ISOLASI DAN IDENTIFIKASI BAKTERI PADA SAMPEL TANAH DI DUKUH NGANTRU, DESA SEKARAN, KECAMATAN KASIMAN, KABUPATEN BOJONEGORO FAUZAN ARISANDI

Transkripsi

1 ISOLASI DAN IDENTIFIKASI BAKTERI PADA SAMPEL TANAH DI DUKUH NGANTRU, DESA SEKARAN, KECAMATAN KASIMAN, KABUPATEN BOJONEGORO FAUZAN ARISANDI FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2016

2

3 PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul isolasi dan identifikasi bakteri pada sampel tanah di Dukuh Ngantru, Desa Sekaran, Kecamatan Kasiman, Kabupaten Bojonegoro adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir disertasi ini. Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut Pertanian Bogor. Bogor, Maret 2016 Fauzan Arisandi B

4 ABSTRAK FAUZAN ARISANDI. Isolasi dan Identifikasi Bakteri pada Sampel Tanah Di Dukuh Ngantru, Desa Sekaran, Kecamatan Kasiman, Kabupaten Bojonegoro. Dibimbing oleh FACHRIYAN HASMI PASARIBU. Tanah merupakan media yang baik tempat tumbuh dan berkembang beranekaragam mikroorganisme baik yang menguntungkan maupun yang merugikan. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan peternakan dari sektor kesehatan hewan dengan cara mengidentifikasi bakteri berasal dari tanah yang dapat memicu kerugian ekonomi. Sampel yang digunakan adalah tanah yang berasal dari Dukuh Ngantru, Desa Sekaran, Kecamatan Kasiman, Kabupaten Bojonegoro. Tahapan yang dilakukan dalam penelitian adalah isolasi, pewarnaan Gram dan identifikasi (Uji Biokimia). Hasil penelitian menunjukkan pada sampel tanah terdapat 5 genus yaitu Bacillus sp., Aeromonas sp., Pseudomonas sp., Proteus sp dan Vibrio sp. yang dapat menyebabkan diare pada sapi. Hal ini diperlukan kesadaran akan pentingnya higiene dan sanitasi peternakan dalam mengurangi kejadian penyakit. Kata kunci : bakteri, identifikasi, isolasi, tanah ABSTRACT FAUZAN ARISANDI. Bacteria Isolation and Identification of Soil Sample from Ngantru Hamlet, Sekaran Village, Kasiman sub-district, Bojonegoro District. Supervised by FACHRIYAN HASMI PASARIBU. Soil is a good medium for many microorganisms to fluorish and grow both beneficial and adverse. The main purpose of this research are develop farms from animal health sector by identifying soil bacteria that could trigger economic loss. The samples are soil from Ngantru Hamlet, Sekaran Village, Kasiman sub-district, Bojonegoro District. The methods that used in this research are isolation, Gram staining, and identification (Biochemical test). The results showed that samples contained 5 genus which are Bacillus sp., Aeromonas sp., Pseudomonas sp., Proteus sp. and Vibrio sp. which can cause diarrhea in cattle. Because of that, in farm more awarenes about higeane and sanitation to decrease diseases. Key words : bacteria, identification, isolatition, soil

5 ISOLASI DAN IDENTIFIKASI BAKTERI PADA SAMPEL TANAH DI DUKUH NGANTRU, DESA SEKARAN, KECAMATAN KASIMAN, KABUPATEN BOJONEGORO FAUZAN ARISANDI Skripsi sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Kedokteran Hewan pada Fakultas Kedokteran Hewan Institut Pertanian Bogor FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2016

6

7

8

9 PRAKATA Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah subhanahu wa ta ala atas segala karunia-nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema yang dipilih dalam penelitian yang dilaksanakan sejak bulan September 2014 ini adalah bakteri tanah, dengan judul Isolasi dan Identifikasi Bakteri pada Sampel Tanah di Dukuh Ngantru, Desa Sekaran, Kecamatan Kasiman, Kabupaten Bojonegoro. Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Prof. Dr. Drh. Fachriyan Hasmi Pasaribu selaku pembimbing. Di samping itu, penghargaan penulis sampaikan kepada Pak Agus Soemantri dan semua staf Laboratorium Bagian Mikrobiologi Medik Departemen Ilmu Penyakit Hewan dan Kesmavet FKH IPB yang telah sangat membantu selama penelitian. Ungkapan terimakasih penulis sampaikan kepada Ayahanda Drs. Borkat Pane MM, Ibunda Afridawati Matondang, Ganglion 48, R Taufik Lubis S.T, Drh. Alex Tampubolon, Andi wijaya S.kh, Agung Tobing S.kh dan seluruh teman-teman yang telah memberikan masukan, dukungan serta seluruh keluarga atas doa dan kasih sayang yang telah diberikan selama ini. Penulis menyadari bahwa karya ilmiah ini masih belum sempurna, sehingga kritik, saran, dan masukan yang membangun sangat diharapkan dalam penulisan karya ilmiah ini. Semoga karya ilmiah ini bermanfaat. Bogor, Maret 2016 Fauzan Arisandi

