HASIL. Tabel 1 Pertumbuhan galur B. japonicum dan E. coli pada media agar yang mengandung antibiotik
|
|
- Shinta Pranata
- 6 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 HASIL Penentuan Resistensi terhadap Antibiotik Ketiga galur B. japonicum BJ11, BJ38, dan KDR15 menunjukkan kemampuannya tumbuh pada media YMA CR % yang mengandung antibiotik ampisilin, rifampisin atau tetrasiklin (Tabel 1). Namun demikian ketiga galur tersebut tidak mampu tumbuh pada media YMA CR % kanamisin (50 µg/ml). E. coli S171 (λ pir) dengan konsentrasi antibiotik yang sama mampu tumbuh pada media LA yang mengandung ampisilin ataupun kanamisin, tetapi tidak mampu tumbuh pada media LA yang mengandung rifampisin ataupun tetrasiklin (Tabel 1). Hal ini disebabkan karena E. coli S171 (λ pir) membawa plasmid putminitn5km1 yang membawa gen resistensi terhadap kanamisin dan ampisilin (Gambar 1). Tabel 1 Pertumbuhan galur B. japonicum dan E. coli pada media agar yang mengandung antibiotik Sandi galur BJ11 BJ38 KDR15 E.c S171 λpir Ampisilin Kanamisin Rifampisin Tetrasiklin Keterangan : = tumbuh; = tidak tumbuh; konsentrasi antibiotik yang digunakan dalam µg/ml Gambar 4 memperlihatkan penampilan pertumbuhan ketiga galur B. japonicum (BJ11, BJ38, dan KDR15) pada media YMA CR % rifampisin 50 µg/ml setelah diinkubasi selama 7 hari pada suhu ruang. Ketiga galur tersebut memiliki tipe koloni Large Watery atau berair pada masa inkubasi 8 hari.
2 23 Gambar 4 Penampilan pertumbuhan B. japonicum toleran asamal galur BJ11, KDR15, dan BJ38 pada media YMA CR % rifampisin 50 µg/ml setelah inkubasi selama 8 hari pada suhu ruang. Berdasarkan kemampuan tumbuh galurgalur tersebut pada media agar yang mengandung antibiotik, pada penelitian ini dapat ditentukan media YMA CR % kanamisin (50 µg/ml) rifampisin (50 µg/ml) digunakan sebagai media seleksi hasil konjugasi. Karena galurgalur B. japonicum sensitif terhadap kanamisin tetapi resisten rifampisin, sedangkan E. coli resisten kanamisin tetapi sensitif terhadap rifampisin, maka hasil seleksi pada proses konjugasi adalah koloni B. japonicum yang tumbuh pada media seleksi tersebut. Mutagenesis dengan Transposon dan Seleksi Mutan B. japonicum Sensitif AsamAl Transposon minitn5km1 yang dibawa plasmid put dalam E. coli S171 (λ pir) telah berhasil ditransfer ke B. japonicum toleran asamal melalui konjugasi. Konjugasi bakteri dilakukan pada tiga waktu inkubasi mating yaitu 12, 18, dan 24 jam. Frekuensi tertinggi dicapai oleh galur BJ11 pada waktu inkubasi mating 24 jam sebesar 7.1x10 6 sel/resipien, sedangkan frekuensi terendah dicapai oleh galur BJ38 sebesar 6.1x10 8 pada waktu inkubasi mating 12 jam (Tabel 2). Frekuensi konjugasi dari galur BJ11 dan KDR15 cenderung meningkat sampai waktu inkubasi mating 24 jam. Untuk galur BJ38 frekuensi konjugasinya meningkat sampai waktu inkubasi mating 18 jam dan mengalami penurunan
3 24 setelah waktu inkubasi 24 jam. Berdasarkan hasil konjugasi pada ketiga galur B. japonicum tersebut dengan menggunakan donor E. coli S171 (λ pir) terlihat bahwa penambahan lama waktu inkubasi mating dapat dilakukan antara 1824 jam untuk mendapatkan frekuensi konjugasi yang lebih tinggi dibandingkan waktu inkubasi 12 jam. Tabel 2 Frekuensi konjugasi putminitn5km1 dari E. coli S171 (λ pir) ke B. japonicum pada tiga waktu inkubasi mating yang berbeda Konjugasi Bakterial BJ11 x E. coli S171 λpir BJ38 x E. coli S171 λpir KDR15 x E. coli S171 λpir Frekuensi konjugasi (sel/resipien) 12 jam 18 jam 24 jam 6.7x x x x x x x x x10 6 Koloni transkonjugan yang diperoleh dari hasil konjugasi diuji sensitivitasnya pada media Ayanaba (ph 4.5; Al 50 µm) untuk menentukan koloni B. japonicum transkonjugan yang sensitif asamal. Koloni transkonjugan yang sensitif tidak mampu tumbuh atau terhambat pertumbuhannya pada media asamal, sedangkan koloni transkonjugan yang tetap toleran mampu tumbuh pada media tersebut. Koloni yang sensitif diduga telah mengalami penyisipan transposon pada gen yang terlibat dalam toleransi asamal sehingga tidak mampu tumbuh pada media asamal dan transkonjugan sensitif ini selanjutnya diberi nama mutan sensitif asamal (acidal sensitive= AAS). Hasil seleksi transkonjugan dari galur BJ11 dan BJ38 diperoleh masingmasing tiga mutan sensitif asamal yaitu dengan sandi galur AAS11.1, AAS11.2, dan AAS11.5 yang dihasilkan dari galur BJ11 serta AAS38.1, AAS38.2, dan AAS38.3 yang dihasilkan dari galur BJ38. Hasil seleksi transkonjugan yang dihasilkan dari galur KDR15 diperoleh satu mutan sensitif asamal dengan sandi galur AAS15.2. Selanjutnya satu mutan yang dihasilkan dari galur BJ11, yang didesain sebagai AAS11.2 digunakan sebagai model untuk analisis genetika molekuler toleransi asamal pada B. japonicum.
4 25 Uji Pembentukan Bintil Akar B. japonicum termasuk spesies bakteri tumbuh lambat yang dapat membentuk bintil akar baik pada tanaman dari genus Macroptilium maupun Glycine (Perret et al. 2000). Ketiga galur B. japonicum BJ11, KDR15, dan BJ38 beserta mutannya dapat membentuk bintil pada tanaman siratro (Macroptilium atropupureum) atau kedelai (Glycine max). Galur BJ11, BJ38, dan AAS38.3 tidak mampu membentuk bintil pada tanaman siratro, tetapi mampu membentuk bintil pada tanaman kedelai. Gambar 5 menampilkan bintil akar yang terbentuk pada tanaman siratro yang diinokulasi dengan galur liar (wild type= WT) KDR15 dan mutannya (AAS15.2). Waktu yang dibutuhkan untuk membentuk bintil pada tanaman siratro lebih cepat (15 hari) dibandingkan pada tanaman kedelai (30 hari). Jumlah dan letak bintil yang terbentuk cenderung beragam pada masingmasing galur yang diuji (Tabel 3). A) B) Gambar 5 A) Bintil akar tanaman siratro yang terbentuk inokulasi dengan B. japonicum KDR15 (WT), dengan B) Bintil akar tanaman siratro yang terbentuk hasil inokulasi dengan mutan AAS15.2 (ditunjukkan dengan anak panah).
