Kloning Gen Penyandi Antigen HBsAg100 dalam Rangka Produksi Protein Rekombinan Sebagai Model Imunogen untuk Menghasilkan Antibodi

dokumen-dokumen yang mirip
KLONING GEN SR100 DALAM RANGKA PRODUKSI PROTEIN REKOMBINAN SEBAGAI MODEL IMUNOGEN UNTUK MENGHASILKAN ANTIBODI

PENDAHULUAN Latar Belakang

BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN

BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN. Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan

ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI

ABSTRAK. OPTIMASI AMPLIFIKASI DAN KLONING GEN Chaperonin 60.1 PADA Mycobacterium tuberculosis

BIOSINTESIS ANTIGEN PERMUKAAN HBsAg100 PADA E. COLI DALAM RANGKA PRODUKSI PROTEIN REKOMBINAN SEBAGAI MODEL IMUNOGEN UNTUK MENGHASILKAN ANTIBODI

ABSTRAK. ISOLASI, OPTIMASI AMPLIFIKASI DAN KLONING GEN phoq PADA Salmonella typhi

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

TUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA

KLONING DAN OVEREKSPRESI GEN celd DARI Clostridium thermocellum ATCC DALAM pet-blue VECTOR 1

HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon

BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN

BAB III METODE PENELITIAN

RATNA ANNISA UTAMI

BAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian yang dilakukan termasuk dalam penelitian dasar yang. dilakukan dengan metode deskriptif (Nazir, 1998).

Kloning Domain KS dan Domain A ke dalam Sel E. coli DH5α. Analisis Bioinformatika. HASIL Penapisan Bakteri Penghasil Senyawa Antibakteri

HASIL DAN PEMBAHASAN

Biosynthesis of Hepatitis B Surface Antigen HBsAg100 In Escherichia coli for Recombinant Protein Production as an Immunogen Model to Generate Antibody

GENETIKA DASAR Rekayasa Genetika Tanaman. Definisi. Definisi. Definisi. Rekayasa Genetika atau Teknik DNA Rekombinan atau Manipulasi genetik

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE,

YOHANES NOVI KURNIAWAN KONSTRUKSI DAERAH PENGKODE INTERFERON ALFA-2B (IFNα2B) DAN KLONINGNYA PADA Escherichia coli JM109

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. SINTESIS DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN tat HIV-1 MELALUI

HASIL DAN PEMBAHASAN 1. Konstruksi vektor over-ekspresi gen OsWRKY 1.1 Amplifikasi dan purifikasi fragmen gen OsWRKY76

REKAYASA GENETIKA. By: Ace Baehaki, S.Pi, M.Si

Pengertian TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN. Cloning DNA. Proses rekayasa genetik pada prokariot. Pemuliaan tanaman konvensional: TeknologiDNA rekombinan:

Pembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri. Isolasi DNA kromosom bakteri. Kloning DNA

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Sintesis fragmen gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur

Rekombinasi Gen Penyandi -xilosidase asal Geobacillus Thermoleovorans IT-08 dalam Plasmid Phis1525

REKAYASA GENETIKA. Genetika. Rekayasa. Sukarti Moeljopawiro. Laboratorium Biokimia Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada

BIO306. Prinsip Bioteknologi

HASIL DAN PEMBAHASAN bp bp bp

BIO306. Prinsip Bioteknologi

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan

URAIAN MATERI 1. Pengertian dan prinsip kloning DNA Dalam genom sel eukariotik, gen hanya menempati sebagian kecil DNA kromosom, selain itu merupakan

IMUNOGENISITAS PROTEIN REKOMBINAN HBsAg100-GST DALAM MEMICU SEL IMUN UNTUK MENGHASILKAN ANTIBODI PADA MENCIT

BAB XII. REAKSI POLIMERISASI BERANTAI

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4

TINJAUAN PUSTAKA Virus Hepatitis B dan Antigen Permukaan

KLONING. dari kata clone yang diturunkan dari bahasa Yunani klon, artinya potongan yang digunakan untuk memperbanyak tanaman.

SINTESIS DAN PENGKLONAAN FRAGMEN GEN tat (TRANSAKTIVATOR) HIV-1 KE DALAM VEKTOR EKSPRESI PROKARIOT pqe-80l EKAWATI BETTY PRATIWI

Di dalam bab ini akan dibicarakan pengertian teknologi DNA rekombinan. beserta tahapan-tahapan kloning gen, yang secara garis besar meliputi

BAB I PENDAHULUAN. A. Latar Belakang. terinfeksi Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis). Penyakit ini

RNA (Ribonucleic acid)

BAB I PENDAHULUAN. A. Latar Belakang Masalah. bakteri Micobacterium tuberculosis (M. tuberculosis). Tuberkulosis disebarkan

BAB IX. DASAR-DASAR TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN

Gambar 1. Struktur organisasi promoter pada organisme prokariot [Sumber: University of Miami 2008: 1.]

