IDENTIFIKASI BAKTERI ASAL SALURAN PERNAFASAN ATAS

Transkripsi

1 IDENTIFIKASI BAKTERI ASAL SALURAN PERNAFASAN ATAS (Blowhole) LUMBA-LUMBA HIDUNG BOTOL INDO-PASIFIK (Tursiops aduncus) DI KAWASAN KONSERVASI PANTAI CAHAYA KENDAL JAWA TENGAH ELOK PUSPITA RINI B FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2012

2 PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN SUMBER INFORMASI Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi yang berjudul Identifikasi Bakteri Asal Saluran Pernafasan Atas (Blowhole) Lumba-lumba Hidung Botol Indo-Pasifik (Tursiops aduncus) di Kawasan Konservasi Pantai Cahaya Kendal Jawa Tengahadalah karya saya sendiri dengan arahan dari pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apapun pada Perguruan Tinggi manapun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam daftar pustaka di bagian akhir skripsi ini. Bogor, November 2012 Elok Puspita Rini B

3 ABSTRACT ELOK PUSPITA RINI. Identification of Upper Respiratory Tract (Blowhole) Bacteria in Bottlenose Dolphin (Tursiops aduncus). Under supervision of AGUSTIN INDRAWATI and TITIEK SUNARTATIE. Recently years, dolphin conservations more active to do in Indonesia. The population of dolphin has declined because of illegal hunting. The concerned problems of dolphin conservations are health management which related with infectious diseases. The knowledge of microorganisms associated with dolphin is still limited, particularly which is bacteria in upper respiratory tract. The aim of this research was to identify the type of bacteria in upper respiratory tract of indo-pacific bottlenose dolphin (Tursiops aduncus). Swab sampling from the upper respiratory tract (blowhole) of 11 dolphins was cultured in selective media. This research found 15 types of bacteria in the upper respiratory tract such as Actinobacillus sp., Pseudomonas sp., Moraxella sp., Bacillus sp., Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Proteus sp., Citrobacter sp., Salmonella sp., Serratia sp., Klebsiella sp., Pasteurella sp., Edwardsiella tarda, Alcaligenes faecalis, and Yersinia sp. The frequent bacteria that found in dolphin upper respiratory tract are Actinobacillus sp., Pseudomonas sp., Moraxella sp., and Bacillus sp. Some bacterias, such as Pseudomonas sp., Staphylococcus aureus., Staphylococcus epidermidis, Salmonellasp., Klebsiella sp., Proteus sp., Pasteurella sp., and Edwardsiella tarda are potentially patogen for dolphins. Keywords: Bottlenose dolphin Tursiops aduncus, blowhole, upper respiratory tract bacteria.

4 RINGKASAN ELOK PUSPITA RINI. Identifikasi Bakteri Asal Saluran Pernafasan Atas (Blowhole) Lumba-lumba Hidung Botol Indo-Pasifik (Tursiops aduncus) di Kawasan Konservasi Pantai Cahaya Kendal Jawa Tengah. Dibimbing oleh AGUSTIN INDRAWATI dan TITIEK SUNARTATIE. Lumba-lumba hidung botol indo-pasifik (Tursiops aduncus) yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari perairan laut Indonesia yang dipelihara di kawasan konservasi lumba-lumba Pantai Cahaya Kendal Jawa Tengah. Sampel swab blowhole diambil dari 11 ekor lumba-lumba yang dalam keadaan sehat tanpa menunjukkan gejala klinis sakit. Dari seluruh sampel swab blowhole yang diperiksa berhasil diisolasi 67 isolat bakteri. Bakteri yang berhasil diidentifikasi sebanyak 46 isolat dan sisanya sebanyak 21 isolat tidak dapat teridentifikasi. Isolat yang tidak teridentifikasi ini disebabkan oleh beberapa faktor antara lain adanya pertumbuhan bakteri pencemar yang merusak biakan isolat, pertumbuhan cendawan pengganggu, dan keterbatasan media untuk uji lanjutan. Hasil identifikasi 46 isolat tersebut didapatkan 15 jenis bakteri pada saluran pernafasan atas T. aduncus, yang terdiri dari 12 jenis bakteri Gram negatif dan 3 jenis bakteri Gram positif. Bakteri Gram negatif yang berhasil diidentifikasi yaitu, Actinobacillus sp., Pseudomonas sp., Moraxella sp., Citrobacter sp., Salmonella sp., Serratia sp., Klebsiella sp., Proteus sp, Pasteurella sp., Edwardsiella tarda, Alcaligenes faecalis, dan Yersinia sp. Bakteri Gram positif yang berhasil diidentifikasi yaitu, Bacillus sp., Staphylococcus aureus, dan Staphylococcus epidermidis. Bakteri yang paling banyak ditemukan pada penelitian ini adalah Actinobacillus sp. Jenis bakteri seperti Actinobacillus sp., Pseudomonas sp., Moraxella sp., Staphylococcus sp., Proteus sp., Citrobacter sp., Salmonella sp., Serratia sp., Klebsiella sp., Pasteurella sp., dan Edwardsiella sp. merupakan jenis-jenis bakteri yang dapat ditemukan di kulit, sistem respirasi, sistem digesti, sistem urogenital, dan sistem retikuloendotelial mamalia laut (Higgins 2000) termasuk lumbalumba. Morris et al. (2011) juga melaporkan bahwa jenis Bacillus sp. merupakan jenis bakteri yang umum ditemukan pada blowhole dan lambung lumba-lumba hidung botol atlantis (T. truncatus) di perairan laut tenggara Amerika Serikat. Kelompok Enterobacteriaceae merupakan bakteri Gram negatif yang sering ditemukan pada berbagai jaringan tubuh Pinnipidae, yaitu mencapai 75% dari total bakteri Gram negatif yang ditemukan (Thornton 1995). Keberadaan Enterobacteriaceae pada Pinnipidae ini juga mungkin ditemukan pada mamalia laut seperti lumba-lumba. Berdasarkan penelitian yang dilakukan oleh Dunn et al. (2001) dan Foster et al. (1999) keberadaan bakteri-bakteri patogen seperti Pseudomonas sp., Staphylococcus sp., dan Salmonella sp. pada saluran pernafasan lumba-lumba berpotensi untuk terjadinya pneumonia. Streitfeld et al. (1976) juga

5 menyebutkan bahwa S. aureus merupakan mikroflora normal di dalam tubuh T. truncatus yang hidup liar. Dalam penelitian ini kondisi lumba-lumba yang digunakan untuk sampel swab blowhole dalam kondisi sehat, walaupun dari hasil identifikasi swab blowhole tersebut ditemukan 15 jenis bakteri yang beberapa diantaranya kemungkinan bersifat patogen. Hasil identifikasi yang dilakukan dalam penelitian ini menunjukkan bahwa bakteri-bakteri yang berhasil diidentifikasi merupakan bakteri-bakteri yang umum ditemukan di dalam saluran pernafasan lumba-lumba, termasuk jenis T.aduncus di Indonesia. Keberadaan bakteri-bakteri patogen di dalam saluran pernafasan lumba-lumba yang berpotensi menyebabkan pneumonia perlu menjadi perhatian khusus dalam upaya pencegahan dan penanganan penyakit. Upaya ini bertujuan untuk mendukung kesuksesan usaha konservasi T. aduncus di Indonesia. Kata kunci: Lumba-lumba hidung botol indo-pasifik, Tursiops aduncus, blowhole.

6 Hak Cipta milik IPB, tahun 2012 Hak Cipta dilindungi Undang-Undang Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan karya untuk kepentingan pendidikan, penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan yang wajar IPB. Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB.