10

11 DAFTAR ISI DAFTAR TABEL viii DAFTAR GAMBAR viii DAFTAR LAMPIRAN viii PENDAHULUAN 1 Tujuan Penelitian 2 Manfaat Penelitian 2 METODE 3 Alat dan Bahan 3 Prosedur Penelitian 3 HASIL DAN PEMBAHASAN 5 Isolasi dan Identifikasi bakteri 5 Pewarnaan Gram 5 Identifikasi Bakteri 6 SIMPULAN DAN SARAN 8 Simpulan 8 Saran 8 DAFTAR PUSTAKA 9 RIWAYAT HIDUP 11

12 DAFTAR TABEL 1 Hasil pengamatan morfologi koloni yang tumbuh pada media Plate count agar 5 2 Hasil pengamatan mikroskopis pada koloni 6 3 Hasil pengamatan uji karbohidrat pada koloni 7 4 Hasil uji Oksidase, Motilitas, Hidrogen Sulfida dan Urease bakteri Gram negatif 7

13 PENDAHULUAN Latar Belakang Tanah secara alamiah terbentuk sebagai hasil dari kombinasi proses fisik, kimia dan biologi. Tanah adalah salah satu benda alam yang terdapat di permukaan kulit bumi, yang tersusun dari bahan-bahan mineral sebagai hasil pelapukan batuan dan bahan-bahan organik, pelapukan sisa-sisa tumbuhan serta hewan. Tanah mempunyai fungsi yang bermacam-macam, salah satunya adalah tempat tinggal dan hidup berbagai organisme baik manusia, hewan, tumbuhan maupun mikroorganisme (Yulipriyanto 2010). Tanah merupakan media yang baik tempat tumbuh dan berkembang beranekaragam mikroorganisme, walaupun di tanah keras dan kering, mikroba bersifat dorman, yang akan tumbuh ketika ada kelembapan. Begitu juga filamen actinomycetes bertahan hidup dalam tanah dalam keadaan spora dorman. Tanah pertanian tidak hanya menentukan tingkat kesuburan dan kelangsungan hidup tanaman yang diusahakan akan tetapi juga merupakan media tumbuh bagi berbagai macam mikroorganisme, baik yang bermanfaat maupun yang merugikan tanaman yang diusahakan. Di dalam tanah dapat dijumpai banyak sekali macam mikroorganisme dengan jumlah mencapai milyaran per gram tanah. Mikroorganisme ini dapat berupa nematoda, jamur, bakteri dan lain-lain (Chauthan et al. 2006). Jumlah dan jenis mikroorganisme yang hidup di tanah tergantung dari ciri-ciri lingkungan tanah dan unsur unsur yang terkandung di dalam tanah tersebut. Mikroorganisme yang hidup pada tanah dapat ditemukan dalam dua bentuk yaitu patogen (berbahaya) dan non-patogen (tidak berbahaya). Mikroorganisme tanah ada yang menguntungkan dan ada yang merugikan. Contoh peran mikroorganisme yang menguntungkan adalah dalam siklus biogeokimia, karena dapat mengurai mineral yang berada pada tanah untuk menjaga kesuburann. Sedangkan peran merugikan yaitu mikroorganisme bersifat patogen pada manusia, hewan, dan tumbuhan. Bakteri adalah mikroorganisme yang paling dominan di dalam tanah bila dibandingkan dengan mikroorganisme lain seperti fungi dan protozoa, bakteri dapat hidup pada seluruh lapisan tanah dan pada kondisi tanah yang berbeda (Widawati et al. 2005). Bakteri berkembang biak dengan membelah diri dan hanya dapat dilihat menggunakan mikroskop. Bakteri mempunyai beberapa organel yang dapat melaksanakan beberapa fungsi hidup (Waluyo 2004). Spesies bakteri dapat dibedakan berdasarkan morfologi (bentuk), komposisi kimia (umumnya dideteksi dengan reaksi biokimia), kebutuhan nutrisi, aktivitas biokimia, dan sumber energi (sinar matahari atau bahan kimia) (Pratiwi 2008). Dinding sel bakteri yang kaku dapat mempertahankan bentuknya dan melindungi sel dari perubahan tekanan osmotik antara sel dengan lingkungannya. Dinding sel bakteri Gram positif memiliki lapisan peptidoglikan yang tebal dan membran sel, sementara dinding sel bakteri Gram negatif memiliki tiga lapisan yaitu membran dalam, membran luar, dan lapisan peptidoglikan yang lebih tipis (Lay 1994). Bakteri merupakan organisme prokariot yaitu memiliki kromosom tunggal dan tidak memiliki nukleus. Bakteri juga mengandung DNA tambahan dalam bentuk plasmid (Gillespie et al. 2008).

