KAJIAN BEBERAPA SENYAWA ANTIINFLAMASI : DOCKING TERHADAP SIKLOOKSIGENASE-2 SECARA IN SILICO

Transkripsi

1 KAJIAN BEBERAPA SENYAWA ANTIINFLAMASI : DOCKING TERHADAP SIKLOOKSIGENASE-2 SECARA IN SILICO Mukhtasyam Zukhrullah, Muhammad Aswad, dan Subehan Fakultas Farmasi Universitas Hasanuddin, Makassar ABSTRAK Dewasa ini telah ditemukan banyak senyawa antiinflamasi dari bahan alam. Penelitian ini telah dilakukan untuk memprediksi mekanisme kerja senyawa-senyawa anti-inflamasi dari bahan alam pada tingkat molekuler sebagai inhibitor COX-2 dengan menggunakan metode Molecular Docking Simulation. Target yang dievaluasi adalah interaksi ikatan hydrogen antara protein and ligan. Simulasi docking ini menggunakan program PLANTS (Protein Ligand Ant System) dengan menggunakan 10 konformasi ligan. Hasil penelitian dari 22 senyawa bahan alam dapat mengikat COX-2 ditunjukkan dengan energi dan interaksi ikatan hidrogen (ΔG). Hasil menunjukkan bahwa ikatan hidrogen (ΔG) terbaik yaitu senyawa barbaloin (-17,8976 kkal/mol), Interaksi antara barbaloin dengan COX-2 ditandai dengan adanya 11 ikatan hidrogen yang terjadi dengan residu-residu yang ada didalam binding site dalam hal ini adalah 2 ikatan hidrogen pada Arg120 (gugus yang terikat adalah Hidroksil {OH} dan gugus karbonil {=O}, 3 ikatan hidrogen pada Tyr355 (gugus hidroksil), 2 ikatan hidrogen pada Met522 (gugus hidroksil), 1 ikatan hidrogen pada Val523 (gugus hidroksil), 1 ikatan hidrogen pada Ala527 (gugus hidroksil), dan 2 ikatan hidrogen pada Ser530 (gugus hidroksil) yang berarti bahwa barbaloin mampu mengikat daerah katalitik residu pada COX-2. Dari hasil ini dapat disimpulkan bahwa senyawa barbaloin memiliki potensi yang baik untuk menghambat COX-2. Kata kunci : antiinflamasi, docking, inhibitor COX-2, in silico PENDAHULUAN Obat analgesik antipiretik serta obat antiinflamasi non steroid (AINS) merupakan salah satu kelompok obat yang banyak diresepkan dan juga digunakan tanpa resep dokter. Obat-obat ini merupakan suatu kelompok obat yang heterogen, secara kimia. Walaupun demikian obat-obat ini ternyata memiliki banyak persamaan dalam efek terapi maupun efek samping. (1) Golongan obat AINS menghambat enzim siklooksigenase sehingga konversi asam arakidonat menjadi PGG 2 terganggu. Setiap obat AINS menghambat siklooksigenase dengan kekuatan dan selektivitas yang berbeda. Obat-obat kelompok AINS ini termasuk rofekoksib, selekoksib, eterokoksib, lumirakoksib, dan meloksikam. (1) Enzim siklooksigenase merupakan enzim yang mengkatalisis pembentukan prostaglandin, suatu mediator inflamasi, dan produk metabolisme asam arakidonat. Enzim COX terdiri dari 2 isoenzim yaitu COX-1 dan COX-2. Enzim COX-1 bersifat konstitutif untuk memelihara fisiologi normal dan homeostasis, sedangkan COX-2 merupakan enzim yang terinduksi pada sel yang mengalami inflamasi oleh sitokin, endotoksin, dan faktor pertumbuhan (growth factors). COX-2 juga berperan dalam proliferasi sel kanker. Ekspresi berlebihan COX-2 ditemukan pada kebanyakan tumor (2). Penemuan isoform COX-2 membuka lembaran baru penelitian yang didasarkan pada asumsi bahwa patologis prostaglandin (PG) diproduksi oleh induktif yang isoform, sedangkan fisiologis prostaglandin diproduksi oleh konstitutif COX-1 (3). Mengingat besarnya peran COX-2 dalam proses inflamasi dan kanker, maka perlu dilakukan