3. HASIL PENELITIAN 3.1. Efisiensi Isolat protein dan Konsentrasi Daun Yakon (Smallanthus sonchifolius) Tabel 3. Efisiensi Isolat dan konsentrasi protein daun yakon (Smallanthus sonchifolius) Metode Massa isolat Efisiensi isolat Konsentrasi isolat protein (g) protein (%)* protein (mg/ml)** TCA/Aseton 0,11 0,75 ± 0,004 100 Phenol/Chloroform 0,49 3,24 ± 0,086 112 Salting Out 0,24 1,57 ± 0,007 93 Keterangan: * Efisiensi diperoleh dengan membagi jumlah rendemen dengan massa bahan awal (15 gr). ** Konsentrasi diperoleh dengan rata-rata dari pengulangan. Dari Tabel diatas, dapat dilihat bahwa massa isolat protein tertinggi diperoleh pada metode phenol/chloroform dengan 0,49 gram dengan efisiensi sebesar 3,24% ± 0,086. Kemudian salting out sebesar 0,24 dengan efisiensi sebesar 1,57 % ± 0,007 dan yang terakhir adalah TCA/aseton dengan massa isolat protein sebesar 0,11 dengan efisiensi sebesar 0,75 % ± 0,004. Kemudian untuk konsentrasi berbagai metode diperoleh konsentrasi yang berbeda. Metode phenol/chloroform memiliki konsentrasi yang lebih tinggi jika dibandingkan dengan 2 metode yang lain yaitu dengan konsentrasi sebesar 112 mg/ml, kemudian TCA/aseton sebesar 100 mg/ml dan yang terakhir adalah salting out dengan konsentrasi sebesar 93 mg/ml. 3.2. Profil Protein Yakon (Smallanthus sonchifolius) Gambar 9. Profil protein daun yakon (Smallanthus sonchifolius) 19
20 Dari Gambar 9 diatas dapat dilihat bahwa untuk metode phenol/chloroform diperoleh 8 pita protein, metode TCA/aseton diperoleh 6 pita protein dan untuk metode salting out diperoleh 8 pita protein. Metode phenol/chloroform dan salting out lebih banyak menampilkan pita protein namun yang lebih jelas dalam penampakan pita protein adalah metode salting out sehingga dapat disimpulkan bahwa metode salting out merupakan metode yang paling banyak mengendapkan protein dan juga lebih jelas dalam menampakkan pola pita protein pada profil protein daun yakon (Smallanthus sonchifolius). Selanjutnya, dari pita protein tersebut, dapat dicari berat molekul untuk tiap pita protein. Berat molekul dari tiap metode dapat dilihat pada tabel berikut. Tabel 4. Berat Molekul profil protein daun yakon (Smallanthus sonchifolius) dengan 3 metode berbeda. Metode Phenol/chloroform (Kda)* TCA/aseton (Kda)* Salting Out (Kda)* 15 27 18 27 31 27 31 50 31 37 60 50 39 97 60 45 180 75 48 97 97 180 Keterangan: * Kilodalton (Satuan Berat Molekul) Dari Tabel diatas dapat dilihat bahwa metode isolasi dengan phenol chloroform menghasilkan profil protein dengan berat molekul 15 Kda, 27 Kda, 31 Kda, 37 Kda, 39 kda 45 Kd, 48 Kda dan 97 Kda. Sementara untuk metode isolasi dengan TCA/aseton menghasilkan profil protein dengan berat molekul 27 Kda, 31 Kda, 50 Kda, 60 Kda, 97 Kda dan 180 Kda. Metode salting out menghasilkan profil protein dengan berat molekul 18 Kda, 27 Kda, 31 Kda, 50 Kda, 60 Kda, 75 Kda, 97 Kda dan 180 Kda.
