Lampiran 1 Komposisi Medium PDA (1 liter) 1 Kentang 200 g 2 Dekstrosa 15 g 3 Agar 20 g 4 Air steril 1000 ml

Transkripsi

1 49 Lampiran 1 Komposisi Medium PDA (1 liter) No Bahan Takaran 1 Kentang 200 g 2 Dekstrosa 15 g 3 Agar 20 g 4 Air steril 1000 ml 200 g kentang yang telah dikupas dan dipotong-potong direbus dalam 1000 ml air steril dan dididihkan sampai empuk. Air hasil rebusan disaring dan ditambahkan air steril lagi hingga volumenya menjadi 1 L, kemudian 15 g dextrosa dan 20 g agar dimasukkan ke dalamnya dan diautoklaf. Dextrosa dapat diganti dengan sukrosa untuk merangsang sporulasi berbagai jenis cendawan. Lampiran 2 Komposisi Medium V8 Agar (1 liter) No Bahan Takaran 1 V8 jus 200 ml 2 Agar 20 g 3 CaCO 3 3 g 4 Air steril 800 ml Media ini digunakan untuk membantu pertumbuhan merangsang sporulasi berbagai jenis cendawan sebagai pengganti PDA. 200 ml sari V8 jus, 3 g CaCO 3, 20 g agar dicampurkan dengan 800 ml air steril. ph-nya diatur dengan cara mengatur banyaknya jus yang dipakai atau diberikan CaCO 3. Jika sari mengandung banyak serat, sebaiknya disentrifius dan disaring terlebih dahulu dengan kertas saring.

2 Lampiran 3 Protokol penyiapan inokulum Phytophthora (AVRDC Mycology 2000) 1. Tumbuhkan Phytophthora pada medium V8 jus agar. Pindahlan 7 mm potongan miselial ke bagian tengan cawan petri diameter 9 cm dan inkubasi pada 28 o C dengan lampu yang tetap menyala selama 4 hari. 2. Potong setiap kultur agar menjadi empat bagian dengan ukuran yang sama menggunakan pisau steril; pindahkan setiap potongan pada cawan petri baru yang steril dan potong menjadi beberapa bagian berbentuk kotak berukuran ± 0,5 cm Tambahkan air steril sampai menutupi agar block dan inkubasi pada suhu ruang selama 1 jam; tuang airnya dan ganti dengan 18 ml air steril sampai menutupi seluruh permukaan agar block. 4. Inkubasi selama 24 jam pada 28 o C dengan lampu yang tetap menyala untuk pembentukan sporangia. 5. Pindahkan lagi ke incubator (4 o C) selama 2 jam untuk inisiasi pembentukan zoospora. 6. Kembalikan lagi pada incubator yang tetap menyala suhu 28 o C selama 1 jam untuk pelepasan zoospora. 7. Tuang suspensi zoospora dan jika diperlukan cuci agar block untuk mendapatkan zoospora baru yang lebih besar (menggunakan cheese cloth). 8. Pindahkan suspensi sampel yang representatif ke haemocytometer dan panaskan slide pada pemanas (50 o C selama 1 menit) dengan tujuan agar zoospora menjadi tidak bergerak sehingga mudah dihitung. 9. Sediaan suspensi zoospora harus disimpan di tempat yang dingin atau dalam air dingin. 50

3 51 Lampiran 4 Cara kalibrasi mikrometer okuler dan objektif pada mikroskop binokuler 1 skala mikrometer objektif = 0,01 mm atau 10 µm; sedangkan 1 skala okuler = Jarak yang diketahui antara 2 garis pada mikrometer objektif Jarak skala pada mikrometer okuler = 0,01 x skala objektif (dalam mm) skala okuler = 10 x skala objektif (dalam µm) skala okuler Lampiran 5 Sistem klasifikasi Saccarado (Barnett & Hunter 1998) SPHAEROPSIDALES 1a. Conidia globose to oblong or ellipsoid, not filiform 2 1b. Conidia filiform, at least several times longer than wide, 1-to several-celled (scolecosporous).62 2a. Conidia 1-celled...3 2b. Conidia typically 2-celled..45 2c. Conidia typically 3-to several-celled.52 45a. Conidia hyaline b. Conidia with distinct dark pigment a. Pycnidia separate, not in stroma...diplodia 51b. Pycnidia clustered in stroma..botryodiplodia