pencarian ikatan obat-obat AINS yang sesuai dengan reseptor tertentu yang berikatan dengan enzim COX-2. Oleh karena itu, diperlukan suatu studi mengenai senyawa-senyawa yang dapat menghambat COX-2, yang dengan teknologi komputasi hal ini dapat dilakukan dengan lebih mudah. Studi komputasi dikenal dengan terminologi in silico merupakan analog in vivo dan in vitro, yang menggunakan aplikasi komputer sehingga waktu dan biaya menjadi lebih efisien (4,5). Terminologi in silico di antaranya dikenal sebagai penapisan virtual. Untuk melakukan penapisan senyawa biologis terhadap milyaran senyawa masih sangat sulit, oleh karena itu pendekatan secara virtual menjadi alternatif. Karena metode ini relatif lebih cepat bahkan mampu menangani ribuan senyawa dalam satu hari dan bergantung pada senyawa yang diuji dan kecepatan komputer. Kini, penapisan virtual telah mencapai status sebagai teknologi yang dinamis dan menguntungkan dalam penemuan senyawa obat (6,7). Proses penapisan virtual digunakan untuk membantu menemukan senyawa senyawa yang kemungkinan besar berpotensi sebagai obat, dengan membutuhkan waktu yang relatif singkat. Jika target telah diketahui, algoritma docking dapat di- 37

2 38 Majalah Farmasi dan Farmakologi, Vol. 16, No. 1 Maret 2012, hlm gunakan untuk menempatkan kandidat obat ke dalam sisi aktif dari target seperti enzim atau reseptor. Kemudian interaksi senyawa-senyawa yang telah diikatkan kemudian diurutkan berdasarkan hasil analisis secara komputasi komponen sterik dan elektrostatiknya. (8,9,10,11) Dewasa ini telah banyak ditemukan senyawa antiinflamasi dari bahan alam. Tetapi, belum diketahui senyawa-senyawa yang selektif menghambat COX-2. Berdasarkan uraian di atas, maka dilakukan penelitian yang secara khusus memodelkan interaksi beberapa senyawa yang diketahui diketahui memiliki aktivitas antiinflamasi melalui penghambatan COX-2. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah studi interaksi beberapa senyawa bahan alam yang diketahui dapat menghambat COX-2 dengan menggunakan aplikasi komputer secara in silico pada tingkat molekuler atau yang dikenal dengan metode Simulasi Penambatan Molekul (molecular docking simulation) dengan menggunakan informasi dari struktur target maupun sifat fisikokimia ligan dapat dilakukan skrining melalui uji interaksi senyawa-senyawa yang diketahui dapat menghambat COX-2 pada sisi aktifnya. Tujuan penelitian ini adalah memprediksi mekanisme kerja senyawa-senyawa antiinflamasi dari bahan alam pada tingkat molekuler, sebagai inhibitor COX-2 dengan menggunakan metode Molecular Docking Simulation. Manfaat penelitian ini adalah memperlihatkan interaksi senyawa-senyawa antiinflamasi dari bahan alam yang diketahui selektif menghambat COX-2, sehingga mekanisme kerja senyawa tersebut dapat diprediksi sebagai penghambat COX-2 pada tingkat molekuler. METODE PENELITIAN Data yang digunakan Untuk melaksanakan penelitian, digunakan data struktur COX-2 yang diperoleh dari Protein Data Bank (PDB) dengan PDB ID : 6COX, dari hasil penelitian sebelumnya (11), seperti yang terlihat pada gambar 1. Selain itu, diperlukan juga data struktur senyawa-senyawa bahan alam yang geometrinya telah dioptimasi, seperti yang disajikan pada tabel 1. Alat yang digunakan Perangkat yang digunakan pada penelitian ini adalah AMD Athlon (tm) Neo X2 Dual Core Processor