VIRUS a. Sifat Umum Virus Virus adalah agen penyebab infeksi yang berukuran paling kecil (diameter berkisar 20 nm sampai sekitar 300 nm). Genom virus hanya mengandung satu jenis asam nukleat (RNA atau RNA). Asam nukleat dibungkus dalam selubung protein, yang dikelilingi oleh mebran yang mengandung lipid. Seluruh unit infeksius disebut virion. Virus bersifat inert dalam lingkungan ekstraseluler, virus hanya bereplikasi dalam sel yang hidup, menjadi parasit pada tingkat genetik. Asam nukleat virus mengandung informasi penting untuk memerintahkan sel penjamu yang terinfeksi agar menyintesis makromolekul spesifik virus yang diperlukan untuk produksi turunan virus. Selama siklus replikatif, dihasilkan banyak salinan asam nukleat virus dan protein selubung. Protein selubung menyatu membentuk kapsid, yang membungkus dan menstabilkan asam nukleat virus terhadap lingkungan ekstraseluler dan mempermudah pelekatan dan penetrasi virus ketika berkontak dengan sel-sel rentan yang baru. Infeksi virus mungkin sedikit atau tidak mempunyai efek pada sel penjamu atau dapat menyebabkan kerusakan atau kematian sel. b. Istilah dan Definisi dalam Virologi 1. Kapsid : selubung protein atau lapisan yang menyelubungi genom asam nukleat. 2. Kapsomer : unit morfologi yang terlihat pada mikroskop elektron di permukaan partikel virus ikosahedral. Kapsomer merupakan sekelompok polipeptida, tetapi unit-unit morfologi tidak perlu sesuai dengan sifat kimia unit struktur. 3. Virus defektif : partikel virus yang kurang berfungsi pada beberapa aspek replikasi. 4. Selubung (envolepe) : membran yang mengandung lipid yang mengelilingi beberapa partikel virus. Selubung tersebut diperoleh selama maturasi virus dengan proses budding suatu proses reproduksi aseksual melalui membran sel. Glikoprotein yang dikode virus terpajan pada permukaan selubung. Proyeksi tersebut disebut peplomer.
5. Nukleokapsid : protein dasar yang membangun cetakan lapisan. Unit tersebut biasanya merupakan kumpulan dari suatu unit yang tidak identik. Unit struktural sering disebut sebagai protomer. 6. Subunit : rantai polipeptida viral berlipat tunggal. 7. Virion : partikel virus lengkap. Pada viral yang berlipat tunggal. (misal : Papilovirus, Picornavirus), virion identik dengan nukleokapsid. Pada virion yang lebih kompleks (Herpesvirus, Ortomyxovirus), termasuk nukleokapsid ditambah selubung sekitar. Struktur tersebut, virion berperan untuk memindahkan asam nukleat virus dari satu sel ke sel lain. c. Klasifikasi Virus 1. Dasar klasifikasi Sifat berikut telah digunakan sebagai dasar untuk klasifikasi virus. Jumlah informasi yang tersedia pada setiap klasifikasi virus. Cara virus digolongkan berubah secara cepat. Skuens genom sekarang sering dilakukan dini dalam idenditifikasi virus, dan perbandingan data dasar menyingkirkan kebutuhan untuk mendapatkan data yang lebih klasik (densitas ringan virion, dll). Data sekuens genomik adalah kriteria taksonomik yang berkembang (misal, ordo gen) dan dapat memberikan dasar bagi idendifikasi famili virus baru. Beberapa dasar klasifikasi virus yaitu morfologi virion, sifat genom virion, sifat fisiokimia virion, sifat protein virus, susunan dan replikasi genom, sifat antigenik, sifat biologi. 2. Sistem universal taksonomi virus Dalam setiap famili, subdivisi yang disebut genus biasanya didasarkan pada perbedaan fisikokimia atau serologi. Kriteria yang di gunakan untuk menjelaskan genus bervariasi diantara famili-famili. Nama genus ditandai dengan akhiran-virus. Pada empat famili (Poxviridae, Herpesviridae, Parvoviridae, Paramyxoviridae ), pengelompokan yang lebih besar yang disebut subfamili telah diterangkan, menggambarkan kompleksitas hubungan diantara sejumlah virus. Ordo virus dapat digunakan mengelompokan famili-famili virus yang mempunyai ciri khas umum yang sama. Saat ini, satu ordo saja yang telah di definisikan Mononegavirales, meliputi famili Filoviridae, Paramyxoviridae, dan Rhabdoviridae.
Pada tahun 2000, International Committe on Taxonomy of Virusses telah menyusun lebih dari 4000 virus hewan dan tanaman 56 famili, 9 subfamili, dan 233 genus, dengan ratusan virus masih belum ditetapkan. Akhir-akhir ini, 24 famili merupakan virus yang mengimfeksi manusia dan hewan.