4 Lampiran 6 Berastagi (3 HSI) Pertumbuhan koloni Diplodia dan atau Botryodiplodia dalam PDA pada suhu kamar (25 30 o C) Asal Isolat Permukaan atas Permukaan bawah 52 Kampar (3 HSI) Muaro Jambi (3 HSI) Tulang Bawang Barat (3 HSI) Garut (3 HSI) Jember (4 HSI)

5 53 Lampiran 6 (Lanjutan) Batu - Malang (3 HSI) Bangli (7 HSI) TTS (3 HSI) Banjarbaru (3 HSI) Banjarmasin(3 HSI)

6 Lampiran 7 Konidia B. theobromae (perbesaran 100x dan 400x pada mikroskop binokuler) Berastagi Asal Isolat Hasil Foto Mikroskopis 54 Kampar Muaro Jambi Tulang Bawang Barat Garut Jember

7 55 Lampiran 7 (Lanjutan) Batu - Malang Bangli TTS Banjarbaru Banjarmasin

8 56 Lampiran 8 Hasil perunutan nukleotida sepuluh isolat B. theobromae (format contiq) Banjarbaru 1 TTGATATGCT TAAGTTCAGC GGGTATCCCT ACCTGATCCG AGGTCAACCT TGAGAAAAGT 61 TCAGAAGGTT CGTCCGGCGG GCGACGCCAA CCGCTCCAAA GCGAGGTGTA TTCTACTACG 121 CTTGAGGGCT GAACAGCCAC CGCCGAGGTC TTTGAGGCGC GTCCGCAGTG AGGACGGTGC 181 CCAATTCCAA GCAGAGCTTG AGGGTTGTAA TGACGCTCGA ACAGGCATGC CCCCCGGAAT 241 ACCAAGGGGC GCAATGTGCG TTCAAAGATT CGATGATTCA CTGAATTCTG CAATTCACAT 301 TACTTATCGC ATTTCGCTGC GTTCTTCATC GATGCCAGAA CCAAGAGATC CGTTGTTGAA 361 AGTTTTAGTT TATTAACTTG TTTATCAGAC GTCTGCGTTT ACTGACTGGA GTTTGAAGGT 421 CCTTTGGCGG CCGGAGCCGC CAAAGCAACA GAGGTACGTT CACAAAGGGT GGGAGAGTCG 481 AGCCGGAGCT CGAAAACTCG GTAATGATCC TTCCGCAGGT TCACCTACGG AAACCTTGTT 541 ACGACTTTTA CTTCC Berastagi 1 GATATGCTTA AGTTCAGCGG GTATCCCTAC CTGATCCGAG GTCAACCTTG AGAAAAGTTC 61 AGAAGGTTCG TCCGGCGGGC GACGCCAACC GCTCCAAAGC GAGGTGTATT CTACTACGCT 121 TGAGGGCTGA ACAGCCACCG CCGAGGTCTT TGAGGCGCGT CCGCAGTGAG GACGGTGCCC 181 AATTCCAAGC AGAGCTTGAG GGTTGTAATG ACGCTCGAAC AGGCATGCCC CCCGGAATAC 241 CAAGGGGCGC AATGTGCGTT CAAAGATTCG ATGATTCACT GAATTCTGCA ATTCACATTA 301 CTTATCGCAT TTCGCTGCGT TCTTCATCGA TGCCAGAACC AAGAGATCCG TTGTTGAAAG 361 TTTTAGTTTA TTAACTTGTT TATCAGACGT CTGCGTTTAC TGACTGGAGT TTGAAGGTCC 421 TTTGGCGGCC GGAGCCGCCA AAGCAACAGA GGTACGTTCA CAAAGGGTGG GAGAGTCGAG 481 CCGGAGCTCG AAAACTCGGT AATGATCCTT CCGCAGGTTC ACCTACGGAA ACCTTGTTAC 541 GA Garut 1 TTGATATGCT TAAGTTCAGC GGGTATCCCT ACCTGATCCG AGGTCAACCT TGAGAAAAGT 61 TCAGAAGGTT CGTCCGGCGG GCGACGCCAA CCGCTCCAAA GCGAGGTGTA TTCTACTACG 121 CTTGAGGGCT GAACAGCCAC CGCCGAGGTC TTTGAGGCGC GTCCGCAGTG AGGACGGTGC 181 CCAATTCCAA GCAGAGCTTG AGGGTTGTAA TGACGCTCGA ACAGGCATGC CCCCCGGAAT 241 ACCAAGGGGC GCAATGTGCG TTCAAAGATT CGATGATTCA CTGAATTCTG CAATTCACAT 301 TACTTATCGC ATTTCGCTGC GTTCTTCATC GATGCCAGAA CCAAGAGATC CGTTGTTGAA 361 AGTTTTAGTT TATTAACTTG TTTATCAGAC GTCTGCGTTT ACTGACTGGA GTTTGAAGGT 421 CCTTTGGCGG CCGGAGCCGC CAAAGCAACA GAGGTACGTT CACAAAGGGT GGGAGAGTCG 481 AGCGTTCACA AAGGGTGGGA GAGTCGAGCC GGAGCTCGAA AACTCGGTAA TGATCCTTCC 541 GCAGGTTCAC CTACGGAAAC CTTGTTACGA Jember 1 CGAGGTGTAT TCTACTACGC TTGAGGGCTG AACAGCCACC GCCGAGGTCT TTGAGGCGCG 61 TCCGCAGTGA GGACGGTGCC CAATTCCAAG CAGAGCTTGA GGGTTGTAAT GACGCTCGAA 121 CAGGCATGCC CCCCGGAATA CCAAGGGGCG CAATGTGCGT TCAAAGATTC GATGATTCAC 181 TGAATTCTGC AATTCACATT ACTTATCGCA TTTCGCTGCG TTCTTCATCG ATGCCAGAAC 241 CAAGAGATCC GTTGTTGAAA GTTTTAGTTT ATTAACTTGT TTATCAGACG TCTGCGTTTA 301 CTGACTGGAG TTTGGAGGTC CTTTGGCGGC CGGAGCCGCC AAAGCAACAG AGGTACGTTC 361 ACAAAGGGTG GGAGAGTCGA GCCGAAAACT CGGTAATGAT CCTTCCGCAG GTTCACCTAC Muaro Jambi 1 TTGCTTAAGT TCAGCGGGTA TCCCTACCTG ATCCGAGGTC AACCTTGAGA AAAGTTCAGA 61 AGGTTCGTCC GGCGGGCGAC GCCAACCACT CCAAAGCGAG GTGTATTCTA CTACGCTTGA 121 GGGCTGAACA GCCACCGCCG AGGTCTTTGA GGCGCGTCCG CAGTGAGGAC GGTGCCCAAT 181 TCCAAGCAGA GCTTGAGGGT TGTAATGACG CTCGAACAGG CATGCCCCCC GGAATACCAA 241 GGGGCGCAAT GTGCGTTCAA AGATTCGATG ATTCACTGAA TTCTGCAATT CACATTACTT 301 ATCGCATTTC GCTGCGTTCT TCATCGATGC CAGAACCAAG AGATCCGTTG TTGAAAGTTT 361 TAGTTTATTA ACTTGTTTAT CAGACGTCTG CGTTTACTGA CTGGAGTTTG GAGGTCCTTT 421 GGCGGCCGGA GCCGCCAAAG CAACAGAGGT ACGTTCACAA AGGGTGGGAG AGTCGAGCCG 481 AAGCCCGAAA ACTCGGTAAT GATCCTTCCG CAGGTTCACC TACGGAAACC TTGTTAC