5 Tabel 3 Hasil uji pembentukan bintil akar pada tanaman siratro (Macroptilium atropupureum) dan kedelai (Glycine max) Sandi galur Tipe liar BJ11 BJ38 KDR15 Mutan AAS11.2 Tanaman inang Bintil akar yang terbentuk yang digunakan Hari ke Jumlah Letak kedelai AU/1AS siratro 15 0 kedelai AU/2AS siratro 15 0 kedelai td siratro AU/1AS kedelai td siratro 15 3 AU AAS38.3 kedelai 30 7 AS siratro 15 0 AAS15.2 kedelai td siratro AS/1AU Keterangan: AU = akar utama; AS = akar sekunder; td = tidak dilakukan 26 Isolasi DNA Genom Pengapit Transposon dengan Inverse PCR dan Kloning Produk Inverse PCR Amplifikasi DNA genom pengapit transposon yang berukuran 0.8 kb (Gambar 6A) dari galur mutan AAS11.2 telah berhasil diperoleh melalui inverse PCR. Ligasi fragmen DNA genom pengapit transposon yang berukuran 0.8 kb ke dalam pgemt Easy menghasilkan plasmid rekombinan pgemt11 ( 3.8 kb). Peta plasmid rekombinan pgemt11 ditampilkan pada Gambar 6B. Plasmid rekombinan pgemt11 telah berhasil dikonstruksi dan diintroduksikan ke dalam sel inang E. coli DH5 α. Hal ini ditunjukkan dengan hasil verifikasi plasmid rekombinan yang dipotong dengan EcoRI menghasilkan dua pita DNA yaitu pita berukuran ~3 kb (vektor pgemt) dan DNA sisipan (fragmen DNA genom hasil inverse PCR) yang berukuran 0.8 kb (Gambar 7A). Selain itu verifikasi dengan PCR pada plasmid rekombinan juga diperoleh pita DNA hasil amplifikasi yang berukuran sekitar 0.8 kb (Gambar 7B).
6 27 A) (kb) M 1 12 B) pgemt11 ( 3.8 kb) kb Gambar 6 A) Elektroforesis gel agarosa DNA genom pengapit transposon yang berhasil diamplifikasi dengan inverse PCR dari genom mutan B. japonicum sensitif asamal AAS11.2 (1) dan M= marker DNA 1 kb ladder plus. B) Peta plasmid rekombinan pgemt11 ( 3.8 kb). A) kb 12 M 1 2 B) (kb) M kb (vektor = pgemt Easy) kb (insert) kb Gambar 7 A) Hasil Elektroforesis gel agarosa plasmid rekombinan. M= Marker DNA 1 kb ladder plus, 1 dan 2= pgemt11 yang dipotong dengan EcoRI. B) Hasil verifikasi DNA sisipan (insert) dalam plasmid rekombinan dengan PCR pada gel agarosa 1%. M= Marker DNA 1 kb ladder plus, 1 dan 2= pita DNA insert yang diamplifikasi dengan PCR. Analisis Sekuen DNA Genom yang Terlibat dalam Toleransi AsamAl Fragmen DNA pengapit tranposon dari mutan AAS11.2 (0.8 kb) pada plasmid rekombinan pgemt11 telah disekuen dengan menggunakan primer universal M13R dan M13F. Hasil sekuensing DNA diperoleh 764 nukleotida. Analisis sekuen dengan menggunakan program BLASTX melalui situs European Bioinformatics Institute (EBI) menunjukkan similaritas dengan putative inner
7 28 membrane protein yang disandikan oleh gen yhfk (79% identity; 84% similarity, Evalue= 1.0xe 100 ) dari Salmonella typhimurium (nomor akses Q8ZLK8). Pada Salmonella protein tersebut berfungsi sebagai efflux transporter. Hasil pensejajaran (alignment) dari sekuen tersebut terlihat pada Gambar 8. Gambar 8 Hasil pensejajaran (alignment) homologi antara sekuen fragmen DNA genom yang terlibat dalam toleransi asamal pada B. japonicum dengan S. typhimurium.
8 PEMBAHASAN Mutagenesis dengan transposon minitn5km1 melalui proses konjugasi pada tiga galur B. japonicum toleran asamal (BJ11, BJ38, dan KDR15) menghasilkan frekuensi konjugasi yang berkisar antara sel/resipien artinya untuk memperoleh satu koloni transkonjugan dibutuhkan sel B. japonicum sebanyak sel. Untuk mendapatkan koloni transkonjugan yang sensitif asamal dari hasil mutagenesis dengan transposon dibutuhkan frekuensi konjugasi yang tinggi, karena transposon minitn5km1 yang berukuran 1835 bp menyisip secara acak pada kromosom B. japonicum, sehingga kemungkinan untuk menyisip pada gen toleransi asamal sangat rendah. Frekuensi konjugasi tertinggi yang dicapai galur BJ11 (7.1x10 6 sel/resipien) lebih tinggi bila dibandingkan hasil konjugasi pada Magnetospirillum magneticum (2.7x10 7 sel/resipien) dengan menggunakan plasmid yang sama (Wahyudi et al. 2001), ataupun pada Bartonella henselae (10 9 sel/resipien) menggunakan put/km (minitn5 dengan Km r ) (Dehio & Meyer 1997). Frekuensi transkonjugasi dari BJ11 tersebut cukup untuk menghasilkan B. japonicum sensitif asamal seperti yang dilaporkan pada penelitian ini. Plasmid put yang berperan sebagai pembawa transposon minitn5km1 diturunkan dari pgp704 dan memiliki origin of replication (ori) dari plasmid R6K yang hanya dapat bereplikasi pada bakteri penghasil protein π seperti di dalam λ pir lisogen dari E.coli K12. Plasmid ini juga membawa orit dari plasmid RP4 yang dapat menghasilkan proses transfer yang efisien ke sel resipien yang diperantarai fungsi mobilisasi RP4 di dalam donor. Selain itu put membawa tnp* yaitu mutan gen tnp dari IS50 R yang menyandikan transposase yang dibutuhkan untuk perpindahan (transposisi) minitn5 (Lorenzo et al. 1990). Setelah terjadi transfer putminitn5km1 dari E. coli S171 (λpir) ke sel B. japonicum melalui konjugasi, transposon minitn5km1 menyisip secara acak pada kromosom B. japonicum. Proses ini dapat menghasilkan insersi yang stabil, karena gen transposase berada di luar transposon minitn5km1 (Herrero et al. 1990). Sementara itu put tidak dapat bereplikasi di dalam sel B. japonicum karena untuk memulai replikasi membutuhkan fungsi protein pir (protein
9 30 initiation of replication) dari inangnya, sehingga setelah proses transfer plasmid ini tidak dapat dipertahankan pada sel inang B. japonicum atau dinamakan suicide vector. Sebelumnya Wahyudi et al. (1998) melaporkan hasil konjugasi antara B. japonicum 11, 33, dan 43 dengan E. coli S171 λ pir (putminitn5km1) menggunakan perbandingan antara sel donor dan resipien (10:1) pada waktu inkubasi mating 12 jam diperoleh frekuensi konjugasi 10 9 sel/resipien. Penambahan waktu inkubasi 1824 jam dan perbandingan yang sama antara sel donor dan resipien (1:1) pada ketiga galur B. japonicum yaitu BJ11, BJ38, dan KDR15 menghasilkan frekuensi konjugasi yang lebih tinggi dibandingkan waktu inkubasi 12 jam. Galur BJ11 dan BJ38 frekuensi konjugasinya meningkat 10 kali lipat setelah waktu inkubasi 18 dan 24 jam. Tetapi untuk galur KDR15 peningkatan frekuensi konjugasi pada tiga waktu inkubasi mating masih pada kisaran yang sama yaitu 10 6 sel/ resipien. Pada kondisi yang optimal, beberapa plasmid hampir 100% dapat mentransfer dirinya sendiri ke sel lain setiap terjadi kontak antar sel. Sistem transfer dari plasmid RP4 memungkinkan efisiensi transfer yang tinggi dari sel donor ke sel resipien, karena plasmid ini bersifat promiscuous sehingga dapat mentransfer dirinya sendiri ke berbagai bakteri gram negatif (Snyder & Champness 1997). Namun frekuensi transposisi dari Tn5 sendiri secara in vivo dipengaruhi oleh inangnya (Goryshin & Reznikoff 1998). Perbedaan frekuensi konjugasi juga dapat dipengaruhi oleh perangkat sistem sel yang dimiliki bakteri (Wahyudi 2004). Jadi kemungkinan waktu inkubasi merupakan salah satu faktor yang dapat mempengaruhi efisiensi transfer plasmid dari sel donor ke sel resipien. Namun sistem sel inang sendiri juga menentukan efisiensi transposisi dari Tn5, sehingga terdapat perbedaan nilai frekuensi konjugasi diantara ketiga galur B. japonicum ataupun diantara spesies bakteri yang menggunakan plasmid yang sama. Koloni B. japonicum tanskonjugan yang diperoleh dari hasil konjugasi secara konsisten dapat tumbuh pada media YMA CR % rifampisin kanamisin. Hal ini menunjukkan proses transfer transposon minitn5km1 telah berhasil dilakukan dengan adanya sel B. japonicum yang tidak hanya resisten
