BAB II TINJAUAN PUSTAKA. di sebagian besar negara-negara di dunia biasanya disebabkan karena
|
|
- Widya Kurniawan
- 7 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 BAB II TINJAUAN PUSTAKA A. HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS Virus Human Immunodeficiency Virus (HIV) merupakan virus penyebab penyakit Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS). Virus tersebut dibagi ke dalam dua tipe, yaitu Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) dan Human Immunodeficiency Virus type 2 (HIV-2). Penyakit AIDS di sebagian besar negara-negara di dunia biasanya disebabkan karena infeksi virus HIV-1. Virus HIV-2 menginfeksi sebagian daerah Afrika Barat dan India. Kedua tipe virus tersebut memiliki struktur yang sama tetapi secara antigenik berbeda sebesar 55% (Nester dkk. 2007: 735 & 737). 1. Struktur dan genom Human Immunodeficiency Virus -1 Virus HIV-1 memiliki nukleokapsid berbentuk icosahedral, dikelilingi oleh selubung lipid bilayer dengan tonjolan, sehingga virus dapat melekat pada permukaan sel target. Inti partikel virus tersusun dari protein kapsid p24, mengandung RNA virus dan enzim-enzim (Pavlakis 1997: 46). Genom HIV merupakan RNA untai tunggal dan dikategorikan ke dalam RNA untaipositif. Setiap virion memiliki dua molekul genomik identik, sehingga secara genetik dikatakan diploid (Gambar 2) (Voyles 2002: 155). Virus tersebut 6
2 7 memiliki enzim reverse transcriptase, sehingga virus mampu menyandikan DNA cetakan dari genom RNAnya (Macpherson dkk. 1999: 498). Genom HIV-1 berukuran 9,8 kilo pasang basa (kb) terdiri atas tiga gen utama yaitu gag, pol, dan env, juga terdapat gen regulator (tat, rev) dan gen aksesori (tev, vpr, nev, vpu dan vif) (Gambar 3) (Macpherson dkk. 1999: 498). Tiga gen utama virus tersebut mengkode protein kapsid (Gag), enzim-enzim untuk replikasi (Pol), dan glikoprotein eksternal untuk menembus keluar dari selubung lipid virus. Gen pol menyandikan enzim-enzim antara lain reverse transcriptase, integrase, dan protease (Pavlakis 1997: 46). Dua gen regulator yaitu tat dan rev disandikan oleh sekuen terpisah di dalam provirus. Gen tat dan rev dibaca dari mrna yang sama menggunakan reading frame berbeda (Voyles 2002: 164). 2. Siklus hidup Human Immunodeficiency Virus-1 Infeksi virus HIV diawali dengan melekatnya virus pada sel kemudian masuk menembus membran plasma. Enzim reverse transcriptase akan mengubah RNA virus menjadi DNA yang kemudian dibawa menuju nukleus dan bergabung dengan DNA sel inang melalui bantuan enzim integrase. Asam nukleat dari retrovirus (DNA provirus) yang telah bergabung dengan DNA sel inang kemudian akan ditranskripsi menggunakan perangkat transkripsi sel inang. Hasil transkripsi tersebut memiliki dua peran, yaitu sebagai RNA genom yang tergabung dalam virion dan sebagai RNA messenger penyandi protein-protein virus. RNA genom dan protein disusun
3 8 ke dalam partikel virus, kemudian dikeluarkan dari sel dan menginfeksi sel-sel baru dengan melekat pada reseptor spesifik (Gambar 4) (Pavlakis 1997: 47). 3. Regulasi ekspresi gen HIV Transkripsi HIV dilakukan melalui promoter tunggal pada bagian 5 Long Terminal Repeat (LTR). Ekspresi dari 5 LTR menghasilkan mrna primer sekitar 9 kb untuk menyandikan sembilan gen-gen HIV. Hasil transkripsi primer HIV-1 mengandung beberapa daerah donor pemotongan (5 splice sites) dan akseptor pemotongan (3 splice sites) yang dapat diproses untuk menghasilkan lebih dari 30 alternatif mrna. Sebagian besar mrna adalah polycistronic, yaitu memiliki sekuen nukleotida untuk lebih dari satu protein (Hope & Trono 2000: 8). mrna HIV-1 terbagi ke dalam tiga kelompok ukuran, yaitu RNA tidak terpotong (unspliced RNA), RNA terpotong tidak sempurna (incomplete spliced RNA) dan RNA terpotong sepenuhnya (fully spliced RNA) (Gambar 5) (Bohne dkk. 2005: 826). Gen-gen HIV dapat dibagi ke dalam gen-gen yang diekspresikan lebih awal (early genes) dan gen-gen yang diekspresikan akhir (late genes). Gengen awal yaitu tat, rev, dan nef, diekspresikan dalam pola Rev-independent, sebaliknya mrna yang menyandikan gen-gen akhir yaitu gen gag, pol, env, vpr, vpu, dan vif membutuhkan Rev agar dapat dibawa ke sitoplasma dan diekspresikan (Gambar 5) (Hope & Trono 2000: 7). Intron dari mrna harus sepenuhnya dipotong sebelum dapat keluar dari nukleus. Adanya protein Rev yang melekat pada mrna mengandung
4 9 intron, akan mengarahkan mrna tersebut keluar dari nukleus (Hope & Trono 2000: 8). Protein Rev disandikan oleh dua ekson, dihasilkan dari pemotongan mrna sepenuhnya, dan terkonsentrasi di dalam nukleus sel-sel terinfeksi. Protein Rev dapat melekat pada sekuen spesifik RNA, yaitu Rev response element (RRE). Pelekatan protein Rev pada RRE memfasilitasi transpor RNA viral yang tidak dipotong atau dipotong tidak sempurna dari nukleus ke sitoplasma,sehingga terjadi peralihan ekspresi gen HIV dari gengen awal ke gen-gen akhir (Hope & Trono 2000: 4--5). B. GEN TRANSAKTIVATOR Gen transaktivator atau gen tat merupakan salah satu gen regulator dalam genom Human Immunodeficiency Virus -1 (HIV-1). Gen tersebut menyandikan protein Tat yang memiliki kemampuan untuk meningkatkan ekspresi gen-gen HIV-1. Protein Tat pada sebagian besar strain HIV-1 wild type tersusun atas 101 asam amino. Coding region untuk protein Tat tersusun atas dua ekson dalam genom HIV-1. Protein Tat dihasilkan melalui mrna yang mengalami pemotongan sepenuhnya (fully spliced mrna), dan diekspresikan lebih awal daripada protein-protein lainnya (Cullen 1991: 2363). Ekson pertama menyandi asam amino dan ekson kedua menyandi asam amino (Caselli dkk. 1999: 5631). Beberapa strain HIV-1 dapat memiliki protein Tat yang tersusun atas 86 asam amino. Perbedaan ukuran tersebut diakibatkan oleh open reading frame (ORF) dari ekson kedua yang tergantung masing-masing strain HIV-1 (Ruckwardt dkk.
