ANALISIS KESTABILAN PROTEIN 1GB1 MENGGUNAKAN SIMULASI DINAMIKA MOLEKUL JELLYTA HATI
|
|
- Ida Irawan
- 7 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 ANALISIS KESTABILAN PROTEIN 1GB1 MENGGUNAKAN SIMULASI DINAMIKA MOLEKUL JELLYTA HATI DEPARTEMEN FISIKA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2014
2
3 PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA* Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Analisis Kestabilan Protein 1GB1 Menggunakan Simulasi Dinamika Molekul adalah benar karya saya dengan arahan dari dosen pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini. Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut Pertanian Bogor. Bogor, Februari 2014 Jellyta Hati NIM G
4 ABSTRAK JELLYTA HATI. Analisis Kestabilan Protein 1GB1 Menggunakan Simulasi Dinamika Molekul. Dibimbing oleh TONY IBNU SUMARYADA dan SETYANTO TRI WAHYUDI. Mekanisme untuk menjelaskan stabilitas protein masih menjadi masalah utama yang tidak dipahami sepenuhnya. Salah satu masalah adalah memahami kestabilan termal yang tinggi dari protein 1GB1. Kestabilan termal protein 1GB1 dapat dianalisis menggunakan teknik simulasi dinamika molekul. Penelitian ini bertujuan mempelajari dinamika molekul serta kestabilan termal protein 1GB1 dalam rentang simulasi hingga 100 ns. Proses simulasi terdiri dari tahap preparasi, minimisasi, pemanasan, ekuilibrasi, dan produksi. File koordinat awal 1GB1 dapat diunduh dari Protein Data Bank (PDB). Pengaruh termal yang diberikan adalah suhu sebesar 450K dan 475K selama 100 ns, sedangkan 500K dibatasi selama 2 ns. Proses unfolding terjadi pada suhu 475K saat 95 ns dan 500K saat 745 ps. Saat itulah struktur sekunder mengalami perubahan, namun hanya sebagian pada suhu 475K. Struktur α-helix dan β-hairpin rusak (collapse) hampir seluruhnya pada suhu 500K. Kata kunci: protein 1GB1, simulasi dinamika molekul, stabilitas termal, unfolding ABSTRACT JELLYTA HATI. Analysis of the Stability of 1GB1 Protein Using Molecular Dynamics Simulation. Supervised by TONY IBNU SUMARYADA and SETYANTO TRI WAHYUDI. A mechanism to explain the stability of the protein is still a major problem that is not fully understood. One of the problem is understanding the high thermal stability of 1GB1 protein. The thermal stability of 1GB1 protein can be analyzed using molecular dynamics simulation technique. The aim of this research is to learn molecular dynamics and thermal stability of 1GB1 protein in the range of simulation up to 100 ns. Simulation process consists of the preparation, minimization, heating, equilibration, and production run. The initial coordinate file 1GB1 can be downloaded from Protein Data Bank. The influence of thermal that given by this simulation are 450K and 475K for 100 ns, while 500K is bounded for 2 ns. For 475K simulation, the unfolding process occured at 95 ns indicated by the dissappearance of some secondary structure. For 500K simulation, the unfolding process occured at 745 ps indicated by the dissappearance of most of the secondary structure (collapsing of α-helix and β-hairpin structure). Keywords: molecular dynamics simulation, 1GB1 protein, thermal stability, unfolding
5 ANALISIS KESTABILAN PROTEIN 1GB1 MENGGUNAKAN SIMULASI DINAMIKA MOLEKUL JELLYTA HATI Skripsi sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Sains Pada Departemen Fisika DEPARTEMEN FISIKA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2014
6
7 Judul Skripsi : Analisis Kestabilan Protein 1GB1 Menggunakan Simulasi Dinamika Molekul Nama : Jellyta Hati NIM : G Disetujui oleh Dr. Tony Ibnu Sumaryada Pembimbing I Setyanto Tri Wahyudi, M.Si Pembimbing II Diketahui oleh Dr. Akhiruddin Maddu Ketua Departemen Fisika Tanggal Lulus :
8 PRAKATA Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT yang telah melimpahkan rahmat dan karunia-nya sehingga penulis dapat menyelesaikan karya ilmiah yang berjudul Analisis Kestabilan Protein 1GB1 Menggunakan Simulasi Dinamika Molekul. Shalawat beriring salam senantiasa tercurahkan kepada junjungan Nabi Muhammad SAW. Karya ilmiah ini disusun sebagai salah satu syarat kelulusan program sarjana di Departemen Fisika Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Institut Pertanian Bogor. Ucapan terima kasih penulis sampaikan kepada Bapak Dr. Tony Ibnu Sumaryada selaku pembimbing pertama dan Bapak Setyanto Tri Wahyudi, M.Si selaku pembimbing kedua. Disamping itu juga kepada orang tua, keluarga, staff, Eni, Roro, Hanna, dan rekan-rekan mahasiswa/i fisika yang senantiasa memberikan motivasi, semangat, dan saran selama ini. Penulis juga ingin mengucapkan terima kasih kepada Ibu Mersi Kurniati, M.Si selaku pembimbing akademik, Bapak Ardian Arief, M.Si selaku penguji dan kak Kania Nur Sawitri, S.Si yang sangat membantu penulis dalam memahami prosedur penelitian ini. Semoga karya ilmiah ini dapat bermanfaat untuk mengembangkan simulasi dinamika molekul di Departemen Fisika FMIPA-IPB. Bogor, Februari 2014 Jellyta Hati
9 DAFTAR ISI DAFTAR TABEL vi DAFTAR GAMBAR vi DAFTAR LAMPIRAN vi PENDAHULUAN 1 Latar Belakang 1 Perumusan Masalah 1 Tujuan Penelitian 1 Hipotesis 2 TINJAUAN PUSTAKA 2 Struktur Protein 1GB1 2 Stabilitas Termal Protein 3 Jari-Jari Girasi 3 Root Mean Square Deviation (RMSD) dan Root Mean Square Fluctuation (RMSF) 3 Jembatan Garam 3 Solvent Accessible Surface Area (SASA) 4 Ikatan Hidrogen 4 Energi 4 METODE 4 Waktu dan Tempat 4 Alat 4 Studi Pustaka 5 Preparasi Molekul 5 Simulasi Dinamika Molekul 5 Pengolahan Hasil Simulasi 5 HASIL DAN PEMBAHASAN 6 Validasi 6 Struktur Sekunder 6 Jari-Jari Girasi 7 RMSD 8 RMSF 9 Energi 9 Ikatan Hidrogen 10 SASA 11 Jembatan Garam 13 SIMPULAN DAN SARAN 14 Simpulan 14 Saran 15 DAFTAR PUSTAKA 15 LAMPIRAN 17 RIWAYAT HIDUP 20
10 DAFTAR TABEL 1 Residu penyusun struktur sekunder protein 1GB1 2 2 Pasangan residu penyusun jembatan garam setiap variasi suhu 13 DAFTAR GAMBAR 1 Nilai faktor beta kristal 1GB1 dengan simulasi 300K 6 2 Struktur sekunder dengan suhu (a) 450K selama 100 ns, (b) 475K selama 100 ns dan (c) 500K selama 2 ns 7 3 Jari-jari girasi selama simulasi dengan suhu (a) 450K dan 475K, (b) 500K 8 4 RMSD selama simulasi dengan suhu (a) 450K dan 475K, (b) 500K 8 5 RMSF dengan suhu (a) 450K dan 475K selama 100 ns, (b) 500K selama 2 ns 9 6 Energi konformasi dan non-ikatan selama simulasi dengan variasi suhu 10 7 Jumlah ikatan hidrogen selama simulasi dengan variasi suhu 11 8 Nilai SASA selama simulasi dengan variasi suhu 12 9 Energi elektrostatik pasangan jembatan garam E15-K4 (a) 450K dan 475K, (b) 500K Energi elektrostatik pasangan jembatan garam E27-K31 (a) 450K dan 475K, (b) 500K 14 DAFTAR LAMPIRAN 1 Data faktor beta PDB dan simulasi 300K 17 2 Posisi pasangan jembatan garam pada struktur sekunder protein 1GB1 (a) E15-K4 suhu 475K, (b) E27-31 suhu 475K, (c) E-15-K4 suhu 500K, (d) E27-K31 suhu 500K 18 3 Konformasi akhir setiap variasi suhu (a) 450K, (b) 475K, (c) 500K 18 4 Karakteristik residu pada protein 1GB1 19
11 PENDAHULUAN Latar Belakang Protein merupakan rantai molekul panjang tersusun dari monomer yang membentuk bahan struktural jaringan tubuh. Ikatan peptida terbentuk dari gabungan asam amino melalui sintesis dehidrasi menjadi polipeptida yang membentuk menjadi protein. Protein berperan dalam penyusun utama makhluk hidup. Beberapa fungsi protein diantaranya sebagai elemen struktural, sintesis hormon, enzim dan antibodi serta terlibat dalam transportasi oksigen. Protein dapat melipat secara fungsional dalam bentuk konformasi pada jangka waktu milisekon serta seringkali dapat refold jika konformasi mereka menjadi terganggu atau terdenaturasi. 1 Mekanisme untuk menjelaskan sifat stabilitas protein masih menjadi masalah utama yang tidak dipahami sepenuhnya. Banyak faktor yang mempengaruhi stabilitas termal protein. Proses pelipatan dari kebanyakan protein adalah fenomena fisik murni yang tergantung pada urutan asam amino tertentu dari protein dan lingkungan pelarut. 2 Struktur protein dapat memberikan informasi pemahaman terhadap karakter dan aktivitas protein. Struktur tiga dimensi dapat ditentukan menggunakan metode kristalografi sinar-x (X-ray crystallography) dan Nuclear Magnetic Resonance (NMR). Kristalografi sinar-x merupakan metode yang menggunakan pancaran sinar-x yang ditembakkan ke suatu protein yang memiliki kemurnian tinggi sehingga berbentuk kristal. Pancaran tersebut akan terhamburkan dan hamburan yang muncul memberikan informasi struktur kristal protein. Sedangkan informasi struktural tingkat atom dari protein pada keadaan unfolded dapat menggunakan metode NMR. Informasi tersebut penting dalam karakterisasi proses pelipatan protein. 3 Molekul mengalami perubahan konformasi (ikatan, sudut dihedral dan rotasi) molekul secara keseluruhan. 4 Simulasi dinamika molekul merupakan teknik yang digunakan dalam mempelajari stabilitas enzim atau protein, struktur protein, perubahan konformasi, pelipatan protein, pengangkutan ion pada sistem biologi, evaluasi struktur hasil kristalografi sinar-x dan NMR, serta perancangan obat. 5 Terdapat banyak jenis protein di alam ini. Setiap protein memiliki sifat kestabilan termal yang berbeda. Kestabilan termal yang tinggi dimiliki salah satunya pada protein 1GB1. Perumusan Masalah 1. Bagaimana dinamika dan kestabilan protein 1GB1 dalam rentang waktu simulasi yang panjang (100 ns)? 2. Bagaimana pengaruh suhu terhadap dinamika serta proses unfolding protein 1GB1? 3. Jenis interaksi apakah yang berperan terhadap kestabilan termal protein 1GB1? Tujuan Penelitian Tujuan dari penelitian ini adalah mempelajari dinamika molekul serta kestabilan termal protein 1GB1 dalam rentang simulasi hingga 100 ns.
