Lampiran 1. : Pengamatan karakteristik tanaman

Transkripsi

1 LAMPIRAN

2 58 Lampiran 1. : Pengamatan karakteristik tanaman 1. Jenis Pengamatan : visual (sifat kualitatif) atau pengukuran (sifat kuantitatif ) Metode pengamatan karakteristik yang dianjurkan dijelaskan pada kolom tiga (3) pada tabel karakter tanaman dengan kode berikut: MG : Pengukuran dilakukan secara menyeluruh terhadap satu kelompok tanaman atau organ-organ tanaman Single measurement of a group of plants or parts of plants MS : Pengukuran dilakukan secara satu per satu terhadap sejumlah individu tanaman atau organ tanaman Measurement of a number of individual plants or parts of plants VG : Pemeriksaan visual dilakukan secara menyeluruh terhadap satu kelompok tanaman atau organ-organ tanaman Visual assessment by a single observation of a group of plants or parts of plants VS : Pemeriksaan visual dilakukan secara satu per satu terhadap sejumlah individu tanaman atau organ tanaman Visual assessment by observation of individual plants or parts of plants 2. Pengamatan (untuk individu) dilakukan terhadap sampel pada tiap satuan percobaan 3. Jumlah sampel pengamatan untuk tiap satuan pengamatan 5 sample (diberi ajir) 4. Stadia pengamatan (Lampiran 2.) Pengamatan varietas campuran : a. dilakuan tiga kali pengamatan : i. Fase vegetatif ii. Fase generatif iii. Fase generatif akhir (fase masak, ± 7 hari sebelum panen b. Varietas campuran (CVL : campuran varietas lain) yang ditemukan ditandai dalam lay out percobaan dan dibuang c. Bila terdapat individu tanaman yang meragukan (CVL atau bukan) dapat dilihat perkembangan tanaman selanjutnya, dan individu tanaman tersebut tidak dibuang tetapi ditandai terlebih dahulu.

3 59 Lampiran 2. Angka (kode) untuk stadia pertumbuhan Stadia* (Kode) General Description Deskripsi Umum 10 Daun pertama menembus koleoptil 39 Leher daun bendera daun bendera pertamakali terlihat Booting 40 Tahap akhir fase bunting, menjelang berbunga 54 ½ bunga keluar (muncul) Keterangan tambahan untuk Gandum, Barley, Rye, Oats dan Padi Daun kedua terlihat (kurang dari 1 cm Pada padi : kebalikan dari stadia auricle Stadia sebelum booting Ukuran calon bunga mulai membesar Stadia awal bunting. 55 malai mulai keluar (½ - ¾ ) 56 ¾ malai keluar 60 Awal mekarnya bunga Awal mekarnya bunga 65 Berbunga 50 % 70 Awal perkembangan pengisian susu Masak susu Awal pengerasan biji 80 Pemasakan 90 Masak Padi : spikelet utama masak 91 Kariopsis mengeras : susah untuk dipisahkan dengan menggunakan kuku. 92 Malai sudah mengeras (sulit dibedakan antara kulit biji (testa) dengan kulit buah Padi : 50 % biji pada malai masak Padi : lebih dari 90% biji pada malai masak Ket : *) menunjukan stadia pengamatan pada lampiran 3 dan 4, kolom (2)

4 60 Lampiran 3. Karakter kualitatif tanaman padi No urut (1) Stadia pengamatan (2) Karakter tanaman Varietas Contoh (4) Notasi (3) (5) 1 10 Koleoptil : warna anthocyanin VS Tidak Berwarna IR64 1 Hijau 3 Ungu BPI 76(NS) Daun Bagian Bawah : Warna Pelepah VS Hijau IR64 1 Hijau dengan garis ungu BPI 76 (NS) 2 Ungu muda PSBRC 50 3 Ungu Situ patenggang Daun : Intensitas Warna Hijau VG Hijau muda IR64 3 Hijau BPI 76 (NS) 5 Hijau tua Fatmawati Daun : Warna Anthocyanin VG Tidak ada IR64 1 Ada Situ patenggang Daun : Distribusi Warna Anthocyanin VG Hanya pada bagian ujung daun 1 Pada bagian pinggir BPI 76 (NS) 2 Bercak-bercak 3 Menyeluruh Pelepah Daun : Warna Anthocyanin VG Tidak ada IR64 1 Ada Situ patenggang Pelepah Daun : Intensitas Warna Anthocyanin VG Sangat lemah 1 Lemah 3 Sedang C4-63-P6 5 Kuat K Daun : Bulu pada permukaan daun VS Tidak ada atau sangat lemah 1 Lemah 3 Sedang Ciherang 5 Kuat Fatmawati Daun : Telinga Daun (Auricle) VG Tidak ada 1 Ada IR Daun : Warna Anthocyanin pada telinga daun (Auricle) VS Tidak ada IR64 1 Ada Way Rarem 9

