BAB III METODE PENELITIAN

dokumen-dokumen yang mirip
BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN

BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian ini merupakan jenis penelitian deskriptif untuk karakterisasi

LAMPIRAN. Universitas Sumatera Utara

BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan Metode Isolasi C. gloeosporioides dari Buah Avokad

3. METODE PENELITIAN

bio.unsoed.ac.id METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian

BAB III METODE PENELITIAN

VISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum

MATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth

BAB III METODE PENELITIAN

BAHAN DAN METODE. Waktu dan Tempat

II. METODELOGI PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN

Penelitian ini dilakukan di laboratorium Mikrobiologi Pangan Universitas Katolik Soegijapranata pada Agustus 2013 hingga Januari 2014.

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling

BAB III METODE PENELITIAN. Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini

DAFTAR ISI. AKSRAK... i. KATA PENGANTAR... ii. DAFTAR ISI... v. DAFTAR TABEL... ix. DAFTAR GAMBAR... x. DAFTAR LAMPIRAN... xii BAB I PENDAHULUAN...

BAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel

LAMPIRAN. Universitas Sumatera Utara

BAB III METODE PENELITIAN. Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap

BAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian yang dilakukan termasuk dalam penelitian dasar yang. dilakukan dengan metode deskriptif (Nazir, 1998).

II. METODELOGI PENELITIAN

3 Metodologi Penelitian

III. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini dilakukan pada bulan Agustus-Desember 2015 di Laboratorium

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7

III. Bahan dan Metode

II. BAHAN DAN METODE. Betina BEST BB NB RB. Nirwana BN NN RN. Red NIFI BR NR RR

BAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut:

BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Analis Kesehatan

Sampel air kolam, usus ikan nila dan endapan air kolam ikan. Seleksi BAL potensial (uji antagonis)

BAB III BAHAN DAN METODE

BAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif. Tempat penelitian di laboratorium lab. Mikrobiologi, Lantai II di kampus

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian yang dilakukan berupa penelitian murni yang dilakukan dengan

BAB III METODE A. Jenis Penelitian B. Populasi dan Sampel C. Waktu dan Lokasi Penelitian D. Alat dan Bahan Rizki Indah Permata Sari,2014

METODE PENELITIAN. Survei dan Pendataan

III. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini dilakukan pada bulan Juni sampai Desember 2013 dengan tahapan

BAB III METODE PENELITIAN. amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan teknik PCR;

Sampel air panas. Pengenceran 10-1

LAMPIRAN. Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok dan Buffer

BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan jenis penelitian dasar dengan menggunakan

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4

BAB III METODE PENELITIAN

II. METODELOGI PENELITIAN

II. METODOLOGI 2.1 Persiapan Wadah dan Ikan Uji 2.2 Persiapan Pakan Uji

METODOLOGI PENELITIAN. Tempat dan Waktu Penelitian. Bahan dan Alat Penelitian

MATERI DAN METODE. Materi

METODOLOGI PENELITIAN

BAB III METODA PENELITIAN

METODOLOGI PENELITIAN

BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu . Bahan dan Alat Metode Penelitian Survei Buah Pepaya Sakit

METODE PENELITIAN. Penelitian ini dilakukan dari Bulan April sampai dengan Juni 2013, di

BAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian ini adalah deskriptif.

Lampiran 1. Penyiapan media bakteri Aeromonas hydrophila

BAB III METODE PENELITIAN

III. BAHAN DAN METODE. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Juli sampai dengan Desember 2014.

BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksplorasi yang dilakukan dengan cara

BAB III METODE PENELITIAN. kentang varietas Granola Kembang yang diambil dari Desa Sumberbrantas,

LAMPIRAN. Lampiran 1. Alur Kerja Isolasi Bakteri Endofit dari Batang dan Akar Tanaman Dara metode Radu & Kqueen (2002) yang dimodifikasi

BAB III METODE PENELITIAN. Biologi dan Laboratorium Biokimia, Departemen Kimia Fakultas Sains dan

Air Panas. Isolat Murni Bakteri. Isolat Bakteri Selulolitik. Isolat Terpilih Bakteri Selulolitik. Kuantitatif

III. METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian observasional laboratorik untuk mengetahui

III. METODE PENELITIAN. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Jurusan Biologi

BAB I PENDAHULUAN Latar Belakang Masalah Maesaroh, 2013

LAMPIRAN. Lampiran 1. Komposisi Media MGMK Padat dan Cara Pembuatannya Bahan: Koloidal kitin 12,5% (b/v) 72,7 ml. Agar 20 g.

BAB III METODE PENELITIAN. Pada penelitian ini sampel air sumur diambil di rumah-rumah penduduk

BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penyediaan Isolat dan Karakterisasi Bakteri Xanthomonas campestris

III. METODE PENELITIAN. Penelitian ini dilakukan pada bulan Januari sampai bulan April 2014.

BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian Deskriptif karena tujuan dari

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu

Metodologi Penelitian. Metode, bahan dan alat yang digunakan dalam penelitian ini akan dipaparkan pada bab ini.

BAHAN DAN METODE. Tempat dan Waktu Penelitian. Metode Penelitian

BAB III METODE PENELITIAN. deskriptif. Data yang diperoleh disajikan secara deskriptif kualitatif meliputi

III. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini telah dilaksanakan pada bulan Agustus 2013 sampai Febuari 2014

BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Bahan dan Alat Metode Penelitian Pra-pengamatan atau survei

3 METODOLOGI 3.1 Waktu dan Tempat 3.2 Bahan dan Alat

II. METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN. Rancangan penelitian yang digunakan adalah rancangan penelitian

BAB III METODE PENELITIAN. Rancangan penelitian yang digunakan adalah rancangan penelitian

BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan jenis penelitian dasar dengan menggunakan metode deskriptif.

III. METODE PENELITIAN. Penelitian ini dilakukan pada bulan Januari-Maret 2014 di Laboratorium

FAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI

III. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini dilakukan dari bulan Juli 2014 sampai dengan bulan September

LAMPIRAN. Lampiran 1. Foto Lokasi Pengambilan Sampel Air Panas Pacet Mojokerto

METODE Waktu dan Tempat Materi Sampel DNA Primer

BAHAN DAN METODE. Tempat dan Waktu

III. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini dilakukan pada bulan Juni-November Penelitian ini

BAB III METODE PENELITIAN

III. METODE PENELITIAN. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Jurusan Biologi

Keragaman Bakteri Endofit Pada Kultivar Nanas (Ananas comosus (L.) Merr) Leor Dan Duri Di Kabupaten Subang

BAB III METODE PENELITIAN. Populasi yang diamati pada penelitian ini diperoleh dari penelitian

BAB III METODE PENELITIAN A.

LAMPIRAN Lampiran 1: Komposisi dan Penyiapan Media Skim Milk Agar, Komposisi Media Feather Meal Agar, Komposisi Media Garam Cair.

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode

BAB III BAHAN DAN METODE

Transkripsi:

18 BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian ini merupakan jenis penelitian deskriptif. Penelitian deskriptif merupakan penelitian yang bertujuan untuk membuat deskripsi, gambaran atau lukisan secara sistematis, faktual dan akurat mengenai fakta-fakta, sifat-sifat serta hubungan antar fenomena yang diselidiki (Nazir, 1988). B. Populasi dan Sampel Populasi yang digunakan dalam penelitian adalah isolat bakteri Aeromonas spp. yang diisolasi dari air kolam Indramayu (AKI), air kolam Indramayu Sukamelang (AKIS), air kolam Indramayu Anjatan (AKIA), air kolam Kab. Bandung (AKC), air kolam Kota Bandung (AKB), air kolam Garut (AKG), dan air kolam Tasikmalaya (AKT). Sampel yang digunakan adalah DNA dari isolat Aeromonas spp. yang didapatkan. C. Waktu dan Tempat Penelitian ini dimulai pada bulan November 2013 sampai dengan Mei 2013 yang dilaksanakan di Laboratorium Mikrobiologi Universitas Pendidikan Indonesia, Jalan Dr. Setiabudhi No.299 Bandung. D. Alat dan Bahan Alat dan bahan yang digunakan terdapat di Laboratorium Mikrobiologi FPMIPA Universitas Pendidikan Indonesia. Daftar alat dan bahan dapat dilihat pada lampiran 1 dan 2.

