Jurnal AgroBiogen. Keterangan diberikan tanpa dipungut biaya. Lembar abstrak ini dapat di-copy tanpa izin penerbit/penulis

Transkripsi

1 2018 Indeks Abstrak Bahasa Indonesia Jurnal AgroBiogen ISSN E-ISSN Volume 14, 2018 Keterangan diberikan tanpa dipungut biaya. Lembar abstrak ini dapat di-copy tanpa izin penerbit/penulis Joko Prasetiyono, Nurul Hidayatun, dan Tasliah (Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian) Analisis Diversitas Genetik 53 Genotipe Padi Indonesia Menggunakan 6K Marka Single Nucleotide Polymorphism J. AgroBiogen Juni 2018, vol. 14 no. 1, hlm Indonesia memiliki keragaman genetik padi yang tinggi, tetapi baru sebagian kecil yang telah dimanfaatkan untuk program pemuliaan. Penelitian ini bertujuan mengetahui keragaman genetik varietas unggul Indonesia yang telah dilepas menggunakan 6K marka SNP. Penelitian dilakukan di BB Biogen untuk isolasi DNA dan IRRI untuk deteksi marka SNP. Materi genetik yang digunakan adalah 53 genotipe padi, terdiri atas 49 varietas unggul dan 4 genotipe padi cek. Marka SNP yang digunakan sebanyak 6K lokus. Hasil penelitian menunjukkan dari 6K marka SNP yang dianalisis, sebanyak marka (76,77%) berhasil terbaca. Marka SNP tersebut tersebar pada dua belas kromosom dengan panjang total ,27 bp. Alel terbanyak yang muncul adalah GG dan yang paling sedikit adalah TG. Dendrogram 53 varietas hasil analisis menggunakan marka SNP menunjukkan beberapa kelompok berisi campuran padi tipe indica dan japonica. Tidak ada kelompok yang secara tegas berisi padi tipe indica atau japonica saja. Analisis STRUCTURE (K = 2) pada nilai 0,8 membagi 53 varietas padi ke dalam beberapa kelompok dan tiap kelompok berturut-turut terdiri atas 4 genotipe tipe japonica, 2 genotipe tipe tropical japonica, 46 genotipe tipe indica, dan 1 genotipe tipe aus. IR64 dan Ciherang terbukti memiliki genom indica, sedangkan Rojolele memiliki genom tipe japonica. Dupa dan Hawara Bunar yang biasanya dikelompokkan ke dalam tipe tropical japonica, ternyata termasuk tipe indica. Hawara Bunar memiliki 100% tipe indica. Hasil penelitian ini menunjukkan pengelompokan tipe padi (indica-japonica) yang hanya didasarkan pada karakter morfologis, seperti bentuk bulir dan bentuk daun, belum cukup. Penggunaan marka SNP patut dipertimbangkan untuk tujuan tersebut. Kata kunci: Padi, SNP, keragaman genetik, indica, japonica. I Made Tasma 1, N.P. Mega G. Yani 2, Rosliana Purwaningdyah 2, Dani Satyawan 1, Kristianto Nugroho 1, Puji Lestari 1, Kurniawan R. Trijatmiko 1, and Mastur 1 (Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian, Departemen Biokimia, Institut Pertanian Bogor) Analisis Diversitas Genetik dan Pembentukan Populasi F2 untuk Pemuliaan Karakter Juvenil Panjang pada Kedelai J. AgroBiogen Juni 2018, vol. 14 no. 1, hlm Analisis diversitas genetik menggunakan marka molekuler merupakan langkah penting untuk memilih tetua yang tepat dalam program pemuliaan kedelai. Tujuan penelitian ini adalah (1) menganalisis diversitas genetik 29 genotipe kedelai menggunakan 27 marka SSR untuk memilih tetua yang tepat dan (2) membentuk populasi F2 untuk digunakan dalam pemuliaan karakter juvenil panjang (JP) kedelai pada kondisi panjang hari pendek. Materi genetik yang digunakan terdiri atas 11 genotipe kedelai Indonesia dan 18 genotipe introduksi dari Amerika Serikat. Diversitas genetik ditentukan berdasarkan hasil analisis menggunakan 27 marka SSR yang lokasinya menyebar merata pada genom kedelai. Populasi F2 telah dibentuk dengan menyilangkan Grobogan dengan tiga genotipe introduksi pembawa karakter JP. Nilai PIC 27 marka SSR berkisar antara 0,87 0,96. Hasil penelitian menunjukkan 29 genotipe kedelai yang diuji terbagi menjadi tiga klaster pada koefisien kesamaan 0,76. Lima genotipe dengan karakter JP dan sembilan genotipe kedelai Indonesia menunjukkan diversitas genetik tinggi dan tentunya akan bermanfaat sebagai pasangan tetua untuk digunakan dalam program pemuliaan. Keragaan progeni F1 hasil persilangan tersebut jauh melebihi keragaan fenotipe kedua tetuanya. Tiga populasi F2 telah dibentuk dengan menyilangkan genotipe berkerabat jauh. Populasi F2 tersebut telah diverifikasi menggunakan marka SSR dan bersegregasi 1:2:1 yang mengonfirmasi segregasi marka SSR kodominan. Populasi F2 hasil penelitian ini tentunya bermanfaat untuk pemuliaan karakter JP kedelai di negara tropis dengan derajat lintang rendah seperti Indonesia dengan panjang hari sekitar 12 jam sepanjang tahunnya. Kata kunci: Kedelai, diversitas genetik, marka SSR, populasi F2, juvenil panjang

2 JURNAL AGROBIOGEN VOL. 14 NO. 2, DESEMBER 2018 Tri J. Santoso, Aniversari Apriana, Atmitri Sisharmini, dan Kurniawan R. Trijatmiko (Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian) Konstruksi dan Transformasi Gen OsERA1 ke Vektor Ekspresi serta Respon Tanaman Padi Transgenik Nipponbare OsERA1 terhadap Cekaman Kekeringan J. AgroBiogen Juni 2018, vol. 14 no. 1, hlm Cekaman kekeringan merupakan kendala utama yang dapat memengaruhi produktivitas padi. Gen Enhanced Response to ABA1 (ERA1) yang menyandikan enzim β-subunit farnesyltransferase berperan dalam meningkatkan sensitivitas sel penjaga terhadap asam absisat (ABA) sehingga mengatur respon cekaman kekeringan pada tanaman termasuk padi. Tujuan penelitian ini adalah melakukan kloning gen OsERA1, mengintroduksikannya ke dalam genom padi, dan mengonfirmasi toleransi tanaman yang positif mengandung gen OsERA1 terhadap kekeringan. Penelitian diawali dengan isolasi gen OsERA1 dari cdna padi dan konstruksi ke dalam kaset vektor ekspresi pcambia1301, kemudian introduksi ke dalam genom tanaman padi cv. Nipponbare menggunakan Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404. Gen sisipan pada galur-galur transgenik putatif Nipponbare-OsERA1 dideteksi dengan analisis PCR dan Southern blot. Tanaman yang positif diuji toleransinya terhadap cekaman kekeringan. Hasilnya menunjukkan bahwa gen OsERA1 berhasil diisolasi dan dikonstruksi untuk menghasilkan vektor kaset pcambia-osera1. Sebanyak sembilan galur padi transgenik putatif dihasilkan dan enam tanaman di antaranya positif membawa gen OsERA1. Dari analisis Southern blot terhadap enam belas tanaman dari dua galur transgenik positif PCR, terdapat 1 3 kopi transgen yang terintegrasi ke dalam genom galur padi transgenik. Lima galur padi transgenik Nipponbare-OsERA1 generasi T1 mempunyai respon toleransi yang lebih baik terhadap cekaman kekeringan pada fase vegetatif dalam hal kemampuan pulih setelah perlakuan kekeringan daripada tanaman kontrol Nipponbare. Pada fase generatif, lima galur generasi T2 menghasilkan jumlah biji hampa lebih sedikit dibanding dengan kontrol. Galur transgenik hasil studi ini dapat menjadi kandidat potensial untuk pengembangan varietas padi toleran kekeringan. Kata kunci: Padi, Oryza sativa L., kloning gen, OsERA1, toleran kekeringan. Alina Akhdiya 1, Wartono 1, Eman Sulaeman 2, dan I Made Samudra 1 ( 1 Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian, 2 Balai Penelitian Lingkungan Pertanian) Karakterisasi Bakteri Pendegradasi Profenofos J. AgroBiogen Juni 2018, vol. 14 no. 1, hlm Bioremediasi merupakan salah satu teknologi yang murah, mudah, dan aman untuk merehabilitasi lahan pertanian yang telah tercemar pestisida. Tujuan penelitian ini adalah mengisolasi dan mengarakterisasi secara molekuler bakteri pendegradasi insektisida profenofos dari tanah asal lahan pertanian Pangalengan. Bakteri diisolasi menggunakan teknik cawan sebar pada media Nitrate Mineral Salts (NMS) yang mengandung profenofos 100 ppm. Pemilihan isolat dilakukan berdasarkan uji hypersensitive response (HR) dan hemolitik, serta kemampuan isolat dalam menggunakan dan mendegradasi profenofos. Isolat yang terpilih dikarakterisasi molekuler berdasarkan sekuen 16S rrna, deteksi gen penyandi subunit α dan β terminal dioksigenase dan naftalen dioksigenase. Hasil penelitian menunjukkan tiga isolat (CN26, CN44, dan CN86) mampu menggunakan profenofos sebagai sumber C eksklusif dan mendegradasi lebih dari 86,75% profenofos yang terkandung di dalam media pertumbuhannya. Berdasarkan sekuen 16S rrna, ketiga isolat tersebut berturut-turut teridentifikasi sebagai Stenotrophomonas maltophilia (99%), Comamonas terrigena (99%), dan Pseudomonas sp. (80%). Pseudomonas CN44 secara konsisten menunjukkan kemampuan mendegradasi profenofos yang tinggi, mencapai 91,2%, ketika ditumbuhkan pada media NMS dengan ph 6,8 selama 72 jam. Gen penyandi subunit β dioksigenase dari ketiga isolat berhasil dideteksi menggunakan pasangan primer Rf2-F/Rf2-R, tetapi untuk penyandi subunit α masih perlu dilakukan optimasi kondisi PCR. Gen naftalen dioksigenase hanya berhasil dideteksi dari Pseudomonas CN44 menggunakan pasangan primer 301f/1099r. Berdasarkan kemampuan biodegradasi dan karakteristik molekulernya, Pseudomonas CN44 sangat potensial untuk dikembangkan sebagai agen bioremediasi profenofos. Kata kunci: Bakteri, degradasi insektisida, profenofos, dioksigenase. Dwi Ningsih Susilowati 1, dan Untung Haryono 2 ( 1 Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian, 2 Universitas Pakuan) Penghambatan Pertumbuhan Aspergillus spp. oleh Bakteri Endofit J. AgroBiogen Juni 2018, vol. 14 no. 1, hlm Aspergillus spp. (A. niger, A. flavus, dan A. fumigatus) mengontaminasi komoditas pangan melalui produksi metabolit sekunder (mikotoksin) dan aspergilosis, dengan demikian sangat berbahaya bagi kesehatan manusia dan hewan. Oleh karena itu, penghambatan pertumbuhan fungi penghasil mikotoksin pada komoditas pertanian yang disimpan perlu dipertimbangkan. Tujuan penelitian ini adalah mengevaluasi isolat bakteri endofit yang berasal dari jaringan tanaman padi dalam menghambat pertumbuhan Aspergillus spp. dan melakukan karakterisasi isolat terseleksi secara morfologis dan biokimia. Pengujian dengan metode Dual Kultur dan Disk Diffusion terhadap 155 isolat bakteri endofit mendapatkan tiga isolat, yaitu FB- Endo 65, FB-Endo 73, dan FB-Endo 95, yang menunjukkan zona hambat terhadap pertumbuhan Aspergillus spp. berkisar antara 13 mm dan 17 mm. Zona hambat dan kuantitas senyawa antifungi meningkat secara positif terhadap waktu inkubasi bakteri endofit pada interval 0 hingga 6 hari. Senyawa antifungi ketiga isolat tersebut tidak larut dalam etil asetat, namun larut dalam metanol. Senyawa yang larut dalam metanol dari isolat FB-Endo 73 menunjukkan zona penghambatan yang lebih besar dibanding dengan bakteri endofit lainnya. Hasil ini menunjukkan bahwa ketiga isolat menghasilkan aktivitas antifungi yang kuat. Identifikasi karakter morfologis dan biokimia menunjukkan bahwa ketiganya termasuk ke dalam genus Bacillus sp. Studi lanjutan yang diperlukan antara lain identifikasi dan metode produksi senyawa antifungi