10 31 rifampisin tetapi juga resisten terhadap kanamisin. Mutan sensitif asamal diperoleh dari hasil seleksi koloni mutan B. japonicum pada media Ayanaba (ph 4.5; Al 50 µm) yang diduga telah mengalami insersi pada gen yang menyandikan toleransi asamal, sehingga tidak mampu tumbuh pada media Ayanaba ph 4.5 dan konsentrasi Al 50 µm. Menurut Ayanaba et al. (1983), setelah waktu inkubasi 10 hari galur toleran dapat tumbuh dengan baik dan pada media yang menggunakan indikator ph yaitu bromcresol purple (BCP) dan bromcresol green (BCG). Hal ini menunjukkan adanya perubahan ph dengan adanya perubahan warna media. Sedangkan galur yang sensitif tidak dapat tumbuh sampai waktu inkubasi 25 hari. Tujuh mutan sensitif asamal diperoleh dari hasil seleksi koloni transkonjugan galur BJ11, BJ38, dan KDR15 yang telah mengalami insersi transposon pada kromosomnya. O Hara et al. (1989) melaporkan bahwa galur Rhizobium meliloti toleran pada media asam dikarenakan galur tersebut mempunyai kemampuan untuk mempertahankan ph intraseluler (phi) antara 7.2 dan 7.4 ketika ph eksternalnya rendah (ph 5.6). Sedangkan pada empat galur mutan R. meliloti WSM419 yang genomnya disisipi dengan Tn5 tidak dapat tumbuh pada ph 5.6. Hal ini menunjukkan galur mutan kehilangan kemampuan untuk mempertahankan phinya. Pada bakteri neutrofil, pemeliharaan phi membutuhkan sistem transport elektron, ATPase untuk translokasi proton, dan antiporter proton/kalium (Booth 1985). Penyisipan transposon pada suatu gen dapat menimbulkan gen tersebut tidak terekspresi (inaktif) (Snyder & Champness 1997). Gengen yang berperan dalam nodulasi dan fiksasi N 2 pada B. japonicum tidak terdapat pada plasmid seperti halnya Rhizobium, akan tetapi terdapat pada kromosom (Barbour et al. 1992). Jika transposon minitn5km1 menyisip pada gen nod yang berperan dalam pembentukan bintil pada B. japonicum, maka akan menimbulkan inaktivasi dari gen tersebut dan akibatnya B. japonicum tidak mampu membentuk bintil pada tanaman inangnya. Wahyudi et al. (1998) melaporkan dari 25 koloni transkonjugan B. japonicum yang mengalami insersi transposon minitn5km1 pada kromosomnya terdapat 1 koloni transkonjugan yang tidak mampu membentuk bintil. Pada penelitian ini mutan sensitif asamal dari ketiga galur B. japonicum BJ11, BJ38, dan KDR15 masih mampu membentuk bintil akar pada
11 32 tanaman inangnya, siratro maupun kedelai (Tabel 3). Kemungkinan transposon minitn5km1 hanya menyisip pada gen yang terlibat dalam toleransi asamal dan tidak terkait dengan gen untuk pembentukan bintil akar. Fragmen DNA genom pengapit transposon dari mutan B. japonicum AAS11.2 telah berhasil diisolasi dengan teknik inverse PCR menghasilkan fragmen yang berukuran 0.8 kb (Gambar 6A). Teknik inverse PCR terdiri dari tiga tahap yaitu pemotongan dengan enzim restriksi yang tidak memotong pada bagian transposon, ligasi fragmen DNA membentuk lingkaran monomerik, dan produk ligasi digunakan sebagai substrat untuk amplifikasi dengan PCR menggunakan primer dekat ujung sekuen minitn5km1 yang diarahkan ke luar dari transposon. Produk inverse PCR adalah molekul DNA linier utas ganda dan titik temu antara daerah upstream dan downstream dapat diidentifikasi sebagai situs restriksi dari enzim yang digunakan untuk menghasilkan fragmen linier untuk self ligasi (Wahyudi et al. 2001). Wahyudi et al. (2001) melaporkan hasil amplifikasi DNA genom pengapit transposon minitn5km1 pada M. magneticum dengan teknik inverse PCR menghasilkan produk yang berukuran kb yang diamplifikasi dari 14 mutan nonmagnetik. DNA genom mutan B. japonicum AAS11.2 dipotong dengan EcoRV yang tidak memotong pada bagian transposonnya dan ligasi dari fragmen hasil pemotongan dengan EcoRV memungkinkan amplifikasi dari DNA genom pengapit transposon di bagian upstream dan downstream dari minitn5km1 dengan inverse PCR. Amplikon yang berukuran 0.8 kb hasil inverse PCR tersebut merupakan DNA genom yang diduga terlibat dalam toleransi B. japonicum terhadap cekaman asamal, karena insersi transposon pada bagian tersebut menimbulkan B. japonicum toleran asamal menjadi sensitif (tidak mampu tumbuh) pada media dengan cekaman asamal (ph 4.5; Al 50 µm). Menurut Glenn & Dilworth (1994), berdasarkan hasil mutagenesis dengan Tn5 pada R. meliloti kemungkinan terdapat lebih dari 20 gen yang terlibat dalam toleransi asam. Goss et al (1990), melaporkan insersi Tn5 pada lokus act (acid tolerance) dari R. meliloti WSM419 menimbulkan hambatan baik pada pertumbuhan maupun pemeliharaan phi pada kondisi asam dan pada klon hasil insersi Tn5 tersebut menampilkan empat lokus yang unik, dua diantaranya berada dalam