5 : 13190). Protein Tat yang tersusun atas 86 asam amino disebut sebagai protein Tat terpotong (truncated Tat) (pada strain HXB2, pnl43, dan LAI) (Henriksen 2003: 20). Protein Tat memiliki beberapa fungsi penting, terutama dalam regulasi peningkatan produksi mrna HIV selama proses transkripsi. Tanpa adanya protein Tat, mrna akan berukuran lebih pendek. Hasil transkripsi pertama dari HIV-1 akan mengalami pemotongan secara sempurna untuk menghasilkan protein-protein HIV-1 yang diekspresikan lebih awal, salah satunya adalah protein Tat. Protein tersebut melekat pada daerah Transactivation Responsive Region (TAR) pada ujung 5 dari genom HIV-1. Adanya protein Tat akan meningkatkan produksi mrna full length sebanyak kali lipat. Hal tersebut menyebabkan peningkatan ekspresi protein Tat sendiri dan protein-protein lainnya, sehingga siklus hidup HIV-1 tetap dapat dipertahankan (Henriksen 2003: 15). Moreau dkk. (2003: 3792) menyatakan bahwa protein Tat memiliki aktivitas ekstraseluler yang dapat meningkatkan patogenesis terkait AIDS. Protein Tat ekstraseluler dapat menghambat produksi IL-12, interferon alpha, dan proliferasi sel T. Aktivitas protein Tat tersebut dapat mempercepat laju penyakit AIDS. Ruckwardt dkk. (2004: 13190) menyatakan bahwa efek ekstraseluler Tat tersebut menjadi salah satu alasan pentingnya mendapatkan vaksin terhadap Tat. Salah satu penelitian dengan mengimunisasi hewan percobaan menggunakan protein Tat menunjukkan adanya respons antibodi dan proliferasi limfosit.
6 11 C. SINTESIS FRAGMEN DEOXYRIBO NUCLEID ACID (DNA) MELALUI TEKNIK POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Sintesis dan amplifikasi fragmen DNA untuk digunakan sebagai cetakan dalam ekspresi protein in vitro dapat dilakukan melalui teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) (An dkk. 2007: 1). Sintesis fragmen gen HIV-1 dapat dilakukan menggunakan klona proviral HIV-1 sebagai DNA cetakan. Klona-klona tersebut merupakan contoh genotipe virus di dunia, khususnya di Amerika. Beberapa klona molekular HIV-1 dengan genom lengkap antara lain pwi3, pnl43, dan pnl101. Klona pnl43 berasal dari isolat HIV NY5 dan LAV AIDS RT yang disisipkan ke dalam vektor plasmid puc18 (Adachi dkk. 1986: 284). Teknik PCR merupakan cara lain untuk mendapatkan banyak salinan DNA tanpa menggunakan vektor atau sel inang (Snustad & Simmons 2006: 428). Beberapa teknik PCR telah dikembangkan untuk melakukan sintesis fragmen DNA antara lain PCR one-step, PCR two-step, dan PCR overlapping yang merupakan bagian dari PCR two-step (An dkk. 2007: 1). Teknik PCR overlapping digunakan untuk menggabungkan fragmenfragmen DNA. Proses PCR dilakukan dalam dua tahap, yaitu PCR standar pada tahap pertama dan PCR overlapping pada tahap kedua (Young & Dong 2004: 1). Dua fragmen DNA yang terpisah diamplifikasi masing-masing menggunakan primer spesifik pada tahap PCR pertama. Produk PCR pertama akan bergabung menjadi satu pada tahap PCR yang kedua, karena
7 12 terdapat pasangan primer overlap yang akan berhibridisasi pada tahap PCR kedua (Gambar 6) (Roche 2002: 4). Sintesis gen menggunakan teknik PCR overlapping membutuhkan pasangan primer overlapping. Primer tersebut harus dirancang agar memiliki dua daerah sekuen, yaitu priming region dan overlap region. Priming region berada pada ujung 3 dari primer dan berfungsi sebagai primer PCR, sedangkan overlap region berada pada ujung 5 primer dan komplementer terhadap sekuen fragmen DNA yang akan digabungkan dengannya dalam reaksi PCR (Vallejo dkk. 1994:124). D. PENGKLONAAN 1. Pengklonaan gen Pengklonaan gen merupakan bagian dari teknologi DNA rekombinan, yaitu teknik pengisolasian dan perbanyakan gen (Snustad & Simmons 2006: 418). Pengklonaan gen melibatkan proses penyisipan DNA sisipan ke dalam vektor sehingga membentuk DNA rekombinan. DNA rekombinan tersebut kemudian diintroduksi ke dalam sel inang. Replikasi vektor di dalam sel inang dan proliferasi sel inang akan diikuti dengan dihasilkannya salinan DNA sisipan dalam jumlah banyak (Brooker 2005: 503).
8 13 a. Vektor pengklonaan Vektor merupakan molekul DNA pembawa DNA sisipan ke dalam sel inang dan bereplikasi di dalam sel tersebut. Vektor pengklonaan harus memiliki tiga komponen penting, yaitu situs replikasi (origin of replication), marka gen selektif (gen pengkode resistensi antibiotik pada sel inang), dan situs restriksi untuk minimal satu enzim restriksi endonuklease (Snustad & Simmons 2006: 422). Ukuran dari DNA sisipan dan tujuan penelitian merupakan faktor penting dalam menentukan jenis vektor pengklonaan untuk menghasilkan DNA rekombinan (Cooper & Hausman 2004: 109). Vektor prokariot untuk pengklonaan dapat berupa plasmid atau bakteriofaga. Plasmid merupakan vektor pengklonaan yang paling umum digunakan. Plasmid adalah molekul DNA ekstrakromosomal sirkular yang dapat bereplikasi secara independen. Vektor plasmid berukuran sekitar 2 sampai 4 kilo pasang basa (kb) (Cooper & Hausman 2004: 110). Plasmid dipilih sebagai vektor pengklonaan karena beberapa keuntungan, antara lain ukurannya yang kecil membuat DNA plasmid lebih mudah untuk diisolasi dan dimanipulasi, bentuk DNA plasmid yang sirkular membuat DNA akan lebih stabil selama diisolasi, dan memiliki kemampuan untuk bereplikasi secara independen (Brock dkk. 1994: ). Vektor plasmid pqe-80l merupakan vektor ekspresi yang baik untuk sel prokariot. Plasmid pqe-80l dilengkapi dengan dua sekuen operator lac yang meningkatkan pengikatan represor lac. Vektor pqe80-l juga memiliki