9 57 Lampiran 8 (Lanjutan) Bangli 1 TTGATATGCT TAAGTTCAGC GGGTATCCCT ACCTGATCCG AGGTCAACCT TGAGAAAAGT 61 TCAGAAGGTT CGTCCGGCGG GCGACGCCAA CCGCTCCAAA GCGAGGTGTA TTCTACTACG 121 CTTGAGGGCT GAACAGCCAC CGCCGAGGTC TTTGAGGCGC GTCCGCAGTG AGGACGGTGC 181 CCAATTCCAA GCAGAGCTTG AGGGTTGTAA TGACGCTCGA ACAGGCATGC CCCCCGGAAT 241 ACCAAGGGGC GCAATGTGCG TTCAAAGATT CGATGATTCA CTGAATTCTG CAATTCACAT 301 TACTTATCGC ATTTCGCTGC GTTCTTCATC GATGCCAGAA CCAAGAGATC CGTTGTTGAA 361 AGTTTTAGTT TATTAACTTG TTTATCAGAC GTCTGCGTTT ACTGACTGGA GTTTGAAGGT 421 CCTTTGGCGG CCGGAGCCGC CAAAGCAACA GAGGTACGTT CACAAAGGGT GGGAGAGTCG 481 AGCCGGAGCT CGAAAACTCG GTAATGATCC TTCCGCAGGT TCACCTACGG AAACCTTGTT 541 ACGACT Kampar 1 TTTGATATTA AAAGTCGTAA CCAAGGCAAC CTTCCGACTT CGGGATTTTC CACCCTTTTT 61 TGATATGCTT AAGTTCAGCG GGTATCCCTA CCTGATCCGA GGTCAACCTT GAGAAAAGTT 121 CAGAAGGTTC GTCCGGCGGG CGACGCCAAC CGCTCCAAAG CGAGGTGTAT TCTACTACGC 181 TTGAGGGCTG AACAGCCACC GCCGAGGTCT TTGAGGCGCG TCCGCAGTGA GGACGGTGCC 241 CAATTCCAAG CAGAGCTTGA GGGTTGTAAT GACGCTCGAA CAGGCATGCC CCCCGGAATA 301 CCAAGGGGCG CAATGTGCGT TCAAAGATTC GATGATTCAC TGAATTCTGC AATTCACATT 361 ACTTATCGCA TTTCGCTGCG TTCTTCATCG ATGCCAGAAC CAAGAGATCC GTTGTTGAAA 421 GTTTTAGTTT ATTAACTTGT TTATCAGACG TCTGCGTTTA CTGACTGGAG TTTGGAGGTC 481 CTTTGGCGGC CGGAGCCGCC AAAGCAACAG AGGTACGTTC ACAAAGGGTG GGAGAGTCGA 541 GCCGAAGCCC GAAAACTCGG TAATGTATCC TTCCGCAGGT TCACCTACGG AAACCTTGTT 601 AC Tulang Bawang Barat 1 TATGCTTAAG TTCAGCGGGT ATCCCTACCT GATCCGAGGT CAACCTTGAG AAAAGTTCAG 61 AAGGTTCGTC CGGCGGGCGA CGCCAACCGC TCCAAAGCGA GGTGTATTCT ACTACGCTTG 121 AGGGCTGAAC AGCCACCGCC GAGGTCTTTG AGGCGCGTCC GCAGTGAGGA CGGTGCCCAA 181 TTCCAAGCAG AGCTTGAGGG TTGTAATGAC GCTCGAACAG GCATGCCCCC CGGAATACCA 241 AGGGGCGCAA TGTGCGTTCA AAGATTCGAT GATTCACTGA ATTCTGCAAT TCACATTACT 301 TATCGCATTT CGCTGCGTTC TTCATCGATG CCAGAACCAA GAGATCCGTT GTTGAAAGTT 361 TTAGTTTATT AACTTGTTTA TCAGACGTCT GCGTTTACTG ACTGGAGTTT GAAGGTCCTT 421 TGGCGGCCGG AGCCGCCAAA GCAACAGAGG TACGTTCACA AAGGGTGGGA GAGTCGAGCC 481 GGAGCTCGAA AACTCGGTAA TGATCCTTCC GCAGGTTCAC CTACGGATAC CTTGT Batu - Malang 1 TTCAGCGGGT ATCCCTACCT GATCCGAGGT CAACCTTGAG AAAAGTTCAG AAGGTTCGTC 61 CGGCGGGCGA CGCCAACCGC TCCAAAGCGA GGTGTATTCT ACTACGCTTG AGGGCTGAAC 121 AGCCACCGCC GAGGTCTTTG AGGCGCGTCC GCAGTGAGGA CGGTGCCCAA TTCCAAGCAG 181 AGCTTGAGGG TTGTAATGAC GCTCGAACAG GCATGCCCCC CGGAATACCA AGGGGCGCAA 241 TGTGCGTTCA AAGATTCGAT GATTCACTGA ATTCTGCAAT TCACATTACT TATCGCATTT 301 CGCTGCGTTC TTCATCGATG CCAGAACCAA GAGATCCGTT GTTGAAAGTT TTAGTTTATT 361 AACTTGTTTA TCAGACGTCT GCGTTTACTG ACTGGAGTTT GAAGGTCCTT TGGCGGCCGG 421 AGCCGCCAAA GCAACAGAGG TACGTTCACA AAGGGTGGGA GAGTCGAGCC GGAGCTCGAA 481 AACTCGGTAA TGATCCTTCC GCAGGTTCAC CTACGGAAAC CTTGTTA TTS 1 CTACCTGATC CGAGGTCAAC CTTGAGAAAA GTTCAGAAGG TTCGTCCGGC GGGCGACGCC 61 AACCGCTCCA AAGCGAGGTG TATTCTACTA CGCTTGAGGG CTGAACAGCC ACCGCCGAGG 121 TCTTTGAGGC GCGTCCGCAG TGAGGACGGT GCCCAATTCC AAGCAGAGCT TGAGGGTTGT 181 AATGACGCTC GAACAGGCAT GCCCCCCGGA ATACCAAGGG GCGCAATGTG CGTTCAAAGA 241 TTCGATGATT CACTGAATTC TGCAATTCAC ATTACTTATC GCATTTCGCT GCGTTCTTCA 301 TCGATGCCAG AACCAAGAGA TCCGTTGTTG AAAGTTTTAG TTTATTAACT TGTTTATCAG 361 ACGTCTGCGT TTACTGACTG GAGTTTGAAG GTCCTTTGGC GGCCGGAGCC GCCAAAGCAA 421 CAGAGGTACG TTCACAAAGG GTGGGAGAGT CGAGCCGGAG CATGATCCTT CCGCAGGTTC 481 ACCTACGGAA ACCTTGTTAC GACTTTTACT TCC