19 E. Prosedur Penelitian 1. Tahap Persiapan a. Pembuatan Media Tumbuh Bakteri Aeromonas spp. Alat-alat kaca dan alat lain yang akan digunakan untuk pembuatan medium dicuci terlebih dahulu dan dikeringkan, lalu alat-alat tersebut disterilisasi panas lembab dengan cara dimasukan kedalam autoclave selama 15-20 menit pada suhu 121 C pada tekanan 1 atm. Medium yang digunakan adalah medium Rimler Shotts (RS) Trypic Soy Agar (TSA), Blood agar, Mac s Conkey agar, medium Voges-Proskauer (VP), SIM Agar, dan medium lain yang digunakan untuk uji biokimia. Komposisi dan cara pembuatan medium dapat dilihat pada lampiran 3. 2. Tahap Penelitian a. Isolasi Bakteri Aeromonas Air dari berbagai kota diambil dengan menggunakan botol steril, kemudian isolasi bakteri Aeromonas spp. dilakukan dengan menggunakan metode pengenceran dengan konsentrasi 10-1 dan 10-2. Satu ml sampel air hasil pengenceran diambil lalu ditanam dengan cara diteteskan ke dalam medium RS + novobiosin, kemudian dihomogenkan (diratakan) dengan menggunakan batang L sampai terasa kesat. Lalu kultur diinkubasi pada suhu 37 C selama 18-24 jam. Hasil positif dapat dilihat dari penampakkan koloni yang berwarna kuning tanpa warna hitam di tengah koloni (SNI, 2009). b. Pemurnian dan Perbanyakan Koloni Bakteri Aeromonas spp. Koloni terpilih yang tumbuh pada medium RS+novobiosin diperbanyak dan dilakukan biakan murni. Satu koloni bakteri ditanam pada medium TSA miring lalu diinkubasi pada suhu 28 o C selama 18-24 jam. Biakan murni tersebut kemudian diidentifikasi secara morfologi, biokimia, dan molekuler. c. Identifikasi Bakteri Aeromonas spp. Identifikasi bakteri isolat air kolam dilakukan secara morfologi dan Biokimia mengacu pada pedoman SNI (2009). Sedangkan identifikasi bakteri secara

20 molekuler dengan menggunakan gen lipase yang merupakan spesifik Aeromonas hydrophila yang mengacu pada Lee at al. (2000) dan Cascon et al. (1996) serta menggunakan gen 16S rrna sebagai sikuen penanda dalam identifikasi bakteri Aeromonas spp., serta deteksi gen virulen pada isolat Aeromonas spp. d. Identifikasi Bakteri secara Morfologi dan Biokimia Identifikasi bakteri secara morfologi dan biokimia berdasarkan SNI (2009) yang meliputi uji RS+novobiosin, uji motilitas, uji oksidasi, uji oksidatiffermentatif (OF), dan uji gram. Untuk uji morfologi ditambahkan uji KOH untuk memperkuat hasil uji (Cappucino & Sherman, 2011). Lima uji biokimia ditambahkan untuk memperkuat identifikasi bakteri yang meliputi uji fermentasi laktosa (Al-Fatlawy & Al-Ammar, 2013), uji indol, uji VP, uji sitrat, (Abbot et al., 2003) serta deteksi hemolisis. 1) Pewarnaan Gram Gelas objek dibersihkan dari lemak dengan alkohol 70% dan diberi label. Akuades diteteskan pada permukaan gelas objek. Kemudian isolat bakteri diambil dengan jarum ose steril, kemudian isolat dicampur dengan akuades dan diulas merata pada permukaan gelas objek. Selanjutnya dilakukan fiksasi panas dengan cara melewatkan preparat di atas api. Sediaan mikroskopik yang sudah kering ditetesi dengan kristal violet secara merata dan didiamkan selama satu menit. Kemudian larutan lugol diteteskan pada preparat sampai merata dan didiamkan maksimal 30 detik. Selanjutnya preparat di cuci dengan akuades dan dikeringkan. Kemudian larutan safranin diteteskan pada preparat sampai merata dan didiamkan selama dua menit. Selanjutnya preparat dicuci kembali dengan akuades dan dikeringkan (Cappucino & Sherman, 2011). Bentuk sel diamati menggunakan mikroskop compound Nikon eclipse 50i. Isolat bakteri yang termasuk Gram (+) ditunjukkkan dengan sel bakteri berwarna ungu, sedangkan bakteri Gram (-) sel bakteri berwarna merah.

