UJI DIAGNOSTIK POLYMERASE CHAIN REACTION- RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM DALAM MENEGAKKAN DIAGNOSIS ONIKOMIKOSIS

Transkripsi

1 UJI DIAGNOSTIK POLYMERASE CHAIN REACTION- RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM DALAM MENEGAKKAN DIAGNOSIS ONIKOMIKOSIS TESIS Oleh NOVA ZAIRINA LUBIS NIM PROGRAM PENDIDIKAN DOKTER SPESIALIS DEPARTEMEN ILMU KESEHATAN KULIT & KELAMIN FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA RUMAH SAKIT UMUM PUSAT H. ADAM MALIK MEDAN 2014

2 UJI DIAGNOSTIK POLYMERASE CHAIN REACTION- RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM DALAM MENEGAKKAN DIAGNOSIS ONIKOMIKOSIS TESIS Diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Dokter Spesialis dalam Program Pendidikan Dokter Spesialis bidang Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Oleh NOVA ZAIRINA LUBIS NIM PROGRAM PENDIDIKAN DOKTER SPESIALIS DEPARTEMEN ILMU KESEHATAN KULIT & KELAMIN FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA RUMAH SAKIT UMUM PUSAT H. ADAM MALIK MEDAN 2014

3 HALAMAN PERSETUJUAN Judul Tesis : Uji Diagnostik Polymerase Chain Reaction Restriction Fragment Length Polymorphism Dalam Menegakkan Diagnosis Onikomikosis. Nama : Nova Zairina Lubis Nomor Induk : Program Studi : Pendidikan Dokter Spesialis Bidang : Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Menyetujui : Pembimbing I Pembimbing II (dr. Kamaliah Muis, SpKK) (dr. Lukmanul Hakim Nasution SpKK,M.Kes) Ketua Program Studi Ketua Departemen (dr. Chairiyah TanjungSpKK(K)) (Prof. DR. dr. Irma D Roesyanto SpKK(K)) Tanggal lulus : 25 Juli 2014

4 HALAMAN PERNYATAAN ORISINILITAS Tesis ini adalah hasil karya penulis sendiri, dan semua sumber baik yang dikutip maupun dirujuk telah penulis nyatakan dengan benar Nama : Nova Zairina Lubis NIM : Tanda tangan :

5 UJI DIAGNOSTIK POLYMERASE CHAIN REACTION- RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM DALAM MENEGAKKAN DIAGNOSIS ONIKOMIKOSIS Nova Zairina Lubis, Kamaliah Muis, Lukmanul Hakim Nasution Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran RSUP. Haji Adam Malik Medan- Indonesia Latar Belakang: Onikomikosis adalah infeksi jamur pada satu atau lebih unit kuku yang disebabkan oleh dermatofita, nondermatofita atau mold dan yeast. Pemeriksaan penunjang sangat diperlukan untuk menegakkan diagnosis onikomikosis sebelum memulai pengobatan. Beberapa metode pemeriksaan penunjang untuk mendiagnosis onikomikosis seperti pemeriksaan mikroskopis dengan KOH 20%, kultur jamur, pemeriksaan histopatologi dengan pewarnaan PAS (Periodic acid schiff) dan pemeriksaan PCR (Polymerase Chain Reaction), untuk metode kultur membutuhkan waktu yang cukup lama sekitar 4 minggu untuk mengidentifikasi jamur penyebab onikomikosis. Teknologi molekuler seperti PCR merupakan tes yang sensitif dan spesifik untuk diagnosis berbagai mikroorganisme termasuk jamur patogen. Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) merupakan metode PCR dengan penambahan enzim setelah amplifikasi sehingga memungkinkan hasil yang lebih spesifik. Tujuan : Mengetahui nilai diagnostik Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) dalam menegakkan diagnosis onikomikosis dengan menggunakan kultur jamur sebagai baku emas dan mengetahui spesies jamur yang paling banyak menyebabkan onikomikosis. Metode : Penelitian ini merupakan suatu uji diagnostik untuk mendiagnosis onikomikosis dengan menggunakan kultur sebagai baku emas. Subjek : Tiga puluh lima pasien yang diduga menderita onikomikosis dari anamnesis dan pemeriksaan dermatologi. Hasil : Pemeriksaan PCR-RFLP dalam mendiagnosis onikomikosis memiliki nilai sensitivitas sebesar 85,71%, nilai spesifisitas sebesar 28,57%, nilai duga positif (PPV) sebesar 82,76% dan nilai duga negatif (NPV) sebesar 33,33%. nilai RKP 1,20 dan nilai RKN 0,5 dan akurasi sebesar 74,29%. Spesies jamur penyebab onikomikosis yang paling banyak adalah Candida albicans 42,8% Kesimpulan : PCR-RFLP dapat dipertimbangkan untuk pemeriksaan alternatif yang lebih cepat dan akurat dalam menegakkan diagnosis onikomikosis. Kata kunci: Onikomikosis, kultur, uji diagnostik, PCR-RFLP