3 2018 Indeks Abstrak Bahasa Indonesia bakteri endofit tersebut dan aplikasinya pada benih-benih yang disimpan. Kata kunci: Bakteri endofit, antifungi, Aspergillus niger, Aspergillus fumigatus, Aspergillus flavus. Anniversari Apriana 1, Atmitri Sisharmini 1, Hajrial Aswidinnoor 2, Kurniawan Rudi Trijatmiko 1, dan Sudarsono 2 ( 1 Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian, dan 2 Program Studi Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Institut Pertanian Bogor) Konstruksi dan Ekspresi Transien Kaset Kimera yang Mengandung Fusi Promotor CaMV 35S atau OsAER1 dan Gen GUS pada Tembakau J. AgroBiogen Juni 2018, vol. 14 no. 2, hlm Uji gen pelapor umumnya digunakan untuk mempelajari pola ekspresi gen dan aktivitas promotor. Tujuan penelitian ini adalah merakit konstruk gen kimera yang terdiri atas promotor konstitutif CaMV 35S atau promotor gen OsAER1 yang disambungkan dengan gen pelapor GUS yang menyandi enzim β- glucuronidase dan mendapatkan metode transformasi transien yang efisien pada kecambah tembakau utuh dengan bantuan Agrobacterium tumefaciens. Fragmen promotor CaMV 35S yang diisolasi dari vektor biner pcambia1301 dan promotor gen OsAER1 yang diamplifikasi dari DNA padi cv. Awan Kuning masing-masing diligasikan ke pcambia1300int::gus::tnos untuk menghasilkan vektor biner pcambia1300int::p35s ::gus::tnos dan pcambia 1300int::prOsAER1::gus::tNOS. Kedua konstruk vektor ini digunakan untuk transformasi transien kecambah tembakau berumur 5 hari. Transformasi transien tembakau dilakukan dengan menggunakan dua kerapatan bakteri (OD600 = 0,5 dan OD600 = 1,0) yang dikombinasikan dengan perlakuan vakum selama 15 menit dan 30 menit. Kecambah tembakau yang ditransformasi dengan pcambia 1300int::p35S::gus::tNOS menunjukkan efisiensi transformasi yang lebih tinggi dibanding dengan yang ditransformasi dengan pcambia1300int::prosaer1::gus::tnos. Efisiensi transformasi yang lebih tinggi diperoleh pada transformasi menggunakan bakteri dengan kerapatan OD600 = 0,5 dikombinasikan dengan perlakuan vakum selama 30 menit. Ekspresi gen GUS pada kecambah tembakau yang ditransformasi dengan konstruk promotor CaMV 35S diamati di seluruh organ kecambah tembakau (akar, hipokotil, kotiledon, dan daun), sedangkan ekspresi gen GUS pada kecambah tembakau yang ditransformasi dengan konstruk promotor gen OsAER1 terjadi di bagian akar, hipokotil, dan kotiledon, tetapi tidak di daun. Hasil ini menunjukkan bahwa transformasi transien merupakan metode yang cepat dan sederhana untuk pengujian konstruk gen kimera. Kata kunci: Gen GUS, tembakau, transien transformasi, ekspresi gen. Lina Herlina 1, Reflinur 1, Kristianto Nugroho 1, Rerenstradika T. Terryana 1, Sobir 2, Awang Maharijaya 2, and Suryo Wiyono 3 ( 1 Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian, 2 Departemen Pertanian dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor, 3 Departemen Perlindungan Tumbuhan, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor) Analisis Keragaman Genetik Menggunakan Marka Berbasis Analogi Gen Resisten untuk Mendukung Karakterisasi Morfologis Bawang Merah J. AgroBiogen Juni 2018, vol. 14 no. 2, hlm Bawang merah (Allium cepa var. aggregatum) merupakan salah satu tanaman sayuran penting di Indonesia. Keterbatasan pengetahuan mengenai keragaman genetik dan adanya ancaman penyakit merupakan masalah utama dalam mempertahankan produksi bawang merah yang tinggi di Indonesia. Pengembangan marka molekuler terkait karakter ketahanan penyakit dibutuhkan dalam kegiatan pemuliaan molekuler bawang merah. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi keragaman genetik 36 genotipe bawang merah asal Indonesia berdasarkan penanda yang berasal dari daerah konservatif analogi gen ketahanan (resistance gene analog/rga) untuk melengkapi karakterisasi morfologis. Sebanyak dua belas karakter morfologis dan lima belas penanda molekuler diinvestigasi dalam karakterisasi dan diskriminasi genotipe bawang merah Indonesia. Karakterisasi pada tingkat morfologis menunjukkan bahwa variasi fenotipik terbesar terdapat pada total bobot umbi (TWB, cv = 99,39%) dan terkecil pada karakter tinggi tanaman (PH, cv = 28,16%). Analisis korelasi antar karakter morfologis bawang merah menunjukkan korelasi positif antara karakter TWB dan jumlah umbi (NB), TWB dan berat umbi per tanaman (WB), serta antara WB dan PH. Total alel dengan rata-rata alel per lokus diperoleh pada analisis variasi molekuler. Nilai Polymorphism Information Content (PIC) yang dihasilkan dari primer RGA berkisar antara 0,253 dan 0,676 dan 6 dari 15 marka bersifat sangat informatif dengan nilai PIC 0,50. Berdasarkan analisis klaster, ke-36 genotipe bawang merah Indonesia terbagi atas enam kelompok besar. Hasil penelitian ini menegaskan bahwa marka berbasis RGA dapat mendukung karakterisasi morfologis dalam mengevaluasi keragaman genetik bawang merah Kata kunci: Allium cepa, Fusarium, keragaman genetik, gen ketahanan Muhamad Yunus, Diani Damayanti, Ahmad Dadang, Ahmad Warsun, Dani Satyawan, Kusumawaty Kusumanegara, Iswari Saraswati Dewi, Sutrisno, dan Bahagiawati Amir Husin (Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian) Pemetaan Gen Ketahanan terhadap Wereng Batang Cokelat pada Untup Rajab, Varietas Padi Lokal Indonesia J. AgroBiogen Desember 2018, vol. 14 no. 2, hlm Wereng batang cokelat (WBC) merupakan hama utama tanaman padi di Indonesia. Penanganan yang ekonomis dan efektif terhadap hama ini adalah dengan menanam varietas tahan. Eksplorasi gen ketahanan sangat diperlukan untuk merakit varietas tahan WBC. Penelitian ini bertujuan memetakan

4 JURNAL AGROBIOGEN VOL. 14 NO. 2, DESEMBER 2018 gen ketahanan terhadap WBC pada Untup Rajab yang merupakan varietas lokal Indonesia. Konstruksi peta pautan menggunakan 115 individu tanaman populasi F2 hasil persil angan TN-1 dengan Untup Rajab, dan marka SNP dari RiceLD SNP Chip. Analisis ketahanan menggunakan galur F2:3 dan dua populasi WBC, yaitu X1 and S1 yang berbeda tingkat virulensinya, dilakukan dengan metode Bulk Seedling Test Empat lokus (QTL) yang berhubungan dengan ketahanan terhadap WBC dapat diidentifikasi pada kromosom 5, 6, 8 dan 11 dengan nilai PV E berturut-turut 7,63%, 9,40%, 17,66%, dan 3,05%. Data fenotipe ketahanan yang menyebar relatif normal dan nilai PVE yang relatif rendah mengindikasikan Untup Rajab memiliki sifat ketahanan kuantitatif terhadap WBC dengan dua lokus ketahanan berbeda yang teridentifikasi untuk tiap populasi WBC uji. QTL pada kromosom 8 terletak pada lokasi yang tumpang tindih dengan gen OsHI-LOXyang memiliki fungsi ketahanan terhadap WBC dan berdekatan dengan satu QTL yang berhubungan dengan ketahanan terhadap wereng hijau. QTL pada kromosom 6 berdekatan dengan dua gen, yaitu OsPLD 4 dan OsPLD 5, yang memiliki fungsi ketahanan terhadap WBC. Sementara untuk QTL pada kromosom 5 dan 11, tidak teridentifikasi adanya gen yang berasosiasi dengan ketahanan terhadap WBC sehingga merupakan kandidat untuk penemuan gen ketahanan baru Kata kunci: Wereng batang cokelat, padi, gen ketahanan, varietas padi lokal 1 Chaerani, 2 Heri Prabowo, 2 I.G.A.A. Indrayani ( 1 Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian, 2 Balai Penelitian Tanaman Pemanis dan Serat) Isolasi dan Identifikasi Molekuler Nematoda Entomopatogen [Steinernema dan Heterorhabditis] dari Jawa Timur dan Bali J. AgroBiogen Desember 2018, vol. 14 no. 2, hlm Nematoda entomopatogen (NEP) dari keluarga Steinernematidae dan Heterorhabditidae adalah salah satu alternatif agen pengendali hayati terbaik untuk serangga hama. Isolat lokal bisa lebih efektif dibanding dengan yang diimpor karena daya adaptabilitasnya yang lebih tinggi terhadap kondisi lingkungan sekitarnya. Penelitian ini bertujuan mengisolasi nematoda dari Jawa Timur dan Bali dan mengidentifikasinya secara molekuler. Enam puluh delapan sampel tanah berpasir dari enam belas lokasi di daerah pantai dan pertanian diumpan dengan larva ulat Hongkong (Tenebrio molitor). Lima isolat Heterorhabditis dan dua isolat Steinernema berhasil diperoleh dari 7 sampel tanah (10% dari total sampel) dari 7 lokasi (44% dari total lokasi). Analisis sekuen nukleotida daerah internal transcribed spacer(its) 1 dan 2 dari DNA ribosomal menunjukkan bahwa kelima Heterorhabditis termasuk ke dalam spesies indica dengan kesamaan % dengan sekuen publik. Salah satu isolat Steinernema memiliki juvenil infektif dengan panjang tubuh rata-rata 456µm dan kisaran µm serta 99% kesamaan sekuen nukleotida dengan S. Huense yang termasuk ke dalam kelompok carpocapsae. Isolat Steinernema lainnya (DKS1) memiliki tubuh juvenil infektif yang lebih panjang (rata-rata 672µm dan kisaran µm ) dan 95% kesamaan sekuen nukleotida dengan S. Pakistanense yang merupakan anggota kelompok bicornutum. Kajian lebih mendalam terhadap morfologi Steinernema DKS1 sangat diperlukan untuk mengonfirmasi identitas spesiesnya. Bila perluasan daerah eksplorasi ke habitat yang beragam dilakukan, diduga akan ditemukan spesies NEP Yang sebelumnya tidak pernah dilaporkan di Indonesia. Keywords: Heterorhabditis, Steinernema, internal transcribed spacer. Nurul Hidayatun, Joko Prasetiyono (Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian) Pengaruh Introgresi Lokus Pup1 terhadap Pertumbuhan Bibit Padi pada Kondisi Kahat Fosfor J. AgroBiogen Desember 2018, vol. 14 no. 2, hlm Kekurangan unsur Fosfor (P) pada tanah akan berakibat terhambatnya pertumbuhan tanaman. Tanaman bertahan hidup dalam cekaman kekurangan P dengan cara meningkatkan kemampuan penyerapan P dan meningkatkan efisiensi pemanfaatannya. Penelitian ini bertujuan mengetahui komposisi genetik genotipe padi yang memiliki lokus Pup1 dan respons pertumbuhan akar dan daun pada kondisi ketersediaan P yang berbeda. Tiga genotipe padi, yaitu IR74, IR74-Pup1, dan Kasalath, diuji dengan menggunakan marka Single Nucleotide Polymorphism (SNP) untuk mengetahui komposisi genetiknya. Percobaan respons tanaman padi terhadap kahat P dirancang dengan Rancangan Acak Lengkap dengan empat ulangan dan dilakukan secara hidroponik dalam larutan hara Yoshida yang diperlakukan dengan kondisi ketersediaan P yang berbeda. Hasil genotyping menggunakan marka SNP menunjukkan bahwa genotipe IR74-Pup1 memiliki tingkat kesamaan sebesar 84,4% dengan tetuanya (IR74) dan segmen donor (lokus Pup1) sebesar 13,6%. Pengaruh introgresi lokus Pup1 terhadap pertumbuhan panjang total, luas permukaan, diameter, dan volume akar bervariasi pada setiap stadia pertumbuhan. Genotipe IR74 dan IR74-Pup1 mengalami hambatan pertumbuhan akar dan daun pada kondisi kahat P, namun introgresi lokus Pup1 memberikan performa pertumbuhan yang lebih bagus, baik pada kondisi P tersedia maupun kahat P. Keberadaan lokus Pup1 secara nyata meningkatkan kemampuan tanaman dalam mengurangi dampak penghambatan pertumbuhan yang diakibatkan oleh kahat P. Kata kunci: Padi, kahat P, lokus Pup1, penapisan secara hidroponik, marka SNP.

5 2018 Indeks Abstrak Bahasa Inggris Jurnal AgroBiogen ISSN E-ISSN Volume 14, 2018 The desciption given are free terms. This abstract sheets be reproduced without permission of change Joko Prasetiyono, Nurul Hidayatun, dan Tasliah (Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development) Analisis Diversitas Genetik 53 Genotipe Padi Indonesia Menggunakan 6K Marka Single Nucleotide Polymorphism J. AgroBiogen Juni 2018, vol. 14 no. 1, p Indonesia is rich in rice genetic resources, however, only a small number has been used in variety improvement programs. This study aimed to determine the genetic diversity of Indonesian rice varieties using 6K SNP markers. The study was conducted at ICABIOGRAD for DNA isolation and IRRI for SNP marker analysis. Genetic materials were 53 rice genotypes consisting of 49 varieties and 4 check genotypes. SNP markers used were 6K loci. Results showed that among the markers analyzed, only 4,606 SNPs (76.77%) were successfully read. The SNP markers covered all twelve rice chromosomes of 945, bp. The most common allele observed was GG, whereas the least allele was TG. Dendrograms of the 53 rice varieties analyzed with 4,606 SNPs demonstrated several small groups containing genotypic mixtures between indica and japonica rice, and no groups were found to contain firmly indica or japonica type. Structure analysis (K = 2) with value of 0.8 showed that the 53 rice varieties were divided into several groups and each group consisted of 4 japonica, 2 tropical japonica, 46 indica, and 1 aus rice type, respectively. IR64 and Ciherang proved to have an indica genome, while Rojolele has japonica one. Dupa and Hawara Bunar, usually grouped into tropical japonica rice, were classified as indica type, and Hawara Bunar has perfectly 100% indica type. The results of this study indicated that rice classification (indicajaponica) which is usually classified based only on morphological characters, e.g. grain and leaf shapes, is not enough and classification based on SNP markers should be considered for that purpose Keywords: Rice, SNP, genetic diversity, indica, japonica I Made Tasma 1, N.P. Mega G. Yani 2, Rosliana Purwaningdyah 2, Dani Satyawan 1, Kristianto Nugroho 1, Puji Lestari 1, Kurniawan R. Trijatmiko 1, and Mastur 1 ( 1 Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development, 2 Department of Biochemistry, Bogor Agricultural University) Genetic Diversity Analysis and F 2 Population Development for Breeding of Long Juvenile Trait in Soybean J. AgroBiogen Juni 2018, vol. 14 no. 1, p Genetic diversity analysis using molecular markers is an important step for selecting appropriate parents in a soybean breeding program. The aims of this study were to (1) analyze genetic diversity of 29 soybean genotypes assessed with 27 SSR markers for selecting appropriate parents and (2) develop F 2 populations to be used for breeding long juvenile (LJ) trait in soybean to be cultivated in short photoperiod condition. The soybean genotypes used consisted of 11 Indonesian soybean genotypes and 18 genotypes introduced from the USA. F 2 populations were developed by crossing Grobogan with three introduced genotypes carrying LJ character. The PIC values of the 27 SSR markers ranged from 0.87 to Cluster analysis resulted in three main clusters at coefficient similarity of The five LJ introduced accessions and the nine Indonesian genotypes showed high genetic distances and are useful as parent pairs for developing breeding populations. The F 1 progeny phenotypic performances of the cross far exceeded the performaces of both parents. Three F 2 populations were developed by crossing the distantly related soybean genotypes. The F 2 populations were verified by using SSR markers and it was found that they segregated in a 1:2:1 ratio confirming the segregation ratio of codominant SSR markers. The F 2 populations should be useful for breeding LJ characters to improve soybean productivity in low latitude tropical countries such as Indonesia, which has day length of approximately 12 h all year round Keywords: Soybean, genetic diversity, SSR marker, F 2 population, long juvenile