21 2) Uji KOH Uji KOH dilakukan untuk memperkuat penentuan jenis gram pada bakteri. satu tetes KOH 3% diteteskan pada gelas objek, kemudian satu ose isolat bakteri diambil dan disuspensikan dengan KOH 3%. Dengan bantuan jarum ose suspensi tersebut ditarik, apabila suspensi tersebut kental (seperti lendir) menunjukkan bahwa bakteri tersebut merupakan bakteri gram negatif, sedangkan apabila suspensi tersebut encer maka bakteri yang diuji merupakan bakteri gram positif (Arthi et al., 2003). 3) Uji Motilitas Isolat bakteri diambil dengan jarum ose lurus, kemudian isolat bakteri diinokulasikan dengan cara ditusukkan tegak lurus satu kali pada medium semi solid (SIM Agar) lalu diinkubasikan pada suhu 25 C-28 C selama 18-24 jam. (Cappucino & Sherman, 2011). Bakteri yang bersifat motil akan tumbuh menyebar tidak hanya pada daerah tusukan (SNI, 2009). 4) Uji Oksidasi Kertas saring dibasahi dengan pereaksi oksidasi, lalu isolat bakteri diambil satu ose, selanjutnya isolat bakteri digoreskan pada kertas saring tersebut. Reaksi oksidasi positif ditandai dengan munculnya warna biru keunguan pada goresan (SNI, 2009). 5) Uji Oksidatif-fermentasi (O/F) Sebanyak dua tabung yang berisi lima ml medium OF disiapkan. Satu ose isolat bakteri diambil dan diinokulasikan pada medium O/F. Satu tabung ditambahkan dengan paraffin cair steril hingga ketinggian 1cm diatas permukaan medium, sedangkan tabung lainnya tanpa paraffin cair. Kemudian kultur diinkubasikan pada suhu 25 C-28 C selama 18-24 jam. Reaksi positif ditandai dengan perubahan warna media pada tabung yang diisi paraffin cair dari hijau menjadi kuning (SNI,2009).

22 6) Deteksi Hemolisis Isolat bakteri ditumbuhkan pada medium TSA yang telah ditambahkan darah kuda 5% dan ampicillin 1% (medium blood agar). Kemudian dinkubasikan pada suhu 37 0 C selama 24 jam, kemudian diamati zona lisisnya (Monfort & Beleux, 1991) 7) Uji Sitrat Isolat bakteri diambil dengan menggunakan jarum ose lalu isolat tersebut diinokulasikan pada medium simmon s citrate miring, selanjutnya kultur diinkubasikan pada suhu 37 0 C selama 48 jam. Hasil positif ditandai dengan perubahan warna medium dari hijau menjadi biru (Cappucino & Sherman, 2011). 8) Uji Voges-Proskauer (VP) Satu ose isolat bakteri diinokulasikan kedalam medium kaldu VP, kemudian kultur diinkubasikan pada suhu 37 o C selama 48 jam. Setelah inkubasi, lima tetes reagen Barritt A (Alfa-naphtol) dan lima tetes reagen Barritt B (Kalium hidroksida) ditambahkan ke dalam medium, selanjutnya tabung reaksi digoyang perlahan. Hasil positif menunjukkan perubahan warna medium dari bening menjadi merah (Cappucino & Sherman, 2011). 9) Uji Indol Isolat bakteri diambil dengan jarum ose, kemudian isolat diinokulasikan ke dalam medium kaldu Tryptone kemudian diinkubasi selama 48 jam pada suhu 37 o C. Setelah diinkubasi, medium yang telah diinolulasi ditambahkan 5 tetes reagen Kovac s. Hasil positif ditandai dengan terbentuknya cincin warna merah di ujung atas medium (Cappucino & Sherman, 2011). 10) Uji Fermentasi Laktosa Uji fermentasi laktosa dilakukan dengan menggunakan medium Mc Conkey. Isolat bakteri diinokulasikan ke dalam medium dengan teknik purifikasi,

