Pusat Penelitian dan Pengembangan Perikanan. Fakultas Perikanan, Universitas Bung Hatta, Padang, Sumatera Barat

dokumen-dokumen yang mirip
VARIASI GENETIK HIBRIDA IKAN GURAME DIANALISIS DENGAN MENGGUNAKAN MARKER RAPD

KARAKTERISTIK FENOTIPE MORFOMERISTIK DAN KERAGAMAN GENOTIPE RAPD (RANDOMLY AMPLIFIED POLYMORPHISM DNA) IKAN NILEM (Osteochilus hasselti) DI JAWA BARAT

PENDAHULUAN. Keragaman genetik ikan endemik butini... (Jefry Jack Mamangkey)

KARAKTERISTIK GENETIK ENAM POPULASI IKAN NILEM (Osteochilus hasselti) DI JAWA BARAT

ANALISIS KERAGAMAN GENETIK BEBERAPA POPULASI IKAN BATAK (Tor soro) DENGAN METODE RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHISM DNA (RAPD) 1

ANALISIS VARIASI GENOTIPE IKAN KELABAU (Osteochilus kelabau) DENGAN METODE MITOKONDRIA-RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM (RFLP)

RAGAM GENOTIPE IKAN TENGADAK, Barbonymus schwanenfeldii (Bleeker 1854) PERSILANGAN POPULASI JAWA DAN KALIMANTAN BERDASARKAN RAPD

VARIASI GENETIK HASIL PERSILANGAN NILA BEST DENGAN RED NIFI DAN NIRWANA MENGGUNAKAN PENANDA RAPD

KARAKTERISTIK FENOTIPE DAN GENOTIPE IKAN GURAMI, Osphronemus goramy, STRAIN GALUNGGUNG HITAM, GALUNGGUNG PUTIH, DAN HIBRIDANYA

II. BAHAN DAN METODE

PENENTUAN VARIASI GENETIK IKAN BATAK (Tor soro) DARI SUMATERA UTARA DENGAN METODE ANALISIS RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHISM DNA (RAPD)

Irin Iriana Kusmini, Rudy Gustiano, dan Mulyasari. Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar Jl. Raya Sempur No. 1, Bogor

BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang

BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang

3. METODE PENELITIAN

EVALUASI RAGAM GENETIK IKAN NILA HASIL SELEKSI BEST F4, F5 DAN NIRWANA II BERDASARKAN ANALISIS RAPD DAN TRUSS MORFOMETRIK PENI PITRIANI

KARAKTERISASI FENOTIPE DAN GENOTIPE TIGA POPULASI IKAN TENGADAK, Barbonymus schwanenfeldii

Mahasiswa Pascasarjana Institut Pertanian Bogor 2 Departemen Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor

Loka Riset Pemuliaan dan Teknologi Budidaya Perikanana Air Tawar Jl. Raya Sukamandi No. 2, Subang

PENENTUAN VARIASI GENETIK IKAN BATAK (Tor soro) DARI SUMATERA UTARA DAN JAWA BARAT DENGAN METODE ANALISIS RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHISM DNA (RAPD)

III. HASIL DAN PEMBAHASAN

SKRIPSI. Oleh: ROSLINA HULU / AGROEKOTEKNOLOGI-BPP

II. BAHAN DAN METODE. Betina BEST BB NB RB. Nirwana BN NN RN. Red NIFI BR NR RR

BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang

BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang

EVALUASI VARIASI GENETIK TIGA RAS IKAN GURAME (Osphronemus gouramy) DENGAN MENGGUNAKAN ISOZYME

KEPUTUSAN MENTERI KELAUTAN DAN PERIKANAN REPUBLIK INDONESIA NOMOR /KEPMEN-KP/2017 TENTANG PELEPASAN IKAN GURAMI (OSPHRONEMUS GORAMY) SAGO

III. HASIL DAN PEMBAHASAN M

Keragaman genotipe dan morfometrik ikan tengadak Barbonymus schwanenfeldii (Bleeker 1854) asal Sumatera, Jawa, dan Kalimantan

KARAKTERISTIK GENOTIPE HIBRIDA HUNA BIRU (Cherax albertisii) DENGAN HUNA CAPITMERAH (Cherax quadricarinatus)

Otong Zenal Arifin, Estu Nugroho dan Rudhy Gustiano Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar Jl. Sempur No. 1, Bogor

SKRIPSI. ANALISIS POPULASI GENETIK PASAK BUMI (Eurycoma longifolia Jack) BERDASARKAN PENANDA RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

GAMBARAN RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM (RFLP) GEN SITOKROM b DNA MITOKONDRIA DARI SEMBILAN SPESIES IKAN AIR TAWAR KONSUMSI DENNY SAPUTRA

Irin Iriana KusminiEs*, Rudy Gustiano dan Mulyasari Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar Jin Sempur No. 1,16154 *

TINJAUAN PUSTAKA Sapi Lokal Kalimantan Tengah

PENGARUH PERBEDAAN SUHU TERHADAP KELANGSUNGAN HIDUP DAN PERTUMBUHAN BENIH IKAN BUJUK (Channa lucius Cuvier)

VARIASI GENETIK TIGA POPULASI IKAN NILA (Oreochromis niloticus) BERDASARKAN POLIMORFISME mt-dna

Keragaman Molekuler pada Tanaman Lili Hujan (Zephyranthes spp.) Molecular Variance in Rain Lily (Zephyranthes spp.)

