Penelitian akan dilaksanakan pada bulan Februari-Agustus 2010 di Laboratorium Zoologi Departemen Biologi, FMIPA, IPB.

Kolokium Ajeng Ajeng Siti Fatimah, Achmad Farajallah dan Arif Wibowo. 2009. Karakterisasi Genom Mitokondria Gen 12SrRNA - COIII pada Ikan Belida Batik Anggota Famili Notopteridae. Kolokium disampaikan Tanggal 17 Desember 2009. Departemen Biologi FMIPA IPB. PENDAHULUAN Latar Belakang Ikan belida tergolong dalam Famili Notopteridae, genus Chitala dengan daerah persebaran meliputi India, Pakistan, Bangladesh, Srilanka, Nepal, Thailand dan Indonesia (Jawa, Sumatera dan Kalimantan). Ikan belida memiliki nilai ekonomi yang tinggi karena dagingnya yang enak dan pola sisiknya yang unik sehingga dimanfaatkan untuk konsumsi ataupun ikan hias, bahkan di Sumatera Selatan digunakan sebagai maskot dan pembuatan makanan khas lokal (Madang 1999). Secara umum populasi Chitala sp. di seluruh dunia terus menurun khususnya di Sumatra Selatan penurunan populasi terutama diakibatkan kerusakan habitat dan penangkapan langsung dari alam. Oleh karena itu, Conservation Assessment and Management Plan (CAMP) mengkategorikan Chitala sp. sebagai spesies langka (Sarkar et al. 2008). Pemerintah juga mengeluarkan SK Mentan No.716/Kpts/UM/ 10/1980 dan PP 7/1999 yang menyatakan bahwa semua jenis ikan dari genus Notopterus merupakan ikan yang dilindungi. Salah satu upaya untuk melestarikan ikan belida ialah dengan mengumpulkan informasi sebanyak-banyaknya baik informasi morfologi maupun genetik. Informasi genetik antara lain didapatkan dengan melakukan karakterisasi genom mitokondria sebagai dasar aplikasi lanjutan yang terkait dengan populasi belida. Genom mitokondria hewan merupakan genom sitoplasmik yang diwariskan secara maternal, dan tidak mengalami rekombinasi. Dengan begitu, keragaman yang ditemukan pada genom mitokondria disebabkan oleh kejadian mutasi. Genom mitokondria terdiri atas 2 gen penyandi rrna, 22 trna, dan 13 protein yang terlibat dalam rangkaian rantai respirasi selular, dan satu ruas yang berfungsi sebagai pengontrol transkripsi yang dikenal sebagai dloop. Pada saat ini, genom mitokondria sangat populer dijadikan sebagai penanda molekular untuk mempelajari berbagai fenomena populasi hewan, baik analisis intraspesies maupun interspesies. Tujuan Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi runutan nukleotida genom mitokondria gen 12SrRNA-COIII pada ikan belida batik anggota Famili Notopteridae. Waktu dan Tempat Penelitian akan dilaksanakan pada bulan Februari-Agustus 2010 di Laboratorium Zoologi Departemen Biologi, FMIPA, IPB. BAHAN DAN METODE Alat dan Bahan Alat-alat yang akan digunakan ialah Thermocycler TaKaRa MP4, Genomic DNA mini kit for fresh blood (Geneaid), PCR kit, dan beberapa labware. Metode page 1 / 67

Ekstraksi dan Isolasi DNA. Isolasi DNA akan dilakukan menggunakan Genomic DNA mini kit for blood (Geneaid) yang dimodifikasi. Sel-sel darah ikan belida yang disimpan dalam alkohol 70% dicuci dengan air destilata dua kali kemudian disuspensukan dalam bufer STE (NaCl 1M, Tris-HCL 10mM, EDTA 0.1mM, ph 8) hingga volume 350µl. Sel sel darah dilisis dengan SDS 1% dan proteinase K 0.125 mg/ml pada suhu 55oC selama 1 jam sambil dikocok pelan. Metode ekstraksi DNA selanjutnya mengikuti petunjuk Genomic DNA mini kit for fresh blood(geneaid). Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA. Amplifikasi genom mitokondria akan menggunakan primer yang didesain menggunakan Primer 3 ( http://frodo.wi.mit.edu/primer3/). Primer akan dilekatkan ke bagian yang paling conserved dari hasil pensejajaran genom mitokondria dari 7 spesies anggota Notopteridae yang ada di GeneBank (www.ncbi.nlm.nih.gov) (Tabel), pada ruas antara gen 12SrRNA sampai ke COIII dengan opsi: product size: 7000-9000, primer size: min 20 opt 24 max 27, Tm: min 56 opt 60 max 63, GC content: min 33% opt 48% max 55%. Reaksi PCR akan dilakukan dengan volume 25 µl yang komposisi pereaksi dan kondisinya akan dioptimasikan. Komposisi perteaksi yang akan dioptimasikan adalah konsentrasi MgCl2 dan dntp, sedangkan kondisi PCR yang akan dioptimasikan adalah suhu annealing. Produk PCR akan diuji menggunakan PAGE 6% dalam bufer 1x TBE (10 Mm Tris-HCL, 1 M asam borat, dan EDTA 0.1 Mm) yang dijalankan pada kondisi 180 Mv selama 40 menit. Selanjutnya DNA akan diwarnai dengan pewarnaan sensitif perak. Tabel Tujuh spesies anggota Notopteridae di GenBank No. 1 2 3 4 No. Akses AP008921 AP008922 AP008923 AP008924 Spesies Chitala blanci Chitala lopis Chitala ornata Notopterus notopterus No. 5 6 7 No. Akses AP008925 AP008926 AP008927 Spesies Notopterus notopterus Papyrocranus congoensis Xenomystus nigri Perunutan Produk PCR. Produk PCR berupa pita tunggal di atas gel poliakrila PCR for sequencing. Tahap pertama PCR for sequencing akan menggunakan prim dijadikan input untuk mendesain primer berikutnya (primer walking). Analisis DNA Sequencing. Analisis runutan DNA akan dilakukan menggunakan dibandingkan dengan hasil pensejajaran runutan nukleotida dari tujuh spesies a Rencana Kegiatan Penelitian Kegiatan 1 2 3 Ekstraksi dan isolasi DNA 4 5 Bulan ke6 Optimasi PCR page 2 / 67