23 kemudian kultur diinkubasi pada suhu 37 o C selama 18-24 jam. Koloni bakteri berwarna merah keunguan merupakan tanda bakteri positif memfermentasi laktosa (Cappucino & Sherman, 2011). e. Identifikasi Bakteri Aeromonas spp. Secara Molekuler Identifikasi bakteri secara molekuler meliputi isolasi DNA, deteksi gen lipase yang mengacu pada Cascon et al. (1996), deteksi kelimpahan gen virulen berdasarkan penelitian yang dilakukan oleh Kingombe et al. (2010), Syadza (2012), dan Wulandari (2012). Identifikasi Bakteri Aeromonas spp. dengan metode sikuensing menggunakan gen 16S rrna (Lane, 1991 dalam Hill et al., 2003) 1) Isolasi DNA Bakteri Isolasi DNA bakteri menggunakan teknik boiling (pendidihan). Sebanyak satu loop penuh bakteri dari TSA dimasukkan ke dalam tabung mikrosentifuge 1.5 ml yang berisi 1 ml Posfat Buffer Saline (PBS 1x), kemudian tabung 1.5 ml tersebut disentrifugasi selama 3 menit dengan kecepatan 5000 rcf. Selanjutnya supernatan dibuang, Kemudian TE 1x 100 µl ditambahkan pada pelet bakteri dalam tabung 1.5 ml dan dihomogenkan dengan menggunakan vortex. Setelah dihomogenkan, tabung 1.5 ml disimpan di dalam air mendidih pada suhu 100 o C selama 10 menit. Sebanyak 100 µl lisat dipindahkan ke tabung mikrosentrifuge 1.5 ml yang baru. Selanjutnya lisat tersebut ditambahkan dengan 900 µl TE 1x yang sebelumnya disimpan di kulkas, kemudian hasil isolasi DNA disimpan pada suhu 20 o C (modifikasi Yanez et al.,2003). 2) Identifikasi Gen Spesifik Dengan Metode PCR Gen spesifik yang dipakai adalah gen Lipase. Amplifikasi DNA menggunakan alat PCR dilakukan dengan total volume reaksi 12.5 µl atau ½ reaksi menurut protokol merk Master Mix KAPPA 2G TM Fast Ready Mix 2x. Komposisi reaksi PCR dapat dilihat pada tabel 3.1

24 Campuran reaksi amplifikasi DNA dimasukkan ke dalam alat PCR dengan program suhu pra denaturasi 95 o C 5 menit, denaturasi 95 o C selama 15 detik, annealing 59 o C selama 15 detik, elongasi 72 o C 30 detik dan final elongasi pada suhu 72 o C selama 10 menit dengan 28 siklus. Hasil amplifikasi kemudian disimpan pada suhu -20 o C. Program PCR dapat dilihat pada gambar 3.1 Tabel 3.1 Komposisi Reaksi Amplifikasi Gen Lipase Bahan Konsentrasi Awal Konsentrasi akhir Volum Reaksi (µl) 2x Kappa 2G 2 x 1x 6.25 Fast Ready mix Primer Forward 10 mm 0.5 mm 0.625 Lipase Primer Rivese 10 mm 0.5 Mm 0.625 Lipase Air Deion steril 4 DNA Templat 1 Total Volum 12.5 95 o C 5 menit 95 o C 15 detik 59 o C 72 o C 30 detik 72 o C 10menit 15 detik 4 o C 28 siklus Gambar 3.1 Program Suhu PCR yang Digunakan dalam Proses Amplifikasi Gen Lipase Hasil amplifikasi dianalisis dengan elektroforesis pada gel agaros. Pertamatama cetakan gel elektroforesis disiapkan, kemudian gel agaros dibuat dengan konsentrasi 1.5 % dalam buffer TBE 0.5x, kemudian campuran gel agaros dan buffer TBE 0.5x didihkan dengan microwave hingga campuran terlihat bening.