12 33 fragmen 4.4 kb hasil pemotongan dengan EcoRI. Pada penelitian ini fragmen yang berukuran 0.8 kb yang diperoleh dari hasil insersi minitn5km1 kemungkinan hanya merupakan bagian dari salah satu gen yang terlibat dalam toleransi B. japonicum terhadap asamal. Fragmen DNA hasil purifikasi produk inverse PCR selanjutnya diligasi dengan vektor pgemt Easy ( 3.0 kb) yang telah dirancang untuk TAcloning dimana vektor telah dibuat linier hasil pemotongan dengan EcoRV dan ditambahkan timidin pada ujung 3 di kedua sisinya. Hal ini dapat meningkatkan efisiensi ligasi produk PCR ke dalam plasmid karena resirkularisasi vektor dapat dicegah dan mempersiapkan produk PCR yang kompatibel dengan menambahkan deoksiadenosin pada ujung 3 di kedua sisinya. Selain itu, vektor pgemt Easy memiliki situs restriksi yang dapat dipotong oleh banyak enzim pada bagian multiple cloning site (MCS)nya yang memungkinkan pelepasan kembali DNA sisipan dengan menggunakan satu enzim restriksi seperti EcoRI, BstZI dan NotI. Ligasi dari fragmen DNA pengapit transposon yang berukuran 0.8 kb pada bagian MCS plasmid pgemt Easy menghasilkan plasmid rekombinan yaitu pgemt11( 3.8 kb). Peta plasmid rekombinan tersebut ditampilkan pada Gambar 6B. Bagian MCS dari plasmid pgemt Easy tepat berada pada coding region peptida α dari enzim βgalaktosidase, sehingga dapat dilakukan seleksi biruputih dari koloni transforman setelah plasmid rekombinan diintroduksikan ke sel inang E. coli DH5 α pada cawan LA ampisilin Xgal. Koloni putih diambil untuk isolasi dan verifikasi plasmid rekombinan. Verifikasi dilakukan dengan mengambil kembali DNA sisipan menggunakan enzim EcoRI dan hasil pemotongannya ditampilkan pada Gambar 7A. Verifikasi dengan PCR menggunakan plasmid rekombinan sebagai template dan primer yang sama berhasil dilakukan. Amplikon yang diperoleh berukuran 0.8 kb (Gambar 7B). Hal ini menunjukkan kloning fragmen DNA pengapit transposon dari mutan AAS11.2 telah berhasil dilakukan. Analisis sekuen fragmen DNA genom pengapit transposon (764 basa nukleotida) yang terlibat dalam toleransi asamal dilakukan dengan program BLASTX untuk mengetahui protein yang disandikan oleh sekuen tersebut (Claverie & Notredame 2003). Sekuen tersebut memiliki similaritas dengan
13 34 putative inner membrane protein (protein membran dalam) yang disandikan oleh gen yhfk dari Salmonella typhimurium yang berfungsi sebagai efflux transporter. Pompa efflux merupakan protein transport yang terlibat dalam ekstrusi substrat yang bersifat toksik dari dalam sel ke lingkungan. Proteinprotein ini ditemukan pada bakteri gram positif maupun negatif bahkan pada organisme eukariotik. Pada kingdom prokariota terdapat lima famili efflux transporter yang utama yaitu MF (major facilitator), MATE (multidrug and toxic efflux), RND (resistancenodulationdivision), SMR (small multidrug resistance), dan ABC (ATP binding cassette). Seluruh sistem ini meggunakan proton motive force sebagai sumber energi kecuali famili ABC yang menggunakan hidrolisis ATP (Webber & Piddock 2003). ParraLopez et al melaporkan tentang protein dari Salmonella typhimurium yang dibutuhkan dalam resistensinya terhadap senyawa antimikrob dan transport K. Protein tersebut sangat identik (99%) dengan NAD binding protein TrkA dari E. coli yaitu suatu komponen yang memiliki afinitas yang rendah terhadap K. Selain itu protein tersebut memiliki similaritas dengan protein KefC yang merupakan protein efflux yang diregulasi oleh glutathione yang berhubungan dengan transport K. Pada BBA yang toleran asam dibutuhkan kemampuan untuk memelihara phi yang memungkinkan bagi pertumbuhan sel yaitu dengan memelihara keseimbangan proton influx dan efflux serta adanya sensor phe yang dapat mengaktifkan sistem regulator intraseluler. Mekanisme yang mungkin terlibat dalam toleransi asam pada BBA diantaranya dengan menurunkan permeabilitas membran terhadap H, pemompaan ion H keluar sel, mempertahankan ph sitoplasma, pembasaan media dengan ekskresi senyawa alkalin, aktivasi transkripsi dari protein yang terinduksi pada ph rendah, adanya sensor ph lingkungan, adanya regulator yang menjadi perantara antara sensor dan DNA, aktivasi transkripsi gen ATR (acid tolerance response), ekspresi gen act, dan peranan Ca 2 yang belum terdefinisi dalam toleransi asam (Glenn & Dilworth 1994). Berdasarkan hasil analisis sekuen yang menunjukkan adanya homologi gen toleransi asamal pada AAS11.2 dengan protein yang berfungsi sebagai efflux transporter kemungkinan pada B. japonicum toleran asamal, protein ini berperan untuk memelihara gradien proton dengan memompa ion H keluar sel
14 35 sehingga dapat mempertahankan phinya. Menurut teori kemiosmotik Peter Mitchel dengan adanya transport atom hidrogen yang melibatkan NADH dehidrogenase menghasilkan gradien ph dan potensial elektrokimia melintasi membran dimana di dalam sitoplasma bermuatan negatif dan alkalin sementara di luar membran bermuatan positif dan bersifat asam (Madigan et al. 2003). Riccillo et al. (2000) melaporkan hasil karakterisasi mutan Rhizobium tropici CIAT89913T2 yang mengandung insersi tunggal Tn5luxAB pada gen yang memiliki similaritas yang tinggi dengan gen gshb dari E.coli yang menyandikan glutathione synthetase. Tingkat kelimpahan kalium dan ph intraseluler pada mutan lebih rendah dibandingkan galur liarnya. Homeostasis phi belum difahami dengan lengkap, tetapi telah diasumsikan tentang adanya keterlibatan ion Na dan K. Sedangkan hasil analisis mutan R. leguminosarum bv. viciae dan Sinorhizobium meliloti menunjukkan bahwa sekuen yang berukuran 5.1 dan 3.2 kb hasil insersi Tn5 pada mutan WR114 dan RT327 menunjukkan bahwa gen tersebut menyandikan ATPase untuk transport kation yang sebelumnya telah diberi nama gen actp (acid tolerance Ptype ATPase) (Reeve et al. 2002).
TINJAUAN PUSTAKA Bakteri Bintil Akar
TINJAUAN PUSTAKA Bakteri Bintil Akar Salah satu interaksi bakteri dengan tanaman yang paling penting dan menarik adalah antara tanaman legum dan bakteri dari genus Rhizobium, Bradyrhizobium, Shinorhizobium,
Lebih terperinciANALISIS FRAGMEN DNA GENOM YANG TERLIBAT DALAM TOLERANSI ASAM-ALUMINIUM PADA Bradyrhizobium japonicum DINI NURDIANI
ANALISIS FRAGMEN DNA GENOM YANG TERLIBAT DALAM TOLERANSI ASAM-ALUMINIUM PADA Bradyrhizobium japonicum DINI NURDIANI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2006 PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
Lebih terperinciKLONING FRAGMEN DNA GENOM YANG TERLIBAT DALAM TOLERANSI ASAM-ALUMINIUM PADA BRADYRHIZOBIUM JAPONICUM
PKMI-1-04-1 KLONING FRAGMEN DNA GENOM YANG TERLIBAT DALAM TOLERANSI ASAM-ALUMINIUM PADA BRADYRHIZOBIUM JAPONICUM Rika Indri Astuti, Dewi Monasari, Sarah Asih Faulina Departemen Biologi, Fakultas MIPA,
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HSIL DN PEMBHSN R. pickettii sebagai gen Hayati R. solani Isolat yang digunakan adalah R. pickettii yang memiliki ciri-ciri koloni berwarna kuning dengan bentuk bundar dengan tepian licin dan elevasi seperti
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Sebelum melakukan PCR, terlebih dahulu dilakukan perancangan primer menggunakan program DNA Star. Pemilihan primer dilakukan dengan mempertimbangkan parameter spesifisitas,
Lebih terperinciKLONING FRAGMEN DNA GENOM YANG TERLIBAT DALAM TOLERANSI ASAM-ALUMINIUM PADA Bradyrhizobium japonicum MELALUI MUTAGENESIS DENGAN TRANSPOSON.
