MODUL PRAKTIKUM Rancangan dan Sintesis Obat Oleh: Enade P. Istyastono, Ph.D., Apt. Maywan Hariono, Ph.D., Apt. FAKULTAS FARMASI UNIVERSITAS SANATA DHARMA YOGYAKARTA 2016
PERATURAN TATA TERTIB 1. Setiap peserta praktikum harus hadir tepat pada waktu yang telah ditentukan, keterlambatan 15 menit dari waktu tersebut dapat mengakibatkan ditolaknya peserta untuk mengikuti praktikum pada hari yang bersangkutan. 2. Praktikum dibagi menjadi praktikum kering di Laboratorium Kimia Medisinal Komputasi dan praktikum basah di Laboratorium Kimia Analisis Instrumen/Kimia Organik. Untuk mengurangi kemungkinan terjadinya kecelakaan akibat dari bahan kimia selama mengikuti praktikum, peserta diwajibkan mengenakan alat perlindungan diri (APD) yang sesuai. Untuk praktikum basah, APD yang wajib digunakan adalah: masker, sarung tangan, laboratory google, jas laboratorium lengan panjang putih bersih, sepatu tertutup, celana panjang hingga mata kaki. Untuk praktikum kering, APD yang wajib digunakan adalah: jas laboratorium lengan panjang putih bersih, sepatu tertutup, celana panjang hingga mata kaki. Khusus praktikum kering dengan menggunakan laptop dan perangkatan elektronik lain, perhatikan keamanan terkait kelistrikan. 3. Peserta wajib membawa pensil 2B dan menyediakan buku log untuk merekam kegiatan praktikum. 4. Setiap peserta praktikum bertanggung jawab pada ketertiban dan kebersihan laboratorium. Peserta praktikum tidak diperkenankan melakukan hal-hal yang dapat mengganggu kegiatan praktikum dan kegiatan perkuliahan lainnya. 5. Setiap peserta praktikum basah harus memperhatikan tentang kemungkinan kontaminasi reagensia yang digunakan. Oleh karena itu, pengembalian reagensia ke dalam botol asal sedapat mungkin dihindari. Tutuplah segera botol dan perhatikan agar tutup botol tidak tertukar dengan yang lain. 6. Setelah menyelesaikan suatu acara praktikum basah, setiap peserta harus mengembalikan semua peralatan yang digunakan dalam keadaan bersih dan kering. Kerusakan peralatan yang terjadi selama praktikum adalah tanggung jawab perserta. 7. Apabila karena sesuatu hal tidak dapat mengikuti suatu acara praktikum, peserta dapat mengajukan permohonan ijin untuk remedi kepada Koordinator Praktikum untuk mengikuti praktikum pada kelompok lain atau pada slot waktu remedi (hanya ada satu slot waktu remedi). Ijin akan diberikan apabila permohonan disertai dengan bukti yang relevan dan layak untuk dipertimbangkan serta secara teknis memungkinkan. 8. Hal-hal yang belum tertuang dalam peraturan dan tata tertib akan diatur lebih lanjut. 2
MEKANISME PRAKTIKUM 1. Mahasiswa hadir di depan laboratorium sudah mengenakan APD yang sesuai kurang lebih 5 menit sebelum praktikum. Hal ini untuk mencegah penumpukan mahasiswa di depan laboratorium yang dapat mengganggu ketertiban umum. Hadir terlalu cepat dapat mengakibatkan pengurangan nilai kedisiplinan. 2. Tepat pada dimulainya praktikum sesuai jadwal masing-masing, dosen/asisten dosen memanggil masuk dan mahasiswa membubuhkan tandatangan presensi 2 kali di setiap acara praktikum. Mahasiswa diarahkan dosen/asisten dosen untuk menempati lokasi sesuai acara praktikum masing-masing. Asisten dosen membagikan buku log ke masing-masing peserta (maksimal 10 menit; 10 menit). 