25 Campuran tersebut dibiarkan hingga suhunya hangat (50-60 o C). Selanjutnya gel agaros dituangkan pada cetakan yang sudah dipasang sisir dengan posisi tegak dan berjarak 0.3-0.5 mm dari ujung cetakan untuk tempat aplikasi sampel. Setelah gel dibiarkan mengeras, sebanyak 5µl DNA amplikon dicampur dengan 1 µl loading dye, kemudian sampel dimasukkan kedalam sumur yang terdapat dalam gel. DNA marker yang digunakan adalah DNA Ladder 100 pasang basa (pb) sebanyak 2µl ditambah dengan 1µl deion. Selanjutnya gel dimasukkan kedalam buffer TBE 0.5x sebagai running buffer. Elektroforesis dilakukan selama 30 menit pada tegangan 100 volt. Hasil elektroforesis kemudian diwarnai dengan Ethium bromide selama 5 menit, kemudian gel dicuci dengan akuades selama 7 menit. Hasil elektroforesis dilihat dengan alat sinar UV dan difoto dengan menggunakan kamera digital merk Cannon. 3) Deteksi Gen Virulen Deteksi gen virulen dilakukan dengan proses amplifikasi DNA bakteri menggunakan alat PCR. Gen virulen yang diamplifikasi sebanyak tujuh gen yaitu gen act, alt, ast, aera, aopb, ascv, dan gen aext. Primer yang digunakan dalam proses amplifikasi dapat dilihat pada tabel 3.2 Komposisi PCR yang digunakan untuk total volum 12.5µl (1/4x reaksi) menggunakan KAPATaq Extra Kit. Komposisi yang digunakan dapat dilihat pada tabel 3.3. Tabel 3.2. Sikuen Primer Gen Virulen yang Digunakan No Gen Primer 5 3 Pustaka 1. Act F : GAG AAG GTG ACC ACC AAG AAC A R: AAC TGA CAT CGG CCT TGA ACT Kingombe et al., 2010 2. Alt F : TGC TGG GCC TGC GTC TGG CGG T R: AGG AAC TCG TTG ACG AAG CAG G Kingombe et al., 2010 3. Ast F: GAC TTC AAT CGC TTC CTC AAC G R: CGA TCG AAG TCA CTG GTG AAG C Kingombe et al., 2010 4. aera F: AAC CGA ACT CTC CAT Li et al., 2011 R: CGC CTT GTC CTC GTA 5. aopb F: TAC CTG TTG GAA TGA TTC CG R: AGT GAA CGC CCT CTC TCC Carvalho-Castro et al., 2010 6. ascv F: AGC AGA TGA GTA TCG AGC G Vilches et al., R: AGG CAT TCT CCT GTA CCA 2004 7. aext F: CGT GGC CAT CAA AGA GTG G R: GCA GCT GGC TCA TCG CCT C Vilches 2004 et al.,

