Pengantar Bioinformatika. Hidayat Trimarsanto
|
|
- Deddy Sutedja
- 6 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 Pengantar Bioinformatika Hidayat Trimarsanto
2 Bioinformatika/Biologi (Molekuler) Komputasi Biologi molekuler Data Problema Hypothesis Teori + Computational Science + matematika,statistik,ilkom, dll Metode Algoritma Teknologi Informasi Tools / software Database Konektivitas/Internet Interpretasi Verifikasi/validasi Biological insight Analisis Modeling Simulasi Visualisasi Bioinformatika memahami mekanisme/cara kerja mahluk hidup pada tingkat molekuler
3 Perkembangan bioinformatika Tahun 1960-an molecular evolution J Theoretical Biology 1965 Molecules as documents of evolutionary biology Zukerkandl E, Pauling L Atlas of Protein Sequences (1965) Margareth Dayhoff Tahun 1970-an computational biology Needleman-Wunsch global alignment Tahun 1990-an bioinformatics NCBI (NLM/NIH) (1988) Human Genome Project (1990) Teknologi instrumentasi: microarray, MS, Next Generation Sequencing, dll (sekarang)
4 Bioinformatika & Informatika Medik Bioinformatika penerapan ilmu komputasi & informatika untuk memahami mekanisme/cara kerja mahluk hidup pada tingkat molekuler Contoh: mencari gen yang berperan dalam suatu penyakit/virulence/toxicity memprediksi fungsi dan mekanisme suatu gen/protein mencari protein penyebab patogenesis mencari dan mendesain obat Medical Informatics penerapan teknologi informatika dalam bidang kedokteran Contoh: penggunaan IT dalam manajemen data pasien / klinis / penyakit / surveillance diagnosis penyakit (database penyakit, sistem pakar) medical imaging (NMR/MRI, dsb
5 Central Dogma of Molecular Biology DNA (blueprint) RNA (coding sequences) Protein (fungsional machinery)
6 Central Dogma of Molecular Biology (extended) transkripsi DNA hnrna / RNA (heterogenous nuclear RNA) splicing Sekuen: ATGCGCT Alel/SNP: 0452:A 4553:S 7878:W STR: M1: 32, 45 M2: 231, 345 Ekspresi gen Gen1: Gen2: Gen3: mrna (coding sequence) translasi non-coding RNA (regulatory, fungsional machinery) Sekuen: ATGCGCTAG Lokasi splicing: Ekson 1-2: 123 Ekson 2-3: 789 Protein (precursor) Sekuen: Struktur: MLVHYWALS HHHHCCEEE Post-translational modification & folding Protein (mature) Koordinat 3D atom penyusunprotein
7 Non-coding RNA sekuen lengkap (contoh: ribosomal RNA) / 5'-UTR / 3'-UTR komplek RNA/RNA atau RNA/protein fungsi: kofaktor stabilisator RNA (struktur 3D ssrna) regulator translasi/ekspresi dan replikasi virulence
8 Phenotype/morphology (1) Phenotype / Morphology Lokasi Protein Gen / Protein building block Ekspresi Protein regulasi / aransemen Variasi sekuen DNA Imprinting/Epigenetic
9 Phenotype/morphology (2) Variasi sekuen DNA dan Epigenetics antara lain dapat mengakibatkan: Perbedaan phenotype / morphology Manusia: tinggi / rendah, etc Mouse: warna Tanaman: berbuah banyak / manis Pathogen: virulence, antigenisitas/immunogenisitas Penyakit bawaan / genetik Perbedaan respon terhadap patogen (host-pathogen interaction) Perbedaan respon terhadap zat kimia Perbedaan susceptibility terhadap penyakit kompleks / degeneratif / fisiologis: Kanker Jantung Proses penuaan
10 Aktifitas bioinformatika Pengumpulan informasi Literatur Anotasi gen: sekuen, variasi DNA, lokasi, ekspresi, modifikasi, struktur, dll Data lain: data klinis, dll Akusisi data Sekuensing DNA Ekspresi gen, quantifikasi DNA (realtime RT-PCR) Afinitas binding (ELISA, dll) Analisa Mendapatkan informasi/pengetahuan (hipotesis) baru Mendapatkan prediksi/trend dari data Interpretasi secara biologi
11 Akusisi data Sekuen DNA (sequencing/microarray/snp assay) Sekuen RNA (EST, cdna sequencing) + Regulasi gen (microarray, realtime/quantitative RT-PCR) Sekuen protein (AA sequencing, MS) Struktur protein (kristalografi, NMR) + Interaksi antar/inter molekul Fungsi protein (assay/binding, transgenik)
12 Interpretasi statistik & biologi Signifikan secara statistik belum tentu signifikan secara biologi, sebaliknya signifikan secara biologi belum tentu signifikan secara statistik Contoh: IARIELGSRIRELEGASASS (normal) ILRIELGSRIREMEGVSVSS (normal) 4/20 IARIELGPRIRELEGASASS (abnormal) 1/ (bobot) ILRIELGSRIREMEGVSVSS (normal) 5 IARIELGPRIRELEGASASS (abnormal) 9
13 Analisa bioinformatika Beberapa contoh analisa bioinformatika: Analisa sekuen: Mapping situs restriksi Prediksi daerah exon-intron Desain primer PCR & probe Prediksi fungsi Identifikasi gen Analisa struktur Struktur sekunder (alpha-helix, beta-sheet) Struktur tertier (3-Dimensi) Analisa interaksi Interaksi antar gen Interaksi antar protein/makromolekul