BAHAN DAN METODE. Produksi Protein Rekombinan Hormon Pertumbuhan (rgh)

REKAYASA GENETIKA ( VEKTOR PLASMID )

KONSTRUKSI DNA REKOMBINAN pcambia STILBENA SINTASE PENCEGAH BUSUK AKAR KELAPA SAWIT EMBI LILIS

HASIL DAN PEMBAHASAN

AMPLIFIKASI IN VITRO DAN IN VIVO FRAGMEN 0,4 KB D-LOOP mtdna SAMPEL FORENSIK

HASIL DAN PEMBAHASAN

Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria

III. METODE PENELITIAN

MATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth

AMPLIFIKASI IN VITRO DAN IN VIVO FRAGMEN 0,4 KB D-LOOP mtdna SAMPEL FORENSIK

Kajian Ekspresi Gen a-amilase untuk Mendapatkan Isolat Bakteri Rekombinan Pembawa Gen a-amilase

BAB 3 PERCOBAAN 3.1 Bahan 3.2 Alat

HASIL DAN PEMBAHASAN. divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita

Kloning Gen pcbc dari Penicillium chrysogenum ke dalam Plasmid ppicza untuk Pengembangan Produksi Penisilin G

VII. UJI EKSPRESI GEN TcAP1 (APETALA1 KAKAO) PADA TANAMAN MODEL. Abstrak

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. AMPLIFIKASI DAN PURIFIKASI GEN NS1 VIRUS DENGUE. Proses amplifikasi gen NS1 virus dengue merupakan tahap awal

Teknik-teknik Dasar Bioteknologi

DAFTAR ISI Halaman HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... KATA PENGANTAR... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN...

BAHAN DAN METODE. ditranskipsi dan produk translasi yang dikode oleh gen (Nasution 1999).

Saintek Vol 5, No 6, Tahun 2010 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Zuhriana K.Yusuf

Identifikasi Gen Abnormal Oleh : Nella ( )

Pengertian TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN. Cloning DNA. Proses rekayasa genetik pada prokariot. Pemuliaan tanaman konvensional: TeknologiDNA rekombinan:

4 Hasil dan Pembahasan

STUDI HOMOLOGI DAERAH TERMINAL-C HASIL TRANSLASI INSCRIPTO BEBERAPA GEN DNA POLIMERASE I

ABSTRAK. Analisis Mutasi Gen Pengekspresi Domain B dan C DNA Polimerase HBV Dari Pasien Yang Terinfeksi Dengan Titer Rendah.

LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi

BAB 3 PERCOBAAN. Alat elektroforesis agarosa (Biorad), autoklaf, cawan Petri, GeneAid High Speed Plasmid

Kasus Penderita Diabetes

BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

OPTIMASI KONSTRUKSI ANTIGEN MTB72F UNTUK MENGHASILKAN KANDIDAT VAKSIN TUBERCULOSIS

APLIKASI BIOTEKNOLOGI DALAM BIDANG FARMASI APLIKASI BIOTEKNOLOGI DALAM BIDANG FARMASI

METODOLOGI PENELITIAN. Tempat dan Waktu Penelitian. Bahan dan Alat Penelitian

Bab IV Hasil dan Pembahasan

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

DAFTAR ISI DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN...

BAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel

BAB I PENDAHULUAN. Mycobacterium tuberculosis adalah bakteri patogen penyebab tuberkulosis.

BAHAN DAN METODE. 1. Waktu dan Tempat penelitian

BAB III METODE PENELITIAN. amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan teknik PCR;

Metode-metode dalam biologi molekuler : isolasi DNA, PCR, kloning, dan ELISA


III. HASIL DAN PEMBAHASAN

Farmaka Vol. 14 No G145R VIRUS HEPATITIS B PADA ESCHERICHIA COLI JM109 ABSTRAK

4 HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN. Gambar 4. Hasil Amplifikasi Gen FSHR Alu-1pada gel agarose 1,5%.

LAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM)

BAB I PENDAHULUAN. A. Latar Belakang. masalah kesehatan masyarakat yang utama di dunia. Mycobacterium tuberculosis,

BAB XIII. SEKUENSING DNA

III. BAHAN DAN METODE

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III BAHAN DAN CARA KERJA. Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and

Transkripsi:

Jurnal Peternakan Indonesia, Oktober 2011 Vol. 13 (3) ISSN 1907-1760 Kloning Gen Penyandi Antigen HBsAg100 dalam Rangka Produksi Protein Rekombinan Sebagai Model Imunogen untuk Menghasilkan Antibodi Gene Cloning Encoder HBsAg100 Antigen in Recombinant Protein Production Order for Models to Generate Antibody Immunogen S. Riyadi 1, R. RA Maheswari 2, M. Sudarwanto 3, Fransiska RZ 4, dan M. Ali 1 1 Laboratorium Mikrobiologi dan Bioteknologi Fakultas Peternakan UNRAM 2 Fakultas Peternakan IPB 3 Fakultas Kedokteran Hewan IPB 4 Fakultas Teknologi Pertanian IPB e-mail: riyadi_unram@yahoo.com (Diterima: 14 Februari 2011; Disetujui: 21 September 2011) ABSTRACT Since one decade ago, a new paradigm of vaccine design is emerging. Instead of attenuated virulent microorganisms or killed virulent microorganisms, effective subunit vaccines were developed using recombinant DNA technology. By using the technology, selected genes of the virulent microorganisms can be cloned, expressed, and evaluated as vaccine components. In this research, hydrophilic domain of S protein (aa 100-164)-encoding gene of hepatitis B surface antigen was cloned for vaccine candidate production. The gene was ligated with pgex-4t-2 vector and sequenced. Sequences aligment of the amplified fragment with genome of hepatitis B virus indicated that the sequences were identical. A major result achieved from this research was clones carrying S antigens-encoding gene that could be used further for production of recombinant hepatitis B vaccine candidates. Keywords: antibodi, PCR, pgex, hepatitis B, vaksin PENDAHULUAN Teknologi kloning merupakan terobosan baru di bidang rekayasa genetika. Menurut Winarno dan Agustinah (2007), kloning adalah pengembangbiakan suatu mahluk hidup yang persis sama dengan induknya tanpa melalui pembuahan, seperti stek pada tanaman, tetapi kloning melalui rekayasa genetika jauh lebih rumit. Muladno (2002) menjelaskan, bahwa pada prinsipnya kloning DNA adalah proses penggandaan jumlah DNA rekombinan melalui proses perkembangbiakan sel bakteri (biasanya E. coli). Proses penggandaan tersebut dilakukan dengan memasukkan DNA rekombinan ke dalam E.coli, diikuti dengan inkubasi sel E.coli pada suhu optimal sehingga sel berkembangbiak secara eksponensial. Selanjutnya dijelaskan pula, bahwa menggandakan jumlah molekul DNA tidak hanya dapat dilakukan dengan memanfaatkan mekanisme kehidupan mikroorganisma, tetapi dapat juga dilakukan melalui teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Perkembangan teknologi molekuler (seperti kloning) yang sangat pesat telah membuka era baru dalam menghasilkan berbagai jenis vaksin maupun obat yang dibutuhkan oleh hewan maupun manusia. Penggunaan teknologi tersebut telah memudahkan dihasilkannya berbagai sub unit vaksin yang jauh lebih efektif jika dibandingkan dengan vaksin yang dihasilkan dengan teknologi konvensional menggunakan mikroorganisme virulen yang dilemahkan ataupun telah dibunuh. Indonesia merupakan daerah endemis sedang sampai tinggi untuk penyakit Kloning Gen Penyandi Antigen HBsAg100 (S. Riyadi et al.) 241