6 DIAGNOSTIC TEST-POLYMERASE CHAIN REACTION RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM IN ESTABLISHING THE DIAGNOSIS OF ONYCHOMYCOSIS Nova Zairina Lubis, Kamaliah Muis, Lukmanul Hakim Nasution Department of Dermatovenereology Faculty of Medicine, University of Sumatera Utara Haji Adam Malik Hospital Medan-Indonesia Background: Onychomycosis is a fungal infection of one or more units of the nail caused by dermatophytes, or mold and nondermatophytes yeast. Investigations are needed to establish the diagnosis of onychomycosis before starting treatment. Several investigations methods for diagnosing onychomycosis such as microscopic examination with 20% KOH, fungal culture, histopathology examination with PAS staining (Periodic acid Schiff) and PCR (Polymerase Chain Reaction), for culture methods require a long time about 4 weeks to identify fungal that cause onychomycosis. A molecular technology such as PCR is a sensitive and specific test for the diagnosis of a variety of microorganisms including fungal pathogens. Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) is a method with the addition of the enzyme after PCR amplification allowing more specific results. Objective: To determine the diagnostic value of Polymerase Chain Reaction- Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) in the diagnosis of onychomycosis using fungal culture as the gold standard and to find out the majority fungal species that cause onychomycosis. Methods: This study is a diagnostic test for the diagnosis of onychomycosis by using culture as the gold standard. Subjects: Thirty-five patients suspected of having onychomycosis from history and dermatological examination. Results: PCR-RFLP in the diagnosis of onychomycosis has a sensitivity of 85.71%, specificity of 28.57%, positive predictive value (PPV) of 82.76% and negative predictive value (NPV) of 33.33%. RKP value of 1.20 and 0.5 RKN value and accuracy of 74.29%. The majority fungal species that cause onychomycosis is Candida albicans 42,8%. Conclusions: PCR-RFLP may be considered for a faster and more accurate alternative examination in the diagnosis of onychomycosis. Keywords: onychomycosis, culture, diagnostic tests, PCR-RFLP

7 KATA PENGANTAR Segala puji dan syukur saya panjatkan kehadirat Allah SWT karena hanya atas rahmat dan hidayahnya saya dapat menyelesaikan tesis ini yang merupakan persyaratan untuk memperoleh gelar keahlian dalam bidang Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin. Dalam menjalani pendidikan spesialis ini, berbagai pihak yang telah turut berperan serta sehingga terlaksana seluruh rangkaian kegiatan pendidikan ini. Pada kesempatan yang berbahagia ini, saya sampaikan penghargaan dan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada yang terhormat : 1. dr. Kamaliah Muis, SpKK, selaku pembimbing utama tesis ini, yang telah bersedia meluangkan waktu, pikiran dan tenaga serta dengan penuh kesabaran selalu membimbing, memberikan nasehat, masukan dan koreksi kepada saya selama proses penyusunan tesis ini. 2. dr. Lukmanul Hakim Nasution SpKK,M.Kes selaku pembimbing kedua tesis ini yang telah bersedia meluangkan waktu, pikiran dan tenaga serta dengan penuh kesabaran selalu membimbing, memberikan nasehat, masukan dan koreksi kepada saya selama proses penyusunan tesis ini. 3. Prof. Dr. dr. Irma D.Roesyanto-Mahadi, SpKK(K), sebagai Ketua Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk mengikuti pendidikan spesialis di bidang Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran. 4. dr. Chairiyah Tanjung, SpKK(K) sebagai Ketua Program Studi Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara yang telah membimbing, memberikan nasehat, masukan dan motivasi kepada saya selama menjalani pendidikan sehari-hari. 5. Prof. DR. Syahril Pasaribu, SpA(K), DTM&H, Bapak Rektor Universitas Sumatera Utara, dan Prof. Dr. Chairuddin P. Lubis, SpA(K), DTM&H, Bapak Rektor pada saat saya diterima sebagai peserta program pendidikan dokter spesialis yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk dapat melaksanakan studi pada Universitas yang Bapak pimpin. 6. Prof. dr. Gontar A. Siregar, SpPD-KGEH, Bapak Dekan Fakultas Kedokteran, yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk mengikuti Program Pendidikan Dokter Spesialis di Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara. 7. Prof dr Mansur A Nasution SpKK(K), DR dr Nelva K Jusuf SpKK(K) dan dr. Mila Darmi, SpKK, sebagai anggota tim penguji, yang telah memberikan bimbingan dan koreksi untuk penyempurnaan tesis ini. 8. Para guru besar serta seluruh staf pengajar di Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin FK USU, RSUP H.Adam Malik Medan dan RSUD Dr Pirngadi Medan yang tidak dapat saya sebutkan satu persatu, yang telah membantu dan membimbing saya selama mengikuti pendidikan ini. 9. Bapak Direktur RSUP H.Adam Malik Medan dan Direktur RSUD Dr. Pirngadi Medan yang telah memberikan kesempatan dan fasilitas kepada saya selama menjalani pendidikan keahlian