12 2 Hipotesis Protein 1GB1 memiliki kestabilan termal yang tinggi dan akan mengalami proses unfolding pada suhu yang tinggi. TINJAUAN PUSTAKA Struktur Protein 1GB1 Protein terdiri dari kumpulan kovalen dua puluh asam amino yang berbeda. Dua puluh asam amino standar masing-masing terdiri dari sebuah gugus karboksil, gugus amino, dan rantai samping yang disebut residu. Residu inilah yang menjadikan asam amino berbeda yang akan berpengaruh keseluruhan terhadap suatu protein. Struktur protein terdiri dari struktur primer, sekunder, tersier, dan kuartener. Struktur sekunder merupakan struktur tiga dimensi dari rangkaian asam amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Struktur sekunder ini terdiri dari alpha helix, beta sheet, turn, dan coil. Protein 1GB1 merupakan jenis protein kompleks yang terdiri dari empat rantai peptida. Protein ini adalah jenis antibodi utama yang ditemukan di aliran darah. Sifat pengikatan protein ini berfungsi dalam menghindari pertahanan inang dari suatu organisme. Protein 1GB1 termasuk dalam kelompok G Streptococcus dengan domain B1 yang terdiri dari 56 residu. Residu ini membentuk 2 pasang betahairpin, 2 coil, 2 turn dan 1 alpha-helix seperti terlihat pada Tabel 1. Kestabilan termal dari protein 1GB1 ini dapat dipertanggungjawabkan oleh topologi yang luar biasa, berhubungan dengan ikatan hidrogen yang tinggi, sifat hidropobik pada bagian dalam protein, dan sifat hidropilik bagian luar protein. 6 Tabel 1 Residu penyusun struktur sekunder protein 1GB1. 7 No Struktur Sekunder Index Residu Kode Residu 1 Beta-sheet 2 s/d 8 T, Y, K, L, I, L, N 13 s/d 19 K, G, E, T, T, T, E 42 s/d 46 E, W, T, Y, D 51 s/d 55 T, F, T, V, T 2 Alpha-helix 23 s/d 37 A, A, T, A, E, K, V, F, K, Q, Y, A, N, D, N 3 Turn 9 s/d 12 G, K, T, L 47 s/d 50 D, A, T, K 4 Coil 1 M 20 s/d 22 A, V, D 38 s/d 41 G, V, D, G 56 E
13 3 Stabilitas Termal Protein Stabilitas termal suatu protein merupakan kemampuan protein dalam mempertahankan struktur pada keadaan folded sebagai respon terhadap energi tinggi. Unfolding terjadi saat keadaan protein tidak stabil sehingga memiliki energi yang lebih tinggi dari keadaan folded. Mekanisme unfolding digambarkan dalam empat keadaan F H S U F (frayed) adalah keadaan struktur berjumbai saat folded. H adalah keadaan inti hidropobik terbungkus tanpa struktur sekunder. S adalah keadaan sebagian inti hidropobik terlarut. U adalah keadaan unfolded sempurna. 8 Parameter yang dapat digunakan untuk menjelaskan proses unfolding protein, diantaranya adalah: Jari-jari Girasi Jari-jari girasi pada penelitian ini menunjukkan kepadatan dan kelarutan dari gugus hidropobik serta merujuk pada atom berat sisi rantai aromatik di gugus hidropobik. 8 Peningkatan nilai jari-jari girasi suatu simulasi menunjukkan volume struktur protein yang semakin membesar secara geometri. Peningkatan volume ini menggambarkan semakin berkurangnya kerapatan molekul protein atau semakin berkurangnya kekompakan struktur. 9 Jari-jari girasi didefinisikan sebagai akar kuadrat rata-rata jarak antara atom dengan pusat gravitasi rantai molekul. R 2 2 G = ( i<j r ij ) (n + 1) 2 (1) dimana r ij adalah vektor jarak atom ke-i dan atom ke-j. 10 Root Mean Square Deviation (RMSD) dan Root Mean Square Fluctutation (RMSF) RMSD bergantung pada atom yang digunakan serta dapat menjelaskan prosedur pelipatan protein dan mengetahui waktu saat perubahan konformasi. 11 RMSD adalah jarak rata-rata antara konformasi dan struktur referensi. 4 RMSD = i m i (r ref 1 r i ) 2 m 1 i (2) RMSF menunjukkan tingkat fleksibilitas residu protein selama simulasi. Nilai RMSF yang tinggi merupakan daerah dengan fleksibilitas yang tinggi. RMSF bertujuan mengukur deviasi antara posisi atom dan beberapa struktur referensi yang dapat diinterpretasikan menjadi RMSF (v) = 1 T (v T i=1 i v ) 2 (3) dimana T adalah jumlah frame, v i adalah kedudukan residu pada frame ke-i, dan v adalah kedudukan rata-rata residu selama frame T. 12 Jembatan Garam Jembatan garam dihasilkan dari interaksi elektrostatik antara COO pada residu polar negatif (Glutamic acid atau Aspartic acid) dengan NH 3 + residu polar
14 4 positif (Lysine). 7 Jembatan garam di protein dengan kestabilan suhu tinggi lebih sering dihubungkan dengan sisi gugus hidropobik dibandingkan dengan susunan interaksi elektrostatiknya. 13 Solvent Accessible Surface Area (SASA) SASA menggambarkan luasan area permukaan protein yang dapat diakses oleh molekul pelarut. SASA digunakan sebagai proxy sederhana untuk fleksibilitas protein. Ini menunjukkan hubungan yang kuat antara fleksibilitas protein terikat dan perubahan konformasi yang mengikat protein. 14 Ikatan Hidrogen Ikatan hidrogen terjadi akibat gaya tarik antarmolekul antara dua muatan listrik parsial dengan polaritas yang berlawanan. Ikatan hidrogen termasuk jenis ikatan yang lebih kuat dari gaya antarmolekul lainnya, tetapi lebih lemah dibandingkan dengan ikatan kovalen dan ikatan ion. 15 Ikatan hidrogen terbentuk dari interaksi antara sebuah atom hidrogen dari molekul atau fragment molekul X- H, X memiliki kelebihan elektronegatifan daripada H. 16 Energi Gradien energi potensial yang bekerja pada atom-atom terhadap koordinat masing-masing dalam struktur ruang 3D menggambarkan interaksi intramolekul. Fungsi energi potensial dalam simulasi dinamika molekul diberikan oleh force field, yaitu fungsi yang mendefinisikan gaya-gaya yang bekerja pada suatu atom individual pada keadaan energi rendah. Energi potensial dapat dipengaruhi oleh kelompok interaksi internal dan eksternal. Interaksi internal meliputi energi ikatan, sudut ikatan dan sudut dihedral. Interaksi eksternal meliputi non-kovalen dan nonikatan. Jenis interaksi non-ikatan adalah interaksi elektrostatik (potential Coulomb) dan interaksi van der Waals (potential Lennard-Jones). 9 METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan pada bulan September 2013 sampai bulan Februari Tempat penelitian dilakukan di Laboratorium Fisika Teori dan Komputasi, Departemen Fisika, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor. Alat Penelitian ini menggunakan peralatan berupa alat tulis, komputer dengan spesifikasi 3,40 GHz, 12 GB RAM, dan laptop dengan spesifikasi 1,70 GHz, 4 GB RAM menggunakan sistem operasi Linux Ubuntu Program pendukung VMD 1.9.1, NAMD 2.9, CatDCD 4.0, Gnuplot 4.6.4, Gimp 2.8, dan Ms.Excel VMD digunakan pada tahap preparasi, analisis, menampilkan, dan menganimasikan molekul. NAMD sebagai simulator dinamika molekul. Sedangkan yang lain digunakan dalam tahap pengolahan data.
15 5 Studi Pustaka Studi pustaka dilakukan agar dapat memahami konsep dan fungsi protein 1GB1, stabilitas termal suatu protein, simulasi dinamika molekul, dan analisis dinamika molekul. Preparasi Molekul Pada awal preparasi ini dibutuhkan file 1GB1.pdb yang mengandung koordinat atom dari hasil kristalografi sinar-x dan NMR sehingga struktur tiga dimensi protein 1GB1 dapat ditentukan. File ini dapat diunduh dari Protein Data Bank (PDB). Langkah pertama, 1GB1.pdb diatur jumlah framenya menjadi sama dengan satu. Kemudian atom hidrogen dihilangkan yang akan menghasilkan keluaran 1GB1-noh.pdb. Agar memudahkan perhitungan selanjutnya, pusat koordinat digeser ke (0,0,0). Kedua, membuat file 1GB1-psf.pdb dan 1GB1-psf.psf melalui automatic psf builder. Hal tersebut diperlukan untuk menerapkan medan gaya tertentu ke dalam sistem molekul. Ketiga, melarutkan molekul agar sistem mendekati keadaan sebenarnya, melalui add solvation box dibuat kotak air berdimensi (80x80x80)Å sebagai wadah pelarut molekul 1GB1. Keluaran tahap ini adalah 1GB1-solv.pdb dan 1GB1-solv.psf. Keempat, penetralan sistem, molekul masih mengandung ion-ion dari residu polar sehingga diperlukan penetralan. Melalui add ions digunakan penetral sistem NaCl 0.15 M. Keluarannya adalah 1GB1-ion.pdb dan 1GB1-ion.psf. Simulasi Dinamika Molekul Simulasi ini melakukan empat tahap menggunakan program NAMD dengan masukan awal file konfigurasi. File ini sebagai pengontrol sistem yang berisi parameter dalam menjalankan simulasi. File topologi yang digunakan adalah par_all27_prot_na_lipid.inp. Tahap pertama adalah minimisasi. Minimisasi bertujuan untuk meminimalkan energi pada molekul. Masukan awal adalah 1GB1- ion.pdb dan 1GB1-ion.psf hasil dari preparasi molekul. Kedua, pemanasan, masukan awal adalah hasil dari minimisasi. Pada awal simulasi sistem bersuhu 0K, suhu akhir akan divariasikan menjadi 450K, 475K dan 500K. Ketiga, ekuilibrasi, suhu sistem dijaga konstan dengan protokol Langevin. Kemudian tahap terakhir adalah production run. Pada tahap inilah simulasi dinamika molekul dijalankan. Molekul dibiarkan bebas bergerak dengan cara suhu sistem tidak dikontrol lagi. Tahap ini dilakukan selama 100 ns, kecuali untuk suhu 500K selama 2 ns. Simulasi suhu 300K juga dilakukan namun hanya selama 10 ns. Hal ini diperlukan untuk validasi data, sehingga dapat dipastikan variasi suhu selanjutnya dapat dilanjutkan. Pengolahan Hasil Simulasi Keluaran dari tahap akhir simulasi dinamika molekul adalah file 1GB1- md.dcd. File ini dimasukkan ke program VMD. Data yang diperoleh tersebut menghasilkan grafik yang dibutuhkan untuk analisis kestabilan termal protein 1GB1, yaitu struktur sekunder, jari-jari girasi, RMSD, RMSF, energi, ikatan hidrogen, SASA, dan jembatan garam.