14 2 Bakteri diklasifikasikan berdasarkan bentuknya yaitu kokus berbentuk sferis, basilus berbentuk panjang dan tipis, dengan kokobasilus diantara bentuk keduanya dan ada juga basilus berbentuk melengkung dan spiral dengan panjang lengkungan yang berbeda (Gillespie et al. 2008). Menurut Pratiwi (2008) bentuk-bentuk bakteri yaitu bulat (tunggal: kokus, jamak: koki), batang atau silinder (tunggal: basilus, jamak: basili), dan spiral yaitu berbentuk batang melengkung atau melingkarlingkar. Kokus Gram positif dibagi menjadi dua kelompok utama yaitu Staphylococcus (katalase positif), contoh patogen utamanya adalah Staphylococcus aureus dan Streptokokus (katalase negatif), contoh patogen utamanya yaitu Streptococcus pyrogenes. Kokus Gram negatif meliputi Neisseria meningitides, sedangkan Kokobasilus Gram negatif meliputi patogen saluran nafas Haemophilus dan Bordetella, agen zoonotik seperti Brucella dan Pasteurella (Gillespie et al. 2008). Basilus Gram positif dibagi menjadi basilus yang membentuk spora dan basilus yang tidak membentuk spora. Kelompok yang membentuk spora dibagi menjadi organisme aerob (Bacillus sp.) dan organisme anaerob (Clostridium sp.). Basilus bakteri Gram negatif meliputi keluarga bakteri fakultatif Enterobacteriaceae yang merupakan bagian dari flora normal pada manusia dan hewan dan dapat ditemukan di lingkungan. Termasuk dalam kelompok ini yaitu Salmonella, Shigella, Escherichia, Proteus dan Yersinia (Gillespie et al. 2008). Kejadian penyakit disebabkan oleh bakteri yang pernah terjadi di Bojonegoro ( ) adalah radang limpa (antraks). Penyakit ini juga semakin dibicarakan dan dianggap penting karena selain berpengaruh terhadap kesehatan manusia maupun ternak, juga berdampak negatif terhadap perekonomian serta perdangangan khususnya ternak secara nasional maupun internasional. Selain itu ternyata penyakit anthrax berpengaruh terhadap keamanan suatu negara karena endospora bakteri ini berpotensi untuk dipergunakan sebagai senjata biologis (Silalahi 2004). Tujuan Penelitian Tujuan dari penelitian ini adalah salah satu rangkaian kegiatan Sekolah Peternakan Rakyat (SPR) dalam mengidentifikasi bakteri patogen berasal dari tanah yang dapat memicu kerugian ekonomi pada peternakan sapi potong. Manfaat Penelitian Penelitian ini diharapkan mampu memberikan informasi tentang mikrobamikroba patogen dari tanah yang berada di Dukuh Ngantru, Desa Sekaran, Kecamatan Kasiman, Kabupaten Bojonegoro, informasi ini dapat digunakan oleh pemerintah Kabupaten Bojonegoro untuk menyusun tatakerja tentang pencegahan bakteri yang bersifat patogen.