14 Domain bioinformatika Studi Bioinformatika Genom & Proteom sequence alignment pencarian sekuen DNA sequencing identifikasi gen/protein pencarian domain/motif gene finding anotasi analisa linkage analisa forensik analisa evolusi/phylogenetics studi populas dsbi Struktur Molekul prediksi: struktur sekunder struktur tertier (3D) topologi protein antigenic determinant protein docking molecular dynamics dsb Regulasi dan Network Gen korelasi pola ekspresi mapping data ekspresi ke data sekuen, struktur dan biokimia Pencarian gene yg berkaitan dgn penyakit dsb Lainnya Mining literatur Simulasi metabolic pathway Manajemen data user interface dsb
15 Penggunaan Bioinformatika Sebelum eksperimen Hipotesis Fisibilitas Metodologi penelitian Saat eksperimen Troubleshooting Verifikasi/identifikasi hasil Sesudah eksperimen Analisa data Interpretasi hasil
16 Forward Genetics phenotype genotype ( sample-based) Mencari gen atau faktor penyebab/pemicu munculnya suatu phenotype, misalnya mencari gen atau mutasi penyebab suatu penyakit phenotype of interest koleksi sampel Mapping / sequencing DNA Semi-quantitative (real-time) RT PCR / Microarray Protein assay Analisa data sequence: multiple alignment ekspresi: statistik assay: modeling/ode Gen / faktor bersangkutan
17 Forward Genetics phenotype genotype ( sample-based) Mencari gen atau faktor penyebab/pemicu munculnya suatu phenotype, misalnya mencari gen atau mutasi penyebab suatu penyakit phenotype of interest koleksi sampel Mapping / sequencing DNA Semi-quantitative (real-time) RT PCR / Microarray Protein assay Analisa data sequence: multiple alignment ekspresi: statistik assay: modeling/ode Gen / faktor bersangkutan
18 Reverse Genetics genotype phenotype (sequence-based) Melihat atau mengkonfirmasi hasil/efek/implikasi pada phenotype dari suatu gen/faktor, misalnya mencari efek/implikasi dari suatu mutasi pada sebuah gen sequence of interest Analisa sekuen (prediksi fungsi / pemilihan daerah / simulasi molekuler) Knock-off/on gene Protein expression & assay / binding Analisa phenotype Analisa hasil
19 Kombinasi Forward Reverse Genetics Reverse Genetics (outcome: phenotype) hipotesis validasi Forward Genetics (outcome: genotype)
PENGENALAN BIOINFORMATIKA
PS-S1 Jurusan Biologi, FMIPA, UNEJ (2017) PENGENALAN BIOINFORMATIKA Oleh: Syubbanul Wathon, S.Si., M.Si. Pokok Bahasan Sejarah Bioinformatika Istilah-istilah biologi Pangkalan data Tools Bioinformatika
Lebih terperinciPengantar Komputasi Modern
Pengantar Komputasi Modern Komputasi pada bidang biologi Oleh: Wirya Ramadhan 53413245 FAKULTAS TEKNOLOGI INDUSTRI JURUSAN TEKNIK INFORMATIKA UNIVERSITAS GUNADARMA 2017 Komputasi Biologi Komputasi Komputasi
Lebih terperinciEKSPRESI GEN 3. Ani Retno Prijanti FKUI 2010
EKSPRESI GEN 3 Ani Retno Prijanti FKUI 2010 Regulasi Ekspresi Gen Ekspresi gen, adl produksi suatu produk RNA dari suatu gen tertentu yg dikontrol oleh mekanisme yg kompleks. Secara normal hanya sebagian
Lebih terperinciREGULASI EKSPRESI GEN. Dr. rer. nat. Kartika Senjarini
REGULASI EKSPRESI GEN Dr. rer. nat. Kartika Senjarini Pendahuluan Perbedaan morfologi sel...lebih lanjut pada morfologi satu organisme...apakah = berbeda gen/ada gen yang hilang??? R.G.E.: Kontrol selluler
Lebih terperinciBIOTEKNOLOGI PERTANIAN TEORI DASAR BIOTEKNOLOGI
BIOTEKNOLOGI PERTANIAN TEORI DASAR BIOTEKNOLOGI BAHAN GENETIK DNA RNA DEFINISI Genom Ekspresi gen Transkripsi Translasi Kromosom eukaryot Protein Histon dan Protamin Kromosom prokaryot DNA plasmid Asam
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Perkembangan teknologi informasi memberikan dampak yang cukup besar
BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Perkembangan teknologi informasi memberikan dampak yang cukup besar pada disiplin-disiplin ilmu lainnya termasuk biologi molekuler. Sehingga menghasilkan kolaborasi
Lebih terperinciTUGAS BIOMOLEKULER SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM
TUGAS BIOMOLEKULER SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM OLEH Ni Nyoman Trisna Dewi NIM: 1214068105 PPDS I ILMU PENYAKIT SARAF UNIVERSITAS UDAYANA 2013 PENDAHULUAN Dampak dari bioteknologi yang tidak sedikit
Lebih terperinciRencana Pembelajaran Semester (RPS)
Rencana Pembelajaran Semester (RPS) 1. Identitas Program Studi : Magister Ilmu Biologi Nama Mata Kuliah : Genetika Molekuler Kode Mata Kuliah : Jumlah SKS : 3 SKS Semester : 2 Dosen Pengampu : Ir. Made
Lebih terperinciUNIVERSITAS NEGERI YOGYAKARTA FAKULTAS MIPA
UNIVERSITAS NEGERI YOGYAKARTA FAKULTAS MIPA SILABI Fakultas : FMIPA Program studi : Biologi Mata Kuliah / Kode : Genetika Molekuler / SBG 252 Jumlah SKS : Teori = 2 ; Praktek = 0 Semester : Gasal (5) Mata
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. I.1. Latar Belakang
BAB I PENDAHULUAN Bab ini menjelaskan mengenai gambaran umum keseluruhan penelitian yang telah dilakukan. Penjelasan mengenai latar belakang, tujuan, ruang lingkup penelitian dan metodologi penelitian.
