BAB 6 PENGENALAN ISIS/DRAW 2.3

Transkripsi

1 BAB 6 PENGENALAN ISIS/DRAW 2.3 A. Apa itu Isis/Draw 2.3 ISIS/Draw adalah software untuk pembuatan struktur kimia yang sangat sederhana. Merupakan software yang dapat di down load secara gratis dari internet. Jika program ini diaktifkan maka tampilannya dapat dilihat pada gambar berikut. Baris Judul Baris Menu Toolbar template Toolbar edit struktur Toolbar horisontal Toolbar vertikal Gambar 33 Tampilan jendela ISIS/Draw B. Menu bar isis draw Seperti yang terlihat pada gambar 31, menubar keadaan default isis draw terdiri dari : File, Edit, Option, Object, Text, Templates, Chemistry, Windows dan Help. Cara mengaktifkan menubar : Gerakan mouse pada menu mouse sebelah kiri, sub menu akan muncul Pilih sub menu Atau Tekan tombol Alt dan diikuti huruf yang digarisbawahi pada daftar menu Gerakkan pilihan menggunakan panah untuk memilih sub menu File Menu file terdiri dari beberapa sub menu yang secara lengkap dapa dilihat pada Tabel berikut : Komputasi Kimia 38

2 Sub Menu File Edit Sub Menu Edit New : Membuat file baru Open : Membuka file yang telah ada Insert : Memasukkan file yang telah ada ke dalam file yang sedang terbuka Close : menutup jendela/file Save : Menyimpan file (ekstensi *.skc) Save as : Menyimpan file dengan lain Import : Mengimport data dari data sebelumnya. Ada tiga jenis file, molfile, sequnce file, Tgfile dan rxnfile Export : Kebalikan import file Print Setup : Mengatur set up printer Print : Melaksanakan proses print Print Preview : Tampilan sebelum print File-file yang sebelumnya telah terbuka, untuk mengaktifkan tinggal diklik kanan pada mouse Exit : Keluar dari Isis draw Undo : Membatalkan perintah sebelumnya Cut : Menghapus fragmen yang telah diblok Copy : Fragmen yang diblok dipindahkan ke clipboard Paste : Meletakkan pada posisi cursor apa yang ada di clipboard Paste link : Meletakkan pada posisi cursor apa yang ada diclipboard dan masih link dengan file asal fragmen tersebut Clear : Menghapus Links : Membuat link Insert Object : Memasukkan objek ke dalam jendela edit. Object : Object yang telah diinsert dapat diedit dengan memilih object. Select All : Memilih seluruh objek/struktur yang ada di dalam jendela Select Chem Group : Memilih gugus fungsi Duplicate : Menggandakan objek yang diblok Set Sprout Atom : Menset atom Option Sub Menu Option Zoom : Mengatur zoom Show/Sanap Grid, Ruler Perintah yang dapat memperihatkan alat bantu menentukan posisi vertikal dan horisontal dengan mengkombinasikan keempat submenu. Show Atom Maps : Memperlihatkan atau menyembunyikan peta atom Reacting Centers :menandai pusat reaksi, ada 4 pilihan, dengan warna, dengan tanda +, # atau ++ Komputasi Kimia 39

3 Kotak dialog Settings dapat dilihat pada Gambar berikut: Setting : Menset beberapa hal yang berkaitan dengan format struktur, antara lain : Chemical drawing, Line/Fill/Arrow, Font, 3D, General, Ruler/Grid, Chem Inspector, sequence, brqcket. Lihat gambar berikut Read Jurnal : Tersedia beberapa setting struktur berdasarkan format jurnal ilmiah, misalnya format J. of American Chemical Society Gambar 34 Kotak Dialog Settings Object Sub Menu Object Edit Object untuk melakukan edit objek misalnya edit kotak, lingkaran atau suatu struktur Bring To Front objek bedara di lapisan teratas Send To Back objek berada pada lapisan terbawah Clean Molecule mengembalikan format molekul ke format default Flip, melakukan pembalikan terhapar objek, balik horisontal atau vertikal Rotate memutar objek melalui ikatan secara horisontal dan vertikal Scale, mengatur skala tampilan Group mengelompokkan objek dalam satu grup Ungroup mengembalikan objek ke kadaan tanpa kelompok Komputasi Kimia 40