9 14 situs pengikatan ribosom sintetik, Ribosomal Binding Sites (RBSII), untuk meningkatkan laju translasi. Vektor tersebut memiliki multiple cloning site (MCS), situs Ori ColE1 dan gen β-lactamase (bla) yang memberikan resistensi terhadap ampisilin (Gambar 7) (Qiagen 2003: 15). Vektor prokariot lainnya adalah bakteriofaga. Bakteriofaga adalah virus bakteri, dan memiliki ukuran 30 sampai 45 kb. DNA sisipan yang dapat disisipkan ke dalam vektor bakteriofaga adalah sekitar 15 kb (Snustad & Simmons 2003: 487). Vektor pengklonaan lain yang dapat digunakan untuk DNA sisipan berukuran besar adalah vektor kosmid. Vektor kosmid dapat disisipkan DNA sisipan berukuran 30 sampai 45 kb (Cooper & Hausman 2004: 110). Vektor eukariot untuk pengklonaan dapat berupa vektor yeast, vektor hewan, dan vektor tanaman. Vektor yeast berupa Yeast Artificial Chromosome (YACs) dapat mengklona DNA sisipan berukuran 800 kb. Vektor yang umum digunakan dalam hewan tingkat tinggi adalah SV40. Vektor tersebut digunakan untuk pengklonaan dan ekspresi gen-gen dalam sel mamalia (Tamarin 2002: ). b. Sel inang Molekul DNA rekombinan perlu dimasukkan ke dalam suatu sel inang untuk dapat mengekspresikan produk DNA sisipan. Beberapa komponen yang perlu diperhatikan dalam memilih sel inang yang baik untuk pengklonaan adalah sebaiknya sel inang memiliki tingkat pertumbuhan yang
10 15 cepat, dapat tumbuh pada medium kultur, tidak bersifat patogen, dapat ditransformasi oleh DNA, dan stabil. Sel inang dalam pengklonaan umumnya berupa mikroorganisme, misalnya Escherichia coli, Bacillus subtilis, dan Saccharomyces cerevisiae (Brock dkk. 1994: 295). 2. Tahap-tahap pengklonaan DNA a. Sintesis dan amplifikasi DNA sisipan Sintesis dan amplifikasi DNA sisipan yang akan diklona dilakukan melalui teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Melalui teknik tersebut fragmen DNA tertentu dapat diamplifikasi secara cepat dan dihasilkan salinan fragmen DNA dalam jumlah banyak (Snustad & Simmons 2006: 428). Proses PCR dilakukan menggunakan materi awal mengandung sampel DNA disebut DNA cetakan (template DNA). Beberapa reagen ditambahkan untuk membantu sintesis DNA. Reagen tersebut antara lain adalah sepasang primer (komplementer terhadap sekuens pada ujung-ujung fragmen DNA yang akan diamplifikasi), deoksiribonukleosida trifosfat (dntp), dan polimerase DNA disebut Taq polymerase (Brooker 2005: 503). Reaksi amplifikasi suatu fragmen DNA diawali dengan denaturasi DNA cetakan sehingga DNA untai ganda (double stranded) akan terpisah menjadi untai tunggal (single stranded). Tahap selanjutnya adalah annealing pada suhu sekitar 55 C. Primer akan menempel (annealing) pada cetakan yang telah terpisah menjadi untai tunggal (Yuwono 2006: Proses annealing
11 16 dilakukan selama 1--2 menit, kemudian suhu inkubasi dinaikkan menjadi 72 C selama 90 detik agar terjadi proses polimerisasi untai DNA yang baru berdasarkan informasi dari DNA cetakan. DNA untai ganda yang terbentuk selanjutnya akan didenaturasi lagi dengan menaikkan suhu inkubasi menjadi 95 C (Brown 1999: 20). b. Digesti dan ligasi DNA rekombinan Salah satu tahap penting dalam pengklonaan gen adalah digesti (pemotongan) molekul DNA dan vektor dengan ukuran yang tepat. Molekul DNA vektor didigesti untuk dapat disisipi DNA target. Pemotongan dilakukan pada posisi sama agar molekul DNA vektor dan DNA sumber dapat disatukan (Brown 2006: ). Proses digesti dilakukan menggunakan enzim restriksi endonuklease. Enzim tersebut akan mengenali sekuen nukleotida tertentu (situs restriksi) pada DNA kemudian memotong DNA tersebut pada atau dekat situs restriksi (Cooper & Hausman 2004: 104). Enzim restriksi endonuklease umumnya dalam pengklonaan adalah tipe II karena dapat memotong DNA pada situs spesifik, sehingga dihasilkan pola potongan spesifik. Situs pengenalan restriksi endonuklease tipe II berupa inverted repeats, yaitu sekuen dapat dibaca sama dari arah manapun, atau disebut palindrom (Brooker 2005: ). Pola potongan dari aktivitas endonuklease restriksi II adalah pola pemotongan ujung tumpul (blunt ends) dan ujung kohesif (cohesive ends)
12 17 (Tamarin 2002: 360). Pola potongan ujung tumpul dihasilkan jika enzim memotong DNA tepat di tengah situs restriksi. Pola potongan ujung kohesif (cohesive ends) dihasilkan jika enzim memotong situs restriksi tidak pada tempat yang sama (Brooker 2005: 493). DNA vektor dan DNA target yang telah dipotong kemudian digabungkan untuk membentuk DNA rekombinan (Snustad & Simmons 2006: 421). Proses tersebut dinamakan proses ligasi, sebab dilakukan menggunakan enzim DNA ligase (Brooker 2005: 493). Enzim DNA ligase berperan sebagai katalis dalam pembentukan kembali ikatan fosfodiester antar potongan DNA dengan bantuan ATP (Wong 1997: ). c. Transformasi DNA rekombinan Transformasi merupakan perubahan suatu genotip sel bakteri dengan cara mengambil DNA asing dari lingkungan sekitarnya (Campbell dkk. 1999: 354). Bakteri diberi perlakuan dengan campuran kation-kation divalen untuk membuat mereka permeabel terhadap molekul DNA kecil untuk sementara. Identifikasi transforman dilakukan menggunakan penanda selektif yang disandikan oleh plasmid. Penanda tersebut memberikan fenotip baru, sehingga membuat bakteri yang telah ditransformasi dapat diseleksi dengan mudah. Penanda selektif paling umum digunakan adalah gen resistensi terhadap antibiotik seperti ampisilin, tetrasiklin, chloramphenicol, dan kanamisin (Sambrook dkk. 1989: ).