7 IDENTIFIKASI BAKTERI ASAL SALURAN PERNAFASAN ATAS (Blowhole) LUMBA-LUMBA HIDUNG BOTOL INDO-PASIFIK (Tursiops aduncus) DI KAWASAN KONSERVASI PANTAI CAHAYA KENDAL JAWA TENGAH ELOK PUSPITA RINI B Skripsi Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Kedokteran Hewan pada Fakultas Kedokteran Hewan Institut Pertanian Bogor FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2012

8 Judul Skripsi : Identifikasi Bakteri Asal Saluran Pernafasan Atas (Blowhole) Lumba-lumba Hidung Botol Indo-Pasifik (Tursiops aduncus) di Kawasan Konservasi Pantai Cahaya Kendal Jawa Tengah Nama Mahasiswa : Elok Puspita Rini NIM : B Program Studi : Kedokteran Hewan Fakultas Kedokteran Hewan Institut Pertanian Bogor Menyetujui, Pembimbing 1 Pembimbing 2 Dr. drh. Agustin Indrawati, M. Biomed drh. Titiek Sunartatie, MS Mengetahui, Wakil Dekan FKH IPB drh. Agus Setiyono, MS, Ph.D, APVet Tanggal Lulus:

9 PRAKATA Puji dan syukur penulis panjatkan ke hadirat Allah SWT yang telah melimpahkan rahmat dan hidayahnya, sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi yang berjudul Identifikasi Bakteri Asal Saluran Pernafasan Atas (Blowhole) Lumba-lumba Hidung Botol Indo-Pasifik (Tursiops aduncus) di Kawasan Konservasi Pantai Cahaya Kendal Jawa Tengah. Skripsi ini merupakan salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Kedokteran Hewan. Proses penyusunan skripsi ini tidak terlepas dari dukungan dan bantuan berbagai pihak. Oleh karena itu, dengan penuh rasa hormat dan ketulusan hati, penulis mengucapkan terima kasih kepada: 1. Papa, mama, dan adik tersayang (Fifi dan Ridwan) serta keluarga atas kasih sayang, doa, semangat, motivasi, dan nasihat yang membangun penulis. 2. Dr. drh. Agustin Indrawati, M.Biomed dan drh. Titiek Sunartatie, MS selaku dosen pembimbing skripsi yang telah banyak memberikan bimbingan, kritik, saran, motivasi, waktu, dan pemikiran selama proses penelitian dan penyusunan skripsi ini. 3. PT. Wersut Seguni Indonesia (WSI) Pantai Cahaya Kendal Jawa Tengah atas kesediaan dan izin untuk melakukan penelitian. 4. Dr. drh Setyo Widodo selaku dosen pembimbing akademik atas bimbingan dan motivasi selama di FKH IPB. 5. Andika Pandu Wibisono atas kasih sayang, perhatian, masukan, doa, dan semangat kepada penulis. 6. Tim lumba-lumba (Marlina dan Hana) atas kerjasama, semangat, motivasi, dan kebersamaan selama penelitian. 7. Sahabat dan saudara Bateng 23 (Teh Ayu, Teh Laras, Ambar, Anita, Lusi, Winda, Duti, Anggun, dan Nindi) atas semangat dan keceriaan. 8. Rahmah, Desray, Babang, dan Arca atas bantuan selama penelitian. 9. drh. Usamah Afiff, M.Sc., dosen laboratorium bakteriologi atas ilmu dan bimbingannya serta Pak Ismet dan Mbak Selyn laboran dan teknisi bakteriologi atas bantuan selama penelitian. 10. Seluruh dosen Fakultas Kedokteran Hewan IPB yang telah membukakan gerbang pengetahuan bagi penulis. 11. Teman-teman Avenzoar FKH 45, HIMPRO HKSA, IMAKAHI Cabang FKH IPB, Civitas Akademika FKH IPB atas kebersamaan dan suasana kekeluargaan yang telah kita lalui selama masa pendidikan di IPB. Penulis menyadari penyusunan skripsi ini masih banyak kekurangan di dalamnya. Terima kasih untuk kritik dan saran yang bersifat membangun untuk menyempurnakan skripsi ini. Semoga skripsi ini dapat bermanfaat. Bogor, November 2012 Elok Puspita Rini

10 RIWAYAT HIDUP Penulis dilahirkan pada tanggal 1 Agustus 1989 di Magetan, Jawa Timur. Penulis adalah anak pertama dari tiga bersaudara dari pasangan Sutoyo Supardi dan Sumarsih. Penulis menyelesaikan pendidikan dasar di SDN 02 Klegen Madiun pada tahun 2002, kemudian melanjutkan pendidikan menengah pertama di SMPN 01 Madiun. Pada tahun 2008, penulis menyelesaikan pendidikan menengah atas di SMAN 01 Madiun. Pada tahun yang sama penulis berhasil lolos Seleksi Nasional Masuk Perguruan Tinggi Negeri (SNMPTN) dan diterima sebagai mahasiswi Fakultas Kedokteran Hewan Institut Pertanian Bogor. Selama masa perkuliahan di IPB penulis pernah menjadi reporter buletin Vetzone BEM FKH Kabinet Katalis, divisi keuangan IMAKAHI ( ), Sekretaris II Himpro HKSA ( ), Sekretaris umum Himpro HKSA ( ), dan BPH Himpro HKSA ( ). Penulis juga aktif dalam berbagai kepanitiaan, seperti Pelatihan Manajemen Satwa Akuatik (PMSA), Pet Care Day (PCD), dan Seminar Nasional IMAKAHI. Pada tahun 2011, penulis melakukan Pengabdian Masyarakat (Pengmas) di Klaten Jawa Tengah. Pada tahun 2012 makalah ilmiah penulis berhasil lolos seleksi dalam Karya Ilmiah Veteriner Nasional (KIVNAS) yang ke-12 di Yogyakarta.

11 DAFTAR ISI Halaman DAFTAR ISI... xi DAFTAR TABEL... xiii DAFTAR GAMBAR... xiv DAFTAR LAMPIRAN... xv BAB I PENDAHULUAN... 1 I.1 Latar Belakang... 1 I.2 Tujuan Penelitian... 3 I.3 Manfaat Penelitian... 3 BAB II TINJAUAN PUSTAKA... 4 II.1 Lumba-lumba Hidung Botol Indo-Pasifik (Tursiops aduncus)... 4 II.2 Bakteri... 7 II.3 Bakteri pada Tursiops aduncus... 9 II.3.1 Aeromonas hydrophila II.3.2 Vibrio alginolyticus II.3.3 Mycobacterium spp II.3.4 Nocardia II.3.5 Staphylococcus aureus BAB III BAHAN DAN METODE III.1 Waktu dan Tempat Penelitian III.2 Materi Penelitian III.3 Metode Penelitian III.3.1 Pengambilan Sampel III.3.2 Isolasi Bakteri III.3.3 Pemurnian Bakteri dan Pewarnaan Gram III.3.4 Identifikasi Bakteri Gram Negatif III.3.5 Identifikasi Bakteri Gram Positif BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN IV.1 Hasil IV.2 Pembahasan Actinobacillus sp Pseudomonas sp Moraxella sp Bacillus sp Staphylococcus sp Citrobacter sp Salmonella sp Serratia sp Klebsiella sp Proteus sp

12 Pasteurella sp Edwardsiella tarda Alcaligenes faecalis Yersinia sp BAB V SIMPULAN DAN SARAN V.1 Simpulan V.2 Saran DAFTAR PUSTAKA LAMPIRAN... 58