16 6 HASIL DAN PEMBAHASAN Validasi Setiap penelitian dengan metode komputasi perlu divalidasi untuk memastikan bahwa hasil simulasi sesuai dengan hasil eksperimen. Validasi dilakukan dengan membandingkan faktor beta hasil simulasi dengan faktor beta data eksperimen yang diperoleh dari PDB (data disajikan pada Lampiran 1). Faktor beta menggambarkan pergeseran kerapatan elektron suatu atom pada kristal. Nilai faktor beta simulasi dapat diperoleh dari nilai RMSF atom-atom C-α dari simulasi pada suhu 300K. Data validasi dapat dilihat pada Gambar 1. Gambar 1 Nilai faktor beta kristal 1GB1 dengan simulasi 300K Gambar 1 menunjukkan bahwa hasil simulasi memiliki pola yang sama terhadap data eksperimen. Hal ini berarti model simulasi pada penelitian ini memiliki validitas yang baik sehingga model dapat digunakan untuk variasi suhu yang lain. Struktur Sekunder Analisis struktur sekunder memberi informasi terhadap perubahan struktur protein selama simulasi berlangsung. Gambar 2(a) merupakan struktur sekunder pada suhu 450K, terlihat bahwa β-hairpin mengalami gangguan perubahan struktur, namun sampai akhir simulasi struktur sekunder masih tetap lengkap meskipun sedikit mengalami perubahan. Pada Gambar 2(b) terlihat bahwa pengaruh suhu 475K dapat menganggu struktur sekunder protein ini. Simulasi selama 100 ns menyebabkan struktur α-helix dan β-hairpin mengalami perubahan. Ini mengindikasikan terjadinya unfolding tahap awal. Unfolding terjadi saat keadaan protein tidak stabil sehingga memiliki energi yang lebih tinggi dari keadaan native. Sedangkan pada Gambar 2(c) menunjukkan bahwa pengaruh suhu 500K dapat menyebabkan terjadinya perubahan yang hampir sempurna pada struktur sekunder protein. Struktur β-hairpin dan α-helix berubah menjadi turn maupun coil.
17 7 (a) (b) Keterangan: Beta-sheet Alpha helix Turn Coil (c) Gambar 2 Struktur sekunder dengan suhu (a) 450K selama 100 ns, (b) 475K selama 100 ns, dan (c) 500K selama 2 ns Jari-Jari Girasi Analisis terhadap jari-jari girasi selama simulasi merupakan salah satu parameter yang dapat mempelajari proses terjadinya unfolding. Jari-jari girasi menggambarkan kekompakan struktur protein. Jika terjadi peningkatan jari-jari girasi maka kekompakan struktur protein berkurang. Grafik dibawah ini merupakan data yang diperhalus dengan moving average untuk setiap 50 frame. Gambar 3(a) menunjukkan perbandingan nilai jari-jari girasi pada suhu 450K dan 475K. Terlihat perbedaan yang sangat signifikan pada waktu sekitar 95 ns. Nilai jari-jari girasi suhu 475K mengalami kenaikan yaitu sebesar 11 sampai 14.5 Å. Molekul protein berekspansi dan mengalami peningkatan volume. Hal ini mengindikasikan bahwa terjadi proses unfolding. Begitu juga pada suhu 500K yang dipresentasikan pada Gambar 3(b), nilai jari-jari girasi meningkat dari 11 sampai 17.5 Å pada waktu sekitar 745 ps. Waktu terjadinya unfolding yang sangat cepat ini disebabkan oleh pengaruh suhu yang lebih tinggi. Setelah mengalami peningkatan yang cukup drastis, nilai jari-jari girasi kembali turun namun memiliki nilai yang lebih tinggi dibanding sebelum terjadi unfolding. Peningkatan jari-jari girasi juga terkait dengan berkurangnya ikatan hidrogen intramolekular yang menjaga kekompakan protein. Hal ini berarti pada suhu 475K saat 95 ns dan suhu 500K saat 745 ps, kekompakan protein berkurang.
18 8 (a) Gambar 3 Jari-jari girasi selama simulasi dengan suhu (a) 450K dan 475K, (b) 500K RMSD Analisis RMSD menggambarkan terjadinya perubahan struktur protein selama simulasi. Nilai RMSD yang berfluktuasi menunjukkan proses perubahan konformasi dari awal sampai akhir simulasi. Tercapainya keseimbangan suatu simulasi juga dapat dilihat dari nilai RMSD ketika menunjukkan kecenderungan linear. Gambar 4(a) menunjukkan fluktuasi nilai RMSD pada suhu 450K dan 475K selama simulasi 100 ns. Pada suhu 450K, tidak terjadi perubahan nilai RMSD yang signifikan. Hal ini berarti tidak terjadi perubahan konformasi yang cukup besar selama simulasi berlangsung. Sedangkan pada suhu 475K saat 95 ns nilai RMSD meningkat drastis dari 3 sampai 12 Å. Suhu 500K saat 745 ps juga menunjukkan hasil yang sama yaitu terjadi perubahan nilai RMSD yang cukup besar dari 1 sampai 9.5 Å. Peningkatan RMSD ini mengindikasikan bahwa terjadi perubahan struktur protein selama simulasi sehingga dapat dikatakan terjadi proses unfolding. Kesetimbangan sistem yaitu kesetimbangan konformasi protein juga dapat dilihat pada suhu 500K yang terjadi pada 1200 ps yang ditunjukkan pada nilai RMSD yang sudah linear. (b) (a) Gambar 4 RMSD selama simulasi dengan suhu (a) 450K dan 475K, (b) 500K (b)
19 9 RMSF Analisis RMSF pada simulasi dinamika molekul dapat mempelajari daerah fleksibel suatu protein. Nilai RMSF pada hasil simulasi ini adalah nilai dari pergerakan atom-atom C-α pada suatu residu yang dipresentasikan pada Gambar 5. Gambar 5(a) menunjukkan perbedaan nilai RMSF pada suhu 450K dan 475K, dapat diamati suhu 475K memiliki nilai RMSF yang lebih tinggi dibanding 450K. Daerah fleksibel untuk suhu 475K lebih banyak, ditunjukkan oleh banyaknya puncak yang muncul yaitu residu M1, T11, V21, D41, D48, dan E56. Sedangkan pada suhu 500K yang dipresentasikan pada Gambar 5(b), daerah fleksibel menjadi semakin bertambah. Hal ini juga semakin mendukung bahwa terjadi proses unfolding. Banyak residu menjadi fleksibel seiring dengan meningkatnya suhu. (a) Gambar 5 RMSF dengan suhu (a) 450K dan 475K selama 100 ns, (b) 500K selama 2 ns Energi Analisis terhadap perubahan energi selama simulasi juga dapat mempelajari proses terjadinya unfolding sehingga dapat menjelaskan stabilitas termal protein. Energi potensial ini meliputi energi interaksi internal yang biasa disebut sebagai energi konformasi yaitu energi ikatan, sudut ikatan dan sudut dihedral, serta interaksi eksternal yaitu non-kovalen dan non-ikatan. Jenis interaksi non-ikatan adalah interaksi elektrostatik dan interaksi van der Waals. Grafik sudah diperhalus dengan moving average untuk setiap 100 frame. Sepanjang simulasi, protein mengalami perubahan konformasi sehingga membutuhkan sejumlah energi. Gambar 6(a) menjelaskan perubahan energi konformasi yang fluktuatif pada suhu 450K dan 475K, sedangkan Gambar 6(b) pada suhu 500K. Dapat dilihat semakin tinggi suhu, energi konformasi semakin besar. Ini disebabkan oleh pengaruh suhu yang lebih tinggi sehingga energi yang dibutuhkan untuk mengalami konformasi juga lebih besar. Selain itu, terlihat pada 745 ps suhu 500K terjadi lonjakan energi yang sangat drastis sebesar 115 Kcal/mol. Begitu juga pada perubahan energi non-ikatan (Gambar 6(d)) meskipun lonjakan yang terjadi kecil. Hal ini disebabkan oleh pengaruh konsentrasi ion dalam sistem serta jumlah residu polar dan bermuatan yang tetap selama simulasi. Maka dapat dikatakan pada 745 ps terjadi perubahan konformasi yang cukup besar sekaligus memperkuat bahwa protein berada pada keadaan tidak stabil (unfolded). (b)
20 10 (a) (b) (c) Gambar 6 Energi konformasi dan non-ikatan selama simulasi dengan variasi suhu Ikatan Hidrogen Ikatan hidrogen termasuk salah satu parameter yang berperan dalam membentuk struktur sekunder protein. Ikatan hidrogen juga berperan dalam stabilitas dan fungsi protein. Perubahan struktur dan kestabilan protein selama simulasi dapat dijelaskan oleh jumlah ikatan hidrogen. Analisis yang dilakukan adalah ikatan hidrogen antar protein, backbone-backbone dan protein-pelarut. Gambar 7(a) dan 7(b) menunjukkan jumlah ikatan hidrogen protein-protein. Grafik yang ditampilkan ini diperhalus dengan moving average untuk setiap 100 frame. Pada suhu 450K dan 475K jumlah ikatan hidrogen berfluktuasi selama simulasi. Penurunan jumlah ikatan hidrogen terjadi pada suhu 500K saat 745 ps, namun kembali meningkat dan berfluktuasi seperti semula (Gambar 7(b)). Sedangkan pada Gambar 7(c) dan 7(d) menunjukkan jumlah ikatan hidrogen backbone-backbone dengan pola yang hampir sama pada jumlah ikatan hidrogen protein-protein. Penurunan jumlah ikatan hidrogen ini menggambarkan terjadinya ekspansi molekul protein sebagai salah satu tahap terjadinya unfolding. Gambar 7(e) dan 7(f) menunjukkan jumlah ikatan hidrogen protein-pelarut (air). Hasilnya dapat dilihat bahwa pada suhu 450K dan 475K sangat fluktuatif. Hal ini berbeda dengan suhu 500K, terlihat penurunan jumlah ikatan hidrogen yang sangat signifikan. Hasil simulasi sudah benar karena saat terjadi unfolding, wadah pelarut (air) pecah sehingga jumlah ikatan hidrogen antara protein dengan air berkurang. Dari hasil analisis ikatan hidrogen ini dapat dipresentasikan bahwa penurunan jumlah ikatan hidrogen menyebabkan terjadinya perubahan struktur sekunder protein dan mengalami unfolding. (d)