6 110 2 JURNAL AGROBIOGEN VOL. 14 NO. 2, DESEMBER 2018 Tri J. Santoso, Aniversari Apriana, Atmitri Sisharmini, dan Kurniawan R. Trijatmiko ( 1 Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development) Construction and Transformation of OsERA1 Gene into Expression Vector and Response of Nipponbare-OsERA1 Transgenic Rice to Drought Stress J. AgroBiogen Juni 2018, vol. 14 no. 1, p Drought stress is a major constrain which could influence rice productivity. Enhanced Response to ABA1 (ERA1) gene encoding a β-subunit farnesyltransferase enzyme plays a role to control sensitivity of the guard cells to abscisic acid (ABA), hence regulating drought stress response in plant species including rice. This study aimed to clone the OsERA1 gene into expression vector, introduce it into rice plant, and confirm the positive OsERA1-rice plants conferring drought tolerance. This study was initiated by isolation of the OsERA1 gene from rice cdnas and cloned it to an expression vector cassette, pcambia1301. The cassette harboring OsERA1 gene was introduced into rice plant cv. Nipponbare mediated by Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404. Putative transgenic lines were detected using PCR and Southern blot analyses to confirm the inserted transgene and the positive lines were assayed their tolerance to drought. The OsERA1 gene was successfully isolated and constructed into expression vector to generate pcambia1301-osera1. Introduction of the gene into Nipponbare has produced nine putative transgenic rice lines, of which, six lines harbored OsERA1 gene. Southern blot analysis of sixteen T2 plants from two PCR-positive transgenic lines revealed 1 3 copies of transgene were integrated into rice genome of transgenic lines. Five transgenic lines of Nipponbare-OsERA1 showed better response to drought at vegetative phase compared to control in term of recovery ability. At generative phase, the five transgenic lines yielded less unfilled grains compared to control. Overall, the transgenic lines obtained from this study could be potential candidates for developing rice varieties tolerant to drought. Keywords: Rice, Oryza sativa L., gene cloning, OsERA1, drought tolerance Alina Akhdiya 1, Wartono 1, Eman Sulaeman 2, dan I Made Samudra 1 ( 1 Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development, 2 Indoneisan Agricultural Environment Research Institute) Characterization of Profenofos Degrading Bacteria J. AgroBiogen Juni 2018, vol. 14 no. 1, p Bioremediation is an inexpensive, easy, and safe technology to rehabilitate agricultural land which is highly polluted with pesticides. The aims of this study were to isolate and characterize profenofos degrading bacteria isolated from Pangalengan soils. The isolation step was carried out by using spread plate method on Nitrate Mineral Salts (NMS) medium containing 100 ppm profenofos. The isolates were selected based on hypersensitive response (HR) and hemolytic test, and ability of the isolates to use and degrade profenofos. The selected isolates were characterized based on the sequence of 16 rrna and detection of the α and β subunits of terminal deoxygenase and naphtalene dioxygenase encoded genes. Three isolates (CN26, CN44, and CN86), which could use profenofos as the exclusive C source, could degrade more than 86.75% profenofos containing growth medium. Based on the 16S rrna sequences, the three isolates were closely related to Stenotrophomonas maltophilia (99%), Comamonas terrigena (99%), and Pseudomonas sp. (80%). Pseudomonas CN44 consistenly showed high profenofos degradation activity of up to 91.2% when grown on NMS medium (ph 6.8) for 72 hours. β subunit dioxygenase encoding gene of the isolates were detected using primers Rf2-F/Rf2-R, but optimation of PCR is still needed to detect the α subunit of the gene. Naphtalene dioxygenase gene was detected only from Pseudomonas CN44 using the primer pair 301f/1099r. Based on its biodegradation capability and molecular characteristics, Pseudomonas CN44 is very potential to be developed as a bioremediating agent of profenofos Keywords: Bacteria, insecticide degradation, profenofos, dioxygenase Dwi N. Susilowati 1 dan Untung Haryono 2 ( 1 Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development, 2 University Pakuan) Growth Inhibition of Aspergillus spp. by Endophytic Bacteria J. AgroBiogen Juni 2018, vol. 14 no. 1, p Aspergillus spp. (A. niger, A. flavus, and A. fumigatus) contaminate food commodities through production of secondary metabolites (mycotoxins) and aspergillosis, and thus pose severe hazard to human and animal health. Hence, the inhibition of mycotoxin-producing fungi on agricultural storage commodities needs to be considered. The aims of this study were to evaluate endophytic bacteria isolated from rice tissues that inhibit Aspergillus spp. growth, as well as to characterize the selected isolates morphologically and biochemically. Dual culture and disk diffusion method tests on 155 endophytic bacteria obtained three isolates, i.e. FB-Endo 65, FB-Endo 73, and FB-Endo 95, which showed inhibition zone from 13 to 17 mm against Aspergillus spp. growth. The inhibition zone and quantity of antifungal compounds increased positively with the length of incubation periods from 0 to 6 days. Antifungal compounds from the three isolates were insoluble in ethyl acetate, but soluble in methanol. The methanol soluble substance(s) from FB-Endo 73 showed higher inhibition zone than that of the other isolates. This result indicated

7 2018 Indeks Abstrak Bahasa Inggris that all three isolates produced strong antifungal activity. Morphological and biochemical identifications of the isolates revealed that all isolates belonged to the genus Bacillus sp. Further studies include identification and production methods of antifungal compounds of those endophytic bacteria and their application on stored seeds. Keywords: Endophytic bacteria, antifungal, Aspergillus niger, Aspergillus fumigatus, Aspergillus flavus Aniversari Apriana 1, Atmitri Sisharmini 1, Hajrial Aswidinnoor 2, Kurniawan R. Trijatmiko 1, dan Sudarsono 2 ( 1 Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development, 2 Plant Breeding and Biotechnology Study Program, Department of Agronomy and Horticulture, Bogor Agricultural Institute) Construction and Transient Expression of Chimeric Cassettes Containing CaMV 35S or OsAER1 Promoter and GUS Gene Fusion in Tobacco J. AgroBiogen Juni 2018, vol. 14 no. 2, p Reporter gene assays are commonly used to study the expression pattern of a gene and the promoter activity. The aims of this study were to assemble the chimeric gene constructs consisting of CaMV 35S promoter or OsAER1 gene promoter connected to the β-glucuronidase (GUS) reporter gene encoding the β-glucuronidase enzyme and to obtain an efficient method for Agrobacterium tumefaciensmediated transient transformation of tobacco sprouts. The CaMV 35S promoter fragment reamplified from pcambia1301 binary vector and the OsAER1 gene promoter fragment amplified from rice cv. Awan Kuning were ligated into pcambia1300int::gus::tnos to produce binary vectors pcambia1300int::p35s::gus::tnos and pcambia1300int ::prosaer1::gus::tnos. The vectors were used for transient transformation of a 5-day old tobacco seedling. Transient transformation was carried out using two bacterial cultures with densities of OD600 = 0.5 and OD600 = 1.0 combined with a vacuum treatment for 15 and 30 minutes each. Tobacco seedlings transformed with pcambia1300int ::p35s::gus::tnos showed higher transformation efficiency as compared to the ones transformed with pcambia1300int ::prosaer1::gus::tnos. A higher efficiency was obtained from transformation using bacterial culture with density of OD600 = 0.5 in combination with a vacuum treatment for 30 minutes. Expression of GUS gene in the tobacco sprouts transformed with CaMV 35S promoter construct was observed throughout the sprouts tissues (root, hypocotyl, cotyledon, and leaf), whereas expression of GUS gene was observed in root, hypocotyl, and cotyledon, but not in leaf on tobacco sprouts transformed with OsAER1 promoter construct. These results indicate that the transient transformation is a quick and simple method for testing the expression of a chimeric gene construct. Keywords: GUS gene, tobacco, transient transformation, gene expression Lina Herlina 1, Reflinur 1, Kristianto Nugroho 1, Rerenstradika T. Terryana 1, Sobir 2, Awang Maharijaya 2, and Suryo Wiyono 3 ( 1 Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development, 2 Department of Agriculture and Horticulture, Faculty of Agriculture, Bogor Agricultural University, 3Department of Plant Protection, Faculty of Agriculture, Bogor Agricultural University) Genetic Diversity Analysis Using Resistance Gene Analog- Based Markers to Support Morphological Characterization of Shallots J. AgroBiogen Juni 2018, vol. 14 no. 2, p Shallot (Allium cepa var. aggregatum) is one of the most important vegetable crops grown in Indonesia. The limited knowledge available on the genetic diversity and the threat of plant disease have been major problems to maintain high shallot production in Indonesia. Development of molecular markers linked to disease resistance is required for molecular breeding activity in this crop. This study aimed to assess the genetic diversity at conserved domain of resistance gene analog (RGA) in a set of 36 Indonesian shallot genotypes to complement morphological characterization. Twelve morphological and fifteen molecular markers traits were investigated in an attempt to characterize and to discriminate the Indonesian shallots genotypes. Characterization at morphological level indicated that phenotypic variance was highest for total bulb weight (TWB, cv = 99.39%) and the least for the plant height (PH, cv = 28.16%). The correlation analysis between traits showed that TWB and number of bulb (NB), TWB and bulb weight per plant (WB), NB and WB, and WB and PH were positively correlated. Molecular analysis revealed a total of 1,512 alleles with an average of alleles per locus. The Polymorphism Information Content (PIC) values ranged from to and six out of 15 RGA markers were highly informative with PIC values Based on cluster analysis, the 36 Indonesian shallot genotypes were clearly discriminated into six major groups. These results revealed that the RGA-based markers could support the morphological characterization in evaluating the genetic diversity ofshallots. Keywords: Allium cepa, Fusarium, genetic diversity, resistance gene

