MODUL KIMIA KOMPUTASI CARA MENDOWNLOAD, MENGINSTALL, DAN MENGGUNAKAN CHEMSKETCH DAN MARVIN SKETCH SERTA CARA MENDOWNLOAD LIGAN DAN PROTEIN DISUSUN OLEH NAMA : KUMALASARI NIM : 1303410014 PRODI : KIMIA SEMESTER : IV (EMPAT) PROGRAM STUDI KIMIA FAKULTAS SAINS UNIVERSITAS COKROAMINOTO PALOPO 2015
BAGIAN I MARVIN SKETCH 1. CARA MENDOWNLOAD MARVIN SKETCH Ketik situs download Marvin Sketch pada google chrome seperti di bawah ini: Kemudian muncul seperti ini, pilih dan klik Marvin Sketch untuk download sesuai tampilan di bawah ini:
Lalu klik download Marvin seperti di bawah ini: Setelah mengklik, muncul tampilan seperti di bawah kemudian pada I Accept di beri tanda centang pada kotak yang tersedia dan klik.
Setelah itu, cari di bagian bawah muncul tampilan ini pada arah panah pilih 6.0.0 lalu klik Get Archive Langkah berikutnya, pada tampilan ini kita dibutuhkan registrasi sebelum mendownload agar mudah. Klik register pada halaman ini.
Kemudian pilih dan klik I Agree pada bagian bawah tampilan. Mengisi registrasi pada kolom yang tersedia apabila selesai mengisi memberikan tanda centang pada bagian bawah sesuai arah panah dan mengklik submit
Kemudian, apabila muncul tampilan seperti ini tandanya sudah selesai tetapi sebelum melangkah ke selanjutnya diperlukan mengecek e-mail atau gmail yang aktif atau yang sering di gunakan untuk aktivasi dan konfirmasi. Mengecek email atau gmail yang aktif sesuai langkah sebelumnya, untuk mengetahui akun yang sudah dibuat pilih dan klik forum ChemAxon seperti di bawah ini:
Kemudian untuk aktivasi dan konfirmasi, klik http yang ada pada activate. Muncullah tampilan seperti di bawah ini sebagai tanda konfirmasi.
Sebelumnya pada langkah 9, di tampilan tersebut klik Clik here pada bagian bawahnya dan muncul tampilan seperti berikut iniuntuk mengetahui informasi mengenai Marvin Sketch itu sendiri. Ketika selesai membuat akun/registrasi kembali ke tampilan yang ada di bawah ini dan memasukkan nama dan password sesuai dengan akun yang sudah dibuat lalu LOGIN sesuai arah panah.
Setelah itu, klik marvinbeans 6.0.0 dengan sesuai arah panah. Simpan berkas yang sudah di download. Ketika mengklik marvinbeans 6.0.0 sesuai langkah sebelumnya pada proses download ada yang langsung menyimpan berkas dan ada yang melalui proses download tergantung pada komputernya sehimgga seperti yang terjadi pada proses download di bawah ini hanya langsung menyimpan berkas tanpa harus melalui proses start download.
2. CARA MENGINSTALL setelah proses download selesai lihat komputer pada download simpan di tempat yang di inginkan kemudian install. Kemudian menunggu proses penginstalan.
Sesudah itu muncul tampilan klik next seperti di bawah ini: Lalu muncul seperti ini terlebih dahulu tekan pada arah panah kemudian klik next.
Kemudian next kembali seperti di bawah ini: Pada setiap langkah penginstalan, next terus-menerus hingga selesai. Klik finish untuk mengakhiri penginstalan.
3. CARA MENGGUNAKAN MARVIN SKETCH Klik Marvinsketch pada layar komputer Pilih senyawa yang akan dibuat dan klik setiap bagian hingga membentuk senyawa seperti contoh di bawah ini
Setelah membentuk senyawa yang di inginkan, desain sesuai keinginan seperti memberikan latar pada senyawa misalnya warna hitam, kita bisa mengubahnya dengan mengklik view kemudian pilih colors dan pilih black background seperti berikut: Ketika ingin merubahnya dalam bentuk 3D klik structure, pilih Clean 3D dan pilih Clean in 3D.
