PERBANDINGAN PENAMPILAN DIAGNOSTIK PEMERIKSAAN TUBERCULOSIS ANTIGEN RAPID TEST KIT ANTARA SPUTUM DAN SERUM PASIEN TUBERKULOSIS PARU TESIS

Transkripsi

1 PERBANDINGAN PENAMPILAN DIAGNOSTIK PEMERIKSAAN TUBERCULOSIS ANTIGEN RAPID TEST KIT ANTARA SPUTUM DAN SERUM PASIEN TUBERKULOSIS PARU TESIS Untuk Memenuhi Sebagian Persyaratan Mencapai Derajat Magister Program Studi Magister Kedokteran Keluarga Minat Utama: Ilmu Biomedik Patologi Klinik Oleh Selvi Liemena NIM: S PROGRAM PASCASARJANA UNIVERSITAS SEBELAS MARET SURAKARTA 2014

2

3

4

5 KATA PENGANTAR Segala puji syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas petunjuk dan rahmat serta karunia yang diberikan, sehingga penulis dapat menyelesaikan Usulan Tesis dengan judul Perbandingan penampilan diagnostik TBAg rapid test kit antara sputum dan serum pasien tuberkulosis paru. Usulan Tesis ini dimaksudkan sebagai rancangan penelitian yang akan dilanjutkan dengan kegiatan penelitian. Penelitian merupakan salah satu persyaratan untuk mencapai derajat magister. Atas kesempatan, bantuan, motivasi dan bimbingan yang diberikan kepada penulis, maka pada kesempatan ini penulis ingin mengucapkan terima kasih sebesar-besarnya kepada yang terhormat: 1. Prof. Dr. Ravik Karsidi, MS., selaku Rektor Universitas Sebelas Maret Surakarta, yang telah memberikan kesempatan kepada penulis utnuk mengikuti Program Magister pada Program Pascasarjana Universitas Sebelas Maret. 2. Prof. Dr. Ahmad Yunus, Ir., M.S., selaku Direktur Program Pascasarjana Universitas Sebelas Maret Surakarta, yang telah memberikan fasilitas kepada penulis dalam menyelesaikan studi. 3. Dr. Hari Wujoso, dr, SpF, MM., selaku Ketua Program Studi Magister Kedokteran Keluarga Universitas sebelas Maret, yang telah banyak memberikan fasilitas serta kebijaksanaan dalam proses pendidikan. 4. Prof. Dr. Zainal Arifin Adnan, dr, SpPD-KR, FINASIM., selaku Dekan Fakultas Kedokteran Universitas commit Sebelas to user Maret Surakarta, yang telah

6 memberikan kesempatan kepada penulis untuk mengikuti Program Magister pada Program Pasca Sarjana Universitas Sebelas Maret. 5. Dr Sigit Priohutomo., MPH., selaku Direktur BBKPM Surakarta, yang telah memberikan kesempatan kepada penulis untuk melakukan penelitian di lingkungan BBKPM Surakarta. 6. Prof. Dr. Didik Tamtomo, dr., MM., M.Kes., PAK., selaku Pembimbing I penulis, yang telah memberikan bimbingan dengan penuh kesabaran sehingga penulis dapat menyelesaikan tesis ini. 7. B. Rina A. Sidharta, dr, SpPK-K., selaku Kepala Instalasi Laboratorium Patologi Klinik RSUD Dr. Moewardi Surakarta dan Pembimbing II penulis yang telah memberikan banyak fasilitas dan motivasi serta bimbingannya selama penyelesaian tesis ini. 8. Prof. Dr. JB. Suparyatmo, dr, SpPK-K., selaku Guru Besar Patologi Klinik Fakultas Kedokteran UNS/RSUD Dr. Moewardi Surakarta yang selalu memberikan semangat dan motivasi dalam penyelesaian tesis ini. 9. Tahono, dr., SpPK-K.., selaku Kepala Bagian Patologi Klinik dan Kepala Program Studi Patologi Klinik Fakultas Kedokteran UNS, yang selalu memberikan semangat, motivasi dan saran yang berarti dalam penyelesaian tesis ini. 10. Bapak Ibu staf dan dosen serta rekan-rekan PPDS Patologi Klinik Fakultas Kedokteran UNS Surakarta yang telah banyak bekerjasama dan memberikan saran yang berarti.

