HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL
|
|
- Suparman Oesman
- 6 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 3 0.2 g lalu ditambahkan 600 µl buffer ekstrak (dengan komposisi 2% Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide [CTAB] (w/v), 0.1 M Tris HCl ph 8.0, 1.5 M NaCl, 0.02 M Ethylene Diamine Tetra acetic Acid [EDTA] ), dan mercapto etanol 0,2%. Campuran dikocok, diinkubasi selama 30 menit pada suhu 65 0 C. Campuran dalam tabung eppendorf didinginkan di es selama 5 menit, kemudian ditambahkan 600 µl kloroform : isoamil alkohol (24:1). Tabung eppendorf kemudian disentrifuse pada rpm (g = ± 9.8 m/s 2 ) dengan suhu 4 0 C, selama 10 menit. Supernatan bagian atas (mengandung DNA) diambil dan dipindahkan pada tabung ependorf lain kemudian ditambahkan PCI (Phenol, Chloroform, dan Isoamil alkohol) dingin dengan perbandingan (25:24:1) sebanyak 500 µl, disentrifuse kembali pada rpm (g = ± 9.8 m/s 2 ) dengan suhu 4 0 C selama 5 menit. Supernatan diambil kemudian ditambahkan 2M NaOAC ph 5,2 (0.1x volume supernatan) dan EtOH 100% sebanyak 2x volume supernatan. Presipitasi dilakukan selama 30 menit dalam freezer. Pelet diambil dan dibilas dengan 500 µl etanol 70% lalu disentrifuse 5 menit dengan kecepatan rpm (g = ± 9.8 m/s 2 ). Cairan dibuang dan pelet dikeringkan dengan vakum. Pelet dilarutkan ke dalam µl aquades steril, diberi RNAse (10 µg/µl) sebanyak 0.2x volume aquades steril selama 30 menit pada suhu 37 0 C. Tahap terakhir yaitu inaktif RNAse pada suhu 70 0 C, selama 10 menit. Uji Kualitas dan Kuantitas DNA. Uji kualitas dan kuantitas DNA dilakukan menurut metode Sambrook et al. (1989) dengan beberapa modifikasi. DNA padi yang berhasil diisolasi dielektroforesis pada gel agarosa dengan konsentrasi 1% (b/v) dalam buffer penyangga 1x TAE. Perbandingan DNA dengan loading dye adalah 5:2 µl. Elektroforesis dilakukan selama kurang lebih 30 menit pada tegangan 100 volt. Selanjutnya gel agarose hasil elektroforesis dimasukkan ke dalam larutan ethidium bromida (konsentrasi larutan 0.5 mg/l) selama 5 menit. Panjang pita DNA diamati dengan melihat pita DNA pada UV transiluminator. Identifikasi Gen Pi-ta. Amplifikasi DNA guna mengidentifikasi gen ketahanan Pi-ta dilakukan dengan bantuan Polymerase Chain Reaction (PCR). Primer yang digunakan adalah Pi-ta ekson 1 dan Pi-ta ekson 2. Primer spesifik ini didesain dari sekuen DNA pada database dengan nomor kode aksesi AF Primer spesifik Pi-ta ekson 1 digunakan untuk amplifikasi gen Pi-ta di ekson 1 dengan ukuran produk PCR sebesar 418 bp. Sedangkan, primer spesifik Pi-ta ekson 2 digunakan untuk amplifikasi gen Pi-ta di ekson 2 dengan ukuran produk PCR sebesar 448 bp. Tabel 1 Primer spesifik gen Pi-ta Primer spesifik Pi-ta ekson 1 forward 5 ACTGCTGGTGCCAAGAAGAT3 reverse 5 GGCCATGCAGACGATAGAAT3 Primer spesifik Pi-ta ekson 2 forward 5 CCCAGGATGACCTTGACACT3 reverse 5 TGTGCCAAATCTTCATCCAA3 Reaksi PCR mengikuti metode yang dilakukan Naqvi dan Chattoo (1996). PCR dilakukan dengan total reaksi 10µl mengandung 100 ng DNA genomik cetakan (1 µl), dntpmix (datp, dctp, dgtp, dttp) 0.2 mm (1 µl), masing-masing primer (forward dan reverse) 1 pmol (masing-masing sebanyak 0.4 µl), enzim taq DNA polymerase 1 unit (0.2 µl) dalam larutan buffer 1X (1 µl) dan ditambahkan air bebas ion hingga mencapai volume 10 µl. Amplifikasi PCR dilakukan sebanyak 30 siklus. Program PCR terdiri dari Pra-denaturasi pada suhu 94 0 C selama 5 menit, dilanjutkan dengan 30 siklus yang terdiri atas denaturasi pada suhu 94 0 C,1 menit, annealing pada suhu 55 0 C, 30 detik, dan extension pada suhu 72 0 C, 1 menit. Tahap akhir proses PCR yaitu final extension pada suhu 72 0 C selama 5 menit dan pendinginan pada suhu 72 0 C selama 10 menit. Produk PCR kemudian dipisahkan dengan elektroforesis pada gel agarosa 1% dalam larutan buffer penyangga 1x TAE. DNA 1 kb (ladder) diletakkan di sumur pertama untuk mengukur panjang pita-pita DNA yang dihasilkan. Proses elektroforesis dilakukan selama 26 menit pada tegangan 100 volt. Kemudian diletakkan dalam larutan ethidium bromida (0.5 mg/l) selama 5 menit lalu dibilas dengan aquades. Hasil pita DNA pada agarose divisualisasi dengan cahaya UV. Ada tidaknya gen Pi dapat diketahui dengan melihat pita DNA yang terkait dengan fragment gen Pi yang dapat diamplifikasi dengan primer spesifik. HASIL HASIL DAN PEMBAHASAN Morfologi dan Perkecambahan Spora Penelitian ini menggunakan isolat Pyricularia oryzae ras 001 yang berasal dari koleksi Balai Penelitian Tanaman Padi Muara, Bogor. Jumlah spora dari hasil panen spora dihitung menggunakan hemasitometer.