21 11 (a) (b) (c) (d) (e) Gambar 7 Jumlah ikatan hidrogen selama simulasi dengan variasi suhu SASA Analisis SASA dapat digunakan untuk menghitung luas area permukaan protein yang dapat diakses oleh molekul pelarut. Semakin besar nilai SASA menunjukkan semakin besar molekul protein berekspansi. Grafik pada Gambar 8 ini diperhalus dengan moving average untuk setiap 50 frame. Selama simulasi pada suhu 450K, nilai SASA total tidak berfluktuasi secara signifikan, namun pada suhu 475K nilai SASA total meningkat pada waktu 95 ns yaitu berkisar antara Å ditunjukkan pada Gambar 8(a). Pada suhu 500K (Gambar 8(b)) juga dapat dilihat peningkatan nilai SASA total yang sangat drastis yaitu pada 745 ps berkisar antara Å. Begitu juga untuk nilai SASA backbone, SASA polar dan SASA nonpolar. Peningkatan nilai SASA total ini menunjukkan bahwa area interior protein telah diakses oleh molekul pelarut serta pusat hidropobik dari molekul protein perlahan rusak. Hal ini juga menandakan terjadi proses unfolding. Semakin tinggi suhu simulasi, maka semakin cepat terjadinya peningkatan nilai SASA total. (f)
22 12 (a) (b) (c) (d) (e) (f) (g) Gambar 8 Nilai SASA selama simulasi dengan variasi suhu (h)
23 13 Jembatan Garam Setiap struktur protein memiliki beberapa kelompok residu polar bermuatan dan residu netral. Interaksi kedua jenis residu ini menghasilkan interaksi elektrostatik, contohnya jembatan garam. Seperti halnya ikatan hidrogen, interaksi elektrostatik berperan penting dalam stabilitas dan fungsi protein. Pada hasil simulasi beberapa pasangan jembatan garam muncul (Tabel 2), namun hanya tujuh pasang yang selalu muncul setiap variasi suhu, yaitu D40-K31, D47-K50, E15-K4, E15-K13, E27-K28, E27-K31, dan E56-K10. Tabel 2 Pasangan residu penyusun jembatan garam setiap variasi suhu Suhu Pasangan Suhu Pasangan Suhu Pasangan 450K D36-K10 475K D22-K50 500K D40-K31 D36-K13 D36-K10 D47-K4 D40-K10 D36-K31 D47-K50 D40-K31 D40-K10 E15-K4 D47-K50 E15-K4 E15-K13 E27-K28 E27-K31 E42-K10 E42-K31 E56-K10 E56-K31 D40-K31 D46-K10 D47-K10 D47-K50 E15-K4 E15-K13 E27-K28 E27-K31 E42-K31 E56-K10 E56-K13 E15-K13 E27-K28 E27-K31 E56-K10 E56-K31 Setiap jembatan garam ini memiliki energi elektrostatik yang berbeda. Jika energi tersebut menuju nol maka semakin kecil interaksi pasangan jembatan garam. Pasangan jembatan garam E15-K4 dan E27-K31 memiliki energi elektrostatik yang sangat fluktuatif pada suhu 450K dan 475K (Gambar 9(a) dan 10(a)) namun pada suhu 500K (Gambar 9(b) dan 10(b)), terlihat energi elektrostatik menuju nilai nol saat mengalami unfolding. Perubahan energi elektrostatik pasangan E15-K4 sebesar 95 Kcal/mol, sedangkan E27-K31 sebesar 45 Kcal/mol. Hal ini menunjukkan bahwa protein mengalami gangguan kestabilan. Dapat dilihat bahwa E15-K4 terletak pada struktur β-hairpin dan E27-K31 pada struktur α-helix yang disajikan pada Lampiran 2. Kedua struktur sekunder tersebut (dijelaskan pada subbab struktur sekunder) rusak (collapse) saat protein berada pada keadaan unfolded.
24 14 (a) Gambar 9 Energi elektrostatik pasangan jembatan garam E15-K4 (a) 450K dan 475K, (b) 500K (b) (a) Gambar 10 Energi elektrostatik pasangan jembatan garam E27-K31 (a) 450K dan 475K, (b) 500K (b) SIMPULAN DAN SARAN Simpulan Kestabilan termal dari protein 1GB1 dianalisis menggunakan teknik simulasi dinamika molekul. Perubahan pada struktur sekunder merupakan indikasi terjadinya unfolding yang berarti kestabilan protein terganggu. Selama simulasi, molekul berfluktuasi sebagai respon dari suhu yang diberikan. Peristiwa unfolding ini dijelaskan oleh beberapa parameter yang sudah dianalisis, yaitu meningkatnya jari-jari girasi, RMSD, energi konformasi, SASA dan bertambahnya jumlah residu yang lebih fleksibel. Keadaan unfolded terjadi pada suhu 475K saat 95 ns dan pada suhu 500K saat 745 ps. Semakin tinggi suhu yang diberikan pada simulasi, semakin cepat pula terjadinya unfolding protein. Saat itulah struktur sekunder mengalami perubahan. Pada suhu 475K, struktur α-helix residu dan berubah menjadi turn, empat diantaranya termasuk residu hidropobik. Pada β-hairpin, residu dan
25 sebagian berubah menjadi coil. Residu ini juga didominasi dengan gugus hidropobik. Sedangkan pada suhu 500K, struktur β-hairpin rusak (collapse) hampir sempurna, hanya tersisa sedikit struktur α-helix yaitu residu 28 hingga residu 33. Struktur β-hairpin yang didominasi oleh residu hidropobik berubah menjadi coil maupun turn. Hilangnya residu hidropobik ini didukung oleh faktor meningkatnya nilai SASA. Stabilitas termal protein juga dipengaruhi oleh ikatan hidrogen dan interaksi elektrostatik yang membentuk jembatan garam. Penurunan jumlah ikatan hidrogen dipengaruhi oleh besarnya energi yang diberikan sehingga menyebabkan perubahan pada struktur sekunder protein. Menurunnya interaksi elektrostatik juga mengindikasikan terjadi proses unfolding protein. Saran Penelitian ini dapat dilanjutkan untuk variasi suhu yang lebih rendah serta waktu simulasi yang lebih lama lagi agar dapat dianalisis proses unfolding yang sempurna pada protein 1GB1 ini. Suhu yang tidak terlalu ekstrim diutamakan agar hasil simulasi dapat lebih mendekati pada keadaan sebenarnya serta mencegah wadah pelarut pecah akibat pengaruh suhu yang diberikan. Selain itu juga dapat dilakukan pengaruh lain seperti konsentrasi ph maupun mekanik. DAFTAR PUSTAKA 1. Murray, R. K., Graner, D. K., and Rodwell, V. W. Harper s Ilustrated Biochemistry 28 th edition. US: Mc Graw Hill Medical Osguthorpe, J David. Ab Initio Protein Folding. Department of Chemistry, University of Bath. UK: Claverton Down Bath Rico, Manuel. Protein structure, dynamics and function by NMR. Spain: Instituto de Química Física Rocasolano (CSIC). 4. Micaelo, Nuno. Analysis of Molecular Simulation Experiment [ulasan]. Portugal: Universidade do Minho Roux, B., Allen, T., Berneche, S.Im, W. Theoritical and Computational Models of Biological Ion Channels. Quart. Rev. Biophys. 2004; 37: Gronenborn, A. M., Clore, G. M. Structural Studies of Immunoglobulin-Binding Domains of Streptococcal Protein G, Immunomethods. Maryland: Academic Press Inc Sawitri, K.N. Simulasi Dinamika Molekul Protein 1GB1 Menggunakan Not Just Another Molecular Dynamics Program (NAMD). [skripsi]. Bogor: Institut Pertanian Bogor Pande, V. S., Rokhsar, D. S. Molecular Dynamics Simulations of Unfolding and Refolding of Beta-hairpin Fragment of Protein G. Biophysics Journal. Vol. 96, August 1999, pp USA: Proc. Natl. Acad. Sci Randy, Ahmad. Desain Peningkatan Termostabilitas Lipase B Candida antartica dengan Rekayasa Penambahan Ikatan Disulfida pada Enzim. [tesis]. Depok: Universitas Indonesia Daune, Michel Molecular Biophysics: Structures in Motion. London: Oxford University Press
26 Aksimentiev, Alek, et.al Using VMD. [Internet]. [diunduh 2013 Sep 18]. Tersedia pada Schuffler, Peter. Analyse a Molecular Dynamics (MD) Trajectory. 13. Thomas, A. S., Elcock, A. H. Molecular Simulations Suggest Protein Salt Bridges Are Uniquely Suited to Life at High Temperatures [Jurnal] Vol. 126, October 2004, pp J.AM.CHEM.SOC JA, Marsh, SA Teichmann. Relative Solvent Accessible Surface Area Predicts Protein Conformational Changes Upon Binding. UK: MRC Laboratory of Molecular Biology, Hills Road, Cambridge Zulfikar Ikatan Hidrogen. [Internet]. [diunduh 2013 Sep 24]. Tersedia pada E, Arunan, G.R, Desiraju. Definition of The Hydrogen Bond. IUPAC Provisional Recommendation
27 17 Lampiran 1 Data faktor beta PDB dan simulasi 300K Residu Faktor beta PDB Faktor beta 300K
28 18 Lampiran 2 Posisi pasangan jembatan garam pada struktur sekunder protein 1GB1 (a) E15-K4 suhu 475K, (b) E27-K31 suhu 475K, (c) E15-K4 suhu 500K, (d) E27-K31 suhu 500K (a) (b) (c) (d) Lampiran 3 Konformasi akhir setiap variasi suhu (a) 450K, (b) 475K, (c) 500K (a) (b) (c)
29 19 Lampiran 4 Karakteristik residu pada protein 1GB1. 7 No Jenis Residu Kode Nama Residu Residu 1 Polar positif K Lysine 2 Polar negatif D Aspartic Acid E Glutamic Acid 3 Polar netral T Threonine N Asparagine Q Glutamine 4 Non polar G Glycine 5 Hidrophobik A Alanine I Isoleucine L Leucine M Methionine F Phenylalanine W Tryptophan Y Tyrosine V Valine 6 Aromatik F Phenylalanine Y Tyrosine W Tryptophan
30 20 RIWAYAT HIDUP Penulis dilahirkan di Banda Aceh pada tanggal 30 Juni 1992 dari Ayah Hamdani AR dan Ibu Kamsinar. Penulis adalah anak kelima dari 6 bersaudara. Tahun 2010 penulis lulus dari SMA Laboratorium Unsyiah dan pada tahun yang sama penulis lulus seleksi masuk Institut Pertanian Bogor (IPB) melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB dan diterima di Departemen Fisika, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Sebelumnya penulis menempuh pendidikan di Sekolah Dasar Y.K Bhayangkari B. Aceh dan lulus tahun 2004, dilanjutkan di Sekolah Menengah Pertama Negri (SMPN) 3 B. Aceh (lulus tahun 2007). Selama mengikuti perkuliahan, penulis menjadi asisten praktikum Fisika TPB, Fisika Dasar 1, dan Fisika Dasar 2. Penulis juga mengajar mata kuliah Fisika TPB di bimbingan belajar Katalis Corp. Penulis aktif sebagai anggota UKM Panahan tahun dan anggota Divisi Keilmuan Himpunan Mahasiswa Fisika (HIMAFI) IPB tahun Selain itu, penulis pernah mengikuti International Seminar on Sciences 2013 di IPB International Convention Center (IICC) sebagai pemakalah.
