Mufitdhah, et al., Karakterisasi Tanaman Tebu Produk Rekayasa Genetika Overekspresi Gen...

Transkripsi

1 1 KARAKTERISASI TANAMAN TEBU PRODUK REKAYASA GENETIKA OVEREKSPRESI GEN SoSUTI GENERASI KEDUA Characterization of Transgenic Sugarcane Overexpression of SoSUT1 Gene in the Second Generation Nurul Mufitdhah 1, Bambang Sugiharto 1*, Didik Pudji Restanto 2 1 Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Jember 2 Jurusan Agroteknologi, Fakultas Pertanian, Universitas Jember Jln. Kalimantan 37, Jember * sugiharto.fmipa@unej.ac.id Abstrak Tebu produk rekayasa genetika (PRG) overekspresi gen SoSUT1 generasi kedua merupakan tanaman tebu hasil transformasi gen SoSUT1 pada penelitian sebelumnya. Overekspresi gen SoSUT1 diharapkan dapat meningkatkan kandungan protein Sucrose Transporter (SUT1) sehingga akumulasi sukrosa pada organ batang juga dapat mengalami peningkatan. Penelitian ini ditujukan untuk karakterisasi pertumbuhan, ekspresi gen SUT1, serta kandungan sukrosa daun dan batang pada tanaman tebu PRG overekspresi gen SoSUT1 generasi kedua. Karakterisasi tebu PRG diawali dengan dengan analisis PCR menggunakan pasangan primer F/R HptII. Hasil konfirmasi gen SoSUT1 pada 42 tanaman PRG generasi kedua memiliki kestabilan genetik sebesar 92,8%. Analisis western blot dengan menggunakan antibody SUT1 menunjukkan bahwa tanaman tebu PRG memiliki pita protein SUT1 lebih tebal dibandingkan dengan wildtype. Analisis pertumbuhan berupa rata-rata jumlah anakan menunjukkan tebu PRG secara umum memiliki jumlah anakan lebih sedikit daripada tebu non-prg (kontrol).. Kata Kunci: Overekspresi, SoSUT1, Sucrose Transporter, Westernblot Abstract Transgenic sugarcane overexpression of SoSUT1 gene in the second generation is the results of previous research. Overekspression of SoSUT1 gene expected to increase the content of Sucrose Transporter (SUT1) protein so that accumulation of sucrose in the stem organs can also be increased. This research aimed at characterizing growth, expression of SoSUT1 gene, and sucrose content in leaf and stem of transgenic sugarcane overekspression of SoSUT1 gene the second generation. Characterization of sugarcane begins with the confirmation of the presence of SoSUT1 genes with a PCR analysis using a pair of primer hptii.the results of the confirmation of SoSUT1 gene in 42 second generation there have genetic stability 92,8 %. Western blot analysis using SUT1 antibody shows that transgenic sugarcane having thick ribbons SUT1 protein than wildtype. Growth analysis shows the average number of saplings of transgenic sugarcane have a little more than the number of saplings control. Keywords: Overexspression, SoSUT1, Sucrose Transporter, Westernblot PENDAHULUAN Tebu merupakan tanaman utama penghasil gula sukrosa dan sukrosa merupakan produk utama fotosintesis tanaman yang dihasilkan melalui proses asimilasi karbon [1]. Pada tanaman, enzim SPS merupakan enzim kunci yang menentukan biosintesis sukrosa dalam jaringan mesofil daun. Sukrosa yang dihasilkan digunakan sebagai sumber karbon dan sumber energi, serta ditranslokasi ke organ penyimpanan (sink tissue) [2], oleh Sucrose Transporter (SUT) yang disandikan oleh gen SoSUT1 [3]. Transformasi gen SoSUT1 ke dalam tanaman tebu merupakan salah satu upaya peningkatan rendemen tebu. Pada dasarnya, di dalam tanaman tebu telah terdapat gen SUT1, tetapi dengan adanya tranformasi gen SoSUT1 diharapkan tanaman tebu mengalami overekspresi atau peningkatan ekspresi gen SUT sehingga diharapkan dapat