Indeks Keanekaragaman (H ) H = - [(ni/n) X ln (ni/n)] H : Indeks Diversitas Shannon Wiener ni : Jumlah individu dalam satu spesies N : Jumlah total individu spesies yang ditemukan Keanekaragaman mencakup 2 hal pokok yaitu variasi jumlah spesies dan jumlah individu tiap spesies pada suatu kawasan. Apabila jumlah spesies dan variasi jumlah individu tiap spesies relatif kecil berarti terjadi ketidakseimbangan ekosistem yang disebabkan akibat adanya gangguan atau tekanan. Menurut Soegianto (1994), suatu komunitas dikatakan mempunyai keanekaragaman jenis tinggi jika komunitas itu disusun oleh banyak jenis dengan kelimpahan jenis yang sama atau hampir sama. Sebaliknya jika komunitas itu disusun oleh sangat sedikit jenis dan jika hanya sedikit jenis yang dominan maka keanekaragaman jenisnya rendah. Keanekaragaman yang tinggi menunjukkan bahwa suatu komunitas memiliki kompleksitas tinggi karena dalam komunitas itu terjadi interaksi jenis yang tinggi pula. Sehingga dalam suatu komunitas yang mempunyai keanekaragaman jenis tinggi akan terjadi interaksi jenis yang melibatkan transfer energi (jaring-jaring makanan), predasi, kompetisi, dan pembagian relung yang secara teoritis lebih kompleks.
Stabilitas suatu komunitas berhubungan dengan jumlah dan tingkat kompleksitas jalur energi dan nutrisi (jaring-jaring makanan). Makin baik tingkat kompleksitas dari jaring-jaring makanan, maka komunitas makin stabil. Komunitas yang stabil memiliki keanekaragaman spesies yang tinggi.
Indeks keseragaman (E) Indeks keseragaman dapat dikatakan sebagai keseimbangan yaitu dengan menunjukan pola sebaran biota atau komposisi individu tiap spesies yang terdapat dalam suatu komunitas. Jika nilai indeks keseragaman relative tinggi maka keberadaan setiap jenis biota di perairan dalam kondisi sama (Ferianita, 2005). Hmaks = (ln S) E H` : Jumlah Spesies : Indeks Keseragaman : Indeks Keanekaragaman Dengan Kriteria : E ~ 0 : Terdapat dominasi spesies E ~ 1 : Jumlah individu tiap spesies sama
Indeks Dominasi Untuk mengetauhi ada tidaknya dominasi dari spesies tertentu. Untuk melihat dominansi makrozoobenthos pada setiap stasiun yang berbeda, C : Nilai indeks dominasi ni : Jumlah individu dalam satu spesies N : Jumlah total individu spesies yang ditemukan Odum (1993) menyatakan bahwa kriteria dominansi sebagai berikut: Jika nilai C mendekati 0 (< 0.5), maka tidak ada spesies yang mendominasi. Jika nilai C mendekati 1 ( 0.5), maka ada spesies yang mendominasi.
Indeks Morisita Horn Menurut Magurran, (1987), Untuk mengetahui kesamaan komunitas makrozoobenthos di habitat stasiun satu (rumah susun), stasiun dua (debit air) dan stasiun tiga (pemukiman) digunakan analisis kesamaan komunitas menggunakan Morisita Horn : C MH = 2 (ani x bni) / (da + db)an x bn C MH : Koefisien Morisita Horn ani : Jumlah total individu pada tiap-tiap spesies di komunitas a bni : Jumlah total individu pada tiap-tiap spesies di komunitas b an : Jumlah individu di komunitas a bn : Jumlah individu di komunitas b da : ani 2 / an 2 dan db = bni 2 / bn 2 Dengan Kriteria sebagai berikut : Id = 0 : Kesamaan Komunitas rendah Id = 1 : Kesamaan Komunitas tinggi / sama
3. Pengambilan sedimen Sedimen Ambil sampel sedimen dengan menggunakan bottom grab. Masukkan sampel sediman ± 0.2kg ke dalam kantong plastik berlebel masing masing stasiun. Masukan ke dalam oven dengan suhu 80 0 C ± 3 4 hari lalu timbang (Berat Awal). Saring sedimen dengan menggunakan saringan bertingkat dengan ukuran 2 mm (gravel) dan 0.063 mm (sand) dengan menggunakan wadah (bak). Pisahkan hasil masing masing sedimen dengan ukurannya, beserta sedimen yang mengendap di dalam bak (silt) lalu oven dengan suhu 80 0 C ± 3 4 hari lalu timbang [(Berat kedua) = (gravel+sand+silt) = (total)]. untuk mendapatkan berat clay = berat awal total. Cocok kan dengan menggunakan segita seppard. Hasil