Lebih terperinciBIO306. Prinsip Bioteknologi
BIO306 Prinsip Bioteknologi KULIAH 7. PUSTAKA GENOM DAN ANALISIS JENIS DNA Konstruksi Pustaka DNA Pustaka gen merupakan sumber utama isolasi gen spesifik atau fragmen gen. Koleksi klon rekombinan dari
Lebih terperinciMK : Genetika Molekuler (sem 5) THE HUMAN GENOME. Paramita Cahyaningrum Kuswandi* FMIPA UNY *:
MK : Genetika Molekuler (sem 5) THE HUMAN GENOME Paramita Cahyaningrum Kuswandi* FMIPA UNY 2014 Email *: paramita@uny.ac.id I. The structure of the human genome Dalam genom manusia ( 65.000-80.000 gen
Lebih terperinciUNIVERSITAS NEGERI YOGYAKARTA FAKULTAS MIPA SILABI
UNIVERSITAS NEGERI YOGYAKARTA FAKULTAS MIPA SILABI FRM/FMIPA/063-01 18 Februari 2011 Fakultas : FMIPA Program studi : Biologi Mata Kuliah / Kode : Genetika Molekuler / SBG 252 Jumlah SKS : Teori = 2 ;
Lebih terperinciI. PENGENALAN NATIONAL CENTRE FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION (NCBI)
I. PENGENALAN NATIONAL CENTRE FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION (NCBI) A. PENDAHULUAN NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang menyediakan sumber informasi terkait
Lebih terperinciLAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER
LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER PENGENALAN SITUS BIOINFORMATIKA NCBI DAN PENGGUNAANNYA DALAM MEMAHAMI PROSES EKSPRESI GEN Oleh: Nabila Fatin Aisiah M0614026 S1 Farmasi 2014 Fakultas Matematika dan
Lebih terperinciSintesa protein (ekspresi gen)
1. SINTESA PROTEIN Sintesa protein (ekspresi gen) Merupakan proses dimana DNA mengekspresikan gen nya Secara umum melibatkan dua tahap yaitu TRANSKRIPSI dan TRANSLASI Pada eukaryot, pengendalian ekspresi
Lebih terperinciKromosom, gen,dna, sinthesis protein dan regulasi
Kromosom, gen,dna, sinthesis protein dan regulasi Oleh: Fatchiyah dan Estri Laras Arumingtyas Laboratorium Biologi Molekuler dan Seluler Universitas Brawijaya Malang 2006 2.1.Pendahuluan Era penemuan materi
Lebih terperinciAKTIVITAS GEN DAN PENGATURANNYA: SINTESIS PROTEIN. dr. Arfianti, M.Biomed, M.Sc
AKTIVITAS GEN DAN PENGATURANNYA: SINTESIS PROTEIN dr. Arfianti, M.Biomed, M.Sc Protein Working molecules of the cells Action and properties of cells Encoded by genes Gene: Unit of DNA that contain information
Lebih terperinciBAB I Pendahuluan. 1.1 Latar Belakang
BAB I Pendahuluan 1.1 Latar Belakang Revolusi di bidang biologi molekuler yang terjadi pada dekade terakhir menyebabkan peningkatan dalam koleksi dan kemudahan dalam memperoleh data genetik berupa data
Lebih terperinciStruktur Gen Manusia Secara Menyeluruh
Nama NIM Judul Email Blog : Lestari Trihartani : B1J005194 : Struktur Gen Manusia Secara Menyeluruh : masuka_berd2yahoo.com : http//:masuka.wordpress.com Struktur Gen Manusia Secara Menyeluruh Tahun 1977,
Lebih terperinciBioinformatika. Aplikasi Bioinformatika dalam Virologi
Bioinformatika Aplikasi Bioinformatika dalam Virologi Contents Klasifikasi virus Penentuan tingkat mutasi Prediksi rekombinasi Prediksi bagian antigen (antigenic sites) yang ada pada permukaan virus. Sebelum
Lebih terperinciMETODE DESAIN VAKSIN (PENDEKATAN BIOINFORMATIKA)
METODE DESAIN VAKSIN (PENDEKATAN BIOINFORMATIKA) Bioinformatika merupakan suatu metode yang memadukan antara teknologi komputasi dengan biologi molekuler yang memungkinkan kita untuk melakukan sebuah simulasi
Lebih terperinciProtein dan Perempuan
Protein dan Perempuan Mengambil Tulisan Pak Arief B Witarto di Blog Beliau : [Suara Pembaruan, Ahad, 14.12.2003; Oleh Arief B. Witarto] Di tengah ramainya bias gender dalam berbagai bidang, termasuk ilmu
Lebih terperinciParamita Cahyaningrum Kuswandi* FMIPA UNY 2012
MK. GENETIKA (BIOLOGI SEM 4) Kuswandi* FMIPA UNY 2012 Email *: paramita@uny.ac.id 2 1. From Mendel to DNA 2. The double helix 3. Genomics 4. The impact of genetic engineering 5. Model organisms 6. The
Lebih terperinciAndi Utama andi@nih.go.jp. Pendahuluan
Peranan Bioinformatika Dalam Dunia Kedokteran Andi Utama andi@nih.go.jp Lisensi Dokumen: Seluruh dokumen di IlmuKomputer.Com dapat digunakan, dimodifikasi dan disebarkan secara bebas untuk tujuan bukan
Lebih terperinciBAB V KESIMPULAN, SARAN & RINGKASAN
BAB V KESIMPULAN, SARAN & RINGKASAN V.1. Kesimpulan Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa: 1. Ekspresi hsa-mir-155-5p lebih tinggi 1,13 kali pada plasma darah penderita kanker nasofaring
Lebih terperincidan leukemia-associated tyrosine kinase fusion (TEL-PDGFbR) (Chen, et al., 2004). Dibandingkan dengan terapi menggunakan antibodi, pembuatan sediaan
BAB 1 PENDAHULUAN Dewasa ini sudah banyak kemajuan yang terjadi terhadap perkembangan ilmu pengetahuan. Perkembangan ilmu pengetahuan tersebut ditandai dengan banyaknya ilmu percabangan yang muncul di
Lebih terperinciBIOINFORMATIKA. Apa Itu Bioinformatika?