2 4 Konsentrasi rata-rata spora yang dihasilkan adalah 10 5 sampai sel/ml suspensi. Hasil pengamatan spora dengan mikroskop menunjukkkan bahwa spora P. oryzae berbentuk menyerupai buah pir, memiliki 2 sekat, dan berwarna hialin (Gambar 1a). Guna mengetahui kemampuan infeksi spora P. oryzae yang diinokulasi pada tanaman padi maka dilakukan juga pengamatan perkecambahan spora yang membentuk apresorium. Pengamatan terhadap kemampuan perkecambahan spora memperlihatkan bahwa spora mulai berkecambah pada jam ke empat setelah panen, selanjutnya terbentuk tabung kecambah yang muncul dari bagian apikal atau basal dari sel spora (Gambar 1b). Satu spora dapat membentuk lebih dari satu tabung kecambah. Tabung kecambah selanjutnya membentuk struktur apresorium pada bagian ujungnya. Apresorium berbentuk bulat dan membentuk tabung infeksi yang berfungsi sebagai struktur penetrasi ke tanaman inang (Gambar 1c). Kemampuan Infeksi Penyakit Blas Pada Tanaman Padi Varietas padi Kencana Bali merupakan varietas peka yang digunakan sebagai kontrol positif pada penelitian ini menunjukkan gejala penyakit blas pada bagian daun. Bercak pada varietas Kencana bali mulai tampak pada hari ke empat setelah infeksi dan bercak bertambah lebar setelah hari ke tujuh. Gejala blas daun yang teramati yaitu berupa bercak berbentuk elips dengan ujung runcing, tepi bercak berwarna coklat tua hingga hitam dengan sedikit warna kuning, bagian tengah berwarna abu-abu (Gambar 2). Bercak hanya berupa bintik-bintik hitam dan tidak terlihat melebar pada tanaman tahan (resisten). a spora 20 µm b tabung kecambah spora 30 µm Gambar 1 (a) Spora P. grisea pada jam ke-0 setelah panen, perbesaran 10x40; (b) Spora mulai berkecambah pada jam ke-4 setelah panen, perbesaran 10x10; (c) Apresorium pada jam ke-20 setelah panen perbesaran 40x10. Varietas/ Galur Ketahanan 0 hsi 5 hsi 7 hsi c Apresorium spora tabung kecambah 10 µm Kencana bali bercak Cisadane 100% % % bercak Gambar 2 Serangan blas pada hari ke-0, ke-5 dan ke-7 setelah infeksi.
3 5 Hasil penapisan I atau uji di rumah kaca terhadap 48 galur padi menunjukkan bahwa terdapat 15 galur padi yang resisten terhadap serangan isolat Pyricularia oryzae ras 001 (Tabel 2). Tiga belas galur tanaman padi resisten dipilih dari kelima belas galur tersebut berdasarkan nilai tingkat ketahanan 80 % kemudian diverifikasi kembali untuk memastikan tingkat ketahanannya. Hasil verifikasi atau penapisan II menunjukkan bahwa terdapat 13 galur padi yang memiliki tingkat ketahanan 80% berdasarkan munculnya bercak (lesio) pada tanaman uji saat hari ke-7 setelah infeksi (Tabel 3). Tiga belas galur yang memiliki tingkat ketahanan 80% setelah verifikasi kembali yaitu IPB140-F-2-1, IPB115-F-4-2-2, IPB113-F-2-2, IPB107-F-7-3, IPB140-F-5, IPB149-F-2, IPB149-F-8, Martapura, IPB149-F-4, IPB149-F-5, IPB113-F-1, IPB102-F , dan IPB107-F-5-1. Ketiga belas galur tersebut kemudian diambil dan menjadi sampel isolasi DNA. Selain itu, pengamatan terhadap morfologi galur padi tahan juga dilakukan dengan mengamati satu rumpun padi hingga tahap panen kemudian dilakukan pengambilan gambar morfologi tanaman padi (Lampiran 2 dan 3). Identifikasi Keberadaan Gen Pi-ta Tiga belas galur tahan dan dua galur rentan diambil kemudian DNA tanaman diisolasi. Hasil isolasi DNA dikuantifikasi dan dilakukan pengujian kemurnian DNA dengan spektrofotometer pada panjang gelombang 260 dan 280. Rasio OD260/OD280 yang diperoleh berkisar antara 1.44 hingga Amplifikasi PCR dilakukan dengan menggunakan 2 primer yang didesain untuk menguji keberadaan gen Pi-ta. Sekuen DNA gen Pi-ta diketahui memiliki dua daerah ekson yang mengapit satu daerah intron. Tabel 2 Hasil penapisan I 48 galur padi terhadap isolat P. oryzae ras 001 Tetua Nama Galur TK (%) Tetua Nama Galur TK (%) IPB6-d-10s-1-1 IPB97-F Fatmawati x IPB116-F x Fatmawati IPB97-F Pinjan IPB116-F IPB97-F IPB116-F IPB97-F IPB116-F IPB97-F IPB116-F Fatmawati x IPB102-F IPB116-F-46-2-PG 57 IPB6-d-10s-1-1 IPB102-F IPB116-F Fatmawati x IPB107-F Fatmawati x IPB117-F Siam Sapat IPB107-F Pulu Mandoti IPB107-F (Fatmawati x IPB140-F IPB107-F IPB26-d-14J-1-1-2) IPB140-F IPB107-F-16E-1 70 x Sintanur IPB140-F-3 57 IPB107-F-16E-6 32 IPB140-F-4 80 IPB107-F IPB140-F Pare Bau x IPB113-F-1 93 IPB140-F-7 17 Fatmawati IPB113-F Fatmawati x IPB115-F Sintanur x IPB149-F-1 60 Lambau IPB115-F Lambau IPB149-F-2 90 IPB115-F IPB149-F-3 57 IPB15-F IPB149-F IPB115-F IPB149-F-5 90 Fatmawati x IPB116-F IPB149-F-7 82 Pinjan IPB116-F IPB149-F IPB116-F Martapura 90 IPB116-F Margasari 77 Keterangan: TK= Tingkat Ketahanan Tabel 3 Hasil penapisan II galur padi tahan dari hasil penapisan I terhadap isolat P. oryzae ras 001 No Nama Galur TK (%) No Nama Galur TK (%) No Nama Galur TK (%) 1 IPB140-F IPB149-F IPB113-F IPB115-F IPB149-F IPB102-F IPB113-F Martapura IPB107-F IPB107-F IPB149-F IPB140-F IPB149-F-5 85 Keterangan: TK= Tingkat Ketahanan
