IDENTIFIKASI RAGAM ALEL PADA TIGA LOKUS DNA MIKROSATELIT AUTOSOM MASYARAKAT SOROH PANDE DI KABUPATEN GIANYAR UNTUK KEPENTINGAN FORENSIK Skripsi Sebagai tugas akhir untuk memenuhi syarat mencapai derajat Sarjana S-1 Program Studi Biologi FMIPA Universitas Udayana Oleh Gusti Ayu Putri Arnila 1208305010 PROGRAM STUDI BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS UDAYANA BALI 2016 i
SKRIPSI IDENTIFIKASI RAGAM ALEL PADA TIGA LOKUS DNA MIKROSATELIT AUTOSOM MASYARAKAT SOROH PANDE DI KABUPATEN GIANYAR UNTUK KEPENTINGAN FORENSIK Oleh Gusti Ayu Putri Arnila 1208305010 Telah dipertahankan di depan Tim Penguji dan telah dinyatakan lulus pada tanggal 13 April 2016 Menyetujui Pembimbing I Pembimbing II Prof. Dr. Drs. I Ketut Junitha, M.S Ir. Made Pharmawati. MSc. PhD. NIP. 19570628 198403 1 003 NIP. 196807071 199303 2 001 Mengesahkan Ketua Program Studi Biologi FMIPA Universitas Udayana Dwi Ariani Yulihastuti, S.Si, M.Si NIP. 197307111998022002 ii
KATA PENGANTAR Puji syukur penulis panjatkan ke hadapan Tuhan Yang Maha Esa karena atas berkat dan rahmat-nya skripsi yang berjudul Identifikasi Ragam Alel Pada Tiga Lokus DNA Mikrosatelit Autosom Masyarakat Soroh Pande Di Kabupaten Gianyar Untuk Kepentingan Forensik dapat diselesaikan pada waktunya. Dalam kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih kepada semua pihak yang telah mendukung dan membantu dalam penyusunan skripsi ini, diantaranya: 1. Yth. Prof. Dr. Drs. I Ketut Junitha, MS dan Ibu Ir. Made Pharmawati, MSc. PhD. selaku dosen pembimbing I dan pembimbing II dengan sabar memberikan bimbingan, dukungan, saran dan bantuan selama pelaksanaan kegiatan penyusunan usulan penelitian ini. 2. Yth. Ibu Dra. Ni Nyoman Wirasiti, M.Repro, Ibu Dra. Inna Narayani, M.Sc dan Ibu Dr. Dra. Ngurah Intan Wiratmini, M.Sc selaku dosen penguji I, penguji II dan penguji III yang telah memberikan kritik, saran, petunjuk serta koreksi yang dilakukan selama penyusunan usulan penelitian ini. 3. Yth. Ibu Dr. Dra. Ngurah Intan Wiratmini, M.Sc sebagai dosen Pembimbing Akademik yang telah memberikan bimbingan, saran, dan dukungan selama penyusunan usulan penelitian. 4. Seluruh Dosen dan staf pegawai atas bimbingan dan kemudahan selama penulis menempuh kuliah, melaksanakan penelitian dan penyusunan skripsi. 5. Keluarga tercinta Ajik (I Gusti Ketut Ariana), Ibuk (Gusti Ketut Nilawati) dan Iwah (I Gusti Ngurah Yogi Merthayana) yang telah memberikan dukungan material dan spiritual, kasih sayang serta semangat kepada penulis. iii
6. Sahabat tersayang Ida Ayu Manik Damayanti S.Si, Eka Budi Mursafitri S.si, Ruth Ellisa Christiani, Desi Damayanti, Ni Kadek Wiwik Sinta Dewi, Dewi Yuliani, I Gusti Ayu Daivisvetha Rnaya, I Gusti Putu Ayunda Pratiska dan Rahayu Rhevy, kepada I Wayan Arya Mahardika yang telah membantu saat penelitian serta seluruh teman-teman Jurusan Biologi dan berbagai pihak yang tidak dapat penulis sebutkan satu per satu yang telah membantu dalam penelitian, memberikan doa dan semangat kepada penulis. Besar harapan penulis skripsi ini dapat menambah pengetahuan dan bermanfaat bagi pembaca. Gianyar, Maret 2016 Penulis iv
INTISARI Identifikasi Ragam Alel Pada Tiga Lokus DNA Mikrosatelit Autosom Masyarakat Soroh Pande di Kabupaten Gianyar untuk Kepentingan Forensik Perkembangan ilmu forensik berkaitan erat dengan penggunaan analisa DNA mikrosatelit sebagai salah satu sarana yang paling akurat untuk mengungkap identitas seseorang. Penelitian ini dilaksanakan untuk mengetahui ragam alel yang tersebar pada masyarakat soroh Pande di Kabupaten Gianyar dengan menggunakan tiga lokus DNA mikrosatelit autosom yaitu D2S1338, D13S317 dan D16S539. Berdasarkan hasil analisa ditemukan 23 ragam alel dengan rata-rata 7,3 per lokus. Rata-rata nilai heterozigositas dari tiga lokus yang digunakan adalah 0,817 ± 0,029 menunjukkan bahwa secara genetik masyarakat soroh Pande sangat bervariasi. Rata-rata nilai Power of Discrimination adalah 0,893. Tingginya nilai Power of Discrimination menunjukkan bahwa ketiga lokus ini baik digunakan untuk membedakan antar individu pada kepentingan forensik. Pengelompokan masyarakat soroh Pande pada dendogram tidak berkaitan dengan Pura Kawitan maupun lokasi tempat tinggal. Kata Kunci : Soroh Pande, DNA Mikrosatelit, Heterozigositas, Power of Discrimination v