hepatitis B,oleh karena itu, pada tahun 1987, WHO menetapkan Pulau Lombok sebagai model imunisasi masal hepatitis B pertama di dunia. Hasil proyek tersebut menunjukkan penggunaan vaksin konvensional mampu menurunkan prevalensi hepatitis B hanya sampai 70% (Mulyanto et al., 2002). Hasil imunisasi tersebutdinyatakan belum optimal, hal ini antara lain disebabkan karena vaksin konvensional yang digunakan (Korean Green Cross) berasal dari plasma darah orang asing sehingga tidak mampu menstimulasi munculnya tanggap kebal (antibodi) spesifik yang mampu melawan virus hepatitis B yang terdapat di Indonesia (Joung et al., 2004). Berdasarkan permasalahan tersebut, pada penelitian ini dilakukan rekayasa terhadap gen penyandi antigen permukaan hepatitis B untuk menghasilkan antigen HBsAgpada E. coli dengan menggunakan teknologi rekombinan. Kendala utama produksi antigen tersebut pada bakteri E. coli adalah tingkat ekspresinya sangat rendah (Maruyama et al., 2000). Rendahnya tingkat ekspresi tersebut disebabkan oleh bagian hidrofobik (Lu et al., 2002; Kumar et al., 2005). Oleh karena itu, pada penelitian ini bagian yang dikloning adalah bagian penyandi epitop yang bersifat hidrofilik (dari asam amino 100-164). Selain itu, gen penyandi antigen permukaan hepatitis B di atas akan digabung (fusi) dengan gen penyandi enzim gluthation-s-transferase (GST) untuk meningkatkan ekspresi maupun solubilitas antigen yang sangat penting untuk aktivitas maupun proses purifikasi (Sheu et al., 1995; Vikis and Guan, 2000; Koschoreck et al., 2005). Gen penyandi antigen permukaan hepatitis B yang digunakan pada penelitian ini adalah gen yang diisolasi dari virus hepatitis B sub tipe adw sebagai subtype utama di Indonesia. Hal ini dimaksudkan untuk membuat kandidat vaksin galur lokal yang mampu memberikan respon antibodi yang spesifik sesuai dengan genetik virus hepatitis B yang terdapat di Indonesia. Dihasilkannya kandidat vaksin hepatitis B rekombinan dengan teknologi rekayasa DNA menggunakan bakteri ini akan menggantikan metode produksi vaksin konvensional dari plasma yang memiliki kelemahan seperti rendahnya imunogenisitas, sumber plasma yang terus berkurang (karena jumlah penderita penyakit hepatitis B menurun sejalan dengan keberhasilan vaksinasi), serta kekhawatiran adanya kontaminasi penyakit lain pada serum donor. Karena gen penyandi antigen tersebut diisolasi dari virus hepatitis B yang terdapat di Indonesia, maka antigen ini diharapkan dapat menghasilkan kandidat vaksin rekombinan hepatitis B yang sesuai dengan genetik virus tersebut di Indonesia. METODE Untuk mengamplifikasi fragmen S (asam amino nomor 100-164) dari gen penyandi antigen permukaan virus hepatitis B, digunakan plasmid pget-hb (disediakan oleh Prof. Mulyanto, Laboratorum Hepatitis Mataram) yang membawa gen-gen permukaan virus hepatitis B sebagai cetakan. Untuk amplifikasi tersebut, digunakan primer HBVS.100(f) (5 -TATCAAGG- TATGTTGCCCGTTTG -3 ) dan HBV- ADWS (r) (5 -AAGCTTCATTACTCCC- ATAGGTATTTTGCGAAAG-3 ). Enzim DNA polimerase yang digunakan adalah enzim pyrobest (Takara Bioinc., Otsu, Japan). Fragmen tersebut kemudian diligasi dengan teknik Kloning TA menggunakan vektor pgex-4t-2 (Pharmacia). Plasmid rekombinan tersebut kemudian ditransformasi ke bakteri E. coli DH5α. Kultur bakteri dilakukan pada media Luria Bertani. Sedangkan isolasi plasmid untuk sekuensing digunakan Kit Nucleospin (Macherey, Nalgen). Amplifikasi gen penyandi HBsAg100 Campuran PCR yang digunakan adalah 0,1 unit enzim DNA polymerase pyrobest (Takara Bioinc., Otsu, Japan) dengan bufernya; 0,5 μm primer forward (f) dan reverse (r); 0,2 mm dntp; 1 ng/ml 242 Kloning Gen Penyandi Antigen HBsAg100 (S. Riyadi et al.)