4 6 a. b. M A Kb Ni (-) M A Kb Ni (-) 418 bp 448 bp Gambar 3 Hasil elektroforesis amplifikasi DNA gen Pi-ta (a) ekson 1 (b) ekson 2 (M) DNA ladder 1 kb (1) IPB140-F-2-1 (2) IPB115-F (3) IPB113-F-2-2 (4) IPB107-F-7-3 (5) IPB140-F-5 (6) IPB149-F-2 (7) IPB149-F-8 (8) Martapura (9) IPB149-F-4 (10) IPB149-F-5 (11) IPB113-F-1 (A) Asahan (Kb) Kencana bali* (Ni) Nipon bare (12) IPB102-F (13) IPB107-F-5-1 (14) IPB107-F * (15) IPB107-F-16E-6* (-) kontrol negatif/ ddh 2 O. keterangan: *rentan (susceptible). Pi-ta diduga menyandikan protein sitoplasmik dengan lokasi sentral NBS dan daerah pemotongan tinggi LRR (yang selanjutnya disebut LRD) pada daerah terminal carboxyl yang cocok mengenali gen avirulence AVR-Pita, sehingga dapat menggerakkan resisten ras spesifik. Substitusi asam amino tunggal, serine (Ser) ke alananin (Ala) pada posisi 918, pada LRD protein Pita mendemonstrasikan untuk menetapkan secara langsung interaksi dengan AVR-Pita dan spesifik resisten untuk patogen blas yaitu Magnaporthe oryzae (Bryan et al. 2000). Hasil elektroforesis dari amplifikasi DNA dengan menggunakan primer Pi-ta ekson 1 dan Pi-ta ekson 2 menunjukkan adanya pita yang terbentuk dengan ukuran di antara bp. Pita yang terbentuk berukuran sesuai dengan target yang diinginkan, hal itu menandakan bahwa gen Pi-ta yang menjadi target telah berhasil teramplifikasi. PEMBAHASAN Penyakit Blas Daun pada Padi Galur padi yang digunakan merupakan galur hasil persilangan dari varietas dan galur tetua terpilih. Varietas Sintanur, Pare bau, Lambau, dan Pinjan termasuk dalam padi aromatik yang banyak ditanam di Sulawesi Selatan, sedangkan varietas Fatmawati memiliki keunggulan karena tingkat kerontokan gabah rendah hingga mengurangi kehilangan hasil pada saat panen (Masniawati 2005). Galur IPB6-d-10s-1-1 memiliki keunggulan karena bulir padi yang dimiliki terisi penuh dari pangkal hingga ujung malai (Dr. Hajrial 20 Januari 2010, komunikasi pribadi). Jika dilihat dari segi ketahanan terhadap penyakit, varietas Sintanur dan Fatmawati memiliki ketahanan terhadap Hawar Bakteri Daun (HBD) strain III. Sedangkan, informasi mengenai ketahanan akan blas pada varietas tetua belum diketahui, sehingga dilakukan pengujian tahan blas. Penyakit blas disebabkan oleh cendawan Pyricularia oryzae, cendawan ini termasuk dalam kelompok Ascomycetes dan ditemukan di alam dalam bentuk aseksualnya saja. Sedangkan bentuk seksualnya (teleomorf) Magnaporthe grisea (Hebert) Barr hanya dihasilkan dengan pengkulturan di laboratorium (Agrios 1997). Pyricularia oryzae mempunyai konidiofor bersekat-sekat jarang bercabang, berwarna kelabu, membentuk konidium pada ujungnya, konidium berbentuk bulat telur dengan ujung runcing, jika masak bersekat 2, dengan ukuran x µm. Gejala blas daun diamati pada daun berupa bercak berbentuk belah ketupat berujung runcing. Bentuk warna dan ukuran lesio atau bercak bervariasi tergantung pada ketahanan varietas, umur tanaman dan lingkungan. Bercak pada varietas yang tidak tahan (rentan) pada kondisi yang lembab memperlihatkan pinggiran coklat dengan sedikit berwarna kuning (halo), sedangkan pada varietas yang tahan bercak hanya berupa bintik coklat sebesar jarum atau lebih (Ou 1985). Selain itu, dilihat dari waktu kemunculan bercak, bercak pada varietas yang peka lebih cepat timbul, dibandingkan dengan varietas yang resisten. Kemampuan infeksi cendawan dipengaruhi haplotype suatu cendawan. Keragaman haplotip P. oryzae antara lain dipengaruhi oleh faktor lingkungan seperti suhu, kelembaban, baik pada lokasi yang sama maupun berbeda (Reflinur 2005). Suhu yang digunakan pada penelitian ini berkisar antara 26 o C-30 o C, dengan kelembapan berkisar antara 75 sampai 90%. Hal ini menunjukkan kondisi lingkungan yang
5 7 mendukung bagi perkembangan penyakit. blas. Spora dihasilkan dan dilepaskan pada kondisi kelembaban yang relatif tinggi, dan tidak ada spora yang dihasilkan pada kondisi kelembaban di bawah 89% (Bonman 1992). Sporulasi berlangsung secara optimum pada suhu 28 C dengan kelembaban 95% dan dalam kondisi gelap selama 15 jam (Kato 1976), sedangkan temperatur optimum untuk perkecambahan spora, pembentukan lesio dan sporulasi adalah C (32-35 C) (Scardaci et al. 1997). Hasil percobaan menunjukkan bahwa gejala penyakit blas pada tanaman rentan mulai muncul pada hari ke-3 dan ke-4 setelah inokulasi. Hal ini sesuai dengan Leung dan Shi (1994) yang menyatakan kelembaban yang tinggi pada tanaman yang rentan akan menyebabkan cendawan P. oryzae menghasilkan konidia dalam waktu 3-4 hari. Sementara, menurut Ou (1985) periode laten penyakit blas di daerah tropis adalah empat sampai lima hari setelah inokulasi. Bercak secara cepat berkembang menjadi lebih besar pada suhu 32 C dan sesudahnya perkembangan bercak akan menurun. Reaksi tanaman padi terhadap penyakit blas dibagi menjadi tiga yaitu tahan (completely resistant), moderat (partially resistant) dan peka (susceptible). Kencana Bali dan Cisadane digunakan sebagai varietas peka dan tahan mengacu pada Santoso (2005) yang membuktikan bahwa varietas Cisadane merupakan varietas tahan blas, dan varietas Kencana Bali merupakan varietas yang peka dengan intensitas serangan tertinggi di Indonesia (Mogi et al. 1991; Nugraha 2005). Faktor-faktor yang mempengaruhi ketahanan atau kerentanan suatu varietas padi terhadap cendawan P. oryzae adalah adanya gen ketahanan pada tanaman inang, tingkat virulensi cendawan P. oryzae dan lingkungan (Ou 1985). Varietas Cisadane dan tiga belas galur tahan memperlihatkan gejala adanya blas dengan tingkat serangan yang rendah dan sangat rendah. Hal tersebut diduga karena galur tahan tersebut memiliki kemampuan untuk membatasi penetrasi apresorium blas dan mematikan patogen blas. Deposisi senyawa silikat yang berada dalam jaringan epidermis daun varietas tahan dapat melindungi invasi hifa cendawan secara mekanis (Takahashi 1997; Kim et al. 2002). Selain itu, varietas padi yang tahan juga cenderung menghambat pembentukan spora blas dengan memproduksi fitoaleksin tertentu sebagai akibat interaksi antar patogen dan tanaman padi (Dillon et al. 1997; Rodrigues et al. 2004). Hal ini dapat pula disebabkan adanya reaksi hipersensitif yang cepat dari tanaman inang sehingga patogen tidak berkembang. Osburn (1996) menyatakan bahwa sistem pertahanan tanaman terhadap serangan pathogen terdiri dari pertahanan pasif dan pertahanan aktif. Mekanisme pertahanan pasif diantaranya adalah kultikula yang berlilin dan senyawa antimikroba yang bertujuan mencegah terjadinya kolonisasi jaringan oleh cendawan. Sedangkan, aktifnya mekanisme seluler yang terinduksi karena elisitor yang dikeluarkan oleh pathogen merupakan sistem pertahanan aktif, diantaranya adalah terjadi akumulasi metabolit sekunder antimikroba dan ekspresi protein pathogenesis related (Kim et al. 2000). Hasil pengamatan menunjukkan bahwa kebanyakan daun padi yang terserang adalah daun bagian atas atau daun yang masih muda. Menurut Ou (1985) kerentanan daun padi terhadap infeksi patogen berhubungan dengan kandungan silikat pada dinding sel epidermis daun padi. Sel-sel daun muda mempunyai kandungan silikat yang masih rendah sehingga apresorium dapat menembus dinding sel epidermis daun padi muda. Isolat yang digunakan dalam penelitian ini adalah isolat P. oryzae ras 001, yang berasal dari koleksi Balai Penelitian Tanaman Padi Muara Bogor. Utami et al. (2000), Amir dan Nasution (2001) dan Utami et al. (2005) menyatakan bahwa isolat 001 adalah isolat yang selalu dijumpai pada setiap musim tanam artinya isolat ini memiliki penyebaran yang luas dan mampu bertahan lama di lapangan. Oleh sebab itu isolat ini selalu dipakai sebagai dasar dalam analisis rata-rata generasi. Ras 001 mempunyai tingkat patogenesitas yang paling rendah virulensinya dibandingkan ras lain (Sari 2008). Identifikasi Keberadaan Gen Pi-ta Konsep munculnya penyakit dan interaksinya dengan inang dapat dijelaskan berdasarkan konsep gene for gene (Flor 1971), pengenalan patogen oleh tanaman yang tahan dikontrol oleh gen resistensi (R gene) yang ada pada tanaman dan gen avirulen (Avr gene) yang ada pada patogen dan selanjutnya mengaktifkan sistem pertahanan (defense response) (Suharsono et al. 2002). Interaksi antara inang dan patogen dijabarkan dalam konsep gene for gene,
6 8 dimana terdapat dua bentuk interaksi, yaitu reaksi inkompatibel dan kompatibel. Interaksi inkompatibel adalah interaksi antara gen resisten (R gene) pada tanaman inang dengan gen avirulen (Avr) pada patogen yang selanjutnya menyebabkan terbentuknya reaksi hipersensitif (HR) pada tanaman inang (Agrios 1997). Sedangkan interaksi kompatibel adalah interaksi antara tanaman inang yang rentan dengan patogen yang virulen hingga menyebabkan timbulnya penyakit (Kurnianingsih 2008). Galur padi resisten dengan tingkat ketahanan 100 % yaitu IPB107-F-7-3, IPB140-F-5, IPB149-F- 4 dan IPB149-F-8 tidak memperlihatkan gejala blas sampai akhir pengamatan (9 hsi), hal ini mengindikasikan adanya reaksi hipersensitif pada tanaman padi tersebut. Oleh karenanya dapat dikatakan pada keempat galur tersebut terdapat interaksi inkompatibel yaitu interaksi antara R gene pada padi terhadap gen Avirulen (Avr) pada Pyricularia oryzae ras 001. Perbedaan respon ketahanan dari 48 galur padi yang digunakan diduga disebabkan karena perbedaan genotipe dari varietas tersebut, yaitu adanya perbedaan gen resistensi (gen Pi) yang dimiliki oleh masingmasing galur. Galur yang memiliki ketahanan hingga 100% menunjukkan bahwa tidak ada satupun tanaman yang diinfeksi yang memperlihatkan gejala penyakit blas. Pemilihan 13 galur resisten (tahan) dikarenakan dugaan bahwa galur padi dengan tingkat ketahanan 80% berpotensi membawa gen ketahanan Pi. Gen Pi-ta diduga menyandikan protein sitoplasmik dengan lokasi sentral NBS dan daerah pemotongan tinggi LRR pada daerah terminal karboksil yang cocok mengenali gen avirulen (AVR-Pita), sehingga dapat menggerakkan resisten ras spesifik (Bryan et al. 2000). Hasil elektroforesis dari hasil PCR menunjukkan adanya gen Pi-ta yang teramplifikasi baik dari DNA tanaman yang tahan (resistence) maupun tanaman rentan (susceptible) seperti varietas Kencana Bali, galur IPB107-F dan IPB107-F-16E-6 (Gambar 3). Hasil ini berbeda dengan Santoso (2005), hal ini di duga karena perbedaan primer yang digunakan. Primer yang digunakan pada penelitian ini mengamplifikasi daerah gen Pi-ta pada daerah ekson 1 di urutan basa ke (F 1 menempel pada urutan basa ke ; R 1 menempel pada urutan basa ke ) dan daerah ekson 2 di urutan basa ke (F 2 menempel pada urutan basa ke ; R 2 menempel pada urutan basa ke ), sedangkan primer Santoso (2005) mengamplifikasi daerah gen Pi-ta di urutan basa ke Primer Santoso (2005) memiliki primer forward yang menempel pada urutan basa ke dan primer reverse yang menempel pada urutan basa ke dengan hasil amplifikasi sebesar 404 bp (Gambar 4). Gambar 4 Daerah penempelan primer. Daerah dugaan delesi pada bagian belakang ekson 2. Sehingga, diduga adanya kemungkinan delesi pada daerah ekson 2 di bagian belakang pada Kencana Bali, hingga primer Santoso tidak dapat mengamplifikasi gen Pita dari tanaman Kencana Bali. Sementara, menurut Bustamam et al. (2004) Kencana Bali diduga mempunyai gen ketahanan terhadap penyakit blas namun isolat blas yang tidak kompatibel (avirulen) untuk varietas ini belum diketahui. Hasil ini menunjukkan kemungkinan gen Pi-ta tidak spesifik berperan dalam mekanisme pertahanan tanaman pada galur-galur padi ini, sehingga diduga ada gen lain yang berperan dalam proses ketahanan tanaman padi terhadap serangan P. oryzae ras 001. SIMPULAN Tiga belas galur padi tahan blas didapatkan dari hasil penapisan 48 galur padi harapan yang diuji terhadap ras 001. Kemunculan gen Pi-ta dijumpai baik pada galur padi yang tahan maupun peka terhadap P.oryzae ras 001, sehingga disimpulkan gen Pi-ta tidak bertanggung jawab atas ketahanan terhadap P.oryzae ras 001. SARAN 404 bp Perlu adanya pengujian dengan desain primer yang lain untuk kelanjutan identifikasi gen Pi-ta guna mengetahui kemungkinan adanya delesi yang terdapat pada sekuens atau urutan basa bagian belakang ekson 2 di gen Pi-ta tanaman Kencana Bali.
HASIL. Gambar 1 Tempat menempelnya primer ekson1 dan ekson2.
3 sebanyak 2x volume supernatan. Presipitasi dilakukan dengan menginkubasi di lemari pembeku selama 30 menit kemudian disentrifugasi lagi dengan kecepatan 10.000 rpm (5590 x g ) selama 15 menit. Selanjutnya
Lebih terperinciIII. BAHAN DAN METODE
III. BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian dilakukan di Laboratorium BIORIN (Biotechnology Research Indonesian - The Netherlands) Pusat Penelitian Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi IPB. Penelitian
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7 individu udang Jari yang diambil dari Segara Anakan Kabupaten Cilacap Jawa Tengah.
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian deskriptif. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode B. Objek Penelitian Objek penelitian ini adalah sampel DNA koleksi hasil
Lebih terperinciUJI KETAHANAN 48 GALUR PADI TERHADAP PENYAKIT BLAST (Pyricularia oryzae) RAS 001 YULITA FITRIANNA
i UJI KETAHANAN 48 GALUR PADI TERHADAP PENYAKIT BLAST (Pyricularia oryzae) RAS 001 YULITA FITRIANNA DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2011
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan dan Alat
12 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilakukan dari bulan April 2006 sampai dengan bulan April 2007. Penelitian dilakukan di rumah kaca, laboratorium Biologi Molekuler Seluler Tanaman, dan
Lebih terperinciBAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel
16 BAB III. METODOLOGI PENELITIAN Bab ini menggambarkan tahapan penelitian yang terdiri dari pengambilan sampel, penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel, amplifikasi D-loop mtdna dengan teknik
Lebih terperinciPengujian DNA, Prinsip Umum
Pengujian DNA, Prinsip Umum Pengujian berbasis DNA dalam pengujian mutu benih memang saat ini belum diregulasikan sebagai salah satu standar kelulusan benih dalam proses sertifikasi. Dalam ISTA Rules,
Lebih terperincibio.unsoed.ac.id METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian
III. METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian 1.1. Peralatan Penelitian Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah botol sampel, beaker glass, cool box, labu
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Bahan dan Alat
12 BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Survei penyakit klorosis dan koleksi sampel tanaman tomat sakit dilakukan di sentra produksi tomat di daerah Cianjur, Cipanas, Lembang, dan Garut. Deteksi
Lebih terperinciII. MATERI DAN METODE. Tempat pengambilan sampel daun jati (Tectona grandis Linn. f.) dilakukan di
II. MATERI DAN METODE 2.1 Waktu dan Tempat Penelitian Tempat pengambilan sampel daun jati (Tectona grandis Linn. f.) dilakukan di enam desa yaitu tiga desa di Kecamatan Grokgak dan tiga desa di Kecamatan
Lebih terperinci3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat
3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Autentikasi Bahan Baku Ikan Tuna (Thunnus sp.) dalam Rangka Peningkatan Keamanan Pangan dengan Metode Berbasis DNA dilaksanakan pada bulan Januari sampai dengan
Lebih terperinciLAMPIRAN. Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer
LAMPIRAN Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer 1. Pembuatan Larutan Stok a. CTAB 5 % Larutan dibuat dengan melarutkan : - NaCl : 2.0 gr - CTAB : 5.0 gr - Aquades : 100 ml b. Tris HCl
Lebih terperinciAsam Asetat Glacial = 5,7 ml EDTA 0,5 M ph 8.0 = 10 ml Aquades ditambahkan hingga volume larutan 100 ml
36 Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer A. Pembuatan Larutan Stok Tris HCL 1 M ph 8.0 (100 ml) : Timbang Tris sebanyak 12,114 g. Masukkan Tris ke dalam Erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades.