15 3 METODE Lokasi dan Waktu Penelitian Penelitian ini dilakukan dari bulan September 2014 bertempat di Laboratorium Bagian Mikrobiologi Medik Fakultas Kedokteran Hewan Institut Pertanian Bogor. Alat Alat yang digunakan dalam penelitian antara lain jas lab, sarung tangan, masker, timbangan, gunting, inkubator, penangas air, vortex, gunting, gelas objek, cawan petri (diameter 100 mm, tinggi 15 mm), tisu, mikroskop cahaya, mikropipet, tabung reaksi (volume 15 ml), sumbat dan rak tabung reaksi, tabung durham, jarum inokulasi (Öse), bunsen, botol media, lemari pendingin, pipet ukur 1 ml, 5 ml dan 10 ml. Bahan Bahan yang digunakan pada penelitian ini adalah sampel tanah, Plate Count Agar (PCA), Tripsin Soy Agar (TSA), kaldu karbohidrat (glukosa, laktosa, manitol, maltosa, dan sukrosa), larutan oksidase, lautan NaCl 0.9%, Triple Sugar Iron Agar (TSIA), Urea Agar, indol, minyak emersi, xylol, Kristal violet, Lugol, Aseton alkohol, Safranine, alkohol 70%, akuades steril, air, sabun. Prosedur Penelitian Sampel Penelitian dilakukan dengan menggunakan sampel tanah yang berasal dari Dukuh Ngantru, Desa Sekaran, Kecamatan Kasiman, Kabupaten Bojonegoro. Jumlah sampel yang diambil sebanyak 50 sampel. Isolasi mikroba tanah Pengisolasi mikroba tanah dilakukan dengan menggunakan berbagai jenis media karena mikroba hanya dapat tumbuh pada media yang spesifik. Pengisolasian dilakukan dengan memasukkan 2.5 g tanah dalam 225 ml larutan NaCl 0.9%, campuran ini mempunyai pengenceran 10-1, dilakukan pengenceran bertingkat sampai Kemudian 1 ml supernatan dimasukan dalam setiap cawan petri menggunakan pipet dari pengenceran 10-2 sampai 10-10, dengan teknik sebar (spread plate). Media yang telah diencerkan pada suhu 50 C selama 48 jam dituangkan pada setiap cawan petri. Cawan digoyang dengan gerakan searah jarum jam 5 kali dan gerakan berlawanan dengan arah jarum jam 5 kali. Cawan didiamkan selama 10 menit hingga lempengan membeku. Setelah membeku, balik lempengan agar dan masukan ke inkubator (35-37 C) selama jam (Lay 1994).

16 4 Pewarnaan Gram Preparat ulas dibuat pada gelas objek kemudian difiksasi di atas api bunsen. Preparat ditetesi dengan larutan kristal ungu, didiamkan selama 60 detik kemudian dicuci dengan air mengalir dan dikeringkan. Preparat ditetesi dengan larutan iodine lalu didiamkan selama 2 menit, kemudian preparat ditetesi dengan alkohol 96% sampai warna ungu hilang, dicuci dengan air mengalir dan dikeringkan. Preparat ditetesi safranin dan didiamkan selama 30 detik, dicuci dengan air mengalir lalu dikeringkan. Preparat ditetesi dengan minyak imersi dan diamati dibawah mikroskop dengan perbesaran 100 kali. Uji gram positif jika sel berwarna ungu dan negatif jika sel berwarna merah (Lay 1994).. Uji Oksidase Uji ini berguna dalam mengidentifikasi mikroorganism patogen. Satu tetes larutan oksidase diteteskan di atas kertas saring, lalu diambil satu Öse isolat bakteri diambil menggunakan Öse steril. Öse yang berisi bakteri digoreskan pada kertas saring yang mengandung larutan oksidase. Kertas yang mengalami perubahan warna menunnjukkan hasil positif, jika kertas tidak mengalami perubahan warna menjadi violet maka hasil negatif (Lay 1994). Uji Fermentasi Karbohidrat Biakan bakteri diinokulasi pada media yang mengandung kaldu karbohidrat (mannitol, maltosa, sukrosa, glukosa, dan laktosa). Diinkubasi pada suhu 37 C selama 24 jam. Kemudian dilakukan pengamatan pada kaldu karbohidrat dengan melihat adanya fermentasi karbohidrat (Lay 1994). Uji Motilitas Isolat diambil dengan Öse jarum (needle), kemudian isolat bakteri diinokulasikan dengan cara ditusukkan tegak lurus satu kali pada media semi-padat yang kaya triptofan lalu diinkubasi pada suhu C selama jam. Hasil positif mnunjukkan adanya pertumbuhan bakteri disekitar tusukan (Lay 1994). Uji Urease Isolat bakteri diambil menggunakan Öse jarum lalu isolat diinokulasi pada tabung yang berisi media Urea agar, kemudian diinkubasi pada temperatur 37 C selama 24 jam. Uji urease bertujuan untuk melihat kemampuan bakteri dalam mengurai urea menggunakan enzim urease (Lay 1994). Uji Hidrogen Sulfida Isolat bakteri diambil menggunakan Öse jarum lalu isolat diinokulasi pada tabung yang berisi media TSIA, kemudian diinkubasi pada suhu 37 C selama 24 jam. Uji Hidrogen Sulfida digunakan untuk mngidentifikasi bakteri Gram negatif (Lay 1994). Analisis Data Data hasil penelitian yang diperoleh akan dianalisis dengan menggunakan metode deskriptif.