L GHZ, 2.0 RAM, Sistem Operasi Linux Ubuntu Versi 10.10, PLANTS (Protein Ligand ANT System) versi 1.2. MarvinSketch dari YASARA versi 6. MMV (Molegro Molecular Viewer) versi 2.0, dan VMD (Visual Molecular Dinamic) versi 1.9 Gambar 1. Struktur Enzim COX-2 dengan PDB ID : 6COX. Sumber : Kurumbail, R.G.,et al. Cyclooxygenase- 2 (Prostaglandin Synthase-2 Complexed with a Selective Inhibittor), SC-558 IN I222 Space Goup Available from: eid=6cox. Accessed at may, 16,2011 (11) Tabel 1. Data senyawa-senyawa bahan alam yang telah dioptimasi Nama Rumus Golongan Tanaman No Senyawa umum senyawa Asal 1 Androgafolid C 20H 30O 5 Diterpenoid 2 Kurkumin C 21H 20O 6 Kurkuminoid 3 Alizarin C 14H 8O 4 Kuinon 4 Serumbon C 15H 22O Seskuiterpen 5 Luteolin C 15H 10O 6 Flavonoid 6 Diosmin C 28H 32O 15 Flavonoid 7 Ortosiponin C 12H 12O 5 Glikosida saponin 8 Kaemferol C 15H 10O 6 Flavonoid 9 Barbaloin C 21H 22O 9 Antrakuinon 10 Kuersetin C 15H 10O 7 Flavonoid 11 Pisalin C 28H 30O 10 Steroid 12 Lucidone C 24H 34O 5 Diterpen 13 Diosgenin C 27H 42O 3 Steroid sapogenin 14 Mollugin C 17H 16O 4 Xantopurpurin 15 Chrysin C 15H 10O 4 Flavonoid 16 Sedanolid C 12H 18O 2 Lakton 17 Isoliquiritin apiosid C 21H 22O 9 Flavonoid 18 Mangostin-α C 24H 26O 6 Xantonoid 19 Mangostin-β C 25H 28O 6 Xantonoid 20 Mangostin-γ C 23H 24O 6 Xantonoid 21 Gertanin C 23H 24O 6 Xantonoid 22 Emodin C 15H 10O 5 Antrakuinon Andrographis paniculata Curcuma longa Rubia cordifolia L. Zingiber zerumbet Lindera erythrocarpa Citrus aurantifolia Orthosiphon stamineus Glycyrrhiza glabra L. Aloe vera Linn. Ruta angustifolia (L.)Pers. Physalis angulata L. Lindera erythrocarpa Solanum nigrum L Rubia cordifolia L. Lindera erythrocarpa Apium graveolens L. Glycyrrhiza glabra L.

3 Mukhtasyam Zukhrullah, Kajian Beberapa Senyawa Antiinflamasi : Docking Terhadap COX-2 secara in silico 39 Pengambilan Data Dalam penelitian ini, data struktur protein target diambil melalui Protein Data Bank (PDB) dengan PDB ID: 6COX dan digunakan sebagai target docking. Data ini merupakan hasil teknik biofisika seperti kristalografi X-ray maupun spektroskopi NMR dari COX-2 yang meliputi struktur, sisi aktif dan sekuens. Pemodelan Molekul Senyawa Antiinflamasi dari Bahan Alam Data struktur semua sampel dari bahan alam digambar dengan mengunakan MarvinSketch v. 5.6 (disimpan dalam format file ligand_2d.mrv). Kemudian setiap senyawa di protonasi pada ph = 7.4, kemudian dilanjutkan mencari konformasi dengan menggunakan program yang sama untuk yang diperlihatkan dalam bentuk 3-dimensi. Kemudian berkas disimpan dalam bentuk mol2. Preparasi Protein Target Protein target dipreparasi dengan menggunakan YASARA, yaitu berkas protein dalam format #.pdb, kemudian dihapus salah satu rantai protein (rantai B) untuk meminimisasi wilayah docking, dilanjutkan dengan menghapus NAG dan air apabila diperlukan sehingga hanya tersisa molekul asam amino. Hidrogen ditambahkan, hasilnya disimpan dalam bentuk berkas mol2 yang kemudian digunakan sebagai protokol docking untuk penapisan virtual senyawa COX-2. Simulasi dan Validasi Docking File input ligan dan file protein target disimpan bersama dalam sebuah folder bersama PLANTS versi 1.2, kemudian ditentukan pose konfigurasi dan konfigurasi docking (plantsconfig) yang merupakan modifikasi dari konfigurasi standar dari PLANTS. Definisi konfigurasi