3. (Pra Praktikum) Mahasiswa secara perseorangan mengisi buku log dengan (maksimal 50 menit; 60 menit): a. Judul mata praktikum b. Khusus praktikum basah: Bahan-bahan yang akan digunakan termasuk sifat (terutama tentang kelarutan, titik didih/titik lebur, dan organoleptis) dan untuk bahan-bahan yang dirasakan perlu mendapatkan perhatian dilengkapi dengan catatan keamanannya (menurut Material Safety Data Sheet). Gambar rangkaian alat. Lengkapi dengan keterangan dan kegunaan masing-masing alat yang digunakan. Produk yang diharapkan termasuk termasuk sifat (terutama tentang kelarutan, titik didih/titik lebur, dan organoleptis) dan untuk produk hasil reaksi yang dirasakan perlu mendapatkan perhatian dilengkapi dengan catatan keamanannya (menurut Material Safety Data Sheet). Dilengkapi dengan produk antara dan produk samping jika ada. Mekanisme reaksi sintesis produk yang diharapkan. c. Khusus praktikum kering: Spesifikasi alat yang digunakan dan sistem operasi serta versinya. Bahan-bahan virtual yang dipersiapkan termasuk software, sumber software dan versinya. 4. Diskusi konfirmasi dan peneguhan dengan dosen/asisten jaga terkait poin 3 (maksimal 25 menit; 85 menit). 5. Kerja praktek (maksimal 180 menit dengan istirahat 30 menit secara bergantian di antaranya (terhitung 150 menit); 235 menit). Sebelum kerja praktek dimulai, asisten memberikan 2-3 soal mekanisme reaksi terkait praktikum dan dikerjakan 3
secara perorangan oleh mahasiswa di sela-sela kerja praktek yang diserahkan di akhir kerja praktek. Selama kerja praktek, ketua melakukan koordinasi pencatatan di buku log salah satu mahasiswa aktif terkait deskripsi proses, hasil dan justifikasi hasil. 6. Penyelesaian kerja praktek (maksimal 35 menit; 270 menit). Mahasiswa praktikan membereskan alat, membersihkan meja praktek dan menyelesaikan administrasi dengan laboran/dosen/asisten jaga. Asisten jaga mengumpulkan jawaban soal-soal mekanisme reaksi dan koreksi buku log kerja praktek. 7. Diskusi akhir (maksimal 30 menit; 300 menit). ACARA PRAKTIKUM 1. Praktikum (Kering) I : Identifikasi Konteks Tingkat Pemahaman Praktikan dan Luaran Pembelajaran (Asistensi dan Pembagian Kelompok). 2. Praktikum (Basah) II : Pengantar Sintesis Obat (Diskusi dan Latihan). 3. Praktikum (Kering) III : Visualisasi Molekul dengan PyMOL (Unduh, Instalasi dan Praktek Perintah-perintah Dasar) 4. Praktikum (Kering) IV : Perancangan Obat Berbasis Struktur (POBS) Kristal dengan Kode PDB 3ERT 5. Praktikum (Basah) V : Presentasi, Diskusi dan Persiapan Sintesis Senyawa Usulan dari Acara Praktikum IV. 6. Praktikum (Basah) VI : Sintesis Senyawa Hasil Kesepakatan dari Acara Praktikum V. 7. Remedi Catatan: Praktikum basah di Laboratorium Kimia Analisis Instrumen/Kimia Organik sedangkan praktikum kering di Laboratorium Kimia Medisinal Komputasi. PENILAIAN 1. Praktikum I-II (@ 10%), poin penilaian: Kedisiplinan (50) dan Partisipasi (50). 2. Praktikum III-VI (@ 20%), poin penilaian: Kedisiplinan (15), Pra Praktikum, Lisan/Konfirmasi dan Praktek (50), (35). Nilai: A: 75,00-100,00 B: 65,00-74,99 C: 56,00-64,99 D: 20,00-55,99 E: 0,00-19,99 4
JADWAL PRAKTIKUM (Tiap Rabu 10.00-16.00 WIB, kecuali Praktikum I) ACARA PRAKTIKUM TANGGAL PRAKTIKUM (Tempat Praktikum) -Dosen Jaga- A1 (A) A2 (B) Praktikum I 17 Februari 2016 (Ruang Kelas K.209 Pukul 13.00-15.00 WIB) -Enade & Maywan- Praktikum II 2 Maret 2016 -Maywan- Praktikum III 23 Maret 2016 Praktikum IV 20 April 2016 Praktikum V 4 Mei 2016 -Enade/Maywan- Praktikum VI 18 Mei 2016 - Maywan- 24 Februari 2016 -Maywan- 6 Maret 2016 30 Maret 2016 27 April 2016 -Enade/Maywan- 11 Mei 2016 - Maywan - Remedi 25 Mei 2016 (Lab. KimMedKom atau Lab. KA Ins/KO) -Enade & Maywan- Catatan: Asisten dosen untuk praktikum ini adalah Felicia Fraulein Setiawan (NIM: 158115100) dan Felicia (NIM: 158115101) yang akan membantu mendampingi jaga saat jam praktikum, atau jika karena masalah waktu tidak memungkinkan hadir saat praktikum dapat dihubungi praktikan di luar jam praktikum. Pembagian asisten dosen untuk masingmasing kelompok akan dilakukan saat Praktikum I. 5
