PENDAHULUAN Latar Belakang Kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) merupakan salah satu komoditas unggulan nasional karena kontribusinya yang besar terhadap perekonomian Indonesia. Saat ini, Indonesia merupakan salah satu negara penghasil minyak sawit di dunia. Produksi minyak sawit Indonesia meningkat dari 15,19 juta ton pada tahun 2011 menjadi 17,39 juta ton pada tahun 2013 (BPS, 2014). Kelapa sawit (E.guineensis) adalah tanaman perkebunan penting penghasil minyak makanan, minyak industri, maupun bahan bakar nabati (biodiesel). Khusus untuk perkebunan sawit rakyat, permasalahan umum yang dihadapi antara lain rendahnya produktivitas dan mutu produksi. Produktivitas kebun sawit rakyat rata-rata 16 ton TBS per ha, sementara potensi produksi bila menggunakan bibit unggul bisa mencapai 30 ton TBS per ha. Produktivitas CPO (Crude Palm Oil) perkebunan rakyat hanya mencapai rata-rata 2,5 ton CPO per ha dan 0,33 ton minyak inti sawit per ha, sementara diperkebunan negara rata-rata menghasilkan 4,82 ton CPO perhektar dan 0,91 ton PKO per hektar dan perkebunan swasta ratarata menghasilkan 3,48 ton CPO per hektar dan 0,57 ton PKO per hektar (Deptan, 2008). Program pelestarian plasma nutfah dalam rangka perbaikan genetik tanaman sangat bergantung pada sumber keragaman genetik. Identifikasi keragaman tersebut sangat penting dilakukan untuk mengetahui sifat-sifat genetik sehingga dapat digunakan sebagai informasi awal dalam pengunaan tetua untuk kegiatan manipulasi genetik dari sifat-sifat tanaman yang hendak diciptakan.
Bahar dan Zen (1993) menyatakan bahwa pengamatan secara visual yaitu dengan memilih fenotipe yang baik belum memberikan hasil yang memuaskan. Novita (2013) menjelaskan bahwa keragaman tanaman secara umum dapat dikaji melalui pendekatan morfologi, biokimia dan molekuler. Namun, penanda morfologi memiliki kelemahan karena dipengaruhi oleh lingkungan. Keterbatasan penanda morfologi adalah hanya mampu membedakan keragaman visual saja, oleh karena itu diperlukan penanda lain yang diharapkan dapat memberikan hasil yanglebih akurat yaitu marka molekuler melalui pengamatan pada tingkat polimorfisme DNA. Hal ini juga dijelaskan oleh Dua Lembang et al. (2010) yang menyatakan bahwa identifikasi keragaman plasma nutfah tanaman secara lebih luas menggunakan marka molekuler dapat memberikan hasil yang lebih cepat, efektif, dan akurat dibandingkan dengan karakterisasi berdasarkan ciri-ciri morfologi. Karakterisasi menggunakan marka molekuler dapat dilakukan pada stadium awal, bahkan dapat dilakukan pada benih. Pengamatan ditingkat DNA tanaman kelapa sawit dapat dilakukan dengan menggunakan teknik fingerprinting. Weising et al. (2005) menjelaskan bahwa akhir-akhir ini pengamatan di tingkat molekuler terus berkembang termasuk pada jenis teknologi dan peralatannya sehingga pengamatan ditingkat DNA pada tanaman akan terus dilakukan. Teknik fingerprinting merupakan langkah awal yang dapat dijadikan sebagai data awal dalam proses hibridisasi tanaman kelapa sawit.