13 DAFTAR TABEL Halaman 1 Bakteri pada sistem pernafasan lumba-lumba hidung botol Karakteristik biokimiawi A. hydrophila Karakteristik biokimiawi V. alginolyticus Kelompok Mycobacterium spp. patogen pada hewan Karakteristik biokimiawi Mycobacterium spp Karakteristik biokimiawi Nocardia spp Karakteristik biokimiawi S. aureus Hasil identifikasi bakteri pada saluran pernafasan atas T. aduncus Persentase bakteri pada saluran pernafasan atas T. aduncus... 27

14 DAFTAR GAMBAR Halaman 1 Distribusi T. aduncus Gambar morfologi T. aduncus Perbandingan kapasitas maksimum paru-paru dan jumlah total udara yang dapat dihirup oleh kuda, manusia, singa laut, berang-berang laut, lumba-lumba pantai (pelabuhan), lumba-lumba hidung botol indo-pasifik (T. aduncus), paus hidung botol, dan paus sirip Koloni A. hydrophila pada media agar darah Koloni A. hydrophila pada media MacConkey agar Hemolisis pada agar darah oleh S. aureus Diagram alir identifikasi bakteri Gram negatif Diagram alir identifikasi bakteri Gram positif Diagram alir identifikasi bakteri famili Micrococcaceae Morfologi Actinobacillus sp. dengan pewarnaan Gram, perbesaran objektif 100X Morfologi Pseudomonas sp. dengan pewarnaan Gram, perbesaran objektif 100X Morfologi Moraxella sp. dengan pewarnaan Gram, perbesaran objektif 100X Morfologi Bacillus sp. dengan pewarnaan Gram, perbesaran objektif 100X Morfologi S. aureus dengan pewarnaan Gram, perbesaran objektif 100X Morfologi S. epidermidis dengan pewarnaan Gram, perbesaran objektif 100X Morfologi Citrobacter sp. dengan pewarnaan Gram, perbesaran objektif 100X Morfologi Salmonella sp. dengan pewarnaan Gram, perbesaran objektif 100X Morfologi Serratia sp. dengan pewarnaan Gram, perbesaran objektif 100X Morfologi Klebsiella sp. dengan pewarnaan Gram, perbesaran objektif 100X Morfologi Proteus sp. dengan pewarnaan Gram, perbesaran objektif 100X Morfologi Pasteurella sp. dengan pewarnaan Gram, perbesaran objektif 100X Morfologi Edwardsiella tarda dengan pewarnaan Gram, perbesaran objektif 100X Morfologi Alcaligenes faecalis dengan pewarnaan Gram, perbesaran objektif 100X Morfologi Yersinia sp. dengan pewarnaan Gram, perbesaran objektif 100X... 52

15 DAFTAR LAMPIRAN Halaman 1 Morfologi Koloni Bakteri pada Media Blood Agar (BA) dan MacConkey Agar (MCA) Hasil Identifikasi Bakteri Saluran Pernafasan Atas Lumba-lumba Hidung Botol Indo-Pasifik (Tursiops aduncus)... 62

16 BAB I PENDAHULUAN I.1. Latar Belakang Perairan laut di Indonesia terkenal dengan keindahan laut dan potensi kekayaan sumber hayati yang beraneka ragam. Salah satu sumber hayati yang melimpah tersebut adalah banyaknya berbagai jenis ikan dan beberapa jenis mamalia laut. Mamalia laut merupakan salah satu anggota kelas mamalia yang telah beradaptasi untuk hidup di dalam air. Mamalia laut terdiri dari ordo Cetacea (paus, lumba-lumba besar, Porpoise atau lumba-lumba kecil), subordo Pinnipedia (anjing laut, singa laut, dan beruang laut) dan ordo Sirenia (dugong (duyung) dan Manatees). Semua anggota mamalia laut tersebut termasuk ke dalam satwa langka yang dilindungi di seluruh dunia. Lumba-lumba tergolong mamalia laut yang cerdas, memiliki empati, dan rasa sosial yang tinggi terhadap kelompoknya maupun pada manusia. Terdapat lebih dari 40 jenis lumba-lumba di dunia yang terbagi dalam 17 genus. Contoh lumba-lumba dari beberapa genus, diantaranya lumba-lumba moncong panjang dan moncong pendek dari genus Delphinus. Genus Tursiops terdiri dari lumbalumba hidung botol atlantis dan indo-pasifik. Northern dan southern rightwhale dolphin dari genus Lissodelphis. Genus Stenella terdiri dari atlantic spotted dolphin, clymene dolphin, spinner dolphin, pantropical spotted dolphin, dan lumba-lumba belang. Pesut dari genus Oracella dan lain sebagainya. Lumbalumba hidung botol indo-pasifik (Tursiops aduncus) merupakan salah satu jenis mamalia laut yang dapat ditemukan di perairan laut Indonesia. Lumba-lumba ini sering digunakan dalam pentas satwa dan sering muncul dalam tayangan televisi maupun iklan-iklan (Priyono 2008). Seiring dengan kemajuan teknologi dan ilmu pengetahuan, sonar yang dihasilkan oleh lumba-lumba juga dapat dimanfaatkan sebagai terapi alternatif penderita autis. Sesuai dengan Undang-Undang No. 5 Tahun 1990 tentang Konservasi Sumberdaya Alam dan Ekosistem, serta Peraturan Pemerintah No. 7 Tahun 1999 tentang Pengawetan Jenis Tumbuhan dan Satwa Liar, T. aduncus merupakan salah satu fauna yang perlu dilindungi keberadaannya. Berdasarkan konvensi

17 2 internasional yang mengatur perdagangan tumbuhan dan satwa liar, Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora (CITES), T. aduncus dikategorikan ke dalam Appendix II yaitu daftar nama spesies yang tidak terancam kepunahan. Status T. aduncus ini mungkin saja berubah menjadi terancam punah apabila perdagangan terus berlanjut tanpa adanya pengaturan. Persatuan organisasi konservasi dunia atau International Union for Conservation of Nature (IUCN) menyatakan bahwa status populasi lumba-lumba di Indonesia adalah dalam keadaan terancam (threatened) yang dikategorikan dalam red list. Beberapa tahun belakangan ini perhatian dunia tertuju pada penyebaran dan kelestarian Cetacea. Hal ini dikarenakan populasi Cetacea yang sudah semakin menurun akibat adanya penangkapan ilegal dan kerusakan lingkungan. Salah satu kelompok Cetacea yang mengalami penurunan jumlah populasi di Indonesia adalah T. aduncus. Penurunan jumlah populasi T. aduncus disebabkan oleh beberapa hal di antaranya kerusakan lingkungan, lalu lintas perairan, dan penangkapan tidak sengaja oleh jaring nelayan. Berkaitan dengan semakin bertambahnya jumlah penduduk dan potensi Indonesia sebagai negara kepulauan serta status populasi T. aduncus di Indonesia yang terancam punah menurut IUCN, maka diperlukan pengelolaan dan upaya konservasi terhadap T. aduncus sehingga populasi lumba-lumba tersebut dapat tetap terjaga. Salah satu informasi yang diperlukan agar upaya konservasi terhadap T. aduncus berhasil antara lain mengenai manajemen kesehatan satwa yang berkaitan dengan penyakit dan agen-agen penyebabnya. Penelitian tentang keberadaan bakteri, virus, protozoa, atau cendawan sebagai mikroflora normal maupun mikroorganisme patogen pada T. aduncus belum banyak dilakukan di Indonesia. Hal ini dibuktikan dengan masih sedikitnya informasi yang berhubungan dengan masalah penyakit yang disebabkan oleh agen-agen infeksius pada T. aduncus. Identifikasi bakteri di saluran pernafasan T. aduncus merupakan salah satu usaha untuk membantu melakukan pencegahan dan pengobatan penyakit yang lebih efektif pada T. aduncus, khususnya untuk lumba-lumba di kawasan konservasi. Oleh karena itu diperlukan penelitian terkait hal tersebut untuk mendukung keberhasilan upaya konservasi T. aduncus di Indonesia.