21 3.3. Analisa Bioinformatika Untuk analisa bioinformatika, pengidentifikasian hanya dilakukan pada metode salting out saja karena lebih banyak dalam mengendapkan protein dan juga lebih jelas dalam menampakkan pola pita protein. Selain itu, jenis protein pada metode salting out ini juga ditemui pada metode isolasi yang lain (phenol chloroform dan TCA/Aseton). Identifikasi protein berdasarkan berat molekul yang diperoleh dapat dilihat pada tabel 5 berikut. Tabel 5. Profil Protein daun Yakon (Smallanthus sonchifolius) beserta berat molekul BM (Kda) Nama Protein 18 RNA polymerase beta subunit 27 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic 31 Putative 36.9 kda movement protein 50 NADH dehydrogenase subunit 4 60 ATP synthase subunit beta, chloroplastic 75 DNA-directed RNA polymerase subunit 97 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic 180 DNA-directed RNA polymerase subunit beta Keterangan: berdasarkan penelusuran bioinformatika dari Protein Data Bank Uniprot (www.uniprot.org) Dari Tabel 5 diatas, diperoleh 8 jenis protein yang terdeteksi dengan menggunakan metode salting out. Jenis-jenis protein tersebut adalah RNA polymerase beta subunit (18 Kda), NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic (27 kda); Putative 36.9 kda movement protein (31 Kda); NADH dehydrogenase subunit 4 (50 kda); ATP synthase subunit beta, chloroplastic (60 kda); DNA-directed RNA polymerase subunit (75 kda); NAD(P)Hquinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic (97 kda) dan DNA-directed RNA polymerase subunit beta (180 kda). Untuk peranan dari masing-masing protein tersebut dapat dilihat pada Tabel 6 berikut.
22 Tabel 6. Peranan Protein pada daun yakon (Smallanthus sonchifolius) BM (Kda) Nama Protein* Peran dalam tubuh Asam Amino** 18 RNA polymerase beta subunit Berperan dalam pengikatan DNA yang berkontribusi terhadap pensinyalan sekresi insulin dalam tubuh. alanin (A) 1,4%, arginin (R) 5,6%, aspargin (N) 3,5%, asam aspartat (D) 4,9%, Sistein (C) 4,2%, glutamin (Q) 4,9%, asam glutamat (E) 6,9%, glisin (G) 7,6%, histidin (H) 2,1%, isoleusin (I) 8,3%, leusin (L) 8,3%, lisin (K) 7,6%, metionin (M) 2,1%, fenilalanin (F) 3,5%, prolin (P) 6,3%, serin (S) 4,2%, treonin (T) 3,5%, triptofan (W) 1,4%, tirosin (Y) 6,9%, dan valin (V) 6,9%. 27 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic 31 Putative 36.9 kda movement protein Perlindungan sel terhadap toxicity, mutagenicity dan kanker. Peranan dalam fungsi molekuler yaitu untuk mengkatalisis hidrolisis ikatan alpha-peptida internal pada rantai polipeptida. Alanin 3%, arginin 7,2%, aspargin (N) 4,8%, asam aspartat (D) 4,8%, Sistein (C) 5,4%, glutamin (Q) 3%, asam glutamat (E) 7,2%, glisin (G) 4,2%, histidin (H) 1,8%, isoleusin (I) 10,2%, leusin (L) 8,4%, lisin (K) 3,6%, metionin (M) 3,6%, fenilalanin (F) 4,8%, prolin (P) 4,8%, serin (S) 3,6%, treonin (T) 7,2%, triptofan (W) 0,6%, tirosin (Y) 6%, dan valin (V) 3,4%. Alanin (A) 6,5%, arginin (R) 9,6%, aspargin (N) 3,7%, asam aspartat (D) 9%, Sistein (C) 2,2%, glutamin (Q) 2,5%, asam glutamat (E) 6,5%, glisin (G) 7,1%, histidin (H) 1,9%, isoleusin (I) 7,7%, leusin (L) 5,9%, lisin (K) 6,2%, metionin (M) 1,9%, fenilalanin (F) 5,6%, prolin (P) 2,8%, serin (S) 8,4%, treonin (T) 3,4%, triptofan (W) 0,3%, tirosin (Y) 4%, dan valin (V) 5%.