5 61 No urut (1) Stadia pengamatan (2) Karakter tanaman Varietas Contoh (4) Notasi (3) (5) Daun : Leher daun (Collar)) VS Tidak ada 1 Ada IR Daun : warna anthosianin pada leher daun VG Hijau IR64 1 Ungu Way Rarem Daun : lidah daun (Ligula) VS Tidak ada 1 Ada Ciherang Daun: Bentuk lidah daun (Ligula) VS Acute (runcing) 1 Cleft (berlekuk) Ciherang Daun : Warna lidah daun (Ligula) VS Tidak berwarna Ciherang 1 Hijau 2 Hijau dengan garis ungu Maninjau 3 Ungu muda Jatiluhur 4 Ungu Situ patenggang Daun Bendera : Perilaku Helai Daun (pengamatan awal) VG Tegak Ciherang 1 Agak tegak Cirata 3 Horizontal Jatiluhur 5 Melengkung Way Rarem VG Daun Bendera : Perilaku Helai Daun (pengamatan akhir) Tegak Ciherang 1 Agak tegak Cirata 3 Horizontal Jatiluhur 5 Melengkung Way Rarem Batang : Perilaku Batang VS Tegak Digul 1 Agak tegak Cisantana 3 Terbuka Tukad Petanu 5 Agak terbuka IR64 7 Menyebar Dodokan Umur Berbunga: 50 % tanaman telah berbunga VG Sangat genjah Dodokan 1 Genjah Ciherang 3 Sedang Cisadane 5 Dalam (Lambat) Pandan Wangi Mandul Jantan VS/MS Tidak Ada 1 mandul jantan sebagian 2

6 62 No urut (1) Stadia pengamatan (2) Karakter tanaman (3) Varietas Contoh (4) Notasi (5) mandul jantan Anak Bunga (Spikelet): Warna putik VS Putih Angke 1 Hijau muda IR64 2 Kuning Dodokan 3 Ungu Muda 4 Ungu Way Rarem Batang : Warna anthocyanin pada buku VS Tidak ada Ciherang 1 Ada Cirata Batang : Intensitas warna anthocyanin pada buku VS Lemah 3 Sedang Situ patenggang 5 Kuat Citanduy Batang : Warna anthocyanin pada ruas VS Tidak ada Ciherang 1 Ada Way Rarem Lemma Steril : Warna Kuning Jerami Fatmawati 1 Kuning Emas Situ patenggang 2 Merah 3 Ungu Cirata Malai : Bulu ujung gabah (awns) VS Tidak ada Angke 1 Ada Ciherang Malai : Warna bulu ujung gabah (pengamatan awal) VS Putih kekuning-kuningan Rojolele 1 Kekuning-kuningan 2 Coklat Kewal nengsih 3 Coklat kemerah-merahan Kewal arjuna 4 Merah muda 5 Merah 6 Ungu muda 7 Ungu 8 Hitam Malai : Distribusi bulu ujung gabah VS Hanya diujung malai Ciherang 1 Hanya ¼ di bagian atas gabah 2 Hanya pada bagian atas malai Conde 3 Hanya ¾ bagian gabah Tukad unda 4 Sepanjang malai Rojolele Anak bunga: kepadatan rambut pada lemma

7 63 No urut (1) Stadia pengamatan (2) Karakter tanaman Varietas Contoh (4) Notasi (3) (5) VS Tidak ada atau sangat lemah 1 Lemah Batang gadis 3 Sedang Widas 5 kuat Mekongga 7 Sangat kuat Fatmawati Anak bunga : warna bulu (pengamatan akhir) VS kuning jerami 1 keemasan 2 coklat 3 coklat kemerahan 4 merah cerah 5 merah 6 ungu muda ungu hitam Malai : karakternya terhadap batang VG upright 1 semi-upright 2 slightly drooping 3 strongly drooping Malai: keberadaan cabang sekunder VS Ada 1 Tidak ada Ciherang Malai : tipe cabang sekunder VS Type 1 Lemah Dodokan 1 Type 2 Kuat Ciherang 2 Type 3 Mengelompok Batu tegi Malai : perilaku dari cabang malai VS Erect Tegak Cigeulis 1 Semi-erect Agak tegak Mekongga 3 Spreading Menyebar VG Malai : eksersi (pemunculan malai dari leher malai) Tertutup (tidak muncul) Cilamaya Muncul 1 Sebagian Muncul Fatmawati 3 Muncul Cisadane 5 Muncul sampai muncul sempurna IR64 7 Muncul sempurna Batang Piaman Umur Matang VG Sangat genjah Dodokan 1 Genjah IR64 3 Sedang Cisadane 5 Lambat (Dalam) Pandan Wangi 7 Sangat lambat (Sangat dalam) 9

8 64 No urut (1) Stadia pengamatan (2) Karakter tanaman Varietas Contoh (4) Notasi (3) (5) Daun : Gejala penuaan (senesens) VG Cepat Batang gadis 3 Sedang Ciherang 5 Lambat Fatmawati Lemma : Warna VS Straw (kuning jerami) IR64 1 Gold (kuning emas) Fatmawati 2 Brown (coklat) 3 Reddish to light purple Cirata 4 Purple (ungu) Situ patenggang 5 Black (hitam) Setail Lemma: warna antosianin pada keel (pengamatan akhir) VS tidak ada 1 lemah 3 sedang 5 kuat VS VS Lemma: pewarnaan antosianin pada daerah dibawah apex (pengamatan akhir) tidak ada 1 lemah 3 sedang 5 kuat 7 sangat kuat 9 Lemma: warna antosianin pada apex (pengamatan akhir) tidak ada 1 lemah 3 sedang 5 kuat 7 sangat kuat 9 43 Gabah : bentuk round (bulat) ovum oval long (panjang) Lemma: rekasi terhadap phenol VG Tidak ada 1 Ada Lemma: intensitas pewarnaan phenol VG cerah/ringan 3 sedang 5 gelap 7

9 65 Lampiran 4 Karakter kuantitatif tanaman No Stadia Pengamatan Karakter urut 1 40 MS Daun : Panjang lidah daun 2 40 MS Daun : Panjang helai daun 3 40 MS Daun : Lebar helai daun 4 70 VS Batang: Ketebalan 5 70 VS Batang: Panjang (tidak termasuk malai, tidak termasuk padi air dalam) MS Malai: Panjang cabang utama 7 70 MS Malai: Jumlah malai per rumpun VS Malai : Panjang dari bulu ujung gabah terpanjang 9 Jumlah anakan 10 Tinggi Tanaman 11 Jumlah anakan produktif MS Gabah : Bobot 1000 biji bernas MS Panjang lemma steril MS Gabah : Panjang gabah MS Gabah: Lebar gabah MS Gabah : rasio panjang lebar gabah