BIOINFORMATIKA Apa Itu Bioinformatika? Secara definisi, bioinformatika adalah ilmu yang mengaplikasikan teknologi informatika yaitu teknologi komputasi dan komunikasi terutama internet pada ilmu biologi.
Lebih terperinciBAB I. PENDAHULUAN. I.1. Latar Belakang. adanya heterogenitas pada perubahan genetik. Kanker payudara menjadi penyebab
BAB I. PENDAHULUAN I.1. Latar Belakang Kanker payudara merupakan penyakit kompleks yang ditandai dengan adanya heterogenitas pada perubahan genetik. Kanker payudara menjadi penyebab utama kematian di dunia.
Lebih terperinciPenelusuran database bioinformatika. Lutfan Lazuardi
Penelusuran database bioinformatika Lutfan Lazuardi Spektrum dan hirarki dari informatika kesehatan Clinical nformatics ndividual Patients Public Health nformatics Populations maging nformatics Tissues,
Lebih terperinciREVERSE TRANSKRIPSI. RESUME UNTUK MEMENUHI TUGAS MATAKULIAH Genetika I Yang dibina oleh Prof. Dr. A. Duran Corebima, M.Pd. Oleh
REVERSE TRANSKRIPSI RESUME UNTUK MEMENUHI TUGAS MATAKULIAH Genetika I Yang dibina oleh Prof. Dr. A. Duran Corebima, M.Pd Oleh UNIVERSITAS NEGERI MALANG FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM JURUSAN
Lebih terperinciImplementasi Super Pairwise Alignment pada Global Sequence Alignment
Implementasi Super Pairwise Alignment pada Global Sequence Alignment Oleh: ARFAN PANTUA 1207 100 704 JURUSAN MATEMATIKA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT TEKNOLOGI SEPULUH NOPEMBER
Lebih terperinciABSTRAK. Kata kunci: DNA, bioinformatika, sekuens, Needleman-Wunsch, Lempel-Ziv, algoritma pensejajaran DNA, frase sempurna
ABSTRAK Ilmu Bioinformatika meneliti tentang perubahan yang dialami oleh DNA, serta membantu memberikan tanda terhadap mutasi genetika yang terjadi. Untuk membandingkan sekuens DNA dan mencari tahu bagaimana
Lebih terperinciUNIVERSITAS SEBELAS MARET FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM S I L A B U S
UNIVERSITAS SEBELAS MARET FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM S I L A B U S JURUSAN : Biologi MATA KULIAH : Biologi Molekuler 1.1. Nama Mata Kuliah : Biologi Molekuler 1.2. Kode Mata Kuliah :
Lebih terperinci2015 ISOLASI DAN AMPLIFIKASI GEN PARSIAL MELANOCORTIN - 1 RECEPTOR (MC1R) PADA IKAN GURAME
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Indonesia merupakan salah satu negara mega biodiversity di dunia yang memiliki kekayaan ekosistem beragam, salah satunya adalah ekosistem perairan air tawar yang memiliki
Lebih terperinciJurnal Pengabdian pada Masyarakat No. 52 Tahun 2011, ISSN:
55 PELATIHAN PENGGUNAAN GEN BANK NCBI (National Center for Biotechnology Information) DAN PROGRAM MEGA 4.0 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 4.0) UNTUK PENELITIAN DAN PENINGKATAN PEMBELAJARAN
Lebih terperinciEKSPRESI GEN. Dyah Ayu Widyastuti
EKSPRESI GEN Dyah Ayu Widyastuti Ekspresi Gen Gen sekuen DNA dengan panjang minimum tertentu yang mengkode urutan lengkap asam amino suatu polipeptida, atau RNA (mrna, trna, rrna) Ekspresi Gen Enam tahapan
Lebih terperinci19/10/2016. The Central Dogma
TRANSKRIPSI dr.syazili Mustofa M.Biomed DEPARTEMEN BIOKIMIA DAN BIOLOGI MOLEKULER FK UNILA The Central Dogma 1 The Central Dogma TRANSKRIPSI Transkripsi: Proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada
Lebih terperinciBAB II DASAR TEORI. 2.1 DNA (Deoxy-Ribonucleic Acid)
BAB II DASAR TEORI Pada bagian ini dijelaskan mengenai teori-teori yang mendukung pengelompokan data ekspresi gen, bentuk data ekspresi gen dan jenis analisis dari data ekspresi gen tersebut. Dasar-dasar
Lebih terperinciBAB 1 PENDAHULUAN. kardiovaskular dan infeksi (Hauptman, et.al., 2013). Berdasarkan Global Health
BAB 1 PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Kanker merupakan penyebab kematian ketiga di dunia setelah penyakit kardiovaskular dan infeksi (Hauptman, et.al., 2013). Berdasarkan Global Health Estimates, WHO 2013
Lebih terperinciBIOINFORMATIKA: Mengawinkan Teknologi Informasi dengan Bioteknologi Trendnya di Dunia dan Prospeknya di Indonesia 1
BIOINFORMATIKA: Mengawinkan Teknologi Informasi dengan Bioteknologi Trendnya di Dunia dan Prospeknya di Indonesia 1 Dr. Arief B. Witarto, M.Eng. Laboratorium Rekayasa Protein, Pusat Penelitian Bioteknologi
Lebih terperinciIdentifikasi mikroba secara molekuler dengan metode NCBI (National Center for Biotechnology Information)
Identifikasi mikroba secara molekuler dengan metode NCBI (National Center for Biotechnology Information) Identifikasi bakteri pada saat ini masih dilakukan secara konvensional melalui studi morfologi dan
Lebih terperinciAbstrak. Keyword : high troughput virtual screening, molecular docking, molecular dynamics, high performance computing, cluster
Abstrak Screening aktifitas farmakologis bahan aktif pada tumbuhan obat merupakan proses yang mahal dan memerlukan waktu yang panjang bila harus dilakukan dengan percobaan di laboratorium dengan hewan
Lebih terperinciDAFTAR ISI Halaman HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... KATA PENGANTAR... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN...