26 Proses amplifikasi dilakukan dengan metode Touch-down (modifikasi Wulandari dan Syadza, 2012). Untuk primer alt dengan total 45 siklus, proses amplifikasi diawali dengan denaturasi awal pada suhu 94 o C selama 5 menit, diikuti 15 siklus yang terdiri dari proses denaturasi pada 94 o C selama 30 detik, kemudian annealing pada suhu 62-69 o C dengan temperature increment (Ti) - 0.5 o C, elongasi pada suhu 72 o C selama 1 menit, dilanjutkan dengan 30 siklus yang terdiri dari proses denaturasi pada suhu 94 o C selama 30 detik, annealing pada suhu 61 o C, elongasi pada suhu 72 o C, dan diakhiri dengan elongasi akhir pada suhu 72 o C selama 10 menit. Program amplifikasi dapat dilihat pada gambar 3.2. Tabel 3.3. Komposisi Reaksi Amplifikasi Gen Virulen Bahan Konsentrasi Konsentrasi Volume (µl) Awal Akhir KAPATaq Extra 5x 1x 2.5 buffer (tanpa Mg 2+ ) MgCl 2 25 mm 1.75 mm 0.875 dntp mix 10 mm 0.3 mm 0.375 Forward Primer 10 mm 0.5 mm 0.625 Revese Primer 10 mm 0.5 mm 0.625 KAPATAq Extra 2.5 U/µl 1.25 U 0.125 Hotstar DNA Polymerase Air Deion Steril 6.375 DNA Templat 1 Total Volume 12.5 Gambar 3.2. Program suhu PCR yang digunakan untuk amplifikasi Gen alt

27 Untuk primer act, ast, aopb, aera, ascv, dan aext, proses amplifikasi dengan total 45 siklus diawali dengan denaturasi awal pada suhu 94 o C selama 5 menit, diikuti 17 siklus yang terdiri dari denaturasi pada suhu 94 o C selama 30 detik, annealing pada suhu 62-54 o C, elongasi pada suhu 72 o C selama 1 menit, kemudian dilanjutkan dengan 28 siklus berikutnya yang terdiri dari proses denaturasi pada suhu 94 o C selama 30 detik, annealing pada suhu 53 o C, elongasi pada suhu 72 o C dan diakhiri dengan elongasi akhir pada suhu 72 o C selama 10 menit. Program amplifikasi dapat dilihat pada gambar 3.3 Gambar 3.3. Program suhu PCR yang digunakan untuk amplifikasi Gen Virulen act, ast, aopb, aera, ascv, dan aext Hasil PCR kemudian diamati dengan elektroforesis gel agaros 1.4 %. Sebanyak 3 µl DNA amplikon dicampur dengan 1µl loading dye. Kemudian sampel dimasukkan ke dalam sumur. DNA marker yang digunakan adalah FastRuler DNA Ladder Middle range ready-to-use. Sebanyak 2µl DNA marker dicampur dengan deion 1µl. Elektroforesis dilakukan selama 20 menit pada tegangan 100 volt dengan buffer TBE 1x sebagai running buffer.hasil elektroforesis dilihat dengan alat sinar UV dan difoto dengan menggunakan kamera digital merk Cannon. 4) Pra sikuensing a. Identifikasi Gen 16S rrna Dengan Metode PCR Proses amplifikasi gen 16S rrna dilakukan dengan menggunakan alat PCR. Komposisi yang digunakan menurut protokol Gotaq Green Master Mix 2x/ KAPA Fast Ready Mix yaitu dengan total volum 50µl, yang berisi KAPA/GoTaq Master

28 Mix sebanyak 25µl, Primer F/R masing-masing 2µl, DNA templat 4µl, dan deion steril 19µl. Primer yang digunakan adalah 27F (5 AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG 3 ) dan 1492R (5 GGT TAC CTT GTT ACG ACT T 3 ). Proses amplifikasi diawali dengan denaturasi awal pada suhu 95 o C selama 5 menit, diikuti 28 kali siklus yang terdiri dari tahap denaturasi pada suhu 95 o C selama 30 detik, proses annealing pada suhu 54 o C selama 30 detik, proses elongasi pada suhu 72 o C selama 90 detik, dan diakhiri proses elongasi akhir pada suhu 72 o C selama 10 menit. Program suhu PCR dalam proses amplifikasi dapat dilihat pada Gambar 3.4. 95 o C 5 menit 95 o C 30 detik 54 o C 72 o C 90 detik 72 o C 10menit 30 detik 28 siklus Gambar 3.4 Program Suhu PCR yang Digunakan dalam Proses Amplifikasi Gen 16S rrna b. Purifikasi DNA amplikon 16S rrna Hasil amplifikasi gen 16S rrna dipindahkan ke dalam tabung 1.5 ml, kemudian DF Buffer sebanyak 5x total volum hasil PCR ditambahkan ke dalam tabung 1.5 ml. Kolom DF ditempatkan pada tabung 2ml (Collection tabung), kemudian sampel dipindahkan kedalam Kolom DF lalu sampel disentrifugasi pada 10.000 rpm selama 30 detik. Cairan pada tabung 2ml dibuang, kemudian Kolom DF ditempatkan kembali pada tabung 2ml. Selanjutnya sebanyak 600 µl Wash buffer dimasukkan pada Kolom DF dengan cara diteteskan tepat pada tengah membrane Kolom DF dan dibiarkan selama 1 menit. Kemudian sampel disentrifugasi pada 10.000 rpm selama 30 detik. Larutan pada tabung 2 ml dibuang, kemudian Kolom DF disentrifugasi kembali pada 10.000 rpm selama 3