plasmid pgemt-hb sebagai cetakan. Program PCR yang digunakan adalah denaturasi awal pada suhu 94 o C selama 5 menit ; siklus yang terdiri dari denaturasi pada 94 o C selama 30 detik, annealing pada suhu 54 o C selama 30 detik dan elongasi (ekstensi) pada suhu 72 o C selama 30 detik; diakhiri dengan 72 o C selama 5 menit dan 20 o C sampai sampel diangkat untuk dielektroforesis. Konstruksi plasmid rekombinan Hasil PCR kemudian dimurnikan dengan DNA Gel extraction kit dan diligasi dengan plasmid pgex-4t-2 (Pharmacia) yang telah dipotong dengan enzim Sma1. Campuran reaksi dari ligasi tersebut adalah produk PCR 2 μl, 25 ng/μl pgex-4t-2, 1 μl kit ligasi, dilanjutkan dengan inkubasi pada suhu 12 o C selama 18 jam. Setelah itu, transformasi dilakukan dengan E. coli DH5 untuk kemudian ditumbuhkan pada media LB yang mengandung ampicilin pada suhu 37 o C selama 14 jam. Koloni bakteri yang tumbuh diduga memiliki plasmid rekombinan. Untuk memastikan hal tersebut, akan dilakukan skrining koloni yang membawa plasmid tersebut dengan teknik PCR koloni. Transformasi, skrining dan sekuensing Skrining terhadap koloni E. coli DH5α yang membawa plasmid rekombinan dilakukan dengan PCR koloni dengan campuran reaksi sebagai berikut: 0,2 mm dntp; 0,5 U Ex Taq dan bufernya; 0,5 mm primer pgex-5 dan pgex-3, 1 μl sampel (koloni yang telah diencerkan dalam 20 μl air steril). Untuk keperluan lebih lanjut, dibuat replika dari koloni bakteri yang diskrining pada media LB yang mengandung ampicilin dan ditumbuhkan pada suhu 37 o C. Program PCR yang digunakan adalah 5 menit pada 94 o C, 25 siklus untuk suhu 94 o C selama 30 detik, 60 o C selama 30 detik dan 30 detik pada suhu 72 o C, diakhiri dengan 72 o C selama 5 menit dan 20 o C sampai sampel diangkat untuk dielektroforesis. Adanya pita DNA dari gambar hasil elektroforesis merupakan indikasi bahwa klon yang diamplifikasi mengandung plasmid rekombinan. Koloni yang mengandung plasmid rekombinan tersebut pada replika kemudian dikultur pada media LB pada suhu 37 o C selama 12 jam dengan goyangan untuk isolasi plasmid rekombinan. Isolasi plasmid dilakukan dengan teknik standar (Sambrook et al., 1989). Sekuensing dilakukan setelah amplifikasi dengan Kit Bigdye menurut prosedur Ali (2006) dengan menggunakan primer pgex-5. Sekuensing tersebut dimaksudkan untuk memastikan bahwa pada gen target tidak terdapat mutasi. HASIL DAN PEMBAHASAN Selubung virus hepatitis B (hepatitis B virus envelope) terdiri dari membran glikoprotein dimana terdapat 3 bagian protein permukaan yaitu antigen pre-s1 (119 asam amino), pre-s2 (55 asam aminio) dan S (226 asam amino) (Yamada et al., 2001; Jaoude and Sureau, 2005, Barrera et al., 2005). Beberapa ahli menggolongkan ketiga protein tersebut sebagai protein kecil (small), sedang (middle) dan besar (large). Antigen S telah digunakan secara luas sampai saat ini sebagai vaksin konvensional. Menurut Hu et al (2004), asam amino ke 139-147 pada bagian S merupakan epitop utama pada protein S tersebut. Sedangkan asam amino Pre-S1 dan Pre-S2 masih dikaji tingkat immunogenisitasnya melalui serangkaian diagnosa (Maruyama et al., 2000). Mengacu kepada Hu et al., (2004) yang menyatakan bahwa asam amino ke 139-147 pada protein bagian S merupakan epitop utama pada protein, maka pada penelitian ini dilakukan amplifikasi hanya dari asam amino ke-100 sampai 164. Adapun jumlah nukleotidanya mencapai 195 pasang basa, namun dengan penambahan adaptor yang sengaja dibuat menyebabkan total produk PCR target mencapai 206 pasang basa. Selain itu, bagian asam amino tersebut dipilih karena merupakan protein yang bersifat hidrophilik, sehingga dapat Kloning Gen Penyandi Antigen HBsAg100 (S. Riyadi et al.) 243