10 66 Lampiran 5 Deskripsi varietas Hipa 6 Jete Nomor seleksi : H36 Asal persilangan : A2/R17 Golongan : Cere Umur tanaman : hari Bentuk tanaman : Tegak Tinggi tanaman : 90,20-119,93 cm Anakan produktif : 7-14 Gabah isi per malai : butir Warna kaki : Hijau Warna batang : Hijau Warna telinga daun : Tidak berwarna Warna lidah daun : Tidak berwarna Warna daun : Hijau tua Permukaan daun : Kasar Posisi daun : Tegak Posisi daun bendera : Tegak Leher malai : Tertutup (tidak berleher) Bentuk gabah : Ramping Warna gabah : Kuning jerami Kerontokan mudah : Mudah Kerebahan : Tahan Tekstur nasi : Pulen Kadar amilosa : 21,7% Bobot 1000 butir : 22,18-26,67 gr Rata-rata hasil : 7,36 t/ha Potensi hasil : 10,60 t/ha Ketahanan terhadap hama : Rentan terhadap wereng coklat biotipe 2 Ketahanan terhadap penyakit : Agak rentan terhadap hawar daun bakteri patotipe IV dan VIII Rentan terhadap virus tungro Anjuran tanam : Tidak ditanam pada daerah endemik OPT Pemulia : Satoto, Murdani D.,Yudistira Nugraha, dan Sudibyo TWU Peneliti : E. Lubis, Indrastuti A. Rumanti, Yuni Widiastuti, Suwarno, Agus Guswara, I.N. Widiarta, Triny S. Kadir, Alidawati, Neni Ernawati, Suwarto, Untung Sumarno, dan Himawan Teknisi : Munada, Warsono, Warsidi, Suwarto, Ajat Sudrajat, A Abdul Somad, Cecep Suparman, dan Sukirman. Dilepas tahun : 2007

11 67 Lampiran 6 Deskripsi varietas Hipa 7 Nomor seleksi : H25 Asal persilangan : A1/R14 Golongan : Cere indica Umur tanaman : 112 hari Bentuk tanaman : Tegak Tinggi tanaman : 106 cm Anakan produktif : 16 batang Warna kaki : Hijau Warna batang : Hijau Warna telinga daun : Hijau Warna lidah daun : Tidak berwarna Warna daun : Hijau Permukaan daun : Kasar Posisi daun : - Posisi daun bendera : Tegak Leher malai : - Bentuk gabah : Sedang Warna gabah : Kuning Kerontokan mudah : Sedang Kerebahan : Agak tahan Tekstur nasi : Pulen Kadar amylosa : 22,0% Indeks glikemik : 49 Bobot 1000 butir : 29,8 gr Jumlah gabah bernas permalai : butir Rata-rata hasil : 7,6 t/ha Potensi hasil : 11,4 t/ha Ketahanan terhadap hama : Rentan terhadap wereng coklat biotipe 3 Ketahanan terhadap penyakit : Agak rentan terhadap hawar daun bakteri patotipe IV dan VIII Tahan terhadap virus tungro Anjuran tanam : Baik ditanam pada sawah irigasi dan sawah tadah hujan Pemulia : Satoto, Sudibyo TWU dan Murdani D Peneliti : Yudistira N, Yuni Widiastuti, Agus Guswara, dan Entis Sutisna Teknisi : Warsidi, Munada, Prima, Ujang Sarmadi, A Abdul Somad, Cecep Suparman, Suardi, Warsono, dan Sukirman. Alasan utama dilepas : Potensi hasil 10% lebih tinggi dibanding Ciherang, tahan tungro dan adaptasi luas Dilepas tahun : 2009

12 68 Lampiran 7 Deskripsi varietas Hipa 8 Nomor seleksi : H51 Asal persilangan : A1/PK21 Golongan : Cere Umur tanaman : hari Bentuk tanaman : Tegak Tinggi tanaman : cm Anakan produktif : batang Warna kaki : Hijau Warna batang : Hijau Warna telinga daun : Hijau Warna lidah daun : Tidak berwarna Warna daun : Hijau Permukaan daun : Kasar Posisi daun : Tegak Posisi daun bendera : Tegak Leher malai : - Bentuk gabah : Sedang Warna gabah : Kuning jerami Kerontokan mudah : Sedang Kerebahan : Sedang Tekstur nasi : Pulen Kadar amylosa : 22,7% Indeks glikemik : 73,5 Bobot 1000 butir : gr Jumlah gabah bernas permalai : - Rata-rata hasil : 7,5 t/ha Potensi hasil : 10,4 t/ha Ketahanan terhadap hama : Rentan terhadap wereng coklat biotipe 3 Ketahanan terhadap penyakit : Agak tahan terhadap hawar daun bakteri patotipe VIII Agak rentan terhadap hawar daun bakteri patotipe IV Rentan terhadap virus tungro Anjuran tanam : Baik ditanam pada daerah dataran rendah <450 m dpl Pemulia : Satoto, Sudibyo TWU dan Murdani D Peneliti : Yudistira N, Yuni Widiastuti, Agus Guswara, dan Entis Sutisna Teknisi : Warsidi, Sony Suharsono, Munada, Prima, Ujang Sarmadi, A Abdul Somad, Cecep Suparman, Suardi, Alasan utama dilepas : Potensi hasil 10% lebih tinggi dibanding Ciherang, tahan hawar daun bakteri, adaptasi luas dan produksi benih lebih mudah dibandingkan hibrida lainnya Dilepas tahun : 2009

