iusi ftb$ii' i-p. :strfi, )!P,A ;l$s

Ukuran: px

Mulai penontonan dengan halaman:

Download "iusi ftb$ii' i-p. :strfi, )!P,A ;l$s"

Siska Lesmono
7 tahun lalu
Tontonan:

1 iusi ftb$ii' i-p. :strfi, )!P,A ;l$s

2 I ASAL TERIMA '!O INDUK : Hl+DIAH / PErvl.JEriA'{ i,3s I JLJ+ ISPORAN PENELITIAN RUTIN SUMBER DANA DIPA UNIVERSITAS JEMBER CLONING FRAGMEN cdna SUCROSE TRANSPORTER (SUT) DARI PELEPAH TANAMAN TEBU (Sacch aru m offic n a ru m L.) OIeh: lr. Slameto, MP lr. Miswar, MSi Dilaksanakan berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Jember Nomor :32771J251PP.9/2006 tertanggal 22 Mei 2006 dengan sumberdana DIPA Universitas Jember PUSLIT BIOLOGI MOLEKUL LEMBAGA PENELTIAN UNIVERSITAS JEMBER NOPEMBER 2006

3 IIALAMAN PENGESAHAN LAPORAN PEI\IELITIAN RUTIN SUMBER DANA DIPA T]MVERSITAS JEMBER l. a. JudulPenelitian b. Bidang Ilmu c. Katagori Ketua Peneliti a. Nama lengkap b. Jenis kelamin c. Golongan, Pangkat A.{IP d. Jabatan Fungsional e. Fakultas/Jurusan f. Pusat Penelitian Jumlah Anggota peneliti a. Nama anggota peneliti Lokasi Penelitian Lama penelitian Biaya yang diperlukan Cloning Fragmen cdna Sucrose Transporter (Sut) Dari Pelepah Tanaman T ebu (Sac c harum ofi cinarum L.) Pertanian Penelitian Dasar Ir. Slameto, MP Laki-laki Illd/Lektor/ Pertanian/Agronomi Biologi Molekuler Universitas Jember Ir. Miswar, MSi Pusat Penelitian Biologi Molekuler Universitas Jember. 6 bulan Rp (limajuta rupiah) Jember, 14 Nopember 2006 Ketua Peneliti r. Slameto, MP NrP l3l ;3i r"y,ryt?] {; i-1,* i 5t o.:*.*>..-t O I \=.-' TA t' w Menyetujui Penelitian jember DEA., Ph.D 357 I,;OLEI(SI [:i * 'f L Iir':E;Xi:L PEruEl-tTtAi,i r' lll'tiy3.ii8fias JEi;tBEB

4 RINGKASAI\I Tanaman tebu mengakumulasi sukrosa pada internoda batang dan tingkat akumulasinya sangat berpengaruh terhadap nilai rendemen. Translokasi sukrosa dari organ source ke organ sir& difasilitasi oleh SUT yang keberadaannya diatur oleh DNA SUT. Penelitian ini bertujuan untuk memperbanyak dan mengidentifikasi fragmen cdna SUT dari pelepah daun tebu yang dapat digunakan sebagai probe untuk mempelajari karakteristik fisiologi SUT pada tingkat DNA. Fragmen odna SUT diisolasi dari pelepah daun tebu varietas PS melaui RT-PCR. Primer dirancang berdasakan daerah konservatif pada tingkat asam amino dari Saccharum fficinarum Sucrose Transparter (^SoSt//) 2A batang nomor aksesi AY , Oryza sativa Sucrose Transporter (OsSUI) putative nomor aksesi ywl , dan Oryza sativa Sucrose Transporter (OsSUI) mrna nomor aksesi AAP dari NCBI. Perancangan primer menghasilkan primer forward, yaitu SUT-F (5'CAGATCCTTCAACAGTTCGC3') dan primer reverse, yaitu SUT-R (5'TGCCCTTTGTCTCCGGAACC3'). Kloning dilakukan dalam plasmid pgemt Easy sebagai vektor kloning dan Escluricia coli sf:ain DHSa sebagai sel inang. Keberhasilan kloning dapat dianalisis dengan enzim restriksi EcoN dan hasil elektroforesis dalam 1% gel agarose menunjukkan adanya dua band; yaiw band pgemt Easy 3015 bp, dan bond cdna SUT 576 bp. Analisis skuensi dilakukan untuk mengetahui urutan basa-basa nukleotida pada fragmen cdna SUT. Hasil homologi fragmen cdna SUT melalui program Gerct1x 3.0 adalah 98.6% dengan SoS(/Idari batag tebu, 93.0o/o dengan SoSW dari daun tebu, 91.57o dengan ZmSUT,87.4% dengan SoSW 2Abatang tebu (AY ), dan 87.lo/o dengan OsSLT (XM ).

5 SUMMARY Sugarcane accumulated sucrose in internode of plant and level of accumulation affected value of sucrose content. Sucrose translocation from source to sink facilitated by SUT (Sucrose transporter) which their presence regulated by DNA of SUT. Goal of this research is to multiply and identiff odna of SUT isolated from leaf stem of sugarcane. It can be used as probe in study of physiological characteristic of SUT in level of DNA. cdna fragment was isolated from leaf stem of sugarcane variety PS using RT- PCR. Primer was designed according conservative sequence of amino acid of SoSUT 2A (Saccharum fficinarum Sucrose Transporter) isolated from sugarcane stalk with number accession of AY , Oryza sativa Sucrose Transporter (OsS(il) putotive accession number Y\Nl , Oryza sativa Sucrose Transporter (OsSUI) mrna accession number AAP All these amino acid sequences refered from NCBI (National Centre for Biology Information). Result of primer design were SUT-F (5'CAGATCCTTCAACAGTTCGC3') for forward primer and primer reverse SUT-R (5'TGCCCTTTGTCTCCGGAACC3'). cloning of cdna using pgemt Easy as vector and Eschericia coli sfrarrl. DHSa as host cell. Identification of successful of cloning using restriction enzyme EcoR[ and electrophoresis lyo of agarose gel showed two bands; i.e. band of pgemt Easy size of 3015 bp and band of gdna sut with size of 576 bp. Sequence nucleotide of odna SUT analyzed using Sequencer machine. Homology of odna SUT fragment identified using Genetyx 3.0 program and its result showed that homology level was 98.6yo,93.0o/a,9r.5yo,87.4% and B7.lo/o comparing to the nucleotide sequence of SoSUT -stalk of sugarcane, SoSUT-leaf of sugarcane, ZmSUT, sosut 2A-stalk of sugarcane (AY ), and ossut (frvr ) respectively. lri

dokumen-dokumen yang mirip

STUDI HOMOLOGI DAERAH TERMINAL-C HASIL TRANSLASI INSCRIPTO BEBERAPA GEN DNA POLIMERASE I

STUDI HOMOLOGI DAERAH TERMINAL-C HASIL TRANSLASI INSCRIPTO BEBERAPA GEN DNA POLIMERASE I T 572 MUL ABSTRAK DNA polimerase merupakan enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA. Tiga aktivitas yang umumnya