PENGARUH VARIASI TEMPERATUR UNFOLDING TERHADAP TRAYEKTORI REFOLDING PROTEIN 1GB1 RIZKY AMELIA
PENGARUH VARIASI TEMPERATUR UNFOLDING TERHADAP TRAYEKTORI REFOLDING PROTEIN 1GB1 RIZKY AMELIA DEPARTEMEN FISIKA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2015 PERNYATAAN
Lebih terperinciSIMULASI DINAMIKA MOLEKUL PROTEIN 1GB1 MENGGUNAKAN NOT JUST ANOTHER MOLECULAR DYNAMICS PROGRAM (NAMD) KANIA NUR SAWITRI
SIMULASI DINAMIKA MOLEKUL PROTEIN 1GB1 MENGGUNAKAN NOT JUST ANOTHER MOLECULAR DYNAMICS PROGRAM (NAMD) KANIA NUR SAWITRI DEPARTEMEN FISIKA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN
Lebih terperinciANALISA PASANGAN JEMBATAN GARAM RESIDU GLU15-LYS4 PADA KESTABILAN TERMAL PROTEIN 1GB1
Jurnal Biofisika 10 (1): 68-74 ANALISA PASANGAN JEMBATAN GARAM RESIDU GLU15-LYS4 PADA KESTABILAN TERMAL PROTEIN 1GB1 K. N. Sawitri 1*, T. Sumaryada 1,2, L. Ambarsari 2,3 1 Departemen Fisika, FMIPA-IPB
Lebih terperinciSIMULASI REFOLDING PROTEIN 2PTL MENGGUNAKAN NOT JUST ANOTHER MOLECULAR DYNAMICS PROGRAM (NAMD) NURIKA FITRIANI
SIMULASI REFOLDING PROTEIN 2PTL MENGGUNAKAN NOT JUST ANOTHER MOLECULAR DYNAMICS PROGRAM (NAMD) NURIKA FITRIANI DEPARTEMEN FISIKA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR
Lebih terperinciPENGARUH MUTASI TITIK TERHADAP TRAYEKTORI UNFOLDING DAN REFOLDING PROTEIN 1GB1 DELLA TIARAPUTRI ALDRIFISIA
PENGARUH MUTASI TITIK TERHADAP TRAYEKTORI UNFOLDING DAN REFOLDING PROTEIN 1GB1 DELLA TIARAPUTRI ALDRIFISIA DEPARTEMEN FISIKA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR
Lebih terperinciPERUBAHAN KONFORMASI STRUKTUR 3D LIPASE PPD2 DENGAN METODE SIMULASI PADA ph KONSTAN EGIDEA PUTI DEVINA
PERUBAHAN KONFORMASI STRUKTUR 3D LIPASE PPD2 DENGAN METODE SIMULASI PADA ph KONSTAN EGIDEA PUTI DEVINA DEPARTEMEN FISIKA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2017
Lebih terperinciSIMULASI PEMBENTANGAN PROTEIN L SECARA MEKANIK MENGGUNAKAN METODE STEERED MOLECULAR DYNAMICS NOVITASARI
SIMULASI PEMBENTANGAN PROTEIN L SECARA MEKANIK MENGGUNAKAN METODE STEERED MOLECULAR DYNAMICS NOVITASARI DEPARTEMEN FISIKA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2016
Lebih terperinciMEKANISME PELIPATAN PROTEIN 1GB1 PADA TEMPERATUR RENDAH MENGGUNAKAN SIMULASI DINAMIKA MOLEKUL SHINTA ANGGIA MURNI
MEKANISME PELIPATAN PROTEIN 1GB1 PADA TEMPERATUR RENDAH MENGGUNAKAN SIMULASI DINAMIKA MOLEKUL SHINTA ANGGIA MURNI DEPARTEMEN FISIKA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR
Lebih terperinciPENGARUH MUTASI TERHADAP KESTABILAN TERMAL PROTEIN 1GB1 KANIA NUR SAWITRI
PENGARUH MUTASI TERHADAP KESTABILAN TERMAL PROTEIN 1GB1 KANIA NUR SAWITRI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2014 PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Lebih terperinciKONFORMASI ENZIM LIPASE T1 PADA PELARUT ALKOHOL DIKAJI DENGAN TEKNIK SIMULASI DINAMIKA MOLEKUL AYU MELISA PUTRI
KONFORMASI ENZIM LIPASE T1 PADA PELARUT ALKOHOL DIKAJI DENGAN TEKNIK SIMULASI DINAMIKA MOLEKUL AYU MELISA PUTRI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2016 ii iii PERNYATAAN MENGENAI TESIS
Lebih terperinciSINTESIS DAN KARAKTERISASI KOMPOSIT APATIT-KITOSAN DENGAN METODE IN-SITU DAN EX-SITU ASTRI LESTARI
SINTESIS DAN KARAKTERISASI KOMPOSIT APATIT-KITOSAN DENGAN METODE IN-SITU DAN EX-SITU ASTRI LESTARI DEPARTEMEN FISIKA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2009 ABSTRAK
Lebih terperinciSIMULASI PROTEIN ARGONAUTE DALAM PELARUT AIR EKSPLISIT AGUS GIANTO
SIMULASI PROTEIN ARGONAUTE DALAM PELARUT AIR EKSPLISIT AGUS GIANTO 2443006039 FAKULTAS FARMASI UNIVERSITAS KATOLIK WIDYA MANDALA SURABAYA 2010 LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH Demi perkembangan
Lebih terperinciBab 1 ZAT PADAT IKATAN ATOMIK DALAM KRISTAL
Bab 1 ZAT PADAT IKATAN ATOMIK DALAM KRISTAL Kekristalan Zat Padat Zat padat dapat dibedakan menjadi: Kristal yaitu bila atom atau molekul penyusun tersusun dalam bentuk pengulangan kontinu untuk rentang
Lebih terperinciSIMULASI DAN VISUALISASI DINAMIKA MOLEKUL DENGAN MODEL POTENSIAL LENNARD JONES SKRIPSI LILI ANGGRAINI HARAHAP
SIMULASI DAN VISUALISASI DINAMIKA MOLEKUL DENGAN MODEL POTENSIAL LENNARD JONES SKRIPSI Diajukan untuk melengkapi tugas dan memenuhi syarat mencapai gelar Sarjana Sains LILI ANGGRAINI HARAHAP 040801016
Lebih terperinciSIMULASI EFEKTIVITAS SENYAWA OBAT ERITROMISIN F DAN 6,7 ANHIDROERITROMISIN F DALAM LAMBUNG MENGGUNAKAN METODE SEMIEMPIRIS AUSTIN MODEL 1 (AM1)
SIMULASI EFEKTIVITAS SENYAWA OBAT ERITROMISIN F DAN 6,7 ANHIDROERITROMISIN F DALAM LAMBUNG MENGGUNAKAN METODE SEMIEMPIRIS AUSTIN MODEL 1 (AM1) Agung Tri Prasetya, M. Alauhdin, Nuni Widiarti Kimia FMIPA
Lebih terperinciBab IV Hasil Dan Pembahasan
Bab IV Hasil Dan Pembahasan Penelitian terhadap enzim dan protein termostabil telah membuka wawasan baru terhadap pengembangan ilmu dasar, seperti adanya faktor-faktor yang menentukan stabilitas termal
Lebih terperinciI.1 Latar Belakang Penelitian
Bab I Pendahuluan I.1 Latar Belakang Penelitian Mikroorganisme termofilik merupakan salah satu kelompok mikroorganisme yang memiliki kemampuan hidup dan memperbanyak diri pada temperatur 50 o C hingga
Lebih terperinciPANDUAN PRAKTIKUM KIMIA TERPADU GRUP IMC (INTERMOLECULAR CHEMISTRY) OLEH : Dr. Parsaoran Siahaan, MS
P a n d u a n P K T G r u p I M C 0 PANDUAN PRAKTIKUM KIMIA TERPADU GRUP IMC (INTERMOLECULAR CHEMISTRY) OLEH : Dr. Parsaoran Siahaan, MS JURUSAN KIMIA FAKULTAS SAINS SAINS DAN MATEMATIKA UNIVERSITAS DIPONEGORO
Lebih terperinciStruktur dan Fungsi Protein
Struktur dan Fungsi Protein Protein merupakan makromolekul yang sangat serbaguna pada makluk hidup dan melakukan fungsi yang sangat vital dalam seluruh sistem biologis Proteins disusun oleh 20 jenis asam
Lebih terperinciSTUDI AB INITIO: STRUKTUR MEMBRAN NATA DE COCO TERSULFONASI
Prosiding Seminar Nasional Volume 02, Nomor 1 ISSN 2443-1109 STUDI AB INITIO: STRUKTUR MEMBRAN NATA DE COCO TERSULFONASI Sitti Rahmawati 1, Cynthia Linaya Radiman 2, Muhamad A. Martoprawiro 3 Universitas
Lebih terperinciAPLIKASI BASIS L 2 LAGUERRE PADA INTERAKSI TOLAK MENOLAK ANTARA ATOM TARGET HIDROGEN DAN POSITRON. Ade S. Dwitama
APLIKASI BASIS L 2 LAGUERRE PADA INTERAKSI TOLAK MENOLAK ANTARA ATOM TARGET HIDROGEN DAN POSITRON Ade S. Dwitama PROGRAM STUDI FISIKA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR
Lebih terperinciSTUDI STABILITAS silna-protein ARGONAUTE DENGAN SIMULASI DINAMIKA MOLEKUL
STUDI STABILITAS silna-protein ARGONAUTE DENGAN SIMULASI DINAMIKA MOLEKUL DEVIANI AGUSTINA 2443009066 FAKULTAS FARMASI UNIVERSITAS KATOLIK WIDYA MANDALA SURABAYA 2013 ABSTRAK STUDI STABILITAS silna-protein
Lebih terperinciKelarutan & Gejala Distribusi
PRINSIP UMUM Kelarutan & Gejala Distribusi Oleh : Lusia Oktora RKS, S.F.,M.Sc., Apt Larutan jenuh : suatu larutan dimana zat terlarut berada dalam kesetimbangan dengan fase padat (zat terlarut). Kelarutan
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN. Enzim α-amilase dari Bacillus Subtilis ITBCCB148 diperoleh dengan
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Isolasi Enzim α-amilase Enzim α-amilase dari Bacillus Subtilis ITBCCB148 diperoleh dengan menanam isolat bakteri dalam media inokulum selama 24 jam. Media inokulum tersebut
Lebih terperinciSAMPLING KONFORMASI sirna-protein ARGONAUTE DENGAN SIMULASI DINAMIKA MOLEKUL
SAMPLING KONFORMASI sirna-protein ARGONAUTE DENGAN SIMULASI DINAMIKA MOLEKUL SANTI BUDIMAN 2443009055 FAKULTAS FARMASI UNIVERSITAS KATOLIK WIDYA MANDALA SURABAYA 2013 ABSTRAK SAMPLING KONFORMASI sirna-protein
Lebih terperinciDINAMIKA REAKTIVASI MUTAN p53-y220c OLEH ADDUCT PRIMA-SISTEIN
DINAMIKA REAKTIVASI MUTAN p53-y220c OLEH ADDUCT PRIMA-SISTEIN Disusun Oleh : ANGELINE PRITA CAHYANTI M0307028 SKRIPSI Diajukan untuk memenuhi sebagian persyaratan mendapatkan gelar Sarjana Sains JURUSAN
Lebih terperinciSedangkan nilai RMSD pada 328 K naik secara bertahap menuju 10 Å pada 330 ps kemudian setelah 500 ps nilai RMSD mencapai 25 Å.