13 69 Lampiran 8 Deskripsi varietas Hipa 9 Nomor seleksi : H30 Asal persilangan : A1/R12 Golongan : Cere Umur tanaman : 115 hari Bentuk tanaman : Tegak Tinggi tanaman : 103 cm Anakan produktif : 14 batang Jumlah malai/m 2 : 315 Warna kaki : Hijau Warna batang : Hijau Warna telinga daun : Tidak berwarna Warna lidah daun : Tidak berwarna Warna daun : Hijau Permukaan daun : Kasar Posisi daun : Tegak Posisi daun bendera : Tegak Leher malai : Terbuka Bentuk gabah : Sedang Warna gabah : Kuning Jerami Kerontokan mudah : Sedang Kerebahan : Tahan Tekstur nasi : Pulen Kadar amylosa : 22,3% Indeks glikemik : 73,5 Bobot 1000 butir : 27,3 gr Jumlah gabah bernas permalai : - Rata-rata hasil : 8,1 t/ha Potensi hasil : 10,4 t/ha Ketahanan terhadap hama : Rentan terhadap wereng coklat biotipe 3 Ketahanan terhadap penyakit : Agak tahan terhadap hawar daun bakteri patotipe III. Agak rentan terhadap hawar daun bakteri patotipe VIII Rentan terhadap virus tungro Anjuran tanam : Baik ditanam pada daerah dataran rendah <450 m dpl Pemulia : Satoto, Sudibyo TWU dan Murdani D Peneliti : Yudistira N, Yuni Widiastuti, Baehaki SE, Triny SK, dan Indrastuti AR. Teknisi : Warsidi, Prima, Ujang Sarmadi, A Abdul Somad, Cecep Suparman, Suardi, Sukirman, suwarto, Soedirman dan Warsono. Alasan utama dilepas : Produktivitas tinggi dan tahan hawar daun bakteri. Dilepas tahun : 2010

14 70 Lampiran 9 Deskripsi varietas Hipa 10 Nomor seleksi : H47 Asal persilangan : A6/PK18 Golongan : Cere Umur tanaman : 114 hari Bentuk tanaman : Tegak Tinggi tanaman : 97 cm Anakan produktif : 20 batang Warna kaki : Hijau Warna batang : Hijau Warna telinga daun : Putih Warna lidah daun : Hijau Warna daun : Hijau Permukaan daun : Kasar Posisi daun : Tegak Posisi daun bendera : Tegak Leher malai : - Bentuk gabah : Ramping Warna gabah : Kuning Emas Kerontokan : Sedang Kerebahan : - Tekstur nasi : Pulen Kadar amylosa : 19,7% Indeks glikemik : - Bobot 1000 butir : 26,1 gr Jumlah gabah bernas permalai : - Rata-rata hasil : 8,1 t/ha Potensi hasil : 9,4 t/ha Ketahanan terhadap hama : Rentan terhadap wereng coklat biotipe 3 Ketahanan terhadap penyakit : Agak tahan terhadap hawar daun bakteri patotipe III Agak rentan terhadap hawar daun bakteri patotipe VIII Rentan terhadap virus tungro Anjuran tanam : Baik ditanam pada daerah dataran rendah <450 m dpl Pemulia : Satoto, Sudibyo TWU, Murdani D, Yuni Widiastuti dan Indrastuti AR Peneliti : Trini SK, Agus Setyono, Prihadi W dan Baehaki SE.dan Endang S. Teknisi : Warsidi, Munada, Prima, Ujang Sarmadi, A Abdul Somad, Cecep Suparman, Suardi, Warsono, dan Sukirman. Alasan utama dilepas : Produktivitas hasil lebih tinggi dan lebih tahan hawar daun bakteri. Dilepas tahun : 2010