menghasilkan tanaman tebu yang memiliki nilai rendemen tinggi. Pada penelitian yang dilakukan Dwinianti [4], telah diperoleh tanaman tebu PRG varietas BL overekspresi gen SoSUT1 event T 1.1, T 1.4, T 1.7, T 2.1, T 2.2, T 2.4, T 3.2, T 3.5, hasil transformasi Sugiharto dan Safitri [5] T 2, 1 event hasil transformasi Wiyono [6] yaitu T 20, dan 4 event hasil transformasi dari Hardjo [7] yaitu TB 16, TB 17, TB 18, dan TB 20. Tanaman tebu tersebut sebelumnya telah dikonfirmasi keberadaan gen SoSUT1 dengan analisis PCR. Selanjutnya tanaman yang telah ada tersebut ditanam kembali menggunakan stek batang/bagal tebu. Tanaman tebu PRG overekspresi gen SoSUT1 generasi kedua belum dikarakterisasi dan masih memerlukan beberapa pengujian untuk mengetahui ekspresi gen SoSUT1 yang telah diinsersikan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui karakter tanaman tebu PRG overekspresi gen

2 2 SoSUT1 generasi kedua, terutama pada ekspresi protein SUT1, serta keberadaan gen SoSUT1 untuk mengetahui stabilitas genetiknya. Sehingga hasil penelitian ini dapat memberikan gambaran tentang stabilitas genetik tanaman tebu overekspresi gen SoSUT1 dalam hubungannya dengan ekspresi gen SoSUT1 pada tebu. Serta dapat memberi informasi tentang karakter tanaman tebu PRG generasi kedua. METODE PENELITIAN Penelitian ini dilaksanakan di Divisi Biomolekuler dan Bioteknologi, Laboratorium Center for Development Advance Science and Technology (CDAST), Universitas Jember pada Bulan Juli 2014 sampai Desember Pengambilan sampel Pengambilan sampel daun dilakukan pada 14 event tanaman PRG yang ditumbuhkan pada pot percobaan dengan masing-masing 3 ulangan. Pengambilan sampel daun untuk analisis DNA genom dan protein dilakukan pada daun pertama yang membuka sempurna (dihitung dari pucuk). Konfirmasi Gen SoSUT1 dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) DNA genom tebu diisolasi dengan cara menggerus 0,3 gram daun sampai halus menggunakan mortar-stamper dengan menambahkan N 2 cair [8]. DNA hasil pemurnian diukur konsentrasinya dengan nanodrop dari Nanovue pada panjang gelombang 260 nm dan digunakan untuk analisis PCR. Analisis PCR dilakukan dengan menggunakan PCR Kit dari KAPABIOSYSTEMS dan primer forward pimer hpt-f (5 CCGCAAGGAATCGGTCAATA-3) dan reverse hpt-r (5 CCCAAGCTGCATCATGGAAA-3) dari hptii (hygromycin phospho transferase). Dalam satu kali reaksi memiliki total volume 20 µl dengan larutan yang terdiri dari 2X PCR Master Mix 10 µl, masing-masing primer (forward dan reverse) 10 pmol sebanyak 1 µl, template DNA genom 1,25 µl (konsentrasi 0.25 µg/µl) dan ddh2o 6,75 µl. PCR dilakukan sebanyak 40 siklus meliputi tahapan predenaturasi 94 0 C selama 3 menit, denaturasi 94 0 C selama 30 detik, annealing 58 0 C selama 20 detik, elongation 72 0 C selama 1 menit dan final elongation 72 0 C selama 5 menit. DNA yang telah teramplifikasi oleh PCR dipisahkan dengan elektroforesis gel agarosa 1% dengan marker 1 Kb Ladder (intron biotechnology). Hasil elektroforesis dilihat dengan alat gel imagine system dari Major Sciences. SDS-PAGE dan Western Blot Ekstraksi protein dilakukan dengan menggerus 1 gram daun tebu sampai halus kemuian ditambahkan buffer ekstraksi SUT1 (250 mm Tris-HCl, 25mM EDTA, 30% sukrosa, 5 mm DTT, 1 mm PMSF, dan 5 %, PVP). Pellet yang didapatkan ditambah dengan 150 µl buffer solubilisasi (50 mm Tris-Cl, 1 mm EDTA, 2% SDS, dan 5 mm DTT). Total protein terlarut ditentukan dengan metode Lowry [9] menggunakan 500 µl Follin 1 N dan diukur absorbansinya pada 660 