7 11. Teman-teman analis di Laboratorium Klinik BBKPM Surakarta, yang telah bekerjasama dan memberikan bantuan sehingga terlaksana penelitian ini. 12. Ungkapan rasa terima kasih dan penghargaan yang setinggi-tingginya kepada kedua orangtua penulis papa Denny Liemena dan dan mama Helda Khoeswara yang telah membesarkan, membimbing dan memberikan dukungan penuh sehingga penulis dapat mencapai jenjang pendidikan seperti sekarang ini. 13. Kepada Bapak dan Ibu Mertua serta suami dan anak-anakku tercinta: dr Sony SpAN., M.Kes, yusuf, rio, nanda, dede terimakasih yang tidak ternilai atas doa, pengertian, pengorbanan, kesabaran, kasih sayang selama ini. Kalian selalu menjadi inspirasi dan pemberi semangat dalam segala hal. 14. Kepada semua pasien yang telah bersedia menjadi subyek penelitian tesis ini, yang dengan ikhlas memberikan pengorbanan demi kemajuan ilmu pengetahuan. Penulis menyadari bahwa Tesis ini masih jauh dari sempurna, oleh karena itu besar harapan kami untuk mendapatkan kritik dan saran demi perbaikan sehingga bermanfaat bagi perkembangan keilmuan di bidang Patologi Klinik. Surakarta, Oktober 2014 Penulis Selvi Liemena

8 DAFTAR ISI Halaman Halaman Judul... i Lembar Pengesahan Pembimbing... Lembar Pengesahan Penguji... ii iii Pernyataan Orisinalitas dan Hak Publikasi... iv Kata Pengantar... v Daftar Isi... Daftar Gambar... Daftar Tabel... viii x xi Daftar Singkatan... xii Daftar Lampiran... xiv ABSTRAK... xv ABSTRACT... xvi BAB I PENDAHULUAN... 1 A. Latar Belakang... 1 B. Rumusan Masalah... 6 C. Tujuan Penelitian Tujuan Umum Tujuan Khusus... D. Manfaat Penelitian... 7 BAB II. TINJAUAN PUSTAKA... 8 A. Kajian Teori Definisi Epidemiologi Morfologi dan Struktur Biomolekuler Imunopatogenesa Tuberkulosis Paru i. Tuberkulosis Primer ii. Tuberkulosis Sekunder Gejala Tuberkulosis Diagnosis Tuberkulosis Pemeriksaan Laboratorium A. Kerangka Teori B. Kerangka Konsep C. Hipotesa Penelitian BAB.III METODE PENELITIAN A. Tempat dan Waktu penelitian B. Desain Penelitian C. Populasi, Sampel dan Pengambilan sampel D. Besar Sampel E. Identifikasi Variabel Penelitian F. Definisi Operasional Variabel G. Alur Penelitian H. Prosedur Kerja Laboratorium I. Analisa Statistik J. Etika Penelitian BAB. IV HASIL PENELITIAN DAN commit PEMBAHASAN... to user 47 A. Hasil Penelitian

9 1. Karakteristik Subyek Penelitian Hasil Pemeriksaan Kultur BTA Hasil Pemeriksaan TBAg Rapid Test Kit a) Hasil Pemeriksaan Sampel Sputum TBAg Rapid Test Kit b) Hasil Pemeriksaan Sampel Serum dengan TBAg Rapid Test Kit c) Hasil uji perbedaan pemeriksaan sampel serum dengan TBAg rapid test kit Hasil perbandingan pemeriksaan uji diagnostik antara sampel sputum dan serum pasien tersangka TB paru B. Pembahasan BAB V. SIMPULAN DAN SARAN A. Simpulan B. Saran DAFTAR PUSTAKA LAMPIRAN- LAMPIRAN... 67

10 DAFTAR GAMBAR Gambar 1. Dinding sel Mycobacterium tuberculosis Gambar 2. Sistem sekresi dari lokus RD Gambar 3. Perjalanan infeksi Mycobacterium tuberculosis Gambar 4. Respon imun TB Gambar 5. Kultur Mycobacterium tuberculosis pada media LJ Gambar 6. Kultur Mycobacterium tuberculosis pada media Midlle brook Gambar 7. Kerangka pikir Gambar 8. Kerangka Konsep Gambar 9. Alur penelitian Gambar 10. Hasil pemeriksaan kultur BTA berdasarkan jenis kelamin pasien tersangka TB paru Gambar 11. Hasil pemeriksaan kultur BTA Gambar 12. Hasil pemeriksaan sampel sputum TBAg rapid test kit dengan kultur TB di media LJ pada pasien tersangka TB paru Gambar 13. Hasil pemeriksaan sampel serum TBAg rapid test kit dengan kultur TB pada pasien tersangka TB paru Gambar 14. Perbandingan hasil diagnosa antara sputum dan serum... 53