8 112 4 JURNAL AGROBIOGEN VOL. 14 NO. 2, DESEMBER 2018 Muhamad Yunus, Diani Damayanti, Ahmad Dadang, Ahmad Warsun, Dani Satyawan, Kusumawaty Kusumanegara, Iswari Saraswati Dewi, Sutrisno, dan Bahagiawati Amir Husin (Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development) Mapping of Resistance Genes to Brown Planthopper in Untup Rajab, an Indonesian Local Rice Variety J. AgroBiogen December 2018, vol. 14 no. 2, p Brown planthopper (BPH) is a major rice pest in Indonesia. The most economical and effective approach to control the insect pest is by using resistant varieties. Exploring for resistance genes is, therefore, a prerequisite for effective breeding program for BPH resistance. This study aimed to map BPH resistance genes in Untup Rajab, an Indonesian local rice variety. Genetic map was constructed using an F 2 population from a cross between TN-1 and Untup Rajab, and SNP markers from RiceLD SNP Chip. Phenotyping was performed using bulk seedling test on F 2:3 seedlings against two BPH populations, i.e. X1 and S1. Four QTLs were identified on chromosomes 5, 6, 8, and 11 with PVE values of 7.63%, 9.40%, 17.66%, and 3.05%, respectively. Relatively normal distribution of resistance phenotype and the relatively low PVE values indicate that Untup Rajab has a quantitative resistance to BPH with two different resistance loci identified for each BPH test population. The QTL on chromosome 8 overlaps with OsHI-LOX gene, which is associated with resistance to BPH, and adjacent to another QTL for resistance to green leafhopper. The QTL on chromosome 6 was found near OsPLDα4 and OsPLDα5 genes which are related to BPH resistance. Meanwhile, the QTL intervals on chromosome 5 and 11 did not overlap with any known BPH QTLs or genes, which make them attractive candidates for novel BPH resistance gene discovery Keywords: Rice, tungro, RTBV, genetic diversity, ORF2 1 Chaerani, 2 Heri Prabowo, 2 I.G.A.A. Indrayani ( 1 Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development, 2 Indonesian sweetener and Fiber Corps Research Institute) Isolation and Molecular Identification of Entomopathogenic Nematodes J. AgroBiogen December 2018, vol. 14 no. 2, p Entomopathogenic nematode (EPN) of the families Steinernematidae and Heterorhabditidae is one of the best biological control agents of insect pests. Native isolates maybe more efficacious in controlling insect pests than imported ones because they have adapted to local environment. This study aimed to isolate and identify both nematode families from East Java and Bali using DNA analysis. Sixty eight soil samples obtained from sandy soils in sixteen sites of coastal regions and agricultural fields were tested for the presence of nematodes by baiting method with mealworm larvae (Tenebrio molitor). Five Heterorhabditis and two Steinernema were recovered from 7 soil samples (10% of total samples) of 7 sites (44% of total sites). Sequence analysis of internal transcribed spacer (ITS) 1 and 2 regions of ribosomal DNA revealed that all Heterorhabditis belonged to indica species, with % nucleotide sequence similarities to published sequences. One of the Steinernema isolates had infective juveniles with short body length (mean 456 µm and range µm) and shared 99% nucleotide similarity to the sequence of S. huense, a member of carpocapsae group. The other Steinernema isolate (DKS1) showed longer body length of infective juveniles (mean 672 µm and range µm) and shared 95% nucleotide similarity to the sequence S. pakistanense, which belongs to bicornutum group. More detailed studies with respect to morphology are required for species confirmation of DKS1 isolate. Further exploration into diverse habitat will likely to result in more previously unrecorded EPN species in Indonesia. Keywords: Heterorhabditis, Steinernema, internal transcribed spacer Nurul Hidayatun, Joko Prasetiyono, (Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development) Effect of Introgression of Pup1 Locus on Rice Seedling under Phosphorus Deficiency J. AgroBiogen December 2018, vol. 14 no. 2, p The lack of soil-phosphorus (P) element will result in plant growth retardation. Plants could survive in P deficiency stress by increasing the ability of P uptake or by increasing the efficiency in the P utilization. The aims of this study were to understand genetic composition of rice genotypes possessing Pup1 locus and to know root and leaf growth responses at different P availability condition. The three rice genotypes (IR74, IR74-Pup1, and Kasalath) were analyzed for their genetic composition using SNP markers. The phenotypic experiment was arranged using a Completely Randomized Design with four replications and performed hydroponically in nutrient solution with different availability of P. The result showed that IR74-Pup1 had 84.4% similarities to its parent (IR74) with 13.6% of donor segments, where the Pup1 locus located. The influence of Pup1 locus introgression on total length, surface area, diameter, and volume of the root varied at each growth stage. IR74 and IR74-Pup1 had root and leaf growth restriction on low P, but Pup1 locus introgression showed better growth performance, both in normal P and in low P conditions. The introgression of Pup1 locus increases plant ability to reduce the impact of growth inhibition caused by P deficiency. Keywords: Rice, P deficiency, Pup1 locus, hydroponic screening, SNP marker.