nm. Nilai absorbansi yang didapat kemudian dihitung dengan rumus yang terdapat pada kurva standart BSA. Sampel yang didapatkan dari ekstraksi protein SUT1 dengan konsentrasi protein 30 µg ditambah buffer loading dengan perbandingan 1 : 1, setelah itu didenaturasi pada suhu C selama 3 menit. Sampel yang telah dicampur buffer loading kemudian dielektroforesis menggunakan SDS-PAGE dengan konsentrasi akrilamide 12,5 %. Analisis western blot dilakukan setelah protein SUT1 dipisahkan dengan SDS-PAGE dan gel hasil SDS-PAGE telah ditransfer ke membran nitroselulosa. Membran direndam dalam TBS yang mengandung skimmilk 4% selama 30 menit untuk bloking. Setelah itu, ditambahkan 20 µl antibodi I (antibodi poliklonal spesifik SUT1) yang telah mengandung NaN 3 0,02 % dalam 40 ml TBS + skimmilk 0,5 % dan diinkubasi pada shaker selama 24 jam. Membran dicuci dengan TBS sebanyak 3 kali masing-masing 5 menit, lalu ditambah antibody II (Goat Anti-Rabbit IgG Phosphathase Conjugated) dalam TBS + skim milk dan diinkubasi selama 1 jam. Pewarnaan dilakukan dengan pemberian 100 µl BCIP dan 50 µl NBT yang dilarutkan dalam 10 ml bufer alkalin pospat [10]. HASIL PENELITIAN Hasil PCR tanaman tebu PRG overekspresi gen SoSUT1 generasi kedua Analisis PCR dilakukan dengan menggunakan pasangan primer hpt-f/r pada 14 event tanaman tebu PRG overekspresi gen SoSUT1 generasi kedua dengan masingmasing 3 ulangan. Hasil analisis PCR pada semua sampel genom tanaman ulangan 1 dan 2 menunjukkan positif transgenik SoSUT1, sedangkan pada ulangan 3 terdapat 11 tanaman positif transgenik SoSUT1 dan 3 tanaman negatif yaitu event T20, T1.4, dan T1.1. Tabel 1. Tabulasi hasil analisa PCR pada 14 event tanaman tebu PRG dengan masing-masing 3 ulangan Event tebu Ulangan PRG T T TB T T T T T T TB TB TB T T

3 3 Keterangan: Tanda (+) menandakan bahwa event tanaman PRG yang diuji positif mengandung gen hptii, sedangkan tanda ( ) untuk tanaman PRG yang tidak mengandung gen hptii. Tanaman tebu positif transgenik SoSUT1 ditunjukkan pada Gambar 1. dengan terbentuknya pita DNA dengan ukuran ±470 bp sesuai dengan ukuran DNA yang teramplifikasi dengan cetakan plasmid pact-sosut1 sebagai kontrol positif. Rata-rata Jumlah Anakan pada saat Tebu Umur 6 Bulan Sukrosa hasil fotosintesis tidak semua diakumulaikan pada organ penyimpanan, beberapa dari sukrosa tersebut di digunakan sebagai energi untuk pertumbuhan dan perkembangan. Overekspresi gen SoSUT1 diduga juga berpengaruh pada pertumbuhan tanaman tebu, sehigga dilakukan analisis pertumbuhan dengan hasil perhitungan jumlah anakan tanaman tebu PRG (Gambar 3.). (a) (b) Gambar 1. Elektroforesis gel agarose 1% hasil PCR dengan pasangan primer hpti- F/R dan template DNA genom dari tanaman (a) Ulangan 1; (b) Ulangan 2; (c) Ulangan 3. M: Marker; K+: kontrol positif (Plasmid pact-sosut1); K-: kontrol negative (wildtype); dan 14 tanaman PRG overekspresi gen SoSUT1. Hasil Analisis Western Blot Protein SUT1 Analisis western blot protein SUT1 dilakukan menggunakan antibodi poliklonal spesifik untuk protein SUT1. Hasil analisis western blot dapat dilihat pada Gambar 2. Secara kualitatif, event tanaman tebu PRG yang menunjukkan pita protein lebih tebal dari wildtype Gambar 4.2 (a) yaitu pada TB17, T2.2, TB20, T1.1, sedangkan pada Gambar 4.2 (b) yaitu T3.5, T1.4, T1.7, T3.2, dan T2.4. (a) (b) Gambar 2. Hasil analisis western blot protein SUT1 pada tanaman tebu PRG overekspresi gen SoSUT1 (a), (b) dan kontrol dengan konsentrasi protein 30 µg, menggunakan antibodi poliklonal spesifik SUT1 dan antibodi 2 Goat Anti-Rabbit Igg Phosphathase Conjugate Gambar 3. Hasil perhitungan rata-rata jumlah anakan tanaman PRG overekspresi gen SoSUT1 dan tanaman kontrol (wildtype) umur 6 bulan. PEMBAHASAN Hasil PCR tanaman tebu PRG overekspresi gen SoSUT1 generasi kedua Berdasarkan data analisa PCR (Tabel 1), tanaman tebu PRG overekspresi gen SoSUT1 generasi kedua sebanyak 42 tanaman didapatkan 39 tanaman positif transforman mengadung gen hptii, dan 3 tanaman tidak mengandung gen target. Dari hasil tesebut tanaman tebu PRG overekspresi gen SoSUT1 generasi kedua memiliki kestabilan genetik lebih dari 92,8%. Terbentuknya pita DNA hptii dengan ukuran ±470 bp pada Gambar 1. menunjukkan bahwa gen target SoSUT1 yang berada dalam satu kaset T-DNA bersama gen hptii sebagai selectable marker telah terinsersi ke dalam genom tanaman. Sedangkan pada tanaman yang negatif tidak terbentuk pita DNA pada ukuran 470 bp dikarenakan tidak terintegrasinya gen SoSUT1 ke dalam genom tanaman. Kejadian tersebut diduga karena tanaman uji mengalami chimera, yaitu penyebaran gen target yang ditransformasikan tidak merata pada seluruh jaringan [11]. Chimera menyebabkan gen target tidak diwariskan pada generasi berikutnya, sehingga pada tebu PRG generasi kedua ini masih terdapat tanaman yang tidak mengandung gen yang ditransformasikan. Hasil Analisis Western Blot Protein SUT1 Tebalnya pita protein pada beberapa event tebu pada Gambar 2. menunjukkan adanya overekspresi dari gen

4 4 SoSUT1 yang ditransformasikan pada tanaman tebu dapat diekspresikan pada tingkat translasi membentuk protein, sehingga terjadi peningkatan kandungan protein SUT1. Namun pada event T20 dan T2.1 terlihat bahwa pita protein lebih tipis daripada tanaman kontrol. Hal ini kemungkinan karena terjadi gen silencing yang mengakibatkan terhalangnya proses translasi sehingga sintesis protein (ekspresi gen) terganggu. Menurut Malik [12] proses penghambatan ekspresi gen dapat terjadi pada beberapa tahap diantaranya pada tahap translasi yaitu dengan mengganggu proses translasi pada molekul mrna. Peningkatan protein SUT1 pada tanaman PRG merupakan hasil akumulasi ekspresi gen penyandi SUT1 endogen dan SUT1 eksogen. Banyaknya protein yang disintesis disebabkan oleh bertambahnya jumlah copi gen penyandi SUT1 yang menyebabkan terjadinya peningkatan laju transkripsi [13]. Peningkatan kandungan protein SUT1 pada tanaman tebu PRG diharapkan dapat meningkatkan translokasi dan akumulasi sukrosa pada organ penyimpanan. Rata-rata Jumlah Anakan pada saat Tebu Umur 6 Bulan Pada Gambar 3, rata-rata jumlah anakan tanaman tebu PRG lebih sedikit jika dibandingkan dengan tanaman kontrol. Tetapi juga terdapat 3 event tanaman PRG yang lebih tinggi daripada kontrol, yaitu event T1.1, T3.2, dan T3.5. Banyaknya jumlah anakan tidak terlepas dari jumlah sukrosa yang tersedia. Semakin banyak jumlah sukrosa yang disintesis kemungkinan akan memperbaiki pertumbuhan maupun pertumbuhan tanaman. Sukrosa digunakan oleh tanaman sebagai sumber karbon untuk proses metabolisme. Overekspresi gen SoSUT1 yang dilakukan mampu meningkatkan translokasi sukrosa hasil fotosintesis, sehingga semakin sedikit sukrosa yang dapat didegradasi oleh invertase. Semakin sedikit sukrosa yang terdegradasi oleh invertase maka semakin sedikit jumlah anakan yang dihasilkan pada tiap tanaman tebu PRG. Pada kejadian yang lain, kemungkinan biosintesis sukrosa tinggi sehingga jumlah sukrosa yang diakumulasikan pada organ batang lebih tinggi serta jumlah sukrosa