diubah menjadi 5Ǻ dari koordinat lokasi SC558 terikat pada COX-2. Pose yang memiliki nilai skoring terbaik dipilih sebagai sebagai tempat sampel diperkirakan berikatan. Kemudian docking ligan asli (SC558), setelah itu dilakukan pehitungan RMSD (Root Mean Square Deviance) dengan menggunakan YASARA (RMSD dinyatakan valid apabila lebih rendah dari 2Å). Apabila nilainya kurang dari 2Ǻ, maka dapat digunakan sebagai protokol docking untuk skrining virtual sampel berikutnya. Analisis Data Dilakukan analisis data nilai skoring dan pose pada sisi binding pocket serta analisis ikatan hidrogen ligand-sekuens asam amino dengan menggunakan MMV. Molekul dengan nilai skoring terendah menunjukkan afinitas kestabilan yang baik, setelah itu visualisasi interaksi dengan menggunakan program VMD. HASIL DAN PEMBAHASAN Dalam penelitian ini dipelajari interaksi sekelompok senyawa-senyawa antiinflamasi dari beberapa golongan senyawa yang telah diisolasi dan diidentifikasi oleh para peneliti terdahulu dari berbagai referensi. Metode yang digunakan dalam mempelajari interaksi tersebut yakni molecular docking. Docking merupakan suatu perlakuan dimana suatu senyawa lainnya dan pada saat yang bersamaan dilakukan perhitungan energi interaksi dari beberapa orientasi yang sama dari keduannya. Suatu prosedur docking digunakan sebagai acuan untuk menentukan orientasi yang baik dari senyawa terhadap senyawa lainnya yang bersifat relatif. Senyawa target atau reseptor yaitu siklooksigenase-2 (COX-2). Sebelum docking dilakukan, senyawa target harus dipreparasi terlebh dahulu. Senyawa yang telah diunduh dari situs RCSB PDB ditampilkan dalam jendela YASARA, senyawa-senyawa air sebaiknya dihilangkan sehingga dipastikan yang berantaraksi adalah senyawa uji dan senyawa target. Selanjutnya dilakukan protonasi 3 dimensi untuk menambahkan muatan atom dan hidrogen pada senyawa. Untuk memastikan telah dilakukan protonasi 3 dimensi dilakukan pengecekan hingga tiap atom dipastikan memiliki nilai muatan (q). Data disimpan dalam file format mol2 (12). Seperti halnya senyawa target, senyawa uji juga harus dipreparasi terlegih dahulu dengan cara membuat struktur 2 dimensi dari senyawasenyawa tersebut dengan marvinsketch. Dalam membuat model senyawa harus dipastikan struktur yang dibuat adalah benar dan tidak terdapat kesalahan sama sekali dengan melakukan pengecekan pada marvinsketch pada perintah check structure. Seperti halnya pada reseptor senyawa uji juga dilakukan protonasi 3 dimensi untuk menambahkan muatan atom dan hidrogen pada senyawa uji. Kemudian dilakukan pencarian konformasi senyawa yang telah melewati proses minimisasi energi dengan metode AM1 dengan gradien 0,01. Dalam hal ini didapatkan 10 konformasi senyawa terbaik. Model senyawa ini disimpan dalam file format mol2. Docking (redocking) dilakukan dengan melakukan docking native ligand pada reseptor. Native ligand dibuat seperti halnya pada preparasi senyawa uji di atas. Validasi metode docking yang dilakukan dengan re-docking native ligand pada binding site. Kemudian didapatkan nilai RMSD (root mean square deviation) sebesar 1,0410 yang berarti metode tersebut memiliki nilai validitas yang tinggi yang dibuktikan dengan nilai RMSD < 2, artinya posisi ligand copy mirip dengan native ligand. Dalam hal ini diperlihatkan pada gambar 2. Proses re-docking native ligand terhadap COX-2 dapat digunakan untuk mengidentifikasi binding site dari enzim tersebut. Binding site tersebut teridentifikasi berupa residu-residu asam