DAFTAR ISI HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... KATA PENGANTAR...... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN... INTISARI... ABSTRACT... PENDAHULUAN... 1 A. Latar Belakang...
Lebih terperinciPengertian TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN. Cloning DNA. Proses rekayasa genetik pada prokariot. Pemuliaan tanaman konvensional: TeknologiDNA rekombinan:
Materi Kuliah Bioteknologi Pertanian Prodi Agroteknologi Pertemuan Ke 9-10 TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN Ir. Sri Sumarsih, MP. Email: Sumarsih_03@yahoo.com Weblog: Sumarsih07.wordpress.com Website: agriculture.upnyk.ac.id
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. Kanker payudara (KPD) merupakan salah satu tumor ganas penyebab
I. PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Kanker payudara (KPD) merupakan salah satu tumor ganas penyebab kematian wanita nomor satu (14,7%) di seluruh dunia (Globocan-IARC, 2012). International Agency for Research
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Gambar I-1 Jaringan Regulatori Genetik
BAB I PENDAHULUAN Pada bab ini dijelaskan latar belakang pelaksanaan Tesis, rumusan masalah, tujuan pelaksanaan Tesis, dan batasan masalah yang dikaji pada Tesis. Selain itu, dijelaskan pula metodologi
Lebih terperinciPokok Bahasan: Ekspresi gen
Pokok Bahasan: Ekspresi gen Sub Pokok Bahasan : 3.1. Regulasi Ekspresi 3.2. Sintesis Protein 3.1. Regulasi ekspresi Pengaruh suatu gen dapat diamati secara visual misalnya pada anggur dengan warna buah
Lebih terperinciSequence Alignment Menggunakan Algoritma Smith Waterman 1
Sequence Menggunakan Algoritma Smith Waterman 1 1 Inte Christinawati Bu ulölö, 2 Nopelina Simamora, 3 Sabar Tampubolon, 4 Allan Pinem Politeknik Informatika Del Jl. Sisingamangaraja, Sitoluama Kabupaten
Lebih terperinciDIAGNOSTIK MIKROBIOLOGI MOLEKULER
DIAGNOSTIK MIKROBIOLOGI MOLEKULER Sunaryati Sudigdoadi Departemen Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Padjadjaran 2015 KATA PENGANTAR Puji dan syukur dipanjatkan kehadirat Allah Subhanahuwa ta
Lebih terperinciDYNAMMIC PROGRAMMING DALAM MENENTUKAN ARTI URUTAN UNTAIAN GEN
DYNAMMIC PROGRAMMING DALAM MENENTUKAN ARTI URUTAN UNTAIAN GEN David Soendoro Program Studi Teknik Informatika, Sekolah Teknik Elektro dan Informatika, Institut Teknologi Bandung Alamat: Jalan Ganeca No.
Lebih terperinci1. BAB I PENDAHULUAN 1.1. Latar Belakang
1. BAB I PENDAHULUAN 1.1. Latar Belakang Diagnosis kanker dapat dilakukan berdasarkan struktur morfologisnya, namun hal tersebut mengalami kesulitan karena perbedaan struktur morfologis yang sangat tipis
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Multidrug resistant tuberculosis (MDR-TB) merupakan salah satu fenomena
BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Multidrug resistant tuberculosis (MDR-TB) merupakan salah satu fenomena resistensi tuberkulosis ( TB). MDR-TB didefinisikan sebagai keadaan resistensi terhadap setidaknya
Lebih terperinciURAIAN MATERI 1. Pengertian dan prinsip kloning DNA Dalam genom sel eukariotik, gen hanya menempati sebagian kecil DNA kromosom, selain itu merupakan
URAIAN MATERI 1. Pengertian dan prinsip kloning DNA Dalam genom sel eukariotik, gen hanya menempati sebagian kecil DNA kromosom, selain itu merupakan sekuen non kode (sekuen yang tidak mengalami sintesis
Lebih terperinciPolimerase DNA : enzim yang berfungsi mempolimerisasi nukleotidanukleotida. Ligase DNA : enzim yang berperan menyambung DNA utas lagging
DNA membawa informasi genetik dan bagian DNA yang membawa ciri khas yang diturunkan disebut gen. Perubahan yang terjadi pada gen akan menyebabkan terjadinya perubahan pada produk gen tersebut. Gen sering
Lebih terperinciPENGKLASTERAN PASIEN KANKER LEUKEMIA BERDASARKAN DATA EKSPRESI GEN DENGAN MENGGUNAKAN DEKOMPOSISI NILAI SINGULAR
J. Math. and Its Appl. ISSN: 1829-605X Vol. 7, No. 2, November 2010, 13 25 PENGKLASTERAN PASIEN KANKER LEUKEMIA BERDASARKAN DATA EKSPRESI GEN DENGAN MENGGUNAKAN DEKOMPOSISI NILAI SINGULAR Evi Noviani 1,
Lebih terperinciBAB II LANDASAN TEORI
