Oke, semoga ada manfa'atnya :D. Err: penyebab GAMESS menjadi error (mungkin saja bisa lebih dari satu) TS: troubleshooting sederhananya.

Transkripsi

1 Assalamu'alaikum warahmatullahi wabarakatuh.. Cuma sekedar share error GAMESS yang sering kualami dan sedikit troubleshooting-nya. Aku pikir troubleshooting tentang GAMESS kok jarang dibahas di internet, atau mungkin karena aku saja yang kurang telaten googling :P. Oke, semoga ada manfa'atnya :D. Err: penyebab GAMESS menjadi error (mungkin saja bisa lebih dari satu) TS: troubleshooting sederhananya. 1. Masalah di shmmax Err: masalah ini muncul ketika pasca instalasi dan tidak menyetting kernel.shmmax yang memang defaultnya kecil. Untuk mengatasinya kita perlu memperbesar settingan kernel.shmmax. Ts :Misalnya pada komputer dengan RAM 4 GB, mungkin kalian bisa menambahkan ini pada /etc/sysctl.conf. # cat /etc/sysctl.conf grep shm kernel.shmmax = kernel.shmall = kemudian set settingan baru ini dengan perintah # sysctl -p atau reboot. Settingan ini akan otomatis diterapkan setiap kali komputer reboot. 1

2 2. Masalah di input seharusnya masalah ini jarang ditemui mengingat banyak program yang bisa digunakan untuk membuat file input GAMESS. Masalah yang mungkin terjadi adalah syntax error atau kesalahan gara-gara opsi default dari program yang membuat file input. Oke, mari kita bahas sedikit satu per satu. Syntax error Err: kesalahan ini misalnya tidak memulai card perintah dari kolom kedua tetapi dari kolom pertama. Perintah di GAMESS selalu dimulai dari kolom kedua. Kolom pertama digunakan untuk memasukkan data-data seperti komentar, koordinat atom dsb. Syntax error juga disebabkan karena salah dalam pengetikkan perintah. TS: edit kembali file input dan mulai perintah dari kolom kedua. Jika ada perintah yang salah ketik, cek kembali di manual GAMESS. Memasukkan perintah ke blok yang salah Err: blok perintah di GAMESS yang ditandai dengan $ memiliki anggota tertentu (bisa dilihat di manual GAMESS tentang input file). Jika memasukkan perintah ke blok yang salah akan menghasilkan error misalnya di sini perintah MWORDS dimasukkan ke blok $STATPT. 2

3 TS: masukkan perintah ke blok yang tepat dan untuk lebih jelasnya baca manual GAMESS tentang input. SCF tidak konvergen Err: penyebab scf tidak konvergen bisa macam-macam mulai dari geometri yang jelek hingga cycle yang kurang. Kaitannya dengan masalah di input adalah harga untuk cycle scf secara default adalah 20, dalam beberapa kasus nilai ini terlalu rendah sehingga menyebabkan GAMESS error karena kriteria konvergensi tidak tercapai. TS: naikkan harga iterasi menjadi 100, misalnya. Atau tambahkan MAXIT=100 di blok $CONTRL Optimasi selesai, GAMESS normal tapi setelah tidak dapat menghitung frekuensi setelah optimasi dan muncul non-optimized geometry jika dibuka di chemcraft. Err: penyebabnya karena step yang diberikan terlalu kecil, defaultnya 20. Dalam beberapa kasus 20 masih kurang. TS: naikkan harga step, misalnya 100 atau 200. note: jika masih saja belum bisa, ambil koordinat terakhir dan optimasi kembali. 3

4 Problem dengan koordinat Err:problem ini mungkin ada kaitannya dengan simetri yang digunakan, tapi yang jelas hal ini biasanya muncul ketika kita menggunakan unique cartesian coords. TS: ganti saja menggunakan koordinat kartesian. 3. Masalah dengan hardware. Di sini aku fokuskan pada single pc karena aku belum pernah bekerja dengan kluster komputer yang notabene menggunakan jaringan dan sistem antrian. Ruang untuk file scratch kurang Err: logikanya sederhana saja, semakin kompleks perhitungan, maka semakin lama dan semakin banyak integral yang harus dievaluasi dan otomatis membutuhkan file scratch yang semakin besar. Gambar pertama merupakan perhitungan CCSD(T) yang kekurangan space untuk file scrach, karena sisa harddisk hanya 2.2 GB sedangkan CCSD(T) butuh 4.1 GB. Gambar kedua merupakan hal yang kurang lebih sama, tetapi penyebabnya tidak menggunakan direct 4

5 scf TS: untuk gambar pertama, sisakan ruang lebih banyak lagi untuk file scratch atau pindahkan scratch ke partisi yang lebih besar dan untuk gambar kedua gunakan direct scf. Memori RAM yang diberikan kurang banyak daripada memori yang seharusnya. Err:sama seperti kasus di atas semakin kompleks perhitungan maka akan semakin membutuhkan sumber daya komputer yang semakin tinggi. Harga memori RAM default di GAMESS adalah 8 mword atau sekitar 7.63 MB, sangat kecil. Dalam beberapa kasus diperlukan harga memori RAM yang lebih. TS: naikkan saja harga memori RAM, tapi jangan melebihi nilai maksimal RAM fisik yang digunakan. Karena prosesor cuma 1, maka untuk menambah jumlah prosesor yang akan digunakan tidak kubahas di sini. 4. Masalah yang entah apa penyebabnya, aku juga gak ngerti Err: mungkin kalian merasa aneh dengan judul di atas, tapi memang begitu lho. GAMESS kadang- 5

6 kadang tidak mau jalan tanpa sebab yang jelas (aku lupa contohnya :( ). TS: solusinya juga gak begitu jelas, biasanya sih setelah aku ganti koordinat yang digunakan, menambahkan RAM, GAMESS kembali normal. Oke, cukup sekian dulu beberapa error yang mungkin ditemui, jika masih ada yang lain lagi bisa kalian googling sendiri atau mungkin aku punya sedikit solusinya. Semoga bermanfa'at! 6