GENOTIPING GEN ACACA DAN HUBUNGANNYA DENGAN ASAM LEMAK SUSU SAPI FRIESIAN HOLSTEIN MENGGUNAKAN TEKNOLOGI TAQMAN REAL-TIME PCR ROSIDI AZIS

Ukuran: px
Mulai penontonan dengan halaman:

Download "GENOTIPING GEN ACACA DAN HUBUNGANNYA DENGAN ASAM LEMAK SUSU SAPI FRIESIAN HOLSTEIN MENGGUNAKAN TEKNOLOGI TAQMAN REAL-TIME PCR ROSIDI AZIS"

Transkripsi

1 GENOTIPING GEN ACACA DAN HUBUNGANNYA DENGAN ASAM LEMAK SUSU SAPI FRIESIAN HOLSTEIN MENGGUNAKAN TEKNOLOGI TAQMAN REAL-TIME PCR ROSIDI AZIS SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2015

2

3 PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA* Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Genotiping Gen ACACA dan Hubungannya dengan Asam Lemak Susu Sapi FH Menggunakan TaqMan real-time PCR adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini. Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut Pertanian Bogor. Bogor, September 2015 Rosidi Azis NIM D

4 RINGKASAN ROSIDI AZIS. Genotiping gen ACACA dan Hubungannya dengan Asam Lemak Susu Sapi Perah Friesian Holstein Menggunakan TaqMan Real-time PCR. Dibimbing oleh JAKARIA, ASEP GUNAWAN dan ANNEKE ANGGRAENI. Kandungan asam lemak susu sangat besar dipengaruhi oleh faktor genetik. Gen ACACA merupakan gen penting dalam regulasi dan metabolisme asam lemak susu pada sapi Friesian Holstein (FH). Pengaruh keragaman gen ACACA terhadap asam lemak susu pada sapi FH dalam negeri belum banyak dilakukan. Penelitian bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman gen ACACA pada sapi FH dan analisis hubungan kergaman gen ACACA terhadap kandungan asam lemak susu. Sampel DNA sapi FH yang digunakan berasal dari lima lokasi sebanyak 277 sampel yang terdiri atas sapi betina laktasi sebanyak 113 ekor dari Balai Penelitian Ternak (Balitnak) Ciawi, 42 ekor berasal dari BPPT-SP Cikole, 76 ekor berasal dari BBPTU Baturraden, serta sapi pejantan sebanyak 17 ekor dari BIB Lembang dan 29 ekor dari BBIB Singosari. Sampel susu sebanyak 42 dikoleksi dari BPTU Baturaden berdasarkan uji satu hari dengan menjumlahkan produksi pagi dan sore dari bulan laktasi 1-4. Sampel susu dianalisis menggunakan Gas Chromatography Mass Spectromtery (GCMS). Ampilfikasi gen ACACA menggunakan TaqMan real-time PCR (polymerase chain reaction) dengan kondisi suhu thermal cycler yaitu suhu denaturasi, annealing dan ekstensi masing-masing 95 o C selama 20 detik, 60 o C selama 1 menit dan 95 o C selama 3 detik yang diulang sebanyak 40 siklus. Penentuan genotipe gen ACACA pada setap individu dan kelompok sampel ditunjukkan dalam bentuk kurva dan klaster fluoresensi genotipe. Genotipe GG ditunjukkan dengan kurva fluoresensi FAM berwarna biru, genotipe GT ditunjukkan oleh kurva fluoresensi berwarna FAM-VIC kombinasi warna biru dan merah jambu (pink) atau hijau, sedangkan genotipe TT ditunjukkan oleh kurva fluoresensi VIC. Data genotipe dianalisis menggunakan frekuensi genotipe, frekuensi alel, derajat heterozigositas, indeks deferensiasi genetik (F ST ) dan tingkat keragaman alel dihitung menggunakan nilai PIC (polymorphic informative content). Analisis hubungan keragaman genotipe ACACA dengan kandungan asam lemak susu menggunakan GLM (general linier model) SAS versi 9.2. Hasil amplifikasi gen ACACA pada sapi FH diperoleh dua genotipe yaitu GG dan GT. Genotipe GG ditunjukkan oleh fluoresensi FAM berwarna biru, sedangkan genotipe GT ditunjukkan oleh kombinasi fluoresensi FAM dan VIC. Nilai frekuensi genotipe GG secara umum lebih tinggi dibandingkan genotipe GT dengan rataan masing-masing dan Frekuensi alel G juga menunjukkan lebih tinggi dibandingkan dengan frekuensi alel T masing-masing dan Nilai heterozigositas termasuk kategori rendah (Ho= dan He= ). Rerata nilai F ST sebesar dan nilai PIC termasuk kategori rendah (<0.25). Analisis keragaman gen ACACA terhadap asam lemak susu, secara umum tidak berbeda nyata kecuali pada asam lemak laurat (C 12 :0) dan dodecanoat (C 12 :1). Genotipe GG memiliki kandungan asam laurat lebih tinggi (5.99±0.09) dibandingkan dengan genotipe GT (5.55±0.18), sedangkan

5 genotipe GT memiliki kandungan asam lemak dodecanoat lebih tinggi (0.29±0.06) dibanding genotipe GG (0.14±0.06). Disimpulkan bahwa gen ACACA pada sapi FH yang diamati bersifat polimorfik. Keragaman gen ACACA berpengaruh nyata terhadap asam lemak laurat (C 12 :0) dan dodecanoat (C 12 :1). Keragaman gen ACACA berpotensi menjadi marka genetik yaitu genotipe GG untuk meningkatkan asam lemak laurat dan genotipe GT untuk meningkatkan asam lemak dodecanoat. Kata Kunci: asam lemak susu, Friesian Holstein, gen ACACA, real-time PCR

6 SUMMARY ROSIDI AZIS. Genotyping ACACA Gene and its Assosiasion with Milk Fatty Acid in Holstein Friesian using TaqMan Real-time PCR. Supervised by JAKARIA, ASEP GUNAWAN and ANNEKE ANGGRAENI. Milk fatty acids are largely effected by genetic factor. ACACA gene is one of importen genes in regulation and metabolism function on milk fatty acids in dairy cattle. Study on effect of the ACACA gene on milk fatty acid components in domestic Holstein Friesian (HF) cows should be done. The aims of the research were to identify the ACACA gene polymorphism and to associate varian genotypes of this gene with each milk fatty acid components in daity cattle. DNA samples of dairy cattle were extracted from five locations consisting of HF lactating cows from Balitnak (113 hds.), BBPTU Baturraden (76 hds.), BPPT-SP Cikole (42 hds.); as well as HF bulls from BIB Lembang (17 hds.) and BBIB Singosari (29 hds.). A number of 42 milk samples were collected from BBPTU Baturraden based on a single test day as the summation of morning and noon milk yields of cows for lactation periods among 1-4 and lactation months among 1-4. Milk samples were analyzed by Gas Chromatography Mass Spectromtery (GCMS). Amplification of ACACA gene used TaqMan real-time PCR (polymerase chain reaction) with thermo cycler condition of denaturation, annealing and extention for 95 o C for 20s, 60 o C for 1 min and 95 o C for 3s, respectively in 40 cycles. To determine genotype variant of the ACACA gene of individual animal was done through fluorescence curve and cluster genotype. GG genotype was shown by FAM fluoresence with blue dye, GT genotype was shown by FAM and VIC fluorescence with combination of blue and pink (green) dye, while TT genotype was shown by VIC fluorescence with pink dye. Data of genotyping were analyzed for genotype frequency, allele frequency, heterozigosity and level of polymorphic allele using PIC (polymorphic informative content) value. Association of genotype variants of the ACACA gene with each of milk fatty acids was analyzed by GLM (general linier model) procedure by SAS ver Genotyping the ACACA gene resulted two genoypes, namely GG and GT.The GG genotype was shown by FAM fluorescence with blue dye, while the GT genotype was shown by FAM dan VIC fluorescences with blue and pink (green) dye. Frequency of the GG genotype totally were higher (0.885) than the GT genotype (0.115). Thus frequency of G allele totally was higher than that of T allele, namely and The values of heterozigosity observation was lower than the expectation one (Ho= and He= ). The average of F ST was and PIC value was at a low category (<0.25). Associations of genotype polymorphism of the ACACA gene with individual milk fatty acids were generally not significant instead of laurat (C 12 :0) and dodecanoat (C 12 :1) fatty acids. The GG cows produced higher laurat than the GT ones, namely 5.99±0.09 % vs. 5.55±0.18 %, whilst the GT cows produced higher dodecanoat than the GG ones, namely 0.29±0.06 % vs. 0.14±0.06 %. It was concluded that the ACACA gene in the observed HF cattle was polymorphic with the GG and the GT genotypes. Those two GG and GT genotypesof the ACACA gene resulted higher fatty acids of laurat (C 12 :0)and

7 dodecenoat (C 12 :1). Those the ACACA gene may be possible to be used as gene assisted selection to increase laurat and dodecanoat fatty acids in domestic HF cows. Key Word: ACACA gene, Holstein Friesian, milk fatty acid, real-time PCR

8

9 Hak Cipta Milik IPB, Tahun 2015 Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan, penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau tinjauan suatu masalah dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan IPB Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB

10

11 GENOTIPING GEN ACACA DAN HUBUNGANNYA DENGAN ASAM LEMAK SUSU SAPI FRIESIAN HOLSTEIN MENGGUNAKAN TEKNOLOGI TAQMAN REAL-TIME PCR ROSIDI AZIS Tesis sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Magister Sains pada Program Studi Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2015

12 Penguji Luar pada Ujian Tesis: Dr Ir Dedy Duryadi Solihin, DEA

13 Judul Tesis Nama NIM : Genotiping Gen ACACA dan Hubungannya dengan Asam Lemak Susu Sapi Friesian Holstein Menggunakan Teknologi TaqMan Real-time PCR : Rosidi Azis : D Disetujui oleh Komisi Pembimbing Dr Jakaria, SPt MSi Ketua Dr agr Asep Gunawan, SPt MSc Anggota Ir Anneke Anggraeni, MSi PhD Anggota Diketahui oleh Ketua Program Studi Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan Dekan Sekolah Pascasarjana IPB Dr Ir Salundik, MSi Dr Ir Dahrul Syah, MScAgr Tanggal Ujian: 10 September 2015 Tanggal Lulus:

14 PRAKATA Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah subhanahu wa ta ala atas segala karunia-nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema yang dipilih dalam penelitian ini yaitu genotiping gen ACACA dan hubungannya dengan asam lemak susu sapi Friesian Holstein Menggunakan TaqMan real-time PCR. Terima kasih penulis ucapkan kepada Dr Jakaria SPt MSi, Dr agr Asep Gunawan, SPt MSc dan Ir Anneke Anggraeni, MSi PhD selaku pembimbing yang telah banyak memberi saran masukan dan motivasi mulai dari awal hingga akhir penulisan tesis ini. Terima kasih penulis ucapkan kepada Dr Ir Dedy Duryadi Solihin, DEA selaku penguji luar komisi pada ujian tesis yang telah memberikan masukan yang konstruktif untuk kesempurnaan tesis ini. Penghargaan penulis sampaikan kepada Prof Cece Sumantri, MAgrSc, Eryk Andreas, SPt MSi serta Selvy SSi dan teman-teman di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak (LGMT) yang telah memberikan masukan yang sangat berharga untuk kesempurnaan penelitian ini. Penulis mengucapkan terimakasih kepada Dr Ir Salundik, MSi selaku Ketua Program Studi Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan (IPTP) serta jajarannya (ibu Ade dan ibu Okta) di sekretariat Pasca IPTP. Teman-teman seperjuangan di Pascasarjana IPTP 2013 terima kasih atas canda dan tawa serta mohon maaf bila ada hal yang kurang berkenan. Terima kasih kepada Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi atas Beasiswa Unggulan Dalam Negeri (BU-DN) yang diberikan kepada Penulis selama menempuh pendidikan Pascasarjana IPB dan kepada program Hibah KKP3N yang telah membiayai penelitian ini. Penulis sampaikan terima kasih kepada Kepala dan Staf Balai Penelitian Ternak (Balitnak), BBPTU Baturraden, BPTP SP Cikole, BBIB Singosari dan BIB Lembang atas materi penelitian yang diberikan. Ungkapan terima kasih penulis sampaikan kepada ayahanda, ibunda, keluarga di Madura dan di Kudus tanpa menyebutkan satu persatu dan istri tercinta serta anak saya yang sholeh atas segala doa dan kasih sayangnya. Semoga karya ilmiah ini bermanfaat. Bogor, September 2015 Rosidi Azis

15 DAFTAR ISI DAFTAR TABEL DAFTAR GAMBAR DAFTAR LAMPIRAN 1 PENDAHULUAN 1 Latar Belakang 1 Tujuan Penelitian 2 Manfaat Penelitian 2 Ruang Lingkup Penelitian 2 2 TINJAUAN PUSTAKA 3 Susu dan asam lemak 3 Keragaman gen ACACA 5 Real-time PCR 6 3 MATERI DAN METODE 8 Lokasi Penelitian 8 Materi Penelitian 8 Metode Penelitian 8 Analisis Data 10 4 HASIL DAN PEMBAHASAN 11 Amplifikasi Gen ACACA 11 Frekuensi Gen ACACA 13 Heterozigositas, F ST dan PIC 14 Asosiasi Gen ACACA dengan Asam Lemak Susu 15 5 SIMPULAN DAN SARAN 18 Simpulan 18 Saran 18 DAFTAR PUSTAKA 18 LAMPIRAN 22 RIWAYAT HIDUP 25 vi vi vi