ABSTRAK Identification of Allele Diversity in Three Autosomal Microsatellites DNA Loci of Pande Clan in Gianyar Regency for Forensic Studies. The development of forensic science is closely related to the use of microsatellite DNA analysis as one of the most accurate means to reveal the person's identity. This study was conducted to determine the range of alleles distribution in society of soroh Pande in Gianyar. Three autosomal microsatellite DNA loci were used which were D2S1338, D13S317 and D16S539. Based on the analysis there were 23 varieties of allele found with an average of 7,3 allele per locus. The average level of heterozygosity from three loci used was 0,817 ± 0,029 indicates that soroh Pande genetically very varied community. The average value of the Power of Discrimination was 0,893. The high value of the Power of Discrimination showed that the three loci were best used to distinguish between individuals in forensic studies. The groupings of soroh Pande on dendogram were not associated with Kawitan Temple or place of residence. Keyword : Soroh Pande, Microsatellite DNA, Heterozygosity, Power of Discrimination vi
DAFTAR ISI Judul Halaman HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... ii KATA PENGANTAR... iii INTISARI... v ABSTRAK... vi DAFTAR ISI... vi DAFTAR TABEL... viii DAFTAR GAMBAR... ix DAFTAR LAMPIRAN... x I. PENDAHULUAN 1.1. Latar Belakang... 1 1.2. Rumusan Masalah... 4 1.3. Tujuan Penelitian... 4 1.4. Manfaat Penelitian... 4 II. TINJAUAN PUSTAKA 2.1. Forensik... 5 2.2. Soroh Pande... 6 2.3. Deoxyribonucleic acid (DNA)... 7 2.4. Penanda DNA Mikrosatelit... 8 2.5. Ekstraksi DNA... 9 2.6. Polymerase Chain Reaction (PCR)... 10 2.7. Elektroforesis... 11 III. METODE PENELITIAN 3.1. Metode Pengumpulan Data... 13 3.1.1. Waktu dan tempat penelitian... 13 3.1.2. Teknik pengambilan sampel... 13 3.1.3. Variabel penelitian... 13 3.1.4. Tahapan Analisa DNA... 14 3.1.4.1. Ekstraksi DNA... 14 vii
3.1.4.2. Polymerase Chain Reaction (PCR)... 14 3.1.4.3. Elektroforesis DNA hasil PCR... 15 3.1.4.4. Visualisasi DNA hasil PCR... 16 3.2. Metode Pengolahan Data... 17 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Hasil... 18 4.2. Pembahasan... 25 V. KESIMPULAN DAN SARAN 5.1. Kesimpulan... 31 5.2. Saran... 31 DAFTAR PUSTAKA... 32 LAMPIRAN... 37 viii
DAFTAR TABEL Halaman Tabel 1. Primer yang Digunakan untuk Analisa Mikrosatelit... 15 Tabel 2. Sampel yang Berhasil Teramplifikasi dan Tidak Teramplifikasi pada Masing-masing Lokus... 18 Tabel 3. Frekuensi Alel Masyarakat Soroh Pande di Kabupaten Gianyar... 23 Tabel 4. Nilai Heterozigositas dan Power of Discrimination... 23 Tabel 5. Sampel yang Di-re-PCR Pada Masing-masing Lokus... 43 ix
DAFTAR GAMBAR Halaman Gambar 1. Patirtan Perapen masyarakat soroh Pande... 3 Gambar 2. Hasil visualisasi DNA... 19 Gambar 3. Hasil visualisasi amplikon pada lokus D2S1338... 20 Gambar 4. Hasil visualisasi amplikon pada lokus D13S317... 21 Gambar 5. Hasil visualisasi amplikon pada lokus D16S539... 22 Gambar 6. Dendogram 28 sampel masyarakat soroh Pande hasil analisa kelompok berdasarkan panjang alel dengan metode UPGMA... 25 Gambar 7. Semilog Plot Hutchinson... 37 Gambar 8. Pengambilan sampel masyarakat soroh Pande... 41 Gambar 9. Pura Kawitan masyarakat soroh Pande... 42 Gambar 10. Jarak genetik masing-masing individu... 44 x
DAFTAR LAMPIRAN Halaman Lampiran 1. Semi-log plot Hutchinson... 37 Lampiran 2. Lembar Biodata Probandus... 38 Lampiran 3. Lembar Informed Consent... 40 Lampiran 4. Kegiatan Pengambilan Sampel... 41 Lampiran 5. Analisa Data... 43 xi