BAB II LANDASAN TEORI Pada bagian ini akan diuraikan teori-teori dasar yang dijadikan sebagai landasan dalam penulisan tugas akhir ini. 2.1 Ilmu Bioinformatika Bioinformatika merupakan kajian yang mengkombinasikan
Lebih terperinciUNIVERSITAS SEBELAS MARET FAKULTAS KEDOKTERAN SILABUS
UNIVERSITAS SEBELAS MARET FAKULTAS KEDOKTERAN SILABUS Program Studi : Pendidikan Dokter Kode Blok : KBK703F Blok : BIOTEKNOLOGI KEDOKTERAN (Blok Elektif) Bobot : 2 SKS Semester : VII Standar Kompetensi
Lebih terperinciREGULASI EKSPRESI GEN PADA ORGANISME EUKARYOT
REGULASI EKSPRESI GEN PADA ORGANISME EUKARYOT Morfologi dan fungsi berbagai tipe sel organisme tingkat tinggi berbeda, misalnya: neuron mamalia berbeda dengan limfosit, tetapi genomnya sama Difenrensiasi
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Indonesia merupakan negara tropis dengan keanekaragaman hayati sangat
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Indonesia merupakan negara tropis dengan keanekaragaman hayati sangat tinggi (megabiodiversity) termasuk di dalamnya tanaman obat. Banyak tanaman yang dipercaya masyarakat
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. perempuan di dunia dan urutan pertama untuk wanita di negara sedang
I. PENDAHULUAN Kanker serviks menduduki urutan kedua dari penyakit kanker yang menyerang perempuan di dunia dan urutan pertama untuk wanita di negara sedang berkembang (Emilia, dkk., 2010). Berdasarkan
Lebih terperinciRangkaian Ekspresi Gen
TRANSKRIPSI Ekspresi Gen Gen berekspresi dengan cara mengendalikan. sifat organisme Pengendalian dilakukan melalui pembentukan enzim/protein yang berperan dalam proses metabolisme Pengendalian pembentukan
Lebih terperinciREKAYASA GENETIKA. By: Ace Baehaki, S.Pi, M.Si
REKAYASA GENETIKA By: Ace Baehaki, S.Pi, M.Si Dalam rekayasa genetika DNA dan RNA DNA (deoxyribonucleic Acid) : penyimpan informasi genetika Informasi melambangkan suatu keteraturan kebalikan dari entropi
Lebih terperinciketebalan yang berbeda-beda dan kadang sangat sulit ditemukan dengan mikroskop. Namun, ada bukti secara kimiawi bahwa lamina inti benar-benar ada di
Membran Inti Inti sel atau nukleus sel adalah organel yang ditemukan pada sel eukariotik. Organel ini mengandung sebagian besar materi genetik sel dengan bentuk molekul DNA linear panjang yang membentuk
Lebih terperinciPENDAHULUAN. Latar Belakang. Selama tiga dekade ke belakang, infeksi Canine Parvovirus muncul sebagai salah
PENDAHULUAN Latar Belakang Canine Parvovirus merupakan penyakit viral infeksius yang bersifat akut dan fatal yang dapat menyerang anjing, baik anjing domestik, maupun anjing liar. Selama tiga dekade ke
Lebih terperinciREGULASI EKSPRESI PROTEIN. Agustina Setiawati
REGULASI EKSPRESI PROTEIN Agustina Setiawati Pendahuluan DOGMA SENTRAL Pada proses apakah ekspresi suatu gen diatur? Pendahuluan Regulated genes Control cell growth and cell division. Expression is regulated
Lebih terperinciKARYA ILMIAH BIOINFORMATIKA MENJELMA MENJADI BISNIS BESAR
KARYA ILMIAH BIOINFORMATIKA MENJELMA MENJADI BISNIS BESAR Oleh: Nama : Novandy Pradana Nim : 10.11.3656 STIMIK AMIKOM YOGYAKARTA 2011 ABSTRAK Ledakan informasi dari kemajuan bioteknologi seperti data sekuen
Lebih terperinciOrganisasi DNA dan kode genetik
Organisasi DNA dan kode genetik Dr. Syazili Mustofa, M.Biomed Lektor mata kuliah ilmu biomedik Departemen Biokimia, Biologi Molekuler, dan Fisiologi Fakultas Kedokteran Unila DNA terdiri dari dua untai
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. kematian nomor tujuh di Indonesia dengan persentase 5,7 persen dari keseluruhan
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Masalah Tumor merupakan penyakit yang mengkhawatirkan karena menjadi penyebab kematian nomor tujuh di Indonesia dengan persentase 5,7 persen dari keseluruhan penduduk
Lebih terperinciKOMPUTASI EVOLUSIONER Algoritma Genetik, Pemrograman Genetik, dan Pemrograman Evolusioner Oleh : Thomas Sri Widodo
KOMUTASI EVOLUSIONER Algoritma Genetik, emrograman Genetik, dan emrograman Evolusioner Oleh : Thomas Sri Widodo Edisi ertama Cetakan ertama, 2012 Hak Cipta 2012 pada penulis, Hak Cipta dilindungi undang-undang.
