LAPORAN AKUNTABILITAS KINERJA INSTANSI PEMERINTAH (LAKIP) TAHUN 2012

Transkripsi

1 LAPORAN AKUNTABILITAS KINERJA INSTANSI PEMERINTAH (LAKIP) TAHUN 2012 BALAI BESAR PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN BIOTEKNOLOGI DAN SUMBERDAYA GENETIK PERTANIAN BADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN PERTANIAN KEMENTERIAN PERTANIAN Maret 2013

2 IKHTISAR EKSEKUTIF Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian (BB Biogen) merupakan Unit Pelaksana Teknis di bawah Badan Litbang Pertanian yang berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pertanian No. 631/Kpts/OT.140/12/2003 mempunyai (1) mandat penyusunan program dan evaluasi penelitian dan pengembangan bioteknologi dan sumberdaya genetik pertanian; (2) pelaksanaan penelitian konservasi dan karakterisasi yang meliputi fisik, kimia, biokimia, metabolisme biologis dan biomolekuler sumberdaya genetik pertanian; (3) pelaksanaan penelitian bioteknologi sel, bioteknologi jaringan, rekayasa genetik dan bioprospeksi sumberdaya genetik pertanian; (4) pelaksanaan penelitian keamanan hayati dan keamanan pangan produk bioteknologi; (5) pelaksanaan pengembangan sistem informasi hasil penelitian dan pengembangan bioteknologi sumberdaya genetik pertanian; (6) pelaksanaan pengembangan komponen teknologi sistem dan usaha agribisnis produk bioteknologi pertanian; (7) pelaksanaan kerjasama dan pendayagunaan hasil penelitian bioteknologi dan sumberdaya genetik pertanian; dan pengelolaan tata usaha dan rumah tangga BB Biogen. Dalam Rencana Strategi BB Biogen , Visi BB Biogen ialah: menjadi lembaga litbang berkelas dunia dalam mengembangkan sumber daya lokal Indonesia berbasis bioteknologi. Untuk mewujudkan visi tersebut, maka misinya ialah: (1) memperkuat kapasitas sumberdaya institusi dalam bidang pemanfaatan sumber daya genetik lokal berbasis bioteknologi, (2) menghasilkan dan mendiseminasikan teknologi dan rekomendasi bioteknologi dan pengelolaan sumber daya genetik, (3) melakukan analisis kebijakan dan rekomendasi tentang pengembangan dan penerapan bioteknologi modern dan pengelolaan sumber daya genetik, (4) mengembangkan jejaring kerjasama dalam rangka pengembangan iptek dan pengembangan peran BB Biogen dalam pembangunan pertanian. Kegiatan utama BB Biogen adalah Penciptaan Teknologi dan Varietas Unggul Berdaya Saing, melalui Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian. Keberhasilan yang dicapai pada tahun 2012 sebagai berikut: (A) Sasaran 1: Tersedianya jumlah aksesi SDGP yang dikonservasi atau diiremajakan sebanyak aksesi, pada sasaran ini capaian fisik pelaksanaan lapang sebesar 101,70%. Target yang telah diperoleh berupa: (1) 40 aksesi isolat mikroba pertanian potensial terkarakterisasi, terrejuvenasi, dan terpreservasi; (2) Sejumlah aksesi plasma nutfah tanaman pangan terkarakterisasi dan terkonservasi terdiri dari padi 494 aksesi, jagung 200 aksesi, kacang tanah 200 aksesi, kedelai 250 aksesi, kedelai edamame 103 aksesi, kacang hijau 250 aksesi, kacang tanah 115 aksesi, kacang potensial 140 aksesi, 600 aksesi ubikayu, aksesi ubijalar, Dioscorea 206 aksesi, Ganyong 67 aksesi, Garut 30 aksesi, kentang hitam 9 aksesi, talas 215 aksesi dan konservasi invitro 210 aksesi plasma nutfah ubikayu, ubijalar, talas, dan gembili. (B) Sasaran 2: Tersedianya jumlah varietas atau galur harapan komoditas pertanian sebanyak 360 galur, pada sasaran ini capaian fisik pelaksanaan lapang sebesar 102,77%. Target yang telah diperoleh berupa: 225 galur kedelai mutan M5, 50 galur mutan kedelai M6, 40 galur mutan kedelai M7 terbaik memiliki karakter umur genjah (lebih genjah dari varietas cek) dan produktivitas tinggi (setara atau lebih tinggi dari varietas cek), 70 galur tanaman T0 Wilis-GmNFR1A dan 50 galur tanaman T0 Anjasmoro-GmNFR1a di rumah kaca, 5 galur tanaman T2 kedelai Anjasmoro-AtCO (umur genjah) generasi T2, 10 galur padi BC6F1-Ciherang dan 10 galur BC6F1-Situbagendit, 4 galur kentang transgenik hasil persilangan yang tahan terhadap penyakit hawar daun (P. infestans) di Lapangan Uji Terbatas, dan 26 galur gandum trangenik adaptif suhu 30 o C±2 o C terdiri dari 16 galur gandum generasi T0 mengandung gen tuf dan 10 galur gandum generasi T1 gen OsDREB toleran kekeringan. (C) Sasaran 3: Tersedianya jumlah peta genetik sifat-sifat penting komoditas pertanian sebanyak 4 peta genetik, pada sasaran ini capaian i

3 fisik pelaksanaan lapang sebesar 100%. Target yang telah diperoleh berupa: 1 draf awal sekuen rujukan (draf awal peta genetik) genom kelapa sawit Dura, 1 draf awal sekuen rujukan (draf awal peta genetik) genom jarak pagar IP3, 1 peta genetik marka SNP kakao, dan 1 peta genetik marka SNP terkait hasil dan umur panen pada padi. (D) Sasaran 4: Tersedianya Jumlah klon gen pengendali sifat-sifat penting komoditas pertanian sebanyak 6 klon gen, pada sasaran ini capaian fisik pelaksanaan lapang sebesar 100%. Target yang telah diperoleh berupa: (1) 3 klon gen kandidat masing-masing untuk umur genjah (OsWRKY47), toleran kekeringan (OsPPCK) dan produktivitas tinggi (OsCKX). Gen kandidat untuk umur genjah OsWRKY47 telah dikonstruksi ke vektor ekspresi pcambia1301, (2) Untuk validasi fungsi gen, diperoleh informasi fungsi gen dari tiga kandidat gen yaitu gen untuk toleran kekeringan (OsERA1), gen untuk produktivitas (OsGS3), dan gen untuk umur genjah (AtCO). (E) Sasaran 5: Tersedianya Jumlah sidik jari DNA plasma nutfah pertanian sebanyak 288 aksesi, pada sasaran ini capaian fisik pelaksanaan lapang sebesar 100%. Target yang telah diperoleh berupa: (1) profil sidikjari 96 aksesi padi telah selesai dilakukan dengan menggunakan 30 marka dan (2) profil sidik jari DNA 192 aksesi mangga menggunakan 19 primer. (F) Sasaran 6: Tersedianya Produk Bioprospeksi Sumberdaya Genetik Pertanian sebanyak 1 formula, pada sasaran ini capaian fisik pelaksanaan lapang sebesar 100%. Target yang telah diperoleh berupa: 1 formulasi feromon seks S. litura populasi Cirebon memiliki rasio terbaik antara Z,E-9,11 tetradecadienyl acetate : Z,E-9,12 tetradecadienyl acetate adalah formula dengan perbandingan 90 : 10, dengan kuantitas terbaik berkisar antara ug/ karet septa. Formulasi ini dapat dipakai untuk seks atraktan S. litura Indonesia. Hambatan, Permasalahan dan Kegagalan yang dialami pada tahun 2012 adalah perpanjangan waktu untuk mencapai sasaran yang ditetapkan dengan perincian sebagai berikut: (A) Sasaran 1: Tersedianya jumlah aksesi SDGP yang dikonservasi atau diremajakan sebanyak aksesi, kendala yang dialami adalah pada penelitian secara in vitro pertumbuhan tunas Gadung sangat lambat. (B) Sasaran 2: Tersedianya jumlah varietas atau galur harapan komoditas pertanian sebanyak 360 galur, kendala yang dialami adalah pembentukan galur kedelai T2 transforman untuk produksi tinggi masih dalam proses, penanganannya adalah kegiatan diselesaikan sampai tuntas. (C) Sasaran 3: Tersedianya jumlah peta genetik sifat-sifat penting komoditas pertanian sebanyak 4 peta genetik, kendala yang dialami adalah Analisis bioinformatika data sekuen sawit Dura dan jarak pagar IP3 tidak berjalan lancar. Pertama, Tim Bioinformatika yang ada pengetahuannya masih sangat terbatas dalam analisis sekuen genom total secara de novo, penanganannya adalah dilakukan kolaborasi dengan pihak Universitas untuk bersama-sama melaksanakan analisis data bioinformatika. Kedua, sarana pendukung analisis sekuensing belum optimal sebagai contoh hardware dan software analisis bioinformatika ketersediannya masih terbatas, penanganannya adalah pengkayaan hardwares dan softwares analisis, dan faktor pendukung analisis lainnya. (D) Sasaran 4: Tersedianya Jumlah klon gen pengendali sifat-sifat penting komoditas pertanian sebanyak 6 klon gen, kegiatan validasi fungsi gen diteruskan, diharapkan akhir Pebruari 2013 telah selesai (target fisik tercapai 100%). Kendala yang dialami adalah Untuk kegiatan validasi fungsi gen terkait umur genjah pengamatannya mundur dari yang direncanakan karena pada pengujian sebelumnya waktu berkecambah dari benih transgenik tidak seragam sehingga berpengaruh terhadap pertumbuhan selanjutnya (umur berbunga dan panen tidak teramati dengan akurat) sehingga kegiatan tersebut diulang, penanganannya adalah sedang dalam proses analisis molekuler dan mengamati karakter umur berbunga dan umur panen serta karakter agronomi lain dari tanaman Nipponbare-AtCO di rumah kaca. (E) Sasaran 5: Tersedianya Jumlah sidik jari DNA plasma nutfah pertanian sebanyak 288 aksesi, kendala yang dialami adalah Analisis sidik jari mangga agak berbeda dengan padi dan lebih sulit karena tidak dapat dilakukan langsung dengan menggunakan lima ii

4 marka sekaligus tetapi maksimum hanya dua marka bahkan sering dilakukan dengan hanya satu marka sehingga pekerjaan lama dan membutuhkan banyak bahan, penanganannya adalah perlu bahan tambahan analisis sidik jari mangga. (F) Sasaran 6: Tersedianya Produk Bioprospeksi Sumberdaya Genetik Pertanian sebanyak 1 formula, kendala yang dialami adalah penelitian dilakukan pada musim kemarau sehingga terjadi keterbatasan air pada pertumbuhan awal pertanaman kedelai, selain itu gulma menjadi banyak. Penanganannya adalah Pengairan yang dilakukan dengan mengalirkan air dari sumber air yang relatif jauh dan pengendalian gulma dengan herbisida selain penyiangan. iii

5 KATA PENGANTAR Dengan mengucap puji dan syukur kehadirat Allah SWT atas segala rahmat dan karunia-nya, sehingga Laporan Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah (LAKIP) tahun 2012 pada Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian (BB Biogen) dapat diselesaikan. Laporan ini disusun berdasarkan Rencana Strategis (Renstra) BB Biogen tahun , Rencana Kinerja Tahunan (RKT) BB Biogen tahun 2012, Penetapan Kinerja Tahunan (PKT) BB Biogen tahun 2012, data Pengukuran Kinerja Kegiatan (PKK) BB Biogen tahun 2012, Laporan pelaksanaan kegiatan yang dibiayai DIPA BB Biogen tahun 2012, Laporan kemajuan Indikator kinerja utama BB Biogen tahun 2012, Laporan realisasi anggaran bersumber data SAI dan Laporan SIMONEV BB Biogen tahun 2012, dan data Sistem Informasi Kepegawaian BB Biogen tahun Akuntabilitas kinerja BB Biogen 2012 menyajikan (1) Perkembangan pencapaian indikator kegiatan utama, (2) Evaluasi hasil pengukuran kinerja kegiatan, (3) Analisis akuntabilitas kinerja kegiatan dan kinerja sasaran, (4) Analisis akuntabilitas keuangan, (5) Analisis efisiensi pencapaian indikator kinerja utama. Saya mengucapkan terima kasih dan penghargaan yang setinggi-tingginya kepada semua pihak yang telah mencurahkan tenaga dan pikirannya dalam merangkum data-data tersebut di atas sehingga dapat terwujudnya laporan ini. Mudah-mudahan laporan ini dapat memberi manfaat kepada semua pihak yang berkepentingan dan dapat digunakan sebagaimana mestinya. Bogor, 11 Maret 2013 Kepala Balai Besar Dr. Karden Mulya NIP iv

6 DAFTAR ISI Halaman IKHTISAR EKSEKUTIF... i KATA PENGANTAR... iv DAFTAR ISI v DAFTAR TABEL vi DAFTAR GAMBAR... vii DAFTAR LAMPIRAN. ix I. PENDAHULUAN... 1 A. Latar Belakang B. Organisasi dan Tugas Fungsi II. PERENCANAAN DAN PERJANJIAN KINERJA. 4 A. Perencanaan Strategis BB Biogen Tahun B. Rencana Kinerja Tahunan (RKT) BB Biogen Tahun C. Penetapan Kinerja BB Biogen Tahun III. AKUNTABILITAS KINERJA A. Evaluasi Kinerja BB Biogen Tahun B. Analisis Akuntabilitas Kinerja Utama BB Biogen Tahun C. Analisis Akuntabilitas Keuangan BB Biogen Tahun D. Sumber Daya Manusia yang Mendukung Pelaksanaan Kinerja BB Biogen Tahun IV. PENUTUP V. DAFTAR PUSTAKA 90 v

7 DAFTAR TABEL Halaman Tabel II.1. Hasil Analisis Critical Mass Peneliti BB Biogen tahun Tabel II.2. Indikator kinerja utama penelitian BB Biogen Tabel III.1. Hasil Pemantauan Pelaksanaan Fisik Kinerja Indikator Kegiatan Utama BB Biogen sampai dengan 31 Desember Tabel III.2. Tabel III.3. Tabel III.4. Tabel III.5. Evaluasi Pengukuran Pencapaian Target Fisik Kinerja Indikator Kegiatan Utama BB Biogen tahun 2012 sampai dengan bulan Pebruari Realisasi anggaran DIPA Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian sampai dengan 31 Desember 2012 berdasarkan DIPA Revisi ke-5 (20 Desember 2012).... Realisasi Anggaran Bulanan per Jenis Belanja Pada DIPA Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian Tahun Realisasi dan Efisiensi Penggunaan Anggaran untuk Pelaksanaan Kegiatan Penelitian Guna Mencapai Indikator Kegiatan Utama BB Biogen tahun Tabel III.6. Target Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP) di BB Biogen Tahun Tabel III.7. Penerimaan dan Penyetoran dari Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP) BB Biogen Tahun Tabel III.8. Penerimaan dan Penyetoran Pajak BB Biogen Tahun Tabel III.9. Keragaan Pegawai Negeri Sipil (PNS) BB Biogen Tahun Tabel III.10. Keragaman Sumber Daya Manusia Berdasarkan Jabatan Fungsional di BB-Biogen Tahun Tabel III.11. Nama pegawai negeri sipil (PNS) BB Biogen yang pensiun sampai dengan Desember vi

8 DAFTAR GAMBAR Gambar III.1.a. Halaman Contoh rejuvenasi 10 isolat Xoo (bakteri hawar daun) dari berbagai lokasi dan uji virulensi terhadap varietas diferensial IRRI berlatar belakang isogenik lini di rumah kaca. Bogor Gambar III.1.b. Contoh kegiatan rejuvenasi dan karakterisasi plasma nutfah kedelai di Kebun Percobaan Citayam Gambar III.1.c1. Gambar III.1.c2. Gambar III.2.a1. Inisiasi dan pertunasan ubi kelapa (dari kiri ke kanan inisiasi tunas, umbi mulai bertunas, tunas berumur 2 minggu setelah tanam). Bogor Metode perbanyakan 3 spesies Dioscorea melalui in vitro (dari kiri ke kanan biakan Gembili, Gadung dan Ubi kelapa). BB Biogen Penanaman dan pertumbuhan tanaman kedelai mutan M6 serta polong yang sudah berisi. Lokasi penanaman di Balai Benih Plumbon Gambar III.2.a2. Pengujian tanaman kedelai transgenik-atco varietas Anjasmoro generasi T2 di rumah kaca. Bogor Gambar III.2.b. Respon ketahanan galur-galur kentang di LUT Banjarnegara. D15 dan D38 adalah galur persilangan Granola dengan transgenik Katahdin SP951. Banjarnegara Gambar III.2.c. Pengujian toleran kekeringan galur gandum transgenik 1= Galur F6, 2= Galur F4, 3= non transgenik. Bogor Gambar III.2.d1. Keragaan uji virulensi populasi hama wereng batang coklat asal Jawa Tengah dan Jawa Timur dan keragaan varietas/ galur padi tahan wereng batang coklat pada pengujian calon tetua... Gambar III.2.d2. Polimorfisme calon-calon tetua persilangan padi menggunakan marka mikrosatelit (SSR) RM 1255, RM 1230, RM 1332, dan RM Gambar III.2.e1 Gambar III.2.e2 Pertumbuhan biakan putatif transforman tanaman pisang pada media seleksi (kiri), dan plantlet putatif transforman T0 sebelum diaklimatisasi (kanan). BB Biogen Pengujian ketahanan tanaman pisang putatif mutan terhadap fusarium pada lahan endemik penyakit layu fusarium, Tanaman pisang putatif mutan yang sudah memasuki fase generatif, Tanaman sehat yang sudah berbuah diantara tanaman yang terserang penyakit (tanda panah) di KP. Pasirkuda, Ciomas, Bogor Gambar III.3.a Ilustrasi analisis bioinformatika data sekuen genom total sawit dan jarak pagar Gambar III.3.b Keragaan fenotipe pengujian aksesi padi di rumah kaca. (A) Keragaan pengujiaan saat masa vegetatif. (B) Keragaan pengujian saat masa generatif. BB Biogen vii

9 Gambar III.3.c Hasil sementara analisis struktur populasi dan keragaman genetik 192 aksesi padi diuji menggunakan 1536 marka SNP. (A) Struktur populasi; (B) Keragaman genetik antar aksesi yang diuji. BB Biogen Gambar III.4.a Kloning dan konstruksi gen OsWRKY47 dari padi (Ciherang dan Nipponbare) pada vektor ekspresi pcambia1300inta Gambar III.4.b Peta konstruk gen OsWRKY47 pada plasmid backbone pcambia1300inta (pcamb-oswrky47) Gambar III.4.c Amplifikasi gen kandidat OsCKX1 dengan cetakan cdna dari jaringan malai dan batang menggunakan 2 pasang primer spesifik. M= 1 Kb plus ladder (Invitrogen) Gambar III.4.d Peta konstruk gen OsCKX1 pada plasmid backbone pcambia1300inta (pcamb-osckx1) Gambar III.4.e Amplifikasi gen kandidat OsPPCK dengan cetakan DNA genomic padi Nipponbare menggunakan 2 pasang primer spesifik. M= 1 Kb plus ladder (Invitrogen) Gambar III.4.f Peta konstruk gen OsPPCK pada plasmid backbone pcambia1300inta (pcamb-osppck) Gambar III.4.g Penampilan tanaman kontrol dan tanaman transgenik Nipponbare-OsERA1 setelah perlakuan cekaman kekeringan Gambar III.4.h Penampilan ukuran biji dari tanaman Nipponbare-OsGS3 dibandingkan dengan tanaman kontrol (T309) Gambar III.4.i Penampilan tanaman transgenik Nipponbare-AtCO untuk validasi gen AtCO terkait umur genjah di rumah kaca Gambar III.4.j Penampilan vigor tanaman Nipponbare-AtCO dibandingkan dengan tanaman kontrol Gambar III.5.a Neighbor Joining tree menunjukkan dua kelompok besar dari 96 aksesi berdasarkan 30 marka mikrosatelit. BB Biogen Gambar III.5.b Pengelompokan 192 varietas mangga menggunakan 19 marka mikrosatelit. BB Biogen Gambar III.6 Perangkap berferomon Spodoptera litura pada lahan pertanaman kedelai dan hasil tangkapan imago jantan dalam perangkap berferomon S. litura. Plumbon, Cirebon viii

10 DAFTAR LAMPIRAN Halaman Lampiran 1. Formulir Rencana Strategis (RS) BB Biogen Tahun 2010 s/d Lampiran 2. Formulir Rencana Kinerja Tahunan (RKT) BB Biogen Tahun Lampiran 3. Formulir Pengukuran Kinerja (PK) BB Biogen Tahun Lampiran 4. Keragaan Pegawai Negeri Sipil (PNS) di BB Biogen pada Januari Tahun Lampiran 5. Keragaan Pegawai Negeri Sipil (PNS) di BB Biogen pada Desember Tahun Lampiran 6. Bagan Struktur Organisasi BB Biogen Januari Lampiran 7. Bagan Struktur Organisasi BB Biogen Desember ix

11 I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang Tujuan akhir pembangunan pertanian periode yang dicanangkan oleh pemerintah adalah terwujudnya kesejahteraan masyarakat melalui sistem pertanian industrial karena pertanian industrial dinilai paling relevan dalam menjawab tantangan global. Untuk mewujudkan pertanian industrial, diperlukan dukungan inovasi teknologi dan optimalisasi sumber daya lahan yang lebih efektif, efisien dan ramah lingkungan. Salah satu teknologi inovatif baru tersebut adalah bioteknologi pertanian, karena dapat memberikan terobosan dalam memecahkan masalah ketahanan pangan dan ketersediaan energi. Sebagai negara tropis dan sebagian besar penduduknya mempunyai mata pencaharian pertanian, peran bioteknologi sangat diharapkan untuk meningkatkan produktivitas dan mutu melalui penggunaan sarana produksi yang ramah lingkungan. Di samping itu bioteknologi pertanian harus mampu merespon perubahan iklim yang ditandai dengan musim kering dan banjir yang sudah semakin sering terjadi. Indonesia berlimpah dengan keanekaragaman hayati tanaman/tumbuhan maupun mikroba yang berpotensi untuk dimanfaatkan dalam peningkatan produktivitas dan produksi tanaman yang pada gilirannya akan meningkatkan ketahanan pangan. Peningkatan keragaman jenis pangan yang dapat dikonsumsi masyarakat dapat bersumber dari kekayaan hayati tanaman lokal maupun jenis tanaman introduksi. Mikroba telah banyak digunakan untuk berbagai tujuan dalam bidang pertanian, diantaranya sebagai agen pupuk hayati, agen pengendali hama dan penyakit, agen bioremediasi dan biodegaradasi bahan pencemar, agen penghasil protein maupun enzim-enzim penting untuk pertanian dan industri. Karena nilai penting yang berhubungan langsung sebagai sumber utama dalam pengembangan bioteknologi, maka perlu dilakukan pelestarian microbial gene pools, sehingga pencarian terhadap strain-strain baru tetap perlu dilakukan. Riset berbasis eksplorasi dan konservasi yang perlu dilakukan untuk memperkuat ketahanan pangan antara lain: (1) eksplorasi, karakterisasi, identifikasi, domestikasi, dan evaluasi plasma nutfah tanaman/tumbuhan atau mikroba, yang berpotensi menghasilkan sumber pangan baru atau sumber daya genetik yang berpotensi dalam perakitan varietas unggul baru; (2) pelestarian dan perlindungan plasma nutfah tanaman/tumbuhan dan mikroba lokal, baik yang telah terdomestikasi maupun kerabat liarnya, serta mencegah terjadinya erosi genetik, kerusakan, dan pembajakan kekayaan hayati (biopiracy) oleh pihak asing. Sebagai konsekuensi logis dari upaya pelestarian ini perlu 1

12 dilakukan penelitian dan preservasi yang berkesinambungan terhadap kekayaan hayati. Untuk mendukung pencapaian pertanian industrial yang berkelanjutan selama tahun , Balai Besar Litbang Biogen (BB Biogen) membuat rencana strategis (renstra) yang mengacu pada mandat BB Biogen dan renstra Badan Litbang Pertanian yang memprioritaskan pada ketersediaan SDM, teknologi, sarana dan prasarana, serta kerjasama kelembagaan di tingkat nasional atau internasional. Diharapkan renstra yang disusun dapat mendukung tercapainya sasaran yang telah ditetapkan oleh Badan Litbang Pertanian. Prioritas penelitian bioteknologi dan sumber daya genetik di BB Biogen mencakup: a. Penelitian dan pengembangan konservasi, karakterisasi dan dokumentasi sumber daya genetik tanaman pangan/pertanian; b. Pemetaan, eksplorasi gen-gen penting dan sekuen genom hewan, tanaman dan mikroba yang berguna dalam perbaikan genetik komoditas pertanian; c. Perakitan varietas atau galur-galur unggul yang berproduktivitas tinggi, berumur genjah, efisien penggunaan pupuk, tahan cekaman biotik, dan toleran kondisi lingkungan ekstrim seperti kekeringan; d. Pengungkapan biokimia dan molekuler pada tanaman, mikroba dan hewan yang berpotensi dalam pengembangan komoditas pertanian unggul. B. Organisasi dan Tugas Fungsi Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian (BB Biogen) dibentuk berdasarkan SK Mentan No. 631/Kpts/OT.140/12/2003, tanggal 30 Desember Balai Besar ini merupakan UPT Eselon 2 yang berfungsi mulai Januari 2004 sampai sekarang. Tugas pokok BB Biogen berdasarkan SK Menteri Pertanian No. 631/Kpts/OT.140/12/2003, tanggal 30 Desember 2003 pasal 3 adalah sebagai berikut : a. Penyusunan program dan evaluasi penelitian dan pengembangan bioteknologi dan sumber daya genetik pertanian; 2

13 b. Pelaksanaan penelitian konservasi dan karakterisasi yang meliputi fisik, kimia, biokimia, metabolisme biologis dan biomolekuler sumber daya genetik pertanian; c. Pelaksanaan penelitian bioteknologi sel, bioteknologi jaringan, rekayasa genetik dan bioprospeksi sumber daya genetik pertanian; d. Pelaksanaan penelitian keamanan hayati dan keamanan pangan produk bioteknologi; e. Pelaksanaan pengembangan sistem informasi hasil penelitian dan pengembangan bioteknologi sumber daya genetik pertanian; f. Pelaksanaan pengembangan komponen teknologi sistem dan usaha agribisnis produk bioteknologi pertanian; g. Pelaksanaan kerjasama dan pendayagunaan hasil penelitian bioteknologi dan sumber daya genetik pertanian; h. Pengelolaan tata usaha dan rumah tangga BB Biogen. 3

14 II. PERENCANAAN DAN PERJANJIAN KINERJA A. Perencanaan Strategis BB Biogen Tahun A.1. Visi BB Biogen Visi BB Biogen ialah menjadi lembaga litbang berkelas dunia dalam mengembangkan sumber daya lokal Indonesia berbasis bioteknologi. A.2. Misi BB Biogen Untuk mewujudkan visi tersebut secara spesifik misi BB Biogen adalah (1) memperkuat kapasitas sumber daya institusi dalam bidang pemanfaatan sumber daya genetik (SDG) lokal berbasis bioteknologi, (2) menghasilkan dan mendiseminasikan teknologi dan rekomendasi bioteknologi dan pengelolaan sumber daya genetik, (3) melakukan analisis kebijakan dan rekomendasi tentang pengembangan dan penerapan bioteknologi modern dan pengelolaan sumber daya genetik, (4) mengembangkan jejaring kerjasama dalam rangka pengembangan iptek dan pengembangan peran BB Biogen dalam pembangunan pertanian. Untuk mendukung visi dan misinya telah ditetapkan kebijakan mutu BB Biogen, sebagai berikut: 1. Menjadi pusat penelitian bioteknologi dan SDG pertanian yang unggul dan mampu menumbuhkembangkan teknologi keilmuan profesionalisme dan kesejahteraan masyarakat secara luas. 2. Berkomitmen tinggi untuk senantiasa melakukan perbaikan terus menerus dalam memberikan dan meningkatkan kepuasan stakeholder melalui hasil penelitian dari setiap aspek terkait. 3. Berkontribusi untuk menerapkan sistem manajemen mutu secara efektif dan berupaya memenuhi kebutuhan dan kepuasan pelanggan yang relevan. A.3. Tujuan Kegiatan BB Biogen Tujuan utama kegiatan BB Biogen untuk tahun sebagai berikut: 1. Menghasilkan, mengembangkan, dan memanfaatkan teknologi rekombinasi DNA, marka molekuler dan informasi genom untuk perbaikan komoditas pertanian. 4

15 2. Mengelola dan memanfaatkan SDG pertanian seperti tanaman dan mikroba untuk menghasilkan informasi tentang bahan baku dan sumber-sumber gen unggul yang dapat digunakan dalam usaha perbaikan potensi genetik komoditas pertanian. 3. Mengembangkan teknik sel dan jaringan untuk perbaikan dan perbanyakan tanaman pangan, hortikultura, dan perkebunan. 4. Menyebarluaskan hasil penelitian dan pengembangan bioteknologi dan SDG pertanian berupa publikasi dan produk unggulan. 5. Memelihara dan meningkatkan sistem manajerial yang terkoordinasi dan transparan. A.4. Sasaran Kegiatan BB Biogen Sasaran kegiatan BB Biogen untuk tahun adalah peningkatan inovasi dan adopsi hasil penelitian dan pengembangan bioteknologi pertanian dan pemanfaatan SDG pertanian untuk mendukung ketahanan pangan dan peningkatan daya saing produk pertanian. Sasaran tersebut antara lain: 1. Terkonservasi dan terdokumentasinya aksesi SDG pertanian untuk mendukung pencapaian swasembada yang berkelanjutan; 2. Diperolehnya galur-galur komoditas penting pertanian untuk mendukung pencapaian swasembada yang berkelanjutan; 3. Tersedianya peta genetik sifat-sifat penting komoditas pertanian untuk pemuliaan yang efisien dan akurat; 4. Tersedianya gen-gen sifat-sifat penting komoditas pertanian untuk perakitan varietas unggul; 5. Tersedianya informasi sidik jari DNA komoditas penting pertanian sebagai identitas genetis; 6. Tersedianya formulasi senyawa aktif pengendali serangga hama komoditas penting pertanian; 7. Meningkatnya diseminasi dan promosi hasil penelitian dan pengembangan bioteknologi dan SDG pertanian, serta jejaring kerja sama nasional dan internasional; 8. Meningkatnya jumlah publikasi di jurnal ilmiah nasional dan internasional. A.5. Arah Kebijakan Penelitian Bioteknologi Kebijakan penelitian bioteknologi pertanian di Kementerian Pertanian pada tahun disusun berdasarkan kebijakan umum, berbagai masalah dan tantangan yang dihadapi atau yang diperkirakan akan timbul, serta peluang yang tersedia bagi pembangunan pertanian. Kebijakan ini mencakup: (1) kemampuan mengembangkan teknologi rekombinasi DNA dan marka molekuler agar mampu 5

16 bersaing dalam kompetisi global, (2) kemampuan mengembangkan informasi genom (tanaman, mikroba dan ternak) untuk membuka penemuan baru dalam bidang bioteknologi dan sumberdaya genetik pertanian, (3) pengelolaan koleksi plasma nutfah tanaman pangan dan mikroba melalui kegiatan konservasi, karakterisasi, evaluasi dan rejuvenasi, untuk menghasilkan informasi (pangkalan data) tentang bahan baku dan sumber-sumber gen unggul; serta pengelolaan koleksi serangga kering (insektarium) untuk menghasilkan informasi referensi serangga pertanian, (4) pemanfaatan plasma nutfah sebagai usaha perbaikan potensi genetik tanaman dan mikroba, (5) pengembangan teknik kultur sel dan jaringan untuk tanaman pangan, hortikultura, dan perkebunan, dan (6) pengembangan sistem informasi hasil penelitian dan pengembangan bioteknologi dan SDG pertanian dengan tujuan untuk mendukung program penelitian dan pengembangan selanjutnya. A.6. Strategi Pencapaian Sasaran Strategi yang akan digunakan untuk pencapaian sasaran kegiatan BB Biogen tahun , yaitu: 1. Menumbuhkembangkan kapasitas dan kreativitas semua komponen SDM BB Biogen (peneliti, staf, teknisi, dan administrasi); 2. Meningkatkan daya guna dan memelihara fasilitas (sarana dan prasarana) yang dimiliki agar mampu memecahkan permasalahan yang secara konvensional sulit atau tidak mungkin dilakukan; 3. Meningkatkan dan memelihara proses penelitian di BB Biogen dan terbuka dalam memperbaiki relevansi penelitian agar sesuai dengan permasalahan aktual yang dihadapi industri pertanian; 4. Mengusulkan program penelitian yang berkelanjutan sesuai dengan tugas pokok dan fungsi (tupoksi) BB Biogen dan prioritas penelitian yang telah ditetapkan oleh Badan Litbang Pertanian dalam mendukung pertanian industrial unggul berkelanjutan; 5. Membangun dan mengembangkan aliansi strategis antara semua komponen BB Biogen dengan berbagai lembaga penelitian dan masyarakat industri pertanian dari dalam dan dari luar negeri sehingga dapat selalu menyesuaikan prioritas penelitian; 6. Berperan serta dalam penyusunan kebijakan pembangunan pertanian untuk mendukung terwujudnya pertanian industrial unggul berkelanjutan yang berbasis SDG lokal yang didukung bioteknologi; 7. Mempublikasikan ilmu dan teknologi serta mendiseminasikan informasi dan produk hasil penelitian bioteknologi dan sumber daya genetik pertanian baik di level nasional maupun internasional; 6

17 8. Menjalankan sistem manajerial yang terkoordinasi dan transparan untuk mendukung kelancaran pengelolaan SDM, kegiatan penelitian dan diseminasi hasil penelitian yang menjadi tupoksi BB Biogen. A.7. Langkah Operasional Berdasarkan orientasi tujuan yang ingin dicapai pada periode tahun , strategi penelitian dan pengembangan di BB Biogen diarahkan pada 2 kategori, sebagai berikut: Kategori I: Scientific Recognition, yaitu kegiatan penelitian untuk menghasilkan inovasi teknologi yang mempunyai muatan ilmiah tinggi untuk mendukung peningkatan produksi komoditas prioritas. Kategori II: Impact Recognition, yaitu kegiatan litbang yang lebih bersifat penelitian adoptif dan aplikatif untuk mendukung pencapaian program utama pembangunan pertanian. Langkah operasional yang direncanakan dalam Renstra mencakup: (1) Kegiatan pengembangan Sumber Daya Manusia (SDM); (2) Kegiatan peningkatan daya guna sarana dan prasarana penelitian; (3) Kegiatan penelitian dan pengembangan bioteknologi dan SDG pertanian; (4) Kegiatan pendokumentasian dan diseminasi hasil penelitian. A.7.1. Kegiatan Pengembangan Sumber Daya Manusia Sumber daya manusia merupakan aset yang sangat berharga dari suatu organisasi. Pada saat ini komposisi antara SDM penunjang penelitian dan peneliti yang aktif di BB Biogen belum seimbang (Tabel II.1). Rasio tersebut tentu tidak ideal untuk suatu institusi penelitian. Selama ini BB Biogen telah melakukan upaya-upaya (1) rekruitment (penerimaan pegawai baru melalui proses seleksi), (2) realokasi tenaga antar subbagian, dan (3) peningkatan kapasitas melalui pelatihan jangka pendek dan jangka panjang untuk meningkatkan tingkat kompetensi dan profesionalisme SDM peneliti dan penunjang. Berdasarkan tingkat pendidikan sampai tahun 2014 akan ada penambahan SDM peneliti sebanyak 6 orang bergelar S3 sehingga komposisi peneliti pada tahun 2014 dengan memperhitungkan adanya 4 orang SDM peneliti yang pensiun adalah 34 orang bergelar S3, 29 orang bergelar S2 dan 16 orang bergelar S1. Salah satu konsep yang dapat digunakan dalam menyusun rencana kebutuhan SDM adalah pendekatan Critical Mass (CM), yaitu banyaknya SDM tertentu pada jumlah kritis tertentu yang diperlukan untuk mencapai misi atau tujuan organisasi dalam rangka membangun 7

18 dan meningkatkan reputasi serta kelangsungan aktifitas profesional lembaga penelitian. Penghitungan kebutuhan suatu tim atau kelompok kerja secara teoritik untuk melaksanakan tupoksinya guna mencapai kinerja yang diharapkan dilakukan dengan Theoretical Critical Mass (TCM) yang mengacu kepada asumsi-asumsi yang disusun untuk mendekati kondisi optimal suatu lembaga penelitian. Data dasar untuk menyusun rencana pengembangan SDM yang ditetapkan berdasarkan penghitungan kondisi SDM saat ini dinyatakan sebagai Empirical Critical Mass (ECM) yang dibuat berdasarkan fakta empirik pada saat penghitungan dilakukan. Selisih antara TCM dan ECM merupakan acuan dalam pengembangan SDM BB Biogen. Apabila jumlah RPTP dipertahankan sekitar 18 judul topik penelitian, maka penghitungan analisis CM seperti yang tertera pada Tabel 1. Tabel II.1. Hasil Analisis Critical Mass Peneliti BB Biogen tahun Simulasi Model RPTP Sumber Daya Manusia (orang) Kepakaran S3 S2 S1 Jumlah S3 Ekivalen Penelitian Terapan TCM ECM ,2 Selisih TCM terhadap ECM ,8 Keterangan: RPTP= Rencana Penelitian Tim Peneliti; S3= Doktor atau yang setara; S2= Magister atau yang setara; S1= Sarjana; TCM= Theoretical Critical Mass; ECM= Empirical Critical Mass; Agar dapat memenuhi TCM peneliti secara ideal dengan 18 RPTP dimana setiap RPTP memerlukan 2 kepakaran sehingga diperlukan 36 orang peneliti berkualifikasi S3, 36 orang peneliti berkualifikasi S2 dan 36 orang peneliti berkualifikasi S1 maka BB Biogen perlu melakukan strategi sebagai berikut : 1) Menyekolahkan peneliti berpendidikan S2 sebanyak 2 orang ke program S3 pada periode Diharapkan pada tahun 2014 jumlah peneliti berpendidikan S3 bertambah menjadi 36 orang. Dengan demikian pengiriman peneliti untuk tugas belajar ke program S3 tersebut selambat-lambatnya dilakukan pada tahun ajaran

19 2) Menyekolahkan peneliti berpendidikan S1 sebanyak 7 orang ke program S2 pada periode , Diharapkan pada tahun 2012 jumlah peneliti berpendidikan S2 sebanyak 36 orang akan terpenuhi. Dengan demikian penetapan dan pengiriman peneliti untuk tugas belajar ke program S2 tersebut selambat-lambatnya dilakukan pada awal tahun ) Melakukan rekruitmen pegawai berkualifikasi S1 sebanyak 23 orang melalui penerimaan pegawai baru sekitar 7-8 orang setiap tahunnya selama kurun waktu Hal lain yang dapat dilakukan ialah dengan melakukan outsourcing, yaitu merekrut, dengan sistem kontrak, dari pelamar yang berprestasi. Namun jika hanya untuk sekedar membantu melaksanakan kegiatan penelitian mahasiswa yang praktek/magang di BB Biogen dapat dimanfaatkan. Sebelum tahun 2014 berakhir tiga orang teknisi litkayasa sedang dalam proses kepindahan ke UPT lain. Dengan demikian jumlah PNS fungsional khusus akan semakin berkurang. Padahal seharusnya sebagai sebuah lembaga penelitian, idealnya BB BIOGEN diperkuat oleh jumlah PNS fungsional khusus yang jauh lebih banyak dibandingkan dengan PNS fungsional umum. Namun berdasarkan analisis beban kerja walaupun selama 10 tahun terakhir SDM teknisi litkayasa belum pernah ditambah ternyata hanya dibutuhkan tambahan dua teknisi litkayasa, sedangkan untuk jabatan fungsional umum masih dibutuhkan sembilan PNS untuk teknis administratif, operasional maupun teknis substantif, dan diperlukan tiga PNS untuk jabatan struktural. Dalam suatu lembaga penelitian, seperti BB Biogen, peranan SDM peneliti sangat strategis. Pengembangan SDM yang belum sesuai dengan kebutuhan riil akan menyebabkan kurang optimalnya kinerja suatu organisasi dalam usaha melaksanakan misinya. Mengingat kemajuan iptek dan kemajuan teknologi informasi, SDM dengan keahlian spesifik sangat diperlukan. Pada kelompok jabatan fungsional khusus diperlukan SDM peneliti dengan keahlian spesifik di bidang bioinformatika, proteomika dan metabolomika, Namun jika output akhir yang juga diharapkan adalah galur-galur harapan untuk dilepas, maka SDM yang memahami bidang Ilmu Perbenihan, Genetika dan Pemuliaan, Hama dan Penyakit, dan Fisiologi sangat diperlukan, karena tidak mungkin dipenuhi dari SDM BB Biogen yang ada saat ini. Walaupun demikian kebutuhan keahlian ilmu tersebut dapat dipenuhi melalui kerja sama penelitian dan pengembangan dengan UK/UPT terkait. Pada kelompok jabatan fungsional umum, belum ada tenaga ahli teknologi informatika yang khusus menangani jejaring informasi dan pustakawan. Untuk memenuhi kebutuhan SDM dengan keahlian spesifik akan dipertimbangkan juga sistem outsourcing atau kontrak kerja 9

20 sesuai dengan rambu-rambu peraturan yang memungkinkan. Lebih lanjut, untuk pengembangan kemampuan dan penyesuaian dengan perkembangan kemajuan iptek, maka peneliti juga perlu mendapatkan pelatihan jangka pendek dan jangka panjang baik di dalam atau di luar negeri secara berkala, visiting scientist, dan scientific exchange. Untuk pengembangan SDM kebutuhan khusus seperti pustakawan, akan diperlukan kompetensi keilmuan perpustakaan, kompetensi kebahasaan, dan kompetensi penguasaan teknologi informasi dan komunikasi. Pengelolaan perpustakaan tidak hanya akan terbatas pada administrasi simpan pinjam pustaka, tetapi akan melingkupi perencanaan pengembangan dan evaluasi sistem. Hal ini dapat dilakukan dengan pengangkatan pegawai dengan kompetensi tersebut di atas atau melalui pelatihan-pelatihan bagi karyawan yang sudah ada. A.7.2. Kegiatan Peningkatan Daya Guna Sarana dan Prasarana Penelitian Kegiatan peningkatan daya guna sarana dan prasarana penelitian di lingkup BB Biogen akan tetap dijalankan sesuai dengan Standar Operasional Prosedur (SOP) yang telah dibuat, antara lain untuk: 1. Pengajuan pemeliharaan peralatan laboratorium, SOP: 015/OT.225/I.9/1/ Penggunaan peralatan laboratorium (eksternal), SOP: 016/OT.225/I.9/1/ Penggunaan kebun percobaan (eksternal), SOP: 017/OT.225/I.9/1/ Penggunaan rumah kaca (eksternal), SOP: 018/OT.225/I.9/1/ Penggunaan peralatan laboratorium, SOP: 019/OT.225/I.9/1/ Penggunaan rumah kaca (internal), SOP: 020/OT.225/I.9/1/ Penggunaan kebun percobaan (internal), SOP: 021/OT.225/I.9/1/ Penggunaan fasilitas ruang kultur di kelti BSJ, SOP: 022/OT.225/I.9/1/2010 Semua tahap kegiatan yang harus dilalui terkait pengajuan pemeliharaan peralatan laboratorium dari pihak pemohon (pengguna), Kasubbag Perlengkapan (PL), Tim teknis PL, Kabag TU, dan pembuat Surat Perjalanan Dinas telah disusun dengan jelas dan dilaksanakan sesuai SOP. Formulir laporan kerusakan/gangguan sarana dan prasarana tiap unit organisasi/laboratorium juga disediakan untuk 10

21 menunjang keefektifan implementasi SOP. Namun demikian berdasarkan observasi implementasi SOP, ada beberapa hal yang harus diperbaiki, seperti: 1) Perbaikan peralatan bank gen: revisi SOP dalam hal frekuensi pengecekan dan mekanisme perbaikan peralatan. 2) Perekrutan teknisi profesional dan perbaikan alokasi anggaran sesuai kebutuhan. Pemeliharaan semua peralatan penelitian termasuk peralatan baru tetap akan dilakukan melalui kerja sama dengan pihak perusahaan distributor dalam negeri maupun luar negeri. Untuk menjaga kesinambungan dan pemanfaatan secara maksimal untuk beberapa alat, seperti Real Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR), genetic analyzer, DNA purification, whole genome sequencer dan I-Scan; perlu dilakukan training sesuai kebutuhan, baik on site training ataupun overseas training. Dengan adanya penambahan alat penelitian baru, yaitu high throughput- whole genome sequencer dan I-Scan, diperlukan peningkatan kapasitas peneliti untuk mendayagunakan alat secara berkelanjutan. Beberapa rencana strategi yang perlu dilaksanakan adalah: penjajagan kolaborasi dengan institusi luar negeri yang mempunyai dan berpengalaman dalam mengelola peralatan tersebut, diantaranya Seoul National Universitas dalam bidang bioinformatik dan pengelolaan alatnya (Korea Selatan), IRRI (Filipina) dan juga peluang negara lainnya. A.7.3. Kegiatan Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian Program di BB Biogen disusun dan dirumuskan berdasarkan permasalahan utama yang dihadapi terutama yang pelaksanaan serta akurasinya secara konvensional sulit atau tidak mungkin dilakukan. Pelaksanaan kegiatan dilakukan untuk mendukung program Badan Litbang Pertanian. Sesuai dengan tupoksi maka ruang lingkup penelitian bioteknologi dan sumber daya genetik (SDG) pertanian yang menjadi tugas BB Biogen akan mencakup berbagai komoditas yaitu tanaman, mikroba dan ternak, sedangkan ruang lingkup di bidang kebijakan akan mencakup penyusunan peraturan perundangan yang belum tersedia atau belum disempurnakan di bidang SDG dan bioteknologi seperti kebijakan keanekaragaman hayati pertanian, kebijakan pengelolaan SDG pertanian, serta kebijakan penelitian, pengembangan dan pengaturan hasil rekayasa genetik. Melalui SK Mentan No. 78/Kpts/OT.210/1/2002 BB Biogen ditetapkan sebagai pemegang mandat nasional dalam pengelolaan plasma nutfah atau SDG. Pada tahun 2006 terbit peraturan Menteri Pertanian No. 67/Permentan/OT.140/12/2006 yang merupakan pedoman bagi 11

22 semua pemangku kepentingan, termasuk peneliti dalam mengelola SDG tanaman. Peraturan tersebut bertujuan untuk melestarikan dan mendayagunakan SDG tanaman, sehingga terjamin ketersediaannya dalam mendukung pembangunan pertanian berkelanjutan. Permentan tersebut mencakup pelestarian, yang meliputi eksplorasi, koleksi, penyimpanan serta pemanfaatan termasuk di dalamnya pengeluaran dan pemasukan SDG tanaman. Kegiatan penelitian dan pengembangan SDG pertanian meliputi: (1) Pelestarian plasma nutfah tanaman pertanian (konservasi lapang dan in vitro); (2) Pengkayaan koleksi (eksplorasi, introduksi); (3) Pendayagunaan koleksi (karakterisasi morfologi, agronomi dan mutu gizi, sidik jari DNA, evaluasi terhadap cekaman abiotik dan biotik); (4) Pengembangan pangkalan data plasma nutfah pertanian yang mencakup: (a) pangkalan data manajemen benih (data hasil pengujian viabilitas benih, dan penggunaan benih), (b) pengumpulan data paspor dan data karakteristik plasma nutfah tanaman pangan termasuk pembuatan barcode DNA untuk komoditas bernilai ekonomi tinggi, dan (c) Pemutakhiran (updating) data katalog plasma nutfah tanaman pangan. Dalam rangka pencapaian pertanian industrial maka pada periode tahun BB Biogen diberi tugas melaksanakan satu kegiatan penelitian prioritas yaitu Program Penciptaan Teknologi dan Varietas Unggul Berdaya Saing melalui Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian. Sasaran kegiatan penelitian ini adalah peningkatan inovasi dan adopsi hasil bioteknologi dan pemanfaatan SDG pertanian untuk mendukung ketahanan pangan dan peningkatan daya saing produk pertanian. Untuk melaksanakan kegiatan prioritas tersebut ruang lingkup kegiatan penelitian di BB Biogen akan diprioritaskan pada: (1) pemetaan, eksplorasi gen-gen penting dan sekuen genom tanaman, hewan, dan mikroba yang berguna dalam perbaikan genetik komoditas pertanian, (2) aplikasi teknik seluler, mutagenesis, molekuler dan rekayasa genetik dalam perakitan varietas atau galur-galur unggul produktivitas tinggi, umur super genjah sampai genjah, efisien dalam penggunaan pupuk, tahan cekaman biotik, dan toleran kondisi lingkungan abiotik ekstrim seperti kekeringan, salinitas, dan lahan masam, (3) pengungkapan senyawa biokimia pada plasma nutfah tanaman sebagai bahan pangan baru ataupun bahan kimia untuk keperluan industri dan farmasi, (4) pengungkapan senyawa biokimia pada serangga hama untuk pembuatan senyawa analog sintetik yang berguna dalam pengendaliannya, (5) pengungkapan mekanisme pengendalian genetik pada metabolisme mikroba yang berpotensi untuk pengendalian OPT. Output kegiatan penelitian yang dituangkan sebagai indikator kinerja utama (IKU) disajikan pada Tabel II.2. 12

23 Tabel II.2. Indikator kinerja utama penelitian BB Biogen Kegiatan Prioritas Sasaran Indikator Kinerja Utama Target (Tahun) Anggaran (x Rp ) Kegiatan penciptaan teknologi dan varietas unggul berdaya saing, melalui penelitian dan pengembangan bioteknologi dan sumber daya genetik pertanian. Peningkatan inovasi dan adopsi hasil bioteknologi dan pemanfaatan sumberdaya genetik (SDG) pertanian untuk mendukung ketahanan pangan dan peningkatan daya saing produk pertanian. 1. Jumlah aksesi SDG pertanian yang dikonservasi atau diremajakan. 2. Jumlah varietas atau galur harapan komoditas pertanian. 3. Jumlah peta genetik sifat-sifat penting komoditas pertanian ,73 26,12 29,77 33,51 37, Jumlah klon gen sifatsifat penting komoditas pertanian Jumlah sidik jari DNA plasma nutfah pertanian Jumlah Produk bioprospeksi SDG pertanian A.7.4. Kegiatan pendokumentasian dan diseminasi hasil penelitian Berdasarkan judul penelitian lingkup BB Biogen direncanakan tiap Rencana Penelitian Tim Peneliti (RPTP) akan menghasilkan satu Karya Tulis Ilmiah (KTI), sehingga minimal 5 KTI diharapkan terbit per tahun. KTI yang merupakan hasil penelitian di BB Biogen atau kerjasama dalam dan luar negeri diharapkan terbit di jurnal internasional. Program peningkatan kualitas KTI di BB Biogen diharapkan semakin meningkatkan kuantitas dan kualitas KTI. Implikasinya adalah peningkatan reputasi BB Biogen untuk pencapaian status sebagai lembaga penelitian berkelas dunia (world class research institution). 13

24 Dokumentasi publikasi BB Biogen yang dikelola dalam bentuk cetakan terutama Jurnal Agrobiogen direncanakan terbit tiga kali dari semula dua kali setahun terhitung mulai Sementara itu belum ada rencana perubahan frekuensi penerbitan Warta Biogen (3 kali/tahun). Laporan tahunan disusun pada setiap akhir tahun kegiatan sebagai pertanggungjawaban penggunaan dana. Hal ini merupakan bagian dari upaya peningkatan akuntabilitas kegiatan dan sosialisasi hasil penelitian dan pengembangan di BB Biogen. Laporan tahunan juga akan dijadikan sebagai salah satu bahan pertimbangan dalam penggunaan kebijakan penelitian dan pengembangan pertanian, khususnya bioteknologi dan sumber daya genetik pertanian. Serangkaian demplot yang dilakukan BB Biogen untuk mempromosikan produk-produk unggulan (Feromon-Exi dan Feromon-Ostri) telah mendapat respon positif dari petani dan pemangku kepentingan. Feromon-Exi telah dilisensikan kepada pihak swasta (CV NUSAGRI) untuk diproduksi masal dan dikomersialkan. Produk unggulan BB Biogen yang akan didiseminasikan pada tahun 2010 adalah Feromon-PBPK yang merupakan produk baru untuk pengendalian penggerek batang padi kuning, Feromon-Exi dan Feromon-Ostri; tahun 2011 adalah Feromon-PBPK dan Feromon-Exi; dan ahir Desember 2012 telah di tanda tangani lisensi untuk Feromon-PBPK, Feromon Ostri, Feromon Litura, dan Feromon Cylas (PT. Teksonindo Henida Jaya yang akan memegang liseni Feromon tersebut). B. Rencana Kinerja Tahunan (RKT) BB Biogen Tahun 2012 Rencana kinerja tahunan BB Biogen pada tahun 2012 yang diukur adalah : (1) Rencana kinerja sasaran; dan (2) Rencana kinerja kegiatan. B.1. Rencana kinerja sasaran yang ingin dicapai adalah Peningkatan inovasi dan adopsi hasil bioteknologi dan pemanfaatan sumber daya genetik pertanian (SDGP) untuk mendukung ketahanan pangan dan peningkatan daya saing produk pertanian, sedangkan indikator sasarannya sebagai berikut: I. Jumlah aksesi SDGP yang dikonservasi atau diremajakan sebanyak aksesi, terdiri dari: 1. Tersedianya 40 aksesi mikroba pertanian potensial terkarakterisasi, terejuvenasi, dan terpreservasi. 14

25 2. Tersedianya aksesi plasma nutfah tanaman pangan (padi, jagung, kedelai, kacang tanah, kacang hijau, sorgum, kacangkacangan minor dan padi liar). 3. Tersedianya aksesi plasma nutfah ubi-ubian (ubikayu, ubijalar, dan talas) yang terkonservasi di lapang. 4. Tersedianya 210 aksesi plasma nutfah ubi-ubian (ubikayu, ubijalar, dan talas) yang terkonservasi secara in-vitro. II. Jumlah varietas atau galur harapan komoditas pertanian sebanyak 360 galur, terdiri dari: 1. Tersedianya 220 galur terpilih somaklon generasi M5. 2. Tersedianya 50 galur somaklon kedelai generasi M6 berumur genjah, produktivitas tinggi 3. Tersedianya 40 galur somaklon kedelai generasi M7 berumur genjah, produktivitas tinggi. 4. Tersedianya 5 galur kedelai transgenik generasi T1 terpilih dari varietas Tidar, Wilis atau Anjasmoro yang membawa dan mengekspresikan gen untuk produktivitas tinggi GmNFR1a. 5. Tersedianya 5 galur kedelai putatif transgenik generasi T2 dari 3 varietas Tidar, Wilis atau Anjasmoro yang membawa gen untuk umur genjah (AtCO). 6. Tersedianya 10 galur BC4F1-Ciherang. 7. Tersedianya 10 galur BC6F1-Situbagendit. 8. Tersedianya 4 galur tanaman kentang transgenik hasil persilangan yang tahan terhadap penyakit hawar daun (P. infestans) di Lapangan Uji Terbatas. 9. Tersedianya 16 galur tanaman gandum trangenik adaptif suhu 30 o C ± 2 o C. III. Jumlah peta genetik sifat-sifat penting komoditas pertanian sebanyak 4 peta genetik, terdiri dari: 1. Tersedianya satu peta genetik sekuen kelapa sawit Dura yang sudah diolah secara bioinformatik seperti sequence assembly dan contigs. 15

26 2. Tersedianya satu peta genetik sekuen jarak pagar IP3 yang sudah diolah secara bioinformatik seperti sequence assembly dan contigs. 3. Tersedianya satu peta genetik marka SNP terkait erat dengan hasil, komponen hasil, dan umur genjah pada padi produktivitas tinggi dan berumur genjah. 4. Tersedianya satu peta genetik sekuen Kakao yang sudah diolah secara bioinformatik seperti sequence assembly dan contigs. IV. Jumlah klon gen pengendali sifat-sifat penting komoditas pertanian sebanyak 6 klon gen, terdiri dari: 1. Tersedianya 3 konstruk gen kandidat yaitu OsPPCK (untuk toleran kekeringan), Ostgw-1/OsCKX (untuk produktivitas tinggi), dan OsWRKY47 (untuk umur genjah) pada vektor ekspresi pcambia Tersedianya 3 klon gen kandidat yaitu OsERA1 (untuk toleran kekeringan), OsGS3 atau OsDep1 (untuk produktivitas tinggi) dan AtCO atau OsMADS18 (untuk umur genjah) pada tanaman padi model yang telah dikonfirmasi fungsinya. V. Jumlah sidik jari DNA plasma nutfah pertanian sebanyak 288 sidik jari DNA, terdiri dari: 1. Tersedianya profil sidik jari DNA 96 aksesi padi dengan menggunakan 30 marka SSR, 2. Tersedianya profil sidik jari DNA 192 aksesi mangga dengan menggunakan 19 primer. VI. Jumlah produk bioprospeksi sumberdaya genetik pertanian sebanyak 1 formula, terdiri dari: 1. Tersedianya satu formula feromon seks sintetik untuk ulat grayak S. litura, 2. Tersedianya satu teknik pengendalian ulat grayak dengan menggunakan perangkap berferomon. B.2. Rencana kinerja kegiatan tahun 2012 yang diukur adalah 16 Rencana Penelitian Tim Peneliti (RPTP) yang dipayungi oleh Kegiatan Penciptaan Teknologi dan Varietas Unggul Berdaya Saing, melalui penelitian dan pengembangan bioteknologi dan sumber daya genetik pertanian. Kinerja kegiatan yang diukur dalam pelaksanaan RPTP adalah (1) Kinerja masukan, dan (2) Kinerja keluaran. Kinerja 16

27 masukan hampir sama untuk setiap RPTP yang terdiri dari (a) Dana/anggaran, (b) Sumber daya manusia yang terlibat, dan (c) Fasilitas yang digunakan (lapang, rumah kaca, dan laboratorium). Kinerja BB Biogen tahun 2012 ditetapkan dan diukur berdasarkan kegiatan utama penelitian dalam Renstra BB Biogen dan rencana kinerja kegiatan utama BB Biogen tahun Kegiatan utama BB Biogen tahun 2012 adalah Kegiatan penciptaan teknologi dan varietas unggul berdaya saing melalui: Penelitian dan Pengembangan Pertanian. Kegiatan utama BB Biogen tahun 2012 dengan rincian sebagai berikut: Kode DIPA Judul RPTP Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Penanggung Jawab Target dalam POK Aksesi Sumberdaya Genetik Pertanian yang Dikonservasi dan Diremajakan aksesi Konservasi, dokumentasi dan bioprospeksi SDG mikroba 40 aksesi 011 Konservasi 40 aksesi mikroba pertanian, dan dokumentasi plasma nutfah mikroba dan spesimen serangga pertanian. Ir. Yadi Suryadi, MSi. 40 aksesi Konservasi Karakterisasi & Dokumentasi Plasma Nutfah aksesi 011 Penelitian dan pengembangan konservasi, karakterisasi dan dokumentasi 4610 plasma nutfah tanaman pertanian. 012 Pengembangan dan penyimpanan ubi minor (Dioscorea Sp.) melalui metode kriopreservasi. Dr. Asadi Ir. Sri Hutami, MS aksesi Galur harapan komoditas pertanian 360 Galur Pembentukan galur kedelai unggul 320 Galur 011 Pembentukan 220 galur M5, 50 galur M6, 40 galur M7 Kedelai serta 5 galur generasi T2 produktivitas tinggi dan 5 galur generasi T1 untuk karakter umur genjah. Dr. Ika Mariska 320 Galur 17

28 Kode DIPA Judul RPTP Penanggung Jawab Target dalam POK Pembentukan Galur Padi Unggul 20 Galur 011 Pembentukan 20 galur padi BC6F1-Ciherang dan BC6F1-Situ Bagendit untuk efisiensi pupuk N dan P 30% serta potensi hasil 6 8,5 ton/ha. 013 Perbaikan ketahanan padi varietas unggul baru terhadap wereng coklat melalui metode MABC berbasis marka gen bph Transformasi gen cryiac dengan bantuan Agrobacterium untuk pembentukan padi tahan penggerek batang. Dr. Sustiprijatno Drs. A. Warsun MP. Dr. Sri Koerniati 20 Galur Pembentukan Tanaman Hortikultura Unggul 4 galur 011 Pembentukan 4 galur tanaman transgenik kentang tahan penyakit hawar daun (Phytopthora infestans) yang dapat mengurangi 50% aplikasi fungisida. 013 Karakterisasi ketahanan galur-galur cabai mutan somaklonal (M2) hasil kultur in vitro yang dikombinasi dengan mutagen kimia EMS. 014 Karakterisasi ketahanan putative transforman dan mutan tanaman pisang ambon kuning terhadap penyakit layu Fusarium. Dr. M. Herman Dr. Ifa Manzila Drs. Deden Sukmadjaja, MS. 4 galur Perakitan galur gandum unggul 16 galur 011 Perakitan 16 transforman putatif gandum toleran terhadap suhu tinggi. Dr. Sustiprijatno 16 galur Pembentukan tanaman perkebunan unggul 011 Uji Daya Hasil lanjutan Klon Nilam Bio 6 Toleran Kekeringan dengan Kadar Minyak Tinggi. Dr. Ragapadmi P Peta Gen Sifat-sifat Penting Komoditas Pertanian 4 Peta genetik 011 Pembentukan 4 peta genetik sawit, jarak pagar, padi, dan kedelai dan Dr. I Made Tasma 4 Peta genetik 18

29 Kode DIPA Judul RPTP identifikasi marka SNP kakao dan sapi. Penanggung Jawab Target dalam POK Klon Gen Pengendali Sifat-sifat Penting Komoditas Pertanian 6 Klon Gen 011 Kloning 2 gen kandidat toleran kekeringan, 2 gen kandidat produktivitas tinggi, dan 2 gen umur genjah serta Identifikasi gen penyandi komplek toksin A dan D (Tca dan Tcd) dari bakteri entomopatogen wereng batang coklat (Serratia marcescens). Dr. Tri Joko Santoso 6 Klon Gen Sidik Jari DNA Plasma Nutfah Pertanian 288 sidik jari 011 Analisis sidik jari DNA 288 aksesi plasma nutfah pertanian (padi, dan mangga) dan hubungan kekerabatan sebagai penciri spesifik plasma nutfah. Ir. T. Sudiaty S., MS 288 sidik jari Produk Bioprospeksi Sumberdaya Genetik Pertanian Bioprospeksi Sumberdaya Genetik Mikroba 011 Bioprospeksi senyawa bioaktif untuk pengendalian serangga hama Spodoptera litura sehingga tingkat kerusakan di bawah sepuluh persen. Dr. I Made Samudra Keterangan: DIPA= Daftar Isian Pelaksanaan Anggaran; RPTP= Rencana Penelitian Tim Peneliti; POK= Petunjuk Operasional Kegiatan. 1 formula 19

30 C. Penetapan Kinerja BB Biogen Tahun 2012 Untuk mencapai sasaran yang telah ditetapkan dalam Renstra BB Biogen , maka pada tahun 2012 BB Biogen menetapkan kinerja sebagai berikut: Sasaran Strategis Indikator Kinerja Target (1) (2) (3) Peningkatan inovasi dan adopsi hasil bioteknologi dan pemanfaatan sumber daya genetik pertanian untuk mendukung ketahanan pangan dan peningkatan daya saing produk pertanian. 1. Jumlah aksesi SDGP yang dikonservasi atau diremajakan aksesi o Jumlah aksesi mikroba pertanian potensial terkarakterisasi, terejuvenasi, dan terpreservasi. o Jumlah aksesi plasma nutfah tanaman pangan terkarakterisasi dan terkonservasi. 40 aksesi aksesi 2. Jumlah Varietas atau Galur Harapan Komoditas Pertanian 360 galur o Jumlah galur kedelai unggul terpilih. 320 galur o Jumlah galur padi BC6F1-Ciherang dan BC6F1-Situbagendit. 20 galur o Jumlah galur kentang transgenik hasil persilangan yang tahan terhadap penyakit hawar daun (P. infestans) di Lapangan Uji Terbatas. 4 galur o Jumlah galur gandum trangenik adaptif suhu 30 o C±2 o C. 16 galur 3. Jumlah peta genetik sifat-sifat penting komoditas pertanian 4 peta genetik o Peta genetik kelapa sawit Dura, jarak pagar IP3, padi, dan kakao. 4 peta genetik 4. Jumlah klon gen pengendali sifat-sifat penting komoditas pertanian 6 klon gen o Jumlah kontruk gen kandidat untuk toleran kekeringan, produktivitas tinggi, dan umur genjah. 6 klon gen 5. Jumlah sidik jari DNA plasma nutfah pertanian 288 sidik jari o Jumlah profil sidik jari DNA plasma nutfah padi dan mangga terpilih. 288 sidik jari 6. Jumlah produk bioprospeksi sumberdaya genetik pertanian 1 formula o Jumlah formula feromon seks S. litura yang atraktif. 1 formula 20

31 Jumlah Anggaran Kegiatan T.A Awal : Rp ,00 Jumlah Anggaran Kegiatan T.A Revisi ke-5 : Rp ,00 Kepala Badan Litbang Pertanian Kepala BB Biogen Dr. Haryono Dr. Karden Mulya NIP NIP

32 III. AKUNTABILITAS KINERJA Akuntabilitas kinerja BB Biogen tahun 2012 dilakukan dengan cara membandingkan antara target dengan realisasi yang dicapai sampai dengan 31 Desember 2012 masing-masing indikator kinerja. Ada beberapa indikator kinerja sasaran dan kegiatan yang dibandingkan realisasi capaian tahun-tahun sebelumnya maupun dengan hasil penelitian lembaga lainnya. Untuk mendorong pencapaian maksimal dari realisasi target indikator kinerja kegiatan dan sasaran yang telah ditetapkan maka dilakukan pemantauan secara berkala (setiap bulan) kemajuan pelaksanaan kegiatan tersebut. Secara ringkas sebagian besar indikator kinerja kegiatan utama BB Biogen tahun 2012 yang telah ditetapkan sampai 31 Desember 2012 dapat dicapai secara maksimal. Walaupun demikian ada beberapa indikator kinerja kegiatan utama yang waktu pencapaiannya mundur. Akuntabilitas kinerja BB Biogen pada tahun 2012 yang disajikan adalah (A) Evaluasi Kinerja BB Biogen Tahun 2012, (B) Analisis Akuntabilitas Kinerja BB Biogen Tahun 2012, dan (C) Analisis Akuntabilitas Keuangan BB Biogen Tahun A. Evaluasi Kinerja BB Biogen Tahun 2012 Pada evaluasi kinerja BB Biogen tahun 2012 dilakukan terhadap (1) Perkembangan Pencapaian Kinerja Kegiatan dan Sasaran BB Biogen tahun 2012, (2) Pencapaian indikator kinerja kegiatan BB Biogen tahun 2012, dan (3) Pencapaian indikator kinerja utama (IKU) BB Biogen tahun A.1. Perkembangan Pencapaian Kinerja Kegiatan dan Sasaran BB Biogen tahun 2012 Perkembangan pencapaian kinerja kegiatan dan sasaran BB Biogen Tahun 2012 dapat ditelusuri berdasarkan hasil pemantauan perkembangan pelaksanaan kegiatan setiap bulan yang disajikan per-triwulan pada Tabel III.1. 22

33 Tabel III.1. Hasil Pemantauan Pelaksanaan Fisik Kinerja Indikator Kegiatan Utama BB Biogen sampai dengan 31 Desember No. Sasaran Indkator Kinerja Peningkatan inovasi dan adopsi hasil bioteknologi dan pengelolaan sumberdaya genetik pertanian (SDGP) untuk mendukung ketahanan pangan dan peningkatan daya saing produk pertanian 1 Jumlah aksesi SDGP yang dikonservasi atau diremajakan. 1. Konservasi 40 Aksesi Mikroba Pertanian, dan Dokumentasi Plasma Nutfah Mikroba dan Spesimen Serangga Pertanian (Ir. Yadi Suryadi, MSc) Target 1 tahun 4,650 aksesi a. Plasma Nutfah Mikroba 40 aksesi - Jumlah isolat potensial (biokontrol terdiri dari 5 aksesi entomopatogen, 10 aksesi jamur patogen, 12 aksesi bakteri, dan 6 aksesi virus, 7 aksesi konsorsium bakteri) terkarakterisasi dalam hal produksi AIA, enzim kitinolitik/profil protein, analisis molekuler dengan primer 16s ribosomal DNA, dan kemampuannya menekan patogen serta meningkatkan pertumbuhan tanaman pada level rumah kaca maupun lapang. - Jumlah nomor koleksi mikroba pertanian (10 aksesi bakteri entomopatogen, 10 aksesi, 10 aksesi jamur, 10 aksesi virus dan 10 aksesi nematoda) yang direjuvenasi dan dipreservasi kembali. - Jumlah database mikroba pertanian (termasuk katalog) yang memuat 650 nomor aksesi. - Jumlah prototipe database serangga pertanian yang memuat 6500 nomor aksesi. Realisasi Fisik (%) Trw-1 Trw-2 Trw-3 Trw-4 40 aksesi 12,5 46, aksesi 12,5 46, database 1 prototipe

34 No. Sasaran Indkator Kinerja 2. Penelitian dan Pengembangan Konservasi, Karakterisasi dan Dokumentasi 4610 Plasma Nutfah Tanaman Pertanian (Dr. Asadi) 3. Pengembangan dan Penyimpanan Ubi Minor (Dioscorea sp) Melalui Metode Kriopreservasi. (Ir. Sri Hutami, MS) - Terjaganya/terawatnya 600 aksesi mikroba pertanian. Target 1 tahun 600 aksesi b. Plasma Nutfah Tanaman Pertanian aksesi - Jumlah unit viabilitas dan kesehatan benih plasma nutfah padi, jagung, sorgum, gandum, dan kacang-kacangan, yang termonitor dengan baik. - Jumlah aksesi rejuvenan plasma nutfah tanaman pangan (padi, jagung, kedelai, kacang tanah, kacang hijau, kacang-kacangan minor, dan padi liar), berikut data karakter morfologi, agronomi, serta data karakter toleransi terhadap kekeringan, salinitas, ketahanan terhadap hama/penyakit utama, dan mutu gizi pada plasma nutfah padi, jagung dan kedelai. - Jumlah aksesi ubi-ubian (ubikayu, ubijalar, dan ubi potensial) yang dapat dikonservasi di lapang. - Jumlah aksesi ubi kayu, ubi jalar dan talas yang dapat dikonservasi secara in vitro. - Database plasma nutfah tanaman pangan hasil updating karakter morfologi, agronomi dan ketahanan terhadap cekaman kekeringan, salinitas dan karakter mutu gizi sekitar 500 aksesi plasma nutfah tanaman pangan. - Jumlah metode perbanyakan tiga spesies Dioscorea (masing-masing 1 aksesi) melalui pembelahan umbi. 1 unit viabilitas 1,800 aksesi 2,600 aksesi 210 aksesi 1 database Realisasi Fisik (%) Trw-1 Trw-2 Trw-3 Trw-4 12,5 46, , , , , metode

35 No. Sasaran Indkator Kinerja 2 Jumlah Varietas atau Galur Harapan Komoditas Pertanian 4. Pembentukan 220 Galur M5, 50 Galur M6, 40 Galur M7 Kedelai serta 5 Galur Generasi T1 Produktivitas Tinggi dan 5 Galur T2 untuk Karakter Umur Genjah. (Dr. Ika Mariska) - Jumlah metode perbanyakan 3 spesies Dioscorea (masing-masing 1 aksesi) melalui in vitro. - Jumlah data analisis kandungan nutrisi tiga spesies Dioscorea (masing-masing 1 aksesi) sebagai tanaman pangan fungsional. - Jumlah metode studi awal penyimpanan tiga spesies Dioscorea (masing-masing 1 aksesi) melalui kriopreservasi. Target 1 tahun Realisasi Fisik (%) Trw-1 Trw-2 Trw-3 Trw-4 1 metode 9,67 21,33 51, data analisis metode Rata-rata realisasi pelaksanaan fisik Sasaran-1 15,94 40,92 74, galur Jumlah Tanaman Perkebunan Unggul tunas a. Jumlah galur kedelai unggul. 320 galur - Jumlah data agronomi pada 220 galur M5 terpilih. 220 galur Jumlah data produksi 50 galur somaklon kedelai M6 berumur lebih genjah dibanding tanaman varietas cek, produktivitas lebih tinggi dibanding varietas pembanding. - Jumlah galur somaklon M7 berumur lebih genjah dan berdaya hasil tinggi. - Jumlah galur kedelai transgenik generasi T1 terpilih varietas Tidar, Wilis atau Anjasmoro yang membawa gen GmNFR1a dengan penampilan tanaman yang lebih baik sehingga produktivitas dapat lebih tinggi. 50 galur galur galur

36 No. Sasaran Indkator Kinerja 5. Pembentukan 20 Galur BC6F1 Ciherang dan BC6F1- Situbagendit untuk Efisiensi Pupuk N dan P 30% serta Potensi Hasil 6-8,5 Ton/ha. (Dr. Sustiprijatno) - Jumlah galur kedelai putatif transgenik generasi T2 dari 3 varietas Tidar, Wilis atau Anjasmoro yang membawa gen untuk umur genjah (AtCO) dengan parameter fenotipik berupa umur berbunga menjadi lebih cepat sehingga tanaman kedelai berumur lebih genjah. Target 1 tahun b. Jumlah galur padi unggul 20 galur - Jumlah galur hasil silang balik ke enam generasi pertama, BC6F1 dengan background Ciherang (BC6F1-Ciherang) dari tanaman BC5F1 yang positif mengandung gen CsNitr1-L dan Pup1 dan BC6F1 dengan background Situ Bagendit (BC6F1-Situ Bagendit) dari tanaman BC5F1 yang positif mengandung gen CsNitr1-L dan Pup1. - Jumlah set informasi molekuler BC4F1-Ciherang, BC4F1-Situ Bagendit, BC5F1-Ciherang, dan BC5F1- Situ Bagendit. - Jumlah set informasi fenotipik galur BC3F4- Ciherang (efisien N) dan galur BC4F2- Situ Bagendit (efisien N dan toleran defisien P). Realisasi Fisik (%) Trw-1 Trw-2 Trw-3 Trw-4 5 galur galur 8 41,5 57, set informasi 1 set informasi 0, , Perbaikan Ketahanan Padi Varietas Unggul Baru terhadap Wereng Coklat Melalui Metode MABC Berbasis Marka Gen bph3. (Drs. A. Warsun, MP) - Jumlah populasi (kelompok) wereng coklat yang mempunyai virulensi tinggi. - Jumlah calon tetua persilangan yang teridentifikasi ketahanannya terhadap wereng coklat. - Jumlah primer-primer mikrosatelit yang polimorfis dari calon-calon tetua persilangan. - Jumlah butir benih keturunan pertama (F1) dari dua macam persilangan. 1 data koleksi 56, pasang 33, persen primer 200 butir benih ,

37 No. Sasaran Indkator Kinerja 7. Transformasi Gen cryiac dengan Bantuan Agrobacterium untuk Pembentukan Padi Tahan Penggerek Batang. (Dr. Sri Koerniati) 8. Pembentukan Empat Galur Tanaman Transgenik Kentang Tahan Penyakit Hawar Daun (Phytophthora infestans) Yang Dapat Mengurangi 50% Aplikasi Fungisida. (Dr. M. Herman) Target 1 tahun - Jumlah lini transgenik padi Inpari13 generasi T lini transgenik - Jumlah data molekuler 200 lini transgenik padi Inpari13 generasi T0. T0 200 data molekuler c. Jumlah galur tanaman hortikultura unggul 29 galur c.1. Jumlah galur kentang unggul - Jumlah galur tanaman kentang transgenik hasil persilangan dan hasil transformasi yang tahan terhadap terhadap penyakit hawar daun (P. infestans) hasil lanjutan LUT Banjarnegara, Jawa Tengah. - Data stabilitas gen dari 12 galur terseleksi tanaman kentang transgenik yang tahan terhadap penyakit hawar daun (P. infestans). - Data dampak terhadap organisme non-target (secondary effect) khususnya mikroba tanah seperti pelarut P dan penambat N2, serta penyakit lainnya seperti early blight dan bakteri layu, dari 12 galur terseleksi tanaman kentang transgenik yang tahan terhadap penyakit hawar daun (P. infestans). - Data karakter hortikultura di lapang dari 12 galur terseleksi tanaman kentang transgenik yang tahan terhadap penyakit hawar daun (P. infestans). 4 galur Realisasi Fisik (%) Trw-1 Trw-2 Trw-3 Trw galur 28,5 46,5 55, data 28,5 46,5 55, data 28,5 46,5 55, data 28,5 46,5 55,

38 No. Sasaran Indkator Kinerja 9. Karakterisasi Ketahanan Galur-Galur Cabai Mutan Somaklonal (M2) Hasil kultur In Vitro Yang Dikombinasi dengan Mutagen Kimia EMS. (Dr. Ifa Manzila) 10. Karakterisasi Ketahanan Putatif Transforman dan Mutan Tanaman Pisang Ambon Kuning Terhadap Penyakit Layu Fusarium. (Drs. Deden Sukmadjaja, MS) 11. Perakitan 16 Transforman Putatif Gandum Toleran Terhadap Suhu Tinggi. (Dr. Sustiprijatno) c.2. Jumlah galur cabai unggul - Maksimal 10 galur cabai mutan (M2) terseleksi dari uji ketahanan terhadap ChiVMV - Jumlah set data ciri-ciri ketahanan tanaman terhadap ChiVMV dengan tingkat virulensi yang berbeda - Jumlah set data ketahanan (minimal 10 galur cabai mutan M2) terseleksi terhadap ChiVMV (hubungan sifat dan ketahanan tanaman) c.3. Jumlah galur pisang unggul - Jumlah metode seleksi in vitro putatif transforman pisang T0 untuk ketahanan terhadap layu Fusarium. - Jumlah tanaman putatif transforman (T0) yang tahan terhadap penyakit layu Fusarium di FUT dan 1 set data ketahanannya. - Jumlah tanaman putatif mutan (M1) yang tahan terhadap penyakit layu Fusarium di lahan endemik dan 1 set data ketahanannya. Target 1 tahun 10 galur Realisasi Fisik (%) Trw-1 Trw-2 Trw-3 Trw-4 10 galur set data set data galur 1 metode tanaman putatif 10 tanaman putatif d. Jumlah galur gandum unggul 526 galur Jumlah event planlet tahan higromisin. 500 event Jumlah galur gandum generasi T0 mengandung gen tuf. - Jumlah galur gandum generasi T1 gen OsDREB toleran kekeringan. 16 galur galur

39 No. Sasaran Indkator Kinerja 12. Uji Daya Hasil Lanjutan Klon Nilam Bio 6 Toleran Kekeringan Dengan Kandungan Minyak Tinggi. (Dr. Ragapadmi P.) 3 Jumlah peta genetik sifat-sifat penting komoditas pertanian 13. Pembentukan 4 Peta Genetik Sawit, Jarak Pagar, Padi dan Kedelai dan Identifikasi Marka SNP Kakao dan Sapi. (Dr. I Made Tasma) Target 1 tahun e. Jumlah tanaman perkebunan unggul tunas tunas in vitro nilam Klon Bio 6 (MV4) di Laboratorium tunas in vitro nilam Klon Bio 6 (MV4) di rumah kaca. - Satu data produksi, kadar minyak dan patchouli alkohol dari pertanaman nilam (MV4) di 2 lokasi pengujian pada umur panen 6 dan 9 bulan tunas tunas Realisasi Fisik (%) Trw-1 Trw-2 Trw-3 Trw set data Rata-rata realisasi pelaksanaan fisik Sasaran-2 21,64 49,32 67,91 96,97 - Jumlah draf awal sekuen rujukan (draf awal peta genetik) genom sawit Dura. - Jumlah draf awal sekuen rujukan (draf awal peta genetik) genom jarak pagar IP3. 5 peta genetik 1 draf draf Jumlah peta genetik marka SNP kakao. 1 peta genetik Jumlah peta genetik marka SNP terkait hasil dan umur panen pada padi. 1 peta genetik Jumlah koleksi marka SNP untuk pembentukan database marka SNP dan data fenotip 400 genotipe kedelai di lapang. - Data resekuen genom total 4 genotipe sapi lokal Indonesia. 1 koleksi Rata-rata realisasi pelaksanaan fisik Sasaran-3 7,50 31,17 57,17 93,50 29

40 No. Sasaran Indkator Kinerja 4 Jumlah klon gen pengendali sifatsifat penting komoditas pertanian 14. Kloning Dua Gen Kandidat Toleran Kekeringan, Dua Gen Kandidat Produktivitas Tinggi, dan Dua Gen Kandidat Umur Genjah serta Identifikasi Gen Penyandi Kompleks Toksin A dan D (Tca dan Tcd) dari Bakteri Entomopatogen Wereng Batang Coklat (Serratia marcescens). (Dr. Tri Joko Santoso) 5 Jumlah sidik jari DNA plasma nutfah pertanian 15. Analisis Sidik Jari DNA 288 Aksesi Plasma Nutfah Pertanian (Padi dan Mangga) dan Hubungan Kekerabatan Sebagai Penciri Spesifik Plasma Nutfah. (Ir. T. Sudiati Silitonga, MS.) - Jumlah mutan padi IR64 penanda aktivasi untuk identifikasi dan isolasi gen-gen kandidat baru untuk toleran kekeringan, produktivitas tinggi dan/atau umur genjah. - Jumlah konstruk gen kandidat yaitu OsPPCK (untuk toleran kekeringan), Ostgw-1/OsCKX (untuk produktivitas tinggi), dan OsWRKY47 (untuk umur genjah) pada vektor ekspresi pcambia Jumlah kandidat gen yaitu OsERA1 (untuk toleran kekeringan), OsGS3 atau OsDep1 (untuk produktivitas tinggi) dan AtCO atau OsMADS18 (untuk umur genjah) pada tanaman padi model yang telah dikonfirmasi fungsinya. - Jumlah klon gen yaitu gen Tca dan Tcd dari S. marcescens strain wbc koloni Sukamandi. Target 1 tahun 8 klon gen 20 mutan padi 3 klon gen 3 klon gen 2 klon gen Realisasi Fisik (%) Trw-1 Trw-2 Trw-3 Trw-4 23,5 47, ,5 49,5 77, ,5 75,3 100 Rata-rata realisasi pelaksanaan fisik Sasaran-4 15,75 43,63 75, Jumlah profil sidik jari DNA 96 varietas/aksesi plasma nutfah padi dan 192 aksesi mangga terpilih yang belum teruji sebelumnya dengan menggunakan marka SSR sekaligus sebagai bahan analisis untuk seleksi ulang set marka yang dikembangkan. - Jumlah database profil sidik jari DNA dalam bentuk barcode padi dan mangga yang dianalisis bardasarkan set marka hasil pengembangan. 288 sidik jari 288 sidik jari 1 database 12,5 57,5 82, ,5 67,5 82,5 86,5 30

41 No. Sasaran Indkator Kinerja 6 Jumlah produk bioprospeksi sumberdaya genetik pertanian 16. Bioprospeksi Senyawa Bioaktif untuk Pengendalian Serangga Hama, Spodoptera litura sehingga Tingkat Kerusakan di Bawah Sepuluh Persen. (Dr. I Made Samudra) - Jumlah set marka terseleksi untuk identifikasi varietas pada padi dan mangga. Target 1 tahun 1 set marka Realisasi Fisik (%) Trw-1 Trw-2 Trw-3 Trw-4 12,5 67,5 82,5 86,5 Rata-rata realisasi pelaksanaan fisik Sasaran-5 12,50 64,17 82,50 91,00 - Jumlah formulasi feromon seks S. litura yang atraktif. - Jumlah teknik pengendalian ulat grayak dengan menggunakan perangkap berferomon. 1 formula 1 formula teknik Rata-rata realisasi pelaksanaan fisik Sasaran-6 7,00 55,00 85, Rata-rata realisasi pelaksanaan fisik BB Biogen ,39 47,37 73,77 96,91 Pada tahun 2012 capaian pelaksanaan fisik dari sasaran dan indikator kegiatan sampai dengan triwulan ke IV berkisar dari % dengan rata-rata 96,91%. Pada kegiatan yang realisasi pelaksanaan fisik lapang masih rendah karena (a) pelaksanaan penelitian baru dilaksanakan antara triwulan 2 dan 3, (b) tidak menyampaikan laporan kemajuan pelaksanaan fisik di lapang secara teratur, dan (c) pelaksanaan penelitian belum selesai. Pencapaian pelaksanaan fisik yang masih rendah disebabkan adanya hambatan/masalah/kendala sebagai berikut: 1. Sasaran 1: Tersedianya jumlah aksesi SDGP yang dikonservasi atau diiremajakan sebanyak aksesi, kendala yang dialami adalah pada penelitian secara in vitro pertumbuhan tunas Gadung sangat lambat. 2. Sasaran 2: Tersedianya jumlah varietas atau galur harapan komoditas pertanian sebanyak 360 galur, kendala yang dialami adalah pembentukan galur kedelai T2 transforman untuk produksi tinggi masih dalam proses, penanganannya adalah kegiatan diselesaikan sampai tuntas. 31

42 3. Sasaran 3: Tersedianya jumlah peta genetik sifat-sifat penting komoditas pertanian sebanyak 4 peta genetik, kendala yang dialami adalah Analisis bioinformatika data sekuen sawit Dura dan jarak pagar IP3 tidak berjalan lancar. Pertama, Tim Bioinformatika yang ada pengetahuannya masih sangat terbatas dalam analisis sekuen genom total secara de novo, penanganannya adalah dilakukan kolaborasi dengan pihak Universitas untuk bersama-sama melaksanakan analisis data bioinformatika. Kedua, sarana pendukung analisis sekuensing belum optimal sebagai contoh hardware dan software analisis bioinformatika ketersediannya masih terbatas, penanganannya adalah pengkayaan hardwares dan softwares analisis, dan faktor pendukung analisis lainnya. 4. Sasaran 4: Tersedianya Jumlah klon gen pengendali sifat-sifat penting komoditas pertanian sebanyak 6 klon gen, kendala yang dialami adalah untuk kegiatan validasi fungsi gen terkait umur genjah pengamatannya mundur dari yang direncanakan karena pada pengujian sebelumnya waktu berkecambah dari benih transgenik tidak seragam sehingga berpengaruh terhadap pertumbuhan selanjutnya (umur berbunga dan panen tidak teramati dengan akurat) sehingga kegiatan tersebut diulang, penanganannya adalah sedang dalam proses analisis molekuler dan mengamati karakter umur berbunga dan umur panen serta karakter agronomi lain dari tanaman Nipponbare-AtCO di rumah kaca. 5. Sasaran 5: Tersedianya Jumlah sidik jari DNA plasma nutfah pertanian sebanyak 288 aksesi, kendala yang dialami adalah Analisis sidik jari mangga agak berbeda dengan padi dan lebih sulit karena tidak dapat dilakukan langsung dengan menggunakan lima marka sekaligus tetapi maksimum hanya dua marka bahkan sering dilakukan dengan hanya satu marka sehingga pekerjaan lama dan membutuhkan banyak bahan. 6. Sasaran 6: Tersedianya Produk Bioprospeksi Sumberdaya Genetik Pertanian sebanyak 1 formula, kendala yang dialami adalah penelitian dilakukan pada musim kemarau sehingga terjadi keterbatasan air pada pertumbuhan awal pertanaman kedelai, selain itu gulma menjadi banyak. Serangga hama kedelai sangat banyak, hama selain S litura berkembang karena penggunaan insektisida dihindari. 32

43 A.2. Evaluasi Pencapaian Indikator Kinerja Kegiatan BB Biogen tahun 2012 Evaluasi pengukuran tingkat capaian kinerja kegiatan BB Biogen Tahun 2012 dilakukan dengan cara membandingkan antara target indikator kinerja kegiatan dengan realisasinya. Tabel III.2. Evaluasi Pengukuran Pencapaian Target Fisik Kinerja Indikator Kegiatan Utama BB Biogen tahun 2012 sampai dengan bulan Pebruari No Sasaran Indikator Kinerja Kegiatan Uraian Target Realisasi Capaian (%) Peningkatan inovasi dan adopsi hasil bioteknologi dan pengelolaan sumberdaya genetik pertanian (SDGP) untuk mendukung ketahanan pangan dan peningkatan daya saing produk pertanian 1 Jumlah aksesi SDGP yang dikonservasi atau diremajakan aksesi aksesi 101,70 a. Plasma Nutfah Mikroba 40 aksesi 40 aksesi Konservasi 40 Aksesi Mikroba Pertanian, dan Dokumentasi Plasma Nutfah Mikroba dan Spesimen Serangga Pertanian (Ir. Yadi Suryadi, MSc) - Jumlah isolat potensial (biokontrol terdiri dari 5 aksesi entomopatogen, 10 aksesi jamur patogen, 12 aksesi bakteri, dan 6 aksesi virus, 7 aksesi konsorsium bakteri) terkarakterisasi dalam hal produksi AIA, enzim kitinolitik/profil protein, analisis molekuler dengan primer 16s ribosomal DNA, dan kemampuannya menekan patogen serta meningkatkan pertumbuhan tanaman pada level rumah kaca maupun lapang. - Jumlah nomor koleksi mikroba pertanian (10 aksesi bakteri entomopatogen, 10 aksesi, 10 aksesi jamur, 10 aksesi virus dan 10 aksesi nematoda) yang direjuvenasi dan dipreservasi kembali. - Jumlah database mikroba pertanian (termasuk katalog) yang memuat 650 nomor aksesi - Jumlah prototipe database serangga pertanian yang memuat 6500 nomor aksesi 40 aksesi 40 aksesi aksesi 40 aksesi database 1 database prototipe 1 prototipe Terjaganya/terawatnya 600 aksesi mikroba pertanian 600 aksesi 600 aksesi

