2015 IDENTIFIKASI KANDIDAT MARKER GENETIK DAERAH HIPERVARIABEL II DNA MITOKONDRIA PADA EMPAT GENERASI DENGAN RIWAYAT DIABETES MELITUS TIPE

Transkripsi

1 ABSTRAK Diabetes melitus tipe 2 (DMT2) merupakan penyakit kelainan metabolisme yang ditandai dengan meningkatnya kadar gula darah akibat tubuh menjadi tidak responsif terhadap insulin. Salah satu faktor penyebab DMT2 adalah keberadaan mutasi DNA Mitokondria (mtdna) yang diturunkan dari garis keturunan ibu. Salah satu daerah pada mtdna yang sering digunakan untuk proses identifikasi individu adalah daerah Hipervariabel II (HVII) karena berada di daerah D-Loop yang kemungkinan terjadinya mutasi tinggi. Oleh karena itu, dilakukan penelitian tentang variasi mutasi mtdna daerah HVII pada empat generasi dengan riwayat DMT2 untuk mengetahui kandidat marker genetik DMT2. Sampel yang digunakan berupa akar rambut dari empat individu dalam satu garis keturunan. Tahapan yang dilakukan meliputi isolasi mtdna, amplifikasi fragmen HVII mtdna dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR), deteksi hasil PCR dengan elektroforesis gel agarosa, penentuan urutan nukleotida daerah HVII mtdna dengan metode direct sekuensing, dan analisis hasil sekuensing dengan menggunakan program Seqman versi 4.00 DNASTAR. Berdasarkan hasil perbandingan antara urutan nukleotida sampel dengan revised Cambridge Reference Sequence (rcrs) diperoleh enam mutasi yang sama pada keempat generasi, yaitu: A73G, T152C, G225A, A249del, A263G dan G316CA. Setelah dibandingkan dengan data sekunder Mitomap dan NCBI diperoleh satu mutasi yang menjadi kandidat marker genetik pemicu DMT2, yaitu mutasi G316CA. Kata kunci :DMT2, Hipervariabel II, Marker genetik, mtdna, Mutasi

2 ABSTRACT Diabetes mellitus type 2 (DMT2) is a metabolic disorder signed by rise of blood sugar caused by body insensitivity to insulin presence. One factor that caused DMT2 is presence of Mitochondial DNA (mtdna) mutation that inherited maternally. Hypervariable II (HVII) region often linked to body disorder because located in D-loop region which have high possibility of mutation occurence. Therefore, a study about variance in mtdna mutation on HVII region on four generation with history of DMT2 to look for DMT2 genetic marker candidate was conducted. The sample used in this study is hair root from four person in one maternal lineage. The method used is mtdna isolation, amplification of mtdna fragment by using Polymerase Chain Reaction (PCR) technique, detection of PCR product with electrophoresis gel agarose, sequencing of nucleotide using direct sequencing, and analysis of sequencing result with Seqman version 4.00 DNASTAR. After comparing sample sequence with revised Cambridge Reference Sequence (rcrs), mutation that occur in four generation were found, those are : A73G, T152C, G225A, A249del, A263G and G316CA. After compared with data from secondary source, such as NCBI and Mitomap, G315CA mutation was found as a candidate for DMT2 genetic marker. Keyword: DMT2, Genetic Marker, Hypervariable II, mtdna, Mutation

3 KATA PENGANTAR Bismillaahirrahmanirrahiim Puji syukur kehadirat Allah SWT atas segala rahmat, taufik, dan hidayah kepada penulis, serta atas seizin-nya penulis dapat menyelesaikan penyusunan skripsi dengan judul Identifikasi Kandidat Marker Genetik Daerah Hipervariabel II DNA Mitokondria pada Empat Generasi Dengan Riwayat Diabetes Melitus Tipe 2. Skripsi ini diajukan untuk memenuhi sebagian dari syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Sains Program Studi Kimia Jurusan Pendidikan Kimia FPMIPA UPI Bandung. Penulis menyadari bahwa penyusunan skripsi ini masih jauh dari kata sempurna, oleh karena itu penulis mengharapkan kritik dan saran yang membangun dari seluruh pihak demi kesempurnaan skripsi ini. Penulis juga mohon dimaafkan apabila terdapat kesalahan dalam skripsi ini. Terima kasih atas segala doa, bantuan, dan partisipasi dari semua pihak yang terlibat dalam penyusunan skripsi ini. Semoga skripsi ini dapat dimanfaatkan sebaik mungkin demi kemajuan ilmu pengetahuan. Bandung, Juni 2015 Idris Maliki

4 UCAPAN TERIMA KASIH Dalam proses penyelesaian skripsi ini, penulis banyak menerima bantuan, masukan, maupun bimbingan dan dorongan dari semua pihak. Oleh karena itu, pada kesempatan ini penulis mengucapkan banyak terima kasih kepada: 1. Bapak Gun Gun Gumilar, S.Pd., M.Si., selaku Pembimbing I Skripsi, Pembimbing Akademik dan Koordinator KBK Kimia Hayati yang senantiasa memberikan bimbingan, arahan, dan saran selama penulisan skripsi. 2. Bapak Drs. Rahmat Setiadi, M.Sc., selaku Pembimbing II yang senantiasa memberikan bimbingan, kritik, masukan, dan saran selama penulisan skripsi. 3. Ibu Dr. Ratnaningsih Eko S., M.Si, selaku Ketua Progam Studi Kimia yang telah memberikan bimbingan dan masukan. 4. Kedua orang tua tercinta, adik dan semua keluarga besar, terima kasih atas semua doa, motivasi, dan dukungan yang telah diberikan. 5. Egi Tritya Apdila, Devi Bentia Effendi, dan Yohanes Fajar K. selaku sahabat penulis yang selalu ada dalam suka maupun duka untuk menyelesaikan skripsi dan Rekanrekan kelas kimia C 2010 yang senantiasa memberikan dukungan kepada penulis untuk menyelesaikan skripsi ini. 6. Semua pihak yang tidak dapat disebut satu per satu yang telah membantu dalam penyelesaian skripsi. Akhirnya, semoga Allah SWT membalas segala kebaikan yang telah diberikan dengan balasan yang setimpal bahkan berlipat ganda. Aamiin Yaa Rabbal alamiin.

5