4 40 Majalah Farmasi dan Farmakologi, Vol. 16, No. 1 Maret 2012, hlm amino yang berada pada jarak 5 Å dari native ligand. Binding site ini ditentukan dengan menentukan koordinat dimana letak native ligand berada yaitu pada radius 5 Å dengan koordinat x= , y= , z= dan pada binding radius= Gambar 3. Interaksi SC558 (bola dan batang) dengan residu siklooksigenase-2 Ser353 dan His90 (batang) Gambar 2. Pose native ligand S558 dan pose prediksi docking dari simulasi docking. Native ligand (atom karbon diperlihatkan dengan warna biru muda), pose prediksi docking dari simulasi docking (atom karbon diperlihatkan dengan warna ungu). Atom Nitrogen diperlihatkan dengan warna biru, atom oksigen diperlihatkan pada warna merah,atom Sulfur diperlihatkan dengan warna hijau dan atom Hidrogen diperlihatkan dengan warna putih. Dengan nilai RMSD = Å Sekuens-sekuens asam amino yang terdapat pada binding site yang telah dipreparasi adalah Pro86, Asn87, Val89, His90, Leu93, Thr94, Met113, Val116, Leu117, Arg120, Gln192, Ser194, Phe198, Val344, Ile345, Glu346, Asp347, Tyr348, Val349, Gln350, His351, Leu352, Ser353, Gly354, Tyr355, His356, Phe357, Leu359, Phe381, Leu384, Tyr385, Trp387, Val434, Ala435, Leu507, Arg513, Ala516, Ile517, Phe518, Gly519, Glu520, Thr521, Met522, Val523, Hlu524, Leu525, Gly526, Ala527, Pro528, Phe529, Ser530, Leu531, Lys532, Lu534. Dengan yang teridentifikasi sebagai binding pocket adalah His90, Leu117, Val349, Leu352, Ser353, Trp387, Ala516, Phe518, Met522, Val523, Gly526, Ala527, Ser530, dan Leu534. Serta Asam amino yang membentuk ikatan hidrogen yaitu Arg120, Leu352 dan dengan Arg513 yang memiliki energi yang rendah dalam binding pocket dari native ligand. Dengan demikian binding site yang telah dilakukan preparasi memenuhi syarat untuk dilakukan docking untuk senyawa-senyawa uji selanjutnya (13). Hasil docking terhadap COX-2 menunjukkan terjadinya interaksi dengan binding pocket dari model enzim tersebut. Hal ini dapat dibuktikan dengan melihat adanya interaksi oleh hampir semua senyawa uji yang ditandai dengan adanya ikatan hidrogen dengan salah satu residu asam amino yang terdapat pada binding pocket. Hasil docking ini diperlihatkan pada tabel 2 dan tabel 3. Gambaran interaksi hasil re-docking SC558 diperlihatkan pada gambar 3. Hasil menunjukkan bahwa SC558 dapat mengikat 2 katalitik residu dari siklooksigenase-2, yakni His90 dan Ser353 melalui ikatan hidrogen. Hasil redocking SC558 dibandingkan dengan interaksi yang terjadi antara native ligand dengan COX-2 (gambar 3) meskipun memiliki struktur yang berbeda dengan native ligand, tetapi ikatan hidrogen yang terjadi antara re-docking SC558 dengan COX-2 juga terjadi pada interaksi native ligand dengan COX-2. Hal ini menunjukkan bahwa re-docking SC558 mampu menempati posisi yang sama dengan native ligand. Gambar 3. Interaksi native ligand (SC558) dengan residu siklooksigenase-2 (PDB ID=6COX) (sumber : Kurumbail, R.G, et all. Ligand S58-1-phenylsulfonamide- 3-trifluoromethyl-5-parabromophenylpyrazole From: pdbsum/getpage.pl?pdbcode=6cox&template=ligands.h tml&l=3.1)