18 3 I.2. Tujuan Penelitian Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis-jenis bakteri yang terdapat pada saluran pernapasan atas (blowhole) T. aduncus, sehingga dapat diketahui jenis-jenis bakteri yang berpotensi sebagai patogen pada T. aduncus. I.3. Manfaat Penelitian Memberikan informasi tentang jenis-jenis bakteri yang terdapat pada saluran pernafasan atas (blowhole) T. aduncus, baik berupa flora normal ataupun bakteri patogen, sehingga mampu mendukung pelaksanaan upaya konservasi lumba-lumba di Indonesia dan di kawasan konservasi lumba-lumba Pantai Cahaya Kendal Jawa Tengah khususnya.

19 BAB II TINJAUAN PUSTAKA II.1 Lumba-lumba Hidung Botol Indo-Pasifik (Tursiops aduncus) Lumba-lumba hidung botol indo-pasifik (T. aduncus) pada awalnya dikenal dengan nama Delphinus aduncus. Kata Tursiops diambil dari gabungan bahasa Yunani tursio yang artinya lumba-lumba dan ops yang berarti rupa atau berbentuk, sedangkan aduncus berasal dari bahasa latin yang berarti bengkok (rahang bawah sedikit membengkok ke belakang) (Perrin et al. 2001). Lumba-lumba hidung botol indo-pasifik dapat diklasifikasikan ke dalam: Kingdom : Animalia Filum : Chordata Kelas : Mamalia Ordo : Cetacea Famili : Delphinidae Genus : Tursiops Spesies : Tursiops aduncus Status taksonomi atau klasifikasi dari T. aduncus masih diragukan sampai sekitar tahun Wang et al. (2000) membuktikan bahwa terdapat perbedaan morfologi dari lumba-lumba hidung botol genus Tursiops, yaitu antara lumbalumba hidung botol indo-pasifik (T. aduncus) dengan lumba-lumba hidung botol atlantis (T. truncatus) yang merupakan kerabat dekatnya. Berdasarkan studi yang dilakukan Wang et al. (2000) tersebut dapat diketahui bahwa T. aduncus cenderung memiliki ukuran tubuh yang lebih kecil dibandingkan T. truncatus, yaitu dengan panjang tubuh lebih kurang 2,5-2,7 m dan bobot badan 200 kg, namun secara lebih detail T. aduncus memiliki moncong yang lebih panjang dan totol atau bercak hitam pada bagian ventral tubuhnya. Salah satu faktor yang menyebabkan keraguan status taksonomi dari Tursiops adalah distribusi dari populasinya yang luas dan adaptasi lokal populasi dengan lingkungan perairan yang berbeda (Gambar 1) (Perrin et al. 2001).

20 5 Hipotesis distribusi Distribusi spesies yang telah beradaptasi Distribusi yang tercatat? Distribusi yang belum pasti Gambar 1 Distribusi T. aduncus(perrin et al. 2001). Badan T. aduncus berbentuk streamline karena terdapat lapisan lemak atau blubber yang berfungsi untuk memperhalus bentuk badannya. Kulit yang halus juga memberikan kontribusi yang besar pada T. aduncus untuk membantu mengurangi hambatan saat berenang. T. aduncus tidak memiliki leher, sehingga kepalanya menyatu sempurna dengan badan. Begitu halnya dengan telinga bagian luar, T. aduncus hanya memiliki lubang kecil di sisi lateral kepalanya yang dilapisi lilin. Bagian mata tampak lebih menonjol ke arah lateral saat dilihat dari atas. Secara umum T. aduncus memiliki proporsi sirip dorsal (dorsal fin) dan sirip ventral (flipper) yang lebih besar dibandingkan T. truncatus bila dilihat dari ukuran tubuhnya yang lebih kecil (Perrin et al. 2001). Bentuk sirip ventral (flipper) yang kaku disebabkan karena adanya kerangka kaki depan dan jari-jari seperti pada mamalia lain, namun kerangka ini hanya dapat digerakkan pada bagian bahu saja, sehingga tidak dapat digerakkan sebebas kaki depan mamalia. Sirip ekor T. aduncus mengarah horizontal tidak seperti sirip ekor ikan hiu dan ikan lainnya yang mengarah vertikal, sehingga bentuk sirip ekor dapat dipakai T. aduncus sebagai kekuatan untuk berenang dan dibantu dengan otot-otot badan yang kuat. Organ reproduksi primer dan sekunder T. aduncus berada dalam suatu

21 6 kantong yang disembunyikan di dalam tubuhnya. Gambaran morfologi T. aduncus ditunjukkan pada Gambar 2. ANS anus; AOR aorta; BLD vesica urinaria; BLO blowhole; DIA diafragma; EYE mata; HAR, jantung; KID ginjal; LIV hati; LUN paru-paru; MEL melon (otak); REC rektum; SPL limpa; STM lambung depan; TRA trakea; TRS septum transversal; TYR tyroid Gambar 2 Gambar morfologi T. aduncus(rommel& Reynolds2000). Ordo Cetacea adalah jenis mamalia laut yang paling sempurna beradaptasi di lingkungan laut di antara jenis mamalia laut lainnya. Hal ini dapat terlihat pada letak lubang pernafasan atau biasa disebut blowhole yang terletak di atas kepala. Kelompok mamalia laut lain selain Cetacea memiliki lubang pernafasan di antara mata dan mulut. Letak blowhole yang di atas kepala ini memungkinkan T. aduncus untuk mengambil udara di permukaan air dengan hanya memunculkan sebagian bagian dorsal tubuhnya tanpa harus berhenti berenang. Penggunaan oksigen dalam paru-paru T. aduncus lebih efisien dibandingkan mamalia darat (Gambar 3). Pada saat bernafas, satu kali ekspirasi T. aduncus mampu mengeluarkan lebih dari 90% udara di dalam paru-paru selama kurang dari satu detik. Hal ini dapat terjadi karena jumlah kapiler paru-paru T. aduncus mampu menyerap 50% oksigen dalam satu kali siklus nafas dibandingkan mamalia darat yang hanya mampu menyerap oksigen 20% (Butler & Jones 1997). Besarnya kapasitas paru-paru ini memungkinkan T. aduncus untuk menyerap banyak oksigen di udara. Hal ini dapat juga meningkatkan resiko masuknya agen infeksius seperti bakteri, virus, dan cendawan melalui lubang pernafasan atau blowhole ke dalam saluran pernafasan T. aduncus.