ANALISIS RAGAM GENOTIP RAPD DAN FENOTIP TRUSS MORFOMETRIK TIGA POPULASI IKAN GABUS Channa striata (Bloch, 1793) TIA OKTAVIANI

KERAGAMAN GENETIK POPULASI INDUK ABALONE (Haliotis diversicolor) ASAL SELAT BALI DENGAN MENGGUNAKAN PENANDA Random Amplified Polimorphic DNA (RAPD)

ANALISIS KERAGAMAN GENETIK MUTAN JARAK PAGAR (Jatropha curcas L.) HASIL PERLAKUAN MUTAGEN KOLKISIN BERDASARKAN PENANDA MOLEKULER RAPD

BAB I PENDAHULUAN. A. Latar Belakang. terbesar di seluruh dunia. Nenek moyang ikan mas diduga berasal dari Laut Kaspia

BAB I PENDAHULUAN. 1.1 Latar Belakang

KERAGAMAN GENOTIPE TIGA GENERASI IKAN RAINBOW KURUMOI (Melanotaenia parva) HASIL DOMESTIKASI BERDASARKAN RAPD

ABSTRAK Polimorfisme suatu lokus pada suatu populasi penting diketahui untuk dapat melihat keadaan dari suatu populasi dalam keadaan aman atau

PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang

KERAGAMAN GENETIK IKAN KELABAU PADI (Osteochilus schlegeli Blkr) ASAL PERAIRAN UMUM KALIMANTAN BARAT BERDASARKAN ANALISIS KARAKTER MORFOMETRIK

BAB I PENDAHULUAN. Ikan merupakan salah satu makanan yang memiliki nilai gizi yang baik bagi

HERITABILITAS, RESPON SELEKSI DAN GENOTIP DENGAN RAPD PADA IKAN NILA F3 (Oreochromis niloticus)

BAB I PENDAHULUAN. A. Latar Belakang. Ikan lele merupakan salah satu jenis ikan air tawar yang memiliki 3 pasang

III. HASIL DAN PEMBAHASAN

ESTIMASI HERITABILITAS DAN RESPONS SELEKSI PERSILANGAN IKAN GURAMI (Osphronemus goramy Lac.)

TINJAUAN PUSTAKA Ikan Nilem

PENDAHULUAN. Kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) merupakan salah satu komoditas

Evaluasi Pertumbuhan Empat Populasi Ikan Nila (Oreochromis niloticus) di Kolam Percobaan Cijeruk, Bogor


HASIL DAN PEMBAHASAN

KERAGAMAN MORFOLOGI UDANG PAMA (Penaeus semisulcatus) DARI PERAIRAN SULAWESI SELATAN DAN SULAWESI TENGGARA

POLIMORFISME LOKUS MIKROSATELIT D10S1432 PADA POPULASI MONYET EKOR PANJANG DI SANGEH

BAB I PENDAHULUAN. Udang merupakan komoditas unggul Indonesia. Udang windu (Penaeus

DAFTAR ISI ABSTRAK KATA PENGANTAR. DAFTAR GAMBAR DAFTAR LAMPIRAN.

KARAKTERISASI RAGAM GENETIK IKAN SEPAT (Trichogaster pectoralis) BERDASARKAN ANALISIS RAPD (RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA) DAN MORFOMETRIK

HASIL DAN PEMBAHASAN. Gambar 4. Hasil Amplifikasi Gen FSHR Alu-1pada gel agarose 1,5%.

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4

KARAKTERISIK FENOTIP MORFOMETRIK DAN GENOTIP RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) IKAN BETOK Anabas testudineus (Bloch, 1792) ULFAH FAYUMI

BAB I PENDAHULUAN. Indonesia merupakan negara mega biodiversitas karena memiliki

I. PENDAHULUAN. Jenis kelamin menjadi salah satu studi genetik yang menarik pada tanaman

HASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Gen GH Exon 2

KERAGAMAN GENETIK AREN ASAL SULAWESI TENGGARA BERDASARKAN MARKA RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA

KERAGAAN PERTUMBUHAN BENIH IKAN MAS (Cyprinus carpio) STRAIN MAJALAYA, LOKAL BOGOR DAN RAJADANU DI KOLAM CIJERUK, BOGOR-JAWA BARAT

MATERI DAN METODE Waktu dan Tempat Materi Sapi Perah FH

BAB I PENDAHULUAN. negara kepulauan yang terdiri dari tujuh belas ribu pulau. Pulau yang satu dengan

HASIL DAN PEMBAHASAN

PENGANTAR. Latar Belakang. Itik yang dikenal saat ini adalah hasil penjinakan itik liar (Anas Boscha atau

KEPUTUSAN MENTERI KELAUTAN DAN PERIKANAN REPUBLIK INDONESIA NOMOR /KEPMEN-KP/2017 TENTANG PELEPASAN IKAN GURAMI (OSPHRONEMUS GORAMY) GALUNGGUNG SUPER

JMHT Vol. XV, (3): , Desember 2009 Artikel Ilmiah ISSN:

BAB I PENDAHULUAN. Indonesia merupakan salah satu negara tropis dan diketahui memiliki level