17 5 HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi dan Identifikasi bakteri Penanaman bakteri pada media PCA dilakukan untuk mengetahui bakteri yang tumbuh bersifat aerob ataupun anaerob. Pengamatan makroskopik dari 50 sampel tanah menunjukkan sebanyak 11 sampel yang menunjukkan perbedaan morfologi koloni bakteri, sedangkan 39 sampel lainnya memiliki kemiripan morfologi dengan 11 sampel tersebut (Tabel 1). Pengamatan morfologi koloni dilakukan untuk mengetahui pola pertumbuhan dari setiap bakteri yang tumbuh pada media PCA. Selanjutnya koloni bakteri dimurnikan pada media TSA, kemudian dilakukan identifikasi lebih lanjut. Menurut Lay (1994) bahwa biakkan murni merupakan biakan yang hanya mengandung satu jenis bakteri. Tabel 1 Hasil pengamatan morfologi koloni yang tumbuh pada media Plate Count Agar Parameter Sampel Ukuran A A A A A A A A A A A Bentuk Bb B Bb B Bb Bb Bb B B B Bb Permukaan C Cc C C C Cc C Cc Cc C C Aspek D D D D D D D D D D D Tepi Ee E Ee E E Ee Ee E Ee Ee E Elevasi F F Ff F F F F F F F Ff Warna G G G G G G G G G G G Hemolisis Keterangan: Sedang (A), bulat (B), tidak beraturan (Bb), halus (C), tidak halus (Cc), tidak mengkilap (D), tepi rata (E), tepi tidak rata (Ee), cembung (F), cekung (Ff), krem (G), negatif (-) Pewarnaan Gram Koloni bakteri yang tumbuh pada media TSA diuji dengan pewarnaan Gram untuk melihat sifat Gram dan morfologinya. Pewarnaan Gram dilakukan dengan mengamati bentuk, susunan dan sifat Gram bakteri di bawah mikroskop dengan perbesaran 100 kali. Bakteri Gram positif akan terlihat berwarna ungu sedangkan bakteri Gram negatif berwarna merah (Lay 1994). Hasil pengamatan mikroskopis pada koloni bakteri yang telah dimurnikan pada media TSA dapat dilihat pada Tabel 2.

18 6 Tabel 2 Hasil pengamatan mikroskopis pada koloni Morfologi Sampel Bentuk A A A A A A A A A A A Gram Susunan D C C C D D D C C D D Spoora Keterangan: Bacil (A), coccus (B), tunggal (C), berantai (D), positif (+), negatif (-) Berdasrkan pengamatan mikroskopis terlihat pada koloni 1, 4, 5, 6, 7, 10 dan 11 yang diwarnai dengan pewarnaan Gram memiliki karakteristik bahwa 6 dari 11 sampel koloni bakteri berbentuk batang, susunan berantai, memiliki spora dan termasuk dalam Gram positif, tetapi koloni 4 memiliki perbedaan pada tipe susunan yang tunggal. Sedangkan 4 koloni lainnya (koloni 2, 3, 8 dan 9) memiliki karakteristik berbentuk batang, susunan tunggal dan termasuk dalam Gram negatif. Menurut Wongsa dan Werukhamkul (2007), Basilus sp. merupakan bakteri berbentuk batang, bersifat Gram positif. Basilus sp.juga menghasilkan spora yang merupakan ciri khas bakteri ini. Basilus sp. dapat dijumpai di tanah dan di air (Pelczar dan Chan 1986). Salah satu bakteri Gram positif yang umum ditemukan di tanah adalah genus Bacillus sp., Keynan dan Sandler (1983) menyatakan Basilus sp. mempunyai ketahanan yang tinggi terhadap faktor kimia dan fisika, seperti suhu ekstrim, alkohol, dan sebagainya. Identifikasi Bakteri Berdasarkan hasil pengamatan makroskopis dan mikroskopis: koloni 1, 4, 5, 6, 7, 10 dan 11 merupakan bakteri yang termasuk dalam genus Basilus sp. yang memiliki karateristik bakteri berbentuk batang, bersifat gram positif dan memiliki spora (Wongsa dan Werukhamkul 2007). Koloni 2, 3, 8 dan 9 yang termasuk dalam Gram negatif dilakukan uji biokimia sebagai penunjang identifikasi. Uji biokimia yang pertama dilakukan yakni uji oksidase yang berfungsi untuk mengetahui ada tidaknya enzim oksidase (MacFaddin 2000). Selain itu, uji oksidase berfungsi untuk membedakan bakteri enterobactericeae jika hasilnya negatif dan nonenterobactericeae jika hasilnya positif (Bergey dan Breed 1994). Koloni 2, 3 dan 8 yang telah diuji oksidase menghasilkan hasil positif. Hal ini menjelaskan koloni yang telah diuji oksidase termasuk dalam famili nonenterobactericeae, sedangkan koloni 9 menghasilkan hasil negatif sehingga termasuk dalam famili enterobactericea. Untuk membedakan genus bakteri yang tergolong dalam Gram negatif dilakukan uji tambahan yaitu uji Hidrogen Sulfida, uji Motilitas, uji Urease dan fermentasi karbohidrat (Lay 1994).