13 18 Sel bakteri umum digunakan dalam transformasi DNA rekombinan adalah Escerichia coli (Sambrook & Russell 2001a: 1.14). Bakteri E. coli digunakan E. coli karena bersifat non patogenik, dapat mempertahankan stabilitas DNA yang diintroduksi, dan dapat berkembang biak secara cepat (Tamarin 2002: 358 & 369). Strain-strain E.coli umum digunakan untuk transformasi adalah DH1, DH5, dan MM294 (Sambrook & Russell 2001a: 1.25). Escherichia coli TOP10 merupakan salah satu strain E.coli yang dapat digunakan untuk transformasi karena memiliki gen lacz untuk seleksi biruputih terhadap rekombinan, gen enda1 untuk mengurangi rekombinasi nonspesifik pada hasil pengklonaan, dan dapat mempertahankan kestabilan replikasi plasmid high-copy number (Invitrogen 2002: 230). Metode transformasi kejutan panas (heat shock) diawali dengan pemberian CaCl 2 untuk menghasilkan sel bakteri kompeten, bakteri tersebut akan mengambil DNA setelah diberi perlakuan kejutan panas (heat shock). Molekul DNA, misalnya plasmid, dimasukkan ke dalam sel dengan metode tersebut kemudian akan bereplikasi di dalam sel. Sel kemudian diinkubasi dalam medium pertumbuhan non-selektif untuk memulihkan kondisi sel (Zhiming Tu dkk. 2005: 118). Pembuatan sel kompeten yang baik mampu menghasilkan sampai 10 9 koloni transforman/μg DNA (Sambrook dkk. 1989: 1.25). Transformasi juga dapat dilakukan secara elektroporasi, yaitu dengan induksi muatan listrik untuk mengganggu kestabilan membran E. coli sehingga akan terbentuk pori-pori pada membran sel yang dapat dilewati
14 19 DNA. Elektroporasi merupakan metode transformasi paling cepat, mudah dan efisien. Efisiensi transformasi diperoleh dapat mencapai transforman/μg DNA (Sambrook dkk. 1989: ). d. Identifikasi koloni bakteri pembawa DNA rekombinan Identifikasi koloni bakteri mengandung DNA rekombinan dapat dilakukan melalui empat metode, yaitu analisis digesti terhadap kultur plasmid rekombinan dalam skala kecil, komplementasi α, inaktivasi insersional, dan hibridisasi. Metode analisis digesti dilakukan dengan menumbuhkan sejumlah koloni-koloni bakteri hasil transformasi dalam skala kecil dan diisolasi. Plasmid rekombinan diperoleh dari isolasi kemudian dianalisis dengan pemotongan menggunakan enzim restriksi dan elektroforesis gel (Sambrook dkk. 1989: 1.85). Metode komplementasi α merupakan metode untuk mengidentifikasi koloni bakteri mengandung DNA rekombinan. Melalui metode tersebut, koloni -koloni bakteri mengandung DNA rekombinan akan menghasilkan warna berbeda dengan koloni tanpa DNA rekombinan. Koloni-koloni bakteri mengandung DNA rekombinan akan berwarna putih, sedangkan koloni tanpa DNA rekombinan akan berwarna biru (Brooker 2005: 495). Metode inaktivasi insersional untuk mengidentifikasi koloni bakteri mengandung DNA rekombinan hanya dapat digunakan pada vektor dengan dua atau lebih gen resisten antibiotik dan sejumlah situs restriksi. DNA sisipan dan DNA plasmid dipotong dengan enzim restriksi yang hanya
15 20 mengenali situs restriksi pada salah satu gen resisten antibiotik (Sambrook dkk. 1989: 1.87). e. Analisis dan pengukuran konsentrasi DNA Teknik elektroforesis gel merupakan suatu teknik untuk memisahkan dan visualisasi molekul DNA atau RNA. Dua jenis gel umum digunakan dalam elektroforesis adalah agarosa dan poliakrilamid. Gel agarosa memiliki pori yang cukup besar sehingga digunakan untuk memisahkan dan visualisasi fragmen DNA berukuran > 500 pb. Molekul DNA dengan ukuran lebih kecil (< 500 pb) dapat dipisahkan dan divisualisasikan dengan baik melalui gel poliakrilamid (Ausubel dkk. 2002: ). Keberhasilan proses elektroforesis dipengaruhi oleh beberapa faktor, antara lain konsentrasi dan jenis gel, ukuran dan berat molekul besarnya arus listrik dan jenis buffer elektroforesis yang digunakan (Ausubel dkk. 2002: 2.5A A.7). Hasil elektroforesis positif ditunjukkan dengan terbentuknya pola pita-pita. Pita-pita tersebut hanya dapat terlihat di bawah sinar ultra violet melalui pewarnaan dengan etidium bromida (Klug & Cummings 1994: 397). Etidium bromida merupakan zat warna yang umum digunakan dalam visualisasi DNA pada gel elektroforesis. Zat warna tersebut akan mewarnai DNA dengan cara menyisip di antara basa-basa DNA (Ausubel dkk. 2002: 2.5A.7). Konsentrasi dan kemurnian dari fragmen DNA merupakan salah satu hal yang penting diketahui. Teknik yang dapat digunakan untuk mengukur
16 21 konsentrasi dan kemurnian asam nukleat adalah spektrofotometri (Seidman & Mowery 2006:5). Spektrofotometri merupakan suatu teknik untuk mengetahui konsentrasi suatu molekul yang terdapat di dalam larutan (Brown 2006: 37). Prinsip dasar dari spektrofotometri adalah bahwa suatu zat dapat menyerap energi dari suatu panjang gelombang tertentu dari radiasi elektromagnetik. Spektrum cahaya dengan panjang gelombang tertentu akan menembus kuvet yang berisi larutan uji. Cahaya tersebut akan diserap ataupun dilewatkan oleh larutan. Spektrofotometer akan membandingkan jumlah cahaya yang melewati dan diserap oleh larutan uji (Absorbansi/ OD) (Vodopich & Moore 2005: 67). Kemurnian asam nukleat dihitung dengan melibatkan absorbansi larutan pada dua panjang gelombang, biasanya 260 nm dan 280 nm. Penghitungan rasio absorbansi tersebut adalah: nilai A 260 / A 280 = 2,0 merupakan karakteristik dari RNA murni, dan nilai A 260 / A 280 = 1,8 merupakan karakteristik dari DNA murni (Seidman & Mowery 2006: 5). Nilai rasio absorbansi di bawah 1,8 menunjukkan terdapatnya pengotor berupa protein di dalam larutan uji, sedangkan nilai absorbansi lebih tinggi dari 1,8 menunjukkan terdapatnya pengotor berupa asam nukleat lain (Sambrook & Russell 2001a: 6.11). E. SISTEM PENGKLONAAN DI DALAM VEKTOR PLASMID Salah satu cara untuk mendeteksi hasil klona gen spesifik adalah melalui deteksi terhadap produk protein yang diekspresikan pada sel bakteri
17 22 (Griffiths dkk. 2000: 375). Supaya gen yang disisipkan dapat terekspresi, maka gen tersebut harus berada downstream dari sinyal transkripsi vektor. Oleh karena itu, pengklonaan fragmen DNA perlu memerhatikan susunan basa dari vektor plasmid yang akan digunakan dan rancangan primer pada fragmen tersebut. Pengklonaan dengan tujuan untuk memperoleh protein rekombinan harus dilakukan secara in frame atau sebingkai dengan vektor pengklonaan. Pengklonaan in frame adalah proses pengklonaan dengan tujuan menghasilkan protein yang terfusi dengan penanda pada vektor, sehingga start dan stop codon translasi harus diawali dan diakhiri oleh vektor (Zacchi dkk 2003: 980). Pengklonaan tidak sebingkai atau out-of-frame akan mengubah kerangka baca dari fragmen yang disisipkan di dalam vektor. Hal tersebut berakibat pada kemungkinan tidak dihasilkannya protein rekombinan yang diinginkan (Gray dkk.1982: 6599). Pengklonaan tidak sebingkai dapat terjadi akibat kesalahan dalam rancangan primer pada DNA sisipan sehingga tidak sesuai dengan vektor yang digunakan (Stevanova 2004: 48).