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian. Penelitian ini dapat menerangkan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian murni yang dilakukan dengan metode deskriptif, yaitu suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi, gambaran atau lukisan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap
BAB III METODE PENELITIAN Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap penyiapan templat mtdna, amplifikasi fragmen mtdna pada daerah D-loop mtdna manusia dengan teknik PCR, deteksi
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Bahan dan Alat Metode Penelitian Isolasi Aktinomiset
BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor, dari bulan Februari sampai dengan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut:
BAB III METODE PENELITIAN Tahapan-tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel, lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh, amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan
Lebih terperinci3. METODE PENELITIAN
19 3. METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Maret sampai Juni 2010 di Laboratorium Mikrobiologi, Biokimia dan Bioteknologi Hasil Perairan Departemen Teknologi Hasil
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth
III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Pengambilan sampel darah domba dilakukan di Kecamatan Koto Tengah Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober 2012. Amplifikasi gen Growth Hormone menggunakan
Lebih terperinciVISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum
VISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum Pendahuluan Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode
16 BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode deskriptif. Penelitian deskriptif adalah suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi,
Lebih terperinciFAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
ISOLASI TOTAL DNA TUMBUHAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA PHYTOPURE Halaman : 1 dari 5 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan tumbuhan, dapat dari daun, akar, batang,
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN METODE
9 BAB III BAHAN DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian dilaksanakan pada bulan September 2011 sampai dengan Juli 2012. Kegiatan ekstraksi DNA sampai PCR-RFLP dilakukan di laboratorium Analisis
Lebih terperinciMETODOLOGI. Gambar 1 Bahan tanaman : (a) Tetua IR64; (b) tetua Hawarabunar, dan (c) F 1 (IRxHawarabunar) c a b
METODOLOGI Waktu dan Tempat Penelitian ini dilakukan dua tahap yaitu penanaman padi dan analisis fisiologi dan marka molekuler. Penanaman padi secara gogo pada tanah masam dilakukan di rumah kaca Cikabayan
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA. Adapun klasifikasi Colletotrichum gloeosporioides Penz. Sacc. menurut. : Colletotrichum gloeosporioides Penz. Sacc.
TINJAUAN PUSTAKA Biologi Penyakit Adapun klasifikasi Colletotrichum gloeosporioides Penz. Sacc. menurut Dwidjoseputro (1978) sebagai berikut : Divisio Subdivisio Kelas Ordo Family Genus Spesies : Mycota
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA Karakteristik Tanaman Padi Gogo Pemuliaan Padi Tipe Baru
4 TINJAUAN PUSTAKA Karakteristik Tanaman Padi Gogo Padi gogo adalah padi yang diusahakan di tanah tegalan secara menetap (terus menerus). Padi gogo dapat tumbuh sampai ketinggian 1300 m dari permukaan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Pengaruh Suhu Annealing pada Program PCR terhadap Keberhasilan Amplifikasi DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans) Laguna Segara Anakan
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode
24 BAB III METODOLOGI PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode penelitian deskriptif. B. Objek Penelitian Empat spesies burung anggota Famili
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. penelitian ini
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis penelitian Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif yang mengangkat fenomena alam sebagai salah satu masalah dalam penelitian, sehingga dapat menerangkan arti
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode
22 BAB III METODOLOGI PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode penelitian deskriptif. B. Lokasi dan Waktu Penelitian 1. Lokasi Penelitian Penelitian
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan teknik PCR;
BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar, langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah HVI mtdna
Lebih terperinciANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI
1 ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI PENDAHULUAN Polimerase Chain Reaction (PCR) PCR adalah suatu reaksi invitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian deskriptif.
24 BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian deskriptif. 3.2 Objek Penelitian DNA ikan gurame (Osphronemus goramy Lac.) yang resisten dan sensitif
Lebih terperinciIII. Bahan dan Metode
III. Bahan dan Metode A. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan selama 3 bulan dari bulan Mei-Juli 2011 yang dilakukan di LPPT UGM Yogyakarta. B. Bahan Penelitian Sampel yang digunakan
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan Metode Isolasi C. gloeosporioides dari Buah Avokad
15 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Balai Besar Karantina Pertanian (BBKP) Tanjung Priok Wilayah Kerja Bogor, mulai bulan Oktober 2011 sampai Februari 2012. Bahan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Jenis penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode penelitian deskriptif. 3.2 Objek Penelitian Tujuh puluh tiga kultivar mangga (Mangifera
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. mengekstraksi DNA dari dari beberapa spesimen herbarium Rafflesia arnoldii
21 BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif kuantitatif untuk mengekstraksi DNA dari dari beberapa spesimen herbarium Rafflesia arnoldii R.Br dan Rafflesia
Lebih terperinci4.1. Alat dan Bahan Penelitian a. Alat Penelitian. No. URAIAN ALAT. A. Pengambilan sampel
7 IV. METODE PENELITIAN Ikan Lais diperoleh dari hasil penangkapan ikan oleh nelayan dari sungaisungai di Propinsi Riau yaitu S. Kampar dan S. Indragiri. Identifikasi jenis sampel dilakukan dengan menggunakan
Lebih terperinciLAMPIRAN. Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer
LAMPIRAN Lampiran 1. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer A. LARUTAN STOK CTAB 5 % (100 ml) - Ditimbang NaCl sebanyak 2.0 gram - Ditimbang CTAB sebanyak 5.0 gram. - Dimasukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN CARA KERJA. Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and
23 BAB III BAHAN DAN CARA KERJA A. LOKASI DAN WAKTU PENELITIAN Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and Cancer Biology of the University of Indonesia (IHVCB-UI), Jl. Salemba
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu
BAB III METODOLOGI PENELITIAN Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu pengumpulan sampel berupa akar rambut, ekstraksi mtdna melalui proses lisis akar rambut, amplifikasi
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA. Menurut Alexopoulus dan Mims (1979), klasifikasi jamur C. cassiicola. : Corynespora cassiicola (Berk. & Curt.) Wei.
