Kolokium Ajeng Ajeng Siti Fatimah, Achmad Farajallah dan Arif Wibowo. 2009. Karakterisasi Genom Mitokondria Gen 12SrRNA - COIII pada Ikan Belida Batik Anggota Famili Notopteridae. Kolokium disampaikan Tanggal 17 Desember 2009. Departemen Biologi FMIPA IPB. PENDAHULUAN Latar Belakang Ikan belida tergolong dalam Famili Notopteridae, genus Chitala dengan daerah persebaran meliputi India, Pakistan, Bangladesh, Srilanka, Nepal, Thailand dan Indonesia (Jawa, Sumatera dan Kalimantan). Ikan belida memiliki nilai ekonomi yang tinggi karena dagingnya yang enak dan pola sisiknya yang unik sehingga dimanfaatkan untuk konsumsi ataupun ikan hias, bahkan di Sumatera Selatan digunakan sebagai maskot dan pembuatan makanan khas lokal (Madang 1999). Secara umum populasi Chitala sp. di seluruh dunia terus menurun khususnya di Sumatra Selatan penurunan populasi terutama diakibatkan kerusakan habitat dan penangkapan langsung dari alam. Oleh karena itu, Conservation Assessment and Management Plan (CAMP) mengkategorikan Chitala sp. sebagai spesies langka (Sarkar et al. 2008). Pemerintah juga mengeluarkan SK Mentan No.716/Kpts/UM/ 10/1980 dan PP 7/1999 yang menyatakan bahwa semua jenis ikan dari genus Notopterus merupakan ikan yang dilindungi. Salah satu upaya untuk melestarikan ikan belida ialah dengan mengumpulkan informasi sebanyak-banyaknya baik informasi morfologi maupun genetik. Informasi genetik antara lain didapatkan dengan melakukan karakterisasi genom mitokondria sebagai dasar aplikasi lanjutan yang terkait dengan populasi belida. Genom mitokondria hewan merupakan genom sitoplasmik yang diwariskan secara maternal, dan tidak mengalami rekombinasi. Dengan begitu, keragaman yang ditemukan pada genom mitokondria disebabkan oleh kejadian mutasi. Genom mitokondria terdiri atas 2 gen penyandi rrna, 22 trna, dan 13 protein yang terlibat dalam rangkaian rantai respirasi selular, dan satu ruas yang berfungsi sebagai pengontrol transkripsi yang dikenal sebagai dloop. Pada saat ini, genom mitokondria sangat populer dijadikan sebagai penanda molekular untuk mempelajari berbagai fenomena populasi hewan, baik analisis intraspesies maupun interspesies. page 1 / 102
Tujuan Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi runutan nukleotida genom mitokondria gen 12SrRNA-COIII pada ikan belida batik anggota Famili Notopteridae. Waktu dan Tempat Penelitian akan dilaksanakan pada bulan Februari-Agustus 2010 di Laboratorium Zoologi Departemen Biologi, FMIPA, IPB. BAHAN DAN METODE Alat dan Bahan Alat-alat yang akan digunakan ialah Thermocycler TaKaRa MP4, Genomic DNA mini kit for fresh blood (Geneaid), PCR kit, dan beberapa labware. Metode Ekstraksi dan Isolasi DNA. Isolasi DNA akan dilakukan menggunakan Genomic DNA mini kit for blood (Geneaid) yang dimodifikasi. Sel-sel darah ikan belida yang disimpan dalam alkohol 70% dicuci dengan air destilata dua kali kemudian disuspensukan dalam bufer STE (NaCl 1M, Tris-HCL 10mM, EDTA 0.1mM, ph 8) hingga volume 350µl. Sel sel darah dilisis dengan SDS 1% dan proteinase K 0.125 mg/ml pada suhu 55oC selama 1 jam sambil dikocok pelan. Metode ekstraksi DNA selanjutnya mengikuti petunjuk Genomic DNA mini kit for fresh blood(geneaid). Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA. Amplifikasi genom mitokondria akan menggunakan primer yang didesain menggunakan Primer 3 ( http://frodo.wi.mit.edu/primer3/). Primer akan dilekatkan ke bagian yang paling page 2 / 102