44 No Sasaran Indikator Kinerja Kegiatan Uraian Target Realisasi Capaian (%) 100 b. Plasma Nutfah Tanaman Pertanian aksesi aksesi 101,71 2. Penelitian dan Pengembangan Konservasi, Karakterisasi dan Dokumentasi 4610 Plasma Nutfah Tanaman Pertanian (Dr. Asadi) 3. Pengembangan dan Penyimpanan Ubi Minor (Dioscorea sp) Melalui Metode Kriopreservasi (Ir. Sri Hutami, MS) - Jumlah unit viabilitas dan kesehatan benih plasma nutfah padi, jagung, sorgum, gandum, dan kacang-kacangan, yang termonitor dengan baik - Jumlah aksesi rejuvenan plasma nutfah tanaman pangan (padi, jagung, kedelai, kacang tanah, kacang hijau, kacang-kacangan minor, dan padi liar), berikut data karakter morfologi, agronomi, serta data karakter toleransi terhadap kekeringan, salinitas, ketahanan terhadap hama/penyakit utama, dan mutu gizi pada plasma nutfah padi, jagung dan kedelai - Jumlah aksesi ubi-ubian (ubikayu, ubijalar, dan ubi potensial) yang dapat dikonservasi di lapang - Jumlah aksesi ubi kayu, ubi jalar dan talas yang dapat dikonservasi secara in vitro - Database plasma nutfah tanaman pangan hasil updating karakter morfologi, agronomi dan ketahanan terhadap cekaman kekeringan, salinitas dan karakter mutu gizi sekitar 500 aksesi plasma nutfah tanaman pangan - Jumlah metode perbanyakan tiga spesies Dioscorea (masing-masing 1 aksesi) melalui pembelahan umbi - Jumlah metode perbanyakan 3 spesies Dioscorea (masing-masing 1 aksesi) melalui in vitro 1 unit viabilitas 1 unit viabilitas aksesi aksesi 97, aksesi aksesi 104, aksesi 210 aksesi database 1 database ,44 1 metode 1 metode metode 1 metode Jumlah data analisis kandungan nutrisi tiga spesies Dioscorea (masing-masing 1 aksesi) sebagai tanaman pangan fungsional 1 data analisis 1 data analisis Jumlah metode studi awal penyimpanan tiga spesies Dioscorea (masing-masing 1 aksesi) melalui kriopreservasi. 1 metode 1 metode Rata-rata Capaian Sasaran 1 100,15 34

45 No Sasaran Indikator Kinerja Kegiatan Uraian Target Realisasi Capaian (%) 2 Jumlah Varietas atau Galur Harapan Komoditas Pertanian 360 galur 370 galur 102,78 4. Pembentukan 220 Galur M5, 50 Galur M6, 40 Galur M7 Kedelai serta 5 Galur Generasi T1 Produktivitas Tinggi dan 5 Galur T2 untuk Karakter Umur Genjah. (Dr. Ika Mariska) - Jumlah data agronomi pada 220 galur M5 terpilih 220 galur 225 galur 102,27 - Jumlah data produksi 50 galur somaklon kedelai M6 berumur lebih genjah dibanding tanaman varietas cek, produktivitas lebih tinggi dibanding varietas pembanding. - Jumlah galur somaklon M7 berumur lebih genjah dan berdaya hasil tinggi 50 galur 50 galur galur 40 galur Jumlah galur kedelai transgenik generasi T1 terpilih varietas Tidar, Wilis atau Anjasmoro yang membawa gen GmNFR1a dengan penampilan tanaman yang lebih baik sehingga produktivitas dapat lebih tinggi - Jumlah galur kedelai putatif transgenik generasi T2 dari 3 varietas Tidar, Wilis atau Anjasmoro yang membawa gen untuk umur genjah (AtCO) dengan parameter fenotipik berupa umur berbunga menjadi lebih cepat sehingga tanaman kedelai berumur lebih genjah 5 galur 0 galur 0 5 galur 5 galur Pembentukan 20 Galur BC6F1 Ciherang dan BC6F1- Situbagendit untuk Efisiensi Pupuk N dan P 30% serta Potensi Hasil 6-8,5 Ton/ha. (Dr. Sustiprijatno) - Jumlah galur hasil silang balik ke enam generasi pertama, BC6F1 dengan background Ciherang (BC6F1-Ciherang) dari tanaman BC5F1 yang positif mengandung gen CsNitr1-L dan Pup1 dan BC6F1 dengan background Situ Bagendit (BC6F1-Situ Bagendit) dari tanaman BC5F1 yang positif mengandung gen CsNitr1-L dan Pup1 80,45 20 galur 20 galur Jumlah set informasi molekuler BC4F1-Ciherang, BC4F1-Situ Bagendit, BC5F1-Ciherang, dan BC5F1-Situ Bagendit 1 set informasi 1 set informasi Jumlah set informasi fenotipik galur BC3F4-Ciherang (efisien N) dan galur BC4F2- Situ Bagendit (efisien N dan toleran defisien P) 1 set informasi 1 set informasi Perbaikan Ketahanan Padi Varietas Unggul Baru terhadap Wereng Coklat Melalui Metode MABC Berbasis Marka Gen bph3. (Drs. A. Warsun, MP) - Jumlah populasi (kelompok) wereng coklat yang mempunyai virulensi tinggi. - Jumlah calon tetua persilangan yang teridentifikasi ketahanannya terhadap wereng coklat 1 data koleksi 1 data koleksi pasang 2 pasang

46 No Sasaran Indikator Kinerja Kegiatan Uraian Target Realisasi Capaian (%) - Jumlah primer-primer mikrosatelit yang polimorfis dari calon-calon tetua persilangan 50 persen primer 54,9 persen primer 109,8 - Jumlah butir benih keturunan pertama (F1) dari dua macam persilangan 200 butir benih 200 butir benih ,45 7. Transformasi Gen cryiac dengan Bantuan Agrobacterium untuk Pembentukan Padi Tahan Penggerek Batang. (Dr. Sri Koerniati) - Jumlah lini transgenik padi Inpari13 generasi T lini transgenik - Jumlah data molekuler 200 lini transgenik padi Inpari13 generasi T data molekuler T0 35 lini transgenik T0 0 data molekuler 17,5 0 8,75 8. Pembentukan Empat Galur Tanaman Transgenik Kentang Tahan Penyakit Hawar Daun (Phytophthora infestans) Yang Dapat Mengurangi 50% Aplikasi Fungisida. (Dr. M. Herman) 9. Karakterisasi Ketahanan Galur-Galur Cabai Mutan Somaklonal (M2) Hasil kultur In Vitro Yang Dikombinasi dengan Mutagen Kimia EMS. (Dr. Ifa Manzila) - Jumlah galur tanaman kentang transgenik hasil persilangan dan hasil transformasi yang tahan terhadap terhadap penyakit hawar daun (P. infestans) hasil lanjutan LUT Banjarnegara, Jawa Tengah - Data stabilitas gen dari 12 galur terseleksi tanaman kentang transgenik yang tahan terhadap penyakit hawar daun (P. infestans). - Data dampak terhadap organisme non-target (secondary effect) khususnya mikroba tanah seperti pelarut P dan penambat N2, serta penyakit lainnya seperti early blight dan bakteri layu, dari 12 galur terseleksi tanaman kentang transgenik yang tahan terhadap penyakit hawar daun (P. infestans). - Data karakter hortikultura di lapang dari 12 galur terseleksi tanaman kentang transgenik yang tahan terhadap penyakit hawar daun (P. infestans). - Maksimal 10 galur cabai mutan (M2) terseleksi dari uji ketahanan terhadap ChiVMV - Jumlah set data ciri-ciri ketahanan tanaman terhadap ChiVMV dengan tingkat virulensi yang berbeda - Jumlah set data ketahanan (minimal 10 galur cabai mutan M2) terseleksi terhadap ChiVMV (hubungan sifat dan ketahanan tanaman) 4 galur 4 galur data 1 data data 1 data data 1 data galur 30 galur set data 1 set data set data 1 set data

47 No Sasaran Indikator Kinerja Kegiatan Uraian Target Realisasi Capaian (%) 166, Karakterisasi Ketahanan Putatif Transforman dan Mutan Tanaman Pisang Ambon Kuning Terhadap Penyakit Layu Fusarium. (Drs. Deden Sukmadjaja, MSi.) - Jumlah metode seleksi in vitro putatif transforman pisang T0 untuk ketahanan terhadap layu Fusarium - Jumlah tanaman putatif transforman (T0) yang tahan terhadap penyakit layu Fusarium di FUT dan 1 set data ketahanannya - Jumlah tanaman putatif mutan (M1) yang tahan terhadap penyakit layu Fusarium di lahan endemik dan 1 set data ketahanannya 1 metode 1 metode tanaman putatif 10 tanaman putatif 6 tanaman putative 12 tanaman putatif , Perakitan 16 Transforman Putatif Gandum Toleran Terhadap Suhu Tinggi. (Dr. Sustiprijatno) - Jumlah event planlet tahan higromisin 500 event 500 event Jumlah galur gandum generasi T0 mengandung gen tuf 16 galur 16 galur Jumlah galur gandum generasi T1 gen OsDREB toleran kekeringan 10 galur 10 galur Uji Daya Hasil Lanjutan Klon Nilam Bio 6 Toleran Kekeringan Dengan Kandungan Minyak Tinggi. (Dr. Ragapadmi P.) tunas in vitro nilam Klon Bio 6 (MV4) di Laboratorium tunas tunas tunas in vitro nilam Klon Bio 6 (MV4) di rumah kaca tunas tunas Satu data produksi, kadar minyak dan patchouli alkohol dari pertanaman nilam (MV4) di 2 lokasi pengujian pada umur panen 6 dan 9 bulan 1 set data 1 set data Rata-rata Capaian Sasaran 2 96,85 3 Jumlah peta genetik sifat-sifat penting komoditas pertanian 5 peta genetik 4 peta genetik Pembentukan 4 Peta Genetik Sawit, Jarak Pagar, Padi dan Kedelai dan Identifikasi Marka SNP Kakao dan Sapi. (Dr. I Made Tasma) - Jumlah draf awal sekuen rujukan (draf awal peta genetik) genom sawit Dura 1 draf 1 draf

48 No Sasaran Indikator Kinerja Kegiatan Uraian Target Realisasi Capaian (%) - Jumlah draf awal sekuen rujukan (draf awal peta genetik) genom jarak pagar IP3 1 draf 1 draf Jumlah peta genetik marka SNP kakao 1 peta genetik 1 peta genetik Jumlah peta genetik marka SNP terkait hasil dan umur panen pada padi 1 peta genetik 1 peta genetik Jumlah koleksi marka SNP untuk pembentukan database marka SNP dan data fenotip 400 genotip kedelai di lapang 1 koleksi 1 koleksi Data resekuen genom total 4 genotipe sapi lokaqal Indonesia 1 Set genom sapi lokal 0,5 Set genom sapi lokal 50 Rata-rata Capaian Sasaran 3 91,67 4 Jumlah klon gen pengendali sifatsifat penting komoditas pertanian 14. Kloning Dua Gen Kandidat Toleran Kekeringan, Dua Gen Kandidat Produktivitas Tinggi, dan Dua Gen Kandidat Umur Genjah serta Identifikasi Gen Penyandi Kompleks Toksin A dan D (Tca dan Tcd) dari Bakteri Entomopatogen Wereng Batang Coklat (Serratia marcescens). (Dr. Tri Joko Santoso) 5 Jumlah sidik jari DNA plasma nutfah pertanian - Jumlah mutan padi IR64 penanda aktivasi untuk identifikasi dan isolasi gen-gen kandidat baru untuk toleran kekeringan, produktivitas tinggi dan/atau umur genjah - Jumlah konstruk gen kandidat yaitu OsPPCK (untuk toleran kekeringan), Ostgw-1/OsCKX (untuk produktivitas tinggi), dan OsWRKY47 (untuk umur genjah) pada vektor ekspresi pcambia Jumlah kandidat gen yaitu OsERA1 (untuk toleran kekeringan), OsGS3 atau OsDep1 (untuk produktivitas tinggi) dan AtCO atau OsMADS18 (untuk umur genjah) pada tanaman padi model yang telah dikonfirmasi fungsinya. - Jumlah klon gen yaitu gen Tca dan Tcd dari S. marcescens strain wbc koloni Sukamandi. 6 klon gen 5 klon gen mutan padi 28 mutan padi klon gen 3 klon gen klon gen 3 klon gen klon gen 2 klon gen 100 Rata-rata Capaian Sasaran sidik jari 288 sidik jari

49 No Sasaran Indikator Kinerja Kegiatan Uraian Target Realisasi Capaian (%) 15. Analisis Sidik Jari DNA 288 Aksesi Plasma Nutfah Pertanian (Padi dan Mangga) dan Hubungan Kekerabatan Sebagai Penciri Spesifik Plasma Nutfah. (Ir. T. Sudiati Silitonga, MS.) 6 Jumlah produk bioprospeksi sumberdaya genetik pertanian - Jumlah profil sidik jari DNA 96 varietas/aksesi plasma nutfah padi dan 186 aksesi mangga terpilih yang belum teruji sebelumnya dengan menggunakan marka SSR sekaligus sebagai bahan analisis untuk seleksi ulang set marka yang dikembangkan - Jumlah database profil sidik jari DNA dalam bentuk barcode padi dan mangga yang dianalisis bardasarkan set marka hasil pengembangan. - Jumlah set marka terseleksi untuk identifikasi varietas pada padi dan mangga 288 sidik jari 288 sidik jari database 0 database 0 1 set marka 0 set marka 0 Rata-rata Capaian Sasaran 5 33,33 1 formula 1 formula Bioprospeksi Senyawa Bioaktif untuk Pengendalian Serangga Hama, Spodoptera litura sehingga Tingkat Kerusakan di Bawah Sepuluh Persen. (Dr. I Made Samudra) - Jumlah formulasi feromon seks S. litura yang atraktif 1 formula 1 formula Jumlah teknik pengendalian ulat grayak dengan menggunakan perangkap berferomon 1 teknik 1 teknik 100 Rata-rata Capaian Sasaran Rata-rata Capaian Sasaran BB Biogen ,44 Hasil pengukuran indikator kinerja kegiatan penelitian di BB Biogen sampai dengan 31 Desember 2012 berkisar dari 0-300% dengan rata-rata sebesar 88,07% (59 indikator kinerja kegiatan). Indikator kinerja kegiatan penelitian yang capaian kinerjanya telah mencapai 100% atau lebih sebanyak 52 indikator kinerja kegiatan (88,13%). Indikator kinerja kegiatan penelitian yang capaian kinerjanya antara 17,5-97,33% sebanyak 3 indikator kinerja kegiatan (5,08%). Sedangkan indikator kinerja kegiatan penelitian yang belum tercapai (0%) sebanyak 4 indikator kinerja kegiatan (6,77%) (Tabel III.2). 39

50 Indikator kinerja kegiatan yang saat ini capaiannya 0% bukan berarti tidak tercapai tetapi karena terjadi hambatan dalam pelaksanaan kegiatan sehingga penyelesaian kegiatan menjadi mundur, hambatan/masalah/kendala sebagai berikut: 1. Jumlah galur kedelai transgenik generasi T1 terpilih varietas Tidar, Wilis atau Anjasmoro yang membawa gen GmNFR1a dengan penampilan tanaman yang lebih baik sehingga produktivitas dapat lebih tinggi. (Status: saat ini/25 Januari 2013 baru diperoleh galur generasi T0 dari varietas Wilis & Anjasmoro, selesai pertengahan 2013). 2. Jumlah lini transgenik padi Inpari13 generasi T0. (Status: saat ini/25 Januari 2013, masih terus dilakukan transformasi, sebagian kalus sdg diregenerasi. Akan dilakukan transformasi inplanta utk backup hasil, akan diselesaikan pada awal April 2013). 3. Jumlah data molekuler 200 lini transgenik padi Inpari13 generasi T0. (Status: saat ini/25 Januari 2013, data molekuler akan diperoleh sejalan dengan perkembangan kegiatan di atas. Diperoleh pada bulan April 2013). 4. Jumlah database profil sidik jari DNA dalam bentuk barcode padi dan mangga yang dianalisis bardasarkan set marka hasil pengembangan. (Status: saat ini/25 Januari 2013, data base sidik jadi DNA belum tahu kapan akan bias di dapatkan karena harus dicari marka-marka yang spesifik untuk varietas-varietas tertentu). 5. Jumlah set marka terseleksi untuk identifikasi varietas pada padi dan mangga. (Status: saat ini/25 Januari 2013, data marka terseleksi belum tahu kapan akan bias di dapatkan karena harus dicari marka-marka yang spesifik untuk varietas-varietas tertentu). B. Analisis Akuntabilitas Kinerja Utama BB Biogen Tahun 2012 BB Biogen sebagai salah satu satker eselon 2 Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian melaksanakan Program penciptaan teknologi dan varietas unggul berdaya saing melalui: Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian. Sasaran yang harus dicapai BB Biogen pada tahun 2012 adalah: 1. Tersedianya jumlah aksesi sumber daya genetik pertanian (SDGP) yang dikonservasi atau diiremajakan sebanyak aksesi. 40

51 2. Tersedianya jumlah varietas atau galur harapan komoditas pertanian sebanyak 360 galur. 3. Tersedianya jumlah peta genetik sifat-sifat penting komoditas pertanian sebanyak 4 peta genetik. 4. Tersedianya jumlah klon gen pengendali sifat-sifat penting komoditas pertanian sebanyak 6 klon gen. 5. Tersedianya jumlah sidik jari DNA plasma nutfah pertanian sebanyak 288 aksesi. 6. Tersedianya Jumlah produk bioprospeksi sumberdaya genetik pertanian sebanyak 1 formula. Realisasi sasaran kegiatan utama BB Biogen tahun 2012 (Penetapan Kinerja BB Biogen 2012) disajikan dalam Formulir Pengukuran Kinerja (Lampiran 3). B.1. Analisis Akuntabilitas Kinerja Utama BB Biogen Tahun 2012 Analisis dan evaluasi capaian kinerja kegiatan tahun 2012 di BB Biogen dapat dijelaskan sebagai berikut : Sasaran 1 : Jumlah aksesi SDGP yang dikonservasi atau diremajakan sebanyak aksesi. Untuk mencapai sasaran tersebut, diukur dengan 2 indikator kinerja utama. Adapun pencapaian target dari masing-masing indikator kinerja kegiatan dapat digambarkan sebagai berikut: Indikator Kegiatan Target Realisasi Capaian (%) 1. Jumlah aksesi mikroba pertanian potensial terkarakterisasi, terejuvenasi, dan terpreservasi. 40 aksesi 40 aksesi Jumlah aksesi plasma nutfah tanaman pangan terkarakterisasi dan terkonservasi aksesi aksesi 101,71 Indikator kinerja kegiatan BB Biogen yang telah ditargetkan dalam Tahun 2012 yang telah tercapai maupun yang belum tercapai dapat dilihat secara detail pada Formulir Pengukuran Kinerja Kegiatan (PKK) terlampir. Keberhasilan yang dicapai sasaran 1 sebagai berikut: 41