22 7 Gambar 3 Perbandingan kapasitas maksimum paru-paru dan jumlah total udara yang dapat dihirup oleh kuda, manusia, singa laut, berang-berang laut, lumba-lumba pantai (dermaga), lumba-lumba hidung botol indopasifik (T. aduncus), paus hidung botol, dan paus sirip (Slijper 1976). II.2 Bakteri Kapasitas maksimum paru-paru per 100 kg BB Jumlah udara yang dihirup dalam satu kali nafas sempurna per 100 kg BB Bakteri adalah sel prokariot yang tidak memiliki membran inti, bersifat uniseluler, dan memiliki organel sel yang sederhana. Reproduksi bakteri dilakukan secara aseksual melalui pembelahan biner sederhana. Sel-sel bakteri memiliki bentuk dasar yang khas, seperti batang, bulat, dan spiral serta bentuk modifikasi lain dari bentuk-bentuk dasar tersebut. Bakteri dapat dijumpai di manapun dan di berbagai lingkungan hidup. Bakteri ada di dalam tanah, di lingkungan akuatik baik di aliran air sungai ataupun perairan laut serta di atmosfer. Keadaan lingkungan tempat hidup bakteri menentukan ciri-ciri dari suatu populasi bakteri (Pelczar & Chan 1986). Bakteri memiliki bentuk dan ukuran sel yang beragam, yaitu sekitar 0,5-1,0 µm dan panjang 1,5-2,5 µm. Sel-sel bakteri dapat berbentuk seperti elips,

23 8 bola, batang (silindris) atau spiral (heliks). Masing-masing ciri ini penting dalam mencirikan morfologi suatu spesies (Pelczar & Chan 1986). Sel bakteri yang berbentuk bulat seperti bola atau elips dinamakan kokus. Ada beberapa susunan atau penataan bakteri bentuk kokus yang khas bergantung pada spesiesnya, misalnya penataan bergerombol seperti buah anggur pada genus Staphylococcus, penataan berantai pada genus Streptococcus, dan penataan seperti bentuk kubus atau disebut sarkina pada genus Sarcina (Pelczar & Chan 1986). Sel bakteri berbentuk silindris atau seperti batang dinamakan basil. Ada banyak perbedaan dalam ukuran panjang dan lebar di antara berbagai jenis bakteri bentuk basil. Ujung beberapa bakteri basil tampak seperti persegi, bundar, meruncing atau lancip seperti ujung cerutu. Kadang bakteri basil saling melekat antara ujung yang satu dengan yang lainnya, sehingga membentuk pola seperti rantai atau disebut streptobasil (Pelczar & Chan 1986). Bakteri berbentuk spiral atau spirulum banyak ditemukan sebagai individu-individu sel yang tidak saling melekat atau soliter seperti pada genus spirocheta ataupun melengkung seperti membentuk koma pada genus Vibrio (Pelczar & Chan 1986). Bakteri memiliki susunan sel yang sederhana dibandingkan dengan cendawan dan protozoa. Bakteri memiliki lapisan pelindung luar yang disebut dinding sel. Dinding sel ini bersifat kaku karena mengandung peptidoglikan sehingga mampu memberikan bentuk pada sel bakteri. Pada beberapa bakteri yang bersifat motil di bagian luar dinding sel dapat ditemukan flagel dan fimbriae. Flagel adalah filamen tipis seperti rambut yang berfungsi sebagai alat gerak bakteri. Fimbriae adalah filamen kecil, pendek, dan jumlahnya lebih banyak dibandingkan flagel yang berfungsi sebagai alat pelekatan ke sel inang (Pelczar & Chan 1986). Pada bagian dalam dinding sel terdapat membran semipermeabel yang disebut sebagai membran sitoplasma dan mesosom. Mesosom adalah membran sitoplasma yang mengalami invaginasi atau melipat ke arah dalam. Secara umum organel-organel sel yang terdapat di dalam sitoplasma sel bakteri sangat sederhana. Organel-organel sel yang terdapat dalam sel bakteri yaitu bahan inti dan ribosom. Berbeda dengan kelompok sel eukariot, bahan inti dari bakteri tidak

24 9 dilapisi dengan membran inti, sehingga bahan inti atau DNA sel bakteri berada di dekat pusat sel dan terikat pada sistem mesosom. Beberapa jenis bakteri tertentu mampu menghasilkan spora baik eksospora maupun endospora. Spora ini berfungsi sebagai alat reproduksi vegetatif pada kondisi lingkungan tempat hidup yang buruk (Pelczar & Chan 1986). II.3 Bakteri pada Tursiops aduncus Mikroorganisme seperti bakteri, cendawan, protozoa ataupun virus banyak ditemukan di lingkungan hidup baik di dalam tanah, lingkungan akuatik aliran sungai ataupun perairan laut dan di atmosfer atau udara. Mikroorganisme ini juga dapat ditemukan di dalam tubuh hewan ataupun manusia baik berupa flora normal ataupun bersifat patogen. Sebagian besar agen infeksius ini dapat beresiko menyebabkan penyakit baik bersifat lokal ataupun sistemik saat sistem pertahanan tubuh inangnya menurun (Tellez et al, 2010). Beberapa jenis bakteri dan cendawan mungkin saat ini sudah menjadi flora normal pada beberapa mamalia laut termasuk T. aduncus. Keterbatasan data rekam medik tentang penyakit, manifestasi klinis, dan lesio secara makroskopis dan mikroskopis dari agen infeksius pada T. aduncus menyulitkan untuk melakukan identifikasi penyakit yang muncul. Tahapan awal yang dilakukan untuk menginvestigasi kejadian penyakit adalah mengidentifikasi jenis agen-agen infeksius yang menginfeksi. Infeksi dari agen-agen tersebut menyebar secara luas mulai dari jaringan integumen (kulit), sistem pernafasan, pencernaan, urogenital, dan retikuloendotelial (Higgins 2000). Berikut disajikan data bakteri yang berhasil diidentifikasi dari sistem pernafasan lumba-lumba hidung botol pada Tabel 1. Tabel 1 Bakteri pada sistem pernafasan lumba-lumba hidung botol Nama Bakteri Aeromonas hydrophila Vibrio alginolyticus Mycobacterium spp. Nocardia asteroides Nocardia brasiliensis Nocardia caviae Staphylococcus aureus Sumber: Higgins (2000). Spesies Lumba-lumba hidung botol Lumba-lumba hidung botol Lumba-lumba hidung botol atlantis (T. truncatus) Lumba-lumba hidung botol indo-pasifik (T. aduncus) Lumba-lumba hidung botol indo-pasifik (T. aduncus) Lumba-lumba hidung botol indo-pasifik (T. aduncus) Lumba-lumba hidung botol indo-pasifik (T. aduncus)

25 10 II.3.1 Aeromonas hydrophila Aeromonas adalah bakteri yang banyak ditemukan di tanah, air, dan tempat pembuangan air. Bakteri ini hidup sebagai saprofit dengan menguraikan materi organik yang ada di sekitar lingkungan hidupnya, walaupun ada beberapa jenis yang bersifat parasit pada ikan, reptil, dan hewan lainnya. Jumlah Aeromonas di lingkungan dapat bertambah seiring dengan meningkatnya jumlah bahan organik di lingkungan tempat hidupnya. Aeromonas hydrophila adalah flora normal yang biasa ditemukan di perairan yang terdapat ikan, seperti di kolam dan di tank air kolam. A. hydrophila adalah bakteri Gram negatif berbentuk batang lurus dengan ukuran sel berkisar antara 0,5-0,8 x 3,0-4,0 µm. Bakteri Gram negatif ini bersifat anaerob fakultatif, katalase positif, motil dengan flagella bersifat polar serta mampu memfermentasi glukosa menjadi asam dan gas. A. hydrophila dapat tumbuh baik dalam media biakan agar darah dan agar MacConkey pada suhu 37 C. Bakteri ini bersifat oportunistik dan dapat menyebabkan penyakit pada ikan dan reptil apabila sistem imun inangnya menurun (Quinn et al. 2004) Identifikasi penyakit yang disebabkan oleh A. hydrophila sedikit sulit, karena sampel yang diambil dari hasil swab ataupun kerokan jaringan yang diduga terinfeksi harus mendapat penanganan khusus dengan tetap menjaga kemurnian bakteri yang diambil dan menghindari kontaminasi pada media. Media selektif yang digunakan untuk mengisolasi A. hydrophila adalah agar darah dengan penambahan antibiotik ampicilin 10 mg/l. Secara makroskopis A. hydrophila pada agar darah adalah koloni besar dengan ukuran antara 2-3 mm, datar, berwarna keabu-abuan, bersifat β hemolisis, dan memiliki bau khas busuk (Gambar 4). Pada media agar MacConkey, koloni A. hydrophila tampak pucat karena tidak memfermentasi laktosa (Gambar 5) (Quinn et al. 2004). Gambar 4 Koloni A. hydrophila pada media agar darah (Quinn et al. 2004).