KERAGAMAN TIGA POPULASI IKAN TAMBAKAN (Helostoma temminckii) DENGAN METODE RAPD (RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA) DAN KARAKTER MORFOMETRIK

SKRIPSI OLEH : HERMANYANTO LAIA / PEMULIAAN TANAMAN PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA 2017

Lies Setijaningsih, Otong ZenaiArifin, dan Rudhy Gustiano Balai Riset Perikanan BudidayaAir Tawar, Bogor

I. PEMBAHASAN. Hasil Uji Kuantitatif dan Kualitatif DNA. menggunakan teknik elektroforesis gel agarosa konsentrasi 1% pada tangki berisi

KERAGAMAN GENETIK KAMBING BOER BERDASARKAN ANALISIS SEKUEN DNA MITOKONDRIA BAGIAN D-LOOP. Skripsi

KARAKTERISASI EMPAT POPULASI IKAN GURAMI (Osphronemus goramy Lac.) DAN PERSILANGANNYA BERDASARKAN METODE TRUSS MORFOMETRIKS

KARAKTERISASI MORFOLOGI KETURUNAN PERTAMA IKAN NILA (Oreochromis niloticus) GET DAN GIFT BERDASARKAN METODE TRUSS MORPHOMETRICS

Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria

I. PENDAHULUAN. Management of Farm Animal Genetic Resources. Tujuannya untuk melindungi dan

PENGARUH PERSILANGAN IKAN NILA (Oreochromis niloticus) STRAIN GIFT DENGAN STRAIN NIFI TERHADAP NILAI HETEROSIS PANJANG, LEBAR, DAN BERAT BADAN

Jurnal Perikanan (J. Fish. Sci.) IX (1): ISSN:

ANALISIS KERAGAMAN GENETIK KAYU AFRIKA (Maesopsis eminii Engl.) BERDASARKAN PENANDA RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD) YULISTIA WULANDARI

PENGARUH PERSILANGAN IKAN NILA (Oreochromis niloticus) STRAIN GIFT DENGAN STRAIN SLEMAN TERHADAP NILAI HETEROSIS PANJANG, LEBAR, DAN BERAT BADAN

INDUKSI KERAGAMAN GENETIK DENGAN MUTAGEN SINAR GAMMA PADA NENAS SECARA IN VITRO ERNI SUMINAR

Deni Radona dan Nunak Nafiqoh Balai Penelitian dan pengembangan Budidaya Air Tawar, Jl. Sempur No. 1, Bogor

KERAGAMAN Musa acuminata Colla LIAR DENGAN PENDEKATAN MORFOLOGI DAN MOLEKULER

I. PENDAHULUAN. Ikan lele dumbo merupakan komoditas perikanan yang banyak dibudidayakan di air

DAFTAR PUSTAKA. Beaumont AR and Hoare K Biotechnology and Genetics in Fisheries and Aquaculture. Blackwell Science, Ltd, UK.

ANALISIS KERAGAMAN GENETIK KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq) ASAL JAWA BARAT DENGAN PENANDA RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

HASIL DAN PEMBAHASAN

BAB I PENDAHULUAN. Gurame merupakan ikan air tawar yang berada di perairan Indonesia dan

KARAKTERISTIK FENOTIPE MORFOMERISTIK DAN KERAGAMAN GENOTIPE RAPD (RANDOMLY AMPLIFIED POLYMORPHISM DNA) IKAN NILEM (Osteochilus hasselti) DI JAWA BARAT

-2- MEMUTUSKAN: Menetapkan : KEPUTUSAN MENTERI KELAUTAN DAN PERIKANAN TENTANG PELEPASAN IKAN LELE MUTIARA.

Transkripsi:

Tersedia online di: http://ejournal-balitbang.kkp.go.id/index.php/jra EVALUASI KERAGAMAN GENETIK IKAN KALUI (Osphronemus goramy) DARI KABUPATEN LIMA PULUH KOTA, SUMATERA BARAT BERDASARKAN MARKA RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHISM DNA (RAPD) Estu Nugroho *)#, Azrita **), Hafrizal Syandri **), dan Refilza ***) *) Pusat Penelitian dan Pengembangan Perikanan **) Fakultas Perikanan, Universitas Bung Hatta, Padang, Sumatera Barat ***) Dinas Perikanan, Kabupaten Lima Puluh Kota, Sumatera Barat ABSTRAK Ikan kalui merupakan nama lokal dari ikan gurami di Kabupaten Lima Puluh Kota, Sumatera Barat termasuk jenis ikan ekonomis tinggi. Terdapat lima strain ikan kalui yang tersebar di pembudidaya, yaitu Tambago, Palapah, Krista, Jepun, dan Merah. Penelitian ini dilakukan untuk mengamati keragaman genetik strain ikan kalui atau gurami dengan menggunakan penanda RAPD. Sebanyak 50 sampel DNA ikan kalui diekstraksi dari sirip dan diamplifikasi secara random dengan menggunakan empat primer terbaik dari 20 primer OPA yaitu OPA-02, OPA-04, OPA-06, dan OPA-07. Hasil menunjukkan bahwa perbedaan yang nyata secara genetik hanya terdapat antara strain ikan kalui Merah dengan Tambago dan Krista. Variasi genetik tertinggi diamati pada ikan kalui strain Krista dengan nilai heterogenitas 0,1756 kemudian diikuti berturut-turut oleh strain Merah (0,1735), Palapah (0,1480), Jepun (0,0594), dan Tambago (0,0203). Jarak rata-rata Nei genetik adalah 0,407; dengan nilai terendah yang teramati antara strain Tambago dan Palapah. KATA KUNCI: ABSTRACT: kalui; RAPD; keragaman genetik Evaluation of genetic divergence of kalui fish (Osphronemus goramy) strains from West Sumatra revealed by random amplified polymorphism DNA (RAPD) marker. By. Estu Nugroho, Azrita, Hafrizal Syandri, and Refilza Kalui is a local name of giant gouramy fish in West Sumatera Province that categorized as an high economically fish. Five strains of Kalui are distributed to farmers i.e. Tambago, Palapah, Krista, Jepun, and Merah. This research was conducted to observe the genetic variation of Kalui strains using RAPD marker. A total of 50 samples of whole DNA was extracted from Kalui-giant gouramy finclip and randomly amplified using four of the best 20 primers (OPA i.e. OPA-02, OPA-04, OPA-06, and OPA-07). The results showed that Significant genetic differences were only observed between strain Merah-Tambago and Merah-Krista. The highest variability was observed in Krista with heterogeneity value of 0.1735 followed by Merah (0.1735), Palapah (0.1480), Jepun (0.0594), and Tambago (0.0203). The average Nei genetic distance was 0.407, with the lowest was observed between Tambago and Palapah. KEYWORDS: kalui; genetic variation; RAPD PENDAHULUAN Ikan gurami (Osphronemus goramy) merupakan salah satu jenis komoditas ikan air tawar yang bernilai ekonomis tinggi di Indonesia. Penyebaran ikan ini meliputi daerah yang cukup luas yaitu mulai dari Sumatera Barat, Jambi, Jawa Barat, Jawa Tengah, Jogjakarta, Jawa Timur, serta Kalimantan Barat dan # Korespondensi: Pusat Penelitian dan Pengembangan Perikanan Gedung Balitbang KP II, Jl. Pasir Putih II, Ancol Timur 14430, Jakarta, Indonesia. Tel. + (021) 64700928 E-mail: engroho@yahoo.com Kalimantan Selatan. Ikan ini dikenal dengan nama lokal ikan kalui di daerah Sumatera Barat (Anonim, 2002). Beberapa strain ikan kalui yang ada di daerah Kabupaten Lima Puluh Kota, Sumatera Barat, khususnya di Kecamatan Luak, Larek Sago Halaban, dan Suliki adalah Tambago, Palapah, Krista, Jepun, dan Merah. Berdasarkan morfologi dengan menggunakan teknik truss-morfometrik (Azrita & Syandri, 2015) telah mengelompokkan strain-strain tersebut menjadi tiga kelompok besar yaitu kalui Merah, kalui Krista, dan kalui Palapah-Tambago-Jepun. Perbedaan Copyright @ 2016, Jurnal Riset Akuakultur (JRA), p-issn 1907-6754, e-issn 2502-6534 313