KLONING FRAGMEN DNA GENOM YANG TERLIBAT DALAM TOLERANSI ASAM-ALUMINIUM PADA Bradyrhizobium japonicum MELALUI MUTAGENESIS DENGAN TRANSPOSON Oleh: Rika Indri Astuti G34101047 DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS
Lebih terperinciTUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA
TUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA Oleh: Gregorius Widodo Adhi Prasetyo A2A015009 KEMENTERIAN RISET TEKNOLOGI DAN PENDIDIKAN TINGGI UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN FAKULTAS PERTANIAN PROGRAM
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Isolasi Fragmen DNA Penyandi CcGH Mature Plasmid pgem-t Easy yang mengandung cdna GH ikan mas telah berhasil diisolasi. Hal ini ditunjukkan dengan adanya pita DNA pada ukuran
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN
14 BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Konfirmasi bakteri C. violaceum dan B. cereus dilakukan dengan pewarnaan Gram, identifikasi morfologi sel bakteri, sekuensing PCR 16s rdna dan uji kualitatif aktivitas
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN bp bp bp
HASIL DAN PEBAHASAN Purifikasi dan Pengujian Produk PCR (Stilbena Sintase) Purifikasi ini menggunakan high pure plasmid isolation kit dari Invitrogen. Percobaan dilakukan sesuai dengan prosedur yang terdapat
Lebih terperinci4 HASIL DAN PEMBAHASAN
17 4 HASIL DAN PEMBAHASAN Konstruksi plasmid biner pmsh1-lisozim Konstruksi plasmid biner dilakukan dengan meligasi gen lisozim ayam dan pmsh1. Plasmid hasil ligasi berukuran 13.449 pb (Gambar 5A kolom
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN 1. Konstruksi vektor over-ekspresi gen OsWRKY 1.1 Amplifikasi dan purifikasi fragmen gen OsWRKY76
HASIL DAN PEMBAHASAN Kegiatan rekayasa genetik tanaman keberhasilannya tergantung pada beberapa hal, diantaranya adalah gen yang akan diintroduksikan, metode transformasi, sistem regenerasi tanaman dan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon DNA genomik sengon diisolasi dari daun muda pohon sengon. Hasil uji integritas DNA metode 1, metode 2 dan metode 3 pada gel agarose dapat dilihat pada Gambar
Lebih terperinciKloning Domain KS dan Domain A ke dalam Sel E. coli DH5α. Analisis Bioinformatika. HASIL Penapisan Bakteri Penghasil Senyawa Antibakteri
3 selama 1 menit, dan elongasi pada suhu 72 0 C selama 1 menit. Tahap terakhir dilakukan pada suhu 72 0 C selama 10 menit. Produk PCR dielektroforesis pada gel agarosa 1 % (b/v) menggunakan tegangan 70
Lebih terperinciKeragaman Hayati merupakan cerminan dari keragaman genetik Keragaman Genetik mahluk hidup merupakan hasil perubahan struktur gen yang berlangsung
REKOMBINASI Keragaman Hayati dan Perubahan Struktur Genom Keragaman Hayati merupakan cerminan dari keragaman genetik Keragaman Genetik mahluk hidup merupakan hasil perubahan struktur gen yang berlangsung
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Pemotongan Parsial dan Penyisipan Nukleotida pada Ujung Fragmen DNA Konstruksi pustaka genom membutuhkan potongan DNA yang besar. Untuk mendapatkan fragmen-fragmen dengan ukuran relatif
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN. Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan program komputer berdasarkan metode sintesis dua arah TBIO, dimana proses sintesis daerah
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
19 HASIL DAN PEMBAHASAN Vektor Kloning Protein rgh Isolasi Plasmid cdna GH. Plasmid pgem-t Easy yang mengandung cdna; El-mGH, Og-mGH dan Cc-mGH berhasil diisolasi dari bakteri konstruksi E. coli DH5α dengan
Lebih terperinciBAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi PCR Pada penelitian konstruksi gen harus mempertimbangkan dua hal yaitu urutan nukleotida gen yang akan dikonstruksi dan vektor ekspresi yang akan digunakan. Pada
Lebih terperinciDASAR REKAYASA GENETIKA
DASAR REKAYASA GENETIKA Rekayasa = manipulasi = modifikasi = perubahan bahan genetik (perubahan & pemindahan gen) Cara: 1. Persilangan seksual (perkawinan) 2. Hibridisasi somatik 3. Mutasi 4. Teknologi
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Mycobacterium tuberculosis adalah bakteri patogen penyebab tuberkulosis.
BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Mycobacterium tuberculosis adalah bakteri patogen penyebab tuberkulosis. Secara umum penyebaran bakteri ini melalui inhalasi, yaitu udara yang tercemar oleh penderita
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Skrining Pseudomonas sp. AZM-1 mikroba pelarut fosfat Mikroba yang membawa gen pelarut fosfat adalah Pseudomonas sp. AZM-1. Peremajaan kembali mikroba hasil isolasi dilakukan dengan
Lebih terperinciGENETIKA DASAR Rekayasa Genetika Tanaman. Definisi. Definisi. Definisi. Rekayasa Genetika atau Teknik DNA Rekombinan atau Manipulasi genetik
Definisi GENETIKA DASAR Rekayasa Genetika Tanaman Oleh: Dr. Ir. Dirvamena Boer, M.Sc.Agr. HP: 081 385 065 359 e-mail: dirvamenaboer@yahoo.com Fakultas Pertanian, Universitas Haluoleo, Kendari Dipublikasi
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Hasil
11 secara perlahan beberapa kali kemudian segera ditambah dengan 400 μl larutan buffer netralisasi (1.32 M natrium asetat ph 4.8), divorteks dan disentrifugasi pada suhu 4 0 C dengan kecepatan 10 000 rpm
Lebih terperinciHASIL. Bj 11 (wt) Bj 11 (19) Bj 11 (5) 6 mm 6 mm
15 HASIL Peremajaan Uji Seluruh galur uji tipe liar dan mutannya bercirikan khas bakteri bintil akar tumbuh lambat yaitu berbentuk bundar, elevasi cembung, berlendir, tembus cahaya, dan memiliki koloni
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Total Tumbuhan Isolasi DNA total merupakan tahap awal dari pembuatan pustaka genom. DNA dipisahkan dari bahan-bahan lain yang ada dalam sel. DNA total yang diperlukan untuk
Lebih terperinciBab IV Hasil dan Pembahasan
32 Bab IV Hasil dan Pembahasan Penggunaan α-amilase dalam beberapa sektor industri mengalami peningkatan dan sekarang ini banyak diperlukan α-amilase dengan sifat yang khas dan mempunyai kemampuan untuk
Lebih terperinciADI HADIANA CUCU FITRIANI IGUS JULIUS MOCHAMAD SAEFFULLOH WINDA YUNI DENINTA YANTI SUSILAWATI
ADI HADIANA CUCU FITRIANI IGUS JULIUS MOCHAMAD SAEFFULLOH WINDA YUNI DENINTA YANTI SUSILAWATI 3C Definisi Pewarisan Sitoplasmik adalah pewarisan sifat yang disebabkan oleh bagian eksternal dari nukleus,
Lebih terperinciBIO306. Prinsip Bioteknologi
BIO306 Prinsip Bioteknologi KULIAH 7. PUSTAKA GENOM DAN ANALISIS JENIS DNA Konstruksi Pustaka DNA Pustaka gen merupakan sumber utama isolasi gen spesifik atau fragmen gen. Koleksi klon rekombinan dari
Lebih terperinciBIO306. Prinsip Bioteknologi
BIO306 Prinsip Bioteknologi KULIAH 6. TEKNIK DASAR KLONING Percobaan pertama penggabungan fragmen DNA secara in vitro dilakukan sekitar 30 tahun yang lalu oleh Jackson et al. (1972). Melakukan penyisipan
Lebih terperinciREKAYASA GENETIKA. By: Ace Baehaki, S.Pi, M.Si
REKAYASA GENETIKA By: Ace Baehaki, S.Pi, M.Si Dalam rekayasa genetika DNA dan RNA DNA (deoxyribonucleic Acid) : penyimpan informasi genetika Informasi melambangkan suatu keteraturan kebalikan dari entropi
Lebih terperinciANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI
1 ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI PENDAHULUAN Polimerase Chain Reaction (PCR) PCR adalah suatu reaksi invitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu
Lebih terperinciDi dalam bab ini akan dibicarakan pengertian teknologi DNA rekombinan. beserta tahapan-tahapan kloning gen, yang secara garis besar meliputi
Di dalam bab ini akan dibicarakan pengertian teknologi DNA rekombinan beserta tahapan-tahapan kloning gen, yang secara garis besar meliputi isolasi DNA kromosom dan DNA vektor, pemotongan DNA menggunakan
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Isolasi Promoter -Aktin Ikan Mas Promoter -Aktin dari ikan mas diisolasi dengan menggunakan metode PCR dengan primer yang dibuat berdasarkan data yang ada di Bank Gen. Panjang
Lebih terperinciRekayasa genetika. Bio-mol kul ke Erlindha Gangga A
Rekayasa genetika Bio-mol kul ke 10-11 Erlindha Gangga A Untuk mempelajari kloning gen dibutuhkan penge - tahuan tentang konsep biologi molekuler dan peng - gunaan tehnik-tehnik dalam laboratorium Teknologi
Lebih terperinciPengertian TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN. Cloning DNA. Proses rekayasa genetik pada prokariot. Pemuliaan tanaman konvensional: TeknologiDNA rekombinan:
Materi Kuliah Bioteknologi Pertanian Prodi Agroteknologi Pertemuan Ke 9-10 TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN Ir. Sri Sumarsih, MP. Email: Sumarsih_03@yahoo.com Weblog: Sumarsih07.wordpress.com Website: agriculture.upnyk.ac.id
Lebih terperinciGambar 1. Struktur organisasi promoter pada organisme prokariot [Sumber: University of Miami 2008: 1.]