Sedangkan nilai RMSD pada 328 K naik secara bertahap menuju 10 Å pada 330 ps kemudian setelah 500 ps nilai RMSD mencapai 25 Å. Gambaran kualitatif terhadap perubahan konformasi enzim selama proses simulasi
Lebih terperinci4 Hasil dan Pembahasan
4 Hasil dan Pembahasan 4.1 Sintesis Padatan TiO 2 Amorf Proses sintesis padatan TiO 2 amorf ini dimulai dengan melarutkan titanium isopropoksida (TTIP) ke dalam pelarut etanol. Pelarut etanol yang digunakan
Lebih terperinciMetabolisme Protein - 2
Protein Struktur asam amino Asam amino essensial Metabolisme asam amino Pengaruh hormon dalam metabolisme asam amino Anabolisme asam amino Katabolisme asam amino Keseimbangan nitrogen Siklus urea Perubahan
Lebih terperinciSimulasi Dinamika Molekular Proses Adhesi pada Model Nanopartikel 2D
SK004 Prosiding Seminar Kontribusi Fisika 2011 (SKF 2011) Simulasi Dinamika Molekular Proses Adhesi pada Model Nanopartikel 2D Fadjar Fathurrahman*, Suprijadi Haryono Abstrak Dalam makalah ini akan dilaporkan
Lebih terperinciPENGENALAN BIOINFORMATIKA
PS-S1 Jurusan Biologi, FMIPA, UNEJ (2017) PENGENALAN BIOINFORMATIKA Oleh: Syubbanul Wathon, S.Si., M.Si. Pokok Bahasan Sejarah Bioinformatika Istilah-istilah biologi Pangkalan data Tools Bioinformatika
Lebih terperinciBAB IV. karakterisasi sampel kontrol, serta karakterisasi sampel komposit. 4.1 Sintesis Kolagen dari Tendon Sapi ( Boss sondaicus )
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN Hasil penelitian yang dibahas pada bab ini meliputi sintesis kolagen dari tendon sapi (Bos sondaicus), pembuatan larutan kolagen, rendemen kolagen, karakterisasi sampel kontrol,
Lebih terperinciLAPORAN RESMI PAKTIKUM KIMIA KOMPUTASI. Analisis Butana. Oleh : AMRULLAH 13/347361/PA/ Jum at, 4 Maret 2016 Asisten Pembimbing : Wiji Utami
LAPORAN RESMI PAKTIKUM KIMIA KOMPUTASI Analisis Butana Oleh : AMRULLAH 13/347361/PA/15202 Jum at, 4 Maret 2016 Asisten Pembimbing : Wiji Utami Laboratorium Kimia Komputasi Departemen Kimia Fakultas Matematika
Lebih terperinciDINAMIKA REAKTIVASI Y220C-p53 OLEH ADDUCT MQ-SISTEIN
digilib.uns.ac.id DINAMIKA REAKTIVASI Y220C-p53 OLEH ADDUCT MQ-SISTEIN Disusun Oleh : THERA FEMALEDA LABAN M0307079 SKRIPSI Diajukan untuk memenuhi sebagian persyaratan mendapatkan gelar Sarjana Sains
Lebih terperinci10/30/2015. Protein adalah makromolekul. Mereka dibangun dari satu atau lebih rantai asam amino. Protein dapat mengandung asam amino.
Protein Struktur asam Asam essensial Metabolisme asam Pengaruh hormon dalam metabolisme asam Anabolisme asam Katabolisme asam Keseimbangan nitrogen Siklus urea Perubahan rangka karbon asam menjadi zat
Lebih terperinciPENERAPAN DAN PERBANDINGAN CARA PENGUKURAN RESPON PADA ANALISIS KONJOIN
PENERAPAN DAN PERBANDINGAN CARA PENGUKURAN RESPON PADA ANALISIS KONJOIN (Studi Kasus: Preferensi Mahasiswa Statistika IPB Angkatan 44, 45, dan 46 terhadap Minat Bidang Kerja) DONNY ARIEF SETIAWAN SITEPU
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Falerin (4,5-dihidroksi-5 -metoksibenzofenon-3-o-glukosida) adalah isolat dari buah mahkota dewa berkerangka benzofenon yang mempunyai aktivitas antiinflamasi. Penelitian
Lebih terperinciSTRUKTUR KIMIA DAN SIFAT FISIKA
STRUKTUR KIMIA DAN SIFAT FISIKA Objektif: Bab ini akan menguraikan tentang sifatsifat fisika SENYAWA ORGANIK seperti : Titik Leleh dan Titik Didih Gaya antar molekul Kelarutan Spektroskopi dan karakteristik
Lebih terperinciPEMBAHASAN 4.1. Pengaruh Kombinasi Protein Koro Benguk dan Karagenan Terhadap Karakteristik Mekanik (Kuat Tarik dan Pemanjangan)
4. PEMBAHASAN 4.1. Pengaruh Kombinasi Protein Koro Benguk dan Karagenan Terhadap Karakteristik Mekanik (Kuat Tarik dan Pemanjangan) Karakteristik mekanik yang dimaksud adalah kuat tarik dan pemanjangan
Lebih terperinciPEMBUATAN SEL SURYA HYBRID p-n HETEROJUNCTION CADMIUM SULFIDE DAN CAMPURAN POLY(3-HEXYLTHIOPHENE)/KITOSAN SYAFWA OKTAWANDI
PEMBUATAN SEL SURYA HYBRID p-n HETEROJUNCTION CADMIUM SULFIDE DAN CAMPURAN POLY(3-HEXYLTHIOPHENE)/KITOSAN SYAFWA OKTAWANDI DEPARTEMEN FISIKA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN
Lebih terperinciAsam nukleat dan Protein Aliran informasi genetik
Asam nukleat dan Protein Aliran informasi genetik Pustaka: Glick, BR and JJ Pasternak, 2003, Molecular Biotechnology: Principles and Applications of Recombinant DNA, ASM Press, Washington DC, hal. 23-46
Lebih terperinciBAB 3 IKATAN KRISTAL. 3.1 Macam-Macam Ikatan Kristal
BAB 3 IKATAN KRISTAL Zat padat berdasarkan susunan atomnya dapat diklasifikasikan atas kristal dan amorf. Sebuah kristal mempunyai susunan atom yang teratur sehingga dapat berbentuk kubus, tetragonal atau
Lebih terperinciRAPAT PROBABILITAS DAN TINGKAT ENERGI PADA ION MOLEKUL HIDROGEN SKRIPSI. Oleh. Habib Mustofa NIM
RAPAT PROBABILITAS DAN TINGKAT ENERGI PADA ION MOLEKUL HIDROGEN SKRIPSI Oleh Habib Mustofa NIM 070210102109 PROGRAM STUDI PENDIDIKAN FISIKA JURUSAN PENDIDIKAN MIPA FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
Lebih terperinciProtein (asal kata protos dari bahasa Yunani yang berarti "yang paling utama") adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan
A. Protein Protein (asal kata protos dari bahasa Yunani yang berarti "yang paling utama") adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomer-monomer asam amino
Lebih terperinciPENGARUH POLARITAS MEDAN LISTRIK EKSTERNAL DAN SUDUT POLARISASI LASER DIODA UNTUK PENGAMATAN EFEK KERR
Berkala Fisika ISSN : 11-9 Vol.9, No.1, Januari, hal 31-3 PENGARUH POLARITAS MEDAN LISTRIK EKSTERNAL DAN SUDUT POLARISASI LASER DIODA UNTUK PENGAMATAN EFEK KERR Hari Wibowo, Eko Sugiyanto, K. Sofjan Firdausi,
Lebih terperinciPAH akan mengalami degradasi saat terkena suhu tinggi pada analisis dengan GC dan instrumen GC sulit digunakan untuk memisahkan PAH yang berbentuk
BAB I PENDAHULUAN I.I Latar Belakang Poliaromatik hidrokarbon (PAH) adalah golongan senyawa organik yang terdiri atas dua atau lebih molekul cincin aromatik yang disusun dari atom karbon dan hidrogen.