Evaluasi keragaman genetik ikan kalui (Osphronemus goramy) dari... (Estu Nugroho) morfologi pada ikan kalui strain yang lain seperti Soang, Bastar, dan Blusafir juga telah didapatkan oleh Nugroho et al. (1993). Namun perbedaan morfologi belum dapat dideteksi kaitannya secara genetik dengan menggunakan metode enzimatis (Nugroho & Kusmini, 2007). Serangkaian kegiatan penelitian identifikasi strain ikan kalui di Indonesia telah dilakukan, di antaranya analisis morfometrik (Soewardi et al., 1995; Suseno et al., 2000; Kusmini et al., 2000), trussmorfometrik (Setijaningsih et al., 2007), biokimia (Soewardi, 1995) dan DNA (Nugroho et al., 2013; Nugroho, 2013). Penggunaan marka DNA dalam analisis variasi genetik dan identifikasi jenis strain mempunyai kelebihan di antaranya sensitivitas dan keakuratan yang lebih baik dibandingkan metode isozyme dalam membantu mengetahui potensi-potensi genetik dan mengevaluasi fitness individu jangka pendek dan sintasan suatu populasi untuk jangka panjang (Ferguson et al., 1995), yang mungkin dapat dimanfaatkan dalam pembuatan jenis strain unggul ikan gurami melalui program pemuliaan yang tepat dalam tahapan berikutnya. Dari sejumlah marka DNA yang digunakan, RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) telah banyak diterapkan pada kajian diversitas genetik pada ikan, antara lain ikan lele Afrika (Ikpeme et al., 2015; Rashid et al., 2012), ikan mas India (Rahman et al., 2009) dan ikan gurami Indonesia (Nugroho, 2013). Marka ini merupakan marka dominan dan dapat menjaring jumlah lokus yang banyak tanpa memerlukan informasi awal sekuens DNA yang dianalisis (Theodorakis & Bickham, 2004). Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi keragaman secara genetis lima strain ikan kalui Tambago, Palapah, Krista, Jepun, dan Merah dengan menggunakan marka RAPD. BAHAN DAN METODE Ikan Uji Ikan uji yang digunakan dalam penelitian ini adalah ikan kalui yang berasal dari Kabupaten Lima Puluh Kota, Sumatera Barat. Adapun strain ikan kalui yang digunakan adalah Tambago, Palapah, Krista, Jepun, dan Merah (Gambar 1). Jumlah sampel yang digunakan untuk setiap strain adalah 10 ekor. Amplifikasi DNA DNA ikan diekstraksi dari potongan sirip dengan menggunakan metode phenol-chloroform (Nugroho, 1997) dan dimurnikan hasilnya dengan penambahan RNase dilakukan ke dalam tube berisi DNA dan diinkubasikan selama 24 jam pada suhu 37 C untuk mendigesti RNA yang masih ada dalam larutan DNA (Lia, 2006). Untuk mendapatkan primer yang mempunyai produk amplifikasi yang sesuai dengan DNA ikan kalui dilakukan dengan penyeleksian primer. Pengamplifikasian dilakukan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan komposisi reaksi yang terdiri atas: 10 µg DNA, 10 pmol setiap primer dan pure Taq DNA (Promega) dengan total volume keseluruhannya 25 µl. Siklus PCR yang digunakan dalam amplifikasi adalah satu siklus predenaturasi pada suhu 94 C selama dua menit. Sebanyak 35 siklus penggandaan yang terdiri atas 94 C selama satu menit, 36 C selama satu menit dan 72 C selama 2,5 menit. Selanjutnya satu siklus terakhir pada suhu 72 C selama 10 menit. Hasil amplifikasi kemudian dipisahkan secara elektroforesis dengan menggunakan gel agarose 2%-3% dalam bufer Tris-Boric-EDTA (TBE) dan diamati dengan illuminator (UV), serta dicetak gambarnya dengan polaroid. Analisis Data Untuk mengevaluasi variasi DNA antar ras ikan kalui dilakukan dengan menggunakan analisis molekuler varians (AMOVA) dan Fst dalam program TFPGA (Miller, 1997). Kekerabatan antar strain dianalisis dengan menggunakan Jarak Genetik Nei (Nei, 1972). HASIL DAN BAHASAN Dari 20 primer OPA yang telah dicoba, tidak semuanya dapat menunjukkan hasil amplifikasi. Empat primer di antaranya mempunyai produk amplifikasi yaitu OPA-2, OPA-4, OPA-6, dan OPA-7. Hal ini sesuai dengan hasil penelitian Lia (2006). Panjang pita yang dihasilkan mempunyai ukuran mulai 300 bp hingga 2.000 bp. Salah satu hasil amplifikasi dengan primer OPA-2 terlihat pada Gambar 2. Keragaman genetik ditentukan oleh nilai heterozigositas dan persentase polimorfisme. Secara umum strain ikan kalui asal Kabupaten Lima Puluh Kota yang diteliti mempunyai nilai heterozigositas berkisar antara 0,0203 hingga 0,1756; dengan nilai tertinggi terdapat pada strain Krista (0,1756); kemudian diikuti oleh strain Merah (0,1735); strain Palapah (0,1480); strain Jepun (0,0594); dan strain Tambago (0,0203). Persentase polimorfisme berkisar antara 9,67%-41,93%; dengan nilai tertinggi pada strain Krista sedangkan terendah pada strain Tambago (Tabel 1). Nilai keragaman hasil penelitian ini lebih rendah jika dibandingkan dengan beberapa strain ikan kalui di daerah Parung, Bogor, Jawa Barat yaitu strain Bastar (0,2360); Paris (0,2832); dan Bluesafir (0,3050) yang 314 Copyright @ 2016, Jurnal Riset Akuakultur (JRA), p-issn 1907-6754, e-issn 2502-6534

Strain Tambago Strain Palapah Strain Merah Strain Jepun Strain Krista Gambar 1. Figure 1. Strain ikan kalui di Sumatera Barat Strain of kalui fish at West Sumatra Jepun M Merah M Krista Tembago M Palapah Keterangan (Note): M= marker 100 bp ladder Gambar 2. Figure 2. Fragmen hasil amplifikasi PCR-RAPD ikan kalui dengan menggunakan primer OPA-2 Fragment patterns of PCR-RAPD product of kalui fish using primer OPA-2 Copyright @ 2016, Jurnal Riset Akuakultur (JRA), p-issn 1907-6754, e-issn 2502-6534 315