5 Mukhtasyam Zukhrullah, Kajian Beberapa Senyawa Antiinflamasi : Docking Terhadap COX-2 secara in silico 41 Tabel 2. Hasil docking skoring docking) No Nama Sampel 1 SC Kurkumin 4 Alizarin 5 6 Luteolin 7 Diosmin Barbaloin 11 Kuersetin 12 Pisalin 13 Lucidone Mollugin 16 Chrysin Konformasi Androgafolide Serumbone Ortosiponin Kaemferol Diosgenin Sedanolide Isoliquiritin apioside Mangostin-α Mangostin-β Mangostin-γ 22 Gertanin 23 Emodin (konformasi tebaik dengan Konformasi hasil docking PLANTS chempl P Score (Kkal/mol) Konformer Konformer konformer konformer konformer konformer konformer konformer konformer Konformer Konformer Konformer Konformer Konformer konformer konformer konformer Konformer Konformer Konformer Konformer Konformer Konformer Interaksi yang terjadi antara senyawasenyawa antiinflamasi dengan enzim siklooksigenase-2 ditandai dengan docking score dan interaksi pose ikatan. Dalam hal ini diambil parameter hasil pengikatan energi Gibbs (ΔG) sebagai acuan, dan docking score hanyalah digunakan sebagai parameter untuk menilai pose pada konformasi yang memiliki nilai energi Gibbs yang terbaik (14). Dalam hal ini diambil nilai terendah yaitu barbaloin dengan nilai energi gibs (ΔG= kkal/mol). Interaksi antara barbaloin dengan COX-2 ditandai dengan adanya 11 ikatan hidrogen yang terjadi dengan residu-residu yang ada didalam binding site dalam hal ini adalah 2 ikatan hidrogen pada Arg120 (gugus yang terikat adalah Hidroksil {OH} dan gugus karbonil {=O}, 3 ikatan hidrogen pada Tyr355 (gugus hidroksil), 2 ikatan hidrogen pada Met522 (gugus hidroksil), 1 ikatan hidrogen pada Val523 (gugus hidroksil), 1 ikatan hidrogen pada Ala527 (gugus hidroksil), dan 2 ikatan hidrogen pada Ser530 (gugus hidroksil). Yang berarti bahwa barbaloin mampu mengikat daerah katalitik residu seperti yang ditampilkan pada gambar 27 di atas. Dengan ini dapat diambil kesimpulan bahwa senyawa barbaloin mempunyai kemungkinan memiliki aktivitas penghambatan COX-2 yang lebih baik dari yang lainnya. Interaksi antara barbaloin dengan residu-residu asam amino pada COX-2 diperlihatkan pada gambar 4. Gambar 4. Ikatan hidrogen antara barbaloin (bola dan batang) dengan asam amino Arg120, Tyr355, Ser530 dan Met522 (batang) KESIMPULAN Hasil penelitian dari 22 senyawa bahan alam dapat mengikat COX-2 ditunjukkan dengan energi dan interaksi ikatan hidrogen (ΔG). Hasil menunjukkan bahwa ikatan hidrogen (ΔG) terbaik yaitu senyawa barbaloin (-17,8976 kkal/mol), Interaksi antara barbaloin dengan COX-2 ditandai dengan adanya 11 ikatan hidrogen yang terjadi dengan residu-residu yang ada didalam binding site dalam hal ini adalah 2 ikatan hidrogen pada Arg120 (gugus yang terikat adalah Hidroksil {OH} dan gugus karbonil {=O}, 3 ikatan hidrogen pada Tyr355 (gugus hidroksil), 2 ikatan hidrogen pada Met522 (gugus hidroksil), 1 ikatan hidrogen pada Val523 (gugus hidroksil), 1 ikatan hidrogen pada Ala527 (gugus hidroksil), dan 2 ikatan hidrogen pada Ser530 (gugus hidroksil) yang berarti bahwa barbaloin mampu mengikat daerah katalitik residu pada COX-2. Dari hasil ini dapat disimpulkan bahwa senyawa barbaloin memiliki potensi yang baik terhadap penghambatan COX-2. SARAN Docking protein-ligan dengan menggunakan PLANTS dapat dilanjutkan dengan membatasi docking pada asam amino yang penting dalam interaksi dengan cara chemplp_hb_constraints pada atom NH pada Arg513, di mana Arg513 mempunyai peranan penting dalam penghambatan COX-2.

