BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Melon (Cucumis melo L.) merupakan salah satu tanaman hortikultura yang telah banyak dikonsumsi oleh masyarakat Indonesia. Melon termasuk familia Cucurbitaceae yang menjadi komoditas ekspor Indonesia ke berbagai negara lain dan juga berpotensi untuk dikembangkan dalam pemuliaan tanaman. Pengembangan pemuliaan melon di Indonesia telah banyak dilakukan, khususnya untuk merakit kultivar lokal yang unggul dan memiliki nilai jual di masyarakat (Daryono and Natsuaki, 2002). Melon juga memiliki arti penting bagi perkembangan sosial ekonomi masyarakat khususnya dalam meningkatkan pendapatan petani dan sebagai perbaikan nutrisi masyarakat serta perluasan kesempatan kerja (Kristianingsih, 2010). Pada tahun 2012, telah dilakukan pemuliaan terhadap melon dan dihasilkan kultivar Hikadi. Kultivar ini mempunyai karakter fenotip yaitu memiliki buah yang berbentuk bulat kecil seperti apel dengan berat buah 300-500 gram, rasa manis dengan kadar brix 10%, daging buah berwarna oranye-putih, beraroma sangat harum, tekstur daging buah renyah (crispy), dan kadar air sedikit. Daya simpan cukup lama dan dalam satu tanaman dapat menghasilkan 4-8 buah (Daryono dkk., 2012). Dengan demikian, kultivar Hikadi dapat dikembangkan menjadi kultivar unggulan. Penelitian mengenai karakter fenotip serta karakter molekular dilakukan untuk mendukung kultivar Hikadi sebagai kultivar unggulan. 1
2 Varietas melon perlu mendapatkan pengesahan dan pengakuan tentang keunggulan yang dimiliki. Oleh karena itu, bebagai macam uji sertifikasi dilakukan untuk pelepasan suatu varietas. Karakter-karakter fenotip yang penting untuk pelepasan varietas salah satunya adalah kandungan vitamin C (Anonim, 2011). Penggunaan karakter DNA (molekular) dalam bidang penelitian sistematika tumbuhan mulai berkembang pada dua dekade lampau dan memiliki dampak nyata dalam bidang ini. Dasar pemikiran penggunaan sekuen DNA dalam studi filogenetik adalah bahwa terjadi perubahan basa nukleotida menurut waktu, sehingga akan dapat diperkirakan kecepatan evolusi yang terjadi dan akan dapat direkonstruksi hubungan evolusi antar kelompok organisme. Sekuen DNA dapat dijadikan karakter dalam penelitian filogenetik karena beberapa keunggulan. Pertama, sekuen DNA menawarkan data yang akurat melalui pengujian homologi yang lebih baik terhadap karakter-karakter yang ada. Kedua, sekuen DNA menyediakan banyak karakter karena perbedaan laju perubahan basa nukleotida di dalam lokus yang berbeda adalah besar. Ketiga, sekuen DNA telah terbukti menghasilkan hubungan kekerabatan yang lebih alami (Nei, 1996). Daerah small sub unit (SSU) (18S), internal transcribed spacer (ITS), 5,8S, large sub unit (LSU) (28S), 5S, dan intergenic spacer (IGS) tersusun sebagai satu unit gen penyandi ribosomal RNA/DNA pada genom eukariota. Keseluruhan wilayah tersebut terdapat sebagai unit-unit yang berulang (tandem repeat) sebanyak 100-200 kopi (multiple copy) dalam genom organisme (Kurtzman and Blanz, 1998). Daerah LSU, 5S, 5,8S, dan SSU merupakan daerah
3 coding, sedangkan daerah ITS dan IGS merupakan daerah non coding (Katsu et al., 2003). Penanda intergenic spacer memiliki paling banyak sequence daerah yang variabel. Sequences ini bervariasi bahkan pada tingkat intraspesies. Daerah variabel ini yang menyebabkan penanda intergenic spacer mampu digunakan untuk membedakan variasi organisme dan mengetahui hubungan kekerabatan organisme pada tingkat intraspesies dan interspesies. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari karakter fenotip berdasarkan kandungan nutrisi vitamin C dan karakter molekular berdasarkan penanda intergenic spacer serta merekonstruksi pohon filogenetik pada melon kultivar Hikadi Aromatik, Gama Melon Parfum, La-3, SL3, dan Hikapel berdasarkan penanda molekular tersebut. Pada penelitian ini akan dilakukan karakterisasi fenotip berupa kandungan nutrisi vitamin C serta karakterisasi molekular terutama analisis filogenetik menggunakan penanda intergenic spacer. Dengan adanya penelitian ini diharapkan dapat diketahui karakter fenotip berupa kandungan nutrisi vitamin C serta karakter molekular berupa analisis filogenetik untuk menyelesaikan hubungan evolusi pada kultivar Hikadi Aromatik, Gama Melon Parfum, La-3, SL3, Hikapel dan berbagai kultivar lain yang tersedia di GenBank.
4 B. Permasalahan Permasalahan penelitian ini antara lain: 1. Bagaimana karakter fenotip berupa kandungan nutrisi vitamin C pada melon kultivar Hikadi? 2. Bagaimana karakter molekular berdasarkan penanda IGS (intergenic spacer) pada melon kultivar Hikadi? 3. Bagaimanak rekonstruksi pohon filogenetik berdasarkan penanda IGS (intergenic spacer) pada melon kultivar Hikadi Aromatik, Gama Melon Parfum, La-3, SL3, Hikapel dan berbagai kultivar lain yang tersedia di GenBank? C. Tujuan Tujuan penelitian ini antara lain: 1. Mempelajari karakter fenotip berupa kandungan nutrisi vitamin C pada melon kultivar Hikadi. 2. Mempelajari karakter molekular berdasarkan penanda IGS (intergenic spacer) pada melon kultivar Hikadi. 3. Merekonstruksi pohon filogenetik berdasarkan penanda IGS (intergenic spacer) pada melon kultivar Hikadi Aromatik, Gama Melon Parfum, La-3, SL3, Hikapel, dan berbagai kultivar lain yang tersedia di GenBank?
5 D. Manfaat Manfaat penelitian ini antara lain: 1. Mengetahui karakter fenotip berupa kandungan nutrisi vitamin C pada melon kultivar Hikadi. 2. Mengetahui karakter molekular berdasarkan penanda IGS (intergenic spacer) pada melon kultivar Hikadi. 3. Memberikan informasi tentang rekonstruksi pohon filogenetik berdasarkan penanda IGS (intergenic spacer) pada melon kultivar Hikadi Aromatik, Gama Melon Parfum, La-3, SL3, Hikapel dan berbagai kultivar lain yang tersedia di GenBank 4. Mengembangkan melon kultivar Hikadi sehingga dapat menjadi kultivar unggulan. 5. Memberikan kontribusi pada petani dan agroindustri di Indonesia.