SISTEMATIKA DAN FILOGENETIKA MOLEKULER Topik Hidayat* Adi Pancoro** *Jurusan Pendidikan Biologi, FPMIPA, UPI **Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati, ITB
Sistematika? Sistematika adalah ilmu tentang keanekaragaman hayati yang terdapat di bumi dan sejarah evolusi mereka Tujuan utama sistematika: - menemukan, mendeskripsi dan memberi nama - mendokumentasi perubahan yang terjadi selama evolusi dalam rangka menyusun sistem klasifikasi (Systematics Agenda 2000) Tugas penting sistematika adalah merekonstruksi hubungan evolusi dari kelompok organisme
Praktek sistematika (1) Sistematika Fenetika Kladistika/Filogenetika Molekul Non-molekul Rekonstruksi hubungan filogenetika Distance Method Character based Method Parsimony Likelihood Bayesian
Praktek sistematika (2) Pohon molekul Pohon non-molekul Pohon gabungan (Total evidence)
Praktek sistematika (3) apomorfik sinapomorfik Monophyletic group plesiomorfik outgroup Sistem Klasifikasi Filogenetika
Mencari karakter Organ vegetatif Organ reproduktif Metabolit sekunder Kromosom Isozymes Makromolekul (DNA) etc
Filogenetika molekuler? Filogenetika molekuler adalah studi tentang hubungan evolusi di antara organisme biologi yang dihasilkan dari sebuah kombinasi antara biologi molekuler (penggunaan data molekuler yang melibatkan teknik molekuler) dan teknikteknik statistik.
Mengapa DNA? Unit dasar informasi yang mengkode organisme Menyediakan banyak karakter Tingkat homologi yang lebih baik Hubungan filogenetika yang lebih natural
Sumber DNA dan metode (1) Sumber DNA: - Inti - Kloroplas - Mitokondria Metode: - Analisis restriksi - Sikuensing Pemilihan karakter DNA dan metode tergantung masalah filogenetika yang ingin dipecahkan
matk: Sumber DNA dan metode (2) 5 trnk exon intron OMAT1F OMAT396F OMAT841F matk OMAT2R OMAT3R trnk-2r 3 trnk exon intron Kurang lebih 1,560 bp ITS: Nuclear ribosomal DNA 17SE NTS ETS 18S ITS-1 5.8S ITS-2 26S Kurang lebih 700 bp 26SE ITS region
Memilih karakter DNA (1) DNA kloroplas: - Single gene (Ortologi) - Handling mudah - Lestari (konservatif) - Klasifikasi mayor DNA inti: - Family gene (Paralogi) - Handling relatif mudah - Polimorfik dan lestari (konservatif) - Klasifikasi minor
Memilih karakter DNA (2) DNA mitokondria: - Single gene (Ortologi) - Handling relatif sulit (penggunaan terbatas pada tumbuhan) - Lestari (konservatif) - Klasifikasi mayor
Beberapa asumsi Ada sejumlah asumsi dalam menggunakan data molekuler (sikuen DNA atau protein): - Berasal dari sumber yang spesifik - Bersifat homolog - Memiliki sejarah evolusi yang sama - Berkembang secara bebas
Analisis Filogenetik Molekuler (1) Tahap-tahap analisis: Download sikuen (optional) Edit sikuen Alignment (Uji homologi) Rekonstruksi pohon filogenetika - Distance Method (DM) - Likelihood Method (LM) - Parsimony Method (PM) - Bayesian Method (BM)
Analisis Filogenetik Molekuler (2) Evaluasi pohon filogenetika - Interior Branch Test (IB) - Felsenstein`s Bootstrap Test (FB) *Pencuplikan secara acak *Replikasi *Konsensus
Analisis Filogenetik Molekuler (3) DM : perbedaan basa menunjukkan jarak evolusi; pohon filogenetika dibangun berdasarkan jarak atau perbedaan tersebut. LM-----BM : proses evolusi dianggap sebagai sebuah probabilitas dari perubahan basa nukleotida yang berlangsung secara bebas dan sebanding.
Parsimoni (1) Identifikasi pohon filogenetika yang membutuhkan jumlah perubahan (evolusi) terkecil. a. ATATT b. ATCGT c. GCAGT d. GCCGT A A A G G G A A G A G G 1 perubahan 5 perubahan
Parsimoni (2) Sebuah karakter disebut informatif jika terdapat 2 atau lebih state yang berbeda, dan masing-masing state tersebut terdapat pada 2 atau lebih sikuen/gen/organisme yang sedang diuji. a. ATATT b. ATCGT c. GCAGT d. GCCGT Karakter 1, 2 dan 3 adalah informatif
Perangkat lunak Yang sering digunakan: PAUP (Parsimoni) MrBayes