Gambar 1. Struktur organisasi promoter pada organisme prokariot [Sumber: University of Miami 2008: 1.] Gambar 2. Struktur organisasi promoter pada organisme eukariot [Sumber: Gilbert 1997: 1.] Gambar 3.
Lebih terperinciVI. PEMBAHASAN UMUM Rhizobium Sebagai Agen Tranformasi Genetika Alternatif
VI. PEMBAHASAN UMUM Rhizobium Sebagai Agen Tranformasi Genetika Alternatif Transformasi genetika merupakan teknik yang rutin digunakan saat ini untuk mentransfer berbagai sifat penting pada tanaman dan
Lebih terperinciRNA (Ribonucleic acid)
RNA (Ribonucleic acid) Seperti yang telah dikemukakan bahwa, beberapa organisme prokaryot, tidak memiliki DNA, hanya memiliki RNA, sehingga RNA-lah yang berfungsi sebagai molekul genetik dan bertanggung
Lebih terperinciPembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri. Isolasi DNA kromosom bakteri. Kloning DNA
LAMPIRAN 15 15 Lampiran 1 Tahapan penelitian Pembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri Isolasi DNA kromosom bakteri Pemotongan DNA dengan enzim restriksi Kloning DNA Isolasi DNA plasmid hasil
Lebih terperinciIII. METODE PENELITIAN
III. METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan November 2007 hingga Juli 2009, bertempat di Laboratorium Reproduksi dan Genetika Organisme Akuatik Departemen
Lebih terperincidiregenerasikan menjadi tanaman utuh. Regenerasi tanaman dapat dilakukan baik secara orgnogenesis ataupun embriogenesis (Sticklen 1991; Zhong et al.
PENDAHULUAN Perbaikan suatu sifat tanaman dapat dilakukan melalui modifikasi genetik baik dengan pemuliaan secara konvensional maupun dengan bioteknologi khususnya teknologi rekayasa genetik (Herman 2002).
Lebih terperinciPEMBUATAN DNA REKOMBINAN
PEMBUATAN DNA REKOMBINAN 1 Nama enzim restriksi o Berdasarkan nama organisme dari mana enzim diisolasi, mis.: n Eco dari Escherichia coli n Hin dari Haemophilus influenzae n Hae dari Haemophilus aegyptius
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE,
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE, NIPPONBARE, DAN BATUTEGI Isolasi DNA genom padi dari organ daun padi (Oryza sativa L.) kultivar Rojolele, Nipponbare,
Lebih terperinciBAB IX. DASAR-DASAR TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN
BAB IX. DASAR-DASAR TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN Di dalam bab ini akan dibicarakan pengertian teknologi DNA rekombinan beserta tahapan-tahapan kloning gen, yang secara garis besar meliputi isolasi DNA kromosom
Lebih terperinciREKAYASA GENETIKA ( VEKTOR PLASMID )
MAKALAH REKAYASA GENETIKA ( VEKTOR PLASMID ) Disusun oleh: NAMA : LASINRANG ADITIA NIM : 60300112034 KELAS : BIOLOGI A TUGAS : REKAYASA GENETIKA JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI UNIVERSITAS
Lebih terperinciKLONING. dari kata clone yang diturunkan dari bahasa Yunani klon, artinya potongan yang digunakan untuk memperbanyak tanaman.
KLONING dari kata clone yang diturunkan dari bahasa Yunani klon, artinya potongan yang digunakan untuk memperbanyak tanaman. DI BID PERTANIAN KLON = sekelompok individu yang genetis uniform berasal dari
Lebih terperinciIdentifikasi Gen Abnormal Oleh : Nella ( )
Identifikasi Gen Abnormal Oleh : Nella (10.2011.185) Identifikasi gen abnormal Pemeriksaan kromosom DNA rekombinan PCR Kromosom waldeyer Kromonema : pita spiral yang tampak pada kromatid Kromomer : penebalan
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA. Mobilitas Unsur Fosfat. Tanah asam adalah pembatas bagi pertumbuhan tanaman karena
TINJAUAN PUSTAKA Mobilitas Unsur Fosfat Tanah asam adalah pembatas bagi pertumbuhan tanaman karena menyebabkan ion Fe, Al, Mn, dan Ca akan mengikat kuat ion fosfat (P). ph tanah berpengaruh terhadap bentuk
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Isolasi DNA genom tanaman padi T0 telah dilakukan pada 118
45 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. HASIL Isolasi DNA genom tanaman padi T0 telah dilakukan pada 118 sampel. Berdasarkan hasil digesti DNA dengan enzim EcoRI, diperoleh sebanyak 74 sampel tanaman dari 118
Lebih terperinciREKAYASA GENETIKA. Genetika. Rekayasa. Sukarti Moeljopawiro. Laboratorium Biokimia Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada
REKAYASA GENETIKA Sukarti Moeljopawiro Laboratorium Biokimia Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada Rekayasa Genetika REKAYASA GENETIKA Teknik untuk menghasilkan molekul DNA yang berisi gen baru yang
Lebih terperinciKONJUGASI PADA BAKTERI
KONJUGASI PADA BAKTERI Konjugasi adalah suatu proses transfer informasi genetik satu arah yang terjadi melalui kontak sel langsung antar suatu sel bakteri donor dan suatu sel bakteri resipien (Russel,
Lebih terperinciURAIAN MATERI 1. Pengertian dan prinsip kloning DNA Dalam genom sel eukariotik, gen hanya menempati sebagian kecil DNA kromosom, selain itu merupakan
URAIAN MATERI 1. Pengertian dan prinsip kloning DNA Dalam genom sel eukariotik, gen hanya menempati sebagian kecil DNA kromosom, selain itu merupakan sekuen non kode (sekuen yang tidak mengalami sintesis
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Gambar 4 Vektor klon pgemt-easy dan peta restriksi yang dimiliki (Promega 1999).
8 Inkubasi selama 2 hari pada suhu 28 o C dalam kondisi gelap dengan kecepatan 150 rpm. Setelah diinkubasi selama 2 hari, hasilnya adalah terbentuknya koloni berwarna putih. Koloni yang terbentuk kemudian
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. ditranskipsi dan produk translasi yang dikode oleh gen (Nasution 1999).
4 ditranskipsi dan produk translasi yang dikode oleh gen (Nasution 1999). Polymerase Chain Reaction (PCR) PCR merupakan suatu reaksi in vitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi RNA total RNA total dari ujung akar G. max kultivar Slamet telah berhasil diisolasi. Kuantifikasi RNA total dengan spektrofotometer menunjukkan bahwa rendemen isolasi RNA total
Lebih terperinciHASIL Isolat-isolat Bakteri yang Didapatkan
50 HASIL Isolatisolat Bakteri yang Didapatkan Tanah sawah diambil dari Leuwisadeng dan Sipak yang berada di wilayah Kabupaten Bogor, Situgede 1 dan Situgede 2 di Kota Bogor serta Belendung dan Cipete yang
Lebih terperinciRekombinasi Gen Penyandi -xilosidase asal Geobacillus Thermoleovorans IT-08 dalam Plasmid Phis1525
Rekombinasi Gen Penyandi -xilosidase asal Geobacillus Thermoleovorans IT-08 dalam Plasmid Phis1525 (Recombinant Gen of Encoding -Xylosidase from Geobacillus Thermoleovorans IT-08 in phis1525 Plasmid) Sri
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Fenotipe organ reproduktif kelapa sawit normal dan abnormal.