19 7 Tabel 3 Hasil pengamatan uji karbohidrat pada koloni Isolat Sampel Manitol Laktosa Sukrosa Maltosa Glukosa / / / /gas Keterangan: Mengalami fermentasi (+), tidak mengalami fermentasi (-). Hasil uji fermentasi karbohidrat dapat dilihat pada Tabel 3. Isolat 2 dan 8 tidak memperlihatkan adanya gas pada tabung durham namun pada isolat 3 dan 9 memperlihatkan adanya gas pada tabung durham. Hasil dari uji fermentasi karbohidrat mengarah pada genus Aeromonas sp., Vibrio sp., dan Proteus sp.. yang memperlihatkan adanya fermentasi glukosa, sedangkan hasil yang tidak dapat memfermentasi glukosa mengarah pada genus Pseudomonas sp (Bergey dan Breed 1994). Sampel 9 yang tergolong dalam famili enterobactericea. Hasil identifikasi uji karbohidrat meperlihatkan hasil laktosa negatif dan glukosa positif. Untuk mengetahui genus bakteri Gram negatif yang tergolong famili enterobactericea, kemudian dilakukan uji Hidrogen Sulfida. Hasil uji Hidrogen Sulfida menghasilkan slant basa (merah), butt asam (kuning) dan membentuk H2S berarti bakteri tersebut dapat memfermentasi. Hasil ini mengarah pada 5 genus bakteri yakni Alcaligenes sp., Bordetella sp., Pseudomonas sp., Flavobacterium sp. dan Chromobacterium sp, Proteus sp. (Jang et al. 1976). Pengujian dengan Urease dan Motilitas didapatkan hasil positif berarti bakteri mampu mengurai urea dan bersifat motil (Tabel 4). Tabel 4 Hasil uji Oksidase, Motilitas, Hidrogen Sulfida dan Urease bakteri Gram negatif Koloni Oksidase Motilitas Hidrogen Sulfida Urease Slant Butt Gas H2S Basa asam Berdasarkan hasil uji biokimia yaitu pada uji oksidase didapatkan bahwa koloni 2, 3 dan 8 tergolong famili non-enterobactericeae sedangkan koloni 9 termasuk famili enterobactericea. Kemudian dilakukan uji karbohidrat pada semua koloni dan didapatkan pada koloni 2 dan 8 mengarahkan pada genus Pseudomonas sp. karena tidak memfermentsi glukosa. Pada koloni 3 dapat fermentasi glukosa positif yang mengarah pada genus Aeromonas sp. dan Vibrio sp., sedangkan pada koloni 9 memperlihatkan hasil fermentasi laktosa yang negatif, fermentasi glukosa positif, motilitas positif dan urea positif mengarah pada genus Proteus sp. Pseudomonas sp. termasuk bakteri Gram negatif. Bakteri ini bersifat aerob, berbentuk batang pendek, katalase positif, oksidase positif, tidak mampu memfermentasi tetapi dapat mengoksidasi glukosa/karbohidrat lain, tidak berspora, tidak mempunyai selubung (sheat) dan mempunyai flagel monotrika (flagel tunggal pada kutub) sehingga selalu bergerak (Cowan 1974). Pseudomonas sp. yang berhasil disolasi dan diidentifikasi berasal dari lingkungan sekitar karena bakteri ini banyak ditemukan di lingkungan seperti air, tanah, dan tanaman (Palleroni 1992;