conserved dari hasil pensejajaran genom mitokondria dari 7 spesies anggota Notopteridae yang ada di GeneBank (www.ncbi.nlm.nih.gov) (Tabel), pada ruas antara gen 12SrRNA sampai ke COIII dengan opsi: product size: 7000-9000, primer size: min 20 opt 24 max 27, Tm: min 56 opt 60 max 63, GC content: min 33% opt 48% max 55%. Reaksi PCR akan dilakukan dengan volume 25 µl yang komposisi pereaksi dan kondisinya akan dioptimasikan. Komposisi perteaksi yang akan dioptimasikan adalah konsentrasi MgCl2 dan dntp, sedangkan kondisi PCR yang akan dioptimasikan adalah suhu annealing. Produk PCR akan diuji menggunakan PAGE 6% dalam bufer 1x TBE (10 Mm Tris-HCL, 1 M asam borat, dan EDTA 0.1 Mm) yang dijalankan pada kondisi 180 Mv selama 40 menit. Selanjutnya DNA akan diwarnai dengan pewarnaan sensitif perak. Tabel Tujuh spesies anggota Notopteridae di GenBank No. 1 2 3 4 No. Akses AP00892 1 AP00892 2 AP00892 3 AP00892 4 Spesies No. Chitala blanci 5 Chitala lopis 6 Chitala ornata 7 No. Akses AP00892 5 AP00892 6 AP00892 7 Spesies Notopterus notopterus Papyrocranus congoensis Xenomystus nigri Notopterus notopterus Perunutan Produk PCR. Produk PCR berupa pita t primer akan dimurnikan untuk dijadikan cetakan dala akan menggunakan primer yang sama dengan sewa kemudian dijadikan input untuk mendesain primer be Analisis DNA Sequencing. Analisis runutan DNA a Evolutionary Genetics Analysis) (Kumar et al. 2008) d nukleotida dari tujuh spesies anggota Notopteridae. Rencana Kegiatan Penelitian page 3 / 102
Kegiatan 1 2 3 4 Ekstraksi dan isolasi DNA 5 Bulan ke6 Optimas page 4 / 102
page 5 / 102
page 6 / 102
page 7 / 102
page 8 / 102
page 9 / 102
page 10 / 102
page 11 / 102
page 12 / 102
page 13 / 102
page 14 / 102
page 15 / 102
page 16 / 102
page 17 / 102
page 18 / 102
page 19 / 102
page 20 / 102
page 21 / 102
page 22 / 102
page 23 / 102
page 24 / 102
page 25 / 102
page 26 / 102
page 27 / 102
page 28 / 102
page 29 / 102
page 30 / 102
page 31 / 102
page 32 / 102
page 33 / 102
page 34 / 102
page 35 / 102
page 36 / 102
page 37 / 102
page 38 / 102
page 39 / 102
page 40 / 102
page 41 / 102
page 42 / 102
page 43 / 102
page 44 / 102
page 45 / 102
page 46 / 102
page 47 / 102
page 48 / 102
page 49 / 102
page 50 / 102
page 51 / 102
page 52 / 102
page 53 / 102
page 54 / 102
page 55 / 102
page 56 / 102
page 57 / 102
page 58 / 102
page 59 / 102
page 60 / 102
page 61 / 102
page 62 / 102
page 63 / 102
page 64 / 102
page 65 / 102
page 66 / 102
page 67 / 102
page 68 / 102
page 69 / 102
page 70 / 102
page 71 / 102
page 72 / 102
page 73 / 102
page 74 / 102
page 75 / 102
page 76 / 102
page 77 / 102
page 78 / 102
page 79 / 102
page 80 / 102
page 81 / 102
page 82 / 102
page 83 / 102
page 84 / 102
page 85 / 102
page 86 / 102
page 87 / 102
page 88 / 102
page 89 / 102
page 90 / 102
page 91 / 102
page 92 / 102
page 93 / 102
page 94 / 102
page 95 / 102
page 96 / 102
page 97 / 102
page 98 / 102
page 99 / 102
page 100 / 102
page 101 / 102