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. SINTESIS DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN tat HIV-1 MELALUI
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. SINTESIS DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN tat HIV-1 MELALUI TEKNIK PCR OVERLAPPING 1. Sintesis dan amplifikasi fragmen ekson 1 dan 2 gen tat HIV-1 Visualisasi gel elektroforesis
Lebih terperinciTUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA
TUGAS TERSTRUKTUR BIOTEKNOLOGI PERTANIAN VEKTOR DNA Oleh: Gregorius Widodo Adhi Prasetyo A2A015009 KEMENTERIAN RISET TEKNOLOGI DAN PENDIDIKAN TINGGI UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN FAKULTAS PERTANIAN PROGRAM
Lebih terperinciSINTESIS DAN PENGKLONAAN FRAGMEN GEN tat (TRANSAKTIVATOR) HIV-1 KE DALAM VEKTOR EKSPRESI PROKARIOT pqe-80l EKAWATI BETTY PRATIWI
SINTESIS DAN PENGKLONAAN FRAGMEN GEN tat (TRANSAKTIVATOR) HIV-1 KE DALAM VEKTOR EKSPRESI PROKARIOT pqe-80l EKAWATI BETTY PRATIWI 0304040257 UNIVERSITAS INDONESIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN
Lebih terperinciREKAYASA GENETIKA. Genetika. Rekayasa. Sukarti Moeljopawiro. Laboratorium Biokimia Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada
REKAYASA GENETIKA Sukarti Moeljopawiro Laboratorium Biokimia Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada Rekayasa Genetika REKAYASA GENETIKA Teknik untuk menghasilkan molekul DNA yang berisi gen baru yang
Lebih terperinciPengertian TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN. Cloning DNA. Proses rekayasa genetik pada prokariot. Pemuliaan tanaman konvensional: TeknologiDNA rekombinan:
Materi Kuliah Bioteknologi Pertanian Prodi Agroteknologi Pertemuan Ke 9-10 TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN Ir. Sri Sumarsih, MP. Email: Sumarsih_03@yahoo.com Weblog: Sumarsih07.wordpress.com Website: agriculture.upnyk.ac.id
Lebih terperinciPenyakit tersebut umumnya disebabkan oleh infeksi virus Human. merupakan virus RNA untai tunggal, termasuk dalam famili Retroviridae, sub
BAB I PENDAHULUAN Virus Human Immunodeficiency (HIV) merupakan virus penyebab peyakit Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS) (Mareuil dkk. 2005: 1). Penyakit tersebut umumnya disebabkan oleh infeksi
Lebih terperinciIdentifikasi Gen Abnormal Oleh : Nella ( )
Identifikasi Gen Abnormal Oleh : Nella (10.2011.185) Identifikasi gen abnormal Pemeriksaan kromosom DNA rekombinan PCR Kromosom waldeyer Kromonema : pita spiral yang tampak pada kromatid Kromomer : penebalan
Lebih terperinciURAIAN MATERI 1. Pengertian dan prinsip kloning DNA Dalam genom sel eukariotik, gen hanya menempati sebagian kecil DNA kromosom, selain itu merupakan
URAIAN MATERI 1. Pengertian dan prinsip kloning DNA Dalam genom sel eukariotik, gen hanya menempati sebagian kecil DNA kromosom, selain itu merupakan sekuen non kode (sekuen yang tidak mengalami sintesis
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Sebelum melakukan PCR, terlebih dahulu dilakukan perancangan primer menggunakan program DNA Star. Pemilihan primer dilakukan dengan mempertimbangkan parameter spesifisitas,
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN. Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan program komputer berdasarkan metode sintesis dua arah TBIO, dimana proses sintesis daerah
Lebih terperinciANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI
1 ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI PENDAHULUAN Polimerase Chain Reaction (PCR) PCR adalah suatu reaksi invitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon DNA genomik sengon diisolasi dari daun muda pohon sengon. Hasil uji integritas DNA metode 1, metode 2 dan metode 3 pada gel agarose dapat dilihat pada Gambar
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE,
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE, NIPPONBARE, DAN BATUTEGI Isolasi DNA genom padi dari organ daun padi (Oryza sativa L.) kultivar Rojolele, Nipponbare,
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Mycobacterium tuberculosis adalah bakteri patogen penyebab tuberkulosis.
BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Mycobacterium tuberculosis adalah bakteri patogen penyebab tuberkulosis. Secara umum penyebaran bakteri ini melalui inhalasi, yaitu udara yang tercemar oleh penderita
Lebih terperinciPengertian TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN. Cloning DNA. Proses rekayasa genetik pada prokariot. Pemuliaan tanaman konvensional: TeknologiDNA rekombinan:
Materi Kuliah Bioteknologi Pertanian Prodi Agribisnis Pertemuan Ke 5 TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN Ir. Sri Sumarsih, MP. Email: Sumarsih_03@yahoo.com Weblog: Sumarsih07.wordpress.com Website: agriculture.upnyk.ac.id
Lebih terperinciREKAYASA GENETIKA. By: Ace Baehaki, S.Pi, M.Si
REKAYASA GENETIKA By: Ace Baehaki, S.Pi, M.Si Dalam rekayasa genetika DNA dan RNA DNA (deoxyribonucleic Acid) : penyimpan informasi genetika Informasi melambangkan suatu keteraturan kebalikan dari entropi
Lebih terperinciDi dalam bab ini akan dibicarakan pengertian teknologi DNA rekombinan. beserta tahapan-tahapan kloning gen, yang secara garis besar meliputi
Di dalam bab ini akan dibicarakan pengertian teknologi DNA rekombinan beserta tahapan-tahapan kloning gen, yang secara garis besar meliputi isolasi DNA kromosom dan DNA vektor, pemotongan DNA menggunakan
Lebih terperinciBAB IX. DASAR-DASAR TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN
BAB IX. DASAR-DASAR TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN Di dalam bab ini akan dibicarakan pengertian teknologi DNA rekombinan beserta tahapan-tahapan kloning gen, yang secara garis besar meliputi isolasi DNA kromosom
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN bp bp bp
HASIL DAN PEBAHASAN Purifikasi dan Pengujian Produk PCR (Stilbena Sintase) Purifikasi ini menggunakan high pure plasmid isolation kit dari Invitrogen. Percobaan dilakukan sesuai dengan prosedur yang terdapat