16 DAFTAR TABEL 1 Kandungan komponen susu pada beberapa bangsa sapi perah perah 4 2 Karakteristik sampel penelitian sapi FH 8 3 Hasil desain primer dan probe gen ACACA 9 4 Frekuensi genotipe dan alel gen ACACA pada sapi FH 14 5 Analisis derajar heterozigositas, F ST dan PIC 15 6 Pengaruh keragaman gen ACACA terhadap asam lemak susu sapi FH 16 DAFTAR GAMBAR 1 Ruang lingkup penelitian gen ACACA dan analisis asam lemak susu 3 2 Struktur Gen ACACA pada sapi rumpun Bos taurus 5 3 Sintesis asam lemak dalam sistem seluler 4 Amplifikasi dan genotiping dalam real-time PCR 7 5 Primer dan probe (forward-reverse) gen ACACA 9 6 Kurva amplifikasi dan genotiping gen ACACA 12 7 Kelompok genotipe gen ACACA 13 DAFTAR LAMPIRAN 1 Sekuen Gen ACACA No. Akeses Gene bank AJ

17 1 PENDAHULUAN Latar Belakang Susu merupakan salah satu sumber gizi hewani yang bermanfaat bagi manusia. Air susu menyediakan komponen penting berupa protein, lemak, laktosa, kalsium dan komponen lainnya yang bermanfaat bagi kesehatan, pertumbuhan, kecerdasan dan sistem kekebalan tubuh (Feskanich et al. 1997). Lemak susu merupakan salah satu komponen yang memiliki nilai ekonomis tinggi yang dibutuhkan untuk produk keju dan produk pangan fungsional lainnya. Kandungan asam lemak jenuh (saturated fatty acid/sfa) dalam susu termasuk tinggi yaitu sekitar %, sedangkan kandungan asam lemak tak jenuh baik tunggal (monounsaturated fatty acid/mufa) ataupun asam lemak tak jenuh ganda (polyunsaturated fatty acid/pufa) rendah yaitu masing-masing sekitar % dan 3.33 % (Ellis et al. 2006). Penelitian sebelumnya telah melaporkan bahwa mengkonsumsi makanan yang mengandung berlebihan SFA dan lemak trans dapat menyebabkan penyakit kardiovaskular, jantung koroner dan stroke (Ulbricht and Southgate 1991; Kelly et al. 1998). Sebaliknya, mengkonsumsi asam lemak tak jenuh (omega-3, omega-6 dan omega-9) berkorelasi positif terhadap kesehatan tubuh manusia, salah satunya yaitu mengurangi dan mencegah terjadinya penyakit kanker dan tumor (Kennelly 1996; Connor 2000; Huth dan Park 2012). Asam lemak susu merupakan sifat kuantitatif yang dikodekan oleh banyak gen dalam sejumlah alur biologis yang membawa sintesis asam lemak (Mao et al. 2001; Bionaz dan Loor 2008; Marchitelli et al. 2013). Salah satu gen yang berpengaruh untuk hal tersebut adalah gen acetyl-coa carboxylase α (ACACA). Gen ACACA terletak pada kromosom 19q13-p14 yang memiliki panjang 6203 pb (panjang basa) yang terdiri dari 56 exon dan 55 intron (Shin et al. 2011). Gen tersebut memiliki peranan kunci di dalam alur metabolisme lemak susu yang mengontrol enzim acetyl-coa carboxylase dalam regulasi sintesis asam lemak (Abu-Elheiga et al. 1995; Barber et al. 2003). Aktivitas Acetyl-CoA carboxylase di dalam sistem seluler meningkat, sehingga mengakibatkan peningkatan produksi malonyl-coa yang digunakan sebagai substrat untuk sintesis asam palmitat dan asam lemak rantai panjang (asil-coa>c22: 0). Malonil-CoA berfungsi sebagai inhibitor penting dalam sintesis asam lemak di dalam mitokondria untuk β- oksidasi (Awan dan Saggerson 1993; Barber et al. 2003). ACACA diekspresikan dalam metabolisme asam lemak di seluruh jaringan lipogenik ternak seperti jaringan adipose, liver dan kelenjar susu selama laktasi (Barber et al. 2003; Thering et al. 2009). Penelitian sebelumnya melaporkan bahwa sebanyak delapan SNP (g.2064t>a, g.2155c>t, g.2203g>t, g.2268t>c, g.2274g>a, g.2340a>g, g.2350t>c dan g.2370a>g) di daerah promotor I 5 UTR (untranlated region) berpengaruh signifikan (P<0.05) terhadap komposisi asam lemak pada daging sapi (Zhang et al. 2009). Berdasarkan informasi tersebut bahwa SNP (single nucleotide polymorphism) gen ACACA perlu diverikasi pengaruhnya terhadap komponen asam lemak sebagai salah satu upaya untuk meningkatkan kualitas asam lemak susu pada sapi FH. Pemanfaatan SNP dalam bidang seleksi molekuler saat ini banyak dilakuan karena dianggap dapat memberikan respon yang cepat dan seleksi dapat dilakukan lebih awal terhadap sifat-sifat ekonomis (Veerkamp 1998). Penerapan

18 2 seleksi di masa yang akan datang dapat diarahkan untuk mendorong produksi bibit sapi FH berkualitas yaitu sebagai penghasil susu dengan kandungan asam lemak yang baik. Pemanfaatan teknologi dalam bidang molekuler saat ini sudah berkembang dengan menggunakan PCR (Polymerase Chain Reaction). Real-time PCR merupakan salah satu teknologi baru dalam bidang molekuler untuk identifikasi SNP dengan cepat dalam menghasilkan data genotipe (Ranade et al. 2001). Real-time PCR menggunakan TaqMan MGB probe atau dikenal dengan nama lain yaitu TaqMan SNP genotyping assay atau 5 nuclease allelic discrimination assay yang dapat memancarkan fluoresensi spesifik pada situs target. TaqMan real-time PCR telah digunakan secara luas dalam bidang biologi molekuler termasuk pada hewan ternak (Poon et al. 2009; Navarro et al. 2015). Keunggulan real-time PCR dalam genotiping gen hanya membutuhkan sampel sedikit, melihat produk PCR secara real-time tanpa membutuhkan elektroforesis, memiliki sensitifitas yang tinggi dan hasilnya sangat akurat (Ranade et al. 2001; Mackay et al. 2002; Shen et al. 2009). Dengan demikian, seleksi melalui penerapan teknologi TaqMan real-time PCR dalam bidang molekuler dapat dimanfaatkan untuk identifikasi SNP gen ACACA dalam upaya meningkatkan kualitas asam lemak susu pada sapi FH di dalam negeri. Tujuan Penelitian Tujuan penelitian ini adalah untuk melakukan: 1. Analisis keragaman gen ACACA menggunakan teknologi TaqMan real-time PCR. 2. Analisis hubungan keragaman genotipe gen ACACA terhadap komponen asam lemak susu pada sapi FH domestik. Manfaat Penelitian Informasi yang diperoleh dari penelitian ini diharapkan dapat diaplikasikan sebagai dasar seleksi berbasis SNP untuk mendapatkan sapi-sapi FH yang memiliki kandungan asam lemak susu yang baik. Ruang Lingkup Penelitian Penelitian ini terbagi menjadi dua tahapan yaitu analisis keragaman genetik dan analisis asam lemak. Tahap pertama yaitu untuk mengidentifikasi variasi genetik gen ACACA pada FH yang diperoleh dari ke lima lokasi penelitian yang terdiri atas sapi FH laktasi (Balitnak, BBPTU Baturraden, BPPT-SP Cikole) dan sapi FH Pejantan aktif (BBIB Singosari dan BIB Lembang). Tahap kedua yaitu melakukan studi analisis hubungan variasi genotipe dengan komponen asam lemak susu. Asam lemak susu yang dianalisis dari BBPTU Baturraden, dimana pada lokasi tersebut sapi perah dipelihara dengan sistem pemeliharaan intensif dan manajemen pemeliharaan yang sama. Hal tersebut bertujuan untuk meminimalkan pengaruh non-genetik. Ruang lingkup penelitian kedua tahapan tersebut disajikan dalam Gambar 1.

19 3 Gambar 1 Ruang lingkup penelitian gen ACACA dan analisis asam lemak susu 2 TINJAUAN PUSTAKA Susu dan Asam Lemak Susu Susu merupakan sumber gizi hewani yang bermanfaat bagi manusia. Susu dihasilkan oleh kelenjar mamae sapi perah selama laktasi. Susu mengandung protein, lemak, laktosa, kalsium dan komponen lainnya yang sangat besar manfaatnya bai kesehatan, kecerdasan dan sistem imun (Feskanich et al. 1997). Kandungan komponen susu pada beberapa rumpun sapi perah Bos taurus disajikan pada Tabel 1. Sapi Ffriesian Holstein (FH) merupakan sapi perah penghasil susu yang paling tinggi dibandingkan rumpun sapi perah lainnya dengan kadar lemak paling rendah di antara sapi perah lainnya (Webb dan Johnson 1965). Produktivitas sapi perah dapat dilihat dengan cara mengukur produksi susu selama satu masa laktasi. Masa laktasi merupakan lama menghasilkan susu yaitu sekitar 10 bulan (305 hari dalam satu periode laktasi) antara masa beranak dan masa kering kandang. Total produksi susu pada setiap periode laktasi umumnya bervariasi. Produksi susu yang paling tinggi dicapai pada periode laktasi ke-satu dan ke-empat, sedangkan puncak produksi perlaktasi dicapai pada bulan ke-satu dan ke-lima (Cole et al. 2009).

20 4 Lemak susu dibutuhkan oleh masyarakat terutama untuk pembuatan keju dan produk olahan pangan (Henning et al. 2006). Lemak susu merupakan salah satu komponen terbesar ke-empat setelah air, protein dan laktosa yang terdapat dalam susu. Lemak susu berbentuk bola-bola kecil yang jumlahnya sangat banyak berukuran antara 1-20 mikron dengan garis tengah 3 mikron (Bukcle et al. 2009). Kandungan lemak susu ditentukan oleh komponen asam lemak. Sebagian besar (98%) asam lemak susu tersebut berupa trigliserida yang berasal dari aktivitas mikrobiologi dalam rumen (Jensen et al. 1991). Secara umum, trigliserida disusun oleh asam lemak rantai pendek, rantai panjang dan rantai sangat panjang yang disintesis oleh kelenjar susu (Gresti et al. 1993). Tabel 1 Kandungan komponen susu pada beberapa rumpun sapi perah Bos taurus Bobot Bahan Produksi Lemak Protein Laktosa Total Bangsa badan kering susu (kg) (%) (%) (%) Solid (%) (kg) (%) Holstein Brown Swiss Ayrshire Guernsey Jersey Shorthorn Sumber: Webb dan Johnson 1965 Pengelompokan berdasarkan isomer geometrinya bahwa asam lemak menjadi asam lemak tak jenuh "cis" dan asam lemak jenuh "trans". Berdasarkan panjang rantai karbonnya asam lemak digolongkan menjadi rantai pendek (C 2 - C 6 ), rantai sedang (C 8 -C 12 ) dan rantai panjang (C 14 -C 24 ) (Jensen et al. 1991). Asam lemak jenuh (Saturated Fatty Acid/SFA) yang paling dominan dalam susu adalah miristat (C 14 ), Palmitat (C 16 ) dan stearat (C 18 ). Asam lemak tak jenuh baik Monounsaturated Fatty Acid (MUFA) dan polyunsaturated Fatty Acid (PUFA) yang utama meliputi oleat (C 18:1 ) linoleat (C 18:2 ) dan linolenat (C 18:3 ). Asam butirat (C 4 ) dan kaproat (C 6 ) berada dalam jumlah kecil sebagai trigliserida (Bukcle at al. 2009). Trigliserida disusun oleh komponen asam lemak lebih dari jenis asam lemak yang berbeda. Trigliserida utama berupa butyroyl-palmitoylacylglycerols dimana proporsinya butyroy-lpalmitoy-loleoyl-glycerol, butyroyldipalmitoyl-glycerol, butyroyl-myristoyl-palmitoylglycerol dengan keadaan masing-masing sekitar 4.2%, 3.2% dan 3.1%. Asam lemak susu lebih komplek jika dibanding asam lemak alami lainnya, disebabkan setidaknya lebih dari 1% terdapat dua dari empat asam lemak rantai panjang utama (C 14 :0, C 16 :0, C 18 :0 dan C 18 :1) di dalam dua puluh dua trigliserida (Gresti et al. 1993). SFA adalah asam lemak yang tidak memiliki ikatan rangkap pada atom karbonnya. Dengan demikian, asam lemak tersebut tidak peka terhadap oksidasi dan pembentukan radikal bebas yang memiliki dampak terhadap peningkatan kadar kolestrol darah. Sebaliknya, MUFA dan PUFA merupakan jenis asam lemak yang mempunyai satu atau lebih ikatan rangkap pada rantai atom karbon. Oleh karena itu, asam lemak tak jenuh baik MUFA dan PUFA memiliki pengaruh positif dalam menurunkan kadar kolesterol darah (Sartika 2008).

21 5 Keragaman Gen ACACA Enzim Acetyl-CoA Carboxylase Alpha (ACACA) yang dikode oleh gen ACACA mengkatalisis pembentukan malonyl-coa dari acetyl-coa di dalam sitoplasma (Badaoui et al. 2007; Bionaz dan Loor, 2008). Struktur gen ACACA terletak pada kromosom 19 terdiri atas 56 exon dan 55 intron. Total pasang basa (pb) pada gen ACACA pada rumpun Bos taurus adalah 6203 pb (Gambar 2 dan Lampiran 1). Gen ACACA dapat dijadikan marka SNP untuk komposisi asam lemak daging pada sapi, babi dan susu kambing (Gallardo et al. 2009; Zhang et al. 2010). Hasil studi intensif oleh Bouwman et al. (2011) terhadap runutan nukleotida dari gen-gen major pengatur alur biosintesis lemak susu selama masa laktasi, diketahui total varian genotipe aditif sifat kadar dan komposisi asam lemak susu bernilai sedang sampai tinggi (h 2 = 0,25-0,45). Asam lemak rantai pendek sampai sedang (C 4 :0 - C 16 :0), dan asam lemak rantai panjang ( C 16 :0), disintesis secara de novo dalam kelenjar ambing. Enzim ACACA ditemukan secara merata dalam banyak jaringan, tetapi tingkat yang paling tinggi ditemukan dalam jaringan lipogenik kelenjar susu selama laktasi (Mao et al. 2001). Kromosom 19; lokasi 19q13-p14 ACACA daerah koding untranslated region 6203 bp AJ exon 55 intron 2203 Gambar 2 Struktur gen ACACA pada rumpun sapi Bos taurus (Shin et al. 2011) Sintesis asam lemak dalam sistem seluler disajikan pada gambar 3. Sintesis asam lemak susu dikendalikan oleh multi enzim, dimana aktivasi enzim tersebut berawal dari Acetyl-CoA (Park et al. 2002). Enzim acetyl-coa merupakan enzim penentu kecepatan sintesis asam lemak. Karboksilasi acetyl-coa menjadi malonyl-coa sebagai reaksi awal, dimana reaksi ini melibatkan HCO 3 - dan ATP (adenosine trifosfat). Malonyl-CoA terbentuk dari dua reaksi yaitu pertama, biotin terikat pada protein yang berfungsi sebagai transport yang disebut dengan karboksilbiotin. Ke-dua, memindahkan karboksilbiotin pada acetyl-coa. Reaksi pemanjangan rantai atom C dimulai dari pembentukan asetil ACP (acyl carrier protein) dan malonil ACP kondensasi. Reaksi kondensasi ini yaitu 4 senyawa atuom C dibentuk dari 2 atom C dan 3 atom C serta CO 2 dibebaskan. Tahap berikutnya yaitu reduksi gugus keto pada C dengan ketoasil ACP reduktasi sebagai katalis. Kemudian 3 hidroksi butiril ACP diubah menjadi krotonil ACP

22 6 Gambar 3 Sintesis asam lemak di dalam sistem seluler dengan mengeluarkan H 2 O. Enzim yang bekerja pada reaksi ini yaitu 3-hidroksi asil ACP dehidratase. Reaksi terakhir dari putaran pertama sintesis asam lemak yaitu pembentukan butiril ACP dari krotonil ACP dengan katalis enoil ACP reduktase. Jadi putaran pertama elongasi atau perpanjangan atom C ini telah mengubah acetyl-coa menjadi butiril ACP. Urutan reaksi ini berulang-ulang sampai panjang atom C mencapai 16 atom C. Pada tahap ini terjadi hidrolisis dan palmitat dibebaskan. Pemanjangan asam lemak palmitat dan mengalami desaturasi untuk menghasilkan bermacam-macam asam lemak (Kim 1997; Sul et al. 2000). Real-time PCR Polymerase chain reaction (PCR) merupakan suatu teknik untuk menggandakan jumlah molekul DNA dan monomer-monomer nukleotida pada ruas-ruas tertentu yang dilakukan secara in vitro dengan bantuan primer dan enzim polymerase (Arya et al. 2005). Primer merupakan oligonukleotida spesifik pada DNA template. Hasil dari proses PCR dapat divisualisasikan dengan elektroforesis dalam PCR komvensional. Secara umum, reaksi yang terjadi dalam mesin PCR dapat dibagi menjadi tiga tahap, yaitu tahap denaturasi (pemisahan untai ganda DNA), tahap annealing (penempelan primer), dan tahap pemanjangan primer atau dikenal fase ekstensi (Muladno 2002). Real-time PCR pada prinsipnya sama dengan prinsip PCR konvensional hanya saja real-time PCR dapat mendeteksi produk amplifikasi pada tiap siklus selama proses PCR (Bustin 2004). Aplikasi real-time PCR memanfaatkan TaqMan probe berfluoresensi, dimana TaqMan Probe didesain untuk menempel pada akumulasi produk yang mengikat sekuen target (Arya et al. 2005). Pemanfaatan TaqMan probe dalam real-time PCR sebagai sistem deteksi telah luas digunakan dalam genotiping dan kuantifikasi gen (Morita et al. 2007).

23 Molekul probe memiliki dua bagian dalam mendeteksi gen yaitu reporter dye pada ujung 5 dan quencher pada ujung 3 (Arya et al. 2005). Reporter dye probe berfungsi sebagai pendonor fluoropohor pada ujung 5, sedangkan quencher dye probe berfungsi sebagai penerima fluorophor pada ujung 3. Setelah terjadinya proses denaturasi, probe menempel (annealing) pada sekuen target yang mengakibatkan terjadinya hibridisasi. Arya et al. (2005) menyatakan bahwa ke-dua probe berhibridisasi hanya dengan sekuen target selama tahapan atau fase annealing. Hibridisasi probe wild-type hanya berhibridisasi dengan target wildtype bukan dengan mutan, sehingga dapat menghasilkan sinyal fluoresensi. Bila 7 Cycles FAM fluoresence Gambar 4 Amplifikasi dan genotiping dalam real-time PCR (Bustin 2004) molekul probe tidak berhibridisasi dengan sekuen target, maka tidak akan menghasilkan sinyal fluoresensi. Cheng et al. (2004) menyatakan bahwa hibridisasi probe sesuai dengan situs mutasi yang menjadi target dan akan menghasilkan sinyal fluoresen. Oleh karena itu, sinyal fluoresen dihasilkan akibat donor molekul fluoresen padam dan molekul akseptor berpendar (Didenko 2001). Kurva fluoresensi hasil hibridisasi probe dapat dimonitor secara real-time dan data genotipe terbaca setelah proses PCR selesai. Data genotipe gen ACACA berbentuk kuva dan berbentuk cluster genotipe berdasarkan fluoresensinya, sebagaimana yang ditunjukkan pada Gambar 4 (Bustin 2004).

24 8 3 MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, divisi Pemuliaan dan Genetika, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor dan Balai Penelitian Ternak (Balitnak) Ciawi Bogor dari bulan April 2014 sampai Januari Materi Penelitian Sampel Penelitian Sampel penelitian berupa darah dan susu sapi FH. Sampel darah yang digunakan adalah 277 ekor yang berasal dari lima lokasi yang terdiri atas 113 ekor dari Balai Penelitian Ternak (Balitnak), BPPT-SP Cikole 42 ekor, BBPTU Baturraden 76 ekor dan 29 ekor, serta untuk pejantan aktif Inseminasi Buatan (IB) dari Balai Inseminasi Nasional yaitu BBIB Singosari 29 ekor dan BIB Lembang 17 ekor (Tabel 2). Sampel susu sapi perah yang digunakan berasal dari BBPTU Baturraden (42 sampel) untuk mengetahui profil asam lemak susu sapi FH. Sampel susu yang dikoleksi berdasarkan uji satu hari dengan menjumlahkan produksi pagi dan sore dari sapi laktasi 1-4 dan periode 1-4. Sampel susu menggunakan jasa analisis asam lemak di Laboratorium Terpadu di Universitas Diponegoro Semarang Jawa Tengah. Tabel 2 Sampel penelitian sapi FH No. Lokasi Jenis Kelamin Jumlah 1 Balitnak Betina BBPTU Baturraden Betina 76 3 BPPT-SP Cikole Betina 42 Sub Total BBIB Singosari Jantan 29 5 BIB Lembang Jantan 17 Sub Total 46 Total 277 Metode Penelitian Prosedur Ekstraksi DNA Ekstraksi DNA menggunakan GeneJET Whole Blood Genomic DNA Purification Mini Kit (Thermo Scientific) dengan prosedur ekstraksi sebagai berikut: Presipitasi sampel. Sampel darah yang disimpan dalam tabung vaccutaier diambil sebanyak 200 µl dan dimasukkan ke dalam tabung 1,5 ml. Degradasai protein dan bahan organik. Sampel yang sudah dimasukkan tabung eppendorf 1,5 ml, ditambahkan proteinase K, dikocok kuat menggunakan vortex, ditambahkan Lysis Solution sebanyak 400 µl dan di-vortex kembali. Campuran

25 reaksi digoyang pelan menggunakan nutating mixer di dalam inkubator pada suhu 56 o C selama 10 menit. Setelah proses inkubasi selesai, ditambahkan etanol absolute sebanyak 200 µl di-vortex dengan menggunakan pipet. Selanjutnya, dipindahkan ke dalam spin column (kolom saring) dan disentrifugasi selama 1 menit dengan kecepatan rpm. Cairan yang berhasil tersaring dibuang, substrat ditambahkan 500 µl WB (wash buffer) I dan sentrifugasi kembali selama 1 menit pada kecepatan rpm. Supernatan yang diperoleh dibuang sehingga yang tersisa adalah DNA. Purifikasi DNA. Sebanya 500 µl WB (wash buffer) II ditambahkan untuk mencuci DNA, larutan kemudian disentrifugasi selama 3 menit dengan kecepatan rpm. Selanjutnya ditambahkan 200 µl Elution Buffer dan inkubasi selama 2 menit pada suhu ruang dan sentrifugasi pada kecepatan rpm selama 1 menit. Proses selesai dan sampel DNA disimpan pada suhu -20 C, kemudian siap untuk digunakan. Desain Primer dan Probe Gen ACACA Primer dan probe gen ACACA dirancang menggunakan software primer express versi (perkin-elmer, Applied Biosystems) berdasarkan sekuen gen ACACA (No. Akses Genebank : AJ276223). Hasil desain primer dan probe gen ACACA ditampilkan pada Tabel 3. Sekuen primer-forward yaitu 5'-GCC TCC CTG CCT TCA GAT AAA -3'; primer riverse yaitu 5'-GGG AAG TCC CCA GTA TCA TTT TT-3'. Sekuen probe 1 yaitu 5'-(FAM) TGA AGT GTA TAG GAC TTA GAA-3' dan probe 2 yaitu 5'-(VIC) TAT AGG ACT TAT AAA GGG C-3. TaqMan Probe 1 disintesis dengan fluoresensi FAM dye TaqMan MGB probe untuk mengenali spesifik untuk alel G (wild type) di 5 akhir reporter berwarna biru, sedangkan probe 2 disintesis dengan fluoresensi VIC dye TaqMan MGB probe untuk mengenali spesifik untuk alel T (mutan) di 3 akhir quencher berwarna pink (merah jambu), sebagaimana tertera pada Gambar 5. Tabel 3 Hasil desain primer dan probe gen ACACA Posisi SNP (bp) 2203 G>T Primer /probe Sekuen Posisi Tm No. Akses GeneBank Primer F 5'-GCCTCCCTGCCTTCAGATAAA-3' Primer R 5'-GGGAAGTCCCCAGTATCATTTTT-3' Probe 1 5'-TGAAGTGTATAGGACTTAGAA-3' Probe 2 5'-TATAGGACTTATAAAGGGC AJ Gambar 5 Primer dan probe (forward-reverse) gen ACACA pada sapi Bos taurus

26 10 Amplifikasi Gen ACACA Amplifikasi gen ACACA dijalankan pada kondisi Thermal cycler real time-pcr yaitu pada suhu denaturasi 95 o C selama 20 detik, suhu annealing 60 o C selama 1 menit dan suhu ekstensi 95 o C selama 3 detik yang dijalankan selama 40 siklus. Campuran reaksi terdiri atas sample DNA sebanyak 1 µl di distribusikan ke dalam MicroAmp Optical 96-Well reaction plates. Komposisi pereaksi mix terdiri atas : 5 µl TaqMan GTXpress TM Master Mix yang mengandung buffer, Uracil-Nglicosylase, deoxyribonucleotides, uridine, passive reference dye (ROX) dan Taq Gold DNA polymerse (Applied Biosystems, Foster City, CA USA), 0.5 ul primer dan Taqman-MGB probe (forward dan reverse) dan sisanya RT-PCR grade water 3.5 µl. Substrat DNA kemudian didistribusikan sebanyak 9 µl ke dalam Micro Amp Optical 96-Well reaction plates dengan perbandingan antara DNA dan campuran reaksi 1:9 (vol/vol), non-template DNA digunakan sebagai control dan ditutup dengan sealing foil 96-well. Larutan disentrifugasi terlebih dahulu dengan kecepan 2500 rpm selama 3 menit agar campuran reaksi berada di dasar well dan dimasukkan dalam mesin real-time PCR. Genotiping Gen ACACA Genotiping atau penentuan genotipe dari gen ACACA setiap sampel didasarkan pada tipe kurva dan clustering fluoresensi yang diterima oleh sensor pada mesin real-time PCR. Genotipe GG ditunjukkan fluoresensi FAM berwarna biru, genotipe GT ditandai dengan kombinasi fluoresen VIC dan FAM dengan fluoresensi merah jambu (pink) dan biru atau hijau dan genotipe TT dengan fluoresen VIC dengan warna pink. Hasil data diterima oleh 7500 software v2.0.6 (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) dalam bentuk Microsoft excel. Analisis Data Frekuensi Gen, Heterozigositas dan PIC Frekuensi genotipe, frekuensi alel, derajat heterozigositas dan indeks deferensiasi genetik (F ST ) gen ACACA dihitung menggunakan software popgen32 versi Polymorphic Informative Content (PIC) gen ACACA dihitung menurut Hartl & Clark (1997), dengan rumus sebagai berikut : n n 1 n 2 PIC = 1 p i 2p 2 2 i p j i=1 i=1 j =i+1 Keterangan : PIC : Polymorphic Informative Content p i : frekuensi alel ke-i p j : frekuensi alel ke-j n : Jumlah alel perpenciri

27 Asosiasi Varian Genotipe dari Gen ACACA dengan Asam Lemak Susu Asosiasi keragaman dari dari gen ACACA dengan setiap komponen asam lemak susu dihitung menggungakan prosedur GLM (general linier model) dalam SAS ver. 9.2 dengan model sebagai berikut: 11 Keterangan : Y ij μ α i ε ij Y ij = μ + α i + ε ij : nilai pengamatan : nilai rataan umum : pengaruh genotipe ke-i : pengaruh galat ke-ij yang menyebar normal 4 HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen ACACA Hasil amplifikasi gen ACACA dengan suhu annealing 60 o C selama 1 menit pada sapi FH memperoleh dua genotipe yaitu GG dan GT (Gambar 6 dan 7). Genotipe gen ACACA pada individu sapi FH ditunjukkan dengan dua tipe kurva amplifikasi. Genotipe GG ditunjukkan dengan kurva amplifikasi berfluoresensi FAM berwarna biru dan genotipe GT ditunjukkan dengan kurva amplifikasi berfluoresensi FAM dan VIC berwarna biru dan merah jambu (pink). Gen ACACA mulai teramplifikasi pada siklus ke 22 dan 26 dan kurva fluoresensi berhasil melewati garis siklus threshold (Ct) dari base line (awal amplifikasi) menuju fase eksponesial sampai fase plateau (perpanjangan). Nilai siklus threshold kedua kurva fluoresesi VIC dan FAM masing sebesar dan Tinggi rendahnya nilai Ct berhubungan dengan kualitas DNA sampel yang digunakan. Semakin rendah nilai Ct maka kualitas DNA yang teramplifikasi semakin baik (Fraga et al. 2008). Nilai Ct ditentukan secara otomatis pada saat kurva berada pada fase eksponensial (Mackay et al. 2002). Keberhasilan kurva fluoresensi yang melewati nilai Ct dijadikan sebagai indikator keberhasilan amplifikasi gen target dan dijadikan sebagai landasan untuk menentukan genotipe individu sampel yang akurat (Wilhelm et al. 2000; Ranade et al. 2001; Mackay et al. 2002). Data klaster varian genotipe dari gen ACACA seperti tertera pada Gambar 7, terbagi menjadi tiga kelompok yang dapat dibedakan berdasarkan fluoresensinya. Genotipe GG ditunjukkan dengan kelompok fluoresensi FAM berwarna biru dan genotipe GT ditunjukkan dengan kelompok perpaduan fluoresensi VIC dan FAM berwarna hijau, sedangkan warna hitam merupakan NTC (non-template control) berfungsi sebagai kontrol. Genotipe TT tidak ditemukan dalam penelitian ini. Sebagaimana yang ditunjukkan oleh kedua data genotipe tersebut bahwa kurva fluoresensi dan klaster genotipe dengan fluoresensi VIC tidak ditemukan. Hasil penelitian ini sesuai dengan studi yang dilakukan oleh Zhang et al. (2009) yang hanya menemukan dua genotipe yaitu GG dan GT pada sapi Angus dan Beefmaster.

28 Plot Amplifikasi Plot Amplifikasi Gambar 6 Kurva amplifikasi dan genotiping gen ACACA

29 13 Plot Diskriminasi Alel T Gambar 7 Klaster genotipe gen ACACA untuk 40 sampel DNA Frekuensi Gen ACACA Frekuensi genotipe gen ACACA pada Tabel 4, menunjukkan bahwa secara umum frekensi genotipe GG lebih tinggi (0.880) dibandingkan genotipe GT (0.115) pada populasi sapi FH pengamatan. Frekuensi genotipe GG yang paling tinggi pada sapi FH Balitnak (0.973), sebaliknya yang terendah pada sapi FH pejantan di BIB Lembang (0.824). Frekuensi genotipe GT yang paling tinggi pada sapi FH pejantan di BIB Lembang (0.176), sebaliknya yang terendah pada sapi FH betina di Balitnak (0.027). Frekuensi alel G gen ACACA sapi FH secara umum menunjukkan lebih dominan terhadap alel T, dengan nilai frekuensi yaitu dan Nilai frekuensi alel G berkisar antara , sedangan frekuensi alel T berkisar antara Tingginya frekuensi alel G mengindikasikan bahwa sebagian besar individu sapi FH tidak mengalami mutasi pada posisi sekuen ke 2203 bp. Hal tersebut dibuktikan dengan tingginya alel G sebagai tipe alel liar (wild type) dan rendahnya alel T sebagai tipe alel mutan. Nei M. (1987) menyatakan bahwa penyebab mutasi gen dapat terjadi akibat adanya perubahan basa pada tingkat DNA (A=adenine, T=timin, G=guanine dan C=sitosin) baik dalam bentuk

30 14 subtitusi, delesi, insersi dan inversi pada saat replikasi dan adanya zat-zat yang bersifat mutagen. Penyebab lainnya dapat dipengaruhi oleh sumber pejantan Inseminasi Buatan (IB) yang digunakan. Sumber pejantan yang digunakan untuk IB, pada umumnya berasal dari BBIB Singosari dan BIB Lembang. Ke-dua Tabel 4 Frekuensi genotipe dan alel gen ACACA berdasarkan lokasi sapi FH sapi Frekuensi Genotipe Frekuensi Alel Lokasi (ekor) GG GT G T Balitnak BBPTU Baturraden BPPT-SP Cikole BBIB Singosari BIB Lembang Total sumber IB tersebut tidak mewariskan genotipe TT. Hal tersebut kemungkinannya sapi pejantan untuk IB yang digunakan bergenotipe GG dikawinkan dengan sapi betina bergenotipe GT atau sebaliknya, pejantan bergenotipe GT dikawinkan dengan betina bergenotipe GG sehingga genotipe TT tidak ditemukan (Tabel 4). Meskipun demikian gen ACACA pada sapi FH bersifat beragam (polimorfik) kecuali pada sapi FH Balitnak yang memiliki frekuensi alel G dan T yaitu dan Hartl DL. (1987) menyatakan bahwa suatu alel bersifat polimorfik apabila salah satu frekuensi alelnya kurang dari 0.99 (>0.01). Keragaman gen ACACA telah dilaporkan pada beberapa spesies hewan yaitu pada sapi (Shin et al. 2011), kambing (Badaoui et al. 2007), tikus (Mao et al. 2001), babi (Gallardo et al. 2009) dan manusia (Abu-Elheiga et al. 1995). Heterozigositas F ST dan PIC Gen ACACA Nilai heterozigositas gen ACACA sapi FH disajikan pada Tabel 5. Nilai heterozigositas pengamatan (Ho) gen ACACA pada sapi FH pengamatan memeiliki nilai antara , sedangkan nilai heterozigositas harapan (He) berada dalam kisaran antara Secara umum nilai Ho lebih besar dari pada He di lima lokasi sapi FH. Hal tersebut mengindikasikan bahwa nilai heterozigositas gen ACACA pada sapi FH rendah. Nilai heterozigositas di bawah 0.5 (<50%) menunjukkan variasi suatu gen dalam suatu populasi bersifat renda (Hartl dan Clark 1997). Rendahnya nilai heterozigositas dapat diakibatkan karena adanya seleksi dan terjadinya perkawinan silang dalam (inbreeding) pada sapi FH. Pendugaan nilai inbreeding dapat diduga berdasarkan nilai F ST (indeks derensiasi genetik). Nilai F ST gen ACACA pada Tabel 5 termasuk dalam kelompok yang rendah (<0.5) dengan rataan yaitu Wright (1987) menyatakan bahwa nilai F ST kurang dari 0.5 termasuk kelompok rendah. Nilai F ST yang rendah menunjukkan rendahnya tingkat inbreeding pada sapi FH di Balitnak dan BPPT-SP Cikole, sedangkan pada sapi FH BBPTU Baturraden, BBIB Singosari dan BIB Lembang memiliki nilai F ST sedang (>5%). Inbreeding pada

31 suatu populasi bertujuan untuk meningkatkan derajat homozigositas dan menurunkan derajat heterozigositas (Noor RR 2010). Tabel 5 Analisis derajat heterozigositas, F ST dan nilai PIC gen ACACA sapi Heterozigositas Lokasi F (ekor) ST Ho He Balitnak BBPTU Baturraden BPPT-SP Cikole BBIB Singosari BIB Lembang Rataan F ST : indeks diferensiasi genetik PIC : polymorphic Informative Content Bostein et al. (1980) menyatakan bahwa nilai PIC merupakan salah satu parameter yang menunjukkan tingkat informasi suatu penciri genetik pada ternak. Hasil nilai PIC gen ACACA yang diperoleh berada dalam kisaran antara (Tabel 5). Nilai PIC termasuk tinggi apabila nilainya PIC > 0.5, sedang bila nilai PIC > 0.25 dan rendah bila PIC < 0.25 (Xin-Sheng et al. 2008). Gen ACACA pada penelitian ini memiliki tingkat ke-informatifan sebesar dalam mendeteksi keragaman populasi sapi FH. Berdasarkan parameter tersebut bahwa nilai PIC gen ACACA pada penelitian ini termasuk dalam kelompok yang rendah (PIC < 0.25). Hal ini mengindikasikan bahwa keragaman gen ACACA pada sapi FH kurang ideal untuk dijadikan sebagai marka pembantu dalam seleksi. Marka genetik yang diharapkan yaitu memilki nilai PIC yang tinggi (PIC > 0.5) untuk memberikan informasi suatu penciri genetik terhadap sifat-sifat ekonomis (Hildebrand et al. 1992). Asosiasi Gen ACACA dengan Asam Lemak Susu Hasil analisis setiap komponen asam lemak susu tertera pada Tabel 6. Asam lemak yang berhasil diidentifikasi sebanyak 24 jenis asam lemak susu yang terbagi dalam kelompok asam lemak jenuh (SFA) dan tak jenuh (unsaturated fatty acid/ufa = MUFA dan PUFA). Jenis SFA ditemukan 5 jenis rantai pendek yaitu propionat, butirat, kaproat, kaprilat dan nonanoat; 4 rantai sedang yaitu kaprat, laurat, tridekanoat dan miristat; dan 5 rantai panjang yaitu pentadecanoat, palmitat, stearat, arakidat dan behenat; untuk MUFA ditemukan 6 jenis asam lemak yaitu kaproleat, miristoleat, dodecanoat, hexadecenoat, Heptadecanoat, eicosanoat dan eurat; sedangkan untuk PUFA ditemukan 3 jenis asam lemak yaitu butanedioat, linoleat dan arakidonat. Kandungan total SFA, MUFA dan PUFA masing-masing berkisar antara %, % dan %. Pengaruh varian genotipe dari gen ACACA secara umum tidak berbeda nyata (P<0.05) terhadap komponen asam lemak susu baik SFA rantai pendek, rantai sedang dan rantai panjang maupun pada MUFA dan PUFA, kecuali pada asam lemak laurat (C 12 :0) dan dodecanoat (C 12 :1 n-3) atau lauroleat. Asam laurat termasuk jenis SFA, sedangkan dodecanoat termasuk dalam kelompok MUFA. Keragaman genotipe gen ACACA yang memiliki potensi berpengaruh terhadap PIC 15

32 16 Tabel 6 Pengaruh keragaman gen ACACA terhadap asam lemak (%) susu sapi FH Asam Lemak Susu GG (n=36) GT (n=7) Probabilitas Ket. Asam Lemak Jenuh (SFA) a. Rantai pendek (C 3 -C 9 ) Propionat (C 3 :0) 1.14± ± ns Butirat (C 4 :0) 0.45± ± ns Kaproat (C 6 :0) 1.61± ± ns Kaprilat (C 8 :0) 2.29± ± ns Nonanoat (C 9 :0) 0.18± ± ns Sub Total b. Rantai sedang (C 10 -C 14 ) Kaprat (C 10 :0) 1.65± ± ns Laurat (C 12 :0) 5.99±0.09 a 5.55±0.18 b s Tridecanoat (C 13 :0) 0.42± ± ns Miristat (C 14 :0) 24.75± ± ns Sub Total c. Rantai panjang (C 14 -C 22 ) Pentadecanoat (C 15 :0) 4.68± ± ns Palmitat (C 16 :0) 32.87± ± ns Stearat (C 18 :0) 1.11± ± ns Arakidat (C 20 :0) 1.61± ± ns Behenat (C 22 :0) 1.03± ± ns Sub Total Total SFA Asam Lemak Tak Jenuh (UFA) a. MUFA (C 14 :1) (C 22 :1) Kaproleat (C10:1) 0.16± ± ns Miristoleat (C 14 :1) 3.44± ± ns Hexadecenoat (C16:1) 7.54± ± ns Heptadecanoat (C 17 :1) 1.67± ± ns Eicosanoic (C20:1) 2.95± ± ns Dodecanoat (C 12 :1 n-3) 0.14±0.06 a 0.29±0.06 b s Eurat (C 22 :1) 0.41± ± ns Sub Total b. PUFA (C 4 :2) (C 22 :4) Butanedioat (C 4 :4) 1.13± ± ns Linoleat (C 18 :2 n-6) 1.28± ± ns Arakidonat (C 20 :4 n-3) 1.16± ± ns Sub Total Total UFA Superskrip a&b yang berbeda pada baris yang sama menunjukkan berbeda nyata pada taraf uji 5% (uji Duncan). s=signifikan; ns=non-signifikan asam lemak susu yaitu pada nonanoat (C 9 :0) dari kelompok SFA; eicosanoat (C 20 :0) dari kelompok MUFA; dan butanedioat (C 4 :4) dari kelompok PUFA. Genotipe GG memiliki kandungan asam laurat lebih tinggi dibandingkan dengan

33 genotipe GT masing-masing 5.99±0.09 % dan 5.55±0.18 %. Demikian pula pada kelompok SFA lainnya yang secara umum genotipe GG memiliki pengaruh lebih tinggi. Hal ini berbeda dengan kelompok MUFA khususnya dodecanoat (C 12 :1 n- 3) bahwa genotipe GT memiliki kandungan lebih tinggi dibanding genotipe GG, yaitu 0.29±0.06 % dan 0.14±0.06 %. Hal yang sama terjadi pada kandungan MUFA lainnya, dimana genotipe GT cendrung memiliki pengaruh lebih baik dibandingkan genotipe GG. Asam lemak kelompok PUFA bahwa genotipe GT juga memiliki kecendrungan lebih baik dibandingkan dengan genotipe GG. Hal tersebut terjadi hanya pada asam lemak butanedioat (C 4 :4), sebaliknya pada asam lemak PUFA lainnya. Hasil analisis asam lemak pada penelitian ini telah sesuai dengan Zhang et al. (2009) bahwa genotipe GG memiliki pengaruh lebih kuat dibandingkan dengan genotipe GT terhadap total SFA, dan kondisi sebaliknya pada MUFA dan PUFA. Kandungan asam lemak tentunya sangat besar dipengaruhi oleh faktor lingkungan baik nutrisi dan sistem pemeliharaan ternak sapi (Butler et al. 2008). Pakan yang dikonsumsi oleh ternak disintesis menjadi asam lemak SFA, MUFA dan PUFA. Kandungan asam lemak yang dihasilkan dipengaruhi oleh aktivitas gen yang mengontrol dalam pembentukan asam lemak susu (Sutton 1989; Salman dan Djaja 2012). Ternak khususnya sapi, tidak dapat mensintesis asam lemak linoleat (C 18 :2) dan linolenat (C 18 :3 n3), dan jenis asam lemak PUFA lainnya. Asam lemak PUFA dihasilkan oleh pakan yang dikonsumsinya. Malonyl-CoA merupakan produk dari ACACA yang menjadi substrat intermediasi untuk sintesis asam lemak (FASN). Tinggi rendahnya malonyl-coa sangat ditentukan oleh ACACA. Tingginya produk malonyl-coa dari ACACA akan mempengaruhi tingginya produk asam lemak (SFA, MUFA dan PUFA) yang dihasilkan. (Zhang et al. 2009). Sintesis SFA oleh FASN kemudian mengalami perpanjangan atau desaturasi di dalam mikrosom jaringan adipose untuk memproduksi beberapa MUFA seperti C 14 :1, C 16 :1 dan C 18 :1 (St John et at dalam Zhang et al. 2009). Kandungan SFA sapi FH pengamatan yang paling tinggi yaitu miristat (C 14 :0), pentadecanoat (C 15 :0) dan palmitat (C 16 :0), diikuti oleh MUFA (miristoleat) dan PUFA (linoleat) (Tabel 6). Hasil analisis ini sesuai dengan Bukcle et al. (1985) yang menyatakan bahwa jenis asam lemak susu yang paling banyak ditemukan adalah miristat (C 14 :0), palmitat (C 16 :0), stearat (C 18 :0), sedangkan asam lemak tak jenuh yang utama adalah oleat (C 18 :1), linoleat (C 18 :2) dan linolenat (C 18 :3). Total asam lemak susu (3.5-5%) disusun oleh partikelpartikel kecil seperti fosfolipid sekitar 0,5-1% dan sterol hanya %, dimana keberadaan mereka berada dalam bentuk triasilgliserida (Jensen et al. 1991). Karakteristik variasi gen ACACA terhadap kandungan asam lemak susu pada sapi FH lokal berpeluang menjadi marka genetik dalam seleksi di masa yang akan dating. Sapi FH bergenotipe GG sebagai marka genetik untuk meningkatkan kualitas SFA khususnya asam lemak laurat (C 12 :0), sedangkan genotipe GT sebagai marka genetik untuk meningkatkan kualitas MUFA khususnya dodecanoat (C 12 :1 n-3). Meskipun demikian, penelitian lebih lanjut dibutuhkan untuk mengevaluasi kemungkinan hubungan antara SNP gen ACACA dengan sifat asam lemak susu, sebagai salah satu upaya untuk meningkatkan kualitas asam lemak susu yang baik pada sapi FH domestik. 17

34 18 5 SIMPULAN DAN SARAN Simpulan Gen ACACA pada sapi FH pengamatan bersifat polimorfik yaitu ditemukan dua genotipe GG dan GT. Varian genotipe gen ACACA berpengaruh nyata terhadap asam lemak laurat dan dodecanoat. Dengan demikian, varian genotipe gen ACACA berpeluang untuk menjadi marka genetik untuk asam lemak susu. Genotipe GG untuk asam lemak laurat (C 12 :0) dan genotipe GT untuk asam lemak dodecanoat (C 12 :1 n-3). Saran Hasil amplifikasi gen ACACA dengan metode real-time PCR yang didapatkan masih harus diungkap lebih jauh lagi dengan sampel yang lebih banyak dan primer-probe gen ACACA pada situs yang berbeda, sehingga keragaman gen ACACA dapat menjadi bukti kuat sebagai marka genetik pada sapi perah untuk asam lemak susu. DAFTAR PUSTAKA Abu-Elheiga L, Jayakumar A, Baldini A, Chirala SS, Wakil SJ Human acetyl-coa carboxylase: characterization, molecular cloning, and evidence for two isoforms. Proceed of the National Academy of Sci. 92: Arya M, Shergill IS, Williamson M, Gommersall L, Arya N, Patel HR Basic principles of real-time quantitative PCR. Expert Rev Mol Diagn.5(2) Awan MM, Saggerson ED Malonyl-CoA metabolism in cardiac myocytes and its relevance to the control of fatty acid oxidation. J Biochem. 295:61-6. Badaoui B, Serradilla J, Tomas A, Urrutia B, Ares J, Carrizosa J, Sanchez A, Jordana J, Amills M Goat acetyl-coenzyme A carboxylase α: molecular characterization, polymorphism, and association with milk traits. J Dairy Sci.90: Barber M, Vallance A, Kennedy H, Travers M Induction of transcripts derived from promoter III of the acetyl-coa carboxylase-α gene in mammary gland is associated with recruitment of SREBP-1 to a region of the proximal promoter defined by a DNase I hypersensitive site. J Biochem. 375: Bionaz M, Loor JJ Gene networks driving bovine milk fat synthesis during the lactation cycle. BMC Genomics.9:366. Botstein D, White RL, Skolnick M, Davis RW Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. Am J Hum Genet.32, Bouwman AC, Bovenhuis H, Visker MH, van Arendonk JA Genome-wide association of milk fatty acids in Dutch dairy cattle. BMC Genet.12, 43.

MATERI DAN METODE. Materi. Tabel 1. Sampel Darah Sapi Perah dan Sapi Pedaging yang Digunakan No. Bangsa Sapi Jenis Kelamin

MATERI DAN METODE. Materi. Tabel 1. Sampel Darah Sapi Perah dan Sapi Pedaging yang Digunakan No. Bangsa Sapi Jenis Kelamin MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. Penelitian ini berlangsung

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Gen Pituitary-Specific Positive Transcription Factor 1 (Pit1) Exon 3

HASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Gen Pituitary-Specific Positive Transcription Factor 1 (Pit1) Exon 3 HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Pituitary-Specific Positive Transcription Factor 1 (Pit1) Exon 3 Amplifikasi gen Pit1 exon 3 pada sapi FH yang berasal dari BIB Lembang, BBIB Singosari, BPPT Cikole,

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE Waktu dan Tempat Materi Sapi Perah FH

MATERI DAN METODE Waktu dan Tempat Materi Sapi Perah FH 62 MATERI DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilaksanakan selama sembilan bulan, yaitu dari bulan Oktober 2009 sampai dengan Juni 2010. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler,

Lebih terperinci

TINJAUAN PUSTAKA Sapi Perah Friesian Holstein

TINJAUAN PUSTAKA Sapi Perah Friesian Holstein TINJAUAN PUSTAKA Sapi Perah Friesian Holstein Sapi Friesian Holstein (FH) merupakan bangsa sapi yang paling banyak terdapat di Amerika Serikat, sekitar 80-90% dari seluruh sapi perah yang berada di sana.

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Analisis Polymerase Chain Reaction (PCR) serta analisis penciri Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) dilaksanakan di Laboratorium

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen GH Exon 4 Amplifikasi gen GH exon 4 pada kambing Peranakan Etawah (PE), Saanen dan PESA (Persilangan PE-Saanen) diperoleh panjang fragmen 200 bp (Gambar 8). M 1 2 3

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth

MATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Pengambilan sampel darah domba dilakukan di Kecamatan Koto Tengah Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober 2012. Amplifikasi gen Growth Hormone menggunakan

Lebih terperinci

Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria

Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria Ria Maria (G34090088), Achmad Farajallah, Maria Ulfah. 2012. Karakterisasi Single Nucleotide Polymorphism Gen CAST pada Ras Ayam Lokal. Makalah Kolokium

Lebih terperinci

IDENTIFIKASI KERAGAMAN GEN PITUITARY SPECIFIC POSITIVE TRANSCRIPTION FACTOR

IDENTIFIKASI KERAGAMAN GEN PITUITARY SPECIFIC POSITIVE TRANSCRIPTION FACTOR IDENTIFIKASI KERAGAMAN GEN PITUITARY SPECIFIC POSITIVE TRANSCRIPTION FACTOR 1 (PIT1) PADA KERBAU LOKAL (Bubalus bubalis) DAN SAPI FH (Friesian-Holstein) SKRIPSI RESTU MISRIANTI DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. Gambar 4. Hasil Amplifikasi Gen FSHR Alu-1pada gel agarose 1,5%.

HASIL DAN PEMBAHASAN. Gambar 4. Hasil Amplifikasi Gen FSHR Alu-1pada gel agarose 1,5%. HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen FSHR Alu-1 Amplifikasi fragmen gen FSHR Alu-1 dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dilakukan dengan kondisi annealing 60 C selama 45 detik dan diperoleh produk

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Calpastatin (CAST MspI) Amplifikasi fragmen gen calpastatin (CAST MspI) pada setiap bangsa sapi dilakukan dengan menggunakan mesin thermal cycler (AB Bio System) pada

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen GH Gen GH exon 3 pada kambing PE, Saanen, dan PESA (Persilangan PE dan Saanen) berhasil diamplifikasi menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Panjang fragmen

Lebih terperinci

METODE PENELITIAN. Tabel 1 Sampel yang digunakan dalam penelitian

METODE PENELITIAN. Tabel 1 Sampel yang digunakan dalam penelitian 12 METODE PEELITIA Waktu dan Tempat Penelitian dilaksanakan pada bulan Mei sampai dengan April 2010, bertempat di Bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu

Lebih terperinci

Anabolisme Lipid. Biokimia Semester Gasal 2012/2013 Esti Widowati,S.Si.,M.P

Anabolisme Lipid. Biokimia Semester Gasal 2012/2013 Esti Widowati,S.Si.,M.P Anabolisme Lipid Biokimia Semester Gasal 2012/2013 Esti Widowati,S.Si.,M.P Lemak Hewani dan Nabati Lemak hewani mengandung banyak sterol yang disebut kolesterol Lemak nabati mengandung fitosterol dan lebih

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Materi Sampel Pengambilan Sampel Ekstraksi DNA Primer

MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Materi Sampel Pengambilan Sampel Ekstraksi DNA Primer MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Juni hingga Nopember 2010. Penelitian dilakukan di Laboratorium Pemuliaan dan Genetik Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak,

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian deskriptif. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode B. Objek Penelitian Objek penelitian ini adalah sampel DNA koleksi hasil

Lebih terperinci

METODE. Materi. Tabel 1. Jumlah Sampel DNA yang Digunakan dan Asal Pengambilan Sampel Darah.