6 42 Majalah Farmasi dan Farmakologi, Vol. 16, No. 1 Maret 2012, hlm Tabel 3. Data analisis hasil docking konformasi terbaik senyawa-senyawa menggunakan MMV 2.0, pilihan PLANTS Score. No. 1 SC558 Nama senyawa Ikatan Hidrogen ( Å) Asam Amino Donor Gugus yang terikat ligan Atom ID residu Energi ikatan His90 Ligan -NH pada S N 18 N Ser353 Ligan -NH pada S N 18 O Arg120 Target -OAc pada C21 O 17 N Arg120 Target -OAc pada C21 O 23 N Arg120 Target -O (furan) O 23 N Energi ikatan (Kkal/mol) Total energi (ΔG) Androgafolid 3 Kurkumin 4 Alizarin 5 Serumbon 6 Luteolin 7 Diosmin 8 Ortosiponin 9 Kaemferol Tyr385 Ligan -OH pada C3 O 19 H Met522 Ligan -OH pada C4 O 22 O Val523 Ligan -OH pada C4 O 22 O Ser530 Ligan -OH pada C3 O 19 O His90 Ligan -OH pada C2 O 24 N Arg120 Target -OCH 3 pada C20 O 21 N Arg120 Target -OCH 3 pada C20 O 21 N Ser353 Ligan -OH pada C2 O 24 O Arg120 Target -OAc pada C6 O 18 N Arg120 Target -OAc pada C6 O 18 N Leu352 Ligan -OH pada C2 O 16 O Lue352 Ligan -OH pada C12 O 17 O Tyr385 Target -OAc pada C2 O 10 O Ser530 Target -OAc pada C2 O 10 O His90 Ligan -OH pada C15 O 20 N Arg120 Target -OH pada C1 O 11 N Arg120 Target -OH pada C7 O 12 N Arg120 Ligan -OH pada C1 O 11 N Gln192 Ligan -OH pada C16 O 19 O Tyr355 Ligan -OH pada C7 O 11 O Phe518 Target -OH pada C16 O 19 N His90 Ligan -OH pada C36 O 40 N Arg120 Target -O (piran) O 7 N Arg120 Target -O (piran) O 7 N Ser353 Ligan -OH pada C37 O 39 O Arg513 Target -OH pada C36 O 40 N Val523 Ligan -OH pada C24 O 28 O Ala527 Target -OH pada C24 O 28 N Ser530 Ligan -OH pada C23 O 27 O Tyr355 Ligan -OH pada C15 O 1 O Tyr385 Ligan -OH pada C13 O 2 O Met522 Ligan -OH pada C9 O 4 O Ser530 Ligan -OH pada C13 O 2 O Gln192 Ligan -OH pada C2 O 18 O Tyr385 Ligan -OH pada C16 O 12 O Phe518 Target -OH pada C2 O 18 N Gly526 Ligan -OH pada C15 O 11 O Ser530 Ligan -OH pada C16 O 12 O

7 Mukhtasyam Zukhrullah, Kajian Beberapa Senyawa Antiinflamasi : Docking Terhadap COX-2 secara in silico 43 No. Nama senyawa Ikatan Hidrogen ( Å) Asam Amino Donor Gugus yang terikat ligan Atom ID residu Energi ikatan Energi ikatan (Kkal/mol) Total energi (ΔG) 10 Barbaloin 11 Kuersetin 12 Pisalin 13 Lucidon 14 Diosgenin 15 Mollugin 16 Chrysin 17 Sedanoline Arg120 Target -OH pada C16 O 6 N Arg120 Target -OAc pada C10 O 5 N Tyr355 Ligan -OH pada C4 O 5 O Tyr355 Ligan -OH pada C4 O 7 O Tyr385 Ligan -OH pada C20 O 4 O Met522 Ligan -OH pada C22 O 1 O Met522 Ligan -OH pada C19 O 3 O Val523 Ligan -OH pada C23 O 1 O Ala527 Target -OH pada C23 O 1 N Ser530 Ligan -OH pada C20 O 4 O Ser530 Ligan -OH pada C12 O 8 O His90 Ligan -OH pada C13 O 21 N Gln192 Ligan -OH pada C12 O 20 O Phe518 Target -OH pada C12 O 20 N Phe518 Target -OH pada C12 O 20 N Ser530 Ligan -OH pada C8 O 17 O Arg120 Target -OH pada C24 O 9 N Arg120 Target -OH pada C17 O 9 N Tyr355 Target -O (piran) O 5 N Arg513 Ligan -OAc pada C12 H 59 O Val349 Ligan -OH pada C10 O (8) O Ser353 Target -OAc pada C1 O (8) N Met522 Ligan -OH pada C21 O 1 N Arg120 Target -O (piran) O 1 N Arg120 Target -O (piran) O 1 N Trp387 Target -OH pada C27 O 2 N Tyr355 target -OH pada C1 O 18 O Arg120 either -OH pada C1 O 15 N Tyr385 Target -OH pada C13 O 17 O Ser530 Target -OH pada C13 O 17 O Tyr385 Target -OAc pada C8 O 9 O Ser530 Target -OAc pada C8 O 9 O Arg120 Target -OH pada C11 O 26 N Isoliquiritin apioside Tyr385 Ligan -OH pada C31 O 36 O Met522 Ligan -OH pada C21 O 34 O Ala527 Ligan -OH pada C12 O 25 O Ser530 Ligan -OH pada C31 O 36 O Arg120 Target -OH pada C12 O 14 N Arg120 Target -OH pada C12 O 14 N Mangostin-α 20 Mangostin-β Tyr355 Ligan -OH pada C12 O 14 O Tyr385 Ligan -OH pada C8 O 22 O Ser530 Ligan -OH pada C8 O 22 O Tyr355 Ligan -OH pada C1 O 21 O Met522 Ligan -OH pada C14 O 20 O