26 11 Gambar 5 Koloni A. hydrophila pada media agar MacConkey (Quinn et al. 2004). Aeromonas hydrophila adalah bakteri Gram negatif yang bersifat motil serta mampu memproduksi asam dan gas dari hasil fermentasi glukosa, namun kurang reaktif terhadap fermentasi gula-gula lain seperti inositol dan maltosa. Berikut disajikan karakteristik biokimiawi A. hydrophila pada Tabel 2. Tabel 2 Karakteristik biokimiawi A. hydrophila Karakteristik Biokimia β hemolisis pada agar darah + Motilitas + Indol + Reduksi nitrat + Urea - Arginin dekarboksilase + Oksidase + Katalase + Glukosa (gas) + Manitol + Maltosa - A. hydrophila Sukrosa + Laktosa Bervariasi Sumber: Quinn et al. (2004). II.3.2 Vibrio alginolyticus Vibrio alginolyticus adalah bakteri Gram negatif berbentuk koma dengan ukuran sel berkisar antara 0,5-0,8 x 3,0-4,0 µm. Bakteri ini bersifat anaerob fakultatif, katalase positif, motil dengan flagela bersifat polar serta mampu memfermentasi glukosa dan menghasilkan asam tanpa gas (Quinn et al. 2004). V. alginolyticus membutuhkan NaCl konsentrasi tinggi untuk pertumbuhannya, yaitu sekitar 6-8%. Kelompok bakteri Vibrio memiliki kemiripan dengan kelompok bakteri Aeromonas, yang membedakan di antara keduanya adalah kemampuan bakteri Vibrio dalam menghidrolisis asam amino arginin termasuk V. alginolyticus.

27 12 Berbeda dengan jenis bakteri Vibrio lainnya yang biasa ditemukan pada saluran pencernaan, V. alginolyticus ditemukan pada saluran pernafasan atau blowhole lumba-lumba, walaupun pernah juga ditemukan pada feses hewan laut, seperti singa laut dan berang-berang laut (Barrow et al. 1993). V. alginolyticus memiliki antigen H dan O (Sakazaki et al. 1968). Karakteristik biokimia dari V. alginolyticusdapat dilihat pada Tabel 3. Tabel 3 Karakteristik biokimiawi V. alginolyticus Karakteristik Biokimia V. alginolyticus Tumbuh pada suhu 37 C + Motilitas + Reduksi nitrat + Arginin dekarboksilase - Oksidase + Glukosa (gas) - Indol + VP + Sukrosa +/- Sumber: Barrow et al. (1993). II.3.3 Mycobacterium spp. Mycobacterium spp. adalah bakteri Gram positif berbentuk batang kecil dengan panjang sel bervariasi antara 0,2-0,6 x 1,0-10,0 µm. Bakteri Gram positif ini tidak motil, tidak berspora, bersifat aerobik, dan oksidatif. Beberapa spesies Mycobacterium dapat memproduksi pigmen karotenoid (berwarna kekuningan) dan bersifat patogen pada hewan. Spesies Mycobacterium ini disebut sebagai kelompok Runyon, terdiri dari skotokromogen yang mampu memproduksi pigmen karotenoid saat diinkubasi di tempat gelap ataupun terang dan fotokromogen yang hanya mampu memproduksi pigmen pada kondisi terang (Quinn et al. 2004). Berdasarkan kecepatan pertumbuhannya, Mycobacterium spp. dikelompokkan menjadi beberapa kelompok. Kelompok pertama adalah kelompok pertumbuhan lambat yang terdiri dari Mycobacterium golongan tuberkulosis, fotokromogen, skotokromogen, dan nonkromogen. Kelompok ini rata-rata membutuhkan waktu lebih dari 7 hari untuk tumbuh. Kelompok kedua adalah kelompok pertumbuhan cepat yang membutuhkan waktu pertumbuhan

28 13 kurang dari 7 hari dan sering terdapat pada sistem pencernaan hewan (Quinn et al. 2004). Mycobacterium spp. yang bersifat patogen dapat ditemukan pada beberapa jaringan atau organ tubuh hewan, misalnya discharge saluran pernafasan, feses, susu, urine, dan semen. Spesies Mycobacterium yang sering menyebabkan penyakit pada hewan dapat dilihat pada Tabel 4. Tabel 4 Kelompok Mycobacterium spp. patogen pada hewan Spesies Pertumbuhan lambat Inang Kelompok tuberculosis M. tuberculosis Anjing, burung kenari dan burung Psittacine M. bovis Sebagian besar mamalia M. microti Kelinci, marmut, dan anak sapi Kelompok fotokromogens M. kansasii Keledai, babi, dan sapi M. simiae Monyet M. marinum Ikan laut, mamalia laut, dan amfibi Kelompok skotokromogen M. scrofulaceum Babi hutan, babi lokal, sapi, dan kerbau Kelompok nonkromogen M. avium Unggas, burung liar, kuda, dan babi M. intracellulare Unggas, burung liar, sapi, primata, dan babi M. ulcerans Kucing M. xenopi Kucing dan babi Pertumbuhan cepat M. chelonae Ikan, kura-kura, sapi, kucing, dan babi M. fortuitum Sapi, kucing, anjing, dan babi M. phlei Kucing M. smegmatis Sapi dan kucing Kelompok lain M. paratuberculosis Sapi, domba, kambing, dan ruminansia lain M. lepraemurium Kucing dan rodensia Sumber: Quinn et al. (2004). Pembiakan Mycobacterium spp. sulit untuk dilakukan karena pertumbuhan koloni bakterinya yang lambat, sehingga rentan terhadap kontaminasi bakteri lain dan membutuhkan perlakuan khusus. Identifikasi genus Mycobacterium dapat dilakukan melalui pengamatan langsung secara mikroskopis dengan pewarnaan tahan asam Ziehl-Neelsen atau dengan bantuan penyinaran UV yang mampu menghasilkan efek fluoroscent pada kelompok Mycobacterium berpigmen. Koloni bakteri Mycobacterium spp. yang tampak dalam pewarnaan Ziehl-Neelsen adalah merah, menandakan bahwa bakteri ini tahan terhadap asam. Media pertumbuhan yang biasa digunakan untuk membiakkan Mycobacterium spp. adalah Lowenstein- Jensen dan Stonebrinks yang berbahan dasar telur. Dapat juga digunakan media