11 DAFTAR TABEL Tabel 1. Delesi gen pada RD M.Tb complex Tabel 2. Tabel 2x2 penelitian diagnostik Tabel 3. Karakterisitik sampel tersangka TB Tabel 4. Hasil pemeriksaan sampel sputum TBAg rapid test kit dengan Tabel 5. kultur TB di media LJ pada pasien tersangka TB paru Hasil pemeriksaan sampel serum TBAg rapid test kit dengan kultur TB di media LJ pada pasien tersangka TB paru Tabel 6 Hasil uji perbedaan antara sampel sputum dan serum menggunakan TBAg rapid test kit dengan uji Mc Nemar Tabel 7. Uji diagnostik TBAg rapid test kit dengan dengan kultur TB... 53

12 DAFTAR SINGKATAN AIDS APC ATPase BAC BBKPM BCG BTA CD CDC CMI CFP-10 Depkes DNA ELISA ESAT-6 EXS-1 HIV IFN-γ KCN kda LED LJ M.tb MDR-TB MCP-1 MHC NLR MPT-64 NaOH NPV NF-κβ NK-cell ORF OADC PDPI PLR PNB PPV MHC MTSA NK RD RNI SNPs SPS TB TBAg TDM Aquaired immunodeficiency syndrome Antigen-persenting cell Adenosine triphospatase Bacterial artificial chromosomes Balai Besar Kesehatan Paru Masyarakat Bacillus calmette guerin Basil tahan asam Cluster of differences Centers for disease control Cell mediated immunity Culture filtrate protein-10 Departemen Kesehatan Deoxyribonucleat acid Enzyme linked immunosorbent assay Early secreted antigenic target-6 Excretion system-1 Human immunodeficiency virus Interferon gama Kalium cyanida Kilodalton Laju endap darah Lowenstein Jensen Mycobacterium tuberculosis Multidrug resistant-tuberculosis Monocyte chemoatractant protein-1 Major histocompatibility complex Negative predictive value Mycobacterium tuberculosis protein-64 Natrium hidroksida Negative predictive value Nuclear factor kappa beta Natural killer cell Open reading frame Oleic acid, albumin, dextrose and catalase Persatuan Dokter Paru Indonesia Positive likelihood ratio P-nitro benzoic acid Positive predictive value Major histocompatibility complex Mycobacterium tuberculosis secreted antigen Natural killer Region of difference Reactive nitrogen intermediate Single nucleotide polymorphisms Sewaktu-pagi-sewaktu Tuberkulosis Tuberculosis commit antigen to user Trehalose-6,6-dimycolate

13 TGF-β TLR-2 WHO ZN Tumor growth factor-β Tall like receptor-2 World Health Organization Ziehl-Neelsen

14 DAFTAR LAMPIRAN Halaman Lampiran 1 Biodata Lampiran 2 Surat pernyataan persetujuan Lampiran 3 Formulir data subyek penelitian Lampiran 4 Rekapitulasi data subyek penelitian Lampiran 5 Hasil analisis statistik dengan SPSS Lampiran 6 Ethical Clearance penelitian Lampiran 7 Kartu konsultasi tesis... 74