HASIL DAN PEMBAHASAN Fenotipe organ reproduktif kelapa sawit normal dan abnormal. Dalam perkembangannya, organ reproduktif mengalami perubahan yang mengakibatkan terjadinya perbedaan fenotipe antara kelapa
Lebih terperinciHome -- Reproduksi Sel -- Hereditas -- Struktur & Ekspresi Gen. Regulasi Ekspresi Gen Teknologi DNA Rekombinan -- Genom Manusia GLOSSARY
Home -- Reproduksi Sel -- Hereditas -- Struktur & Ekspresi Gen Regulasi Ekspresi Gen Teknologi DNA Rekombinan -- Genom Manusia GLOSSARY Adenin: salah satu jenis basa purin yang terdapat pada DNA dan RNA
Lebih terperinciSINTESIS DAN PENGKLONAAN FRAGMEN GEN tat (TRANSAKTIVATOR) HIV-1 KE DALAM VEKTOR EKSPRESI PROKARIOT pqe-80l EKAWATI BETTY PRATIWI
SINTESIS DAN PENGKLONAAN FRAGMEN GEN tat (TRANSAKTIVATOR) HIV-1 KE DALAM VEKTOR EKSPRESI PROKARIOT pqe-80l EKAWATI BETTY PRATIWI 0304040257 UNIVERSITAS INDONESIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA Kedelai Toleran Asam Bakteri Bintil Akar
3 TINJAUAN PUSTAKA Kedelai Toleran Asam Tanaman kedelai (Glycine max Linn. Merrill) tergolong subfamili Papilionoideae, famili Leguminosae. Tanaman dalam subfamili ini umumnya mempunyai kemampuan bersimbiosis
Lebih terperinciDAFTAR ISI DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN...
DAFTAR ISI Bab Halaman DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN... ix x xii I II III PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang... 1 1.2 Identifikasi Masalah... 2 1.3 Tujuan Penelitian... 2 1.4 Kegunaan Penelitian...
Lebih terperinciTransformasi Plasmid Dengan Sel Bakteri Escherichia coli Menggunakan Metode Heat Shock ISSN: Maya Ekaningtias
Transformasi Plasmid Dengan Sel Bakteri Escherichia coli Maya Ekaningtias Abstrak: Transformasi merupakan proses memperkenalkan DNA asing ke dalam sel-sel hidup. Umumnya, transformasi bertujuan mengekspresikan
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. SINTESIS DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN tat HIV-1 MELALUI
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. SINTESIS DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN tat HIV-1 MELALUI TEKNIK PCR OVERLAPPING 1. Sintesis dan amplifikasi fragmen ekson 1 dan 2 gen tat HIV-1 Visualisasi gel elektroforesis
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Transformasi, Kokultivasi, dan Regenerasi
26 HASIL DAN PEMBAHASAN Transformasi, Kokultivasi, dan Regenerasi Konstruksi vektor ekspresi yang digunakan pada penelitian ini adalah p35scamv::tclfy. Promoter p35s CaMV digunakan dalam penelitian ini
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN
24 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Hasil 4.1.1 Perhitungan Kepadatan Artemia dan Kutu Air serta Jumlah Koloni Bakteri Sebanyak 1,2 x 10 8 sel bakteri hasil kultur yang membawa konstruksi gen keratin-gfp ditambahkan
Lebih terperinciISOLASI GEN YANG TERLIBAT DALAM PELARUTAN FOSFAT DARI Pseudomonas sp.azm-1 MELALUI MUTAGENESIS DENGAN TRANSPOSON ALI ZUM MASHAR
ISOLASI GEN YANG TERLIBAT DALAM PELARUTAN FOSFAT DARI Pseudomonas sp.azm-1 MELALUI MUTAGENESIS DENGAN TRANSPOSON ALI ZUM MASHAR SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2009 SURAT PERNYATAAN
Lebih terperinciPengertian TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN. Cloning DNA. Proses rekayasa genetik pada prokariot. Pemuliaan tanaman konvensional: TeknologiDNA rekombinan:
Materi Kuliah Bioteknologi Pertanian Prodi Agribisnis Pertemuan Ke 5 TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN Ir. Sri Sumarsih, MP. Email: Sumarsih_03@yahoo.com Weblog: Sumarsih07.wordpress.com Website: agriculture.upnyk.ac.id
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Hrp -, IAA +, BPF Hrp -, IAA + + , BPF Hrp. , BPF Hrp -, IAA +, BPF + Hrp. , BPF Hrp. , BPF Hrp. Penambat Nitrogen Penambat Nitrogen
BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Mikrobiologi, Departemen Biologi, FMIPA, IPB dan lahan pertanian Kampung Bongkor, Desa Situgede, Karang Pawitan-Wanaraja,
Lebih terperinciKEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN DIREKTORAT JENDERAL PENDIDIKAN MENENGAH DIREKTORAT PEMBINAAN SEKOLAH MENENGAH ATAS
KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN DIREKTORAT JENDERAL PENDIDIKAN MENENGAH DIREKTORAT PEMBINAAN SEKOLAH MENENGAH ATAS Test Seleksi Calon Peserta International Biology Olympiad (IBO) 2014 2 8 September
Lebih terperinciDr. Dwi Suryanto Prof. Dr. Erman Munir Nunuk Priyani, M.Sc.
BIO210 Mikrobiologi Dr. Dwi Suryanto Prof. Dr. Erman Munir Nunuk Priyani, M.Sc. Kuliah 10. GENETIKA MIKROBA Genetika Kajian tentang hereditas: 1. Pemindahan/pewarisan sifat dari orang tua ke anak. 2. Ekspresi
Lebih terperinciPRINSIP TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN
PRINSIP TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN DEBBIE S. RETNONINGRUM SEKOLAH FARMASI INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG Prinsip Teknologi DNA Rekombinan 1 PUSTAKA 1. Glick, BR and JJ Pasternak, 2003, Molecular Biotechnology:
Lebih terperinciPETUNJUK PRAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER Oleh: Ixora Sartika M ISOLASI DNA PLASMID
PETUNJUK PRAKTIKUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER Oleh: Ixora Sartika M ixomerc@uny.ac.id ISOLASI DNA PLASMID Plasmid adalah DNA ekstrakromosom yang berbentuk sirkuler dan berukuran kecil (1 200 kb). Sebagian
Lebih terperinciABSTRAK. ISOLASI, OPTIMASI AMPLIFIKASI DAN KLONING GEN phoq PADA Salmonella typhi
ABSTRAK ISOLASI, OPTIMASI AMPLIFIKASI DAN KLONING GEN phoq PADA Salmonella typhi Patrisia Puspapriyanti, 2008. Pembimbing I : Ernawati A.Girirachman, Ph.D. Pembimbing II : Johan Lucianus, dr., M.Si. Salmonella
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Hasil konfirmasi dicek dengan elektroforesis gel agarosa 1%.