8 10. Seluruh staf/pegawai dan perawat di Bagian Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin, di RSUP H.Adam Malik Medan dan RSUD Dr. Pirngadi Medan, terima kasih atas bantuan, dukungan, dan kerjasama yang baik selama ini. 11. Seluruh staf/pegawai Laboratorium Terpadu dan Laboratorium Mikrobiologi FK USU terima kasih atas bantuan dan kerjasamanya yang baik dalam penyelesaian tesis saya ini. 12. Kedua orangtua saya tercinta Prof. dr. Sjabaroeddin Loebis SpA(K) dan dr. Yuniar Siregar SpKK yang dengan penuh cinta kasih, keikhlasan, doa, kesabaran, dan pengorbanan yang luar biasa untuk mengasuh, mendidik, dan membesarkan saya, serta tidak bosan-bosannya memotivasi saya untuk terus melanjutkan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi. Kiranya hanya Allah SWT yang dapat membalas segalanya. 13. Bapak dan Ibu mertua saya Alm Djenda Ginting dan P.Bangun terima kasih atas doa dan dukungan yang telah diberikan kepada saya. 14. Suami dan anak saya tercinta dr M Yusuf Paska Ginting & M Raka Malik Safa Ginting terima kasih yang setulus-tulusnya atas segala pengorbanan, kesabaran, pengertian, dukungan, doa, semangat serta bantuan di setiap saat hingga saya dapat menyelesaikan pendidikan ini. 15. Abang,adik saya tercinta dan saudara ipar saya, terima kasih atas doa dan dukungan yang telah diberikan kepada saya selama ini. 16. Teman seangkatan saya tersayang, dr. Wahyuni Widiyanti S, dr. Irina Damayanti, dr Cut Putri H, dr. Rini Amanda C S, Mked(KK), SpKK, dan dr. Ahmad Fajar, Mked(KK), SpKK, terima kasih untuk kerja sama, kebersamaan, waktu dan kenangan yang tidak akan pernah terlupakan selama menjalani pendidikan ini. 17. Semua teman-teman PPDS Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran yang tidak dapat saya sebutkan satu persatu yang telah memberikan bantuan, dukungan, dan kerjasama kepada saya selama menjalani masa pendidikan dan penyelesaian tesis ini, saya ucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya. 18. Seluruh keluarga dan handai tolan yang tidak dapat saya sebutkan satu persatu, baik secara langsung maupun tidak langsung, yang telah banyak memberikan bantuan, baik moril maupun materil, saya ucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya. Saya menyadari bahwa tesis ini masih memiliki banyak kekurangan. Oleh karena itu saya mengharapkan kritik dan saran yang membangun demi kesempurnaan tesis ini. Kiranya tesis ini dapat memberikan manfaat bagi kita semua.

9 Akhir kata, dengan penuh kerendahan hati, izinkanlah saya untuk menyampaikan permohonan maaf yang setulus-tulusnya atas segala kesalahan, kekhilafan dan kekurangan yang telah saya lakukan selama proses penyusunan tesis dan selama saya menjalani pendidikan. Semoga segala bantuan, dorongan dan petunjuk yang telah diberikan kepada saya selama menjalani pendidikan, kiranya mendapat balasan yang berlipat ganda dari Allah SWT. Medan, Agustus 2014 Penulis dr Nova Zairina Lubis

10 DAFTAR ISI Halaman ABSTRAK... ABSTRACT... KATA PENGANTAR... DAFTAR ISI... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR TABEL... DAFTAR SINGKATAN... DAFTAR LAMPIRAN... i ii iii vi viii ix x xi BAB I PENDAHULUAN Latar Belakang Rumusan Masalah Tujuan Penelitian Tujuan Umum Tujuan Khusus Manfaat Penelitian... 6 BAB II TINJAUAN PUSTAKA Onikomikosis Definisi Epidemiologi Anatomi Kuku Fisiologi Kuku Etiologi Gambaran Klinis Diagnosis Pemeriksaan Penunjang Kerangka Teori Kerangka Konsep BAB III METODE PENELITIAN Desain Penelitian Waktu dan Tempat Penelitian Waktu Penelitian Tempat Penelitian Populasi dan Sampel Populasi Sampel Besar Sampel Cara Pengambilan Sampel Penelitian Identifikasi Variabel Variabel Bebas Variabel Terikat... 27

11 3.7. Kriteria Inklusi dan Eksklusi Kriteria Inklusi Kriteria Eksklusi Alat, Bahan dan Cara Kerja Alat dan Bahan Cara Kerja Definisi Operasional Kerangka Operasional Rencana Pengolahan dan Analisis Data Ethical Clearance BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN Karakteristik Subjek Penelitian Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Jenis Kelamin Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Umur Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Pekerjaan Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Gambaran Klinis Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Lokasi Kuku Distribusi Spesies Jamur Pada Kultur dan PCR-RFLP Sensitivitas, Spesifisitas, Positive Predictive Value, Negative Predictive Value, Rasio Kemungkinan Positif, Rasio Kemungkinan Negatif dan Akurasi BAB V KESIMPULAN DAN SARAN Kesimpulan Saran DAFTAR PUSTAKA LAMPIRAN... 55

12 DAFTAR GAMBAR Nomor Judul Halaman 2.1. Anatomi Kuku Onikomikosis Subungual Distal dan Lateral Onikomikosis Superfisial Putih Onikomikosis Subungal Proksimal Onikomikosis Distrofik Total Onikomikosis Candida Bagan Proses Tehnik PCR Elektroforesis Gel Agarose untuk Amplifikasi Hasil PCR dalam Menemukan Elemen Jamur pada Onikomikosis Bentuk Elektroforesis ITS-RFLP untuk Identifikasi Jamur Dermatofita Strategi Pemeriksaan Agen Jamur Penyebab Infeksi Diagram Kerangka Teori Diagram Kerangka Konsep Diagram Kerangka Operasional... 36

13 DAFTAR TABEL Nomor Judul Halaman 4.1. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Jenis Kelamin Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Umur Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Pekerjaan Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Gambaran Klinis Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Lokasi Kuku Distribusi Frekuensi Jenis Jamur Pada Kultur Penderita Onikomikosis di Rumah Sakit H. Adam Malik Medan Tahun Distribusi Frekuensi Jenis Jamur Pada PCR-RFLP Penderita Onikomikosis di Rumah Sakit H. Adam Malik Medan Tahun Distribusi Subjek Penelitian pada Pemeriksaan PCR-RFLP Dibandingkan dengan Pemeriksaan Kultur Jamur... 45

14 DAFTAR SINGKATAN datp dctp dgtp DNA dntps dttp FDA ITS NPV OK OSD OSP OSPT PAS PCR PCR-RFLP PDA PPV RKN RKP SDA TAPJ : Deoxyadenin triphosphates : Deoxycystein triphosphates : Deoxyguanin triphosphates : Deoxyribonucleic Acid : Deoxynucleotide triphosphates : Deoxythymin triphosphates : Food and Drug Administration : Internal Transcribed Spacer : Negative Predictive Value : Onikomikosis Kandida : Onikomikosis Subungual Distal : Onikomikosis Subungual Proksimal : Onikomikosis Superfisial Putih : Periodic Acid Schiff : Polymerase Chain Reaction : Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism : Potato Dextrose Agar : Positive Predictive Value : Rasio Kemungkinan Negatif : Rasio Kemungkinan Positif : Sabouraud s Dextrose Agar : Tidak ada pertumbuhan jamur

15 DAFTAR LAMPIRAN Lampiran 1. Lampiran 2. Lampiran 3. Lampiran 4. Lampiran 5. Lampiran 6. Lampiran 7. Lembar Penjelasan kepada Calon Subjek Penelitian Lembar Persetujuan Setelah Penjelasan (Informed Consent) Status Penelitian Output SPSS Foto-foto Sampel Foto-foto Proses PCR Master Tabel