15 71 Lampiran 10 Nilai kemiripan genetik delapan galur tetua hibrida (1) (2) (3) (4) (5) (6) (7) (8) (1) IR62829A 1.00 (2) B8094F (3) IR58025A (4) IR (5) BP (6) S4325A (7) IR68897A (8) Bio

16 72 Lampiran 11 Gambar beberapa karakter kualitatif pada Hipa 6 dan Hipa 7 No Karakter 1 Koleoptil warna anthocyanin Hipa 6 Tidak berwarna Hipa 7 Tidak berwarna 2 Daun a. Leher daun (Collar) Warna antosianin Hijau Hijau b. Lidah daun (Ligula) Bentuk, Warna Ada. Cleft (berlekuk) Tidak berwarna Ada Cleft (berlekuk) Tidak berwarna 3 Anak Bunga (Spikelet): Warna putik (stigma) Putih Putih 4 Batang Warna anthocyanin pada buku Warna anthocyanin pada ruas Tidak ada Tidak adaa 5 Lemma Steril : Warna Kuning Jerami Kuning Jerami

17 73 No Karakter 6 Malai : a. Bulu ujung gabah Warna (pengamatan awal) (pengamatan akhir) Distribusi bulu ujung gabah Hipa 6 Putih kekuning Kuning jerami Hanyaa diujung malai Hipa 7 Putih kuningan Kuning jerami Hanya diujung malai b. Anak bunga: Kepadatan rambut pada lemma Warna Kuat Kuning Jerami Sedang Kuning Jerami c. Karakternya terhadap batang Agak terkulai Agak terkulai d. Cabang sekunder Perilaku dari cabang malai Ada, kuat Agak tegak Ada, kuat Agak tegak

18 74 No Karakter Hipa 6 Hipa 7 e. eksersi (pemunculan malai dari leher malai) Muncul Muncul sampai muncul sempurna 7 Lemma : Warna Bentuk Kuning jerami Ramping panjang Kuning jerami Ramping panjang 8 Lemma: Reaksi terhadap fenol Ada, Ada Intensitas pewarnaan Gelap Gelap

19 75 Lampiran 12 baku pembuatan larutan kimia untuk ekstraksi DNA NaCl 5M (larutan stok, 100ml) (Sambrook et al.1989) Bahan kimia : NaCl (Natrium Choride) Aquades streril Disiapkan 65 ml aquades steril kemudian ditimbang sebanyak 29,22 g NaCl Secara bertahap dilarutkan NaCl dengan aquades ke dalam beaker glass 250 ml menggunakan magnetik stirrer pada hot plate stirrer. Pelarutan dilakukan sedikit demi sedikit karena NaCl pekat sukar larut dalam air Setelah seluruh bahan benar-benar larut, volumen larutan ditepatkan 100 ml dengan menambahkan aquades steril. EDTA 0,5M ph 8(larutan stok, 100ml) (Sambrook et al.1989) Bahan kimia : Na-EDTA NaOH (Natrium Hydroxide) Aquades streril Sebanyak 18,6 g Na-EDTA dan 2,0 gr NaOH dimasukan dalam beaker glass 250 ml Bahan dilarutkan dengan menambahkan 80 ml aquades steril Setelah semua bahan larut, ph larutan diukur dengan menggunakan ph meter. Pengaturan ph 8 dilakukan dengan manambahkan NaOH 2,5 M pada larutan hingga ph yang dikehendaki tercapai. Volume larutan ditepatkan 100 ml dengan menambahkan aquades steril.