10 Lampiran 9 Hasil penjajaran nukleotida isolat penelitian dan isolat dari GeneBank 58 Garut CCGCTCCAAAGCGAGG TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA 132 Tulang BawangBarat CCGCTCCAAAGCGAGG TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA 128 Berastagi CCGCTCCAAAGCGAGG TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA 130 Bangli CCGCTCCAAAGCGAGG TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA 132 Batu-Malang CCGCTCCAAAGCGAGG TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA 118 Muaro Jambi CCACTCCAAAGCGAGG TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA 127 Kampar CCGCTCCAAAGCGAGG TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA 191 Jember CGAGG TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA 31 Banjarbaru CCGCTCCAAAGCGAGG TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA 132 TTS CCGCTCCAAAGCGAGG TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA 104 L_Malaysia_jeruk TTGCTTTGGCGGCTC CGG BR_China_nangka TTGCTTTGGCGGCTC CGG LT_Malaysia_sirsak TTGCTTTGGCGGCTC CGG B_Malaysia_jeruk TTGCTTTGGCGGCTC CGG LT_Taiwan_mangga TTGCTTTGGCGGCTC CGG LP_Suriname_jeruk TTGCTTTGGCGGCTC CGG L_Kaltim_meranti TTGCTTTGGCGGCTC CGG BP_Australia_jeruk TTGCTTTGGCGGGCCGCGGTCCTCCGCACCGGCGCCCTTCGGGGGGCTGG 109 SS_Sumut_pinus TTGCTTTGGCGGCTC----TTTGCCGCGAGGAGGCCCTCGCGGGCCCCCC 104 PG_Switzerld_gandm GCGTTAATTGGTCTTGGTGCCATGCGAAAAACATGTGGATCGTGGGCTAT 183 * Garut ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT 178 Tulang BawangBarat ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT 174 Berastagi ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT 176 Bangli ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT 178 Batu-Malang ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT 164 Muaro Jambi ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT 173 Kampar ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT 237 Jember ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT 77 Banjarbaru ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT 178 TTS ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT 150 L_Malaysia_jeruk CCGCCAAAGGACCTTCAAACTCCAGTCAGTAAACGCAGAC 143 BR_China_nangka CCGCCAAAGGACCTTCAAACTCCAGTCAGTAAACGCAGAC 141 LT_Malaysia_sirsak CCGCCAAAGGACCTTCAAACTCCAGTCAGTAAACGCAGAC 143 B_Malaysia_jeruk CCGCCAAAGGACCTCCAAACTCCAGTCAGTAAACGCAGAC 145 LT_Taiwan_mangga CCGCCAAAGGACCTCCAAACTCCAGTCAGTAAACGCAGAC 133 LP_Suriname_jeruk CCGCCAAAGGACCTCCAAACTCCAGTCAGTAAACGCAGAC 141 L_Kaltim_meranti CCGCCAAAGGACCTTCAAACTCCAGTCAGTAAACGCAGAC 158 BP_Australia_jeruk CCAGCGC---CCGCCAGAGGACCATAAAACTCCAGTCAGTGAACTTCGCA 156 SS_Sumut_pinus CGCGCGCTTTCCGCCAGAGGACCTTCAAACTCCAGTCAGTAAACGTCGAC 154 PG_Switzerld_gandm GTGACCC--CTCTGTGGGGGGTATTTTGTCGCGAACTTGGAGATTTGGCT 231 * ** * * * *

11 59 Lampiran 9 (Lanjutan) Garut GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT 228 Tulang BawangBarat GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT 224 Berastagi GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT 226 Bangli GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT 228 Batu-Malang GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT 214 Muaro Jambi GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT 223 Kampar GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT 287 Jember GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT 127 Banjarbaru GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT 228 TTS GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT 200 L_Malaysia_jeruk GTCTGATAAAC-----AAGTTAA----TAAACTAAAACTTTCAACAACGG 184 BR_China_nangka GTCTGATAAAC-----AAGTTAA----TAAACTAAAACTTTCAACAACGG 182 LT_Malaysia_sirsak GTCTGATAAAC-----AAGTTAA----TAAACTAAAACTTTCAACAACGG 184 B_Malaysia_jeruk GTCTGATAAAC-----AAGTTAA----TAAACTAAAACTTTCAACAACGG 186 LT_Taiwan_mangga GTCTGATAAAC-----AAGTTAA----TAAACTAAAACTTTCAACAACGG 174 LP_Suriname_jeruk GTCTGATAAAC-----AAGTTAA----TAAACTAAAACTTTCAACAACGG 182 L_Kaltim_meranti GTCTGATAAAC-----AAGTTAA----TAAACTAAAACTTTCAACAACGG 199 BP_Australia_jeruk GTCTGAAAAAC-----AAGTTAA----TAAACTAAAACTTTCAACAACGG 197 SS_Sumut_pinus GTCTGATAAAC-----AAGTTAA----TAAACTAAAACTTTCAACAACGG 195 PG_Switzerld_gandm GATGGATATATTATATAGATAAA----CAAAATACAACTCTTAGCAATGG 277 * * * * * * * ** * Garut GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 278 Tulang BawangBarat GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 274 Berastagi GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 276 Bangli GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 278 Batu-Malang GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 264 Muaro Jambi GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 273 Kampar GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 337 Jember GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 177 Banjarbaru GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 278 TTS GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 250 L_Malaysia_jeruk ATCTCTTGG--TTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGT 232 BR_China_nangka ATCTCTTGG--TTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGT 230 LT_Malaysia_sirsak ATCTCTTGG--TTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGT 232 B_Malaysia_jeruk ATCTCTTGG--TTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGT 234 LT_Taiwan_mangga ATCTCTTGG--TTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGT 222 LP_Suriname_jeruk ATCTCTTGG--TTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGT 230 L_Kaltim_meranti ATCTCTTGG--TTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGT 247 BP_Australia_jeruk ATCTCTTGG--TTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGT 245 SS_Sumut_pinus ATCTCTTGG--TTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGT 243 PG_Switzerld_gandm ATATCTTGG--TTCCCACAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGT 325 * ** * * * * ** * ** **** *

12 60 Lampiran 9 (Lanjutan) Garut CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC 327 Tulang BawangBarat CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC 323 Berastagi CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC 325 Bangli CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC 327 Batu-Malang CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC 313 Muaro Jambi CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC 322 Kampar CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC 386 Jember CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC 226 Banjarbaru CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC 327 TTS CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC 299 L_Malaysia_jeruk AATGTGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATT 281 BR_China_nangka AATGTGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATT 279 LT_Malaysia_sirsak AATGTGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATT 281 B_Malaysia_jeruk AATGTGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATT 283 LT_Taiwan_mangga AATGTGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATT 271 LP_Suriname_jeruk AATGTGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATT 279 L_Kaltim_meranti AATGTGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATT 296 BP_Australia_jeruk AATGTGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATT 294 SS_Sumut_pinus AATGTGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATT 292 PG_Switzerld_gandm AATGCGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCAAGTT 374 * ***** ****** * * * **** ** * ** * Garut ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA 375 Tulang BawangBarat ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA 371 Berastagi ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA 373 Bangli ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA 375 Batu-Malang ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA 361 Muaro Jambi ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA 370 Kampar ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA 434 Jember ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA 274 Banjarbaru ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA 375 TTS ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA 347 L_Malaysia_jeruk GCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA-----TTA 326 BR_China_nangka GCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA-----TTA 324 LT_Malaysia_sirsak GCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA-----TTA 326 B_Malaysia_jeruk GCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA-----TTA 328 LT_Taiwan_mangga GCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA-----TTA 316 LP_Suriname_jeruk GCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA-----TTA 324 L_Kaltim_meranti GCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA-----TTA 341 BP_Australia_jeruk GCGCCCCTTGGTATTCCGAGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA-----TTT 339 SS_Sumut_pinus GCGCCCCTTGGCATTCCGAGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA-----TTA 337 PG_Switzerld_gandm GCGCTTTCGAGAGCCCTCGGAAGCATGCCTCTCTGAGTATCGGTTT-CTA 423 * * * * * ** * *

13 61 Lampiran 9 (Lanjutan) Garut ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGAAGGTCCTTT 425 Tulang BawangBarat ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGAAGGTCCTTT 421 Berastagi ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGAAGGTCCTTT 423 Bangli ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGAAGGTCCTTT 425 Batu-Malang ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGAAGGTCCTTT 411 Muaro Jambi ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGGAGGTCCTTT 420 Kampar ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGGAGGTCCTTT 484 Jember ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGGAGGTCCTTT 324 Banjarbaru ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGAAGGTCCTTT 425 TTS ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGAAGGTCCTTT 397 L_Malaysia_jeruk ---CAACCCTCAAGCTC---TGCTTGGAATTGGGCACCGTCCTCACTGCG 370 BR_China_nangka ---CAACCCTCAAGCTC---TGCTTGGAATTGGGCACCGTCCTCACTGCG 368 LT_Malaysia_sirsak ---CAACCCTCAAGCTC---TGCTTGGAATTGGGCACCGTCCTCACTGCG 370 B_Malaysia_jeruk ---CAACCCTCAAGCTC---TGCTTGGAATTGGGCACCGTCCTCACTGCG 372 LT_Taiwan_mangga ---CAACCCTCAAGCTC---TGCTTGGAATTGGGCACCGTCCTCACTGCG 360 LP_Suriname_jeruk ---CAACCCTCAAGCTC---TGCTTGGAATTGGGCACCGTCCTCACTGCG 368 L_Kaltim_meranti ---CAACCCTCAAGCTC---TGCTTGGAATTGGGCACCGTCCTCACTGCG 385 BP_Australia_jeruk ---CAACCCTCAAGCTC---TGCTTGGTATTGGGCCCCGTCCTCC--ACG 381 SS_Sumut_pinus ---CAACCCTCAAGCTC---TGCTTGGTATTGGGCGCCGTCCTCTCTGCG 381 PG_Switzerld_gandm ---TATCTCTCACACTGGTGTGCTGGAGAATGGGAGTTGCTGCACCTCTC 470 *** * * * ** Garut GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGGGA 474 Tulang BawangBarat GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGG Berastagi GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGG Bangli GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGG Batu-Malang GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGG Muaro Jambi GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGG Kampar GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGG Jember GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGG Banjarbaru GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGG TTS GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGG L_Malaysia_jeruk GACGCGCCTCAAAGACCTCGGCGGTGGCTGTTCAGCCCTCAAGCGTAGTA 420 BR_China_nangka GACGCGCCTCAAAGACCTCGGCGGTGGCTGTTCAGCCCTCAAGCGTAGTA 418 LT_Malaysia_sirsak GACGCGCCTCAAAGACCTCGGCGGTGGCTGTTCAGCCCTCAAGCGTAGTA 420 B_Malaysia_jeruk GACGCGCCTCAAAGACCTCGGCGGTGGCTGTTCAGCCCTCAAGCGTAGTA 422 LT_Taiwan_mangga GACGCGCCTCAAAGACCTCGGCGGTGGCTGTTCAGCCCTCAAGCGTAGTA 410 LP_Suriname_jeruk GACGCGCCTCAAAGACCTCGGCGGTGGCTGTTCAGCCCTCAAGCGTAGTA 418 L_Kaltim_meranti GACGCGCCTCAAAGACCTCGGCGGTGGCTGTTCAGCCCTCAAGCGTAGTA 435 BP_Australia_jeruk GACGCGCCTTGAAGACCTCGGCGGTGGCGTCTTG--CCTCAAGCGTAGTA 429 SS_Sumut_pinus GACGCGCCTTAAAGACCTCGGCGGTGGCTGTTCAGCCCTCAAGCGTAGTA 431 PG_Switzerld_gandm TGCATCTCCTGAAGTCAACGTCGGCCGAAGTCCA----TCGGGT * * * * * *

14 62 Lampiran 9 (Lanjutan) Garut GAGTCGAGCGTTCACAAAGGGTGGGAGAGTCGAGCCGGAGCTCGAAAACT 524 Tulang BawangBarat GAGAGTCGAGCCGGAGCTCGAAAACT 494 Berastagi GAGAGTCGAGCCGGAGCTCGAAAACT 496 Bangli GAGAGTCGAGCCGGAGCTCGAAAACT 498 Batu-Malang GAGAGTCGAGCCGGAGCTCGAAAACT 484 Muaro Jambi GAGAGTCGAGCCGAAGCCCGAAAACT 493 Kampar GAGAGTCGAGCCGAAGCCCGAAAACT 557 Jember GAGAGTCGAGCCGAA AACT 390 Banjarbaru GAGAGTCGAGCCGGAGCTCGAAAACT 498 TTS GAGAGTCGAGCCGGAGC L_Malaysia_jeruk GAATA CACCTCGCTTTGGAGCGGTTGGCGTCGCCCGCCGGACG 463 BR_China_nangka GAATA CACCTCGCTTTGGAGCGGTTGGCGTCGCCCGCCGGACG 461 LT_Malaysia_sirsak GAATA CACCTCGCTTTGGAGCGGTTGGCGTCGCCCGCCGGACG 463 B_Malaysia_jeruk GAATA CACCTCGCTTTGGAGTGGTTGGCGTCGCCCGCCGGACG 465 LT_Taiwan_mangga GAATA CACCTCGCTTTGGAGTGGTTGGCGTCGCCCGCCGGACG 453 LP_Suriname_jeruk GAATA CACCTCGCTTTGGAGTGGTTGGCGTCGCCCGCCGGACG 461 L_Kaltim_meranti GAATA CACCTCGCTTTGGAGCGGTTGGCGTCGCCCGCCGGACG 478 BP_Australia_jeruk GAAAA CACCTCGCTTTGGAGCGCACGGCGTCGCCCGCCGGACG 472 SS_Sumut_pinus GAATA CACCTCGCTTTGGAGCGGTTGGCGTCGCCCGCCGGACG 474 PG_Switzerld_gandm TCTTGGAACG------ATAATCCGTC--ATG 533 ** * Garut CGGTAATG-ATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGA Tulang BawangBarat CGGTAATG-ATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGATACCTTGT Berastagi CGGTAATG-ATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGA Bangli CGGTAATG-ATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGACT- 546 Batu-Malang CGGTAATG-ATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTA Muaro Jambi CGGTAATG-ATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTAC Kampar CGGTAATGTATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTAC Jember CGGTAATG-ATCCTTCCGCAGGTTCACCTAC Banjarbaru CGGTAATG-ATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGACTT 547 TTS -----ATG-ATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGACTT 505 L_Malaysia_jeruk AACCTTCTGAACTTTTCTCAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCC 513 BR_China_nangka AACCTTCTGAACTTTTCTCAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCC 511 LT_Malaysia_sirsak AACCTTCTGAACTTTTCTCAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCC 513 B_Malaysia_jeruk AACCTTCTGAACTTTTCTCAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCC 515 LT_Taiwan_mangga AACCTTCTGAACTTT-CTCAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCC 502 LP_Suriname_jeruk AACCTTCTGAACTTTTCTCAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCC 511 L_Kaltim_merant AACCTTCTGAACTTTTCTCAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCC 528 BP_Australia_jeruk AACCTTTGAATTATTTCTCAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGG SS_Sumut_pinus AACCTTCTGAACTTTTCTCAAGGTTGACCT PG_Switzerld_gandm G--CGCCCAAACCATACACACAA--GATCTCAGATGAGGTAAGACTACCC 579 * * * **

15 63 Lampiran 9 (Lanjutan) Garut Tulang BawangBarat Berastagi Bangli Batu-Malang Muaro Jambi Kampar Jember Banjarbaru TTACTTCC TTS TTACTTCC L_Malaysia_jeruk GCTGAACTTAAGCATATCAATAAG-CGGAGGAA 545 BR_China_nangka GCTGAACTTAAGCATATCAATAAG-CGGAGGA- 542 LT_Malaysia_sirsak GCTGAACTTAAGCATATCAATAAG-CGGAGGAA 545 B_Malaysia_jeruk GCTGAACTTAAGCATATCAATAAGGCGGAGGAA 548 LT_Taiwan_mangga GCTGAACTTAAGCATATCAATAAG-CGGAGGA- 533 LP_Suriname_jeruk GCTGAACTTAAGCATATCAATAAG-CGGAGGA- 542 L_Kaltim_meranti GCTGAACTTAA BP_Australia_jeruk SS_Sumut_pinus PG_Switzerland_gandum GCCGAATTTAAGCATATCAATAAG-CGGAGGA- 610