ABSTRAK OPTIMASI AMPLIFIKASI BAGIAN GEN parc DENGAN METODE PCR PADA ISOLAT Salmonella typhi DARI RUMAH SAKIT IMMANUEL BANDUNG PERIODE 2006 Hadi Sumitro Jioe, 2008. Pembimbing I : Ernawati Arifin Giri Rachman, Ph. D Pembimbing II : Sylvia Soeng, dr., M. Kes Strain dari Salmonella typhi yang resisten terhadap antibiotik telah menjadi masalah kesehatan di dunia. Dari penelitian terdahulu, telah di temukan bahwa pada negara lain, beberapa strain dari Salmonella typhi, yang resisten terhadap antibiotik seperti kuinolon, memiliki mutasi pada bagian dari gen parc, yaitu gen yang penting dalam proses replikasi DNA. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mencari kondisi PCR yang dapat digunakan untuk mengamplifikasi bagian dari gen parc dari Salmonella typhi yang diduga telah mengalami resistensi terhadap kuinolon. Kondisi PCR ini diperlakukan pada beberapa sampel Salmonella typhi yang didapat dari Rumah Sakit Immanuel Bandung. Kromosom DNA di ekstrak dari sampel-sampel tersebut dan digunakan sebagai templat. Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan ekstrak DNA tersebut dan menggunakan 0.6 µm dari masing-masing primer. PCR dilakukan sebanyak 30 siklus selama 60 detik pada suhu 94ºC, 60 detik pada suhu 40ºC, dan 60 detik pada suhu 72ºC. Analisis dengan menggunakan gel agarosa elektroforesis 1% menunjukkan pita yang diharapkan, yaitu antara 400 500 pb. Kata Kunci : Salmonella typhi, gen parc, PCR iv
ABSTRACT OPTIMATION PART OF parc GENE AMPLIFICATION BY PCR METHOD IN ISOLATE OF Salmonella typhi FROM IMMANUEL HOSPITAL BANDUNG IN PERIOD OF 2006 Hadi Sumitro Jioe, 2008. First tutor : Ernawati Arifin Giri Rachman, Ph. D Second Tutor : Sylvia Soeng, dr., M. Kes Strains of Salmonella typhi that are resistant to antimicrobial agents have become a worldwide health problem. From previous investigation, it was found that in other countries, some strains of Salmonella typhi, that are resistant to some antibiotics such as quinolons, have mutations in the part of parc gene, the gene that important in DNA replication process. The purpose of this research is to determine the PCR condition that can be used to amplify part of parc of Salmonella typhi that is suspected to be responsible for quinolon resistance. This PCR condition was applied into few Salmonella typhi samples obtained from Immanuel Hospital Bandung. Chromosomal DNA were extracted from those samples and used as a template. DNA amplification was performed with extracted DNA using 0.6 µm of each of the primer. PCR was performed for 30 cycles of 60 seconds at 94 o C, 60 second at 40 o C and 60 second at 72 o C. Analysis with 1% electrophoresis gel agarose showed the expected band, between 400 and 500 bp. Keywords : Salmonella typhi, parc gene, PCR. v
vi
vii
viii
DAFTAR ISI Halaman LEMBAR PERSETUJUAN SURAT PERNYATAAN ABSTRAK ABSTRACT KATA PENGANTAR DAFTAR ISI DAFTAR GAMBAR DAFTAR TABEL ii iii iv v vi ix xi xii BAB I PENDAHULUAN 1 1.1 Latar Belakang 1 1.2 Identifikasi Masalah 3 1.3 Maksud dan Tujuan 3 1.4 Manfaat Penelitian 4 1.5 Metode Penelitian 4 1.6 Waktu dan Lokasi Penelitian 4 BAB II TINJAUAN PUSTAKA 5 2.1 Salmonella typhi 5 2.1.1 Sejarah 5 2.1.2 Epidemiologi 5 2.1.3 Karakteristik 6 2.1.4 Gejala Infeksi 8 2.1.5 Faktor Virulensi dan Toksin 9 2.1.6 Patogenesis 10 ix
2.1.7 Pengobatan 13 2.1.8 Resistensi Antibiotik 14 2.2 Gen parc 16 2.3 Amplifikasi dengan Teknik PCR 21 BAB III ALAT, BAHAN DAN METODE 26 3.1 Subjek Penelitian 26 3.2 Metode Penelitian 26 3.3 Alat dan Bahan 26 3.3.1 Alat 26 3.3.2 Bahan 27 3.4 Cara Kerja 27 3.4.1 Tahap 1 : Pembuatan Templat 27 3.4.2 Tahap 2 : PCR 28 3.4.2.1 PCR menggunakan Primer Ca8 dan Ca9 28 3.4.2.2 PCR menggunakan Primer parc1 dan parc2 28 3.4.3 Elektroforesis 29 BAB IV HASIL PENELITIAN DAN PEMBAHASAN 30 4.1 Penanaman Sampel pada Medium Salmonella Shigella 30 4.2 PCR menggunakan Primer Ca8 dan Ca9 31 4.3 PCR menggunakan Primer parc1 dan parc2 32 BAB V KESIMPULAN DAN SARAN 35 5.1 Kesimpulan 35 5.2 Saran 36 DAFTAR PUSTAKA 37 RIWAYAT HIDUP 39 x
DAFTAR GAMBAR Halaman Gambar 2.1 Salmonella typhi 7 Gambar 2.2 Salmonella typhi dengan pewarnaan gram 7 Gambar 2.3 Proses masuknya Salmonella typhi kedalam tubuh manusia 8 Gambar 2.4 Faktor-faktor virulensi yang penting dalam Patogenesis Salmonella 9 Gambar 2.5 Salmonella typhi menginfeksi tubuh melalui plaque Peyeri yang ada di usus halus 12 Gambar 2.6 Multi-drug Resistant oleh Salmonella typhi 15 Gambar 2.7 DNA Supercoiled and DNA Open Circular 17 Gambar 2.8 Tahap-tahap utama pada proses PCR 23 Gambar 2.9 Penggandaan gen secara eksponensial pada proses PCR 24 Gambar 4.1 Sampel setelah di tanam pada medium Salmonella Shigella 30 Gambar 4.2 hasil PCR menggunakan primer Ca8 dan Ca9 31 Gambar 4.31 Hasil PCR menggunakan primer parc1 dan parc2 33 Gambar 4.32 Hasil PCR menggunakan primer parc1 dan parc2 dgn variasi Mg 2+ 34 xi
DAFTAR TABEL Halaman Tabel 2.1 Mutasi titik pada gen parc di berbagai negara 18 xii