yang didegradasi untuk pertumbuhan juga lebih banyak. Pengamatan jumlah anakan dilakukan pada umur 6 bulan dikarenakan pada umur tersebut pertunasan tanaman tebu telah terhenti dan diteruskan pada fase pemanjangan batang. Menurut Wahyudi [14], pada usia 1-3 bulan tanaman tebu mengalami fase pertunasan dan pertumbuhan, kemudian mengalami pemanjangan batang pada usia 3-9 bulan. KESIMPULAN DAN SARAN Kesimpulan Hasil analisis PCR menunjukkan bahwa hampir semua tanaman tebu PRG (lebih dari 92.8%) stabil terinsersi gen target SoSUT1. Overekspresi gen SoSUT1 juga menghasilkan protein SUT1 dan aktif secara fungsional. Tanaman tebu PRG overekspresi gen SoSUT1 secara umum menghasilkan jumlah anakan lebih sedikit dibandingkan tanaman tebu kontrol. Saran Perlu adanya karakterisasi pada generasi berikutnya untuk menghasilkan tanaman PRG overekspresi gen SoSUT1 yang stabil, serta perlu dilakukan uji ekspresi gen pada tingkat transkripsi dan uji aktivitas enzim invertase yang mempunyai fungsi dalam pendegradasi sukrosa menjadi fruktosa dan glukosa. UCAPAN TERIMA KASIH Penulis mengucapkan terima kasih kepada Masterplan Percepatan dan Perkembangan Pembangunan Ekonomi Indonesia (MP3EI) dan PT. Perkebunan Nusantara XI yang telah memberikan dukungan finansial atas nama Prof. Dr. Bambang Sugiharto, M.Agr., Sc. tahun DAFTAR PUSTAKA [1] Campbell, N. A., J. B. Reece dan L. G. Mitchell Biologi. Jakarta: Erlangga. [2] Lakitan, B Dasar-dasar Fisiologi Tumbuhan. Jakarta: PT Raja Grafindo Persada. [3] Reismeier, J. W., Willmitzer, L., Frommer, W. B Isolation and Characterization of A Sucrose Carier cdna from Spinach by Functional Expression in Yeast. The EMBO Journal. Vol. 11: [4] Dwinianti, Edia Fitri Transformasi Gen SoSUT1 pada Tanaman Tebu (Saccharum officinarum L var. BL) menggunakan Agrobacterium Tumefaciens Strain GV 3101dan Eksplan Pangkal Tunas Tebu In Vitro. Skripsi. Jember : Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember. [5] Sugiharto, B dan H. Safitri A Comparison Study for Agrobacterium-Mediated Transformation Method in Sugarcane (Saccharum spp L.). Jurnal Ilmu Dasar. Vol. 12 (2): [6] Wiyono, A. G Transformasi Gen SoSUT1 Menggunakan Agrobacterium tumefaciens dan Eksplan Tunas Lateral pada Tanaman Tebu (Saccharum spp. Hybrid). Skripsi. FAPERTA Universitas Jember. Jember. [7] Hardjo, Popy Hartatie, Overekspresi Gen SoSUT1 untuk Meningkatkan Translokasi Sukrosa Pada Tanaman Tebu (Saccharum spp. hybrids). Undergratuate Airlangga University. (diakses 8 Januari 2015) [8] Zheng, K., Huang, N., Bennet P., and Khush G. S PCR Based Marker Assisted Selection in Rice Breeding. IRRI news lett 2. [9] Lowry, Rosebrough, Farr, Randall Protein Measurement With The Folin Phenol Reagent. J.Biol.Chem. 75 : [10] Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor [11] Christou, P., Ford, and Kofron Production of Transgenic Rice (Oryza sativa L.) Plants from Agronomically Important Indica and Japonica Varieties via Electric Discharge Particle Acceleration of

5 5 Exogenous DNA into Immature Zygotic Embryos. Bio/Technology 9: [12] Malik, Amarlia RNA Therapeutic, Pendekatan Baru dalam Terapi Gen. Majalah Ilmu Kefarmasian. Vol. II (2): [13] Sugiharto, B Overekspresi Gen Sucrose Phosphate Synthase untuk Peningkatan Biosintesis Sukrosa pada Tanaman Tebu. Laporan Riset Biologi Unggulan Terpadu VII Bidang Bioteknologi. LIPI, Jakarta. [14] Wahyudi, Yudi Optimalisasi Teknik Budidaya pada Fase Perkecambahan dan Pertunasan Tanaman Tebu. (diakses 14 Januari 2015 pukul WIB).