15 Selvi Liemena Perbandingan Penampilan Diagnostik Pemeriksaan Tuberculosis Antigen Rapid Test Kit Antara Sputum Dan Serum Pasien Tuberkulosis Paru. TESIS. Pembimbing I: Prof. Dr. Didik T., dr., MM., M.Kes., PAK, II: B. Rina.A.Sidharta., dr., SpPK-K. Program Studi Magister Kedokteran Keluarga, Minat Utama Ilmu Biomedik, Program Pascasarjana, Universitas Sebelas Maret Surakarta. ABSTRAK Pendahuluan. Tuberkulosis masih merupakan masalah besar dalam dunia kesehatan. Diagnosa yang tepat untuk menemukan kuman Mycobacterium tuberculosis (M.tb) secara dini sangat diperlukan dalam memutus mata rantai penularan. Diagnosis tuberkulosis paru di Indonesia hingga saat ini masih didasarkan pada pemeriksaan mikroskopis basil tahan asam (BTA) dalam sputum serta kultur M.tb pada media Lowenstein Jensen (LJ). Mikroskopis BTA memiliki keterbatasan, Sensitivitas mikroskopis BTA sangat bervariasi serta tergantung pada beban kerja, ketrampilan petugas dalam membaca sediaan. Kultur memerlukan waktu lama yaitu 2 8 minggu. Mycobacterium tuberculosis antigen (TBAg) rapid test kit suatu tes yang cepat, mudah, praktis, dan tidak memerlukan ketrampilan khusus. Tes ini mendeteksi secreted antigen M.tb yang di kode gen RD-1(Region of Difference 1), RD2 dan RD3, dimana regio ini dihilangkan pada semua strain mycobacterium bovis BCG. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui nilai diagnostik TBAg rapid test kit pada sampel sputum dan serum untuk diagnosis tuberkulosis (TB) paru. Metode Penelitian ini menggunakan desain uji diagnostik. Sampel penelitian adalah sputum dan serum dari 50 pasien tersangka TB paru. Penelitian ini menggunakan baku emas kultur M.tb di media LJ. Sampel sputum dan serum tersangka TB paru didapat dari pasien pertama kali berobat dengan gejala TB paru di BBKPM Surakarta. Setiap spesimen dilakukan pemeriksaan TBAg rapid test kit. Hasil Sensitivitas, spesifisitas, positive predictive value (PPV), negative predictive value (NPV), positive likelihood ratio (PLR), negative likelihood ratio (NLR) dan akurasi sampel sputum berturut-turut sebesar 72,2%, 85,71%, 92,86%, 54,55%, 5,06%, 0,32% dan 76%. Sedangkan untuk sampel serum masing-masing sebesar 19,11%, 92,86%, 87,50%, 30,95%, 2,72%, 0,87% dan akurasi 40%. Simpulan Secara umum, deteksi antigen dengan TBAg rapid test kit menggunakan sampel sputum memiliki nilai diagnostik lebih baik daripada sampel serum. Sehingga dapat dipertimbangkan pada unit pelayanan kesehatan yang belum memiliki petugas terlatih untuk pemeriksaan mikrokopis BTA agar dapat menggunakan TBAg rapid test kit untuk membantu diagnosis tuberkulosis paru karena spesifisitas yang cukup baik. Kata kunci : Mikroskopis BTA, TBAg rapid test kit, kultur M.tuberculosis.

16 Selvi Liemena Comparison of Diagnostic Examination appearance Tuberculosis Antigen Rapid Test Kit Between Sputum Tuberculosis And Lung Patient Serum. THESIS. Supervisor I: Prof. Dr. Didik T., dr., MM., M.Kes., PAK, II: B. Rina.A.Sidharta., dr., SpPK-K. Program Study of Family Medical, Post Graduate Program of Sebelas Maret University, Surakarta. ABSTRACT Introduction. Tuberculosis is still a major problem in the health world. Proper diagnosis to find Mycobacterium tuberculosis (M.tb) early is indispensable in breaking the chain of transmission. The diagnosis of pulmonary tuberculosis in Indonesia is still based on microscopic examination of acid fast bacilli (AFB) in sputum and culture in the M.tb media Lowenstein Jensen (LJ). Microscopic smear has limitations, sensitivity and microscopic smear varies greatly depending on the workload, personnel skills in reading preparation. Culture takes a long time is 2-8 weeks. Mycobacterium tuberculosis antigen (TBAg) rapid test kit is a test that is fast, easy, practical, and does not require special skills. This test detects antigens secreted M.tb genes that code RD-1 (Region of Difference 1), RD2 and RD3, where this region is eliminated in all strains of Mycobacterium bovis BCG. This study aims to determine the diagnostic value of a rapid test kit TBAg on sputum and serum samples for the diagnosis of tuberculosis (TB) lung. Method This study used a diagnostic test design. The samples were sputum and serum from 50 patients suspected of TB. This study uses the gold standard culture in the M.tb LJ media. Sputum and serum samples suspected pulmonary tuberculosis obtained from patients treated with the first symptoms of pulmonary TB in BBKPM Surakarta. Each specimen was examined TBAg rapid test kits. Results Sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV), negative predictive value (NPV), positive likelihood ratio (PLR), negative likelihood ratio (NLR) and the accuracy of sputum samples, respectively for 72.2%, 85.71%, 92, 86%, 54.55%, 5.06%, 0.32% and 76%. As for the serum samples respectively by 19.11%, 92.86%, 87.50%, 30.95%, 2.72%, 0.87% and accuracy of 40%. Conclusion In general, antigen detection by rapid test kit TBAg using sputum samples have better diagnostic value than serum samples. So it can be considered in healthcare facilities that do not have trained personnel to mikrokopis smear examination in order to use TBAg rapid test kit to aid in the diagnosis of pulmonary tuberculosis due to a fairly good specificity. Keywords: Microscopic smear, TBAg rapid test kits, culture for M. tuberculosis.