SKRIPSI IDENTIFIKASI KERAGAMAN GEN Growth Hormone PADA DOMBA EKOR TIPIS SUMATERA Oleh: Astri Muliani 11081201226 PROGRAM STUDI PETERNAKAN FAKULTAS PERTANIAN DAN PETERNAKAN UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SULTAN SYARIF KASIM RIAU PEKANBARU 2015
SKRIPSI IDENTIFIKASI KERAGAMAN GEN Growth Hormone PADA DOMBA EKOR TIPIS SUMATERA Oleh: Astri Muliani 11081201226 Diajukan Sebagai Salah Satu Syarat Untuk Mendapatkan Gelar Sarjana Peternakan PROGRAM STUDI PETERNAKAN FAKULTAS PERTANIAN DAN PETERNAKAN UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SULTAN SYARIF KASIM RIAU PEKANBARU 2015
IDENTIFIKASI KERAGAMAN GEN Growth Hormone PADA DOMBA EKOR TIPIS SUMATERA Astri Muliani (11081201226) Dibawah bimbingan Hidayati dan Restu Misrianti INTISARI Gen Growth Hormone merupakan penyandi hormon pertumbuhan yang dihasilkan oleh somatotropin dalam kelenjer hipofisa bagian depan dan memiliki beberapa aktivitas fisiologis. Growt Hormone berperan penting dalam pertumbuhan dan perkembangan setelah kelahiran, pertumbuhan jaringan, laktasi, reproduksi dan metabolisme. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman gen Growth Hormone pada domba ekor tipis Sumatera. Sebanyak 50 sampel DNA domba ekor tipis Sumatera digunakan dalam penelitian ini. Amplifikasi DNA genom menggunakan polymerase chain reaction pada fragmen ekson 5, sebagian intron 4 dengan panjang 365 bp dan metode direct sequenciy digunakan untuk mengidentifikasi keragaman sekuens. Hasil sekuens dianalisis dengan menggunakan software MEGA. 6.0. Sekuens kemudian disejajarkan dengan metode Clustal W dan selanjutnya urutan BLAST diperoleh dari gen BANK X12546 dan DQ 461661.1. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat dua mutasi baru yaitu c.1836 G>C dan c.1887 A>G. Perubahan guanina menjadi sitosina dan perubahan adenina menjadi guanina merupakan non synonymous mutation. Non synonymous mutation merupakan mutasi yang mengakibatkan perubahan asam amino yang disandikan (glutamat menjadi aspartat dan perubahan threonina menjadi alanina). Kata kunci : Growth Hormone, domba ekor tipis, PCR, sekuensing, keragaman
THE POLYMORPHISM OF Growth Hormone GENE ON SUMATRA THIN-TAILED SHEEPS Astri Muliani (11081201226) Under supervision by Hidayati and Restu Misrianti. ABSTRACT Growth Hormone is a hormone produced by the somatotropin in the front side of pituitary gland and have some physiological activity. The GH plays an important role in postnatal growth and development, tissue growth, lactation, reproduction and metabolism. This research aimed to identify polymorphism of Growth Hormone gene on sumatra thin-tailed sheep. A total of 50 genomic DNA of sumatera thin tail sheeps were used in this research. Polymerase chain reaction was used to amplify genomic DNA for exon 5 intron 4 (365 bp) and direct sequencing method was used to identify polymorphism sequences. Then, the sequences were analyzed with MEGA 6.0 software. The BLAST sequence was obtained from gen bank X12546 dan DQ461661.1. The results showed novel SNPs is c. 1836 G>C and c.1887 A>G. The substitution of Guanine to cytosine and adenine to guanine are non synonymous mutations. The synonymous mutations are the mutation alterity codon so that it specities a different amino acid (glutamate to aspartate and threonin to alanine). Keywords: Growth Hormone, thin-tailed sheep, PCR, sequencing, Polymorphism
KATA PENGANTAR Segala puji bagi Allah SWT yang telah memberikan kehidupan, iman, rahmat dan hidayah-nya kepada kita semua. Shalawat dan salam penulis sampaikan kepada Rasulullah Muhammad SAW, penutup para nabi yang telah membawa kabar baik dan memberi cahaya kehidupan bagi seluruh alam sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi ini dengan judul Identifikasi Keragaman Gen Growth Hormone pada Domba Ekor Tipis Sumatera. Gen Growth Hormone (GH) merupakan penyandi hormon pertumbuhan yang mempengaruhi terhadap produksi susu, kualitas karkas, respon imun, sifat-sifat pertumbuhan, reproduksi, laktasi dan perkembangan kelenjer susu. Penulis menyadari bahwa skripsi ini tidak akan selesai tanpa bantuan dari berbagai pihak. Oleh karena itu penulis mengucapkan terima kasih yang tak terhingga kepada kedua orang tua dengan doanya sampai hari ini penulis masih diberi kemampuan untuk menyelesaikan skripsi ini. Ucapan terima kasih dihaturkan kepada Ibu Dr. Hidayati, S.Pt., M.P sebagai pembimbing pertama dan Ibu Restu Misrianti, S.Pt., M.Si sebagai pembimbing kedua atas segala arahan dan bimbingannya. Penulis menyadari masih banyak kekurangan dalam penulisan skripsi ini, oleh karena itu penulis mengharapkan saran dan kritikan guna perbaikan di masa mendatang. Akhirnya penulis berharap semoga skripsi ini dapat bermanfaat bagi pembaca pada umumnya. Pekanbaru, Desember 2015 Penulis i
DAFTAR ISI Halaman KATA PENGANTAR... i DAFTAR ISI... ii DAFTAR TABEL... iii DAFTAR GAMBAR... iv DAFTAR LAMPIRAN... v I. PENDAHULUAN... 1 1.1. Latar Belakang... 1 1.2. Tujuan... 2 1.3. Manfaaat... 2 1.4. Hipotesis... 3 II. TINJAUAN PUSTAKA... 4 2.1. Domba Lokal Indonesia..... 4 2.2. Gen Pertumbuhan (Growth Hormone)... 5 2.3. Polymerase Chain Reaction (PCR)... 8 2.4. Analisis Sekuensing..... 9 III. MATERI DAN METODE... 11 3.1. Waktu dan Tempat... 11 3.2. Bahan dan Alat... 11 3.3. Prosedur... 12 3.3.1 Pengambiln sampel darah... 13 3.3.2 Uji kualitatif DNA... 13 3.3.3 Polymerase Chain Reaction(PCR)... 14 3.3.4 Visualisasi hasil PCRmenggunakan elektroforesis... 15 3.3.5Pengiriman PCR product ke First Base Laboratory... 16 3.3.6 Analisis Sekuensing... 16 3.3.7 Analisis data... 17 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN... 18 4.1. Hasil Uji Kualitatif DNA Domba... 18 4.2. Amplifikasi GenGrowth Hormone menggunakan Polymerase Chain Reaction... 19 4.3. Analisis Sekuen Gen Growth Hormone pada Domba Ekor Tipis Sumatera. 21 V. PENUTUP... 24 5.1. Kesimpulan... 24 5.2. Saran.... 24 DAFTAR PUSTAKA... 25 LAMPIRAN... 28 ii