52 1. Sejumlah 40 isolat potensial terkarakterisasi dalam hal produksi AIA, enzim kitinolitik/profil protein, analisis molekuler dengan primer 16s ribosomal DNA, dan kemampuannya menekan patogen serta meningkatkan pertumbuhan tanaman pada level rumah kaca maupun lapang. Sejumlah 40 nomor koleksi mikroba pertanian (10 aksesi bakteri entomopatogen, 10 aksesi jamur, 10 aksesi virus dan 10 aksesi nematoda) yang direjuvenasi dan dipreservasi kembali; 2. Sejumlah aksesi plasma nutfah tanaman pangan terkarakterisasi dan terkonservasi, terdiri dari aksesi rejuvenan plasma nutfah tanaman pangan yang terdiri dari padi 494 aksesi, jagung 200 aksesi, kacang tanah 200 aksesi, kedelai 250 aksesi, kedelai edamame 103 aksesi, kacang hijau 250 aksesi, kacang tanah 115 aksesi, kacang potensial 140 aksesi). Sebagian dari plasma nutfah tersebut juga telah dikarakterisasi dan telah diperoleh data karakter morfo-agronomi, toleransi terhadap kekeringan (padi, jagung kedelai), toleransi terhadap salinitas (padi dan kedelai), ketahanan terhadap hama/penyakit utama yaitu ketahanan terhadap HDB pada padi, lalat bibit pada jagung, kedelai terhadap hama penggerek polong, serta karakterisasi terhadap mutu gizi (kandungan amilosa pada padi, lemak dan protein pada kedelai); aksesi plasma nutfah ubian yang dikonservasi di lapang (600 aksesi ubikayu, aksesi ubijalar, serta aksesi ubi potensial:dioscorea 206 aksesi, Ganyong 67 aksesi, Garut 30 aksesi, kentang hitam 9 aksesi, talas 215 aksesi); dan 210 aksesi ubi kayu, ubi jalar, talas dan gembili yang dapat dikonservasi secara in vitro. Gambar III.1.a. Contoh rejuvenasi 10 isolat Xoo (bakteri hawar daun) dari berbagai lokasi dan uji virulensi terhadap varietas diferensial IRRI berlatar belakang isogenik lini di rumah kaca. Bogor

53 Gambar III.1.b. Contoh kegiatan rejuvenasi dan karakterisasi plasma nutfah kedelai di Kebun Percobaan Citayam Pada tahun 2011, BB Biogen berhasil (1) meremajakan dan mengkonservasi sebanyak 20 aksesi isolat fungi dan bakteri entomopatogen; (2) meremajakan dan mengkonservasi sebanyak 30 aksesi koleksi patogen tanaman yang disimpan kembali dengan teknik penyimpanan jangka panjang, terdiri dari: (a) 10 nomor isolat bakteri patogen tanaman, (b) 10 nomor isolat jamur patogen padi dan (c) 10 nomor virus; (3) meremajakan dan mengkonservasi sebanyak aksesi plasma nutfah tanaman pangan terdiri dari 400 aksesi padi; 44 aksesi padi liar; 200 aksesi jagung; 186 aksesi sorgum; 83 aksesi gandum; 250 aksesi kedelai; 100 aksesi kedelai edamame; 230 aksesi kacang tanah; 227 aksesi kacang hijau; 143 aksesi kacang potensial; (4) meremajakan dan mengkonservasi sebanyak aksesi plasma nutfah ubi-ubian di lapang terdiri dari 520 aksesi ubikayu; aksesi ubijalar; dan 352 aksesi ubi potensial; dan (5) meremajakan dan mengkonservasi secara in-vitro sebanyak 250 aksesi plasma nutfah ubikayu, ubijalar, talas, dan gembili (LAKIP BB Biogen tahun 2011). Pada tahun 2010, BB Biogen berhasil (1) meremajakan/rejuvenasi benih baru sebanyak 1,200 aksesi plasma nutfah tanaman pangan (padi, jagung, kedelai, kacang tanah, kacang hijau, sorgum, kacang-kacangan minor dan padi liar); (2) meremajakan/rejuvenasi tanaman baru di lapang sebanyak 800 aksesi plasma nutfah ubi-ubian (ubikayu, ubijalar, dan ubi-ubian potensial); (3) mengkonservasi secara in vitro 210 aksesi plasma nutfah ubi-ubian (ubikayu, ubijalar, dan ubi-ubian potensial); dan (4) merejuvenasi dan mempreservasi kembali sebanyak 50 aksesi (isolat) koleksi patogen tanaman dari kelompok bakteri dan fungi (LAKIP BB Biogen tahun 2010). Disamping target yang telah ditetapkan juga diperoleh: Satu database mikroba pertanian (termasuk katalog) yang memuat 650 nomor aksesi; 43

54 Satu prototipe database serangga pertanian yang memuat 6500 nomor aksesi; Satu unit/set informasi viabilitas dan kesehatan benih plasma nutfah padi, jagung, sorgum, gandum, dan kacang-kacangan yang termonitor dengan baik; Satu set informasi hasil uji daya kacambah benih yang menunjukkan bahwa benih biji-bijian yang disimpan di dalam bank gen (penyimpanan jangka menengah) yang diambil secara acak dari penyimpanan memiliki daya kecambah berkisar dari 60-97%. Aksesi yang daya kecambahnya <80% dan ketersediaan benih <100 gram direjuvenasi/ diremajakan; Satu database plasma nutfah tanaman pangan hasil pengkinian karakter morfologi, agronomi dan ketahanan terhadap cekaman kekeringan, salinitas dan karakter mutu gizi sekitar 500 aksesi plasma nutfah tanaman pangan; Satu metode perbanyakan tiga spesies Dioscorea (masing-masing 1 aksesi) melalui pembelahan umbi; Satu metode perbanyakan 3 spesies Dioscorea (masing-masing 1 aksesi) secara in vitro; Satu informasi data analisis kandungan nutrisi tiga spesies Dioscorea (masing-masing 1 aksesi) sebagai tanaman pangan fungsional; Satu metode studi awal penyimpanan tiga spesies Dioscorea (masing-masing 1 aksesi) melalui kriopreservasi. Hambatan yang dialami adalah pada penelitian secara in vitro pertumbuhan tunas gadung sangat lambat. Gambar III.1.c1. Inisiasi dan pertunasan ubi kelapa (dari kiri ke kanan inisiasi tunas, umbi mulai bertunas, tunas berumur 2 minggu setelah tanam). Bogor

55 Gambar III.1.c2. Metode perbanyakan 3 spesies Dioscorea melalui in vitro (dari kiri ke kanan biakan Gembili, Gadung dan Ubi kelapa). BB Biogen Sasaran 2 : Jumlah Varietas atau Galur Harapan Komoditas Pertanian sebanyak 360 galur. Untuk mencapai sasaran tersebut, diukur dengan 4 indikator kinerja kegiatan. Adapun pencapaian target dari masing-masing indikator kinerja kegiatan dapat digambarkan sebagai berikut: Indikator Kegiatan Target Realisasi Capaian (%) 1. Jumlah galur kedelai unggul terpilih Jumlah galur padi BC6F1-Ciherang dan BC6F1-Situbagendit Jumlah galur kentang transgenik hasil persilangan yang tahan terhadap penyakit hawar daun (P. infestans) di Lapangan Uji Terbatas Jumlah galur gandum trangenik adaptif suhu 30 o C±2 o C ,5 Indikator kinerja kegiatan BB Biogen yang telah ditargetkan dalam Tahun 2012 yang telah tercapai maupun yang belum tercapai dapat dilihat secara detail pada Formulir Pengukuran Kinerja Kegiatan (PKK) terlampir. Keberhasilan yang dicapai sasaran 2 sebagai berikut: 1. Telah diseleksi dan dievaluasi sebanyak 225 galur somaklon M5 di KP Citayam dan Cikeumeuh dan telah diperoleh data karakter agronominya. Dari 225 galur M5 yang dievaluasi diperoleh 50 galur M6 terbaik, (umur genjah dan produktivitas tinggi) untuk 45

56 dievaluasi di empat lokasi di Jawa Barat (Cikeumeuh, Citayam, Pusakanagara, dan Plumbon). Hasil evaluasi di tiga lokasi di Jawa Barat (Citayam, Pusakanagara dan Plumbon) terhadap 50 galur M6 telah di peroleh data karakter agronomis 50 galur M6 tersebut, dan telah diseleksi sebanyak 40 galur M7 terbaik memiliki karakter umur genjah (lebih genjah dari varietas cek) dan produktivitas tinggi (setara atau lebih tinggi dari varietas cek). Diperoleh 70 galur tanaman T0 Wilis-GmNFR1A dan 50 galur tanaman T0 Anjasmoro-GmNFR1a di rumah kaca. Diperoleh 5 galur tanaman T2 kedelai Anjasmoro-AtCO (umur genjah) generasi T2. 2. Diperoleh 10 galur padi BC6F1-Ciherang dan 10 galur BC6F1-Situbagendit. 3. Diperoleh 4 galur kentang transgenik hasil persilangan yang tahan terhadap penyakit hawar daun (P. infestans) di Lapangan Uji Terbatas. 4. Diperoleh 26 galur gandum trangenik adaptif suhu 30 o C±2 o C terdiri dari 16 galur gandum generasi T0 mengandung gen tuf dan 10 galur gandum generasi T1 gen OsDREB toleran kekeringan. Gambar III.2.a1. Penanaman dan pertumbuhan tanaman kedelai mutan M6 serta polong yang sudah berisi. Lokasi penanaman di Balai Benih Plumbon

57 Gambar III.2.a2. Pengujian tanaman kedelai transgenik-atco varietas Anjasmoro generasi T2 di rumah kaca. Bogor Gambar III.2.b. Respon ketahanan galur-galur kentang di LUT Banjarnegara. D15 dan D38 adalah galur persilangan Granola dengan transgenik Katahdin SP951. Banjarnegara

58 A B C Keterangan: A= Sebelum Perlakuan; B= Setelah perlakuan kekeringan setelah 21 hari; C= Pemulihan 2 minggu setelah penyiraman Gambar III.2.c. Pengujian toleran kekeringan galur gandum transgenik 1= Galur F6, 2= Galur F4, 3= non transgenik. Bogor Pada tahun 2011, BB Biogen berhasil memperoleh (i) 514 galur M4 siap untuk evaluasi karakter agronomi; (ii) 10 Galur BC4F1- Ciherang; (iii) 10 galur BC4F1-Situ Bagendit; (iv) Informasi penampilan 30 hibrida jagung pada kondisi N rendah; dan (v) 8 galur jagung yang positif mengandung gen CsNitr1-L (LAKIP BB Biogen tahun 2011). Pada tahun 2010, BB Biogen berhasil memperoleh (i) 150 galur kedelai M2 somaklon hasil mutasi; (ii) 30 galur transgenik dari 3 varietas kedelai (Tidar, Anjasmoro dan Wilis) untuk karakter produktivitas tinggi; (iii) 10 galur BC2F1 ((CsNitr1-L + Pup1) X padi Ciherang); (iv) 10 galur BC2F1 ((CsNitr1-L + Pup1) X padi Situbagendit); dan (v) 30 galur hibrida jagung efisien pupuk N, umur genjah dan produksi tinggi, tetapi belum diperoleh galur jagung hasil tranformasi dengan gen CsNitr1-L (LAKIP BB Biogen tahun 2010). Disamping target yang telah ditetapkan juga diperoleh: Diperoleh satu data koleksi populasi (kelompok) wereng batang coklat yang mempunyai virulensi tinggi (Gambar III.2.d1). Diperoleh dua pasang calon tetua persilangan yang teridentifikasi ketahanannya terhadap wereng coklat (Gambar III.2.d1). Diperoleh 50 persen primer-primer mikrosatelit yang polimorfis dari calon-calon tetua persilangan(gambar III.2.d2). Diperoleh butir benih keturunan pertama (F1) dari 17 macam persilangan. 48

59 Telah ditransformasi vektor pay560325::cryiac dengan bantuan Agrobacterium strain LBA4404 pada sekitar 4000 eksplan kalus primer asal scutellum padi (Inpari13, Inpari6 dan IR64). sekitar 750 kalus primer saat ini ditumbuhkan di media regenerasi pada kondisi ruang kultur 32 o C dan terang, dan mulai menampakkan adanya pertumbuhan sel-sel baru sekitar 30% (diharapkan akan membentuk kalus sekunder, kemudian akan membentuk planlet). Telah diperoleh kalus padi Inpari13 dan Kasalath yang ditumbuhkan di media resting, MS1 dan MS2. Kalus-kalus ini telah ditransformasi dengan Agrobaterium mengandung plasmid pay560325_cryiac. Diperoleh 30 galur cabai mutan somaklonal (M2) yang memperlihatkan respon toleran dan tahan terhadap virus belang cabai (ChiVMV) dengan karakter agronomi yang baik. Diperoleh satu metoda seleksi in vitro putatif transforman pisang T0 untuk ketahanan terhadap layu Fusarium (Gambar III.2.e1). Diperoleh 8 tanaman putatif transforman (T0) yang tahan terhadap penyakit layu Fusarium di FUT dan 1 set data ketahanannya. Diperoleh 12 tanaman putatif mutan (M1) yang tahan terhadap penyakit layu Fusarium di lahan endemik di Pasir Kuda, Ciomas (Gambar III.2.e21). Diperoleh 1200 tunas in vitro nilam Klon Bio 6 (MV4) yang telah diaklimatisasi. Telah diperoleh data panen dan kadar minyak serta PA (patchauli alkohol) dari panen pertama, serta data panen kedua dari daerah Serang dan Sukabumi. 49

60 Gambar III.2.d1. Keragaan uji virulensi populasi hama wereng batang coklat asal Jawa Tengah dan Jawa Timur dan keragaan varietas/galur padi tahan wereng batang coklat pada pengujian calon tetua. M M M M RM 1255 RM 1230 RM 1332 RM 2136 Keterangan: M= 100 bp ladder; 1= Bahbutong; 2= IR ; 3= Rathu Heenati; 4= PTB33; 5= Swarnalata; 6= Ciherang Sub-1; 7= Ciherang; 8= Inpari 13; 9= Mekongga. Gambar III.2.d2. Polimorfisme calon-calon tetua persilangan padi menggunakan marka mikrosatelit (SSR) RM 1255, RM 1230, RM 1332, dan RM

61 Gambar III.2.e1. Pertumbuhan biakan putatif transforman tanaman pisang pada media seleksi (kiri), dan plantlet putatif transforman T0 sebelum diaklimatisasi (kanan). BB Biogen Gambar III.2.e2. Pengujian ketahanan tanaman pisang putatif mutan terhadap fusarium pada lahan endemik penyakit layu fusarium, Tanaman pisang putatif mutan yang sudah memasuki fase generatif, Tanaman sehat yang sudah berbuah diantara tanaman yang terserang penyakit (tanda panah) di KP. Pasirkuda, Ciomas, Bogor Hambatan yang dialami adalah pembentukan galur kedelai T2 transforman untuk produksi tinggi masih dalam proses, penanganannya adalah kegiatan diselesaikan sampai tuntas. 51

62 Sasaran 3 : Jumlah peta genetik sifat-sifat penting komoditas pertanian sebanyak 4 peta genetik. Untuk mencapai sasaran tersebut, diukur dengan 1 indikator kinerja kegiatan. Adapun pencapaian target dari masing-masing indikator kinerja kegiatan dapat digambarkan sebagai berikut: Indikator kegiatan Target Realisasi Capaian (%) 1. Peta genetik kelapa sawit Dura, jarak pagar IP3, padi, dan kakao Indikator kinerja kegiatan BB Biogen yang telah ditargetkan dalam Tahun 2012 yang telah tercapai maupun yang belum tercapai dapat dilihat secara detail pada Formulir Pengukuran Kinerja Kegiatan (PKK) terlampir. Keberhasilan yang dicapai sasaran 3 sebagai berikut: 1) Diperoleh 1 draf awal sekuen rujukan (draf awal peta genetik) genom sawit Dura; 2) Diperoleh 1 draf awal sekuen rujukan (draf awal peta genetik) genom jarak pagar IP3; 3) Diperoleh 1 peta genetik marka SNP kakao; 4) Diperoleh 1 peta genetik marka SNP terkait hasil dan umur panen pada padi. 52

63 A B Gambar III.3.b. Keragaan fenotipe pengujian aksesi padi di rumah kaca. (A) Keragaan pengujiaan saat masa vegetatif. (B) Keragaan pengujian saat masa generatif. BB Biogen Gambar III.3.a. Ilustrasi analisis bioinformatika data sekuen genom total sawit dan jarak pagar. 53

64 A B Gambar III.3.c. Hasil sementara analisis struktur populasi dan keragaman genetik 192 aksesi padi diuji menggunakan 1536 marka SNP. (A) Struktur populasi; (B) Keragaman genetik antar aksesi yang diuji. BB Biogen Pada tahun 2011, BB Biogen berhasil memperoleh (i) 1 peta genetik sekuen kelapa sawit Tenera yang sudah diolah secara bioinformatik seperti sequence assembly dan contigs. Sekuensing telah dilakukan pada fragmen DNA sawit, menghasilkan data sekuen genom sebesar 87,2 milyar basa atau 43 kali ukuran genom kelapa sawit. Data sekuen tersebut telah mulai disusun menjadi peta utuh menggunakan analisis bioinformatik dengan software SOAP de novo dan PASHA, dan sejauh ini telah dihasilkan 237 kontig, dengan panjang kontig antara 101 hingga 8475 basa, dan total panjang basa. Dua genotipe sawit lainnya juga telah disekuensing, menghasilkan setidaknya 40 milyar basa untuk setiap genotipe. Data ini nantinya akan digunakan untuk menghasilkan marka SNP bagi 54

