MEINILA SARI KONFIRMASI CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM SEBAGAI MIKROBA PENGHASIL KITINASE DAN KLONING FRAGMEN GENNYA

Ukuran: px

Mulai penontonan dengan halaman:

Download "MEINILA SARI KONFIRMASI CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM SEBAGAI MIKROBA PENGHASIL KITINASE DAN KLONING FRAGMEN GENNYA"

Vera Dharmawijaya
6 tahun lalu
Tontonan:

MEINILA SARI 10703007 KONFIRMASI CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM SEBAGAI MIKROBA PENGHASIL KITINASE DAN KLONING

1 MEINILA SARI KONFIRMASI CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM SEBAGAI MIKROBA PENGHASIL KITINASE DAN KLONING FRAGMEN GENNYA PROGRAM STUDI SAINS DAN TEKNOLOGI FARMASI SEKOLAH FARMASI INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG

2 Pada kutipan atau saduran skripsi ini harus tercantum nama penulis dan lembaganya yaitu Sekolah Farmasi Institut Teknologi Bandung

3 KONFIRMASI CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM SEBAGAI MIKROBA PENGHASIL KITINASE DAN KLONING FRAGMEN GENNYA SKRIPSI Karya tulis sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Sains dan Teknologi Farmasi dari Sekolah Farmasi Institut Teknologi Bandung September 2007 Meinila Sari Debbie Sofie Retnoningrum, PhD Pembimbing Utama Dessy Natalia, PhD Pembimbing Serta

4 i ABSTRAK Pemanfaatan kitin skala industri belum dapat dicapai secara efisien karena hingga saat ini masih belum terdapat enzim yang menghidrolisis ikatan ß-1,4 antara N-asetil-glukosamin pada kitin kristalin tanpa praperlakuan dengan asam klorida. Oleh karena itu, kitinase tahan asam dibutuhkan untuk tujuan tersebut. Chromobacterium violaceum adalah bakteri yang diisolasi dari daerah Rawa Indralaya dan diharapkan dapat menghasilkan kitinase tahan asam. C. violaceum dikonfirmasi dengan pewarnaan Gram dan Polymerization Chain Reaction (PCR) 16s rdna, dan sebagai penghasil kitinase menggunakan uji kualitatif aktivitas kitinase dalam medium Nutrien Agar mengandung kitin koloid. Urutan nukleotida yang diduga mengandung fragmen gen pengkode 197 asam amino pertama kitinase dari C. violaceum telah diklon ke vektor kloning pgem-t dalam Escherichia coli JM 109 berdasarkan data yang diperoleh dari analisa migrasi, analisa PCR dan analisa pemotongan enzim restriksi. ABSTRACT Industrial utilization of chitin on large scale has not been achieved efficiently because so far there is no enzyme available that hydrolyzes ß-1,4 linkage between N acetylglucosamine in crystalline chitin without pretreatment with hydrochloric acid. Therefore, acidic chitinase is required for that purpose Chromobacterium violaceum is bacterium isolated from Indralaya swamp area located in South Sumatera and is expected to produce acidic chitinase. C. violaceum was confirmed bt Gram staining and Polymerase Chain Reaction (PCR) 16s rdna as well as to be chitinase producer using qualitative chitinase activity assay in Nutrient Agar medium containing colloid chitin. The nucleotides predicted to contain a fragment gene encoding the first 197 amino acids of chitinase has been cloned into pgem-t in E. coli JM 109 based data obtained from migration analysis, PCR analysis, and cleavage analysis by restriction enzyme.

5 ii KATA PENGANTAR Puji dan syukur dipanjatkan kepada Allah SWT, karena berkat rahmat dan kasih sayang- Nya, penelitian dan penulisan buku skripsi dengan judul Konfirmasi Chromobacterium violaceum sebagai Mikroba Penghasil Kitinase dan Kloning Fragmen Gennya dapat diselesaikan. Buku ini disusun sebagai syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Sains dan Teknologi Farmasi dari Sekolah Farmasi Institut Teknologi Bandung. Ucapan terima kasih disampaikan kepada Ibu Debbie S. Retnoningrum, PhD sebagai dosen pembimbing utama dan Dessy Natalia, PhD sebagai dosen pembimbing serta yang telah memberikan petunjuk, arahan, dan saran dalam menyelesaikan tugas akhir ini. Ucapan terima kasih juga disampaikan kepada kedua orang tua tercinta, sahabat, dan teman teman yang senantiasa memberikan dukungan baik moril maupun materil. Buku ini masih banyak kekurangan, karena itu masukan berupa kritik dan saran selalu diharapkan untuk perbaikan di masa datang. Semoga buku ini bermanfaat bagi perkembangan dan kemajuan ilmu pengetahuan khususnya di bidang farmasetika.

6 iii DAFTAR ISI Halaman ABSTRAK... i KATA PENGANTAR.. ii DAFTAR ISI.. iii DAFTAR TABEL. v DAFTAR GAMBAR. vi DAFTAR LAMPIRAN... vii PENDAHULUAN. 1 BAB 1 TINJAUAN PUSTAKA Kitin Kitinase N-asetil-D-glukosamin METODE PENELITIAN PERCOBAAN Alat, Bahan dan Mikroba Pewarnaan Gram Amplifikasi dan Penentuan Urutan Nukleotida Gen Pengkode 16s rdna Uji Kualitatif Aktivitas Kitinase dalam Media NA yang 10 Mengandung Suspensi Kitin Koloidal Amplifikasi Fragmen Gen Pengkode Kitinase Kloning Produk PCR Kitinase pada pgem-t ke dalam E. coli JM HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN KESIMPULAN DAN SARAN Kesimpulan Saran RINGKASAN PENELITIAN PUSTAKA... 26

7 LAMPIRAN iv

8 v DAFTAR TABEL Tabel 3. 1 Komposisi Campuran Reaksi Ligasi Vektor pgem-t dengan Produk PCR Kitinase... Halaman 12

9 vi DAFTAR GAMBAR Gambar Halaman 1. 1 Struktur Kitin Mekanisme Hidrolisis Glukosa Hidrolase Strategi untuk Konfirmasi Bakteri Penghasil Kitinase Strategi Kloning Fragmen Gen Pengkode Kitinase C. violaceum Hasil Pewarnaan Gram Hasil Isolasi Kromosom Organisasi Gen 16s RDNA dan Lokasi Penempelan Primer Elektrogram Produk PCR 16s RDNA Hasil Uji Kualitatif Aktivitas Kitinase pada Media NA Mengandung 17 Suspensi Kitin Koloid Lokasi Penempelan Primer dan Daerah Amplifikasi pada Gen Pengkode 18 Kitinase Elektrogram Produk PCR Kitinase Elektrogram Analisa Migrasi Plasmid Rekombinan Elektrogram Analisa Pemotongan Enzim Restriksi Elektrogram Analisa PCR... 22

10 vii DAFTAR LAMPIRAN Lampiran Halaman A Kromatogram Penentuan Urutan Nukleotida Gen Pengkode 16s rdna 29 dari C. violaceum Menggunakan Primer reverse (UniB1)... B Urutan Nukleotida Gen Pengkode 16s rdna dari C. violaceum Menggunakan Primer reverse (UniB1)... 30

dokumen-dokumen yang mirip

RATNA ANNISA UTAMI

RATNA ANNISA UTAMI 10703022 AMPLIFIKASI DAN KLONING DNA PENGKODE PROTEIN CHAPERONIN 60.1 MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS KE DALAM VEKTOR pgem-t PADA ESCHERICHIA COLI PROGRAM STUDI SAINS DAN TEKNOLOGI FARMASI