ANALISIS POLA PITA ANDALIMAN (Zanthoxylum acanthopodium D.C) BERDASARKAN PRIMER OPC-07, OPD-03, OPD-20, OPM-20, OPN-09 SKRIPSI Oleh: ANN SINAGA 110301242/PEMULIAAN TANAMAN PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITASS SUMATERA UTARA 2016
ANALISIS POLA PITA ANDALIMAN (Zanthoxylum acanthopodium D.C) BERDASARKAN PRIMER OPC-07, OPD-03, OPD-20, OPM-20, OPN-09 SKRIPSI Oleh: ANN SINAGA 110301242/PEMULIAAN TANAMAN Skripsi Sebagai Salah Satu Syarat Melaksanakan Penelitian Untuk Mendapatkan Gelar Sarjana Pertanian Di Fakultas Pertanian, Medan PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITASS SUMATERA UTARA 2016
Judul Penelitian :Analisis Pola Pita Andaliman (Zanthoxylum Acanthopodium D.C) Berdasarkan Primer OPC-07, OPD-03, OPD-20, OPM-20, OPN-09 Nama : Ann Sinaga NIM : 110301242 Program Studi : Agroekoteknologi Minat Studi : Pemuliaan Tanaman Disetujui oleh : Komisi Pembimbing (Dr. Ir. Lollie Agustina P.Putri, MSi) Ketua (Ir. Mbue Kata Bangun, MP) Anggota
KATA PENGANTAR Puji dan syukur penulis ucapkan kepada Tuhan Yang Maha Kuasa atas berkat rahmatnya sehingga penulis dapat menyelesaikan Skripsi yang berjudul Analisis Pola Pita Andaliman (Zanthoxylum Acanthopodium) Berdasarkan Primer OPC-07, OPD-03, OPD-20, OPM-20, OPN-09 yang merupakan salah satu syarat untuk dapat melaksanakan penelitian di Program Studi Agroekoteknologi Pemuliaan Tanaman Fakultas Pertanian Universitas Sumatera Utara, Medan. Pada kesempatan ini penulis mengucapkan terimakasih yang tak terhingga kepada kedua orangtua yang telah mendidik dan mengasuh penulis. Terimakassih kepada Ibu Dr. Ir. Lollie Agustina P. Putri, Msi selaku ketua komisi pembimbing dan kepada Bapak Ir. Mbue Kata Bangun, MP selaku anggota komisi pembimbing yang telah banyak membimbing penulis sehingga dapat menyelesaikan usulan penelitian ini. Penulis menyadari bahwa skripsi ini masih jauh dari sempurna. Oleh karena itu penulis mengharapkan kritik dan saran dari para pembaca yang bersifat membangun untuk kesempurnaan pada masa yang akan datang. Akhir kata penulis mengucapkan terimakasih, semoga skripsi ini bermanfaat bagi pihak yang membutuhkan. Medan, Januari 2016 Penulis
ABSTRAK Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pola pita andaliman Sumatera Utara berdasarkan primer OPC 07, OPD 03, OPD 20, OPM 20, OPN 09. Menggunakan stok DNA dari 30 aksesi andaliman yang berasal dari tiga kabupaten di Sumatera Utara yaitu Dairi, Tanah Karo dan Simalungun. Kelima primer yang digunakan menghasilkan 20 pita yang 78.34% adalah pita polimorfik dan selebihnya adalah pita monomorfik. Koefisien keragaman genetic dan dendogram filogenetik diperoleh menggunakan software Darwin 6.01 yang menunjukkan bahwa 30 aksesi andaliman tersebut terbagi dalam tiga kelompok. Pengelompokan aksesi andaliman tidak berdasarkan daerah dan ketinggian tempatnya. Penelitian ini menunjukkan 30 aksesi andaliman dari tiga kabupaten di Sumatera Utara memiliki keragaman genetic yang tinggi Kata Kunci : Andaliman, Keragaman genetic, random amplified polymorphic DNA
ABSTARCT The aim of the research was to analyze North Sumatera Andaliman s DNA bands based on primer OPC 07, OPD 03, OPD 20, OPM 20, OPN 09. Using DNA stock from 30 accessions Andaliman from 3 region in North Sumatera, i.e.: Dairi, Karo and Simalungun. These five primer showed 20 bands which 78.34% were polymorphic. Genetic diversity coefficient and filogenetic dendogram were obtained using the Darwin 6.0.1 software which showed result that 30 accessions of Andaliman were clustered in three groups. Each group consisted of the regions from different altitudes. The research showed that 30 accession of Andaliman from three region in North Sumatera have a high genetic diversity. Key word : Andaliman, Genetic diversity, random amplified polymorphic DNA
DAFTAR ISI KATA PENGANTAR... i ABSTRAK... ii ABSTRACT... iii DAFTAR ISI... iv DAFTAR TABEL... v DAFTAR GAMBAR... vi BAB I. PENDAHULUAN 1.1. Latar Belakang... 1 1.2. Tujuan Penelitian... 4 1.3. Kegunaan Penulisan... 4 BAB II. TINJAUAN PUSTAKA 2.1. Botani Tanaman... 5 2.2. Syarat Tumbuh... 7 2.3. Keragaman Genetik... 7 2.4. PCR... 9 2.5. RAPD... 11 BAB III. METODE PENELITIAN 3.1. Tempat dan Waktu Penelitian... 13 3.2. BAhan dan Alat... 13 3.3. Metode Penelitian... 13 3.4. Pelaksanaan Penelitian... 14 3.4.1. Pengambilan Sampel Daun... 14 3.4.2. Isolasi DNA... 14 3.4.3. Uji Kuantitas DNA... 15 3.4.4. Amplifikasi dan Genotyping... 17
3.4.5. Elektroforesis... 18 3.5. Analisis Data BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Isolasi DNA... 20 4.2. Uji Kuantitas DNA... 20 4.3. Amplifikasi dan Genotyping... 23 4.4. Analisis Filogenetik Hasil Amplifikasi DNA... 30 BAB V. KESIMPULAN DAN SARAN 5.1. Kesimpulan... 35 5.2. Saran... 35 DAFTAR PUSTAKA LAMPIRAN
DAFTAR TABEL Tabel 1. Siklus, Proses, Suhu dan Waktu Amplifikasi DNA... 18 Tabel 2. Hasil Uji Kuantitatif 30 Aksesi DNA Andaliman... 20 Tabel 3. Persentase Polimorfis Pada Lima Primer... 22 Tabel 4. Urutan BAsa Lima Primer dan Aksesi yang Tidak Teramplifikasi... 23 Tabel 5. Ukuran Pita Kelima Primer... 25
DAFTAR GAMBAR Gambar 1. Tanaman Andaliman... Gambar 2. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Andaliman dengan Primer OPD 03... 25 Gambar 3. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Andaliman dengan Primer OPC 07... 26 Gambar 4. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Andaliman dengan Primer OPD 20... 26 Gambar 5. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Andaliman dengan Primer OPM 20... 27 Gambar 6. Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Andaliman dengan Primer OPN 09... 28 Gambar 7. Analisis factorial principal coordinates analysis (PCoA) aksis 1 dan Aksis 2 yang dianalisis berdasarkan matrix dissimilarity simple matching... 30 Gambar 8. Pohon filogenetik 15 aksesi andaliman yang dianalisis berdasarkan matrix dissimilarity simple matching... 31 Gambar 9. Profil Radial Neighbour Joining Tree 15 aksesi andaliman yang dianalisis berdasarkan matrix dissimilarity simple matching... 33