65 komoditas kelapa sawit; (2) 1 peta genetik sekuen jarak pagar IP3 yang sudah diolah secara bioinformatik seperti sequence assembly dan contigs. Sekuensing telah dilakukan pada fragmen DNA jarak pagar IP3, menghasilkan data sekuen genom sebesar 42,2 milyar basa, atau sekitar 84 kali ukuran genom jarak pagar. Data sekuen tersebut mulai disusun menjadi peta utuh genom jarak pagar menggunakan software SOAP de novo dan PASHA, menghasilkan kontig sepanjang 202,5 juta basa (sekitar 40% ukuran genom jarak pagar). Kontig terpanjang sebesar basa dan rata-rata panjang kontig (N50) sekitar 1529 basa. Selain itu dua genotipe jarak pagar lain juga telah disekuensing, dan menghasilkan setidaknya 50 milyar basa untuk setiap genotipenya. Data ini nantinya akan digunakan untuk menghasilkan marka SNP bagi komoditas jarak pagar; (iii) 1 peta genetik marka SNP terkait erat dengan hasil, komponen hasil, dan umur genjah pada padi. Data fenotipe 272 aksesi padi untuk karakter komponen hasil dan umur genjah telah didapatkan dalam studi di rumah kaca dan lapang. Data genotipe juga telah didapatkan dari 192 aksesi padi, dan diolah sehingga didapatkan data asosiasi antara 1536 marka SNP padi dengan karakter umur genjah dan produktivitas tinggi (LAKIP BB Biogen tahun 2011). Pada tahun 2010, BB Biogen berhasil memperoleh (i) Satu peta genetik seluruh genom (whole genome) kelapa sawit Tenera; (ii) Satu peta genetik seluruh genom (whole genome) jarak pagar produktivitas tinggi; dan (iii) Satu peta genetik alel-alel terpaut dengan karakter komponen hasil dan umur genjah padi (LAKIP BB Biogen tahun 2010; Tasma et. al., 2011). Disamping target yang telah ditetapkan juga diperoleh: Diperoleh 1 koleksi marka SNP untuk pembentukan database marka SNP dan data fenotip 400 genotip kedelai di lapang; Diperoleh 1 set genom total 2 genotipe sapi lokal Indonesia. Hambatan yang dialami adalah Analisis bioinformatika data sekuen sawit Dura dan jarak pagar IP3 tidak berjalan lancar. Pertama, Tim Bioinformatika yang ada pengetahuannya masih sangat terbatas dalam analisis sekuen genom total secara de novo. Kedua, sarana pendukung analisis sekuensing belum optimal sebagai contoh hardware dan software analisis bioinformatika ketersediannya masih terbatas. 55

66 Sasaran 4 : Jumlah klon gen pengendali sifat-sifat penting komoditas pertanian sebanyak 6 klon gen. Untuk mencapai sasaran tersebut, diukur dengan 1 indikator kinerja kegiatan. Adapun pencapaian target dari masing-masing indikator kinerja kegiatan dapat digambarkan sebagai berikut: Indikator Kegiatan Target Realisasi Capaian (%) 1. Jumlah kontruk gen kandidat untuk toleran kekeringan, produktivitas tinggi, dan umur genjah Indikator kinerja kegiatan BB Biogen yang telah ditargetkan dalam Tahun 2012 yang telah tercapai maupun yang belum tercapai dapat dilihat secara detail pada Formulir Pengukuran Kinerja Kegiatan (PKK) terlampir. Keberhasilan yang dicapai sasaran 4 sebagai berikut: 1. Diperoleh 3 klon gen kandidat masing-masing untuk umur genjah (OsWRKY47), toleran kekeringan (OsPPCK) dan produktivitas tinggi (OsCKX). Gen kandidat untuk umur genjah OsWRKY47 telah dikonstruksi ke vektor ekspresi pcambia1301, sementara gen kandidat untuk kekeringan (OsPPCK) dan produktivitas tinggi (OsCKX) telah diklon ke vektor kloning pgem-t easy dan diverifikasi dengan enzim restriksi EcoRI. Klon gen OsPPCK dan OsCKX sedang dalam proses untuk dikonstruksi ke vektor ekspresi pcambia Untuk kegiatan validasi fungsi gen, saat ini telah diperoleh informasi fungsi gen dari dua kandidat gen yaitu gen untuk toleran kekeringan (OsERA1) dan gen untuk produktivitas (OsGS3). Dari informasi tersebut, telah diperoleh galur-galur tanaman padi Nipponbare transgenik yang menunjukkan toleransi kekeringan (Nipponbare-OsERA1) atau peningkatan ukuran benih (Nipponbare-OsGS3) dibandingkan dengan tanaman kontrolnya. Terkait fungsi gen untuk umur genjah (AtCO), diperoleh tanaman transgenik Nipponbare-AtCO yang umur berbunganya sama dengan kontrol, juga ada galur-galur tanaman Nipponbare-AtCO yang umur berbunganya lebih lambat. 56

67 Keterangan: M=1Kb ladder, A= Amplikasi gen OsWRKY47 dari Ciherang dan Nipponbare dengan 3 pasang primer, B= Konfirmasi penyisipan OsWRKY47 pada vektor pgem-t dengan EcoRI, C= Pemotongan insert dan vektor pcambia3000inta dengan SacI dan KpnI, dan D= Konfirmasi DNA rekombinan dengan SacI dan KpnI. Gambar III.4.a. Kloning dan konstruksi gen OsWRKY47 dari padi (Ciherang dan Nipponbare) pada vektor ekspresi pcambia1300inta. Gambar III.4.b. Peta konstruk gen OsWRKY47 pada plasmid backbone pcambia1300inta (pcamb- OsWRKY47). 57

68 Malai Batang M Air F1/R1 F2/R2 F1/R1 F2/R2 M 2000 bp 1600 bp 1000 bp 500 bp 100 bp Gambar III.4.c. Amplifikasi gen kandidat OsCKX1 dengan cetakan cdna dari jaringan malai dan batang menggunakan 2 pasang primer spesifik. M= 1 Kb plus ladder (Invitrogen). Gambar III.4.d. Peta konstruk gen OsCKX1 pada plasmid backbone pcambia1300inta (pcamb-osckx1). 58

69 2000 bp 1600 bp 1000 bp 500 bp 100 bp Gambar III.4.e. Amplifikasi gen kandidat OsPPCK dengan cetakan DNA genomic padi Nipponbare menggunakan 2 pasang primer spesifik. M= 1 Kb plus ladder (Invitrogen). Gambar III.4.f. Peta konstruk gen OsPPCK pada plasmid backbone pcambia1300inta (pcamb-osppck). 59

70 Gambar III.4.h. Penampilan ukuran biji dari tanaman Nipponbare-OsGS3 dibandingkan dengan tanaman kontrol (T309). Gambar III.4.g. Penampilan tanaman kontrol dan tanaman transgenik Nipponbare-OsERA1 setelah perlakuan cekaman kekeringan. 60

71 Gambar III.4.j. Penampilan vigor tanaman Nipponbare-AtCO dibandingkan dengan tanaman kontrol. Gambar III.4.i. Penampilan tanaman transgenik Nipponbare- AtCO untuk validasi gen AtCO terkait umur genjah di rumah kaca. Pada tahun 2011, BB Biogen berhasil memperoleh (i) 2 klon gen kandidat untuk toleran kekeringan, produktivitas tinggi atau umur genjah yang diisolasi dari padi transgenik penanda aktivasi terpilih menggunakan teknik TAIL-PCR. (ii) 2 Klon gen kandidat yang dioverekspresikan pada tanaman padi cv. Nipponbare atau Kasalath (sebagai model) masing-masing untuk karakter toleran kekeringan, produktivitas tinggi. Dan (iii) 2 gen gen kandidat berdasarkan homologi sekuen dari marka molekuler masing-masing untuk karakter produktivitas tinggi atau umur genjah (LAKIP BB Biogen tahun 2011). Pada tahun 2010, BB Biogen berhasil memperoleh (i) Tiga klon kandidat gen yang terdiri dari 1 klon gen untuk toleran kekeringan, 1 klon gen untuk produktivitas, dan 1 klon gen untuk umur genjah; (ii) Tiga klon fragmen amplikon berdasarkan marka yang terdiri dari 2 klon 61

72 berkaitan dengan sifat produktivitas tinggi dan satu klon untuk umur genjah; dan (iii) Tiga informasi data kuantitatif karakter toleran kekeringan, produksi tinggi dan umur berbunga dari 200 tanaman padi transgenik penanda aktivasi sebagai bahan dasar untuk kloning gen toleran kekeringan, produktivitas tinggi dan umur genjah (LAKIP BB Biogen tahun 2010). Disamping target yang telah ditetapkan juga diperoleh: 28 mutan padi IR64 dan 8 mutan padi Inpari 13 penanda aktivasi untuk identifikasi dan isolasi gen-gen kandidat baru untuk toleran kekeringan, produktivitas tinggi dan/atau umur genjah. Dua klon gen yaitu gen Tca dan Tcd dari S. marcescens strain wbc koloni Sukamandi. Hambatan yang dialami adalah untuk kegiatan validasi fungsi gen terkait umur genjah pengamatannya mundur dari yang direncanakan karena harus mengulang penanamannya karena pada pengujian sebelumnya waktu berkecambah dari benih transgenik tidak seragam sehingga berpengaruh di pertumbuhan selanjutnya (umur berbunga dan panen tidak teramati dengan akurat), penanganannya adalah sedang dalam proses analisis molekuler dan mengamati karakter umur berbunga dan umur panen serta karakter agronomi lain dari tanaman Nipponbare-AtCO di rumah kaca. Sasaran 5 : Jumlah sidik jari DNA plasma nutfah pertanian sebanyak 288 aksesi. Untuk mencapai sasaran tersebut, diukur dengan 1 indikator kinerja kegiatan. Adapun pencapaian target dari masing-masing indikator kinerja kegiatan dapat digambarkan sebagai berikut: Indikator Kegiatan Target Realisasi Capaian (%) 1. Jumlah profil sidik jari DNA plasma nutfah padi dan mangga terpilih Indikator kinerja kegiatan BB Biogen yang telah ditargetkan dalam Tahun 2012 yang telah tercapai maupun yang belum tercapai dapat dilihat secara detail pada Formulir Pengukuran Kinerja Kegiatan (PKK) terlampir. Keberhasilan yang dicapai sasaran 5 sebagai berikut: 62

73 1) Diperoleh profil sidik jari DNA dari 96 aksesi plasma nutfah padi dengan menggunakan 30 marka. 2) Diperoleh profil sidik jari DNA dari 192 aksesi plasma nutfah mangga dengan menggunakan 19 primer. Pada tahun 2011, BB Biogen berhasil memperoleh (i) 75 profil sidik jari DNA aksesi plasma nutfah padi dengan menggunakan marka SSR. (ii) 70 profil sidik jari DNA aksesi plasma nutfah kedelai dengan menggunakan marka SSR. Dan (iii) 50 profil sidik jari DNA aksesi plasma nutfah mangga dengan menggunakan marka SSR (LAKIP BB Biogen tahun 2011). Penelitian analisis profil sidik jari DNA tanaman di BB Biogen telah dilakukan sejak beberapa tahun yang lalu pada (i) tahun 2007 diperoleh profil sidik jari DNA 96 aksesi padi, 50 aksesi kedelai dan 96 aksesi ubijalar; (ii) tahun 2008 diperoleh profil sidik jari DNA 96 aksesi padi, 96 aksesi kedelai dan 96 aksesi ubijalar; dan (iii) tahun 2009 diperoleh profil sidik jari DNA 96 aksesi padi (BB Biogen 2010). 63

74 Padai Pulut Oku Asung Padai Alle Padai-Pulut-Merah Utan Mbang Padai Pulut Bala Padai Pulut Pute Iting INPARA Padai 1 Padai Long Liyo Oko INPARI bat 17 Teluk Bayur Padai Gadis Padai Pulut Bale Kulit INPARI 15 Padai Pulut Kedanggang Padai Tuan Padai Jata Padai Kley Padai Telengusan INPARA 4 INPARI 19 Padai-Saleng Padai Bat kanjat Padai Pulut Janggang Padai Pute Membat Padai Siam INPAGO 5 INPARA Padai Padai 3 Cina Talun Padai Padai Taman Abung Punai Padai Poi B7 Padai Ubek Puti Iting Padai Ketan Alay Padai Timai Ladang Padai Lemahan Padai Pulut Melayang Padai Pulut-Sawah Padai Pulut Mpeng Padai Lebek Putih Padai-Pui Padai Ubek Allo Padai Telangosan Padai Ketan Kayan Padai Imban Padai Saleng Sawah INPARI 11 PK18 INPARI 20 Padai Ketan INPAGO 6 INPARI 18 Padai Mayun Padai INPARI Palapak 16 Padai Bele em Nipponbare Seribu Padai Krayan Padai Ubek Iyap Padai Ubek Ivan Padai Adan Bareh Padai Bawang Padai Putih INPAGO 4 Padai Sip Padai Ketan Yab B6 R14 Padai-Mayun Padai Helai Padai Pute Timay Padai BerehPK21 Padai Pulut Membat PK89 INPARI 12 Padai Timai Ketan Lemang Padai Pulut Mbao INPARA 2 Padai-Libang Ungu INPARA INPARI 5 14 GMJ6 B INPARI 13 Padai Agan Padai Seleng Padai Ketan Padai Hitam Lidang Padi Liyo Gambar III.5.a. Neighbor Joining tree menunjukkan dua kelompok besar dari 96 aksesi berdasarkan 30 marka mikrosatelit. BB Biogen

75 65 Gambar III.5.b. Pengelompokan 192 varietas mangga menggunakan 19 marka mikrosatelit. BB Biogen Arumanis143 Pol409 Randu411 DodolPutih113 Gadung21 MaduNongko405 Janis271 Manalagi69 Gandik429 Janis161 Manila337 Polok157 Endog381 Kemiri393 Gayer213 Lalijiwo91 GurihPanjang149 Trapang419 Gayam383 Sindhri Slendro203 Limun401 Krumpyung Pawon407 DanasMadu377 Sophia243 Glepung331 Lahang111 Endog181 Macan335 Nanas93 Sengir231 DodolPijet95 KopekMadu329 Gayam121 Glembo361 MaduZ Bawang359 EndoAsin351 KidangSari399 MaduIreng Gedong261 Cengkir103 Sidenok189 Chausa Penci421 Blencong373 Kopek397 Daging379 Gedong? Musuh341 ManggaIrian Sabala273 Banyak345 Buaya361 Bembem347 DodolWirosongko349 Duren375 Mangkok403 KidangKencono357 Duhseri Suapeda Gedong105 Kapal395 Temu421 Agung365 Krumpyung391 KidangKweni387 Bubut367 Budidoyo107 Beruk369 AtaUtu355 JenisBaru Roti415 Urang363 Sala250 Bapang3 Kopek389 Gadoh343 Gondoriyo339 Temu Gandik PodangLumut Madu65 Salak417 Wudel425 LaliJiwo61 Pasir167 Golek31 Anggur Durih163 Mg11 Cicil225 MangiferaGedebi Peach Sudiaty2 Gedang210 Pico247 MaduAnggur141 PodangUrang Carang333 Kinara RoyalPalmCalifornia234 SalarSummer507 Haden Mg03 Mg02 Mg12 Mg13 Mg14 BuahTeropong NoName Mg01 Mg15 Kasur Mylapuri481 BhadooriaDacca Sudiaty3 Bangaloora471 Pawpaw ArumanisKencono285 KolankaGova503 Mg16 BorkesExelsior Pohutan250 Cicil226 Haden217 Cengkir Kartikia449 Endog ManggaLiar Neelum483 ThePala435 Yahangir495 Beku279 Krasak327 Pierre305 Sarekkas32 GolekMadu Kalapahar445 AlphonsoB313 Rupee299 Bhaokhan439 Khastras437 Daramia211 DodolBirowo433 BombayGreen453 KensingtonApple Neelam441 KalimookuGraft461 Sanih201 Gedong Mg20 Mg06 Mg08 Sanih202 Cempora215 Malgoba309 SafedaMadras459 AlphonsoD315 Gedang209 HydarSahib493 Yampulu499 BombayBhuto457 DodolJembar99 Carabao246 Gundoo469 DodolSemar97 Collecto-489 Mg21 DilPhasan491 Mg05 Pohutan249 AllTheYearRoundofMulton445 ZBombay307 Mg19 Maringar Mg17 Delima Kebo109 Haden218 Mg18 Wirosongko101 JanardhanaPrasad501 JailorKilimooku467 Sudiaty1 GundooWhite465 Mg09 Mg04 Mg07 Mg10 YalalSahib497

76 Hambatan yang dialami adalah analisis sidik jari mangga agak berbeda dengan padi dan lebih sulit karena tidak dapat dilakukan langsung dengan menggunakan lima marka sekaligus tetapi maksimum hanya dua marka bahkan sering dilakukan dengan hanya satu marka sehingga pekerjaan lama dan membutuhkan banyak bahan. Sasaran 6 : Jumlah produk bioprospeksi sumberdaya genetik pertanian sebanyak 1 formula. Untuk mencapai sasaran tersebut, diukur dengan 1 indikator kinerja kegiatan. Adapun pencapaian target dari masing-masing indikator kinerja kegiatan dapat digambarkan sebagai berikut: Indikator Kegiatan Target Realisasi Capaian (%) 2. Jumlah formula feromon seks S. litura yang atraktif Indikator kinerja kegiatan BB Biogen yang telah ditargetkan dalam Tahun 2012 yang telah tercapai maupun yang belum tercapai dapat dilihat secara detail pada Formulir Pengukuran Kinerja Kegiatan (PKK) pada Lampiran 3. Keberhasilan yang dicapai sasaran 6 sebagai berikut: 1) Diperoleh satu formulasi feromon seks S. litura yang atraktif. 2) Diperoleh satu teknik pengendalian ulat grayak dengan menggunakan perangkap berferomon. 66

77 Gambar III.6. Perangkap berferomon Spodoptera litura pada lahan pertanaman kedelai dan hasil tangkapan imago jantan dalam perangkap berferomon S. litura. Plumbon, Cirebon Pada penelitian produk bioprospeksi sumber daya genetik pertanian sebelumnya antara tahun telah diperoleh (i) satu teknik pengendalian ulat grayak pada pertanaman bawang merah dengan menggunakan perangkap berferomon Exi, (2) satu teknik pengendalian hama penggerek tongkol jagung pada pertanaman jagung dengan menggunakan perangkap berferomon Ostri dan (3) satu teknik pengendalian hama penggerek batang padi kuning pada pertanaman padi dengan menggunakan perangkap berferomon PBPK. Hambatan yang dialami adalah sistem irigasi karena musim kemarau terjadi keterbatasan air. Pada awal musim tanam gulma relatif banyak. Serangga hama kedelai sangat banyak, hama selain S litura berkembang karena penggunaan insektisida dihindari. Dukungan kegiatan penunjang terhadap target Utama Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber daya Genetik Pertanian, meliputi: 1. Menyebarluaskan hasil penelitian dan pengembangan bioteknologi dan SDG pertanian berupa publikasi dan produk unggulan. 2. Memelihara dan meningkatkan sistem manajerial yang terkoordinasi dan transparan. Keberhasilan yang dicapai adalah 67