Evaluasi keragaman genetik ikan kalui (Osphronemus goramy) dari... (Estu Nugroho) Tabel 1. Table 1. Variasi genetik pada beberapa strain ikan kalui (Osphronemus goramy) Genetic variation of kalui fish (Osphronemus goramy) Parameter Parameters Jumlah sampel Number of sample Heterozigositas Heterozygosity Persentase polimorfisme Percentage polymorphisme Ikan kalui (Strain) Jepun Merah Krista Tambago Palapah 10 10 10 10 10 0.0594 0.1735 0.1756 0.0203 0.1480 12.90 35.48 41.93 9.67 35.48 diperoleh Nugroho (2013) dengan metode yang sama, serta hasil dari Lia (2006) yang mendapatkan keragaman rata-rata ikan kalui strain Bluesafir sebesar 0,31. Rendahnya variasi genetik beberapa strain ikan kalui asal Kecamatan Luak Kabupaten Lima Puluh Kota disebabkan karena sudah terjadi proses perkawinan silang dalam (inbreeding) pada strain-strain ikan kalui yang sudah berlangsung cukup lama di tingkat pembudidaya ikan dan belum dilakukan pemuliaan induk. Lebih lanjut dapat dikemukakan bahwa nilai variasi genetik yang paling rendah di antara lima strain ikan kalui adalah strain Tambago (0,0203). Hal ini akibat induk strain Tambago seringkali digunakan oleh pembenih dalam proses pemijahan untuk memproduksi benih. Menurut keterangan beberapa orang pembenih ikan di Nagari Mungo, bahwa strain Tambago merupakan induk yang sering digunakan dalam memproduksi anak ikan kalui karena diminati oleh konsumen. Lain halnya dengan strain Jepun sangat jarang sekali digunakan oleh pembenih untuk pembenihan dengan alasan pertumbuhan sangat lambat, ukurannya kecil dan tidak diminati oleh konsumen. Berdasarkan pengamatan di lapangan, hampir seluruh kegiatan budidaya ikan kalui menggunakan strain Tambago. Sama halnya dengan rendahnya tingkat keragaman strain Bastar dibandingkan dua strain ikan kalui lainnya di daerah Parung, Bogor sebagai akibat dari preferensi masyarakat yang lebih tinggi dalam penggunaan strain Bastar sebagai komoditas budidaya (Nugroho, 2013). Keragaman genetik ikan kalui yang tergolong cukup rendah ini merupakan gambaran umum variasi genetik yang ditemui pada jenis ikan air tawar sebagai akibat keterbatasan migrasi secara alami, seperti misalnya pada ikan garing (Tor sorro) berkisar antara 0,0909-0,1407 (Asih et al., 2008), ikan kelabau (Osteochilus kelabau) berkisar antara 0,0100-0,1651 (Kusmini et al., 2011), ikan bujuk (Channa lucius) berkisar antara 0,2186-0,3668 (Azrita et al., 2011), ikan asang (Osteochilus vittatus) berkisar antara 0,0431-0,1512 (Syandri et al., 2015). Hal serupa juga ditemukan pada ikan baung (Mystus nemurus) (Nugroho et al., 2005), ikan butini (Glossobius matanensis) (Mamangkey et al., 2007), dan ikan mujair (Oreochromis mossambicus) (Arifin & Kurniasih, 2007). Secara statistik dengan menggunakan AMOVA (analysis molecular variance) menunjukkan bahwa sebagian besar menunjukkan tidak terdapat perbedaan yang nyata secara genetik antara strain ikan kalui yang diuji (P>0,05) pada strain Tambago, Palapah, Jepun, dan Krista, sedangkan untuk strain Merah berbeda nyata (P<0,05) (Tabel 2). Hal ini menunjukkan bahwa kemungkinan keempat strain tersebut yaitu Tambago, Palapah, Jepun, dan Krista berasal dari nenek moyang yang sama. Perbedaan yang ada secara fenotipe yaitu berupa warna diduga adalah pengaruh lingkungan. Sementara ikan kalui strain Merah merupakan ikan asli yang berasal dari Kabupaten Lima Puluh Kota karena jenis strain ini tidak dijumpai di luar Kabupaten Lima Puluh Kota. Namun demikian fenomena ini masih memerlukan kajian lebih lanjut. Hasil penghitungan jarak genetik menurut Nei (1972), tertera pada Tabel 3. Jarak genetik rata-rata antara strain ikan kalui adalah sekitar 0,407; dengan nilai terendah terdapat antara strain Tambago dan Palapah. Nilai jarak genetik pada ikan kalui ini relatif setara dibandingkan jarak genetik antara ikan dari populasi yang yang sama, seperti pada ikan kancra (Nugroho et al., 2006). Dendrogram yang dibentuk berdasarkan jarak genetik tersebut menunjukkan bahwa strain Jepun mempunyai jarak lebih dekat dengan Palapah dan Tambago. Strain Krista lebih dekat dengan strain Merah (Gambar 3). Berdasarkan hasil pengamatan di lapangan, ikan kalui strain Tambago dan Palapah mempunyai corak yang serupa, dan yang membedakannya hanya dari warna sisiknya. Ikan kalui strain Tambago 316 Copyright @ 2016, Jurnal Riset Akuakultur (JRA), p-issn 1907-6754, e-issn 2502-6534