METODE. Materi. Tabel 1. Jumlah Sampel DNA yang Digunakan dan Asal Pengambilan Sampel Darah. METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Pemuliaan dan Genetika Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Hormon Pertumbuhan (GH) Amplifikasi gen hormon pertumbuhan pada sapi FH yang berasal dari BIB Lembang, BBIB Singosari, dan BET Cipelang; serta sapi pedaging (sebagai

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE. Materi

MATERI DAN METODE. Materi MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetik Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,

Lebih terperinci

Gambar 5. Hasil Amplifikasi Gen Calpastatin pada Gel Agarose 1,5%.

Gambar 5. Hasil Amplifikasi Gen Calpastatin pada Gel Agarose 1,5%. HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen Calpastatin (CAST AluI) Amplifikasi fragmen gen CAST AluI dilakukan dengan menggunakan mesin PCR dengan kondisi annealing 60 0 C selama 45 detik, dan diperoleh produk

Lebih terperinci

3. METODE PENELITIAN

3. METODE PENELITIAN 29 3. METODE PENELITIAN 3.1. Lokasi dan Waktu Penelitian Lokasi penelitian meliputi Laut Sulawesi, Selat Makassar, Teluk Bone, Laut Flores, Laut Banda, Teluk Tolo, Laut Maluku dan Teluk Tomini (Gambar

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4

MATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4 MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. penelitian ini

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita

HASIL DAN PEMBAHASAN. divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Amplifikasi Gen Mx Amplifikasi gen Mx telah berhasil dilakukan. Hasil amplifikasi gen Mx divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita yang

Lebih terperinci

TINJAUAN PUSTAKA. Sumber :

TINJAUAN PUSTAKA. Sumber : TINJAUAN PUSTAKA Sapi Friesian Holstein Sapi Friesian Holstein merupakan bangsa sapi perah yang banyak terdapat di Amerika Serikat dengan jumlah sekitar 80-90% dari seluruh sapi perah yang ada. Sapi ini

Lebih terperinci

TINJAUAN PUSTAKA Sapi Lokal Kalimantan Tengah

TINJAUAN PUSTAKA Sapi Lokal Kalimantan Tengah TINJAUAN PUSTAKA Sapi Lokal Kalimantan Tengah Berdasarkan aspek pewilayahan Kalimantan Tengah mempunyai potensi besar untuk pengembangan peternakan dilihat dari luas lahan 153.564 km 2 yang terdiri atas

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Gen GH Exon 2

HASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Gen GH Exon 2 HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Gen GH Exon 2 Gen GH exon 2 pada ternak kambing PE, Saanen, dan persilangannya (PESA) berhasil diamplifikasi menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Pasangan

Lebih terperinci

BAHAN DAN METODE. Waktu dan Tempat

BAHAN DAN METODE. Waktu dan Tempat BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian dilakukan terhadap sampel yang dikoleksi selama tujuh bulan mulai September 2009 hingga Maret 2010 di Kabupaten Indramayu. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium

Lebih terperinci

BAB I PENDAHULUAN. dibutuhkan. Nilai gizi suatu minyak atau lemak dapat ditentukan berdasarkan dua

BAB I PENDAHULUAN. dibutuhkan. Nilai gizi suatu minyak atau lemak dapat ditentukan berdasarkan dua BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Asupan lemak yang dianjurkan adalah sebanyak 30% dari total kalori yang dibutuhkan. Nilai gizi suatu minyak atau lemak dapat ditentukan berdasarkan dua aspek yaitu

Lebih terperinci

BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Bahan dan Alat

BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Bahan dan Alat 12 BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Survei penyakit klorosis dan koleksi sampel tanaman tomat sakit dilakukan di sentra produksi tomat di daerah Cianjur, Cipanas, Lembang, dan Garut. Deteksi

Lebih terperinci

PENDAHULUAN. Latar Belakang

PENDAHULUAN. Latar Belakang PENDAHULUAN Latar Belakang Usaha peternakan di Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam secara umum telah dilakukan secara turun temurun meskipun dalam jumlah kecil skala rumah tangga, namun usaha tersebut telah

Lebih terperinci

I. PENDAHULUAN. Pertumbuhan merupakan indikator terpenting dalam meningkatkan nilai

I. PENDAHULUAN. Pertumbuhan merupakan indikator terpenting dalam meningkatkan nilai 1 I. PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Pertumbuhan merupakan indikator terpenting dalam meningkatkan nilai ekonomi untuk budidaya sapi pedaging. Sapi Pesisir dan sapi Simmental merupakan salah satu jenis

Lebih terperinci

II. BAHAN DAN METODE. Betina BEST BB NB RB. Nirwana BN NN RN. Red NIFI BR NR RR

II. BAHAN DAN METODE. Betina BEST BB NB RB. Nirwana BN NN RN. Red NIFI BR NR RR II. BAHAN DAN METODE Ikan Uji Ikan uji yang digunakan adalah ikan nila hibrida hasil persilangan resiprok 3 strain BEST, Nirwana dan Red NIFI koleksi Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar Sempur, Bogor.

Lebih terperinci

FREKUENSI GEN κ-kasein FRIESIAN-HOLSTEIN DI WILAYAH SENTRA PRODUKSI SUSU

FREKUENSI GEN κ-kasein FRIESIAN-HOLSTEIN DI WILAYAH SENTRA PRODUKSI SUSU FREKUENSI GEN κ-kasein FRIESIAN-HOLSTEIN DI WILAYAH SENTRA PRODUKSI SUSU (The Frequency of κ-casein Gene of Holstein-Friesian in Dairy Central Region) C. SUMANTRI 1, 4, A. ANGGRAENI 2,4 dan A. FARAJALLAH

Lebih terperinci

MATERI DAN METODE. Materi

MATERI DAN METODE. Materi MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan IPB dan Laboratorium Terpadu,

Lebih terperinci

KERAGAMAN GENETIK GEN HORMON PERTUMBUHAN DAN HUBUNGANNYA DENGAN PERTAMBAHAN BOBOT BADAN PADA SAPI SIMMENTAL. Disertasi HARY SUHADA

KERAGAMAN GENETIK GEN HORMON PERTUMBUHAN DAN HUBUNGANNYA DENGAN PERTAMBAHAN BOBOT BADAN PADA SAPI SIMMENTAL. Disertasi HARY SUHADA KERAGAMAN GENETIK GEN HORMON PERTUMBUHAN DAN HUBUNGANNYA DENGAN PERTAMBAHAN BOBOT BADAN PADA SAPI SIMMENTAL Disertasi HARY SUHADA 1231212601 Pembimbing: Dr. Ir. Sarbaini Anwar, MSc Prof. Dr. Ir. Hj. Arnim,

Lebih terperinci

PERFORMA PRODUKSI SUSU DAN REPRODUKSI SAPI FRIESIAN-HOLSTEIN DI BPPT-SP CIKOLE LEMBANG SKRIPSI YUNI FITRIYANI

PERFORMA PRODUKSI SUSU DAN REPRODUKSI SAPI FRIESIAN-HOLSTEIN DI BPPT-SP CIKOLE LEMBANG SKRIPSI YUNI FITRIYANI PERFORMA PRODUKSI SUSU DAN REPRODUKSI SAPI FRIESIAN-HOLSTEIN DI BPPT-SP CIKOLE LEMBANG SKRIPSI YUNI FITRIYANI PROGRAM STUDI TEKNOLOGI PRODUKSI TERNAK FAKULTAS PETERNAKAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2008 RINGKASAN

Lebih terperinci

PENGARUH PEMBERIAN KONSENTRAT... PERIODE LAKTASI TERHADAP BERAT JENIS, KADAR LEMAK DAN KADAR BAHAN KERING SUSU SAPI

PENGARUH PEMBERIAN KONSENTRAT... PERIODE LAKTASI TERHADAP BERAT JENIS, KADAR LEMAK DAN KADAR BAHAN KERING SUSU SAPI SKRIPSI PENGARUH PEMBERIAN KONSENTRAT PADA PERIODE LAKTASI TERHADAP BERAT JENIS, KADAR LEMAK DAN KADAR BAHAN KERING SUSU SAPI Oleh : 060810228 FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN UNIVERSITAS AIRLANGGA SURABAYA 2012

Lebih terperinci

I PENDAHULUAN. Susu merupakan salah satu hasil ternak yang tidak dapat dipisahkan dari

I PENDAHULUAN. Susu merupakan salah satu hasil ternak yang tidak dapat dipisahkan dari 1 I PENDAHULUAN 1.1. Latar Belakang Susu merupakan salah satu hasil ternak yang tidak dapat dipisahkan dari kehidupan manusia. Ketersediaan susu sebagai salah satu bahan pangan untuk manusia menjadi hal

Lebih terperinci

PENDAHULUAN. pangan hewani. Sapi perah merupakan salah satu penghasil pangan hewani, yang

PENDAHULUAN. pangan hewani. Sapi perah merupakan salah satu penghasil pangan hewani, yang I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Peternakan merupakan bagian penting dari sektor pertanian dalam sistem pangan nasional. Industri peternakan memiliki peran sebagai penyedia komoditas pangan hewani. Sapi

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN

BAB III METODE PENELITIAN BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian tentang Pengaruh Suhu Annealing pada Program PCR terhadap Keberhasilan Amplifikasi DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans) Laguna Segara Anakan

Lebih terperinci

BAB III MATERI DAN METODE. pada Ransum Sapi FH dilakukan pada tanggal 4 Juli - 21 Agustus Penelitian

BAB III MATERI DAN METODE. pada Ransum Sapi FH dilakukan pada tanggal 4 Juli - 21 Agustus Penelitian 14 BAB III MATERI DAN METODE Penelitan dengan judul Tampilan Protein Darah Laktosa dan Urea Susu akibat Pemberian Asam Lemak Tidak Jenuh Terproteksi dan Suplementasi Urea pada Ransum Sapi FH dilakukan

Lebih terperinci

BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan Metode Isolasi C. gloeosporioides dari Buah Avokad

BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan Metode Isolasi C. gloeosporioides dari Buah Avokad 15 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Balai Besar Karantina Pertanian (BBKP) Tanjung Priok Wilayah Kerja Bogor, mulai bulan Oktober 2011 sampai Februari 2012. Bahan

Lebih terperinci

I. PENDAHULUAN. mengandung sejumlah mikroba yang bermanfaat, serta memiliki rasa dan bau

I. PENDAHULUAN. mengandung sejumlah mikroba yang bermanfaat, serta memiliki rasa dan bau I. PENDAHULUAN 1.1. Latar Belakang Susu yang baru keluar dari kelenjar mamae melalui proses pemerahan merupakan suatu sumber bahan pangan yang murni, segar, higienis, bergizi, serta mengandung sejumlah

Lebih terperinci

MANAJEMEN RISIKO DI PERUSAHAAN BETON (STUDI KASUS UNIT READYMIX PT BETON INDONESIA) MUAMMAR TAWARUDDIN AKBAR

MANAJEMEN RISIKO DI PERUSAHAAN BETON (STUDI KASUS UNIT READYMIX PT BETON INDONESIA) MUAMMAR TAWARUDDIN AKBAR MANAJEMEN RISIKO DI PERUSAHAAN BETON (STUDI KASUS UNIT READYMIX PT BETON INDONESIA) MUAMMAR TAWARUDDIN AKBAR SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2014 PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN SUMBER

Lebih terperinci

HUBUNGAN KERAGAMAN GEN DGAT1 (diacylglycerol acyltransferase1) TERHADAP PRODUKSI DAN PROFIL ASAM LEMAK SUSU SAPI PERAH FRIESIAN HOLSTEIN

HUBUNGAN KERAGAMAN GEN DGAT1 (diacylglycerol acyltransferase1) TERHADAP PRODUKSI DAN PROFIL ASAM LEMAK SUSU SAPI PERAH FRIESIAN HOLSTEIN HUBUNGAN KERAGAMAN GEN DGAT1 (diacylglycerol acyltransferase1) TERHADAP PRODUKSI DAN PROFIL ASAM LEMAK SUSU SAPI PERAH FRIESIAN HOLSTEIN SANTIANANDA ARTA ASMARASARI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN

Lebih terperinci

ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI

ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI 1 ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI PENDAHULUAN Polimerase Chain Reaction (PCR) PCR adalah suatu reaksi invitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu

Lebih terperinci

Polymorphism of GH, GHRH and Pit-1 Genes of Buffalo

Polymorphism of GH, GHRH and Pit-1 Genes of Buffalo Polymorphism of GH, GHRH and Pit-1 Genes of Buffalo Nama : Rohmat Diyono D151070051 Pembimbing : Cece Sumantri Achmad Farajallah Tanggal Lulus : 2009 Judul : Karakteristik Ukuran Tubuh dan Polimorfisme

Lebih terperinci

KANDUNGAN LEMAK, TOTAL BAHAN KERING DAN BAHAN KERING TANPA LEMAK SUSU SAPI PERAH AKIBAT INTERVAL PEMERAHAN BERBEDA

KANDUNGAN LEMAK, TOTAL BAHAN KERING DAN BAHAN KERING TANPA LEMAK SUSU SAPI PERAH AKIBAT INTERVAL PEMERAHAN BERBEDA Animal Agriculture Journal 5(1): 195-199, Juli 2015 On Line at : http://ejournal-s1.undip.ac.id/index.php/aaj KANDUNGAN LEMAK, TOTAL BAHAN KERING DAN BAHAN KERING TANPA LEMAK SUSU SAPI PERAH AKIBAT INTERVAL

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. (BBPTU-HPT) Baturraden merupakan pusat pembibitan sapi perah nasional yang

HASIL DAN PEMBAHASAN. (BBPTU-HPT) Baturraden merupakan pusat pembibitan sapi perah nasional yang IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Keadaan Umum BBPTU-HPT Baturraden Balai Besar Pembibitan Ternak Unggul dan Hijauan Pakan Ternak (BBPTU-HPT) Baturraden merupakan pusat pembibitan sapi perah nasional yang ada

Lebih terperinci

STRATEGI PENGEMBANGAN DAYA SAING PRODUK UNGGULAN DAERAH INDUSTRI KECIL MENENGAH KABUPATEN BANYUMAS MUHAMMAD UNGGUL ABDUL FATTAH

STRATEGI PENGEMBANGAN DAYA SAING PRODUK UNGGULAN DAERAH INDUSTRI KECIL MENENGAH KABUPATEN BANYUMAS MUHAMMAD UNGGUL ABDUL FATTAH i STRATEGI PENGEMBANGAN DAYA SAING PRODUK UNGGULAN DAERAH INDUSTRI KECIL MENENGAH KABUPATEN BANYUMAS MUHAMMAD UNGGUL ABDUL FATTAH SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2016 iii PERNYATAAN

Lebih terperinci

BAB II TINJAUAN PUSTAKA. memiliki ciri-ciri fisik antara lain warna hitam berbelang putih, ekor dan kaki

BAB II TINJAUAN PUSTAKA. memiliki ciri-ciri fisik antara lain warna hitam berbelang putih, ekor dan kaki 3 BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1. Sapi Perah Sapi perah yang dipelihara di Indonesia pada umumnya adalah Friesian Holstein (FH) dan Peranakan Friesian Holstein (PFH) (Siregar, 1993). Sapi FH memiliki ciri-ciri

Lebih terperinci

II. BAHAN DAN METODE

II. BAHAN DAN METODE II. BAHAN DAN METODE 2.1. Waktu dan Lokasi Penelitian Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Agustus sampai September tahun 2011. Sampel ikan berasal dari 3 lokasi yaitu Jawa (Jawa Barat), Sumatera (Jambi),

Lebih terperinci

KATA PENGANTAR. kelancaran kepada penulis untuk menyelesaikan skripsi yang berjudul. Ripitabilitas dan MPPA Produksi Susu 305 Hari Sapi Perah Friesian

KATA PENGANTAR. kelancaran kepada penulis untuk menyelesaikan skripsi yang berjudul. Ripitabilitas dan MPPA Produksi Susu 305 Hari Sapi Perah Friesian KATA PENGANTAR Segala puji dan syukur kepada Allah SWT penulis panjatkan atas segala Rahmat dan Karunia-Nya, yang telah memberikan kekuatan, kemampuan, dan kelancaran kepada penulis untuk menyelesaikan

Lebih terperinci

TINJAUAN PUSTAKA Sapi Perah Sapi Friesian Holstein (FH) Produktivitas Sapi Perah

TINJAUAN PUSTAKA Sapi Perah Sapi Friesian Holstein (FH) Produktivitas Sapi Perah TINJAUAN PUSTAKA Sapi Perah Pemeliharaan sapi perah bertujuan utama untuk memperoleh produksi susu yang tinggi dan efisien pakan yang baik serta mendapatkan hasil samping berupa anak. Peningkatan produksi

Lebih terperinci

BAB 4. METODE PENELITIAN

BAB 4. METODE PENELITIAN BAB 4. METODE PENELITIAN Penelitian penanda genetik spesifik dilakukan terhadap jenis-jenis ikan endemik sungai paparan banjir Riau yaitu dari Genus Kryptopterus dan Ompok. Penelitian ini bertujuan untuk

Lebih terperinci

BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7

BAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7 BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Rancangan Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan 7 sampel dari 7 individu udang Jari yang diambil dari Segara Anakan Kabupaten Cilacap Jawa Tengah.

Lebih terperinci

BAB I PENDAHULUAN A. LATAR BELAKANG. Saat ini, pelaksanaan sistem jaminan halal menjadi isu global.

BAB I PENDAHULUAN A. LATAR BELAKANG. Saat ini, pelaksanaan sistem jaminan halal menjadi isu global. BAB I PENDAHULUAN A. LATAR BELAKANG Saat ini, pelaksanaan sistem jaminan halal menjadi isu global. Mengkonsumsi makanan halal adalah suatu keharusan bagi setiap Muslim. Dalam al Qur an, disebutkan makanlah

Lebih terperinci

KAJIAN KEPUSTAKAAN. kebutuhan konsumsi bagi manusia. Sapi Friesien Holstein (FH) berasal dari

KAJIAN KEPUSTAKAAN. kebutuhan konsumsi bagi manusia. Sapi Friesien Holstein (FH) berasal dari II KAJIAN KEPUSTAKAAN 2.1 Karakteristik Sapi perah Sapi perah (Bos sp.) merupakan ternak penghasil susu yang sangat dominan dibanding ternak perah lainnya dan sangat besar kontribusinya dalam memenuhi

Lebih terperinci

DESAIN DAN SINTESIS AMINA SEKUNDER RANTAI KARBON GENAP DARI ASAM KARBOKSILAT RANTAI PANJANG RAHMAD FAJAR SIDIK

DESAIN DAN SINTESIS AMINA SEKUNDER RANTAI KARBON GENAP DARI ASAM KARBOKSILAT RANTAI PANJANG RAHMAD FAJAR SIDIK DESAIN DAN SINTESIS AMINA SEKUNDER RANTAI KARBON GENAP DARI ASAM KARBOKSILAT RANTAI PANJANG RAHMAD FAJAR SIDIK SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2007 PERNYATAAN TENTANG TESIS DAN SUMBER

Lebih terperinci

PENGANTAR. Latar Belakang. Perkembangan ilmu pengetahuan telah mendorong manusia untuk

PENGANTAR. Latar Belakang. Perkembangan ilmu pengetahuan telah mendorong manusia untuk PENGANTAR Latar Belakang Perkembangan ilmu pengetahuan telah mendorong manusia untuk melakukan perbaikan terhadap kehidupannya. Sekarang ini, masyarakat semakin peduli dengan makanan yang sehat. Masyarakat

Lebih terperinci

ABSTRAK Polimorfisme suatu lokus pada suatu populasi penting diketahui untuk dapat melihat keadaan dari suatu populasi dalam keadaan aman atau

ABSTRAK Polimorfisme suatu lokus pada suatu populasi penting diketahui untuk dapat melihat keadaan dari suatu populasi dalam keadaan aman atau ABSTRAK Polimorfisme suatu lokus pada suatu populasi penting diketahui untuk dapat melihat keadaan dari suatu populasi dalam keadaan aman atau terancam. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi

Lebih terperinci

BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN

BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN 3.1 Desain Penelitian Bentuk desain penelitian yang akan digunakan adalah bentuk deskriptif molekuler potong lintang untuk mengetahui dan membandingkan kekerapan mikrodelesi

Lebih terperinci

TATALAKSANA PEMELIHARAAN PEDET DI BALAI BESAR PEMBIBITAN TERNAK UNGGUL DAN HIJAUAN PAKAN TERNAK (BBPTU HPT) BATURRADEN, JAWA TENGAH TUGAS AKHIR

TATALAKSANA PEMELIHARAAN PEDET DI BALAI BESAR PEMBIBITAN TERNAK UNGGUL DAN HIJAUAN PAKAN TERNAK (BBPTU HPT) BATURRADEN, JAWA TENGAH TUGAS AKHIR TATALAKSANA PEMELIHARAAN PEDET DI BALAI BESAR PEMBIBITAN TERNAK UNGGUL DAN HIJAUAN PAKAN TERNAK (BBPTU HPT) BATURRADEN, JAWA TENGAH TUGAS AKHIR Oleh : FOURY SURYA ATMAJA PROGRAM STUDI DIII MANAJEMEN USAHA

Lebih terperinci

METODOLOGI PENELITIAN. Tempat dan Waktu Penelitian. Bahan dan Alat Penelitian

METODOLOGI PENELITIAN. Tempat dan Waktu Penelitian. Bahan dan Alat Penelitian 14 METODOLOGI PENELITIAN Tempat dan Waktu Penelitian Tempat penelitian dilakukan di Laboratorium Unit Pelayanan Mikrobiologi Terpadu, Bagian Mikrobiologi Kesehatan, Departemen Ilmu Penyakit Hewan dan Kesehatan

Lebih terperinci

BAB III MATERI DAN METODE. Penelitian telah dilaksanakan selama 2 bulan dari tanggal 5 Agustus

BAB III MATERI DAN METODE. Penelitian telah dilaksanakan selama 2 bulan dari tanggal 5 Agustus 15 BAB III MATERI DAN METODE Penelitian telah dilaksanakan selama 2 bulan dari tanggal 5 Agustus sampai dengan 30 September 2015. Kegiatan penelitian ini bertempat di P.T. Naksatra Kejora Peternakan Sapi

Lebih terperinci

PENDAHULUAN. kebutuhan susu nasional mengalami peningkatan setiap tahunnya.

PENDAHULUAN. kebutuhan susu nasional mengalami peningkatan setiap tahunnya. I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Produksi susu sangat menentukan bagi perkembangan industri susu sapi perah nasional. Susu segar yang dihasilkan oleh sapi perah di dalam negeri sampai saat ini baru memenuhi

Lebih terperinci

Pengaruh Formula dengan Penambahan Bumbu untuk Makanan Rumah Sakit pada Status Gizi dan Kesehatan Pasien LIBER

Pengaruh Formula dengan Penambahan Bumbu untuk Makanan Rumah Sakit pada Status Gizi dan Kesehatan Pasien LIBER Pengaruh Formula dengan Penambahan Bumbu untuk Makanan Rumah Sakit pada Status Gizi dan Kesehatan Pasien LIBER SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2014 PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN SUMBER

Lebih terperinci

KERAGAMAN GENETIK POPULASI INDUK ABALONE (Haliotis diversicolor) ASAL SELAT BALI DENGAN MENGGUNAKAN PENANDA Random Amplified Polimorphic DNA (RAPD)

KERAGAMAN GENETIK POPULASI INDUK ABALONE (Haliotis diversicolor) ASAL SELAT BALI DENGAN MENGGUNAKAN PENANDA Random Amplified Polimorphic DNA (RAPD) KERAGAMAN GENETIK POPULASI INDUK ABALONE (Haliotis diversicolor) ASAL SELAT BALI DENGAN MENGGUNAKAN PENANDA Random Amplified Polimorphic DNA (RAPD) SKRIPSI Diajukan untuk memenuhi salah satu syarat mencapai

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL DAN PEMBAHASAN HASIL DAN PEMBAHASAN Konsumsi Pakan Penambahan daun Som Jawa pada ransum menurunkan kandungan serat kasar dan bahan kering ransum, namun meningkatkan protein kasar ransum. Peningkatan protein disebabkan

Lebih terperinci

EKSPLORASI GEN GROWTH HORMONE EXON 3 PADA KAMBING PERANAKAN ETAWAH (PE), SAANEN DAN PESA MELALUI TEKNIK PCR-SSCP

EKSPLORASI GEN GROWTH HORMONE EXON 3 PADA KAMBING PERANAKAN ETAWAH (PE), SAANEN DAN PESA MELALUI TEKNIK PCR-SSCP EKSPLORASI GEN GROWTH HORMONE EXON 3 PADA KAMBING PERANAKAN ETAWAH (PE), SAANEN DAN PESA MELALUI TEKNIK PCR-SSCP (Exon 3 Growth Hormone Gene Exploration in Etawah Grade, Saanen and Pesa by PCR-SSCP Method)

Lebih terperinci

III. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk

III. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk 56 III. METODOLOGI PENELITIAN A. Rancangan Penelitian Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk mengamplifikasi Gen FNBP1L. B. Tempat dan Waktu Penelitian 1. Tempat Penelitian