23 50 NADH dehydrogenase subunit 4 Mengontrol glikemik pada tubuh dan merangsang metabolism glukosa pada otot rangka dan jaringan adiposa. Alanin (A) 6,5%, arginin (R) 2,9%, aspargin (N) 2,2%, asam aspartat (D) 2,9%, Sistein (C) 0,2%, glutamin (Q) 2,2%, asam glutamat (E) 2,6%, glisin (G) 8,6%, histidin (H) 2,2%, isoleusin (I) 11%, leusin (L) 13,9%, lisin (K) 3,1%, metionin (M) 4,8%, fenilalanin (F) 7,9%, prolin (P) 4,6%, serin (S) 8,4%, treonin (T) 5%, triptofan (W) 1,7%, tirosin (Y) 4,8%, dan valin (V) 4,6%. 60 ATP synthase subunit beta, chloroplastic 75 DNA-directed RNA polymerase subunit Bekerja sama dengan Dysferlin untuk memperbaiki membrane otot rangka. Menghubungkan metabolisme glukosa pada sel β pankkreas dengan regulasi transkripsi gen insulin. Alanin (A) 8,4%, arginin (R) 5,2%, aspargin (N) 4,2%, asam aspartat (D) 5,2%, Sistein (C) 0,2%, glutamin (Q) 4,2%, asam glutamat (E) 6,2%, glisin (G) 9,8%, histidin (H) 0,8%, isoleusin (I) 6,2%, leusin (L) 9,8%, lisin (K) 4%, metionin (M) 3,2%, fenilalanin (F) 3,6%, prolin (P) 5,2%, serin (S) 5,4%, treonin (T) 7%, tirosin (Y) 2,4%, dan valin (V) 8,6%. Alanin (A) 5%, arginin (R) 9%, aspargin (N) 4,4%, asam aspartat (D) 5%, Sistein (C) 1,8%, glutamin (Q) 3,3%, asam glutamat (E) 7,2%, glisin (G) 5,9%, histidin (H) 2,4%, isoleusin (I) 9,4%, leusin (L) 11,7%, lisin (K) 4,8%, metionin (M) 1,8%, fenilalanin (F) 3,3%, prolin (P) 5,3%, serin (S) 5%, treonin (T) 4%, triptofan (W) 1,5%, tirosin (Y) 4,4% dan valin (V) 4,8%.
24 97 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic Mengontrol glikemik pada tubuh. Alanin (A) 5,3%, arginin (R) 2,8%, aspargin (N) 5,1%, asam aspartat (D) 3%, Sistein (C) 1,1%, glutamin (Q) 2,3%, asam glutamat (E) 2%, glisin (G) 6,6%, histidin (H) 1,8%, isoleusin (I) 9,6%, leusin (L) 12,4%, lisin (K) 4,3%, metionin (M) 3,8%, fenilalanin (F) 9,2%, prolin (P) 3,9%, serin (S) 9,3%, treonin (T) 4,7%, triptofan (W) 2%, tirosin (Y) 5,1% dan valin (V) 5,8%. 180 DNA-directed RNA polymerase subunit beta Berpengaruh pada luka pada penderita diabetes. Alanin (A) 5,8%, arginin (R) 7,9%, aspargin (N) 4,1%, asam aspartat (D) 4,5%, Sistein (C) 0,7%, glutamin (Q) 5,2%, asam glutamat (E) 6,4%, glisin (G) 8,4%, histidin (H) 2,4%, isoleusin (I) 7,4%, leusin (L) 10,6%, lisin (K) 5,3%, metionin (M) 2,3%, fenilalanin (F) 3,6%, prolin (P) 4,7%, serin (S) 5,9%, treonin (T) 4,5%, triptofan (W) 1%, tirosin (Y) 3,5% dan valin (V) 5,6%. Keterangan: * sumber dari Uniprot (Protein Data Bank) ** sumber dari PIR (Protein Information Resource) (http://pir.georgetown.edu)
25 3.3.1. RNA polymerase beta subunit RNA polymerase beta subunit merupakan salah satu protein yang terdeteksi dalam daun yakon (Smallanthus sonchifolius). Menurut Uniprot, protein ini memiliki fungsi dalam metabolisme molekuler yaitu untuk mengikat DNA dan untuk mengkatalisis dari persamaan reaksi nucleoside triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1) sekaligus unutk memulai rantai De Novo. Selain fungsi molekuler, protein ini juga berperan dalam fungsi biologi yaitu untuk sintesis seluler RNA pada template dari DNA. Sekuens asam amino dari RNA polymerase beta subunit berjumlah 144. Asam amino yang terkait dengan protein ini adalah alanin (A) 1,4%, arginin (R) 5,6%, aspargin (N) 3,5%, asam aspartat (D) 4,9%, Sistein (C) 4,2%, glutamin (Q) 4,9%, asam glutamat (E) 6,9%, glisin (G) 7,6%, histidin (H) 2,1%, isoleusin (I) 8,3%, leusin (L) 8,3%, lisin (K) 7,6%, metionin (M) 2,1%, fenilalanin (F) 3,5%, prolin (P) 6,3%, serin (S) 4,2%, treonin (T) 3,5%, triptofan (W) 1,4%, tirosin (Y) 6,9%, dan valin (V) 6,9%. 3.3.2. NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic (NQO1) merupakan sebuah enzim flavoprotein yang memiliki kemampuan untuk mengkatalisis reduksi 2 elektron dari substrat quinone yang eksogen dan endogen menjadi hydroquinones (Jaiswal, 2000). NQO1 dalam jumlah yang tinggi ditemukan pada jaringan hati pada tikus. Sementara pada manusia, jenis flavoprotein ini ditemukan pada paru-paru, gastrointestinal, endothelium vaskular, jaringan adiposity, sum sum tulang dan beberapa pada area mata namun tidak terdapat pada hati (Hayes, 2008). Menurut Gaikward et al (2001), NQO1 dalam metabolismenya menggunakan NAD(P)H untuk mendonorkan elektron dan sebagai katalis dari reduksi dua elektron dari senyawa endogen dan kuinon. Reaksi ini akan menjaga keseimbangan antara NAD(P)H dan NAD(P) sehingga memberikan kontribusi pada sintesis glukosa dan asam lemak dalam tubuh. Pada jaringan tumbuhan, NQO1 berfungsi untuk mengkatalis detoksifikasi kuinon dan turunannya beserta pencegahannya dalam siklus redoks dan oxidative stress. Selain itu, ditemukan juga adanya peran dari NQO1 ini terkait dengan perlindungan terhadap mutagenesis dan karsinogenesis (Palming et al, 2007). Sekuens asam amino dari NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic berjumlah 166. Asam amino yang terkait dengan protein ini adalah alanin (A) 3%, arginin (R) 7,2%, aspargin (N) 4,8%, asam aspartat (D) 4,8%, Sistein (C) 5,4%, glutamin (Q) 3%, asam glutamat (E) 7,2%, glisin (G) 4,2%, histidin (H) 1,8%, isoleusin (I) 10,2%, leusin (L) 8,4%, lisin (K) 3,6%, metionin (M) 3,6%, fenilalanin (F) 4,8%,
26 prolin (P) 4,8%, serin (S) 3,6%, treonin (T) 7,2%, triptofan (W) 0,6%, tirosin (Y) 6%, dan valin (V) 3,4%. 3.3.3. Putative 36.9 kda movement protein Putative 36.9 kda movement protein merupakan protein yang memiliki asam amino berjumlah 323. Asam amino yang terkait dengan protein ini adalah alanin (A) 6,5%, arginin (R) 9,6%, aspargin (N) 3,7%, asam aspartat (D) 9%, Sistein (C) 2,2%, glutamin (Q) 2,5%, asam glutamat (E) 6,5%, glisin (G) 7,1%, histidin (H) 1,9%, isoleusin (I) 7,7%, leusin (L) 5,9%, lisin (K) 6,2%, metionin (M) 1,9%, fenilalanin (F) 5,6%, prolin (P) 2,8%, serin (S) 8,4%, treonin (T) 3,4%, triptofan (W) 0,3%, tirosin (Y) 4%, dan valin (V) 5%. Protein ini merupakan protein yang dihasilkan oleh yacon virus A dan terdapat pada tanaman yakon (Smallanthus sonchifolius). Berdasarkan (www.uniprot.org), Putative 36.9 kda movement protein ini memiliki peranan dalam fungsi molekuler yaitu untuk mengkatalisis hidrolisis ikatan alphapeptida internal pada rantai polipeptida dengan mekanisme katalitik yang melibatkan triad katalitik yang terdiri dari serine nucleophile yang diaktifkan oleh proton yang melibatkan residu asam dan residu dasar (biasanya histidine). 3.3.4. NADH dehydrogenase subunit 4 NADH dehydrogenase subunit 4 merupakan salah satu jenis protein yang ditemukan pada genus smalllanthus. Protein ini merupakan protein yang terletak di bagian membran NADH dehydrogenase dan dikodekan oleh NADH dehydrogenase pada mitokondria. Menurut Weiss (1991), NADH dehydrogenase subunit 4 ini mengalami evolusi gen dari gen awal sehingga rantai phylo-genetic dari NADH dehydrogenase subunit 4 ini berhubungan dengan NADH dehydrogenase subunit 2 dan 5. Heteroplasmi dengan substitusi nukleotida tertentu dalam DNA yang bermutasi yang mengubah arginine pada posisi 340 dari subunit 4 NADH dehydrogenase ke dalam histidine ini menyebabkan Leber Hereditary Optic Neuropathy (LHON). Penyakit ini menimbulkan kehilangan penglihatan secara bilateral. Penyakit ini bekerja dengan cara menghambat mitokondria sehingga berakibat pada terjadinya mutasi DNA yang berkaitan dengan NADH dehydrogenase subunit 4 ini (Yu et al, 2012). Protein ini memiliki asam amino sebanyak 417. Asam amino yang terkait dengan protein ini adalah alanin (A) 6,5%, arginin (R) 2,9%, aspargin (N) 2,2%, asam aspartat (D) 2,9%, Sistein (C) 0,2%, glutamin (Q) 2,2%, asam glutamat (E) 2,6%, glisin (G) 8,6%, histidin (H) 2,2%, isoleusin (I) 11%, leusin (L) 13,9%, lisin (K) 3,1%, metionin (M) 4,8%, fenilalanin (F) 7,9%, prolin (P) 4,6%, serin (S) 8,4%, treonin (T) 5%, triptofan (W) 1,7%, tirosin (Y) 4,8%, dan valin (V) 4,6%.
27 3.3.5. ATP synthase subunit beta, chloroplastic The Chloroplast ATP synthase (CF1CF0) merupakan protein mitokondria yang berfungsi untuk mengkatalis fosforilasi dari ADP (Adenosin difosfat) menjadi ATP (Adenosin trifosfat) dengan menggunakan gradient proton. ATP synthase secara biokimia dapat dipisahkan menjadi 2 bagian yaitu CF0 (Chloroplast 0) dan CF1 (Chloroplast 1). CF0 merupakan protein yang terintegrasi dalam membran kompleks yang berfungsi untuk mentranslokasi proton, dan CF1 merupakan bagian katalitik dari kompleks CF1CF0 (Cruz et al, 1995). Dalam penelitian ini diperoleh protein Chloroplast ATP synthase pada subunit beta (ß). ATP synthase subunit beta merupakan bagian dari CF1. Menurut penelitian dari Cruz et al (1995) CF1 terdiri dari 5 jenis subunit berbeda yang dilambangkan dengan α, β, γ, δ, dan ε (diurutkan berdasarkan berat molekul terkecil). Pada saat diterangi cahaya, CF1 memiliki kinerja yang tinggi dalam mensintesis ATP. Sementara jika saat kurang cahaya, enzim tidak mampu mengkatalis hidrolisis ATP. Sekuens asam amino dari ATP synthase subunit beta, chloroplastic berjumlah 498. Asam amino yang terkait dengan protein ini adalah alanin (A) 8,4%, arginin (R) 5,2%, aspargin (N) 4,2%, asam aspartat (D) 5,2%, Sistein (C) 0,2%, glutamin (Q) 4,2%, asam glutamat (E) 6,2%, glisin (G) 9,8%, histidin (H) 0,8%, isoleusin (I) 6,2%, leusin (L) 9,8%, lisin (K) 4%, metionin (M) 3,2%, fenilalanin (F) 3,6%, prolin (P) 5,2%, serin (S) 5,4%, treonin (T) 7%, tirosin (Y) 2,4%, dan valin (V) 8,6%. Dysferlin merupakan protein transmembrane yang sangat banyak diekskresikan pada otot lurik dan pada jaringan lain termasuk monosit, sinsitiotrofoblas, endotelium, otak, pankreas, dan ginjal. Dysferlin ditemukan secara intraselular pada vesikula dan pada membran plasma. Dalam metabolismenya, protein Dysferlin akan bekerjasama dengan ATP synthase subunit beta (ATP5b) untuk memungkinkan terbentuknya vesikula dengan kandungan ATP untuk berpartisipasi dalam proses perbaikan membran otot rangka. Hasil penelitian didukung dengan fungsi dari ATP5b itu sendiri yaitu untuk mempertahankan ATP (Adenosin trifosfat) dan ADP (Adenosin difosfat) ekstraseluler dan sebagai reseptor membrane untuk HDL (high-density lipoprotein). Dysferlin terlibat dalam sinyal ATP dan ADP ekstraselular pada ATP synthase subunit beta (ATP5b). Mekanisme perbaikan membran otot rangka adalah dengan cara menambal membran yang rusak, dan merombak sitoskeleton yang rusak tersebut secara proteolitik oleh calpains (Moree et al, 2010).