Tabel 2. Table 2. Hasil uji Fst berpasangan antar strain ikan kalui Fst pairwise test of kalui fish Strain Jepun Merah Krista Tambago Palapah Jepun ***** Merah 0.1058 ns ***** Krista 0.0051 ns 0.0027 * ***** Tambago 0.0996 ns 0.0266 * 0.6214 ns ***** Palapah 0.2931 ns 0.2283 ns 0.8674 ns 1.000 ns ***** Tabel 3. Table 3. Jarak genetik antar strain ikan kalui Genetic distance among kalui fish Strain Jepun Merah Krista Tambago Palapah Jepun ***** Merah 0.3836 ***** Krista 0.5131 0.4703 ***** Tambago 0.4905 0.4777 0.3976 ***** Palapah 0.4209 0.4112 0.3277 0.1841 ***** mempunyai warna lebih gelap, sedangkan strain Palapah mempunyai warna lebih terang dengan warna sisik lebih keabu-abuan. Hasil ini menunjukkan bahwa kemungkinan kawin silang antar strain yang mempunyai peluang terbaik untuk menghasilkan benih unggul untuk kegiatan budidaya adalah antara strain Palapah dengan Merah atau Merah dengan Krista. Dari hasil analisis molekuler DNA dan karakter morfometrik (Azrita & Syandri, 2015) ikan kalui yang terdapat di pembudidaya di Kabupaten Lima Puluh Kota dapat dinyatakan bahwa lima strain ikan kalui yang ditemukan secara sistematika (kategori pedigri) tidak merupakan spesies yang berbeda. Namun perbedaan hanya merupakan kategori strain-strain sebagai berikut yaitu strain Tambago, Palapah, Merah, Jepun, dan Krista yang merupakan hasil silang perkawinan antar strain yang dilakukan oleh pembenih ikan. Hal yang sama juga terdapat di wilayah pembenihan ikan kalui di 0.5000 0.4000 0.3000 0.2000 0.1000 0.0000 Tambago Palapah Jepun Krista Merah Gambar 3. Figure 3. Dendrogram jarak genetik Nei (1972) antar strain ikan kalui Dendrogram based on Nei genetic distance of kalui fish Copyright @ 2016, Jurnal Riset Akuakultur (JRA), p-issn 1907-6754, e-issn 2502-6534 317

Evaluasi keragaman genetik ikan kalui (Osphronemus goramy) dari... (Estu Nugroho) Provinsi Jawa Barat yang terdiri atas strain Soang, Jepang, Paris, Bastar, dan Porselen (Suseno et al., 2000; Sudarto, 1989). Menurut Nugroho (2013), bahwa pada pengujian variasi genetik strain Bastar, Bule, dan Bluesafir yang dikoleksi dari daerah Parung, Jawa Barat menunjukkan bahwa tidak terdapat perbedaan yang nyata di antara ketiga strain tersebut. KESIMPULAN Perbedaan yang nyata secara genetik hanya terdapat antara strain ikan kalui Merah dengan Tambago dan Krista. Terdapat variasi genetik dari lima strain ikan kalui. Variasi genetik tertinggi diamati pada ikan kalui strain Krista dengan nilai heterogenitas 0,1756 kemudian diikuti oleh strain Merah (0,1735); Palapah (0,1480); Jepun (0,0594); dan Tambago (0,0203). Jarak rata-rata Nei genetik adalah 0,407; dengan nilai terendah yang teramati antara strain Tambago dan Palapah. UCAPAN TERIMA KASIH Penulis mengucapkan terima kasih kepada Dinas Perikanan Kabupaten Lima Puluh Kota, Sumatera Barat dan Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Tawar, Bogor atas terlaksananya kegiatan ini. Terima kasih juga disampaikan kepada Sri Sundari (BPPBAT) atas bantuan dalam pelaksanaan analisis. DAFTAR ACUAN Anonim. (2002). Budidaya ikan gurami (Osphronemus gouramy). Wanritek. Teknologi Tepat Guna. Menteri Negara Riset dan Teknologi. Arifin, O.Z., & Kurniasih, T. (2007). Variasi genetik tiga populasi ikan nila (Oreochromis niloticus) berdasarkan polimorfisme mt-dna. J. Ris. Akuakultur, 2(1), 67-75. Asih, S., Nugroho, E., Kristanto, A.H., & Mulyasari. (2008). Penentuan variasi genetik ikan batak (Tor sorro) dari Sumatera Utara dan Jawa Barat dengan metode RAPD. J. Ris. Akuakultur, 3(1), 91-97. Azrita, Syandri, H., Nugroho, E., Dahelmi, & Syaifullah. (2011). Variasi genetik ikan bujuk (Channa lucius) berdasarkan RAPD dari Sumatera Barat, Jambi dan Riau. Berita Biologi, 10(5), 675-680. Azrita, & Syandri, H. (2015). Morphological character among five strains of giant gourami, Osphronemuous gorami Lac 1801. Using a truss morphometric system. International Journal of Fisheries and Aquatic Studies, 6(2), 344-350. Ferguson, A.J., Taggart, B., Prodohl, P.A., Mc.Meel, O., Thompson, C., Stone, C., McGinnity, P., & Hynes, R.A. (1995). The application of molecular markers to the study and conservation of fish population, with special reference to Salmo. Journal of Fish Biology, 47, 103-126. Ikpeme, E.V., Udensi, O.U., Ekaluo, U.B., Kooffreh, M.E., Okolo, C.M., Ekpo, P.B., & Ogbonna, N.C. (2015). Unveiling the genetic diversity in Clarias gariepinus (Burchell, 1822) using random amplified polymorphism DNA (RAPD) fingerprinting technique. Asian Journal of Animal Science, 9(5), 187-197. Kusmini, I.I,, Gustiano, R., & Mulyasari. (2011). Karakterisasi genetik ikan kelabau (Osteochilus kelabau) dari berbagai lokasi di Kalimantan Barat mengunakan metode RAPD. (Random Amplified Polymorphism DNA). Berita Biologi, 10(4), 449-454. Kusmini, I.I., Hadie, L.E., Hadie, W., & Kristanto, A.H. (2000). Karakterisasi dalam karakter fenotipe beberapa ras ikan gurame (Osphoronemus gouramy) yang berpotensi dalam budidaya dengan analisis truss morfometrik. Simposium Nasional Pengelolaan Plasma Nutfah. Komisi Nasional Plasma Nutfah. Bogor, hlm. 614-620. Lia, E. (2006). Analisa keanekaragman genetik ikan gurame (Osphronemus gouramy Lac.) varietas Bluesafir dengan menggunakan metode RAPD. Skripsi. Universitas Pendidikan Indonesia (UPI). Bandung. Mamangkey J.J., Sulistiono, Sjafei, D.S., Soedarma, D., Sukimin, S., & Nugroho, E. (2007). Keragaman genetik ikan endemik Butini ( Glossogobius matanensis) berdasarkan penanda Random Amplified Polymorphism DNA(RAPD) di Danau Towuti, Sulawesi Selatan. J. Ris. Akuakultur, 2(3), 389-397. Miller, M.P. (1997). Tools for population genetic analysis (TFPGA) (version 1.3). A Windows Program for the Analysis of Allozyme and Molecular Population Genetic Data. Department of Biological Sciences, Northern Arizona University, Flagstaff, AZ. Nei, M. (1972). Genetic distance between populations. American Nature, 106, 283-292. Nugroho, E., Satyani, D., & Rusmaedi. (1993). Evaluasi potensi genetik dari beberapa ras gurame. Bulletin Penelitian Perikanan Darat, 12(1), 30-36. Nugroho, E. (1997). Practical manual on detection of DNA Polymorphism in fish population study. Bulletin of Marine Science and Fisheries, 17, 109-129. Nugroho, E., Hadie, W., Subagja, J., & Kurniasih, T. (2005). Variasi genetik dan morfometrik pada ikan baung (Mystus nemurus) dari Jambi, Wonogiri dan Jatiluhur. J. Pen. Perik. Indonesia, 11(7), 1-6. Nugroho, E., Subagja, J., Asih, S., & Kurniasih, T. (2006). Evaluasi keragaman genetik ikan kancra dengan menggunakan marker mtdna D-loop dan Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD). J. Ris. Akuakultur, 1(2), 211-217. 318 Copyright @ 2016, Jurnal Riset Akuakultur (JRA), p-issn 1907-6754, e-issn 2502-6534