Sehingga pada 3D membentuk sepert berikut ini: Apabila selesai membuat senyawa simpan save as dalam bentuk folder atau file sesuai yang di inginkan
BAGIAN II CHEMSKETCH 1. CARA MENDOWNLOAD CHEMSKETCH Terlebih dahulu ketiklah situs download chemsketch seperti di bawah ini: Kemudian pilih dan klik pada ChemsKetch download
Muncul tampilan berikut ini dan klik free download Lalu muncul lagi tampilan berikut dan klik free download
Kemudian pada tampilan ini muncul untuk menyimpan simpan berkas, tampilan ini hanya langsung menyimpan berkas bergantung pada computer. Setelah itu, buka download pada program komputer
2. CARA MENGINSTALL CHEMSKETCH Simpan di folder/file sesuai keinginan dan klik 2 kali untuk menginstall Muncul tampilan ini dan klik next seperti pada kotak
Kemudian muncul tampilan berikutnya dan beri tanda centang pada I Accept the terms in the license agreement kemudian pilih dan klik next. Klik next kembali pada tampilan berikutnya
Kemudian tampilan berikutnya next lagi terus menerus hingga memberikan tampilan di bawah, kemudian klik install pada kotak dialog. Pada tampilan berikutnya tunggu hingga proses penginstalan selesai kemudian next.
Proses penginstallan telah selesai 3. CARA MENGGUNAKAN CHEMSKETCH Pilih chemsketch yang sudah di download bagian desktop pilih start kemudian chemsketch.
Setelah itu, muncul tampilan seperti di bawah ini Sebelum membuat struktur pada tampilan di atas perlu di perhatikan yaitu: 1. Dapatkan struktur senyawa yang diinginkan 2. Kemudian simpan semua file dalam satu di rektori kerja agar mudah mencarinya. Misalnya: Estron Dengan aplikasi chemsketch kita bisa merangkai secara manual sesuai keinginan dengan memanfaatkan beberapa menu file pada chemsketch.
Hasil struktur yang telah dibuat Apabila kita ingin merubah ligan 2D dalam bentuk 3D, perlu mengklik ACD/LABS kemudian pilih dan centang 3D viewer (freewer)
Sehingga menghasilkan tampilan berikutnya dan pilih 1-chemsketch bagian bawah sudut untuk kembali ke struktur yang sudah di buat Kemudian struktur yang sudah dibuat copy ke 3D Viewer dengan mengklik 2 Copy to 3D
Sehingga menghasilkan tampilan berikut ini, kemudian simpan struktur tersebut dengan memilih file kemudian pilih dan klik Save AS Kemudian muncul tampilan seperti dibawah ini, setelah itu ubah isian pada kolom Save As Type dengan GIF Images
Kemudian selanjutnya pada tampilan tersebut klik save Setelah itu struktur yang sudah di simpan pada folder yang diinginkan kita bisa melihat hasilnya seperti dibawah ini.
BAGIAN III PDB CARA MENDOWNLOAD LIGAN PADA PDB (PROTEIN DATA BANK) Terlebih dahulu kita ketik PDB (Protein Data Bank) kemudian kemudian klik search. Kemudian pada tampilan dibawah pilih dan klik RSCB Protein Data Bank.
Kemudian pada tampilan ini ketik nama senyawa yang terdapat pada suatu penyakit misalnya pada diabetes senyawanya yaitu alpha glucosidase kemudian klik GO Muncullah tampilan berikut ini dan lihat halaman bagian bawah.
Dibagian bawah tampilan pilih dan klik kode 2ZEO Kemudian pada tampilan berikutnya pilih dan klik Download Files yang ada disamping kode.
Sesudah itu pada Download Files yang di pilih kemudian pilih dan klik PDB file (text). Kemudian simpan berkas dengan memberikan centang pada simpan berkas dan klik oke
Kemudian ligan yang sudah di download hasilnya dapat di lihat pada Komputer pada program download seperti tampilan di bawah, kemudian klik dan copy paste untuk menyimpan di satu folder yang di inginkan. Kemudian simpan file di folder khusus yaitu Protein Data Bank setelah itu, buatkan folder di folder tersebut sesuai nama ligan yang di cari pada penyakit misalnya dengan nama DIABETES
Kemudian nama ligan yang sudah disimpan pada folder khusus yaitu DIABETES lalu simpan file tersebut seperti di bawah ini: Kemudian kita bisa mendownload ligan dengan kode yang berbeda-beda dengan langkah-langkah seperti diatas lalu satu kan folder yang sudah dibuat, tampilannya seperti berikut ini: