Laporan Penelitian ini ditulis sebagai salah satu syarat untuk. memperoleh gelar SARJANA KEDOKTERAN OLEH: HIPNI SOLEHUDIN NIM:

Transkripsi

1 SKRINING GEN CASC11 SINGLE NUKLEOTIDE POLYMORPHISM rs SEBAGAI PREDIKTOR KANKER KANDUNG KEMIH PADA MAHASISWA PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SYARIF HIDAYATULLAH JAKARTA ANGKATAN Laporan Penelitian ini ditulis sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar SARJANA KEDOKTERAN OLEH: HIPNI SOLEHUDIN NIM: PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER FAKULTAS KEDOKTERAN DAN ILMU KESEHATAN UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SYARIF HIDAYATULLAH JAKARTA 1436 H/2015

2

3

4

5 KATA PENGANTAR Assalamualaikum wr. wb. Puji syukur peneliti panjatkan kepada Allah SWT yang telah melimpahkan rahmat dan hidayah-nya sehingga penelitian ini dapat diselesaikan dengan baik. Shalawat serta salam tidak lupa peneliti sampaikan kepada Nabi Muhammad SAW beserta keluarga dan sahabatnya. Alhamdulillah, penelitian ini telah selesai, dan akan sulit terselesaikan jika tanpa bantuan dan bimbingan dari berbagai pihak. Oleh karena itu, saya mengucapkan banyak terima kasih kepada: 1. Prof. DR. Arif Sumantri S.K.M., M.Kes. selaku Dekan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta. 2. dr. Achmad Zaki, M.Epd, Sp.OT selaku Kepala Program Studi Pendidikan Dokter FKIK UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. 3. Chris Adhiyanto, S.Si, M.Biomed, PhD dan dr. Nouval Shahab, SpU, Ph.D, FICS, FACS selaku dosen pembimbing yang telah membimbing, mengarahkan, dan memberikan motivasi kepada peneliti mulai dari awal hingga akhir penelitian. 4. dr. Mukhtar Ikhsan, Sp.P(K), MARS dan Nurlaely Mida R., S.Si, M. Biomed, DMS., selaku penguji sidang laporan penelitian ini. 5. dr. Nouval Shahab, SpU, Ph.D, FICS, FACS dan dr. Flori Ratna Sari, Ph.D. selaku penanggung jawab riset Program Studi Pendidikan Dokter angkatan 2012 yang telah memberikan motivasi untuk dapat menyelesaikan penelitian tepat pada waktunya. 6. dr.witri Ardini, M.Gizi, Sp.GK selaku pembibing akademik yang telah sabar menasehati dan memberikan dukungan dalam proses pembelajaran di Program Studi Pendidikan Dokter. 7. Kedua orang tua tercinta, terhebat, Bapak H. Aan dan Ibu Hj. Onih yang selalu memberikan dukungan kepada peneliti baik moral maupun materil. 8. Kakak kandung saya, H. Herman, Hj. Ifah, dan Hj. Aisyah yang memberikan motivasi, semangat dalam mengikuti proses pembelajaran di v

6 Program Studi Pendidikan Dokter FKIK UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. 9. Fitri Handayani yang selalu memberikan dukungan, mengingatkan, dan selalu memberikan motivasi terus menerus. 10. Teman kelompok penelitian saya, Nurul Hasanah, Rizky Ananda, Amatilah Raifah, dan Adamilzary Fikry yang telah berjuang bersama. 11. Untuk sahabat terbaik, Rizky, Faruq, Fikry, Fitria Anis, Putri Lubis, yang selalu menasehati, mendukung, dan memotivasi peneliti. 12. Untuk grup bola PSPD 2012, Anak Kost Astya Puri Blok E5 yang selalu membuat saya terus termotivasi dalam proses pemberlajaran Kuliah. 13. Seluruh mahasiswa PSPD 2012 yang terus semangat bersama dalam menimba ilmu di UIN Syarif Hidayatullah. 14. Bagian laboratorium Mba Ai, Mba Syur, yang telah membantu berlangsungnya penelitian ini. 15. Dan semua pihak yang tidak dapat saya sebutkan satu persatu. Peneliti menyadari bahwa laporan penelitian ini masih terdapat ketidaksempurnaan. Oleh karena itu, peneliti mengharapkan kritik dan saran yang membangun bagi penelitian ini. Semoga penelitian ini dapat bermanfaat bagi masyarakat dan para pembaca. Ciputat, 16 Oktober 2015 Peneliti vi

7 ABSTRAK Hipni Solehudin. Program Studi Pendidikan Dokter. Skrining Gen CASC11 Single Nukleotide Polymorphism rs Sebagai Prediktor Kanker Kandung Kemih pada Mahasiswa Program Studi Pendidikan Dokter Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta Angkatan SNP (Single Nukleotide Polymorphism) rs merupakan salah satu prediksi kanker kandung kemih akibat adanya mutasi pada basa nukleotida G (Guanin) menjadi T (Timin). Mutasi tersebut terletak pada kromosom 8q24 yang memiliki kerentanan terhadap kanker kandung kemih. Pada penelitian ini digunakan metode Hydrolysis Probe Endpoint Genotyping yang merupakan metode yang lebih cepat dan efektif. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui persentase dan frekuensi gen CASC11 SNP rs sebagai prediktor kanker kandung kemih serta melihat hubungannya dengan jenis kelamin pada mahasiswa PSPD UIN Jakarta angkatan Sampel yang digunakan yaitu sampel DNA 102 mahasiswa PSPD UIN Jakarta yang dipilih secara acak. Hasil penelitian menunjukan bahwa terdapat genotip heterozigot & mutan (GT/TT) sebesar 66 orang (64,7%), genotip wild-tyipe (GG) 36 orang (35,3%), dan genotip (GT,TT,GG) tidak berhubungan dengan jenis kelamin pada mahasiswa PSPD UIN Jakarta angkatan Kata kunci: SNP rs , kanker kandung kemih, metode Hydrolysis Probe Endpoint Genotyping. ABSTRACT Hipni Solehudin. Medical Education Program. Gen CASC11 Screening Single Nukleotide Polymorphism rs as a Predictor of Bladder Cancer in Student Medical Education Program Syarif Hidayatullah State Islamic University Jakarta Force SNP (Single Nukleotide Polymorphism) rs is one predictor of bladder cancer due to mutations in the nucleotide bases G (Guanine) to T (Thymine). The mutation is located on chromosome 8q24 which has a susceptibility to bladder cancer. The method that used in this research was the Hydrolysis Probe Endpoint Genotyping which is faster and more effective. The aim of this study was to determine the percentage and frequency gene CASC11 SNP rs as a predictor of bladder cancer and its correlation with the gender of the student UIlN Jakarta force The samples that used in this study is DNA samples of 102 students of UIN Jakarta force The results of this study show that there were heterozygous and homozygous mutant genotype (GT/TT) of 66 sampels (64,7%),36 sampels (35,3%) GG genotype, and (TT,GT,GG) genotype is not related to the gender of the student UIN Jakarta Force Key words: SNP rs , bladder cancer, Hydrolysis Probe Endpoint Genotyping method. vii

8 DAFTAR ISI LEMBAR JUDUL... i LEMBAR PERNYATAAN... ii LEMBAR PERSETUJUAN... iii LEMBAR PENGESAHAN... iv KATA PENGANTAR...v ABSTRAK... vii ABSTRACT... viii DAFTAR ISI... ix DAFTAR GAMBAR... xii DAFTAR TABEL... xiii DAFTAR SINGKATAN... xiv DAFTAR LAMPIRAN...xv BAB I PENDAHULUAN Latar Belakang Perumusan Masalah Tujuan Penelitian Manfaat Penelitian...3 BAB II TINJAUAN PUSTAKA Landasan Teori Isolasi Genom DNA PCR (Polymerase Chain Reaction) Konsep Genotip untuk Sistem LightCycler A. Prinsip Melting Curve Genotyping...7 B. Prinsip Endpoint Genotyping Pengenalan Evolusi, Genetika, dan Kromosom Penyebab Timbulnya Kanker Kandung Kemih...11 A. Anatomi dan fisiologi...12 B. Kanker kandung kemih (Bladder Cancer)...12 C. Epidemiologi kanker kandung kemih...14 D. Faktor resiko kanker kandung kemih...14 viii

9 2.2 Kerangka Teori Kerangka Konsep Definisi Operasional...16 BAB III METODE PENELITIAN Desain Penelitian Waktu dan Tempat Penelitian Populasi dan Sampel Populasi target Populasi terjangkau Perkiraan besar sampel Kriteria pemilihan sampel Teknik pengambilan sampel Prosedur Penelitian Alat dan bahan uji Cara kerja...21 A. Pengumpulan data...21 B. Desain Probe Taqman (#435137)...21 C. Isolasi DNA...23 D. Analisis DNA genom dengan elektroforesis...25 E. Deteksi dan skrining rs (Probe Taqman #435137) Alur Kerja Penelitian...28 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN Hasil Hasil isolasi DNA genom dari sel darah (whole blood) Data Karakteristik Responden...30 A. Karakteristik Jenis Kelamin Responden...30 B. Karakterisrik Umur responden Hasil Analisis Endpoint Genotyping rs A. Hasil skrining rs DNA genom Responden...31 B. Hubungan genotip GG, GT, dan TT dengan jenis kelamin...32 C. Hasil pengamatan alel T dan G pada seluruh responden...33 D. Hubungan alel T dan G dengan jenis kelamin Menghitung Frekuensi Gen (Alel)...34 ix

10 4.2 Pembahasan Aspek Keislaman...38 BAB V SIMPULAN DAN SARAN Simpulan Saran...39 DAFTAR PUSTAKA...40 LAMPIRAN...44 x

11 DAFTAR GAMBAR Gambar 2.1. Perbandingan proses PCR konvensional dan real time... 7 Gambar 2.2. Melting curve genotyping instrument LightCycler Gambar 2.3. Contoh analisis SNP Endpoint genotyping Gambar 2.4. Alel dan gen pada kromosom Gambar 2.5. Saluran kandung kemih Gambar 2.6. Lapisan kandung kemih Gambar 4.1. Isolasi genom DNA Gambar 4.2. Karakteristik jenis kelamin Gambar 4.3. Karakteristik umur responden Gambar 4.4 Hasil skrining rs DNA genom responden Gambar 4.5 Analisis Endpoint Genotyping pada responden xi

12 DAFTAR TABEL Tabel 4.1. Kategori kemurnian DNA genom Tabel 4.2. Kategori konsentrasi DNA genom Tabel 4.3. Hubungan genotip GG,GT, dan TT dengan jenis kelamin Tabel 4.4. Hasil perhitungan alel G dan T pada responden Tabel 4.5. Hubungan alel G dan T dengan jenis kelamin xii

13 DAFTAR SINGKATAN CASC11 Cancer Susceptibility Candidate 11 DNA Deoxyribonucleic Acid E-Boxes Enhancer box sequence HATs Histone acetyltransferases NCD Non Communicable Disease NTC Non Template Control PCR Polymerase Chain Reaction qpcr Quantitative Polymerase Chain Reaction RAPD Random Amplified Polymorphic DNA RFLP Restriction Fragmen Length Polymorphism RNA Ribonucleic Acid RT-PCR Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction SNP Single Nucleotide Polymorphism UIN Universitas Islam Negeri WHO World Health Organization xiii

14 DAFTAR LAMPIRAN Lampiran 1 Surat Tanda Terima Kemite Etik Lampiran 2 Persetujuan responden Lampiran 3 Alat dan bahan peneltian Lampiran 4 Hasil isolasi DNA dengan elektroforesis Lampiran 5 Hasil kemurnian dan konsentrasi DNA sampel Lampiran 6 Hasil Analisis Endpoint Genotyping responden Lampiran 7 Hasil skrining rs pada seluruh responden Lampiran 8 Hasil analisis statistika Lampiran 9 Riwayat Penulis XIV

15 SKRINING GEN CASC11 SINGLE NUKLEOTIDE POLYMORPHISM rs SEBAGAI PREDIKTOR KANKER KANDUNG KEMIH PADA MAHASISWA PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SYARIF HIDAYATULLAH JAKARTA ANGKATAN Laporan Penelitian ini ditulis sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar SARJANA KEDOKTERAN OLEH: HIPNI SOLEHUDIN NIM: PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER FAKULTAS KEDOKTERAN DAN ILMU KESEHATAN UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SYARIF HIDAYATULLAH JAKARTA 1436 H/2015