Nugroho, E., & Kusmini, I.I. (2007). Evaluasi variasi genetik tiga ras ikan gurame (Osphorenemus gouramy) dengan metode isozyme. J. Ris. Akuakultur, 2(2), 51-57. Nugroho, E. (2013). Genetic variability of giant gouramy strain revealed by random amplified polymorphism DNA. Indonesian Aquaculture Journal, 8(1), 107-111. Nugroho, E., Rahayuni, E., & Hamid, M.A. (2013). Gurame Batang Hari, benarkah strain berbeda?: suatu kajian genetik dengan menggunakan marker DNA. Media Akuakultur, 8(1), 9-12. Rahman, S.M.Z., Khan, M.R., Islam, S., & Alam, M.S. (2009). Genetic variation of wild and hatchery populations of the catla Indian major carp (Catla catla Hamilton 1822: Cypriniformes, Cyprinidae) revealed by RAPD markers. Genetic and Molecular Biology, 32, 197-201. Rashid, J., Tamanna, F.M., Hossain, M.A.R., & Alam, Md.S. (2012). Genetic variation in endagered butter catfish, (Ompok bimaculatus Bloch) population revealed by random amplified polymorphism DNA (RAPD) fingerprinting. International Journal of Biosciences, 2(9), 85-93. Setijaningsih, L., Arifin, O.Z., & Gustiano, R. (2007). Karakterisasi tiga strain ikan gurame (Osphoronemus gouramy) berdasarkan metode truss morfometrik. Jurnal Iktiologi Indonesia, 7(1), 23-30. Soewardi, K. (1995). Karakterisasi popuasi ikan gurame Osphorenemus gouramy Lac dengan metode biokimia. Jurnal Ilmu-Ilmu Perairan dan Perikanan Indonesia, 3(2), 23-31. Soewardi, K, Rachmawati, R., Affandi, R., & Bengen, D.G. (1995). Penelusuran varietas ikan gurame Osphoronemus gouramy Lac berdasarkan penampilan karakter luar. Jurnal Ilmu Ilmu Perairan dan Perikanan Indonesia, 3(2), 31-35. Sudarto. (1989). Porselin, Bluesafir dan Paris yang bertelur. Warta Penelitian dan Pengembangan Pertanian, 11(2), 1-2. Suseno, D., Rusmaedi, Kusmini, I.I., Dharma, L., & Arifin, O.Z. (2000). Karakterisasi morfologi ikan gurame strain Soang dan Paris. Simposium Nasional Pengelolaan Pemuliaan dan Plasma Nutfah. Bogor, hlm. 589-595. Syandri, H., Elfiandri, Azrita, & Junaidi. (2015). Social Status of the Fish-farmers of Floating-net-cages in Lake Maninjau, Indonesia. Journal Aquaculture Research Development, 7, 1-6. Theodorakis, C.W., & Bickham, J.W. (2004). Molecular characterization of contaminant-indicative RAPD markers. Ecotoxicology, 13, 303-309. Copyright @ 2016, Jurnal Riset Akuakultur (JRA), p-issn 1907-6754, e-issn 2502-6534 319