memudahkan ekspresi pada bakteri. Untuk mendapatkan gen tersebut, berbagai upaya optimalisasi terhadap kondisi reaksi amplifikasi telah dilakukan. Langkahlangkah optimalisasi tersebut diantaranya mengatur suhu dan waktu annealing, mengatur konsentrasi DNA sebagai cetakan dan primer, serta mengatur konsentrasi enzim polymerase DNA. Campuran PCR yang berhasil digunakan untuk mendapatkan hasil PCR yang optimal adalah 0,1 unit enzim DNA polymerase pyrobest (Takara Bioinc., Otsu, Japan) dengan bufernya; 0,5 μm primer forward (f) dan backward (b); 0,2 mm dntp; 1 ng/ml plasmid pgemt-hb sebagai cetakan. Penggunaan DNA dengan konsentrasi kurang dari 1 ng/ml menghasilkan pita gen target yang tidak terlalu jelas. Sedangkan penggunaan DNA melebihi 1 ng/ml menyebabkan munculnya beberapa pita produk PCR yang tidak sesuai dengan ukuran pita target. Program PCR yang berhasil digunakan adalah 94 o C selama 5 menit, 25 siklus pada 94 o C selama 30 detik, 54 o C selama 30 detik dan 72 o C selama 30 detik, diakhiri dengan 72 o C selama 5 menit dan 20 o C sampai sampel diangkat untuk dielektroforesis. Untuk menemukan suhu annealing yang ideal (54 o C), telah dilakukan PCR menggunakan beberapa suhuannealing mulai dari 50 o C, 52 o C, dan 56 o C. Namun pita gen target terjelas diperoleh pada saat menggunakan suhu 54 o C. Ketepatan suhu dan waktu annealing, konsentrasi DNA dan primer, serta konsentrasi enzim polymerase DNA yang digunakan sangat menentukan keberhasilan amplifikasi. Penggunaan suhu annealing 54 o C selama 30 detik telah menyebabkan primer-primer yang digunakan dapat menempel pada daerah spesifik dari DNA cetakan. Selain itu, waktu yang diperlukan untuk tahap extention selama 30 detik pada suhu 72 o C karena enzim polymerase Pyrobest yang dipergunakan memerlukan waktu 1 menit per 1 kilo pasang basa. Berbeda dengan enzim polymerase Ex Taq yang biasanya memiliki kemampuan lebih cepat, yaitu 40 detik per 1 kilo pasang basa. Hal ini dikarenakan enzim polymerase Pyrobest merupakan enzim dengan tingkat kecermatan tinggi (high fidelity) yang memiliki kemampuan proof-reading. Produk PCR selanjutnya dimurnikan dari adanya kelebihan primer-primer maupun substrat dan enzim yang digunakan pada campuran PCR dengan teknik pemotongan gel menggunakan DNA Gel extraction kit. Selanjutnya, hasil pemurnian tersebut digunakan pada tahap ligasi dengan plasmid pgex-4t-2 (Pharmacia) yang telah dipotong dengan enzim Sma1. Karena enzim yang digunakan untuk proses amplifikasi di atas adalah enzimpyrobestyang tergolong enzim yang mempunyai tingkat kecermatan tinggi (high fidelity), maka produk PCR yang dihasilkan berbentuk blunt-end. Oleh karena itu, teknik ligasi yang sesuaiadalah teknik blunt-end. Campuran reaksi dari reaksi ligasi tersebut adalah produk PCR yang telah diphosphorilasi sebanyak 2 μl, 25 ng/μl plasmid pgex-4t-2 yang telah diphosphorilasi, 1 μl kit ligasi,kemudian diinkubasi pada suhu 12 o C selama 18 jam. Selanjutnya, dilakukan transformasi dengan E. coli DH5 dan kemudian ditumbuhkan pada media LB yang mengandung ampisilin pada suhu 37 o C selama 14 jam. Koloni bakteri yang tumbuh diduga memiliki plasmid rekombinan. Untuk memastikan hal tersebut, dilakukan skrining koloni yang membawa plasmid tersebut dengan teknik PCR koloni. Introduksi plasmid pgex-hb100 ke dalam bakteri inang E. coli DH5α (transformasi) berhasil dilakukan dengan teknik heat shock.koloni bakteri E. coli DH5α pembawa plasmid rekombinan pgex- HB100hasil transformasi ditumbuhkan pada media seleksi (ampisilin 50 µl/ml) yang mengandung X-gal dan IPTG. Hasil kultur dari bakteri tersebut dapat dilihat pada Gambar 2. Koloni bakteri yang berwarna putih diduga membawa plasmid rekombinan pgex-hb100, sedangkan koloni bakteri yang berwarna biru tidak membawa plasmid 244 Kloning Gen Penyandi Antigen HBsAg100 (S. Riyadi et al.)