Lebih terperinci

VISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum

VISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum VISUALISASI HASIL PCR DENGAN METODE PCR LANGSUNG DAN TIDAK LANGSUNG PADA SAMPEL BAKTERI Pseudomonas fluorescens dan Ralstonia solanacearum Pendahuluan Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik

Lebih terperinci

PENGARUH SERTIFIKASI GURU TERHADAP KESEJAHTERAAN DAN KINERJA GURU DI KABUPATEN SUMEDANG RIZKY RAHADIKHA

PENGARUH SERTIFIKASI GURU TERHADAP KESEJAHTERAAN DAN KINERJA GURU DI KABUPATEN SUMEDANG RIZKY RAHADIKHA 1 PENGARUH SERTIFIKASI GURU TERHADAP KESEJAHTERAAN DAN KINERJA GURU DI KABUPATEN SUMEDANG RIZKY RAHADIKHA SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2014 PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN SUMBER INFORMASI

Lebih terperinci

BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang

BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Ikan sebagai salah satu sumber protein hewani mengandung semua jenis asam amino esensial yang diperlukan oleh tubuh manusia (Suhartini dan Nur 2005 dalam Granada 2011),

Lebih terperinci

BAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel

BAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel 16 BAB III. METODOLOGI PENELITIAN Bab ini menggambarkan tahapan penelitian yang terdiri dari pengambilan sampel, penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel, amplifikasi D-loop mtdna dengan teknik

Lebih terperinci

OPTIMALISASI HASIL EKSTRAKSI DNA DARI DARAH SEGAR SAPI MENGGUNAKAN HIGH SALT METHOD

OPTIMALISASI HASIL EKSTRAKSI DNA DARI DARAH SEGAR SAPI MENGGUNAKAN HIGH SALT METHOD OPTIMALISASI HASIL EKSTRAKSI DNA DARI DARAH SEGAR SAPI MENGGUNAKAN HIGH SALT METHOD DENGAN PERBANDINGAN DARAH DAN LISIS BUFFER PADA KECEPATAN SENTRIFUGASI BERBEDA SKRIPSI AYU WULANDHARI DEPARTEMEN ILMU

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Daerah D-loop M B1 B2 B3 M1 M2 P1 P2 (-)

HASIL DAN PEMBAHASAN. Amplifikasi Daerah D-loop M B1 B2 B3 M1 M2 P1 P2 (-) HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi Daerah D-loop Amplifikasi daerah D-loop DNA mitokondria (mtdna) pada sampel DNA sapi Bali, Madura, Pesisir, Aceh, dan PO dilakukan dengan menggunakan mesin PCR Applied

Lebih terperinci

I. PENDAHULUAN. energi dan pembentukan jaringan adipose. Lemak merupakan sumber energi

I. PENDAHULUAN. energi dan pembentukan jaringan adipose. Lemak merupakan sumber energi I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang dan Masalah Lemak merupakan zat makanan yang penting untuk menjaga kesehatan tubuh manusia. Lemak memiliki beberapa fungsi dalam tubuh, yaitu sebagai sumber energi dan

Lebih terperinci

HASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom

HASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Isolasi DNA Metode isolasi dilakukan untuk memisahkan DNA dari komponen sel yang lain (Ilhak dan Arslan, 2007). Metode isolasi ini sesuai dengan protokol yang diberikan oleh

Lebih terperinci

4.1. Alat dan Bahan Penelitian a. Alat Penelitian. No. URAIAN ALAT. A. Pengambilan sampel

4.1. Alat dan Bahan Penelitian a. Alat Penelitian. No. URAIAN ALAT. A. Pengambilan sampel 7 IV. METODE PENELITIAN Ikan Lais diperoleh dari hasil penangkapan ikan oleh nelayan dari sungaisungai di Propinsi Riau yaitu S. Kampar dan S. Indragiri. Identifikasi jenis sampel dilakukan dengan menggunakan

Lebih terperinci

POLIMORFISME LOKUS MIKROSATELIT D10S1432 PADA POPULASI MONYET EKOR PANJANG DI SANGEH

POLIMORFISME LOKUS MIKROSATELIT D10S1432 PADA POPULASI MONYET EKOR PANJANG DI SANGEH POLIMORFISME LOKUS MIKROSATELIT D10S1432 PADA POPULASI MONYET EKOR PANJANG DI SANGEH SKRIPSI Diajukan untuk Melengkapi Tugas tugas dan Memenuhi Persyaratan untuk Mencapai Gelar Sarjana Kedokteran Hewan

Lebih terperinci

III. MATERI DAN METODE. Fakultas Pertanian dan Peternakan Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim

III. MATERI DAN METODE. Fakultas Pertanian dan Peternakan Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini akan dilaksanakan di Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Fakultas Pertanian dan Peternakan Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim Riau Pekanbaru

Lebih terperinci

PERBANDINGAN DUA METODE PENDUGAAN PRODUKSI SUSU SAPI PERAH BERDASARKAN CATATAN SEBULAN SEKALI

PERBANDINGAN DUA METODE PENDUGAAN PRODUKSI SUSU SAPI PERAH BERDASARKAN CATATAN SEBULAN SEKALI PERBANDINGAN DUA METODE PENDUGAAN PRODUKSI SUSU SAPI PERAH BERDASARKAN CATATAN SEBULAN SEKALI (Comparison of Two Methods for Estimating Milk Yield in Dairy Cattle Based on Monthly Record) E. Kurnianto

Lebih terperinci

HUBUNGAN ANTARA VOLUME AMBING, LAMA MASSAGE DAN LAMA PEMERAHAN TERHADAP PRODUKSI SUSU KAMBING PERANAKAN ETTAWA SKRIPSI.

HUBUNGAN ANTARA VOLUME AMBING, LAMA MASSAGE DAN LAMA PEMERAHAN TERHADAP PRODUKSI SUSU KAMBING PERANAKAN ETTAWA SKRIPSI. HUBUNGAN ANTARA VOLUME AMBING, LAMA MASSAGE DAN LAMA PEMERAHAN TERHADAP PRODUKSI SUSU KAMBING PERANAKAN ETTAWA SKRIPSI Oleh: ILHAM HABIB FAKULTAS PETERNAKAN DAN PERTANIAN UNIVERSITAS DIPONEGORO SEMARANG

Lebih terperinci

REPLIKASI DAN POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

REPLIKASI DAN POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) REPLIKASI DAN POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Debbie S. Retnoningrum Sekolah Farmasi, ITB Pustaka: 1. Glick, BR and JJ Pasternak, 2003, hal. 27-28; 110-120 2. Groves MJ, 2006, hal. 40 44 3. Brown TA, 2006,

Lebih terperinci

METODOLOGI PENELITIAN

METODOLOGI PENELITIAN METODOLOGI PENELITIAN Waktu dan Tempat Penelitian Kegiatan penelitian ini meliputi kegiatan lapang dan kegiatan laboratorium. Kegiatan lapang dilakukan melalui pengamatan dan pengambilan data di Balai

Lebih terperinci

I. PENDAHULUAN. Management of Farm Animal Genetic Resources. Tujuannya untuk melindungi dan

I. PENDAHULUAN. Management of Farm Animal Genetic Resources. Tujuannya untuk melindungi dan I. PENDAHULUAN 1.1. Latar Belakang Perserikatan Bangsa Bangsa telah mendirikan FAO Global Strategy for the Management of Farm Animal Genetic Resources. Tujuannya untuk melindungi dan mengatur pemanfaatan

Lebih terperinci

bio.unsoed.ac.id METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian

bio.unsoed.ac.id METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian III. METODE PENELITIAN A. Materi, Lokasi, dan Waktu Penelitian 1. Materi Penelitian 1.1. Peralatan Penelitian Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah botol sampel, beaker glass, cool box, labu

Lebih terperinci

BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang

BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Indonesia merupakan salah satu negara yang memiliki kekayaan hasil perikanan yang beranekaragam, sehingga mendatangkan devisa negara yang cukup besar terutama dari

Lebih terperinci

BAB II TINJAUAN PUSTAKA. cara peningkatan pemberian kualitas pakan ternak. Kebutuhan pokok bertujuan

BAB II TINJAUAN PUSTAKA. cara peningkatan pemberian kualitas pakan ternak. Kebutuhan pokok bertujuan 3 BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1. Pakan Kebutuhan pokok dan produksi pada sapi perah dapat dilakukan dengan cara peningkatan pemberian kualitas pakan ternak. Kebutuhan pokok bertujuan untuk mempertahankan

Lebih terperinci

KERAGAMAN GENETIK KAMBING BOER BERDASARKAN ANALISIS SEKUEN DNA MITOKONDRIA BAGIAN D-LOOP. Skripsi

KERAGAMAN GENETIK KAMBING BOER BERDASARKAN ANALISIS SEKUEN DNA MITOKONDRIA BAGIAN D-LOOP. Skripsi KERAGAMAN GENETIK KAMBING BOER BERDASARKAN ANALISIS SEKUEN DNA MITOKONDRIA BAGIAN D-LOOP Skripsi Untuk memenuhi sebagian persyaratan guna memperoleh derajat Sarjana Peternakan di Fakultas Pertanian Universitas

Lebih terperinci

III. MATERI DAN METODE A.

III. MATERI DAN METODE A. III. MATERI DAN METODE A. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan pada bulan September sampai dengan Desember 2015. Proses isolasi DNA, simplex-pcr dan duplex-pcr dilaksanakan di Sub Laboratorium

Lebih terperinci

Polimorfisme Genetik Pada Lokus Acaca dan Hubungannya Dengan Penampilan Produksi pada Induk Kambing Peranakan Ettawa

Polimorfisme Genetik Pada Lokus Acaca dan Hubungannya Dengan Penampilan Produksi pada Induk Kambing Peranakan Ettawa 16 Polimorfisme Genetik Pada Lokus Acaca dan Hubungannya Dengan Penampilan Produksi pada Induk Kambing Peranakan Ettawa Sucik Maylinda *), Tri Eko Susilorini **) dan Puguh Surjowardojo **) *) Laboratorium

Lebih terperinci

HUBUNGAN ANTARA KECEPATAN PEMERAHAN DENGAN PRODUKSI SUSU SAPI PERAH DI PETERNAKAN SAPI PERAH RAKYAT RAHMAWATI JAYA PENGADEGAN JAKARTA SELATAN

HUBUNGAN ANTARA KECEPATAN PEMERAHAN DENGAN PRODUKSI SUSU SAPI PERAH DI PETERNAKAN SAPI PERAH RAKYAT RAHMAWATI JAYA PENGADEGAN JAKARTA SELATAN HUBUNGAN ANTARA KECEPATAN PEMERAHAN DENGAN PRODUKSI SUSU SAPI PERAH DI PETERNAKAN SAPI PERAH RAKYAT RAHMAWATI JAYA PENGADEGAN JAKARTA SELATAN SKRIPSI NUR HAFIZAH TRISTY DEPARTEMEN ILMU PRODUKSI DAN TEKNOLOGI

Lebih terperinci

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Sintesis fragmen gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Sintesis fragmen gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur 20 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 dilakukan dengan teknik overlapping extension

Lebih terperinci

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu

BAB III METODOLOGI PENELITIAN. Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu BAB III METODOLOGI PENELITIAN Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu pengumpulan sampel berupa akar rambut, ekstraksi mtdna melalui proses lisis akar rambut, amplifikasi

Lebih terperinci

ANALISIS FAKTOR-FAKTOR YANG MEMPENGARUHI PENYALURAN KREDIT DI BANK UMUM MILIK NEGARA PERIODE TAHUN RENALDO PRIMA SUTIKNO

ANALISIS FAKTOR-FAKTOR YANG MEMPENGARUHI PENYALURAN KREDIT DI BANK UMUM MILIK NEGARA PERIODE TAHUN RENALDO PRIMA SUTIKNO ANALISIS FAKTOR-FAKTOR YANG MEMPENGARUHI PENYALURAN KREDIT DI BANK UMUM MILIK NEGARA PERIODE TAHUN 2004-2012 RENALDO PRIMA SUTIKNO SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2013 PERNYATAAN MENGENAI

Lebih terperinci

TINJAUAN PUSTAKA. Suprijatna dkk. (2005) mengemukakan taksonomi ayam kampung adalah

TINJAUAN PUSTAKA. Suprijatna dkk. (2005) mengemukakan taksonomi ayam kampung adalah II. TINJAUAN PUSTAKA 2.1. Tinjauan Umum tentang Ayam Kampung Suprijatna dkk. (2005) mengemukakan taksonomi ayam kampung adalah sebagai berikut : Kingdom : Animalia, Phylum : Chordata, Subphylum : Vertebrata,

Lebih terperinci

DHA dalam plasma sapi dengan pemberian ransum dengan CGKK (RK-45) lebih tinggi dibandingkan dengan pemberian ransum dengan CMEK (RM-45).

DHA dalam plasma sapi dengan pemberian ransum dengan CGKK (RK-45) lebih tinggi dibandingkan dengan pemberian ransum dengan CMEK (RM-45). 5 PEMBAHASAN UMUM Asam lemak nonesensial merupakan asam lemak hasil sintesa de novo dalam jaringan mamari dapat dihasilkan oleh sapi dengan pemberian ransum dengan konsentrat kadar protein kasar 14%, TDN

Lebih terperinci