4 Text Sub Menu Text Sama seperti MS Word pada ISIS/Draw juga terdapat pilihan Font, jenis huruf. Juga terdapat format huruf apakah tebal, reguler atau yang biasa, italic, garis bawah, superscript atau subscript. Templates Sub Menu Templates Chemistry Sub Menu Chemistry Customize Menu and Tools Set Primary Template Folder, menset folder utama tempat templete Set SecondaryTemplate Folder, menset folder kedua tempat templete Open membuka template Alpha-D-Sugar, Amino Acids dll adalah - template yang tersedia. Template: Rumus atau struktur kimia yang telah dibuat tinggal diambil dan dimasukkan dan jendela edit Reaction, merupakan menu untuk memeriksa persamaan reaksi Create Chiral Flag, tool untuk memunculkan bendera sebagai tanda bahwa suatu atom merupakan atom yang kiral C. Toolbar edit struktur Toolbar untuk mengedit struktur molekul terdiri dari tombol-tombol yang tersusun vertikal berada di sebelah kiri jendela isis draw. Tombol ini ada yang hanya memunyai satu fungsi saja atau dapat berupa kelompok fungsi di mana display icon menunjukkan tombol yang sedang aktif. Perbedaan tampilan keduanya dapat ditandai oleh tanda kepala panah yang berada di sudut kanan bawah tombol untuk tombol yang merupakan kelompok fungsi, sedangkan tombol dengan satu fungsi tidak ada tanda seperti itu. 1. Tombol untuk menyeleksi, merupakan tombol kelompok fungsi. Menu seleksi ada tiga macam : Komputasi Kimia 41

5 Lasso tool Select tool Molecule Select tool pada objek Jika klik objek+ctrl pada objek pada bagian sudut ganda pada objek pada objek Jika klik objek+ctrl pada objek pada bagian sudut ganda pada objek pada molekul atau objek tarik pada objek pada bagian sudut ganda pada objek Menyeleksi objek dalam lasso Menyeleksi objek Menyeleksi seluruh molekul Memindahkan objek Merubah ukuran objek Mengedit properti objek Menyeleksi objek dalam Frame Menyeleksi objek Menyeleksi seluruh molekul Memindahkan objek Merubah ukuran objek Mengedit properti objek Menyeleksi molekul atau objek dalam Frame Menyeleksi Molekul/objek Memindahkan Molekul/objek Merubah ukuran Molekul/objek Mengedit properti Molekul/objek 2. Tombol untuk memutar, merupakan tombol kelompok fungsi. Menu tombol putar ada dua macam : poros Memindahkan pusat putaran Sekitar objek Menyeleksi objek di dalam lasso objek yang telah Memutar objek melalui poros 2D Rotate tool diseleksi Ctrl- molekul Menyeleksi sebuah molekul Sekitar molekul Menyeleksi molekul dalam frame 3D Rotate tool 3. Tombol untuk menghapus molekul yang terseleksi Jika disertai tombol Shift Jika disertai tombol Ctrl Memutar molekul secara 3 dimensi Membatasi rotasi hanya terhadap sumbu X dan Y saja Membatasi rotasi hanya terhadap sumbu Y pada sebuah objek Menghapus objek Disertai tombol Ctrl Menghapus struktur Eraser tool Menghapus objek dalam frame Komputasi Kimia 42

6 4. Tombol untuk Atom Tombol dan Catatan : Gunakan keyboard untuk menuliskan simbol, muatan, isotop, radikal, hidrogen dan sifat-sifat atom sebuah atom dan ketik Mengedit atom Atom tool dan ketik Kreasi sebuah atom sebuah atom Kreasi sebuah atom pada ujung ikatan Ctrl+klik sebuah atom Mengulang simbol atom sebelumnya 5. Tombol untuk jenis ikatan Single bond tool sebuah ikatan Mengulang klik Doble bond tool Triple bond tool sebuah ikatan Mengulang klik sebuah ikatan Membuat ikatan tunggal Menggambar sebuah ikatan tunggal Merubah menjadi ikatan tunggal Pergantian antar ikatan tunggal, rangkap dua dan tiga Membuat ikatan rangkap dua Menggambar sebuah ikatan rangkap dua Merubah menjadi ikatan rangkap dua Merubah posisi sisi ikatan rangkap Membuat ikatan rangkap tiga Menggambar sebuah ikatan rangkap tiga Merubah menjadi ikatan rangkap tiga 6. Kelompok tombol untuk baji ikatan (ikatan tiga dimensi) Membuat sebuah ikatan baji ke atas bidang Up wedge tool Menggambar ikatan baji ke atas bidang sebuah ikatan Merubah menjadi baji ke atas bidang Mengulang klik Membalik arah ikatan Membuat sebuah ikatan baji ke bawah bidang Down wedge tool Menggambar ikatan baji ke bawah bidang sebuah ikatan Merubah menjadi baji ke bawah bidang Mengulang klik Membalik arah ikatan Membuat sebuah ikatan tak terarah Komputasi Kimia 43