Lebih terperinciAnalisa Jembatan Garam untuk Meningkatkan Kestabilan Termal Enzim Xilanase Aspergillus niger
Jurnal EduMatSains, 1 (2) Januari 2017, 191-201 Analisa Jembatan Garam untuk Meningkatkan Kestabilan Termal Enzim Xilanase Aspergillus niger Nya Daniaty malau *1, Manogari Sianturi 2 1,2 Program Studi
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN I.1 Latar Belakang Masalah
BAB I PENDAHULUAN I.1 Latar Belakang Masalah Perkembangan nanoteknologi telah mendapat perhatian besar dari para ilmuwan dan peneliti. Nanoteknologi secara umum dapat didefinisikan sebagai teknologi perancangan,
Lebih terperinciMOLEKUL, ZAT PADAT DAN PITA ENERGI MOLEKUL ZAT PADAT PITA ENERGI
MOLEKUL, ZAT PADAT DAN PITA ENERGI MOLEKUL ZAT PADAT PITA ENERGI edy wiyono 2004 PENDAHULUAN Pada umumnya atom tunggal tidak memiliki konfigurasi elektron yang stabil seperti gas mulia, maka atom atom
Lebih terperinciMODEL SEL SIMULASI SELF-ASSEMBLED MONOLAYER REVERSIBEL. Wahyu Dita Saputri ABSTRAK ABSTRACT
KIMIA.STUDENTJOURNAL, Vol.1, No. 1, pp. 718-722, UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG Received 4 March 2015, Accepted 4 March 2015, Published online 5 March 2015 MODEL SEL SIMULASI SELF-ASSEMBLED MONOLAYER REVERSIBEL
Lebih terperinciMAKALAH KIMIA ORGANIK IKATAN KIMIA DAN STRUKTUR MOLEKUL
MAKALAH KIMIA ORGANIK IKATAN KIMIA DAN STRUKTUR MOLEKUL Untuk Memenuhi Salah Satu Tugas Mata Kuliah Kimia Organik Dosen Pembimbing : Ir. Dyah Tri Retno, MM Disusun oleh : Kelompok 1 1. Angga Oktyashari
Lebih terperinci4. Hasil dan Pembahasan
4. Hasil dan Pembahasan 4.1 Metoda Sintesis Membran Kitosan Sulfat Secara Konvensional dan dengan Gelombang Mikro (Microwave) Penelitian sebelumnya mengenai sintesis organik [13] menunjukkan bahwa jalur
Lebih terperinciBAB IV TEMUAN DAN PEMBAHASAN. Dalam pengembangan strategi pembelajaran intertekstualitas pada materi
BAB IV TEMUAN DAN PEMBAHASAN Dalam pengembangan strategi pembelajaran intertekstualitas pada materi ikatan kimia ini dilakukan beberapa tahap kerja. Tahapan kerja tersebut meliputi analisis standar kompetensi
Lebih terperinciMETABOLISME PROTEIN/ ASAM AMINO. Dr.Yahwardiah Siregar,PhD Dr. Hidayat
METABOLISME PROTEIN/ ASAM AMINO Dr.Yahwardiah Siregar,PhD Dr. Hidayat PENCERNAAN PROTEIN Sebagian besar zat makanan harus dipecahkan menjadi molekul-molekul yang lebih kecil terlebih dahulu sebelum diabsorpsi
Lebih terperinciPENGARUH ORIENTASI PADA INTERAKSI TiO 2 - POLISTIRENA TERSULFONASI (PST) TERHADAP POTENSI TRANSFER PROTON
PENGARUH ORIENTASI PADA INTERAKSI TiO 2 - POLISTIRENA TERSULFONASI (PST) TERHADAP POTENSI TRANSFER PROTON Disusun Oleh : RUDI HARYONO M0310047 SKRIPSI Diajukan untuk memenuhi sebagian persyaratan mendapatkan
Lebih terperinciUntuk mengetahui pengaruh ph medium terhadap profil disolusi. atenolol dari matriks KPI, uji disolusi juga dilakukan dalam medium asam
Untuk mengetahui pengaruh ph medium terhadap profil disolusi atenolol dari matriks KPI, uji disolusi juga dilakukan dalam medium asam klorida 0,1 N. Prosedur uji disolusi dalam asam dilakukan dengan cara
Lebih terperinciKOMPOSISI ASAM AMINO DAGING AYAM KAMPUNG, BROILER DAN PRODUK OLAHANNYA SKRIPSI FEBRY AJRONAH PANE
KOMPOSISI ASAM AMINO DAGING AYAM KAMPUNG, BROILER DAN PRODUK OLAHANNYA SKRIPSI FEBRY AJRONAH PANE PROGRAM STUDI TEKNOLOGI HASIL TERNAK FAKULTAS PETERNAKAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2006 RINGKASAN FEBRY
Lebih terperinciBENDA WUJUD, SIFAT DAN KEGUNAANNYA
BENDA WUJUD, SIFAT DAN KEGUNAANNYA Benda = Materi = bahan Wujud benda : 1) Padat 2) Cair 3) Gas Benda Padat 1. Mekanis kuat (tegar), sukar berubah bentuk, keras 2. Titik leleh tinggi 3. Sebagian konduktor
Lebih terperinciDESAIN DAN SINTESIS AMINA SEKUNDER RANTAI KARBON GENAP DARI ASAM KARBOKSILAT RANTAI PANJANG RAHMAD FAJAR SIDIK
DESAIN DAN SINTESIS AMINA SEKUNDER RANTAI KARBON GENAP DARI ASAM KARBOKSILAT RANTAI PANJANG RAHMAD FAJAR SIDIK SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2007 PERNYATAAN TENTANG TESIS DAN SUMBER
Lebih terperinciIKATAN KIMIA. Tim Dosen Kimia Dasar FTP
IKATAN KIMIA Tim Dosen Kimia Dasar FTP Sub pokok bahasan: Konsep Ikatan Kimia Macam-macam ikatan kimia KONSEP IKATAN KIMIA Untuk mencapai kestabilan, atom-atom saling berikatan. Ikatan kimia merupakan
Lebih terperinciKata kunci: surfaktan HDTMA, zeolit terdealuminasi, adsorpsi fenol
PENGARUH PENAMBAHAN SURFAKTAN hexadecyltrimethylammonium (HDTMA) PADA ZEOLIT ALAM TERDEALUMINASI TERHADAP KEMAMPUAN MENGADSORPSI FENOL Sriatun, Dimas Buntarto dan Adi Darmawan Laboratorium Kimia Anorganik
Lebih terperinciU = Energi potensial. R = Jarak antara atom
IKATAN KRISTAL Zat padat merupakan zat yang memiliki struktur yang stabil Kestabilan sruktur zat padat disebabkan oleh adanya interaksi antara atom membentuk suatu ikatan kristal Sebagai contoh: Kristal
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM KIMIA FISIK PERCOBAAN H-3 SOL LIOFIL
LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA FISIK PERCOBAAN H-3 SOL LIOFIL Nama : Winda Amelia NIM : 90516008 Kelompok : 02 Tanggal Praktikum : 11 Oktober 2017 Tanggal Pengumpulan : 18 Oktober 2017 Asisten : LABORATORIUM
Lebih terperinciMODEL MANGSA PEMANGSA DENGAN RESPON FUNGSIONAL TAK MONOTON RIDWAN IDHAM
MODEL MANGSA PEMANGSA DENGAN RESPON FUNGSIONAL TAK MONOTON RIDWAN IDHAM DEPARTEMEN MATEMATIKA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2011 ABSTRAK RIDWAN IDHAM. Model
Lebih terperinciYang akan dibahas: 1. Kristal dan Ikatan pada zat Padat 2. Teori Pita Zat Padat
ZAT PADAT Yang akan dibahas: 1. Kristal dan Ikatan pada zat Padat 2. Teori Pita Zat Padat ZAT PADAT Sifat sifat zat padat bergantung pada: Jenis atom penyusunnya Struktur materialnya Berdasarkan struktur
Lebih terperinciKEGUNAAN. Merupakan polimer dari sekitar 21 jenis asam amino melalui ikatan peptida Asam amino : esensial dan non esensial
PROTEIN KEGUNAAN 1. Zat pembangun dan pengatur 2. Sumber asam amino yang mengandung unsur C, H, O dan N 3. Sumber energi Merupakan polimer dari sekitar 21 jenis asam amino melalui ikatan peptida Asam amino
Lebih terperinciTerdiri dari : senyawa organik C H O dan N
PROTEIN Adalah : makromolekul yg terbanyak di dalam sel hidup dan merupakan 50% atau lebih berat kering sel. Terdiri dari : senyawa organik C H O dan N Berdasarkan fungsinya protein di kelompokkan mjd
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Struktur Karbon Hasil Karbonisasi Hidrotermal (HTC)
39 HASIL DAN PEMBAHASAN Struktur Karbon Hasil Karbonisasi Hidrotermal (HTC) Hasil karakterisasi dengan Difraksi Sinar-X (XRD) dilakukan untuk mengetahui jenis material yang dihasilkan disamping menentukan
Lebih terperinciBab V Ikatan Kimia. B. Struktur Lewis Antar unsur saling berinteraksi dengan menerima dan melepaskan elektron di kulit terluarnya. Gambaran terjadinya
Bab V Ikatan Kimia Sebagian besar unsur yang ada di alam mempunyai kecenderungan untuk berinteraksi (berikatan) dengan unsur lain. Hal itu dilakukan karena unsur tersebut ingin mencapai kestabilan. Cara
Lebih terperinciMAKALAH PROTEIN. Oleh : Galih Widi Astuti. Fahmi Nur Hidayat ( ) Iga Nur Azizah ( ) Linda Anggi Febri Yani.