Lebih terperinciBAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi PCR Pada penelitian konstruksi gen harus mempertimbangkan dua hal yaitu urutan nukleotida gen yang akan dikonstruksi dan vektor ekspresi yang akan digunakan. Pada
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. AMPLIFIKASI DAN PURIFIKASI GEN NS1 VIRUS DENGUE. Proses amplifikasi gen NS1 virus dengue merupakan tahap awal
38 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. AMPLIFIKASI DAN PURIFIKASI GEN NS1 VIRUS DENGUE Proses amplifikasi gen NS1 virus dengue merupakan tahap awal dalam penelitian. Fragmen gen NS1 virus dengue diamplifikasi
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Sintesis fragmen gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur
20 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 dilakukan dengan teknik overlapping extension
Lebih terperinci19/10/2016. The Central Dogma
TRANSKRIPSI dr.syazili Mustofa M.Biomed DEPARTEMEN BIOKIMIA DAN BIOLOGI MOLEKULER FK UNILA The Central Dogma 1 The Central Dogma TRANSKRIPSI Transkripsi: Proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Isolasi Fragmen DNA Penyandi CcGH Mature Plasmid pgem-t Easy yang mengandung cdna GH ikan mas telah berhasil diisolasi. Hal ini ditunjukkan dengan adanya pita DNA pada ukuran
Lebih terperinciTransformasi Plasmid Dengan Sel Bakteri Escherichia coli Menggunakan Metode Heat Shock ISSN: Maya Ekaningtias
Transformasi Plasmid Dengan Sel Bakteri Escherichia coli Maya Ekaningtias Abstrak: Transformasi merupakan proses memperkenalkan DNA asing ke dalam sel-sel hidup. Umumnya, transformasi bertujuan mengekspresikan
Lebih terperinciPEMBUATAN DNA REKOMBINAN
PEMBUATAN DNA REKOMBINAN 1 Nama enzim restriksi o Berdasarkan nama organisme dari mana enzim diisolasi, mis.: n Eco dari Escherichia coli n Hin dari Haemophilus influenzae n Hae dari Haemophilus aegyptius
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Pemotongan Parsial dan Penyisipan Nukleotida pada Ujung Fragmen DNA Konstruksi pustaka genom membutuhkan potongan DNA yang besar. Untuk mendapatkan fragmen-fragmen dengan ukuran relatif
Lebih terperinciREVERSE TRANSKRIPSI. RESUME UNTUK MEMENUHI TUGAS MATAKULIAH Genetika I Yang dibina oleh Prof. Dr. A. Duran Corebima, M.Pd. Oleh
REVERSE TRANSKRIPSI RESUME UNTUK MEMENUHI TUGAS MATAKULIAH Genetika I Yang dibina oleh Prof. Dr. A. Duran Corebima, M.Pd Oleh UNIVERSITAS NEGERI MALANG FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM JURUSAN
Lebih terperinciREPLIKASI DNA. Febriana Dwi Wahyuni, M.Si.
REPLIKASI DNA Febriana Dwi Wahyuni, M.Si. REPLIKASI REPLIKASI adalah perbanyakan diri menghasilkan produk baru yang sama dengan dirinya Pada tingkat molekul kimia hanya DNA yang dapat melakukan replikasi
Lebih terperinciDAFTAR ISI Halaman HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... KATA PENGANTAR... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN...
DAFTAR ISI HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... KATA PENGANTAR...... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN... INTISARI... ABSTRACT... PENDAHULUAN... 1 A. Latar Belakang...
Lebih terperinciBAB XII. REAKSI POLIMERISASI BERANTAI
BAB XII. REAKSI POLIMERISASI BERANTAI Di dalam Bab XII ini akan dibahas pengertian dan kegunaan teknik Reaksi Polimerisasi Berantai atau Polymerase Chain Reaction (PCR) serta komponen-komponen dan tahapan
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan
30 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan menggunakan primer NA. Primer NA dipilih karena protein neuraminidase,
Lebih terperinciREKAYASA GENETIKA ( VEKTOR PLASMID )
MAKALAH REKAYASA GENETIKA ( VEKTOR PLASMID ) Disusun oleh: NAMA : LASINRANG ADITIA NIM : 60300112034 KELAS : BIOLOGI A TUGAS : REKAYASA GENETIKA JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI UNIVERSITAS
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN
14 BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Konfirmasi bakteri C. violaceum dan B. cereus dilakukan dengan pewarnaan Gram, identifikasi morfologi sel bakteri, sekuensing PCR 16s rdna dan uji kualitatif aktivitas
Lebih terperinciBIO306. Prinsip Bioteknologi
BIO306 Prinsip Bioteknologi KULIAH 6. TEKNIK DASAR KLONING Percobaan pertama penggabungan fragmen DNA secara in vitro dilakukan sekitar 30 tahun yang lalu oleh Jackson et al. (1972). Melakukan penyisipan
Lebih terperinciEKSPRESI GEN 3. Ani Retno Prijanti FKUI 2010
EKSPRESI GEN 3 Ani Retno Prijanti FKUI 2010 Regulasi Ekspresi Gen Ekspresi gen, adl produksi suatu produk RNA dari suatu gen tertentu yg dikontrol oleh mekanisme yg kompleks. Secara normal hanya sebagian
Lebih terperinciB. KARAKTERISTIK VIRUS
BAB 9 V I R U S A. PENDAHULUAN Virus merupakan elemen genetik yang mengandung salah satu DNA atau RNA yang dapat berada dalam dua kondisi yang berbeda, yaitu secara intraseluler dan ekstrseluler. Dalam
Lebih terperinciKasus Penderita Diabetes
Kasus Penderita Diabetes Recombinant Human Insulin Marlia Singgih Wibowo School of Pharmacy ITB Sejak Banting & Best menemukan hormon Insulin pada tahun 1921, pasien diabetes yang mengalami peningkatan
Lebih terperinciBIO306. Prinsip Bioteknologi
BIO306 Prinsip Bioteknologi KULIAH 7. PUSTAKA GENOM DAN ANALISIS JENIS DNA Konstruksi Pustaka DNA Pustaka gen merupakan sumber utama isolasi gen spesifik atau fragmen gen. Koleksi klon rekombinan dari
Lebih terperinciGambar 1. Struktur organisasi promoter pada organisme prokariot [Sumber: University of Miami 2008: 1.]
Gambar 1. Struktur organisasi promoter pada organisme prokariot [Sumber: University of Miami 2008: 1.] Gambar 2. Struktur organisasi promoter pada organisme eukariot [Sumber: Gilbert 1997: 1.] Gambar 3.
Lebih terperinciErna Hayati, dr., MM., M.Si. Fira Amaris, dr., M.Si. Hertina Silaban, dr., M.Si. Marrisa, dr., M.Si. Nizmawardini Yaman, dr., M.Kes., M.
Erna Hayati, dr., MM., M.Si. Fira Amaris, dr., M.Si. Hertina Silaban, dr., M.Si. Marrisa, dr., M.Si. Nizmawardini Yaman, dr., M.Kes., M.Si Ratna Asih S.R., dr., M.Si. Zizi Tamara, dr., M.Si. Budi Utami,
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Isolasi DNA genom tanaman padi T0 telah dilakukan pada 118
45 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. HASIL Isolasi DNA genom tanaman padi T0 telah dilakukan pada 118 sampel. Berdasarkan hasil digesti DNA dengan enzim EcoRI, diperoleh sebanyak 74 sampel tanaman dari 118
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN 1. Konstruksi vektor over-ekspresi gen OsWRKY 1.1 Amplifikasi dan purifikasi fragmen gen OsWRKY76
HASIL DAN PEMBAHASAN Kegiatan rekayasa genetik tanaman keberhasilannya tergantung pada beberapa hal, diantaranya adalah gen yang akan diintroduksikan, metode transformasi, sistem regenerasi tanaman dan
Lebih terperinciHome -- Reproduksi Sel -- Hereditas -- Struktur & Ekspresi Gen. Regulasi Ekspresi Gen Teknologi DNA Rekombinan -- Genom Manusia GLOSSARY
Home -- Reproduksi Sel -- Hereditas -- Struktur & Ekspresi Gen Regulasi Ekspresi Gen Teknologi DNA Rekombinan -- Genom Manusia GLOSSARY Adenin: salah satu jenis basa purin yang terdapat pada DNA dan RNA
Lebih terperinciPRINSIP TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN
PRINSIP TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN DEBBIE S. RETNONINGRUM SEKOLAH FARMASI INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG Prinsip Teknologi DNA Rekombinan 1 PUSTAKA 1. Glick, BR and JJ Pasternak, 2003, Molecular Biotechnology:
Lebih terperinciPolimerase DNA : enzim yang berfungsi mempolimerisasi nukleotidanukleotida. Ligase DNA : enzim yang berperan menyambung DNA utas lagging
DNA membawa informasi genetik dan bagian DNA yang membawa ciri khas yang diturunkan disebut gen. Perubahan yang terjadi pada gen akan menyebabkan terjadinya perubahan pada produk gen tersebut. Gen sering
Lebih terperinciDASAR REKAYASA GENETIKA
DASAR REKAYASA GENETIKA Rekayasa = manipulasi = modifikasi = perubahan bahan genetik (perubahan & pemindahan gen) Cara: 1. Persilangan seksual (perkawinan) 2. Hibridisasi somatik 3. Mutasi 4. Teknologi
Lebih terperinciREGULASI EKSPRESI GEN PADA BAKTERIOFAGE DAN VIRUS
REGULASI EKSPRESI GEN PADA BAKTERIOFAGE DAN VIRUS Fage/virus memanfaatkan perangkat sel inang untuk sintesis DNA/protein Strategi memanfaatkan sel inang mensintesis 4 makromolekul: 1. RNA polimerase baru
Lebih terperinciKLONING. dari kata clone yang diturunkan dari bahasa Yunani klon, artinya potongan yang digunakan untuk memperbanyak tanaman.
KLONING dari kata clone yang diturunkan dari bahasa Yunani klon, artinya potongan yang digunakan untuk memperbanyak tanaman. DI BID PERTANIAN KLON = sekelompok individu yang genetis uniform berasal dari
Lebih terperinciBAB II TINJAUAN PUSTAKA
4 BAB II TINJAUAN PUSTAKA A. Babi Babi adalah sejenis hewan ungulata yang bermoncong panjang dan berhidung leper dan merupakan hewan yang aslinya berasal dari Eurasia. Didalam Al-Qur an tertera dengan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Total Tumbuhan Isolasi DNA total merupakan tahap awal dari pembuatan pustaka genom. DNA dipisahkan dari bahan-bahan lain yang ada dalam sel. DNA total yang diperlukan untuk
Lebih terperinciTeknik-teknik Dasar Bioteknologi
Teknik-teknik Dasar Bioteknologi Oleh: TIM PENGAMPU Program Studi Agroteknologi Fakultas Pertanian Universitas Jember Tujuan Perkuliahan 1. Mahasiswa mengetahui macam-macam teknik dasar yang digunakan
Lebih terperincidiregenerasikan menjadi tanaman utuh. Regenerasi tanaman dapat dilakukan baik secara orgnogenesis ataupun embriogenesis (Sticklen 1991; Zhong et al.
PENDAHULUAN Perbaikan suatu sifat tanaman dapat dilakukan melalui modifikasi genetik baik dengan pemuliaan secara konvensional maupun dengan bioteknologi khususnya teknologi rekayasa genetik (Herman 2002).
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian yang dilakukan termasuk dalam penelitian dasar yang. dilakukan dengan metode deskriptif (Nazir, 1998).
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan termasuk dalam penelitian dasar yang dilakukan dengan metode deskriptif (Nazir, 1998). B. Populasi dan Sampel 1. Populasi yang
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. protein dalam jumlah besar (Reece dkk., 2011). kompeten biasanya dibuat dari inokulum awal dengan konsentrasi 2% ( v / v )
I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang Penelitian Plasmid merupakan molekul DNA berukuran relatif kecil, melingkar, dan beruntai ganda. Plasmid membawa gen-gen yang terpisah dari kromosom bakteri. Plasmid digunakan
Lebih terperinciREKAYASA GENETIKA DENGAN MIKROBTA
REKAYASA GENETIKA DENGAN MIKROBTA Rekayasa genetika adalah teknik memanipulasi gen-gen secara biokimia untuk mendapatkan mikrobia yang telah mengalami peningkatan atau perubahan aktivitasnya. Rekayasa
Lebih terperinciBAB XIII. SEKUENSING DNA
BAB XIII. SEKUENSING DNA Pokok bahasan di dalam Bab XIII ini meliputi prinsip kerja sekuensing DNA, khususnya pada metode Sanger, pangkalan data sekuens DNA, dan proyek-proyek sekuensing genom yang ada
Lebih terperinciBIOTEKNOLOGI. Struktur dan Komponen Sel
BIOTEKNOLOGI Struktur dan Gambar Apakah Ini dan Apakah Perbedaannya? Perbedaan dari gambar diatas organisme Hidup ular organisme Hidup Non ular Memiliki satuan (unit) dasar berupa sel Contoh : bakteri,
Lebih terperinciGambar 1. Skema penggolongan HIV-1 [Sumber: Korber dkk. 2001: ]
75 Gambar 1. Skema penggolongan HIV-1 [Sumber: Korber dkk. 2001: 22--25.] Gambar 2. Struktur virus HIV-1 [Sumber: Henriksen 2003: 12.] 76 Keterangan: 5 LTR : daerah 5 Long Terminal Region gag : gen gag
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA. Ikan Lele Dumbo (Clarias gariepinus) Menurut Kottelat dkk., (1993), klasifikasi dari ikan lele dumbo adalah.
TINJAUAN PUSTAKA Ikan Lele Dumbo (Clarias gariepinus) Menurut Kottelat dkk., (1993), klasifikasi dari ikan lele dumbo adalah sebagai berikut: Kingdom Filum Kelas Ordo Family Genus : Animalia : Chordata
Lebih terperinciPembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri. Isolasi DNA kromosom bakteri. Kloning DNA
LAMPIRAN 15 15 Lampiran 1 Tahapan penelitian Pembuatan Media Kultur Bakteri Pemanenan sel bakteri Isolasi DNA kromosom bakteri Pemotongan DNA dengan enzim restriksi Kloning DNA Isolasi DNA plasmid hasil
Lebih terperinciIII. METODE PENELITIAN
III. METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan November 2007 hingga Juli 2009, bertempat di Laboratorium Reproduksi dan Genetika Organisme Akuatik Departemen
Lebih terperinciDr. Dwi Suryanto Prof. Dr. Erman Munir Nunuk Priyani, M.Sc.