Ada beberapa marka DNA yang dapat digunakan untuk mengidentifikasi keberagaman genetik. Diantara marka tersebut adalah marka RAPD. Marka RAPD merupakan salah satu marka berbasis molekuler yang mudah dilakukan, membutuhkan waktu dan biaya yang lebih rendah, memiliki tingkat polimorfisme yang tinggi, dapat digunakan untuk menelaah adanya diversitas genetik serta hanya membutuhkan volume DNA yang sedikit untuk mengaplikasikannya. Dalam penyusunan program persilangan pada tanaman kelapa sawit, marka RAPD dapat digunakan untuk mendeteksi adanya keragaman. Penggunaan marka RAPD untuk tanaman kelapa sawit telah diterapkan oleh penelitian terdahulu diantaranya penelitian yang dilakukan oleh Satish dan Mohankumar (2007), Thawaro (2009) dan Odenoreet al. (2015). Namun demikian, ada beberapa kelemahan dalam penggunaan marka RAPD diantaranya adalah marka ini bersifat dominan sehingga tidak dapat membedakan individu heterozigot. Oleh sebab itu, maka penggunaan marka RAPD dapat digunakan untuk melihat keragaman tetapi dijumpai kendala ketika dijadikan sebagai marka untuk melihat individu yang bersifat heterozigot. Oleh sebab itu, untuk melengkapi analisis RAPD maka dapat digunakan marka SSR, karena marka SSR dapat membedakan antar individu yang bersifat heterozigot. Marka SSR merupakan salah satu marka yang paling banyak digunakan untuk pemetaan genetik, analisis keragaman dan studi evolusi. Keunggulan penanda mikrosatelit dibandingkan dengan marka lainnya antara lain bersifat kodominan, polimorfisme tinggi, lokus tersebar merata dalam genom,
dan dalam jumlah yang sangat banyak dan berbasis PCR sehingga hanya diperlukan DNA dalam jumlah yang sedikit (Putri, 2010). Hal ini juga diungkapkan oleh Sugiono (2010) yang menyebutkan bahwa mikrosatelit merupakan salah satu marka molekuler yang berupa urutan dinukleotida sampai tetra-nukleotida yang berulang dan berurutan. SSR merupakan marka genetik yang bermanfaat karena bersifat kodominan, dapat mendeteksi keragaman alel pada tingkat tinggi, serta mudah dan tidak terlalu mahal untuk dianalisis dengan menggunakan PCR. Penggunaan marka SSR sebagai penanda untuk tanaman sawit telah di lakukan oleh berbagai pihak. Salah satu yang membuktikan hal ini adalah berdasarkan hasil penelitian oleh Mardziah et. al. (2013) tentang pengembangan penapisan protokol non-radioaktif pada kelapa sawit yang menyimpulkan bahwa SSR sangat sesuai untuk mengkarakterisasi keragaman genetik, penelitian ini juga menyimpulkan bahwa primer SSR efektif digunakan untuk fingerprinting pada tanaman kelapa sawit yaitu E. guinensis dan E. oleifera dan persilangan keduanya. Kombinasi penggunaan marka RAPD dan SSR dapat dijadikan sebagai langkah awal untuk fingerprinting tanaman kelapa sawit. Namun demikian, diperlukan informasi awal terhadap primer-primer yang dapat dijadikan sebagai penanda dalam kegiatan fingerprinting tanaman kelapa sawit, sehingga primerprimer tersebut dapat dipergunakan untuk mengidentifikasi keragaman genetik. Primer-primer tersebut diharapkan mampu memberikan kontribusi dalam proses pemuliaan tanaman kelapa sawit.
Perumusan Masalah Tanaman kelapa sawit merupakan salah satu tanaman yang memiliki nilai ekonomi yang tinggi karena tanaman tersebut merupakan bahan baku untuk pengolahan berbagai macam produk. Oleh sebab itu, proses pemuliaan tanaman kelapa sawit sangat dibutuhkan untuk menghasilkan benih kelapa sawit yang berkarakter unggul. Sebelum dilakukan proses hibridisasi terlebih dahulu dilakukan proses karakterisasi terhadap tanaman yang akan dijadikan sebagai tetua donor atau tetua resipient. Proses karakterisasi terhadap tanaman untuk mendapatkan karakter unggul biasanya dilakukan dengan melakukan pengamatan terhadap karakter morfologi tanaman. Pengamatan secara morfologi memiliki beberapa kekurangan antara lain hasil pengamatan yang sangat dipengaruhi oleh faktor lingkungan. Untuk menjawab permasalahan tersebut maka perlu dilakukan pengamatan secara molekuler. Pengamatan secara molekuler terhadap karakter genotipik tanaman dikenal dengan fingerprinting. Istilah fingerprinting tersebut hampir sama dengan prinsip analisis sidik jari pada manusia, hal ini dilatar belakangi oleh setiap manusia memiliki pola sidik jari yang berbeda. Hal yang sama diterapkan melalui analisis fingerprinting karena etiap individu tanaman walaupun berasal dari varietas yang sama akan menunjukkan perbedaan secara genetik. Untuk melihat perbedaan genetik tanaman diperlukan primer yang berfungsi sebagai penanda. Berdasarkan sifat primer marka molekuler dapat dibedakan menjadi beberapa bagian yaitu primer yang bersifat dominan (RAPD) dan kodominan (SSR).
Tujuan Penelitian Tujuan dari penelitian ini adalah sebagai berikut : 1. Menganalisis keragaman genetik kelapa sawit (E. guineensis) Varietas DxP Unggul Socfindo berdasarkan marka RAPD dan SSR. 2. Menganalisis primer yang dapat dijadikan sebagai marker hasil fingerprinting kelapa sawit (E. guineensis) Varietas DxP Unggul Socfindo berdasarkan marka RAPD dan SSR. Manfaat Penelitian Manfaat yang diperoleh dari penelitian ini adalah sebagai berikut : 1. Memberikan informasi awal yang bermanfaat dalam usaha program pemuliaan kelapa sawit (E. Guineensis) Varietas DxP Unggul Socfindo. 2. Memberikan informasi terkait dengan keragaman genetik, marker dan pita spesifik hasil fingerprinting kelapa sawit (E. Guineensis) Varietas DxP Unggul Socfindo. 3. Sebagai salah satu syarat untuk mendapatkan gelar magister di Program Magister Agroekotenologi Fakultas Pertanian,, Medan.