29 menit untuk mengeringkan kolom matriks. Selanjutnya Kolom DF dipindahkan pada tabung 1.5 ml yang baru. Setelah itu sebanyak 75 µl Buffer elusi ditambahkan kedalam Kolom DF melalui kolom matriks pada bagian tengah dan didiamkan selama 7 menit agar buffer elusi dapat diserap oleh matriks dengan sempurna. Setelah itu, sampel disentrifugasi selama 2 menit pada 10.000 rpm. DNA amplikon hasil purifikasi dianalisis dengan elektroforesis dalam gel agaros 1,5%. Sebanyak 3µl DNA dicampur dengan 1 µl loading dye. Kemudian sampel dimasukkan kedalam sumur yang terdapat dalam gel. DNA marker yang digunakan adalah FastRuler DNA Ladder low range, ready-to-use sebanyak 2µl dicampur dengan deion 1 µl. Elektroforesis dilakukan selama 30 menit pada tegangan 100 volt dengan buffer TBE 1x sebagai running buffer. Gel diwarnai dengan Ethium bromide selama 5 menit, kemudian gel dicuci dengan akuades selama 7 menit. Hasil elektroforesis dilihat dengan alat sinar UV dan difoto dengan menggunakan kamera digital merk Cannon. c. Mengukur konsentrasi DNA Amplikon Hasil Purifikasi DNA amplikon hasil purifikasi dihitung konsentrasinya dengan menggunakan spektrofotometer dengan panjang gelombang 260 nm dan 280 nm. Pengenceran yang digunakan untuk menghitung konsentrasi DNA amplikon yang telah dipurifikasi adalah 50 kali. Konsentrasi DNA dapat diketahui dengan rumus : Konsentrasi DNA (ng/µl) = nilai A260 x konstanta DNA (50) x factor pengenceran 5) Sikuensing Proses sikuensing dilakukan dengan menggunakan mesin sequencer BigDye Applied System model 3730 yang dilakukan di Macrogen inc., Korea. Hasil sikuensing akan dibandingkan pula dengan sikuen Aeromonas hydrophila isolat AKS (K.35) hasil penelitian sebelumnya (Wulandari, 2012) dan isolat ATCC 7966 sebagai kontrol.

30 Analisis data dilakukan dengan menerjemahkan hasil sikuensing kemudian sikuen tersebut disejajarkan dan di bandingkan dengan data sikuen gen 16S rrna yang ada di database Bank gen NCBI (National Center of Biotechnology Information) di alamat website http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast.cgi Proses aligment menggunakan program Tool Multiple-sequence alignment dari software Crustal-X dan software MEGA (version 5) untuk menganalisis filogenetika bakteri Aeromonas spp. tersebut melalui pohon filogeni.

31 ALUR PENELITIAN Persiapan alat dan bahan Pengambilan sampel air kolam Isolasi bakteri air kolam Identifikasi bakteri isolat air kolam Identifikasi secara morfologi dan Biokimia mengacu pada SNI (2009 (+), deteksi hemolysis (+) Isolasi DNA PCR gen spesifik (Lipase) (+) Uji biokim tambahan (isolat terpilih) Deteksi gen virulen Deteksi gen 16S rrna, purifikasi, penghitungan konsentrasi DNA amplikon Sikuensing Analisis Data Pembuatan Laporan Penelitian atau Skripsi