MAKALAH PROTEIN Oleh : Galih Widi Astuti Fahmi Nur Hidayat (14312241041) Iga Nur Azizah (14312241042) Linda Anggi Febri Yani Adha Luthfi Asri Maharani UNIVERSITAS NEGERI YOGYAKARTA FAKULTAS MATEMATIKA
Lebih terperinciAir adalah wahana kehidupan
Air Air adalah wahana kehidupan Air merupakan senyawa yang paling berlimpah di dalam sistem hidup dan mencakup 70% atau lebih dari bobot semua bentuk kehidupan Reaksi biokimia menggunakan media air karena
Lebih terperinciMODEL MATEMATIKA UNTUK PERUBAHAN SUHU DAN KONSENTRASI DOPANT PADA PEMBENTUKAN SERAT OPTIK MIFTAHUL JANNAH
MODEL MATEMATIKA UNTUK PERUBAHAN SUHU DAN KONSENTRASI DOPANT PADA PEMBENTUKAN SERAT OPTIK MIFTAHUL JANNAH SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2009 PERYATAAN MENGENAI TESIS DAN SUMBER INFORMASI
Lebih terperinciSTUDI KANDUNGAN LOGAM BERAT TIMBAL (Pb) DAN TEMBAGA (Cu) DI PERAIRAN DANAU TOBA, PROVINSI SUMATERA UTARA SKRIPSI. Oleh:
STUDI KANDUNGAN LOGAM BERAT TIMBAL (Pb) DAN TEMBAGA (Cu) DI PERAIRAN DANAU TOBA, PROVINSI SUMATERA UTARA SKRIPSI Oleh: HIRAS SUCIPTO TAMPUBOLON 090302074 PROGRAM STUDI MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN FAKULTAS
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Hasil preparasi bahan baku larutan MgO, larutan NH 4 H 2 PO 4, dan larutan
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Hasil Preparasi 4.1.1 Sol Hasil preparasi bahan baku larutan MgO, larutan NH 4 H 2 PO 4, dan larutan ZrOCl 2. 8H 2 O dengan perbandingan mol 1:4:6 (Ikeda, et al. 1986) dicampurkan
Lebih terperinci! " "! # $ % & ' % &
Valensi ! " "! # $ % & ' %& # % ( ) # *+## )$,) & -#.. Semua unsur memiliki bilangan oksidasi +1 Semua unsur memiliki bilangan oksidasi +2 Semua unsur memiliki bilangan oksidasi +3. Tl juga memiliki bilangan
Lebih terperinciDAYA DAN KESTABILAN BUIH PUTIH TELUR AYAM RAS PADA UMUR SIMPAN DAN LEVEL PENAMBAHAN ASAM SITRAT YANG BERBEDA SKRIPSI UMI SA ADAH
DAYA DAN KESTABILAN BUIH PUTIH TELUR AYAM RAS PADA UMUR SIMPAN DAN LEVEL PENAMBAHAN ASAM SITRAT YANG BERBEDA SKRIPSI UMI SA ADAH PROGRAM STUDI TEKNOLOGI HASIL TERNAK FAKULTAS PETERNAKAN INSTITUT PERTANIAN
Lebih terperinciLAPORAN BIOKIMIA KI 3161 Percobaan 1 REAKSI UJI TERHADAP ASAM AMINO DAN PROTEIN
LAPORAN BIOKIMIA KI 3161 Percobaan 1 REAKSI UJI TERHADAP ASAM AMINO DAN PROTEIN Nama : Ade Tria NIM : 10511094 Kelompok : 4 Shift : Selasa Siang Nama Asisten : Nelson Gaspersz (20512021) Tanggal Percobaan
Lebih terperinciMODIFIKASI INHIBITOR SB-3CT UNTUK MENGHAMBAT KERJA MATRIKS METALLOPROTEINASE 2 DALAM PENYEBARAN SEL KANKER SECARA IN SILICO SKRIPSI
MODIFIKASI INHIBITOR SB-3CT UNTUK MENGHAMBAT KERJA MATRIKS METALLOPROTEINASE 2 DALAM PENYEBARAN SEL KANKER SECARA IN SILICO SKRIPSI Oleh Septi Anggraini NIM 071810301078 JURUSAN KIMIA FAKULTAS MATEMATIKA
Lebih terperinciPENGINTEGRASIAN SENSOR SUHU BERBASIS FILM PIROELEKTRIK Ba 0.5 Sr 0.5 TiO 3 (BST) PADA MIKROKONTROLER ATMEGA8535 MENJADI TERMOMETER DIGITAL DANI YOSMAN
PENGINTEGRASIAN SENSOR SUHU BERBASIS FILM PIROELEKTRIK Ba 0.5 Sr 0.5 TiO 3 (BST) PADA MIKROKONTROLER ATMEGA8535 MENJADI TERMOMETER DIGITAL DANI YOSMAN DEPARTEMEN FISIKA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN
Lebih terperinciSATUAN ACARA PERKULIAHAN
SATUAN ACARA PERKULIAHAN Mata Kuliah : Biokimia I Jumlah SKS : 3 SKS Deskipsi singkat : Mata kuliah ini memberikan pengetahuan kepada mahasiwa untuk mampu menjelaskan pengertian dan wawasan biokimia, peran
Lebih terperinciPERHITUNGAN MEKANIKA MOLEKUL
Austrian Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry Jurusan Kimia - FMIPA Universitas Gadjah Mada (UGM) KIMIA KOMPUTASI Anatomi Perhitungan Mekanika Molekul l Drs. Iqmal Tahir, M.Si. Austrian-Indonesian
Lebih terperinciMODEL PENGARUH INHIBITOR TERHADAP LAJU KOROSI
MODEL PENGARUH INHIBITOR TERHADAP LAJU KOROSI Tugas Akhir Diajukan sebagai syarat mengikuti sidang Sarjana Matematika Program Studi Matematika Institut Teknologi Bandung disusun oleh: Adwitha Yusuf 10103020
Lebih terperinciStudi Komputasi Gerak Bouncing Ball pada Vibrasi Permukaan Pantul
Studi Komputasi Gerak Bouncing Ball pada Vibrasi Permukaan Pantul Haerul Jusmar Ibrahim 1,a), Arka Yanitama 1,b), Henny Dwi Bhakti 1,c) dan Sparisoma Viridi 2,d) 1 Program Studi Magister Sains Komputasi,
Lebih terperinciSTUDI DOCKING MOLEKULAR SENYAWA ASAM SINAMAT DAN DERIVATNYA SEBAGAI INHIBITOR PROTEIN 1J4X PADA SEL KANKER SERVIKS
STUDI DOCKING MOLEKULAR SENYAWA ASAM SINAMAT DAN DERIVATNYA SEBAGAI INHIBITOR PROTEIN 1J4X PADA SEL KANKER SERVIKS MOLECULAR DOCKING STUDY OF CINNAMATE ACID COMPOUND AND ITS DERIVATIVES AS PROTEIN 1J4X
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM KIMIA ORGANIK PERCOBAAN II SIFAT-SIFAT KELARUTAN SENYAWA OGANIK
LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA ORGANIK PERCOBAAN II SIFAT-SIFAT KELARUTAN SENYAWA OGANIK OLEH NAMA : ISMAYANI NIM : F1F1 10 074 KELOMPOK : III ASISTEN : SYAWAL ABDURRAHMAN, S.Si. LABORATORIUM FARMASI FAKULTAS
Lebih terperinciANALISIS BIPLOT UNTUK MEMETAKAN MUTU SEKOLAH YANG SESUAI DENGAN NILAI UJIAN NASIONAL SUJITA
ANALISIS BIPLOT UNTUK MEMETAKAN MUTU SEKOLAH YANG SESUAI DENGAN NILAI UJIAN NASIONAL SUJITA SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2009 PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN SUMBER INFORMASI Dengan
Lebih terperinciREAKSI PENATAAN ULANG. perpindahan (migrasi) tersebut adalah dari suatu atom ke atom yang lain yang
EAKSI PENATAAN ULANG eaksi penataan ulang adalah reaksi penataan kembali struktur molekul untuk membentuk struktur molekul yang baru yang berbeda dengan struktur molekul yang semula. eaksi ini dapat terjadi
Lebih terperinciMENGENAL FISIKA. Staf Pengajar Fisika Departemen Fisika, FMIPA, IPB
MENGENAL FISIKA Staf Pengajar Fisika Departemen Fisika, FMIPA, IPB FISIKA Mempelajari alam semesta Alam semesta diciptakan dengan karateristik: Derajat Keteraturan Tinggi Derajat Kesimetrian Tinggi Aturannya
Lebih terperinciSAP-GARIS-GARIS BESAR PROGRAM PENGAJARAN
SAP-GARIS-GARIS BESAR PROGRAM PENGAJARAN Mata kuliah : Kimia Kode : Kim 101/3(2-3) Deskripsi : Mata kuliah ini membahas konsep-konsep dasar kimia yang disampaikan secara sederhana, meliputi pengertian
Lebih terperinciAplikasi Graf dalam Struktur Molekul Kimia
Aplikasi Graf dalam Struktur Molekul Kimia Megariza 1) NIM: 13507076 1) Jurusan Teknik Informatika ITB, Bandung, email: megariza@students.itb.ac.id Abstract Makalah ini membahas tentang penggunaan graf
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA PERCOBAAN KE 2 PEMISAHAN PROTEIN PUTIH TELUR DENGAN FRAKSINASI (NH 4 ) 2 SO 4
LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA PERCOBAAN KE 2 PEMISAHAN PROTEIN PUTIH TELUR DENGAN FRAKSINASI (NH 4 ) 2 SO 4 Disusun oleh : Ulan Darulan - 10511046 Kelompok 1 Asisten Praktikum : R. Roro Rika Damayanti (10510065)
Lebih terperinciIKATAN KIMIA ORGANIK dalam bidang ilmu FARMASI
IKATAN KIMIA ORGANIK dalam bidang ilmu FARMASI Teori tentang ikatan kimia ini dipelopori oleh Kossel dan Lewis (1916) yang membagi ikatan kimia atas 2 (dua) bagian besar yakni: ikatan ionik atau ikatan
Lebih terperinciLampiran 8. Dasar Pengembangan Kisi-Kisi Soal Kimia SwC Kelas XI
Lampiran 8 Dasar Pengembangan Kisi-Kisi Kimia SwC Kelas XI 50 DASAR PENGEMBANGAN KISI-KISI SOAL KIMIA SwC KELAS XI SK-KD dalam Standar Isi, Ujian Nasional Kimia (), SNMPTN (4), UM UGM (4), UMB UNDIP (),
Lebih terperinciPEMODELAN SISTEM PENDULUM TERBALIK GANDA DAN KARAKTERISASI PARAMETER PADA MASALAH REGULASI OPTIMAL HASBY ASSIDIQI
PEMODELAN SISTEM PENDULUM TERBALIK GANDA DAN KARAKTERISASI PARAMETER PADA MASALAH REGULASI OPTIMAL HASBY ASSIDIQI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2008 PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
Lebih terperinciC w : konsentrasi uap air dalam kesetimbangan, v f dan f w menyatakan laju penguapan dengan dan tanpa film di permukaan
Adanya film monomolekuler menyebabkan laju penguapan substrat berkurang, sedangkan kesetimbangan tekanan uap tidak dipengaruhi Laju penguapan dinyatakan sebagai v = m/t A (g.det -1.cm -2 ) Tahanan jenis
Lebih terperinciREAKSI DEKOMPOSISI SENYAWA ERITROMISIN F DAN 6,7 ANHIDROERITROMISIN F SUATU KAJIAN MENGGUNAKAN METODE SEMIEMPIRIS AUSTIN MODEL 1 (AM1) ABSTRAK
1 REAKSI DEKMPSISI SENYAWA ERITRMISIN F DAN 6,7 ANHIDRERITRMISIN F SUATU KAJIAN MENGGUNAKAN METDE SEMIEMPIRIS AUSTIN MDEL 1 (AM1) Enokta Hedi Permana 1, Agung Tri Prasetya 2, Kasmui 3 1) Mahasiawa Jurusan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Karakterisasi Minyak Ikan Karakterisasi minyak ikan dilakukan untuk mengetahui karakter awal minyak ikan yang digunakan dalam penelitian ini. Karakter minyak ikan yang diukur
Lebih terperinciRENCANA PELAKSANAAN PEMBELAJARAN
RENCANA PELAKSANAAN PEMBELAJARAN Nama Sekolah Kelas/semester Subtopik Alokasi waktu : SMA N 1 Muntilan : XI/I : Gaya antar molekul : 2 x 45 menit A. Standar Kompetensi Memahami struktur atom untuk meramalkan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
25 BAB III METODE PENELITIAN A. Metode Penelitian Metode penelitian secara umum dapat diartikan sebagai cara ilmiah untuk mendapatkan data dengan tujuan dan kegunaan tertentu. Setiap penelitian mempunyai
Lebih terperinciSintesis Nanopartikel ZnO dengan Metode Kopresipitasi
Sintesis Nanopartikel ZnO dengan Metode Kopresipitasi NURUL ROSYIDAH Jurusan Fisika Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Institut Teknologi Sepuluh Nopember Pendahuluan Kesimpulan Tinjauan Pustaka
Lebih terperinci