Lebih terperinciSINTESIS PROTEIN. Delayota Science Club Januari 2011
SINTESIS PROTEIN Delayota Science Club Januari 2011 Dogma Sentral Aliran informasi genetik dari DNA ke Protein Informasi (kode genetik) pada DNA akan diekspresikan dalam bentuk protein Kode genetik Marshall
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. menimbulkan wabah dan menyebabkan kematian. Dalam kurun waktu 50 tahun
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Infeksi virus dengue merupakan salah satu penyakit menular yang sering menimbulkan wabah dan menyebabkan kematian. Dalam kurun waktu 50 tahun kasus dengue di dunia meningkat
Lebih terperinciSTRUKTUR DAN FUNGSI SEL 28 SEPTEMBER 2015
STRUKTUR DAN FUNGSI SEL 28 SEPTEMBER 2015 PENDAHULUAN Biologi adalah kajian tentang kehidupan Keanekaragaman hayati dapat terjadi pada tingkat gen, tingkat jenis, dan tingkat ekosistem yang dijumpai di
Lebih terperinciPROSES-PROSES AWAL EKSPRESI GEN PADA TANAMAN
PROSES-PROSES AWAL EKSPRESI GEN PADA TANAMAN DR. IR. EDY BATARA MULYA SIREGAR, MS Fakultas Pertanian Program Studi Ilmu Kehutanan Universitas Sumatera Utara 1. Pendahuluan Fenotip yang dapat kita amati
Lebih terperinciFISTEK MINGGU KE-2 S-1 SBW
FISTEK MINGGU KE-2 S-1 SBW FASE PERKEMBANGAN RESPIRASI Sebagai contoh: EFEK RESP. THD DAYA SIMPAN KOMODITI bawang putih yang disimpan pada suhu 30 o C dan menghasilkan 35 mg CO 2 /kg/jam ; maka kehilangan
Lebih terperinciPenerapan Algoritma Program Dinamis pada Penyejajaran Sekuens dengan Algoritma Smith Waterman
Penerapan Algoritma Program Dinamis pada Penyejajaran Sekuens dengan Algoritma Smith Waterman Afif Bambang Prasetia (13515058) Program Studi Teknik Informatika Sekolah Teknik Elektro dan Informatika Institut
Lebih terperinciBAB II DNA dan CODIS 13
BAB II DNA dan CODIS 13 2.1. DNA (DEOXYRIBONUCLEIC ACID) DNA merupakan singkatan dari Deoxyribonucleic Acid [4]. Susunan lengkap DNA yang berisikan seluruh data dan instruksi dalam mengkontrol seluruh
Lebih terperinciPENELUSURAN PANG KALAN DATA TEKS BIDANG BIOLOGI
ezlrtikel PENELUSURAN PANG KALAN DATA TEKS BIDANG BIOLOGI Siti Elly Faisholyah S«d 8'~ 'D~ 44«'l~ g'~ fla44 44«'l~ '7'«4t fla119 g'~.f!'jp'j Siti Elly Faisholyah (Penelusuran pangkalan data teks bidang
Lebih terperinciUNIVERSITAS NEGERI YOGYAKARTA FAKULTAS MIPA
UNIVERSITAS NEGERI YOGYAKARTA FAKULTAS MIPA RENCANA PELAKSANAAN PEMBELAJARAN 1. Fakultas / Program Studi : FMIPA / Biologi 2. Mata Kuliah / Kode : Genetika Molekuler / SBG 252 3. Jumlah SKS : Teori = 2
Lebih terperinciTINJAUAN TENTANG HIV/AIDS
BAB 2 TINJAUAN TENTANG HIV/AIDS 2.1 Pengenalan Singkat HIV dan AIDS Seperti yang telah dijelaskan pada bab sebelumnya, HIV adalah virus penyebab AIDS. Kasus pertama AIDS ditemukan pada tahun 1981. HIV
Lebih terperinciSIMULASI IDENTIFIKASI DAERAH CODING PADA DEOXYRIBONUCLEIC ACID DENGAN MENGGUNAKAN DISCRETE FOURIER TRANSFORM
JETri, Volume 4, Nomor 2, Februari 2005, Halaman 45-60, ISSN 1412-0372 SIMULASI IDENTIFIKASI DAERAH CODING PADA DEOXYRIBONUCLEIC ACID DENGAN MENGGUNAKAN DISCRETE FOURIER TRANSFORM Suhartati Agoes & Suryadi*
Lebih terperinciDAFTAR ISI. Halaman ABSTRAK... i ABSTRACT... ii DAFTAR ISI... iii DAFTAR GAMBAR... vi DAFTAR TABEL... vii DAFTAR LAMPIRAN... viii
DAFTAR ISI ABSTRAK... i ABSTRACT... ii DAFTAR ISI... iii DAFTAR GAMBAR... vi DAFTAR TABEL... vii DAFTAR LAMPIRAN... viii BAB I PENDAHULUAN... 1 A. Latar Belakang Penelitian... 1 B. Rumusan Masalah Penelitian...
Lebih terperinciNUCLEAR GENOME & CHROMOSOME PACKAGING
MK : Genetika Molekuler Prodi : Biologi (Sem 5) NUCLEAR GENOME & CHROMOSOME PACKAGING Paramita C. Kuswandi,/FMIPA UNY/2014 Email : paramita@uny.ac.id Jumlah total materi genetis pada suatu organisme =
Lebih terperinciXI. Expresi Gen (From Gene to Protein) Diambil dari Campbell et al (2009), Biology 8th
14/17 November 2011 Tatap Muka 8: Heredity III XI. Expresi Gen (From Gene to Protein) Diambil dari Campbell et al (2009), Biology 8th Pada bab sebelumnya telah dijelaskan bahwa sifat (trait) yang diturunkan
Lebih terperinciSISTEMATIKA DAN FILOGENETIKA MOLEKULER
SISTEMATIKA DAN FILOGENETIKA MOLEKULER Topik Hidayat* Adi Pancoro** *Jurusan Pendidikan Biologi, FPMIPA, UPI **Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati, ITB Sistematika? Sistematika adalah ilmu tentang keanekaragaman
Lebih terperinciGambar 1. Visualisasi elektroforesis hasil PCR (kiri) dan Sekuen Gen Hf1-exon 1 Petunia x hybrida cv. Picotee Rose yang berhasil diisolasi.