20 76 Tris-HCl 1 M ph 8 (larutan stok, 100ml) (Sambrook et al.1989) Bahan kimia : NaCl (Natrium Choride) Aquades streril Disiapkan 65 ml aquades steril kemudian ditimbang sebanyak 29,22 g NaCl Secara bertahap dilarutkan NaCl dengan aquades ke dalam beaker glass 250 ml menggunakan magnetik stirrer pada hot plate stirrer. Pelarutan dilakukan sedikit demi sedikit karena NaCl pekat sukar larut dalam air Setelah seluruh bahan benar-benar larut, volumen larutan ditepatkan 100 ml dengan menambahkan aquades steril. Larutan dimasukan pada botol kaca bening 100 ml, lalu disimpan pada suhu ruang. Buffer ekstrak padi 250 ml Bahan kimia: NaCl 5M Tris-HCl 1M ph 8,0 EDTA 0,5M Aquades SDS Sebanyak 25 ml NaCl 5 M dan 25 ml Tris-HCl 1M dan 25 ml EDTA 0,5M dimasukan dalam beaker glass, bahan dilarutkan dengan menambahkan Aquades Tambahkan 1,2 gr SDS kemudian campur semua bahan dengan manggunakan magnetik stirrer pada hot plate stirrer. Tambahkan Aquades hingga volume 250 ml. dan aduk kembali. Simpan buffer ekstrak pada botol kaca bening tertutup, simpan dalam suhu ruang Sebelum digunakan buffer dapat dipanaskan pada suhu 60 C selama 1-2 jam.

21 77 CISAM/KIAA (24:1) larutan kerja 100ml (Sambrook et al.1989) Bahan kimia: Chloroform Isoamlilalkohol Aquades steril Sebanyak 96 ml Chloroform dan 4 ml isoamil alcohol dimasikan dalam botol kaca bening 100 ml tertutup. Pencampuran dilakukan dengan mengguncangkan botol, lalu larutan disimpan pada suhu ruang. RNAase-A (larutan stok, 10 mg/ml) Bahan kimia: RNAase-A Na-Asetat 3 M ph 5,2 Tris-HCl 1M Aquades Sebanyak 10 mg RNAase-A, 3,3 µl Na-Asetat dan 996,7 µl aquades dimasukan dalam tabung mikro 2 ml Pencampuran dilakukan dengan spin manual. Suspensi yang terbentuk diinkubasi dalam waterbath pda suhu 100 C selama 15 menit untuk menghilangkan DNAase yang masih terdapat dalam RNAase. Suspensi dibiarkan dingin pada suhu ruang, kemudian ditambahkan 100 µl larutan Tris-HCL 1M ph 7,4 TE (Tris-EDTA) Buffer 50x (Larutan stok) (Sambrook et al.1989) Bahan kimia : Larutan stok Tris-HCl 1 M ph 8,0 Larutan stok EDTA 0,5M ph 8,0 Aquades streril Kertas saring

22 78 Sebanyak 25 ml larutan stok Tris HCL dan 5 ml larutan stok EDTA dimasukan dalam beaker glass 100 ml Bahan dilarutkan dengan menambahkan 20 mal aquades steril. pengadukan menggunakan magnetik stirrer pada hot plate stirrer Setelah semua bahan larut, kemudian disaring menggunakan kertas saring. Larutan dimasukan dalam botol kaca bening tertutup dan disimpan pada suhu ruang. TE Buffer 1X (larutan kerja, 100 ml) Bahan kimia: Larutan stok TE buffer 50X Aquades steril Sebanyak 2ml larutan stok TE buffer 50X dan 98 ml aquades steril dimasukan ke dalam botol kaca bening 100 ml tertutup Pencampuran dilakukan dengan mengguncang botol, lalu disimpan pada suhu ruang.