reaction mix pada tabung mikro, kemudian program PCR dilanjutkan kembali dengan program PCR biasa: 94 o C selama 30 detik, 55 o C selama 1 menit, dan 72 o C selama 2 menit. Hasil konfirmasi dicek dengan
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Indonesia, merupakan salah satu tumbuhan herba yang banyak mendapat
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Ageratum conyzoides L. yang dikenal dengan nama daerah babadotan di Indonesia, merupakan salah satu tumbuhan herba yang banyak mendapat perhatian oleh para peneliti
Lebih terperinciBAHAN GENETIK SITOPLASMA
BAHAN GENETIK SITOPLASMA Bahan genetik Kromosom Ekstrakromosom Prokaryot: Plasmid Bahan genetik ekstrakromosom Eukaryot: Mitokondria Kloroplast Bahan genetik sitoplasma Sel Suharsono. 2005. BTK505. IPB
Lebih terperinci4. HASIL DAN PEMBAHASAN
29 4. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Karakteristik isolat bakteri dari ikan tuna dan cakalang 4.1.1 Morfologi isolat bakteri Secara alamiah, mikroba terdapat dalam bentuk campuran dari berbagai jenis. Untuk
Lebih terperinci~anthomonas axonopodis pv. glycines
KLONING GEN YANG TERLIBAT DALAM MEKANISME PATOGENISITAS ~anthomonas axonopodis pv. glycines oleh ALINA AKHDIYA RUSMANA 97266/BIO PROGRAM PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2000 KLONING GEN YANG TERlLIBAT
Lebih terperinciterkandung di dalam plasma nutfah padi dapat dimanfaatkan untuk merakit genotipe padi baru yang memiliki sifat unggul, dapat beradaptasi serta tumbuh
PEMBAHASAN UMUM Kebutuhan pangan berupa beras di Indonesia terus meningkat seiring dengan peningkatan jumlah penduduk. Akan tetapi di masa datang kemampuan pertanian di Indonesia untuk menyediakan beras
Lebih terperinciGambar 2 Vektor pengklonan pgem T Easy
BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan dari bulan September 2007 sampai dengan bulan April 2008. Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler Seluler Tanaman, dan Laboratorium
Lebih terperinciTeknologi DNA Rekombinan
Teknologi DNA Rekombinan Oleh: Aris Tjahjoleksono Jurusan Biologi FMIPA, Institut Pertanian Bogor Kampus IPB Baranangsiang, Jalan Raya Pajajaran. Bogor Tel/Fax: (0251) 345011. E-mail: aristj@telkom.net
Lebih terperinciTeknologi DNA Rekombinan
Teknologi DNA Rekombinan Kapas biasa Kapas-Bt 1 Tomat biasa Tidak tahan hama Tomat-Bt Tahan hama Tanaman kapas-bt dan tomat-bt tahan terhadap serangan hama karena menghasilkan toksin yang dapat membunuh
Lebih terperinciREKAYASA GENETIKA DENGAN MIKROBTA
REKAYASA GENETIKA DENGAN MIKROBTA Rekayasa genetika adalah teknik memanipulasi gen-gen secara biokimia untuk mendapatkan mikrobia yang telah mengalami peningkatan atau perubahan aktivitasnya. Rekayasa
Lebih terperinciKLONING DAN OVEREKSPRESI GEN celd DARI Clostridium thermocellum ATCC DALAM pet-blue VECTOR 1
PROPOSAL METODOLOGI PENELITIAN (BM-3001) KLONING DAN OVEREKSPRESI GEN celd DARI Clostridium thermocellum ATCC 27405 DALAM pet-blue VECTOR 1 Penyusun: Chandra 10406014 Dosen Narasumber: Dra. Maelita Ramdani
Lebih terperinciBAB V HASIL DAN PEMBAHASAN
21 BAB V HASIL DAN PEMBAHASAN Pada penelitian sebelumnya diperoleh kerangka baca terbuka gen IFNα2b yang mengandung tiga mutasi dengan lokasi mutasi yang letaknya berjauhan, sehingga mutagenesis terarah
Lebih terperinciBAB XIII. SEKUENSING DNA
BAB XIII. SEKUENSING DNA Pokok bahasan di dalam Bab XIII ini meliputi prinsip kerja sekuensing DNA, khususnya pada metode Sanger, pangkalan data sekuens DNA, dan proyek-proyek sekuensing genom yang ada
Lebih terperinciREPLIKASI DNA. Febriana Dwi Wahyuni, M.Si.
REPLIKASI DNA Febriana Dwi Wahyuni, M.Si. REPLIKASI REPLIKASI adalah perbanyakan diri menghasilkan produk baru yang sama dengan dirinya Pada tingkat molekul kimia hanya DNA yang dapat melakukan replikasi
Lebih terperinciPemetaan DNA Plasmid I. Tujuan Memahami pemetaan DNA plasmid dengan pemotongan/restriksi menggunakan beberapa enzim restriksi.
Pemetaan DNA Plasmid I. Tujuan Memahami pemetaan DNA plasmid dengan pemotongan/restriksi menggunakan beberapa enzim restriksi. II. Prinsip DNA yang telah dipurifikasi di inkubasi pada suhu 37 o C dengan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN TICV Isolat Indonesia
23 HASIL DAN PEMBAHASAN TICV Isolat Indonesia Penyakit klorosis saat ini sudah ditemukan di Indonesia. Pertama kali ditemukan di sentra pertanaman tomat di Magelang, Jawa Tengah dan Purwakarta, Jawa Barat
Lebih terperinciBAB in. METODE PENELITIAN
BAB in. METODE PENELITIAN Waktu Dan Tempat Penelitian Penelitian ini telah dilakukan dari April sampai November 2009 di laboratorium Biologi Molekular dan Rekayasa Genetika, Balai Penelitian Bioteknologi
Lebih terperinciVII. UJI EKSPRESI GEN TcAP1 (APETALA1 KAKAO) PADA TANAMAN MODEL. Abstrak
VII. UJI EKSPRESI GEN TcAP1 (APETALA1 KAKAO) PADA TANAMAN MODEL Abstrak Pada berbagai spesies termasuk kakao, gen AP1 (APETALA1) diketahui sebagai gen penanda pembungaan yang mengendalikan terbentuknya
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA
6 konsentrasinya. Untuk isolasi kulit buah kakao (outer pod wall dan inner pod wall) metode sama seperti isolasi RNA dari biji kakao. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA Larutan RNA hasil
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. AMPLIFIKASI DAN PURIFIKASI GEN NS1 VIRUS DENGUE. Proses amplifikasi gen NS1 virus dengue merupakan tahap awal
38 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. AMPLIFIKASI DAN PURIFIKASI GEN NS1 VIRUS DENGUE Proses amplifikasi gen NS1 virus dengue merupakan tahap awal dalam penelitian. Fragmen gen NS1 virus dengue diamplifikasi
Lebih terperinciKasus Penderita Diabetes
Kasus Penderita Diabetes Recombinant Human Insulin Marlia Singgih Wibowo School of Pharmacy ITB Sejak Banting & Best menemukan hormon Insulin pada tahun 1921, pasien diabetes yang mengalami peningkatan
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. protein dalam jumlah besar (Reece dkk., 2011). kompeten biasanya dibuat dari inokulum awal dengan konsentrasi 2% ( v / v )
I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang Penelitian Plasmid merupakan molekul DNA berukuran relatif kecil, melingkar, dan beruntai ganda. Plasmid membawa gen-gen yang terpisah dari kromosom bakteri. Plasmid digunakan
Lebih terperinciKATAPENGANTAR. Pekanbaru, Desember2008. Penulis
KATAPENGANTAR Fuji syukut ke Hadirat Allah SWT. berkat rahmat dan izin-nya penulis dapat menyelesaikan skripsi yang beijudul "Skrining Bakteri Vibrio sp Penyebab Penyakit Udang Berbasis Teknik Sekuens
Lebih terperinciSUBKLONING DAN EKSPRESI Gen fim-c S. typhimurium
JRSKT Vol. 3 No. 2, Desember 2013 U. Choiriyah. et. al. SUBKLONING DAN EKSPRESI Gen fim-c S. typhimurium Ulfah Choiriyah, Muktiningsih Nurjayadi, dan Fera Kurnia Dewi Jurusan Kimia, Fakultas Matematika
Lebih terperinciBAB VII PEMBAHASAN UMUM
BAB VII PEMBAHASAN UMUM Tumbuhan yang hidup di tanah asam umumnya adalah tumbuhtumbuhan yang dapat beradaptasi dengan lingkungan tersebut. Salah satu jenis tumbuhan yang banyak dijumpai pada Tanah Podsolik
Lebih terperinci