29 14 selektif Malachite Green untuk M. tuberculosis dan M. avium serta beberapa jenis Mycobacterium lain yang membutuhkan gliserol untuk pertumbuhan. Karakteristik biokimiawi dari Mycobacterium spp. terdapat pada Tabel 5. Tabel 5 Karakteristik biokimiawi Mycobacterium spp. Karakteristik Biokimia M. tuberculosis M. bovis M. avium Tipe pertumbuhan Eugonik Disgonik Eugonik Morfologi koloni pada media dengan gliserol Tidak rata, keras, mengkilat, dan Kecil, basahmengkilat, dan tidak mudah pecah mudah pecah Keputihan, berlendir, dan mudah pecah Reduksi nitrat 3-8 minggu 3-8 minggu 2-6 minggu Urea Arginin dekarboksilase Oksidase Sumber: Quinn et al. (2004). II.3.4 Nocardia Nocardia adalah bakteri kokoid Gram positif yang biasa ditemukan di saluran pernafasan atau blowhole T. aduncus. Nocardia sebenarnya adalah bakteri yang hidup di tanah dan dapat menginfeksi inang, namun bakteri ini juga dapat hidup di udara. Kemampuan hidup bakteri ini di udara memungkinkannya untuk ditemukan di saluran pernafasan T. aduncus (Barrow et al. 1993). Karakteristik Biokimia Tabel 6 Karakteristik biokimiawi Nocardia spp. N. asteroides N. brasiliensis N. caviae Hidup di udara Spora Motilitas Katalase Oksidase Glukosa (asam) Maltosa - Bervariasi - Manitol Tahan asam Bervariasi Bervariasi Bervariasi Urea Sumber: Barrow et al. (1993). Dinding sel Nocardia juga mengandung lipid seperti halnya Mycobacterium, namun kandungan lipid ini tidak sekuat dinding sel Mycobacterium yang tahan asam. Nocardia tidak tahan asam ataupun bereaksi lemah terhadap asam dengan memberikan warna biru sampai keunguan saat diwarnai dengan pewarnaan Ziehl-Neelsen. Nocardia adalah kelompok bakteri yang tidak bespora, tidak motil, dan aerob fakultatif. Ada beberapa jenis Nocardia

30 15 yang bersifat patogen pada mamalia laut, khususya pada lumba-lumba hidung botol, seperti N. asteroides dan N. brasiliensis. Berikut karakteristik biokimiawi dari Nocardia disajikan pada Tabel 6. II.3.5 Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus adalah bakteri Gram positif berbentuk kokus dengan susunan bergerombol seperti buah anggur dengan diameter rata-rata 1,0 µm. Bakteri ini bersifat anaerob fakultatif, katalase positif, oksidase negatif, koagulase positif, dan tidak motil serta bersifat patogen pada hewan dan manusia. Bakteri Gram positif ini tidak dapat tumbuh pada media agar MacConkey, namun dapat tumbuh dengan baik pada media agar darah dan nutrient agar. Jenis Staphylococcus patogen lain selain S. aureus adalah S. intermedius, dan S. hyicus, sedangkan S. epidermidis dan S. saprophyticus bersifat komensal di lingkungan. Tingkat patogenitas dari Staphylococcus berkaitan dengan enzim koagulase yang dihasilkan. Berikut karakteristik biokimia S. aureus yang disajikan pada Tabel 7. Tabel 7 Karakteristik biokimiawi S. aureus Karakteristik Biokimia S. aureus Hemolisis pada agar darah + Uji koagulase + Tumbuh pada media MSA + Motilitas - Urea Bervariasi Alkalin Fosfatase + Oksidase - Katalase + Maltosa + Sumber: (Quinn et al. 2004). Staphylococcus dapat menginfeksi berbagai jenis mamalia, dengan spesies yang spesifik untuk masing-masing individu mamalia. Koloni dari Staphylococcus dapat ditemukan pada saluran pernafasan (blowhole) pada lumba-lumba, kulit, membran mukosa, dan saluran pencernaan. Staphylococcus dapat menghasilkan toksin dan enzim yang dapat menyebabkan penyakit pada hewan, misalnya enterotoksin, Toxic Shock Syndrome (TSS), alfa toksin dan lain sebagainya. Media pertumbuhan yang biasa digunakan untuk membiakkan S. aureus adalah agar darah. Koloni S. aureus yang tumbuh pada media agar darah memiliki warna koloni kuning, namun koloni S. aureus dari anjing tidak menunjukkan

31 16 pembentukan warna kuning. Kemampuan S. aureus menghemolisis sel darah merah domba pada media agar darah dapat digunakan untuk mengidentifikasi bakteri ini (Gambar 6). Gambar 6 Hemolisis pada agar darah oleh S. aureus (Quinn et al. 2004).

32 BAB III BAHAN DAN METODE III.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Januari hingga Maret 2012 di kawasan konservasi lumba-lumba Pantai Cahaya, Weleri, Kendal, Jawa Tengah dan Laboratorium Bakteriologi Bagian Mikrobiologi Medik Departemen Ilmu Penyakit Hewan dan Kesehatan Masyarakat Veteriner (IPHK) Fakultas Kedokteran Hewan Institut Pertanian Bogor (FKH IPB). III.2 Materi Penelitian Bahan-bahan yang digunakan adalah sampel swab blowhole T. aduncus, media untuk membiakkan sampel, seperti brain heart infusion broth (BHIB), triptic soy agar (TSA), agar darah (blood agar), dan MacConkey agar (MCA), media untuk pengujian secara biokimiawi, seperti triple sugar iron agar (TSIA), media semisolid indol, Simmon s citrate agar, kaldu Methyl Red-Voges Proskauer (MR-VP), kaldu gula-gula (glukosa, sukrosa, laktosa, manitol, maltosa), manitol salt agar (MSA), zat warna Gram (kristal violet, lugol, aseton alkohol, safranin), zat warna Ziehl Neelsen (karbol fuksin, asam alkohol, biru metilen), akuades, hidrogen peroksida 3% (H 2 O 2 3%), KOH 3%, dan alkohol 70%. Alat-alat yang digunakan meliputi mikroskop, pembakar Bunsen, ose, gelas objek, gelas penutup, inkubator, digital camera eyed pieces, dan lemari es. III.3 Metode Penelitian III.3.1 Pengambilan Sampel Pengambilan sampel dilakukan pada 11 ekor T. aduncus dengan melakukan 2 kali swab blowhole menggunakan cotton bud. Cotton bud dimasukkan ke dalam blowhole saat lumba-lumba sedang ekspirasi, yaitu saat blowhole terbuka. Cotton bud hasil swab blowhole yang pertama (B) kemudian dimasukkan ke dalam media BHIB untuk menjaga agar sampel swab tidak kering dan sebagai media penyubur. Cotton bud hasil swab blowhole yang kedua (B1) langsung digoreskan pada media agar darah dan MCA untuk isolasi bakteri, lalu diinkubasi pada suhu ruang. Sampel-sampel dalam BHIB dan yang telah