23 79 Lampiran 13. baku pembuatan larutan kimia untuk elektroforesis horizontal Buffer TAE 50X (larutan stok, 500 ml) (Sambrook et al 1989) Bahan kimia: Trizma base Acetic acid glacical Larutan stok EDTA 0,5M ph 8,0 Aquades steril Alat Magnetik stirrer Hot plate stirrer Sebanyak 121 gr trizma base, 28,55 ml Acetic acid glacial, 50 ml EDTA 0,5M ph 8,0 dan aquades dilarutkan dengan menggunakan magnetik stirrer pada hot plate stirrer Setelah tercampur tambahkan aquades hingga mencapai volume 500 ml, aduk sebentar agar tercampur rata. Larutan dimasukan dalam botol kaca bening 500 ml Buffer TAE 1X (larutan kerja, 1000 ml) Bahan kimia: Larutan stok buffer TAE 50X Aquades steril Sebanyak 50 ml buffer TAE 50X dimasukan dalam botol bening bertutup kemudian tambahkan 980 ml aquades steril. Pencampuran dilakukan dengan mengguncangkan botol, taruh dalam suhi ruang. Gel agarose 3 % Bahan kimia: Agarose Larutan kerja buffer TAE 1X

24 80 Masukan 3 gr agarose dan 100 ml buffer TAE dalam gelas erlemeyer 250 ml Panaskan dalam microwave, pemanasan dilakukan 2-3 kali dengan lama pemanasan masing-masing 1-2 menit. Pemanasan dilakukan hingga larutan agarose tercampur rata dan berwarna bening. Diamkan laruta agarose ± 10 menit hingga uap panasnya hilang sebelum dituangkan ke dalam cetakan. Selanjutnya larutan agarose dituangkan ke dalam cetakan yang telah dipasang sisir terlebih dahulu. Perhatikan dalam menuangkan gel agar jangan sampai terbentuk gelembung dan agar ketinggian permukaan gel merata. Diamkan selama menit hingga gel memadat. Setelah gel padat angkat sisir dengan hati-hati. Gel beserta cetakan diletakkan ke dalam chamber elektroforesis yang telah diisi dengan buffer TAE.

25 81 Lampiran 14. baku pembuatan larutan kimia untuk elektroforesis vertikal Buffer TBE 10X (larutan stok, 1000 ml) Bahan kimia: Trizma base Boric acid EDTA Aquades steril Masukan 500 ml Aquades dalam beaker glass 1000 ml Masukan 108 gr trizma base, 9,2 gr EDTA dan 55,2 gr boric acid, campur menggunakan magnetik stirrer pada hot plate stirrer hingga semua bahan larut Setelah semua larut tambahkan aquades hingga volume larutan mencapai 1000ml, aduk kembali dengan stirrer. Simpan dalam botol kaca bening bertutup 1000 ml taruh dalam suhu ruang. Acrylamide 40% (larutan stok 1000 ml) Bahan kimia: Acrylamide Bisacrylamide, N,N Methylenebisacrylamide Aquades steril Masukan 500 ml Aquades dalam beaker glass 1000 ml Masukan 380 gr Acrylamide aduk dengan menggunakan magnetik stirrer pada hot plate stirrer hingga semua larut Masukan 20 gr Bisacrylamide, N,N Methylenebisacrylamide, campur menggunakan magnetik stirrer pada hot plate stirrer hingga semua bahan larut Setelah semua larut tambahkan aquades hingga volume larutan mencapai 1000ml, aduk kembali dengan stirrer. Simpan dalam botol kaca bening bertutup 1000 ml taruh dalam suhu ruang.

26 82 Acrylamide 8% (larutan kerja 1000 ml) Bahan kimia: Acrylamide 40 % (larutan stok) Buffer TBE 10X Aquades steril Masukan 200 ml Acrylamide 40 %, 50 ml TBE 10X dan 750 ml Aquades dalam beaker glass 1000 ml Campur menggunakan magnetik stirrer pada hot plate stirrer hingga semua bahan larut Ammonium persulfate solution (APS)10% (40 ml) Bahan kimia: Ammonium persulfate solution Aquades steril (dh 2 O) Masukan 4 gr ammonium persulfate solution dan 40 ml aquades ke dalam tube 50 ml yang dibungkus alumunilum foil. Kocok tube hingga seluruh bahan tercampur dan larut Simpan bahan dalam freezer suhu 4 C