9 2018 Indeks Penulis/Author Index Jurnal AgroBiogen Indeks Penulis/Author Index Vol. 14 No. 1, Juni 2018 Akhdiya, A. Karakterisasi Bakteri Pendegradasi Profenofos 14(1): Apriana, A. Konstruksi dan Transformasi Gen OsERA1 ke Vektor Ekspresi serta Respon Tanaman Padi Transgenik Nipponbare OsERA1 terhadap Cekaman Kekeringan 14(1): Haryono, U. Penghambatan Pertumbuhan Aspergillus spp. oleh Bakteri Endofit 14(1): Hidayatun, N. Analisis Diversitas Genetik 53 Genotipe Padi Indonesia Menggunakan 6K Marka Single Nucleotide Polymorphism 14(1):1 10 Lestari, P. Genetic Diversity Analysis and F 2 Population Development for Breeding of Long Juvenile Trait in Soybean 14(1): Mastur. Genetic Diversity Analysis and F 2 Population Development for Breeding of Long Juvenile Trait in Soybean 14(1): Nugroho, K. Genetic Diversity Analysis and F 2 Population Development for Breeding of Long Juvenile Trait in Soybean 14(1): Nugroho, K. Karakterisasi Bakteri Pendegradasi Profenofos 14(1): Prasetiyono, J. Analisis Diversitas Genetik 53 Genotipe Padi Indonesia Menggunakan 6K Marka Single Nucleotide Polymorphism 14(1):1 10 Purwaningdyah, R. Genetic Diversity Analysis and F 2 Population Development for Breeding of Long Juvenile Trait in Soybean 14(1): Samudra, I.M. Karakterisasi Bakteri Pendegradasi Profenofos 14(1): Santoso, T.J. Konstruksi dan Transformasi Gen OsERA1 ke Vektor Ekspresi serta Respon Tanaman Padi Transgenik Nipponbare OsERA1 terhadap Cekaman Kekeringan 14(1): Satyawan, D. Genetic Diversity Analysis and F 2 Population Development for Breeding of Long Juvenile Trait in Soybean 14(1): Sisharmini, A. Konstruksi dan Transformasi Gen OsERA1 ke Vektor Ekspresi serta Respon Tanaman Padi Transgenik Nipponbare OsERA1 terhadap Cekaman Kekeringan 14(1): Sulaeman, E. Karakterisasi Bakteri Pendegradasi Profenofos 14(1): Susilowati, D.N. Penghambatan Pertumbuhan Aspergillus spp. oleh Bakteri Endofit 14(1): Tasliah. Analisis Diversitas Genetik 53 Genotipe Padi Indonesia Menggunakan 6K Marka Single Nucleotide Polymorphism 14(1):1 10 Tasma, I.M. Genetic Diversity Analysis and F 2 Population Development for Breeding of Long Juvenile Trait in Soybean 14(1): Trijatmiko, K.R. Genetic Diversity Analysis and F 2 Population Development for Breeding of Long Juvenile Trait in Soybean 14(1): Trijatmiko, K.R. Konstruksi dan Transformasi Gen OsERA1 ke Vektor Ekspresi serta Respon Tanaman Padi Transgenik Nipponbare OsERA1 terhadap Cekaman Kekeringan 14(1): Wartono. Karakterisasi Bakteri Pendegradasi Profenofos 14(1): Yani, N.P.M.G. Genetic Diversity Analysis and F 2 Population Development for Breeding of Long Juvenile Trait in Soybean 14(1): Vol. 14 No. 2, Desember 2018 Apriana, A. Konstruksi dan Ekspresi Transien Kaset Kimera yang Mengandung Fusi Promotor CaMV 35S atau OsAER1 dan Gen GUS pada Tembakau 14(2): Aswidinnoor, H. Konstruksi dan Ekspresi Transien Kaset Kimera yang Mengandung Fusi Promotor CaMV 35S atau OsAER1 dan Gen GUS pada Tembakau 14(2): Chaerani. Isolation and Molecular Identification of Entomopathogenic Nematodes (Steinernema and Heterorhabditis) from East Java and Bali 14(2): Dadang, A. Pemetaan Gen Ketahanan terhadap Wereng Damayanti, D. Pemetaan Gen Ketahanan terhadap Wereng Dewi, I.S. Pemetaan Gen Ketahanan terhadap Wereng Herlina, L. Genetic Diversity Analysis Using Resistance Gene Analog-Based Markers to Support Morphological Characterization of Shallots 14(2): Hidayatun, N. Pengaruh Introgresi Lokus Pup1 terhadap Pertumbuhan Bibit Padi pada Kondisi Kahat Fosfor 14(2): Husin, B.A. Pemetaan Gen Ketahanan terhadap Wereng Indrayani, I.G.A.A. Isolation and Molecular Identification of Entomopathogenic Nematodes (Steinernema and Heterorhabditis) from East Java and Bali 14(2): Kusumanegara, K. Pemetaan Gen Ketahanan terhadap Wereng Batang Cokelat pada Untup Rajab, Varietas Padi Lokal Maharijaya, A. Genetic Diversity Analysis Using Resistance Gene Analog-Based Markers to Support Morphological Characterization of Shallots 14(2):65 74.

10 114 2 JURNAL AGROBIOGEN VOL. 14 NO. 2, DESEMBER 2018 Nugroho, K. Genetic Diversity Analysis Using Resistance Gene Analog-Based Markers to Support Morphological Characterization of Shallots 14(2): Prabowo, H. Isolation and Molecular Identification of Entomopathogenic Nematodes (Steinernema and Heterorhabditis) from East Java and Bali 14(2): Prasetiyono, J. Pengaruh Introgresi Lokus Pup1 terhadap Pertumbuhan Bibit Padi pada Kondisi Kahat Fosfor 14(2): Reflinur. Genetic Diversity Analysis Using Resistance Gene Analog-Based Markers to Support Morphological Characterization of Shallots 14(2): Satyawan, D. Pemetaan Gen Ketahanan terhadap Wereng Sisharmini, A. Konstruksi dan Ekspresi Transien Kaset Kimera yang Mengandung Fusi Promotor CaMV 35S atau OsAER1 dan Gen GUS pada Tembakau 14(2): Sobir. Genetic Diversity Analysis Using Resistance Gene Analog-Based Markers to Support Morphological Characterization of Shallots 14(2): Sudarsono. Konstruksi dan Ekspresi Transien Kaset Kimera yang Mengandung Fusi Promotor CaMV 35S atau OsAER1 dan Gen GUS pada Tembakau 14(2): Sutrisno. Pemetaan Gen Ketahanan terhadap Wereng Terryana, R.T. Genetic Diversity Analysis Using Resistance Gene Analog-Based Markers to Support Morphological Characterization of Shallots 14(2): Trijatmoko, K.R. Konstruksi dan Ekspresi Transien Kaset Kimera yang Mengandung Fusi Promotor CaMV 35S atau OsAER1 dan Gen GUS pada Tembakau 14(2): Warsun, A. Pemetaan Gen Ketahanan terhadap Wereng Wiyono, S. Genetic Diversity Analysis Using Resistance Gene Analog-Based Markers to Support Morphological Characterization of Shallots 14(2): Yunus, M. Pemetaan Gen Ketahanan terhadap Wereng

11 2018 Indeks Subjek Volume 14, Jurnal AgroBiogen Indeks Subjek Volume 14, 2018 Keragaman Genetik 1, 65 Indica 1 Japonica 1 Juvenil Panjang 11 Kedelai 11 Diversitas Genetik 11 Marka SSR 11 Populasi F 2 11, 77 Oryza Sativa L. 23 OsERA1 23 Toleran Kekeringan 23 Vektor Ekspresi 24 Kloning Gen 25 Padi Transgenik 32 PCR 34 Profenofos 37 Karakterisasi 37 Dioksigenase 37 Degradasi Insektisida 37 Bakteri 37 Identifikasi Isolat 39 Molekuler 42 Aspergollus spp. 47 Bakteri Endofit 47 Gen GUS 55 Tembakau 55 Transien Transformasi 55 Pengujian Histokimia 60 Wereng Batang Cokelat 75 Padi Lokal Indonesia 75 Varietas Padi Lokal 75 Isolasi DNA 77 Virulensi 78 Marka SNP 79, 97 Lokus Pup1 97 Kahat P 97

