLEKULER BAKTERI ASAM LAKTAT ISOLAT 9A HASIL ISOLASI DARI KOLON SAPI BALI MELALUI ANALISIS GEN 16S rrna SKRIPSI
KAJIAN MOLEKULER BAKTERI ASAM LAKTAT ISOLAT 9A HASIL ISOLASI DARI KOLON SAPI BALI MELALUI ANALISIS GEN 16S rrna SKRIPSI Diajukan untuk Melengkapi Tugas-Tugas dan Memenuhi Persyaratan untuk Mencapai Gelar
Lebih terperinciLampiran 1 Ekstraksi dan isolasi DNA dengan metode GeneAid
LAMPIRAN 9 Lampiran 1 Ekstraksi dan isolasi DNA dengan metode GeneAid Satu ruas tungkai udang mantis dalam etanol dipotong dan dimasukkan ke dalam tube 1,5 ml. Ruas tungkai yang telah dipotong (otot tungkai)
Lebih terperinciLAMPIRAN. Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer
LAMPIRAN Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer A. LARUTAN STOK CTAB 5 % (100 ml) - Ditimbang NaCl sebanyak 2.0 gram - Ditimbang CTAB sebanyak 5.0 gram. - Dimasukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN CARA KERJA. Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and
23 BAB III BAHAN DAN CARA KERJA A. LOKASI DAN WAKTU PENELITIAN Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and Cancer Biology of the University of Indonesia (IHVCB-UI), Jl. Salemba
Lebih terperinciANALISIS KERAGAMAN GENETIK MUTAN JARAK PAGAR (Jatropha curcas L.) HASIL PERLAKUAN MUTAGEN KOLKISIN BERDASARKAN PENANDA MOLEKULER RAPD
ANALISIS KERAGAMAN GENETIK MUTAN JARAK PAGAR (Jatropha curcas L.) HASIL PERLAKUAN MUTAGEN KOLKISIN BERDASARKAN PENANDA MOLEKULER RAPD Herdiyana Fitriani Dosen Program Studi Pendidikan Biologi FPMIPA IKIP
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. bertujuan untuk menidentifikasi gen angiotensin converting enzyme (ACE)
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah deskriptif yang bertujuan untuk menidentifikasi gen angiotensin converting enzyme (ACE) insersi/ delesi
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI DAN IDENTIFIKASI DNA SEL MUKOSA
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN METODE PENELITIAN
BAB III BAHAN DAN METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Lokasi Penelitian 3.1.1. Lokasi Penelitian Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Perikanan dan Kelautan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Lebih terperinciMETODE PENELITIAN. A. Tempat dan Waktu
10 III. METODE PENELITIAN A. Tempat dan Waktu Penelitian dilaksanakan pada bulan September 2015 sampai Februari 2016. Isolasi dan visualisasi RNA Colletrotichum dilaksanakan di Laboratorium Hama Penyakit
Lebih terperinciFAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
Halaman : 1 dari 5 ISOLASI TOTAL DNA HEWAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan hewan, dapat dari insang, otot, darah atau jaringan
Lebih terperinciLAMPIRAN. Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer
LAMPIRAN Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer 1. Pembuatan Larutan Stok a. CTAB 5 % Larutan dibuat dengan melarutkan : - NaCl : 2.0 gr - CTAB : 5.0 gr - Aquades : 100 ml b. Tris HCl
Lebih terperinciMATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Materi Sampel Pengambilan Sampel Ekstraksi DNA Primer
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Juni hingga Nopember 2010. Penelitian dilakukan di Laboratorium Pemuliaan dan Genetik Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak,
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Metode Penelitian
BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Survei penyakit mosaik dan koleksi sampel tanaman nilam sakit dilakukan di Kebun Percobaan Balai Tanaman Obat dan Aromatik (BALITTRO) di daerah Gunung Bunder
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Tahapan Analisis DNA S. incertulas
11 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Juli 2010 sampai dengan Mei 2011. Koleksi sampel dilakukan pada beberapa lokasi di Jawa Tengah, Daerah Istimewa Yogyakarta
Lebih terperinci1b. Abdomen tidak berpetiole; terga ruas II-IV bermembran b. Terdapat 2 seta pada skutelum a. Terdapat seta pada prescutellar...
LAMPIRAN 60 61 Lampiran 1 Identifikasi Bactrocera carambolae 1b. Abdomen tidak berpetiole; terga ruas II-IV bermembran... 12 12b. Terdapat 2 seta pada skutelum... 18 18a. Terdapat seta pada prescutellar...
Lebih terperinciMETODOLOGI PENELITIAN. Tempat dan Waktu Penelitian. Bahan dan Alat Penelitian
14 METODOLOGI PENELITIAN Tempat dan Waktu Penelitian Tempat penelitian dilakukan di Laboratorium Unit Pelayanan Mikrobiologi Terpadu, Bagian Mikrobiologi Kesehatan, Departemen Ilmu Penyakit Hewan dan Kesehatan
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Analisis Polymerase Chain Reaction (PCR) serta analisis penciri Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) dilaksanakan di Laboratorium
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Tabel 2 Ketinggian tempat dan ordinat lokasi pengambilan sampel. Psr. Induk Kramat Jati
BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian dilaksanakan mulai bulan Agustus sampai Nopember 2008. Pengambilan sampel dilakukan di lima lokasi yang berbeda yaitu di Pasar Induk Kramat Jati, Kelurahan
Lebih terperinciIDENTIFIKASI MOLEKULER VIRUS PENYEBAB PENYAKIT DAUN KUNING PADA TANAMAN MENTIMUN DI KECAMATAN BATURITI KABUPATEN TABANAN
TESIS IDENTIFIKASI MOLEKULER VIRUS PENYEBAB PENYAKIT DAUN KUNING PADA TANAMAN MENTIMUN DI KECAMATAN BATURITI KABUPATEN TABANAN I DEWA MADE PUTRA WIRATAMA PROGRAM PASCASARJANA UNIVERSITAS UDAYANA DENPASAR
Lebih terperincibio.unsoed.ac.id METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian
III. METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian 1.1. Peralatan Penelitian Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah botol sampel, beaker glass, cool box, labu
Lebih terperinci3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat
3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian dilakukan selama bulan Januari hingga April 2010 bertempat di Laboratorium Karakteristik Bahan Baku, Departemen Teknologi Hasil Perairan, Fakultas Perikanan
Lebih terperinciPENGARUH WARNA DAN VOLUME TEMPAT ATRAKTAN TERHADAP LALAT BUAH BELIMBING DI KECAMATAN PALANG, TUBAN JAWA TIMUR
Plumula Volume 5 No.2 Juli 2016 ISSN : 2089 8010 PENGARUH WARNA DAN VOLUME TEMPAT ATRAKTAN TERHADAP LALAT BUAH BELIMBING DI KECAMATAN PALANG, TUBAN JAWA TIMUR Effect Color and Volume Attractant Place on
Lebih terperinciDINAMIKA POPULASI LALAT BUAH (Diptera: Tephritidae) PADA TANAMAN BUAH-BUAHAN DI KABUPATEN DHARMASRAYA
DINAMIKA POPULASI LALAT BUAH (Diptera: Tephritidae) PADA TANAMAN BUAH-BUAHAN DI KABUPATEN DHARMASRAYA Population Dinamics of Fruit Fly (Diptera: Tephritidae) at Dharmasraya District Sri Heriza* Program
Lebih terperinci