8 44 Majalah Farmasi dan Farmakologi, Vol. 16, No. 1 Maret 2012, hlm No. Nama senyawa Ikatan Hidrogen ( Å) Asam Amino Donor Gugus yang terikat ligan Atom ID residu Energi ikatan (Kkal/mol) Energi ikatan Arg120 Target -OH pada C11 O 1 O Arg120 Target -OH pada C11 O 1 O Total energi (ΔG) 21 Mangostin-γ 22 Gertanin 23 Emodin Tyr355 Ligan -OH pada C11 O 1 O Tyr385 Ligan -OH pada C3 O 5 O Ser530 Ligan -OH pada C3 O 5 O Arg120 Target -OH pada C4 O 23 N Tyr355 Ligan -OAc pada C8 O 21 O Ser530 Ligan -OH pada C1 O 28 O Arg120 Target -OH pada C1 O 17 N Arg120 Target -OAc pada C7 O 16 N Leu352 Ligan -OH pada C13 O 14 O Tyr355 Ligan -OH pada C5 O 19 O DAFTAR PUSTAKA 1. Ganiswarna, S.G., 2007, Farmakologi dan Terapi. ed. 7. Universitas Indonesia Press. Jakarta, hal Zullies, I., Agung, E.N., dan Widyah, A., Penekanan Ekspresi Enzim COX-2 pada Kultur Sel Raji oleh Ekstrak Kloroform Daun Cangkring (Erythrinafusca Lour.), Fakultas Farmasi Universitas Gadjah Mada. Yogyakarta. 17 (2). hal Gehan, H.H., Ghaneya, S.H., Nahla, A.F., and Amal, Y., 2011, Design, Synthesis, and Docking Studies of Novel Diarylpyrazoline and Diarylsoxazoline Derivatives of Expected Antiinflammatory, and Analgesic Activities. Life Science Journal. Vol 8(1).pp Quinion, M., 2011, World Wide Words : In Silico. [Serial on the internet] Available from: s/ww-ins1.html.accessed at 1 May Kroemer R.T., 2003, Molecular Modelling Probes : Docking and Scoring. J. Biochemical Society, 31(5). pp Shoichet, B.K., 2004, Virtual screening of Chemical Libraries. Nature. Vol.432. pp Schapira, M., et al., 2003, Making virtual screening a reality. PNAS. Vol. 100.pp Bissantz, C., Folkers, G., Rognan, D., 2000, Protein-based virtual screening of chemical databases. Evaluation of different docking/ scoring combination. J. Med. Chem. Vol. 43. pp Barnard, M.J., and Drowns, M.G., 1998, Modelling scene illumination colour for computer vision and image reproduction: A survey of computational approach. J. Chem. Inf. Comput. Sci. Vol. 38. pp Bender, A., and Glen, C.R., 2005, A discussion of measure of enrichment in virtual screening: Comparing the information content of descriptors with increasing levels of sophistication. J. Chem. Inf. Model Vol 45. pp Kurumbail, R.G., et al.,1996, Cyclooxygenase-2 (Prostaglandin Synthase-2 Complexed with a Selective Inhibittor), SC-558 IN I222 Space Goup Available from: pdb/explore/explore.do?structureid=6cox Accessed at 1 may Prasojo, S.L., et al., 2010, Docking of 1-phenilsulfonamide-3-trifluoromethyl-5-parabromophenyl-pyrazole to cyclooxygenase-2 using PLANTS. Indo J. chem. Vol 10 (3). pp Jutti, L., As ari N., Abdul, M., and Slamet, I., 2010, Andrograpolide Inhibits COX-2 Expression in Human Fibroblast Cell Due to its Interaction with Arginine and Histidine in Cyclooxygenase Site. Asian Network For Scientific Information. Indonesia. Vol. 10.pp Bissantz, C., et al., 2010, A Medicinal Chemist s Guide to Molecular Interactions. J. Med. Chem XXXX, XXX,