28 3.3.6. DNA-directed RNA polymerase subunit DNA-directed RNA polymerase (DNA-dependent RNA polymerase) merupakan polimer yang terdapat pada semua sel eukariotik pada organisme. Polimer ini memiliki peranan penting dalam semua siklus transkripsi (1-5). Bakteri, archaeal, dan sel eukariotik memiliki struktur DNA-directed RNA polymerase yang besar dan memiliki banyak subunit enzim. Bakteri ini memilik 5 subunit yaitu β, β, α 1, α II, dan ὠ dan memiliki massa molekul 0.35 MDa. Subunit β merupakan subunit yang terbesar dan berperan dalam katalisis pada archaeal dan pada eukariotik. Sementara subunit β yang merupakan subunit terbesar kedua juga memiliki fungsi yang sama yaitu dalam katalisis. Sementara subunit α 1, α II yang merupakan subunit yang sama namun berbeda dalam interaksi (α 1 pada subunit β dan α II pada subunit β) memiliki fungsi dalam regulasi dari transkripsi. Dan untuk subunit ὠ masih dalam tahap penelitian (Minakhin et al, 2001). Sekuens asam amino dari DNA-directed RNA polymerase berjumlah 545. Asam amino yang terkait dengan protein ini adalah alanin (A) 5%, arginin (R) 9%, aspargin (N) 4,4%, asam aspartat (D) 5%, Sistein (C) 1,8%, glutamin (Q) 3,3%, asam glutamat (E) 7,2%, glisin (G) 5,9%, histidin (H) 2,4%, isoleusin (I) 9,4%, leusin (L) 11,7%, lisin (K) 4,8%, metionin (M) 1,8%, fenilalanin (F) 3,3%, prolin (P) 5,3%, serin (S) 5%, treonin (T) 4%, triptofan (W) 1,5%, tirosin (Y) 4,4% dan valin (V) 4,8%. 3.3.7. NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic Sekuens asam amino dari NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic berjumlah 742. Asam-asam amino tersebut adalah alanin (A) 5,3%, arginin (R) 2,8%, aspargin (N) 5,1%, asam aspartat (D) 3%, Sistein (C) 1,1%, glutamin (Q) 2,3%, asam glutamat (E) 2%, glisin (G) 6,6%, histidin (H) 1,8%, isoleusin (I) 9,6%, leusin (L) 12,4%, lisin (K) 4,3%, metionin (M) 3,8%, fenilalanin (F) 9,2%, prolin (P) 3,9%, serin (S) 9,3%, treonin (T) 4,7%, triptofan (W) 2%, tirosin (Y) 5,1% dan valin (V) 5,8%. Protein ini merupakan protein yang dihasilkan oleh Smallanthus microcephalus dan terdeteksi juga sebagai protein pada Smallanthus sonchifolius. 3.3.8. DNA-directed RNA polymerase subunit beta DNA-directed RNA polymerase subunit beta merupakan enzim kompleks yang terdiri dari 5-15 subunit yang berperan dalam mengkatalisisis transkripsi gen dalam sel. 4 subunit dalam enzim ini (α, β, β, dan ὠ) pada bakteri akan membentuk inti struktural yang berperan dalam organisme selular (Valiunas, 2013). Sekuens asam amino dari DNA-directed RNA polymerase subunit beta berjumlah 824. Asam-asam amino tersebut adalah alanin (A) 5,8%, arginin (R)
29 7,9%, aspargin (N) 4,1%, asam aspartat (D) 4,5%, Sistein (C) 0,7%, glutamin (Q) 5,2%, asam glutamat (E) 6,4%, glisin (G) 8,4%, histidin (H) 2,4%, isoleusin (I) 7,4%, leusin (L) 10,6%, lisin (K) 5,3%, metionin (M) 2,3%, fenilalanin (F) 3,6%, prolin (P) 4,7%, serin (S) 5,9%, treonin (T) 4,5%, triptofan (W) 1%, tirosin (Y) 3,5% dan valin (V) 5,6%.