BAKTERI Morfologi Bakteri Morphologi yaitu bentuk luar,yg dapat diamati langsung. Menurut pendapat Anthoni Van Leuwenhoek, bentuk bakteri adalah seperti tongkat (Bacill). Kenyataannya bentuk dasar bakteri adalah : Bacill; Coccus dan Vibrio(koma) dengan variasi bentuk masing-masing. Bakteri bentuk Bacill/batang yg hidup soliter disebut Bacillus. Bacillus berbagai macam : ada yg ujungnya tumpul, rata,seperti kulit kacang tanah,runcing. Bila formasinya dua-dua disebut Diplobacil. Bila formasinya seperti rantai disebut Streptobacill. Bila bentuknya selembar disbt filament. Bila kedua ujungnya tajam seperti jarum dsbt : Fusiformis.,dan lain sebagainya. Bentuk Bacil pendek,dan tampak seperti coccus tapi tidak,disebut Coccobacil/ Coccoid. Bentuk Coccus yang soliter, sendiri-sendiri. Bentuk Coccus dengan variasi dua-dua disebut Diplococcus, dengan berbagai formasi. Bentuk Coccus empat-empat seperti persegi disebut Tetrad/Gaffkya. Bentuk Coccus, delapandelapan seperti kubus disebut Sarcina. Bentuk coccus seperti rantai disebut Streptococcus. Bentuk Coccus dengan formasi bergerombol disebut Staphylococcus. Bentuk bakteri Vibrio/koma ;baik kecil besar, bahkan hampir setengah lingkaran. Variasi bentuk vibrio adalah spiral(koma berulang),dengan berbagai variasi. Bentuk tidak beraturan/pleomorpha/inovatif : Bentuk L- Form, untuk Gram negatip disebut Sferoplast dan Gram Positip disebut Protoplast. Bentuk Egg Fried pada Archaebacteria. Bentuk seperti huruf Cina, L; V; T; dan halter ditemukan pada Corynebacterium diphteriae. Struktur Eksternal Flagel : terdiri dari protein yg diseut flagellin, merupakan alat gerak bagi bakteri, umumnya yang memiliki flagel adalah bentuk Bacill,Vibrio dan Spiral. Pili/Fimbriae : bulu halus, pendek dan kaku, memiliki 2 fungsi : sebagai adhesi, melekat pada hostnya dan sebagai konyugasi (sex pili).
Dinding sel : Fungsinya : memberi bentuk pada sel/tubuh bakteri. Melindungi sel dari faktor luar yg merugikan. Mengatur keluar masuknya zat yg dibutuhkan dan tidak dibutuhkan (keluar,masuk). Memegang peranan penting dlm pembelahan sel Terdiri dari : peptidoglikan/ mukopeptin / murein Struktur Internal Membran sitoplasma Merupakan bagian terluar dari sitoplasma, yang melekat pada dinding sel. Merupakan bagian penting karena bersifat semipermeabel dan aktif mengambil zat yang di perlukan, jaga menolak yang tidak dibutuhkan dan yg beracun bagi bakteri. Membentuk ensim hidrolytis (exoenzim), yang berguna untuk menghancurkan zat makanan,hingga dapat diserap. Bertugas mempertahankan keseimbangan elektrolit,kadar air,ph dari sitoplasma. Bersifat antigen, jadi dapat merangsang terbentuknya antibodi. Aktip dalam pembentukan kapsul, pembentukan spora, dan pembelahan sel. Tempat melekatnya flagel dan vili. Cairan plasma atau sitoplasma Cairan plasma/sitoplasma merupakan zat hidup dari sel, terdapat dalam lingkungan dinding sel, terutama terdiri atas protein. Merupakan koloid, mengandung karbohidrat, protein, enzim, belerang, kalsium karbonat, dan volutin ( zat yang banyak mengandung RNA),mudah menyerap zat warna yg bersifat basa. dapat dilihat pada bakteri diphteriae. Volutin tampak berupa titik metakromatis (berwarna), Nukleoid (inti tidak sejati) Terdiri dari DNA dan RNA. RNA mrpk bagian dari Ribosom (organel), ber- fungsi sbg sintesa protein. Tdk ada nucleolus, tidak ada organel. Pada Gram Positip mitochondria berupa lipatan 2 yg disebut Mesosome, fungsi sebagai mitochondria. Banyak bakteri yg punya satuan kecil terdiri DNA, satuan kromosom itu disebut plasmid.
Spora nama spora bakteri adalah Endospora. Fungsinya sebagai perlindungan diri terhadap pengaruh buruk dari lingkungan luar. Spora tahan panas dan kering.(stadium istirahat). Bila lingkunga berubah baik maka spora akan bertunas dan menjadi sel vegetatif kembali. Umumnya termasuk famili Bacillaceae. Taraf metabolisme rendah,sehingga dapat bertahan hidup lama tanpa sumber makanan dari luar. Letak dan ukuran endospora bervariasi seperti: Bentuk Sentral, bentuk terminal, bentuk sub terminal dan bentuk drum stick. Reproduksi dan Pertumbuhan Bakteri Reproduksi bakteri terjadi secara pembelahan biner. Kecepatan pembelahan ditentukan dengan waktu generasi yaitu waktu yg dibutuhkan oleh sel untuk membelah (pembelahan biner melintang), tiap species punya waktu generasi sendiri. Contoh : waktu generasi Escherishia coli 20 menit, Mycobacterium tuberculosa 20 jam, Treponema pallidum 34 jam, dan lain sebagainya. Zat makanan yg diserap oleh bakteri, sebagian akan digunakan untuk membangun protoplasmanya, sehingga tumbuh mencapai besar tertentu. Setelah ukuran bakteri cukup, ia akan melakukan reproduksi. Kadang pertumbuhan pada bakteri diartikan sebagai meningkatnya jumlah konstituen sel, dan meningkatnya jumlah bakteri berhubungan dengan reproduksi. Kurva pertumbuhan bakteri dibagi menjadi 4 phase : 1. Lag Phase / Phase Penyesuaian / Phase adaptasi 2. Phase Logaritma / Log Phase / Phase Exponential 3. Phase Tetap Maksimum / Stationer Phase 4. Phase Deklinasi / Lethal Phase / Phase Kematian