19 TINJAUAN PUSTAKA Biologi Penyakit Menurut Alexopoulus dan Mims (1979), klasifikasi jamur C. cassiicola adalah sebagai berikut : Divisio Sub Divisio Kelas Ordo Famili Genus Spesies : Eumycophyta : Eumycotina
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini adalah penelitian deskriptif kualitatif untuk mengetahui
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian ini adalah penelitian deskriptif kualitatif untuk mengetahui variasi genetik beberapa varietas mangga berdasarkan RAPD (Random Amplified Polymorphic
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Karakterisasi genetik Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) hasil tangkapan dari Laguna Segara Anakan berdasarkan haplotipe
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN IV (ISOLASI RNA DARI TANAMAN) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI RNA DARI TANAMAN TUJUAN Tujuan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
39 BAB III METODE PENELITIAN A. Desain Penelitian Penelitian yang dilakukan merupakan penelitian deskriptif. Penelitian membuat deskripsi secara sistematis, faktual dan akurat mengenai fakta-fakta dan
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini
BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah D-loop
Lebih terperinciMetodologi Penelitian. Metode, bahan dan alat yang digunakan dalam penelitian ini akan dipaparkan pada bab ini.
Bab III Metodologi Penelitian Metode, bahan dan alat yang digunakan dalam penelitian ini akan dipaparkan pada bab ini. III.1 Rancangan Penelitian Secara garis besar tahapan penelitian dijelaskan pada diagram
Lebih terperinciII. BAHAN DAN METODE. Betina BEST BB NB RB. Nirwana BN NN RN. Red NIFI BR NR RR
II. BAHAN DAN METODE Ikan Uji Ikan uji yang digunakan adalah ikan nila hibrida hasil persilangan resiprok 3 strain BEST, Nirwana dan Red NIFI koleksi Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar Sempur, Bogor.
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi. Tabel 1. Sampel Darah Sapi Perah dan Sapi Pedaging yang Digunakan No. Bangsa Sapi Jenis Kelamin
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. Penelitian ini berlangsung
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode deskriptif (Nazir, 1983). B. Populasi dan Sampel Populasi dalam penelitian ini adalah
Lebih terperinciBAB 4. METODE PENELITIAN
BAB 4. METODE PENELITIAN Penelitian penanda genetik spesifik dilakukan terhadap jenis-jenis ikan endemik sungai paparan banjir Riau yaitu dari Genus Kryptopterus dan Ompok. Penelitian ini bertujuan untuk
Lebih terperinci3 Metodologi Penelitian
3 Metodologi Penelitian 3.1 Alat Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Penelitian Biokimia, Program Studi Kimia, Institut Teknologi Bandung. Peralatan yang digunakan pada penelitian ini diantaranya
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan termasuk penelitian deskriptif. Penelitian deskriptif adalah metode penelitian yang bertujuan membuat gambaran secara sistematis,
Lebih terperinciBAB III METODE A. Jenis Penelitian B. Populasi dan Sampel C. Waktu dan Lokasi Penelitian D. Alat dan Bahan Rizki Indah Permata Sari,2014
34 BAB III METODE A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian murni atau pure research yang dilakukan dengan metode deskriptif, yaitu suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi, gambaran
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Sintesis fragmen gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur
20 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 dilakukan dengan teknik overlapping extension
Lebih terperinciIII. MATERI DAN METODE. Fakultas Pertanian dan Peternakan Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim
III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini akan dilaksanakan di Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Fakultas Pertanian dan Peternakan Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim Riau Pekanbaru
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA Pyricularia grisea Saccardo
TINJAUAN PUSTAKA Pyricularia grisea Saccardo Pada tahun 1637 Soong Yin-Shin di Cina dalam bukunya Utilization of Natural Resources telah melaporkan adanya penyakit padi yang dikenal sebagai rice fever.
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan IPB dan Laboratorium Terpadu,
Lebih terperinciPembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri. Isolasi DNA kromosom bakteri. Kloning DNA
LAMPIRAN 15 15 Lampiran 1 Tahapan penelitian Pembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri Isolasi DNA kromosom bakteri Pemotongan DNA dengan enzim restriksi Kloning DNA Isolasi DNA plasmid hasil
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
14 HASIL DAN PEMBAHASAN Gejala Penyakit oleh B. theobromae Penyakit yang disebabkan oleh B. theobromae pada lima tanaman inang menunjukkan gejala yang beragam dan bagian yang terinfeksi berbeda-beda (Gambar
Lebih terperinciFAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
Halaman : 1 dari 5 ISOLASI TOTAL DNA HEWAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan hewan, dapat dari insang, otot, darah atau jaringan
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Analisis Polymerase Chain Reaction (PCR) serta analisis penciri Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) dilaksanakan di Laboratorium
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. menggunakan 2 sampel yaitu kultivar pisang Mas Kirana dan pisang Agung
BAB III METODE PENELITIAN 3.1Rancangan Penelitian Penelitian ini merupakan jenis penelitian deskriptif kualitatif dengan menggunakan 2 sampel yaitu kultivar pisang Mas Kirana dan pisang Agung Semeru sebagai
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Januari 2012 sampai bulan Juli 2012, yang bertempat di Laboratorium Genetika dan Biologi Molekuler Jurusan Biologi
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling
16 BAB III METODOLOGI PENELITIAN Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling sel folikel akar rambut. Sampel kemudian dilisis, diamplifikasi dan disekuensing dengan metode dideoksi
Lebih terperinciMETODOLOGI PENELITIAN. Tempat dan Waktu Penelitian. Bahan dan Alat Penelitian
14 METODOLOGI PENELITIAN Tempat dan Waktu Penelitian Tempat penelitian dilakukan di Laboratorium Unit Pelayanan Mikrobiologi Terpadu, Bagian Mikrobiologi Kesehatan, Departemen Ilmu Penyakit Hewan dan Kesehatan
Lebih terperinci4. HASIL DAN PEMBAHASAN
29 4. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Karakteristik isolat bakteri dari ikan tuna dan cakalang 4.1.1 Morfologi isolat bakteri Secara alamiah, mikroba terdapat dalam bentuk campuran dari berbagai jenis. Untuk
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian yang dilakukan termasuk ke dalam penelitian dasar dimana adanya