rekombinan (Gambar 1). Gambar 1. Koloni E. coli DH5α pembawa plasmid pgex-hb100hasil transformasi yang ditumbuhkan pada media seleksi (ampisilin). Koloni berwarna putih merupakan koloni bakteri pembawa plasmid rekombinan, sedangkan koloni berwarna biru tidak membawa plasmid rekombinan. Untuk memastikan bahwa bakteribakteri berwarna putih pembawa gen HB100, maka dilakukan skrining dengan PCR menggunakan koloni bakteri tersebut sebagai cetakan (PCR Koloni). Primer yang digunakan untuk PCR koloni tersebut harus dapat mengamplifikasi bagian 5 -insert dan bagian 3 -dari plasmid. Hal ini dilakukan untuk memastikan tidak terjadi kesalahan arah insert. Amplifikasi hanya akan terjadi pada DNA rekombinan yang tidak tersambung secara terbalik.adanya pita tunggal DNAdari gambar hasil elektroforesis merupakan indikasi bahwa klon yang diamplifikasi mengandung plasmid rekombinan. Hasil PCR koloni tersebut ditampilkan pada Gambar 2. 1000 pb 900 pb 800 pb 700 pb 600 pb 500 pb 400 pb 300 pb 250 pb 200 pb 150 pb 100 pb 50 pb M 1 2 Gambar 2. Hasil elektrophoresis dari PCR koloni. M = Marker, 1 dan 2 = E. coli DH5α pembawa plasmid pgex-hb100 sebagai cetakan. Hasil amplifikasi yang kedua ujungnya berbentuk tumpul (blunt end) tersebut memiliki keunggulan sekaligus kelemahan untuk ligasi. Produk PCR yang berujung tumpul akan memudahkan dalam melakukan proses ligasi, dimana hanya dibutuhkan 1 jenis enzim restriksi dengan karakteristik memotong secara langsung untk menghasilkan ujung tumpul juga. Enzim restriksi yang memiliki kemampuan tersebut diantaranya adalah enzim SmaI. Hal ini akan mengurangi biaya penggunaan untuk pembelian enzim restriksi. Namun kelemahannya adalah peluang dihasilkannya gen rekombinan yang benar dan yang salah adalah 50%. Dengan kata lain, peluang ligasi ujung tumpul pada salah satu ujung produk PCR dengan ujung hasil pemotongan vektor akan sama dengan peluang ligasi dengan arah yang berlawanan. Kelemahan akibat kedua ujung tumpul produk PCR tersebut dapat diatasi melalui skrining dengan teknik PCR koloni. Primerprimer yang digunakan untuk PCR koloni tersebut harus dapat mengamplifikasi bagian 5 -insert dan bagian 3 -dari plasmid. Amplifikasi hanya akan terjadi pada DNA rekombinan yang tidak tersambung secara terbalik. Jika gen target tersambung secara terbalik, maka PCR koloni tidak akan menghasilkan pita setelah elektrophoresis. Koloni yang mengandung plasmid rekombinan dengan hasil PCR koloni pita tunggal kemudian dikultur dari replika pada media LB pada suhu 37 o C selama 12 jam dengan goyangan untuk isolasi plasmid rekombinan. Hasil elektroforesis dari hasil isolasi plasmid rekombinan ditampilkan pada Gambar 3. Pada gambar tersebut terlihat hasil isolasi plasmid rekombinan dengan ukuran sekitar 5.106 pasang basa, yang terdiri dari vektor pgex-4t-2 mencapai 4.900 pasang basa dan gen target 206 pasang basa. Plasmid hasil isolasi tersebut kemudian disekuensing. Hasil sekuensing nukleotida disejajarkan dengan sekuen asli virus hepatitis B. Pensejajaran (alignment) Kloning Gen Penyandi Antigen HBsAg100 (S. Riyadi et al.) 245

gen insert dengan bagian genom virus Hepatitis B dapat dilihat pada Gambar4. Hasil pensejajaran (aligment) sekuensing plasmid rekombinan yang diisolasi dari koloni bakteri rekombinan menunjukkan kesamaan dengan sekuen dari bagian genom virus hepatitis B. Hal ini menunjukkan bahwa gen hasil amplifikasi tersebut tidak mengalami mutasi dan dapat digunakan untuk menghasilkan antigen hepatitis B bagian S pada bakteri. Plasmid rekombinan yang tidak memiliki mutasi pada sekuen insertnya selanjutnya disimpan untuk ditransformasikan pada E. coli BL21 untuk memproduksi protein HBsAg100. KESIMPULAN DAN SARAN Berdasarkan hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa gen penyandi antigen HBsAg100 berhasil diamplifikasi, kemudian diligasi dengan vektor pgex-4t-2, dan ditransformasikan ke dalam bakteri E. coli DH5α. Hasil sekuensing menunjukkan tidak terdapat mutasi pada gen hasil kloning. Oleh karena itu, penelitian lanjutan yang harus dilakukan adalah uji ekspresi untuk menghasilkan protein rekombinan sebagai kandidat vaksin. UCAPAN TERIMA KASIH Pada kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih kepada Prof. Dr. dr. Mulyanto (Direktur Laboratorium Hepatitis Mataram) yang telah menyediakan bakteri E. coli DH5α pembawa plasmid pgemt-hb. Juga kepada Dr. Sulaiman Ngongu Depamede dan I Gusti Ayu Sri Andayani, S.Si. (Laboratorium Imunologi Universitas Mataram) serta kepada Dedy Iswaini, S.Pt. dan Susila Yati, S.Si. (Laboratorium Mikrobiologi dan Bioteknologi) atas bantuannya selama penelitian. 19.329 pb 7.743 pb 6.223 pb 4.254 pb 3.472 pb 2.690 pb 1.882 pb 1.489 pb 925 pb 421 pb Gambar 3. Pita DNA plasmid pgex-4t-2 rekombinan hasil elektroforesis dalam 1% agrosa M : marker DNA λ. Lajur 1 : Pita DNA plasmid utuh pgex-4t-2 rekombinan. Lajur 2, 3, 4, 5, 6, 7 : pita DNA plasmid pgex-4t-2 rekombinan yang dipotong dengan enzim Sma1. 246 Kloning Gen Penyandi Antigen HBsAg100 (S. Riyadi et al.)