20 8 Schroth et al. 1992). Bakteri ini dapat menginfeksi seperti manusia, hewan dan tumbuhan (Pirnary et al. 2009). Infeksi Pseudomonas sp. bersifat opportunistic pathogen sering menyerang jaringan dan menyebabkan infeksi serta bakterinemia pada inang sehingga imunitas lemah (Feldman et al. 1998). Aeromonas sp. merupakan bakteri gram negatif, berbentuk batang dan bersifat non-spora. Bakteri ini termasuk dalam famili Vibrionaceae (Popoff 1984). Menurut Quinn et al. (2002), bakteri Aeromonas sp. biasanya bersifat patogenik pada hewan seperti ikan dan reptil, tetapi jarang ditemukan pada mamalia. Jika terinfeksi pada manusia, paparan bakteri ini dapat menyebabkan diare dan selulitis (Janda dan Duffey 1988). Penyakit yang diakibatkan oleh Aeromonas sp. dipengaruhi beberapa faktor yaitu jumlah paparan, usia, imunokompetensi, dosis infeksi dan faktor virulensi yang menginfeksi organisme (Nichols et al. 1996). Vibrio sp. merupakan salah satu bakteri patogen yang tergolong dalam famili Vibrionaceae. Saat ini hanya 10 spesies dari genus Vibrio sp. telah dicurigai sebagai penyebab penyakit gastrointestinal dan penyakit ekstraintestinal pada manusia. Spesies yang paling penting dari genus Vibrio sp. adalah Vibrio cholerae sebagai penyebab kolera (Euzeby 2013). Vibrio sp. tergolong Gram negatif, fakultatif anaerobik, fermentatif, bentuk sel batang dengan ukuran panjang antara 2-3 um, menghasilkan katalase dan oksidase dan bergerak dengan satu flagella pada ujung sel (Thompson 2005). Vibrio sp. termasuk opportunistic pathogen yang dalam keadaan normal ada pada lingkungan pemeliharaan, kemudian dapat berkembang dari sifat yang saprofitik menjadi patogenik jika kondisi lingkungannya memungkinkan. Vibrio sp. diketahui menyebabkan infeksi fatal bagi manusia seperti diare, septicemia dan kolera (Austin 2010; Farmer dan Hickman-Brenner 1992). Proteus sp. termasuk dalam famili enterobakteriaceae. Bakteri ini berbentuk batang, Gram negative dan tidak memiliki berspora. Bakteri ini tidak dapat memfermentasi laktosa dan bersifat fakultatif aerob ataupun anaerob (O Hara et al. 2000). Proteus sp. dapat berada di lingkungan termasuk tanah, air, dan tempat pembuangan. Proteus sp. termasuk bakteri patogen menyebabkan infeksi saluran kemih dan diare pada hewan (Normand et al. 2000). KESIMPULAN DAN SARAN Kesimpulan Isolasi dan identifikasi bakteri pada sampel tanah di Dukuh Ngantru, Desa Sekaran, Kecamatan Kasiman, Kabupaten Bojonegoro mengarah ke empat genus bakteri yakni Aeromonas sp., Bacillus sp., Proteus sp., Pseudomonas sp. dan Vibrio sp. Bakteri yang berhasil teridentifikasi, merupakan salah satu penyebab diare pada ternak sapi. Saran Perlu dilakukan uji lebih lanjut untuk mengidentifikasi bakteri sampai tingkat spesies dengan memperbanyak jenis uji biokimiawi dan atau menggunakan

21 polymerase chain reaction (PCR). Hasil yang didapatkan dari penelitian ini mengindikasikan bahwa perlunya meningkatkan kesadaran akan pentingnya higiene dan sanitasi peternakan. 9 DAFTAR PUSTAKA Austin B Vibrios as causal agents of zoonoses. Vet Microbiol. 140: Bergey DH, Breed RS Identification flow charts Bergey s manual of determinative bacteriology. [internet]. [diunduh 2016 Jan 16]. Tersedia pada: Chauthan AK, Das A, Kharkwal H, Kharkwal AC, Varma A Microbes Health and Environment. New Delhi (IN): IK International. Cowan SJ Cowan and Steel's Manual for Identification of Medical Bacteria. Ed ke-2. Cambridge (GB): Cambridge University Pr. Euzeby JP Genus Vibrio. List of prokaryotic names with standing in nomenclature. Farmer JJ, Brenner FW The Prokaryotes. Balows A, Truper HG, Dworkin M, Harder W, Schleifer KH, editor. New York (US): Springer-Verlag. Ed ke- 2. p Feldman M, Bryan R, Rajan S, Scheffler L, Brunnert S, Tang H, Prince A Role of flagella in pathogenesis of Pseudomonas aeruginosa pulmonary infection. Infection and Immunity. 66(1): Gillespie, Stephen, Bamford K At a Glance Mikrobiologi Medis dan Infeksi. Ed ke-3. Jakarta (ID): Erlangga. Janda JM, Duffey PS Mesophilic aeromonads in human disease: current taxonomy, laboratory identification, and infectious disease spectrum. Reviews in Infectious Diseases. 10: Jang SS, Biberstein EL, Hirsh DC A Manual of Vetrinary Clinical Bacteriology and Mycology. Davis (US) : Univercity of California. Keynan A, Sandler N The Bacterial Spore. Hurst A, Gould GW, editor. New York (US) : Academic Pr. vol 2. Lay BW Analisis Mikroba di Laboratorium. Jakarta (ID): Raja Grafindo Persada. MacFaddin JF Biochemical Tests for the Identification of Medical Bacteria. Ed ke-3. Philadelphia (US): Lippincott Williams & Wilkins. Nichols GL, Lightfoot NF, Louvois JD Health Significance of Bacteria in Distribution Systems Review of Aeromonas. London (UK) : Water Industry Research Ltd (Report DW-02/A). Normand EH, Gibson NR, Reid SWJ, Carmichael S, Taylor DJ Antimicrobial-resistance trends in bacterial isolates from companion animal community practice in the UK. Prev Vet Med. 46: O Hara CM, Brenner FW, Miller JM Classification, identification, and clinical significance of Proteus, Providencia, and Morganella. J Microbiol. 13:

22 10 Pelczar MJ, Chan ECS Microbiology. New York (US): MC Graw Hill Book Company. Palleroni NJ Present situation of the taxonomy of aerobic pseudomonads. Galli E, Silver S, and Witholt B. editor. Pseudomonas Molecular Biology and Biotechnology. Washington (US): ASM Pr. Pratiwi ST Mikrobiologi Farmasi. Jakarta (ID): Erlangga. Pirnary JP, Bilocq F, Pot B, Cornelis P, Zizi M, Eldere JV, Deschaght P, Vaneechoutte M, Jennes S, Pitt T, Vos DD Pseudomonas aeruginosa population structure PloS One. 4(11):7740. Popoff, M Genus III. Aeromonas. Bergey's manual of systematic bacteriology. 1: Quinn PJ, Markey BK, Carter ME, Donnelly WJ, Leonard FC Veterinary Microbiology and Microbial Disease. London (GB): Blackwell Science. Schroth MD, Hildebrand C, Panopoulos N Phytopathogenic pseudomonads and plant-associated pseudomonads. J mikrobiol. 3: Silalahi L Anthrax. [internet]. [diakses 2016 Jan 6]. Diakses dalam: tempo.co.id/hg/narasi/2004/03/26/nrs, ,id.html. Thompson FL, Gevers D, Thompson CC, Dawyndt P, Naser S, Hoste B Phylogeny and molecular identification of vibrios on the basis of multilocus sequence analysis. Appl Environ Microbiol. 71:(510) Waluyo L Mikrobiologi Umum. Malang (ID): Universitas Muhammadiyah Pr. Widawati S, Suliasih HJD, Latupapua, Sugiharto A Biodiversity of Soil Microbes from from Rhizosphere at Wamena Biological Garden (WBi6). Jayawijaya (ID). Jurnal Biodiversitas. 6(1):6-11. Wongsa P, Werukhamkul P Product Development and Technical Service, Biosolution International. Thailand (TH): Bangkadi Industrial Park. 4:134. Yulipriyanto H Biologi Tanah dan Strategi Pengolahannya. Yogyakarta (ID): Graha Ilmu.

23 11 RIWAYAT HIDUP Penulis bernama Fauzan Arisandi, dilahirkan di Rantauprapat tanggal 17 Desember 1993 dari ayah Borkat Pane dan ibu Afridawati Matondang. Penulis adalah putra pertama dari dua bersaudara. Penulis menempuh pendidikan mulai jenjang Sekolah Dasar Negeri Rantau Utara ( ), Sekolah Menengah Pertama Negeri 2 Rantau Utara ( ), dan Sekolah Menengah Atas Negeri 3 Rantau Utara ( ). Tahun 2011 penulis melanjutkan pendidikan S1 di Fakultas Kedokteran Hewan Institut Pertanian Bogor melalui jalur SNMPTN undangan. Semasa perkuliahan, penulis aktif di beberapa organisasi diantaranya Himpunan Minat dan Profesi Satwa Liar FKH-IPB, dan Ikatan Mahasiswa Kedokteran Hewan Indonesia (IMAKAHI), Himpunan Mahasiswa Islam (HMI). Bulan September 2014 penulis melaksanakan Penelitian di Laboratorium Bakteriologi Bagian Mirobiologi Medis, Departemen Ilmu Penyakit Hewan dan Kesmavet (IPHK), Fakultas Kedokteran Hewan Institut Pertanian Bogor (IPB) dengan judul Isolasi dan Identifikasi Bakteri pada Sampel Tanah di Dukuh Ngantru, Desa Sekaran, Kecamatan Kasiman, Kabupaten Bojonegoro.