FORMULIR PENILAIAN PRAKTIKUM KIMIA ORGANIK SEMESTER GENAP 2013/2014 Kelompok: A1 (A) / A2 (B) (coret yang tidak perlu) Sub Kelompok: A / B / C (coret yang tidak perlu) Prak. I Prak. II Prak. III Prak. IV Prak. V Prak. VI Kedisiplinan (50): Kedisiplinan (50): Kedisiplinan (15): Kedisiplinan (15): Kedisiplinan (15): Kedisiplinan (15): Partisipasi (50): Partisipasi (50): Konversi ke 10% (Jumlah x 0,1) Konversi ke 10% (Jumlah x 0,1) Jumlah setelah konversi:... Konversi ke huruf:... Anggota Kelompok: NIM (urut): Nama: Catatan: Dalam acara praktikum, jika ada anggota yang terlambat hadir maka nilai kedisiplinan seluruh kelompok adalah 0 (kosong). 6
ISI PRAKTIKUM Praktikum 1 (Kering) Identifikasi Konteks Tingkat Pemahaman Praktikan dan Luaran Pembelajaran (Asistensi dan Pembagian Kelompok) Koordinator Praktikum dibantu dengan Dosen Pengampu, Asisten Dosen dan Praktikan melakukan sosialisasi kompetensi luaran dari praktikum dan memetakan serta memanggil kembali tingkat pemahaman praktikan terkait prasyarat kuliah maupun praktikum untuk mampu mengikuti praktikum ini. Dilakukan pembagian kelompok berdasarkan pemetaan tersebut. Praktikum 2 (Basah) Pengantar Sintesis Obat Dosen pengampu praktikum memaparkan dengan diskusi dan latihan dasar-dasar analisis diskoneksi dalam sintesis obat. Materi ini penting untuk praktikan mampu melakukan Praktikum Acara IV, V dan VI. Terutama untuk Praktikum Acara V. Praktikum 3 (Kering) Visualisasi Molekul dengan PyMOL Dosen pengampu praktikum mengajak dan menjadi fasilitator bagai praktikan untuk mengunduh dan menginstalasi aplikasi visualisasi molekul PyMOL. Demi kelancaran acara praktikum, setidaknya satu kelompok menyediakan satu laptop dengan Sistem Operasi minimal linux Ubuntu 10.04 atau Windows XP. Praktikan kemudian belajar perintahperintah dasar menggunakan PyMOL untuk visualisasi molekul. Praktikum 4 (Kering) Perancangan Obat Berbasis Struktur (POBS) Kristal dengan Kode PDB 3ERT Dosen pengampu praktikum menjadi fasilitator bagai praktikan untuk mengenali berkas situs PDB.org dan berkas file terkait. Praktikan mengunduh berkas file 3ERT.pdb dan mempelajari interaksi ligan dengan protein pada 3ERT.pdb menggunakan kemampuan yang dipelajari di Praktikum III. Berdasarkan hasil analisis dan ilmu yang dipelajari di Praktikum II, praktikan merancang satu senyawa berpotensi secara inspeksi visual. Praktikan kemudian melakukan rancangan sintesis senyawa tersebut dan juga mekanisme reaksinya. Praktikum 5 (Basah) Presentasi, Diskusi dan Persiapan Sintesis Senyawa Usulan Praktikan mempresentasikan senyawa usulan hasil POBS pada Praktikum IV lengkap dengan alasan, rancangan sintesis (alat dan bahan serta proses sintesisnya) dan mekanisme reaksi pembentukan senyawa tersebut. Praktikan, dosen dengan dibantu pihak-pihak terkait mengecek ketersediaan alat dan bahan serta kemungkinan senyawa tersebut disintesis dan diuji pada Praktikum 6. Jika memungkinkan dilanjutkan ke Praktikum 6, jika tidak mungkin dilakukan penyesuaian sehingga mungkin dilakukan pada Praktikum 6. Praktikum 6 (Basah) Sintesis Senyawa Hasil Kesepakatan dari Acara Praktikum V Sesuai judul. Dalam hal ini diutamakan ketelitian praktikan dalam mengerjakan sintesis dan refleksi praktikan terkait proses yang dilakukan. Praktikum 7 (Basah/Kering) Remedi Sesuai judul. Jika dirasa perlu. 7