GTGGCCGGTGATCGG-3 ) dan reverse (5 -CCGATATGAGTCGAGAGGGCC-3 ). Hasil PCR dicek dengan elektroforesis pada agarose 1,5%. Sekuensing gen target dilakukan di 1st Base Malaysia. Hasil sekuensing berupa elektroferogram
Lebih terperinciIdentifikasi Mutasi Gen β Globin Ekson 1 Pada Pembawa Thalassemia
ISSN 2302-1616 Vol 2, No. 1, Juni 2014, hal 63-69 Identifikasi Mutasi Gen β Globin Ekson 1 Pada Pembawa Thalassemia NIKEN SATUTI NUR HANDAYANI 1, ANDIKA TRIPRAMUDYA ONGGO 2 1 Fakultas Biologi, Universitas
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Isolasi DNA Metode isolasi dilakukan untuk memisahkan DNA dari komponen sel yang lain (Ilhak dan Arslan, 2007). Metode isolasi ini sesuai dengan protokol yang diberikan oleh
Lebih terperinciReplikasi Gen Ekspresi genetik
SEJARAH PENEMUAN BAHAN GENETIK Replikasi Gen Ekspresi genetik Pertemuan ke 4 1882, Walther Flemming menemukan kromosom adalah bagian dari sel yang ditemukan Mendel 1887, Edouard-Joseph-Louis-Marie van
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. secara luas. Selain memiliki peran yang sangat penting dalam bidang ekologi,
1 BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Euphorbiaceae merupakan salah satu famili tumbuhan yang terdistribusi secara luas. Selain memiliki peran yang sangat penting dalam bidang ekologi, Euphorbiaceae pun
Lebih terperinciVI. PEMBAHASAN UMUM Rhizobium Sebagai Agen Tranformasi Genetika Alternatif
VI. PEMBAHASAN UMUM Rhizobium Sebagai Agen Tranformasi Genetika Alternatif Transformasi genetika merupakan teknik yang rutin digunakan saat ini untuk mentransfer berbagai sifat penting pada tanaman dan
Lebih terperinciKasus Penderita Diabetes
Kasus Penderita Diabetes Recombinant Human Insulin Marlia Singgih Wibowo School of Pharmacy ITB Sejak Banting & Best menemukan hormon Insulin pada tahun 1921, pasien diabetes yang mengalami peningkatan
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. A. Latar Belakang
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Retinoblastoma merupakan keganasan intraokular paling sering pada anak, yang timbul dari retinoblas immature pada perkembangan retina. Keganasan ini adalah keganasan
Lebih terperinciReview of Multiple Input Multiple Output Causal Strategies for Gene Selection
Review of Multiple Input Multiple Output Causal Strategies for Gene Selection Abstract Feature extraction is one of a problem in bioinformatics. Bioinformatics research using many feature in their dataset.
Lebih terperinciIDENTIFIKASI KERAGAMAN GEN Growth Hormone PADA DOMBA EKOR TIPIS SUMATERA
SKRIPSI IDENTIFIKASI KERAGAMAN GEN Growth Hormone PADA DOMBA EKOR TIPIS SUMATERA Oleh: Astri Muliani 11081201226 PROGRAM STUDI PETERNAKAN FAKULTAS PERTANIAN DAN PETERNAKAN UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SULTAN
Lebih terperinciXII. Pengaturan Expresi Gen (Regulation of Gene Expression) Diambil dari Campbell et al (2009), Biology 8th
21/24 November 2011 Tatap Muka 9: Heredity IV XII. Pengaturan Expresi Gen (Regulation of Gene Expression) Diambil dari Campbell et al (2009), Biology 8th Sel secara tepat mampu mengatur ekspresi gen. Sel
Lebih terperinciBAB 1 PENDAHULUAN. Sistem Pakar adalah program AI yang menggabungkan basis pengetahuan
BAB 1 PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Sistem Pakar adalah program AI yang menggabungkan basis pengetahuan dengan sistem inferensi. Program merupakan bagian software spesialisasi tingkat tinggi yang berusaha
Lebih terperinciRNA (Ribonucleic acid)
RNA (Ribonucleic acid) Seperti yang telah dikemukakan bahwa, beberapa organisme prokaryot, tidak memiliki DNA, hanya memiliki RNA, sehingga RNA-lah yang berfungsi sebagai molekul genetik dan bertanggung
Lebih terperinciBIOTEKNOLOGI. Perubahan Genetik, Replikasi DNA, dan Ekspresi Gen
BIOTEKNOLOGI Perubahan Genetik, Replikasi DNA, dan Ekspresi Gen Sekilas tentang Gen dan Kromosom 1882, Walther Flemming menemukan kromosom adalah bagian dari sel yang ditemukan oleh Mendel 1887, Edouard-Joseph-Louis-Marie
Lebih terperinciMODIFIKASI PASCA TRANSKRIPSI. RESUME untuk memenuhi tugas mata kuliah Genetika I yang dibimbing oleh Prof. Dr. A. Duran Corebima, M.Pd.
MODIFIKASI PASCA TRANSKRIPSI RESUME untuk memenuhi tugas mata kuliah Genetika I yang dibimbing oleh Prof. Dr. A. Duran Corebima, M.Pd. Kelompok Offering B Anggota: Didik Dwi Prastyo 130341624788 Imroatun
Lebih terperinci