Gambar 4. Alignment sekuen gen insert (penyandi antigen HBsAg100) dengan bagian genom virus Hepatitis B (VHB) DAFTAR PUSTAKA Ali, M. 2006. High-throughput monoclonal antibody production using cell-free protein synthesis system. Ph.D thesis. Nagoya University, Japan. Hu H., Peng XM., Huang YS., Gu L., Xie QF., and Gao ZL. 2004. Yeast expression and DNA immunization of hepatitis B virus gene wiyh secondloop deletion of α determinant region. Word J. Gastroenterol., 10, 2989-2993. Barrera, A., Guerra, B., Notvall, L., and landford, R. E. 2005. Mapping of the Hepatitis B virus Pre-S1 domain involved in receptor recognition. J. Virology, 79, 9786-9798. Hu H., Peng XM., Huang YS., Gu L., Xie QF., and Gao ZL. 2004. Yeast expression and DNA immunization of hepatitis B virus gene wiyh secondloop deletion of α determinant region. Word J. Gastroenterol., 10, 2989-2993. Jaoude, A. G., and Sureau, C. 2005. Role of the antigenic loop of the hepatitis B virus envelope proteins in infectivity of hepatitis B delta virus. J. Virology, 79, 10460-10466. Joung, YH., Youm, JW., Jeon, J H., Lee, BC., Ryu, C.J., Hong, HJ., Kim, HC., Joung, H., and Kim, H. S. 2004. Expression of the hepatitis B surface S and pres2 antigens in tubulers of Solanum tuberosum. Plant Cell Rep, 22; 925-930. (2004). Kloning Gen Penyandi Antigen HBsAg100 (S. Riyadi et al.) 247

Koschorreck M., Fischer M., Barth S., and Pleiss J. 2005. How to find soluble proteins: a comprehensive analysis of alfa/beta hydrolases for recombinant expression in E. coli. BMC Genomics, 6, 1-10. Kumar, S. G. B., Ganapathi, TR., Revathi, L., Srinivas, VA. and Bapat. 2005. Expression of hepatitis B surface antigen in transgenic pitaana plants. Planta, 222, 484-493. Lu YY., Li K., Cheng J., Wang L., Liu Y., and Zhang LX. 2002. Cloning and expression of the pres1 gene of hepatitis B virus in yeast cells. Hepatobiliary Pancreat Dis Int. 1, 238-242. Maruyama, J., Ohnuma, H., Yoshikawa, A., Kadokura, H., Nakajima, H., and Kitamoto. 2000. Production and product quality assessment of human hepatitis B virus pre-s2 antigen in submerged and solid-state culture of Aspergillus oryzae. J. Biosci. Bioeng., 90, 118-120. Muladno. 2002. Tekonologi Rekayasa genetikaa. Bogor Baru: Pustaka Wirausaha Muda. Bogor. Mulyanto, Soewignjo, S., Gunawan, S., Sumarsidi, D., Kadir, S., and Wiryo, H. 2002. Hepatitis B seroprevalence among children in Mataram, Indonesia: following a seven-year mass immunization program. Report meeting of the US-Japan cooperative medical science program asian region collaboration research project 2001, Sanghai. Sambrook, J., Fritsch, EF., and Maniatis, T. 1989. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. ColdSpringHarbor Laboratory Press, New York. Sheu SY., and Lo SJ. 1995. Deletion or alteration of hydrophobic amino acids at the firs and third transmembrane domains of hepatitis B surface antigen enhances its production in Escherichia coli. Gene, 160, 179-184. Vikis HG., and Guan KL. 2000. Glutathione- S-Transferase-Fusion Based Assays for Studying Protein-Protein Interaction. In: Methods in Molecular Biology, vol. 261. Humana Press Inc., Totowa, NJ. Winarno FG, Agustinah W. 2007. Pengantar Bioteknologi. Ed Revisi. Bogor: M- Brio Press. Yamada T., Iwabuki H., Kanno T., Tanaka H., kawai T., Fukuda H., Kondo A., Seno M., Tanizawa K., and Kuroda S. 2001. Physicochemical and immunological characterization of hepatitis B virus envelope particles exclusively consisting of the entire L (pre-s1+pre-s2+s) protein. Vaccine, 19, 3154-3163. 248 Kloning Gen Penyandi Antigen HBsAg100 (S. Riyadi et al.)