BAB III METODOLOGI PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian yang dilakukan termasuk ke dalam penelitian dasar dimana adanya keingintahuan peneliti terhadap hasil suatu aktivitas. Metode penelitian ini
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Amplifikasi Gen Mx Amplifikasi gen Mx telah berhasil dilakukan. Hasil amplifikasi gen Mx divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita yang
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
25 BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian telah berlangsung sejak bulan Januari 2012 - Juli 2012 di Laboratorium Mikrobiologi, Lab. Optik, Lab. Genetika dan Lab. Biologi Molekuler Jurusan
Lebih terperinciBAB 3 METODOLOGI PENELITIAN
20 BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN 3.1. Desain Penelitian Penelitian ini bersifat deskriptif cross sectional molekuler. Data yang diperoleh berasal dari pemeriksaan langsung yang dilakukan peneliti sebanyak
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Metode penelitian yang digunakan pada penelitian ini adalah deskriptif. Penelitian deskriptif bertujuan untuk membuat deskripsi, gambaran, atau lukisan secara
Lebih terperinciMETODE PENELITIAN. Tabel 1 Sampel yang digunakan dalam penelitian
12 METODE PEELITIA Waktu dan Tempat Penelitian dilaksanakan pada bulan Mei sampai dengan April 2010, bertempat di Bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN 1. Kondisi Umum Tanaman Phalaenopsis pada setiap botol tidak digunakan seluruhnya, hanya 3-7 tanaman (disesuaikan dengan keadaan tanaman). Hal ini disebabkan oleh pertumbuhan tanaman
Lebih terperinciLAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM)
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI DNA GENOM TUJUAN 16s rrna. Praktikum
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode
29 BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode penelitian deskriptif. B. Lokasi Penelitian Penelitian ini dilakukan di Laboratorium
Lebih terperinciBAB V KESIMPULAN DAN SARAN. Berdasarkan hasil penelitian yang telah dilakukan dari empat primer yang
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN A. KESIMPULAN Berdasarkan hasil penelitian yang telah dilakukan dari empat primer yang digunakan hanya primer GE 1.10 dengan suhu annealing sebesar 49,5 o C yang dapat dianalisis
Lebih terperinciBAB XII. REAKSI POLIMERISASI BERANTAI
BAB XII. REAKSI POLIMERISASI BERANTAI Di dalam Bab XII ini akan dibahas pengertian dan kegunaan teknik Reaksi Polimerisasi Berantai atau Polymerase Chain Reaction (PCR) serta komponen-komponen dan tahapan
Lebih terperinci3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat
3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian dilakukan selama bulan Januari hingga April 2010 bertempat di Laboratorium Karakteristik Bahan Baku, Departemen Teknologi Hasil Perairan, Fakultas Perikanan
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penyediaan Isolat dan Karakterisasi Bakteri Xanthomonas campestris
12 BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian dilaksanakan mulai Nopember 2011 sampai dengan Maret 2012 di Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan dan Laboratorium Fisiologi dan Toksikologi Serangga Departemen
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA
6 konsentrasinya. Untuk isolasi kulit buah kakao (outer pod wall dan inner pod wall) metode sama seperti isolasi RNA dari biji kakao. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA Larutan RNA hasil
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA Botani dan Morfologi Cabai
3 TINJAUAN PUSTAKA Botani dan Morfologi Cabai Cabai (Capsicum annuum L.) termasuk dalam genus Capsicum yang spesiesnya telah dibudidayakan, keempat spesies lainnya yaitu Capsicum baccatum, Capsicum pubescens,
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan adalah penelitian deskriptif. Penelitian deskriptif adalah penelitian yang mendeskripsikan suatu gambaran yang sistematis dengan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian yang dilakukan termasuk dalam penelitian dasar yang. dilakukan dengan metode deskriptif (Nazir, 1998).
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan termasuk dalam penelitian dasar yang dilakukan dengan metode deskriptif (Nazir, 1998). B. Populasi dan Sampel 1. Populasi yang
Lebih terperinci1 0,53 0,59 2 0,3 0,2 3 0,02 0,02 4 0,04 0,04 5 0,3 0,3 Ilustrasi rangkaian isolasi DNA tersebut dapat dilihat pada Gambar 1 berikut.
PERBANDINGAN BEBERAPA METODE ISOLASI DNA UNTUK PENENTUAN KUALITAS LARUTAN DNA TANAMAN SINGKONG (Manihot esculentum L.) Molekul DNA dalam suatu sel dapat diekstraksi atau diisolasi untuk berbagai macam
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN V (HIBRIDISASI) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 HIBRIDISASI DOT BLOT TUJUAN blot) Praktikum ini
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA MOLEKULAR HIBRIDISASI SOUTHERN KHAIRUL ANAM P /BTK
LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA MOLEKULAR HIBRIDISASI SOUTHERN KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2009 0 HIBRIDISASI SOUTHERN PENDAHULUAN Hibridisasi Southern
Lebih terperinciIII. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk
56 III. METODOLOGI PENELITIAN A. Rancangan Penelitian Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk mengamplifikasi Gen FNBP1L. B. Tempat dan Waktu Penelitian 1. Tempat Penelitian
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Tempat dan Waktu Penelitian
BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Penelitian dilakukan di Laboratorium Kerjasama Bioteknologi Indonesia- Belanda (BIORIN) dan Laboratorium Biologi Molekuler dan Seluler Tanaman (BMST), Pusat
Lebih terperinciTeknik-teknik Dasar Bioteknologi
Teknik-teknik Dasar Bioteknologi Oleh: TIM PENGAMPU Program Studi Agroteknologi Fakultas Pertanian Universitas Jember Tujuan Perkuliahan 1. Mahasiswa mengetahui macam-macam teknik dasar yang digunakan
Lebih terperinciII. BAHAN DAN METODE
II. BAHAN DAN METODE 2.1. Waktu dan Lokasi Penelitian Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Agustus sampai September tahun 2011. Sampel ikan berasal dari 3 lokasi yaitu Jawa (Jawa Barat), Sumatera (Jambi),
Lebih terperinci1. Kualitas DNA total Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Hasil. Tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah dengan
Lampiran 1. Data dan analisis karakterisasi genetik Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Hasil Tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah. 1. Kualitas DNA total Udang Jari (Metapenaeus
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan adalah penelitian dasar dengan metode deskriptif, yaitu metode penelitian yang dibuat deskripsi, gambaran atau lukisan secara
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika dan Molekuler Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian
Lebih terperinci