33 18 dibiakkan pada media agar darah dan MCA, kemudian dibawa ke Laboratorium Bakteriologi Bagian Mikrobiologi Medik FKH IPB untuk diidentifikasi. III.3.2 Isolasi Bakteri Seluruh sampel swab dalam medium BHIB (sampel B) kemudian dibiakkan pada media agar darah dan MCA untuk dilakukan isolasi bakteri. Bakteri Gram negatif diharapkan mampu tumbuh pada media MCA, sedangkan bakteri Gram positif dan beberapa bakteri Gram negatif yang tidak dapat tumbuh pada media MCA, seperti genus Neisseria dapat tumbuh di media agar darah. Sampel diambil dengan menggunakan ose yang telah disterilkan terlebih dahulu di atas pembakar bunsen hingga pijar. Sampel diambil sebanyak 1-2 mata ose lalu digoreskan pada media agar darah dan MCA dengan teknik goresan T. Sampel yang telah digoreskan pada media agar darah dan MCA kemudian diinkubasi selama 24 jam di dalam inkubator dengan suhu 37 C. Setelah 24 jam diinkubasi, seluruh koloni bakteri terpisah yang tumbuh kemudian dipindahkan ke dalam agar miring TSA dan dilakukan pelabelan sistematis untuk masing-masing koloni. Hal serupa juga dilakukan pada sampel B1. Seluruh koloni bakteri terpisah pada sampel B1 dipindahkan ke dalam agar miring TSA dan dilakukan pelabelan sistematis untuk masing-masing koloni. Koloni yang telah dipindahkan ke dalam media TSA, baik pada sampel B ataupun B1 kemudian diinkubasi di dalam inkubator selama 24 jam dengan suhu 37 C. Koloni-koloni bakteri yang tumbuh dalam media TSA akan diamati morfologi dan kemurniannya dengan pewarnaan Gram. III.3.3 Pemurnian Bakteri dan Pewarnaan Gram Masing-masing koloni yang tumbuh dalam media TSA baik sampel B ataupun B1 diwarnai dengan pewarnaan Gram untuk melihat morfologi, sifat Gram, dan kemurniannya. Cara melakukan pewarnaan Gram diawali dengan pembuatan preparat ulas. Ose disterilkan dengan dipanaskan di atas pembakar bunsen hingga pijar. Akuades diambil sebanyak 1-2 mata ose dengan menggunakan ose yang telah disterilkan dan diteteskan pada kaca objek. Biakan bakteri dari media TSA juga diambil sebanyak 1-2 mata ose dengan menggunakan

34 19 ose yang telah disterilkan lalu diulas pada permukaan gelas objek. Selanjutnya gelas objek dibiarkan kering udara dan difiksasi di atas pembakar bunsen. Preparat ulas bakteri pada gelas objek yang telah kering, kemudian diletakkan di rak untuk pewarnaan Gram. Tahap pertama yang harus dilakukan adalah kristal violet diteteskan ke seluruh bagian ulasan bakteri dan didiamkan selama 1 menit. Tahap kedua preparat diberi larutan lugol dan didiamkan selama 1 menit lalu dicuci dengan akuades hingga bersih. Tahap ketiga preparat diberi larutan pemucat (aseton alkohol) lebih kurang 10 detik dan dicuci kembali dengan akuades hingga bersih. Tahap keempat preparat diberi zat warna safranin selama detik lalu dicuci dengan akuades hingga bersih. Tahap terakhir preparat dikeringkan dengan kertas saring lalu diamati di bawah mikroskop perbesaran objektif 100 kali dengan bantuan minyak emersi. Pada pewarnaan ini apabila terdapat koloni bakteri yang belum murni, maka kembali dilakukan isolasi pada agar darah ataupun MCA dengan teknik goresan T. Hasil pewarnaan bakteri Gram positif adalah ungu, sedangkan bakteri Gram negatif adalah merah. Apabila hasil dari pewarnaan Gram kurang meyakinkan, maka dapat dilakukan uji KOH 3% untuk menentukan sifat Gram bakteri. Bakteri Gram negatif akan memberikan hasil adanya masa gelatin yang membentuk benang-benang halus saat diangkat dengan ose. III.3.4 Identifikasi Bakteri Gram Negatif Berdasarkan hasil pewarnaan Gram didapatkan kelompok bakteri Gram positif dan negatif yang telah murni biakannya, kemudian dilanjutkan dengan tahapan identifikasi setiap isolat bakteri untuk menentukan genus melalui uji biokimia pada beberapa media. Uji yang dilakukan untuk kelompok bakteri Gram negatif adalah uji hidrogen sulfida di media TSIA, uji motilitas dan indol di media semisolid indol, uji sitrat di media Simmon s citrate agar, uji fermentasi asam campuran atau fermentasi butanadiol di media cair MR-VP, dan uji fermentasi karbohidrat di media kaldu gula bertabung Durham. Secara singkat identifikasi bakteri Gram negatif ditampilkan pada Gambar 7.

35 20 Bakteri Gram negatif Batang Kokoid TSIA Indol Sitrat MRVP Fermentasi karbohidrat: Glukosa Sukrosa Laktosa Maltosa Manitol Gambar 7 Diagram alir identifikasi bakteri Gram negatif (Lay 1994). III Uji Motilitas dan Indol Uji motilitas dan indol dilakukan pada media semisolid untuk mengetahui pergerakan atau motilitas bakteri dan kemampuan bakteri dalam menghasilkan enzim pengurai asam amino triptofan. Hasil penguraian asam amino triptofan akan digunakan sebagai sumber karbon dalam metabolisme sel bakteri. Tahapan pengujian motilitas dan indol diawali dengan tabung yang berisi media semisolid ditandai dengan nomor isolat yang digunakan untuk uji. Biakan bakteri diambil dengan menggunakan needle (ose ujung jarum) sebanyak 1 needle, lalu ditusukkan ke dalam media semisolid sampai kedalaman kurang lebih 3/4 bagian dari permukaan media. Media semisolid yang telah diinokulasikan isolat bakteri kemudian diinkubasi pada suhu 37 C selama jam. Reagen Ehrlich-Bohme diteteskan sebanyak tetes ke dalam media semisolid yang telah diinkubasi selama 48 jam dan ditunggu beberapa menit untuk melihat perubahan yang terjadi. Penumpukan indol pada permukaan media yang merupakan produk buangan dari hasil penguraian asam amino triptofan

36 21 ditandai dengan adanya cincin merah di permukaan media. Pergerakan atau motilitas bakteri dapat dilihat melalui pertumbuhan bakteri di sekitar tusukan dan juga di permukaan media (Lay 1994). III Uji Hidrogen Sulfida (TSIA) Uji hidrogen sulfida digunakan untuk mengidentifikasi bakteri penghasil enzim desulfurase yang dapat menghidrolisis asam amino yang mengandung gugus sulfur seperti sistein dan methionin sehingga dihasilkan asam sulfida (H 2 S). Media yang digunakan untuk uji ini adalah agar miring TSIA. Pada media ini pembentukan H 2 S ditandai dengan adanya warna hitam pada media. Media TSIA juga mengandung tiga macam gula, yaitu glukosa, laktosa, dan sukrosa, sehingga media ini dapat juga digunakan untuk mengidentifikasi bakteri yang mampu memfermentasikan ketiga jenis gula tersebut (Lay 1994). Tahapan pertama untuk menginokulasikan isolat bakteri di media TSIA adalah tabung media TSIA yang digunakan ditandai dengan nama isolat yang akan diinokulasikan. Tahap kedua isolat yang diinokulasikan diambil menggunakan needle steril sebanyak 1 needle lalu ditusukkan ke bagian butt (bagian dasar) dan digoreskan pada bagian slant (bagian miring). Media TSIA yang telah diinokulasikan isolat bakteri diinkubasi pada suhu 37 C selama 24 jam dan diamati perubahan warna yang terjadi pada media. Hasil fermentasi gula yang bersifat asam ditunjukkan dengan perubahan warna media menjadi kuning sedangkan perubahan warna media menjadi merah menunjukkan sifat basa akibat tidak terjadinya fermentasi gula. Pembentukan gas seperti H 2 dan CO 2 hasil fermentasi gula ditunjukkan dengan adanya retakan media di daerah butt (bagian dasar) (Lay 1994). III Uji Sitrat Uji sitrat digunakan untuk melihat kemampuan bakteri menggunakan sitrat sebagai satu-satunya sumber karbon dan energi. Bakteri yang menggunakan sitrat sebagai sumber karbon akan mampu mengubah warna media Simmon s citrate agar dari hijau menjadi biru. Tahapan untuk melakukan uji ini adalah tabung yang berisi media Simmon s citrate agar ditandai dengan nama isolat yang akan diinokulasikan lalu isolat tersebut diambil sebanyak 1 mata ose dengan ose yang