7 sebuah ikatan Mengulang klik Up Bond tool sebuah ikatan Down Bond tool sebuah ikatan 7. Kelompok tombol untuk ikatan rantai Dengan Ctrl Chain tool Dengan Shift Multi-bond tool Dengan Ctrl Dengan Shift Menggambar ikatan baji ke bawah Merubah menjadi baji ke bawah Membalik arah ikatan Membuat sebuah ikatan baji ke atas Menggambar ikatan baji ke atas Merubah menjadi baji ke atas Membuat sebuah ikatan baji ke bawah Menggambar ikatan baji ke bawah Merubah menjadi baji ke bawah Menggambar sebuah rantai Menggambar rantai berbagai sudut Merubah panjang ikatan Menggambar rangkaian rantai mengikuti arah mouse Menggambar iktan pertama dengan mengatur arah atau sudut ikatan Menset panjang ikatan pertama dari rantai 8. Tombol plus Memasukkan tanda plus dalam reaksi Plus tool 9. Kelompok tombol panah reaksi Menempatkan sebuah panah Dengan Ctrl Menggambar panah Dapat mengatur sudut panah 10. Peta atom Arrow Tool Dua atom Mengulang klik Mengganti arah kiri, kanan, bolak balik Peta pasangan atom Komputasi Kimia 44

8 tool Delete Atom-atom map tool sebuah atom dan tarik ke sebuah atom lainnya sebuah ikatan sebuah atom sebuah ikatan Peta pasangan atom Menandai tipe pusat reaksi Menghapus peta atom Menghapus pusat reaksi Menghapus peta atom-atom yang ada di dalam frame 11. Tombol untuk membuat sequen asam amino dalam protein, DNA atau RNA dan ketik Memulai sequn Sequence tool Sequence shape tool sebuah sequen Mengedit sequen teks terminal kemudian tarik dari satu ujung ke ujung yang lain sambil membuat bentuk sesuai yang diinginkan. Bentuk akan disesuaikan dengan arah lintas mouse. SH SH NH A R N D Q G M G E L M N D C V L K M S T V K H S W C 2 Q COOH NH 2 M A G R Q N D E L G M N SH D C V L K M H S W SH K C V Q T S COOH 12. Tombol untuk membuat garis dan busur Straight line tool Dengan Shift Menggamber garis sesuai arah yang diinginkan Membuat garis dengan arah tertentu. Kenaikan sudut sebesar 15 dan geser mouse Mendefenisikan segmen Continus line tool Dobel klik - tarik Mengakhiri segmen Menggambar sebua busur Circular arc tool tarik Menggambar sebua busur Elliptical arc tool Komputasi Kimia 45

9 13. Tombol bracket dan text tool Ikatan Bracket tool Text tool Tekan tarik+shift key bracket Shift + pragman dan ketik teks bracket atom dan ikatan -tarik disekitar atom dan ikatan Menempatkan bracket tunggal pada sebuah ikatan Menggambar pasangan bracket Menggambar bracker melewati 2 ikatan Edit properties bracket Include atau exclude fragment Memasukkan text Mengedit teks atau data Menumpangkan data pada bracket, atom atau ikatan Menumpangkan data kepada objek yang diseleksi 14. Tombol untuk menggambar bentuk-bentuk geometri dasar Rectangle Tool Rounded rectangle tool dan tarik Dengan tombol Ctrl dan tarik Dengan tombol Ctrl dan geser mouse Menggambar persegi panjang Menggambar bujur sangkar Menggambar persegi panjang sudut lengkung Menggambar bujur sangkar sudut lengkung Mendefinisikan panjang sisi Polygon tool Dobel klik Mengakhiri sisi terakhir dan menutup poligon D Membuat struktur dan rumus kimia dan menggabungkan dengan MS Word Aktifkan ISIS/Draw dengan mengklik Start, Program, ISIS/Draw Buatlah struktur toluena Aktifkan pemilih shortcut molekul Seleksi struktur toluena yang telah dibuat kemuadia Edit dan pilih Copy. Selanjutnya buka jendela MS Word. menu Edit dan pilih Paste. Pastikan bahwa anda berhasil mengkopy struktur toluena dari ISIS/Draw ke MS Word. Komputasi Kimia 46