12 PEDOMAN BAGI PENULIS JURNAL AGROBIOGEN semula bernama Buletin AgroBio yang diterbitkan pada tahun 1996 hingga Sejak tahun 2005, Buletin AgroBio berubah menjadi Jurnal AgroBiogen seiring dengan perubahan Balitbio menjadi Balitbiogen dan BB Biogen. Jurnal ini memuat artikel primer dan tinjauan hasil penelitian bioteknologi dan sumber daya genetika tanaman, serangga, dan mikroba pertanian. Naskah yang diterima berupa hasil penelitian lengkap atau tinjauan yang belum pernah dipublikasi. Terbit dua kali setahun pada bulan Juni dan Desember oleh Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian. Jurnal ini telah mendapat akreditasi ulang ketiga pada tanggal 15 April BAHASA Jurnal memuat karangan berbahasa Indonesia atau berbahasa Inggris. Pemakaian istilah mengikuti Pedoman Pusat Pembinaan dan Pengembangan Bahasa ( sites/default/files/pedoman_umum-ejaan_yang_disempurnakan.pdf). BENTUK NASKAH Naskah diketik pada Microsoft Office Word, dua spasi, tipe huruf Times New Roman 12, dan dicetak satu muka pada kertas berukuran A4. Batas pinggir kertas 3 cm (dari atas, bawah, dan kanan) dan 4 cm (dari kiri). Panjang naskah tidak melebihi 20 halaman, termasuk tabel dan gambar. Naskah primer disusun dalam urutan: judul, nama penulis, nama dan alamat instansi, abstrak, pendahuluan, bahan dan metode, hasil dan pembahasan, kesimpulan, ucapan terima kasih, serta daftar pustaka. Naskah tinjauan disusun seperti naskah primer tanpa bahan dan metode serta hasil dan pembahasan. Naskah dikirim secara online melalui alamat: JUDUL NASKAH ditulis dalam bahasa Indonesia dan Inggris, hendaknya singkat (<14 kata) dan mampu menggambarkan isi pokok tulisan. Karakter pada setiap awal kata (kecuali kata depan) ditulis dengan huruf besar. ABSTRAK ditulis dalam bahasa Indonesia dan bahasa Inggris, dua spasi, tidak lebih dari 250 kata yang dituangkan dalam satu alinea. Abstrak makalah primer merupakan intisari dari seluruh tulisan yang meliputi masalah, tujuan, bahan dan metode, hasil dan pembahasan, serta kesimpulan penelitian. Abstrak makalah tinjauan mencakup latar belakang masalah, alasan pentingnya tinjauan dibuat, tujuan, dan dampak yang diharapkan. KATA KUNCI terdiri atas 3 5 kata atau gugus kata yang menggambarkan isi. PENDAHULUAN naskah primer mencakup latar belakang masalah, hasil penelitian terdahulu yang akan disanggah atau dikembangkan, dan tujuan penelitian. Naskah tinjauan mencakup latar belakang masalah, alasan pentingnya tinjauan dibuat, tujuan dan dampak yang diharapkan. BAHAN DAN METODE berisi penjelasan mengenai bahan, alat, dan metode. Metode yang sudah baku cukup merujuk pustaka acuan, sedangkan metode baru atau modifikasi dijelaskan secara rinci. HASIL DAN PEMBAHASAN dikemukakan secara jelas, bila perlu disertai dengan tabel, ilustrasi (grafik, diagram, gambar, dan foto). Informasi yang telah dijelaskan dengan tabel dan ilustrasi tidak perlu diulang dengan uraian panjang-lebar dalam teks. Pembahasan hendaknya memuat analisis tentang hasil-hasil penelitian yang telah diperoleh, bagaimana penelitian dapat memecahkan masalah, perbedaan/persamaan dengan hasilhasil penelitian terdahulu, serta kemungkinan pengembangannya. KESIMPULAN berisi hal-hal penting dari hasil dan pembahasan penelitian yang selaras dengan judul dan tujuan penelitian, sedangkan untuk naskah tinjauan diakhiri dengan rangkuman isi naskah. UCAPAN TERIMA KASIH disampaikan kepada penyandang dana dan/atau pihak-pihak yang terlibat dalam penelitian atau penyusunan naskah. DAFTAR PUSTAKA cara penulisan mengacu pada penulisan pustaka yang baku (Harvard style), disusun secara alfabetis menurut nama penulis. Kutipan naskah menggunakan nama penulis dan tahun terbit. Secara umum, setiap pustaka terdiri atas nama penulis, tahun, judul, penerbit, dan nomor halaman. Pustaka yang dijadikan bahan kajian dibatasi pada judul yang relevan dengan topik tulisan. Jenis pustaka yang diacu mencakup 80% artikel primer 10 tahun terakhir. Jumlah pustaka untuk naskah primer dan tinjauan masingmasing minimal 15 pustaka dan 25 pustaka. Beberapa contoh penulisan sumber acuan sebagai berikut:

13 Jurnal Lemmon, H. (1986) Comax: An expert system for cotton crop management. Science, 233, Lyle, W.M. & Bordovsky, J.P. (1995) LEPA corn irrigation with limited water supplies. Transactions of the American Society of Agricultural Engineers, 38, Septiningsih, E.M., Pamplona, A.M., Sanchez, D.L., Neeraja, C.N., Vergara, G.V., Heuer, S., Ismail, A.M. & Mackill, D.J. (2009) Development of submergence-tolerant rice cultivars: The Sub1 locus and beyond. Annals of Botany, 103, Tasliah, Mahrup, & Prasetiyono, J. (2013) Identifikasi molekuler hawar daun bakteri (Xanthomonas oryzae pv. oryzae) dan uji patogenisitasnya pada galur-galur padi isogenik. Jurnal AgroBiogen, 9 (2), Buku (termasuk warta dan laporan) Steel, R.G.D. & Torrie, J.H. (1980) Principles and procedures of statistics: A biometrical approach. 2 nd ed. New York, McGraw-Hill. Tasma, I.M. (2014) Single nucleotide polymorphism (SNP) sebagai marka DNA masa depan. Warta Biogen, 10 (3), Sutoro, Ambarwati, D., Listanto, E., Budiarti, S.G., Hadiatmi, Setyowati, M., Slamet & Sustiprijatno (2011) Pembentukan lima galur jagung transgenik dan evaluasi 30 galur hibrida jagung efisien pupuk N produktivitas tinggi dan umur genjah <85 hari. Laporan Hasil Penelitian Bogor, BB Biogen. Prosiding Bahagiawati (2009) Bioetika: Konservasi serangga dan tanaman transgenik tahan hama. Dalam: Machmud, M., Setiadi, B. & Sutrisno (editor) Prosiding Seminar Nasional Bioetika Pertanian. Bogor, Mei Jakarta, Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian bekerjasama dengan Kedeputian Bidang Dinamika dan Masyarakat Kementerian Negara Riset dan Teknologi dan Komisi Bioetika Nasional. hlm Golding, K.A., Davidson, D.A. & Wilson, C.A. (2010) Micromorphological evidence for the use of urban waste as a soil fertiliser in and near to historic Scottish towns. In: Gilkes, R.J. & Prakongkep, N. (eds.) Soil solutions for a changing world. Proceedings of the 19th World Congress of Soil Science. Australia, Brisbane. pp [Online] Available from: [Accessed 3 January 2012]. Skripsi/Tesis/Disertasi Prasetiyono, J. (2010) Studi efek introgresi Pup1 (P Uptake1) untuk meningkatkan toleransi padi terhadap defisiensi fosfor. Disertasi S3, Institut Pertanian Bogor. Informasi dari Internet Badan Pusat Statistik (2009) Produksi sayuran Indonesia. [Online] Tersedia pada: bps.go.id/tab_sub/view.php?tabel= 1&daftar=1&id_subjek=55&notab=15 [Diakses 17 Mei 2010].

14 Ucapan Terima Kasih Dewan Redaksi Jurnal AgroBiogen mengucapkan terima kasih atas partisipasi sebagai Mitra Bebestari pada penerbitan Jurnal AgroBiogen Tahun 2018 Dr. Dani Satyawan Bioteknologi Pertanian, Balai Besar Penelitian Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian Dr. A. Dinar Ambarwati Bioteknologi Pertanian, Balai Besar Penelitian Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian Prof. Dr. Supriadi, M.Sc. Proteksi Tanaman, Balai Penelitian Tanaman Rempah dan Obat Prof. (Riset) Dr. Bahagiawati Bioteknologi Pertanian, Balai Besar Penelitian Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian Dr. Puji Lestari Bioteknologi Pertanian,Balai Besar Penelitian Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian Dr. Heru Kuswantoro, SP., MP. Pemuliaan dan Genetika Tanaman, Balai Penelitian Aneka Kacang dan Umbi

15