BIO210 Mikrobiologi Dr. Dwi Suryanto Prof. Dr. Erman Munir Nunuk Priyani, M.Sc. Kuliah 10. GENETIKA MIKROBA Genetika Kajian tentang hereditas: 1. Pemindahan/pewarisan sifat dari orang tua ke anak. 2. Ekspresi
Lebih terperinciPencarian Kultur Baru. Isolasi dan Perbaikan. Kultur. Teknik plating. Kultur Diperkaya 10/14/2014
Isolasi dan Perbaikan Kultur 10/14/2014 Nur Hidayat Materi Kuliah Bioindustri http://nurhidayat.lecture.ub.ac.id http://ptp2007.wordpress.com http://bioindustri.blogspot.com Pencarian Kultur Baru Contoh
Lebih terperinciKloning Domain KS dan Domain A ke dalam Sel E. coli DH5α. Analisis Bioinformatika. HASIL Penapisan Bakteri Penghasil Senyawa Antibakteri
3 selama 1 menit, dan elongasi pada suhu 72 0 C selama 1 menit. Tahap terakhir dilakukan pada suhu 72 0 C selama 10 menit. Produk PCR dielektroforesis pada gel agarosa 1 % (b/v) menggunakan tegangan 70
Lebih terperinciBIOTEKNOLOGI. Perubahan Genetik, Replikasi DNA, dan Ekspresi Gen
BIOTEKNOLOGI Perubahan Genetik, Replikasi DNA, dan Ekspresi Gen Sekilas tentang Gen dan Kromosom 1882, Walther Flemming menemukan kromosom adalah bagian dari sel yang ditemukan oleh Mendel 1887, Edouard-Joseph-Louis-Marie
Lebih terperinci4 HASIL DAN PEMBAHASAN
17 4 HASIL DAN PEMBAHASAN Konstruksi plasmid biner pmsh1-lisozim Konstruksi plasmid biner dilakukan dengan meligasi gen lisozim ayam dan pmsh1. Plasmid hasil ligasi berukuran 13.449 pb (Gambar 5A kolom
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
19 HASIL DAN PEMBAHASAN Vektor Kloning Protein rgh Isolasi Plasmid cdna GH. Plasmid pgem-t Easy yang mengandung cdna; El-mGH, Og-mGH dan Cc-mGH berhasil diisolasi dari bakteri konstruksi E. coli DH5α dengan
Lebih terperinciBAB II TINJAUAN PUSTAKA. Mitokondria merupakan organel yang terdapat di dalam sitoplasma.
BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1. Fungsi dan Struktur Mitokondria Mitokondria merupakan organel yang terdapat di dalam sitoplasma. Mitokondria berfungsi sebagai organ respirasi dan pembangkit energi dengan
Lebih terperinciPengujian DNA, Prinsip Umum
Pengujian DNA, Prinsip Umum Pengujian berbasis DNA dalam pengujian mutu benih memang saat ini belum diregulasikan sebagai salah satu standar kelulusan benih dalam proses sertifikasi. Dalam ISTA Rules,
Lebih terperinciLampiran 2. Rubrik Penilaian Jawaban Esai Genetika. 1. Hubungan antara DNA, gen, dan kromosom:
100 Lampiran 2. Rubrik Penilaian Jawaban Esai Genetika 1. Hubungan antara DNA, gen, dan kromosom: DNA polimer nukleotida (deoksiribosa+fosfat+basa nitrogen) gen (sekuens/dna yang mengkode suatu polipeptida/protein/sifat
Lebih terperinciEKSPRESI GEN. Dyah Ayu Widyastuti
EKSPRESI GEN Dyah Ayu Widyastuti Ekspresi Gen Gen sekuen DNA dengan panjang minimum tertentu yang mengkode urutan lengkap asam amino suatu polipeptida, atau RNA (mrna, trna, rrna) Ekspresi Gen Enam tahapan
Lebih terperinciKATAPENGANTAR. Pekanbaru, Desember2008. Penulis
KATAPENGANTAR Fuji syukut ke Hadirat Allah SWT. berkat rahmat dan izin-nya penulis dapat menyelesaikan skripsi yang beijudul "Skrining Bakteri Vibrio sp Penyebab Penyakit Udang Berbasis Teknik Sekuens
Lebih terperinciVII. UJI EKSPRESI GEN TcAP1 (APETALA1 KAKAO) PADA TANAMAN MODEL. Abstrak
VII. UJI EKSPRESI GEN TcAP1 (APETALA1 KAKAO) PADA TANAMAN MODEL Abstrak Pada berbagai spesies termasuk kakao, gen AP1 (APETALA1) diketahui sebagai gen penanda pembungaan yang mengendalikan terbentuknya
Lebih terperinciSaintek Vol 5, No 6, Tahun 2010 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Zuhriana K.Yusuf
Saintek Vol 5, No 6, Tahun 2010 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Zuhriana K.Yusuf Staf Pengajar Jurusan Kesehatan Masyarakat FIKK Universitas Negeri Gorontalo Abstrak (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. perempuan di dunia dan urutan pertama untuk wanita di negara sedang
I. PENDAHULUAN Kanker serviks menduduki urutan kedua dari penyakit kanker yang menyerang perempuan di dunia dan urutan pertama untuk wanita di negara sedang berkembang (Emilia, dkk., 2010). Berdasarkan
Lebih terperinciRekombinasi Gen Penyandi -xilosidase asal Geobacillus Thermoleovorans IT-08 dalam Plasmid Phis1525
Rekombinasi Gen Penyandi -xilosidase asal Geobacillus Thermoleovorans IT-08 dalam Plasmid Phis1525 (Recombinant Gen of Encoding -Xylosidase from Geobacillus Thermoleovorans IT-08 in phis1525 Plasmid) Sri
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Ekstraksi dan Purifikasi DNA Total DNA total yang diperoleh dalam penelitian bersumber dari darah dan bulu. Ekstraksi DNA yang bersumber dari darah dilakukan dengan metode phenolchloroform,
Lebih terperinciREPLIKASI DAN POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)
REPLIKASI DAN POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Debbie S. Retnoningrum Sekolah Farmasi, ITB Pustaka: 1. Glick, BR and JJ Pasternak, 2003, hal. 27-28; 110-120 2. Groves MJ, 2006, hal. 40 44 3. Brown TA, 2006,
Lebih terperinciProses biologis dalam sel Prokariot (Replikasi) By Lina Elfita
Proses biologis dalam sel Prokariot (Replikasi) By Lina Elfita 1. Replikasi 2. Transkripsi 3. Translasi TOPIK REPLIKASI Replikasi: Adalah proses perbanyakan bahan genetik. Replikasi bahan genetik dapat
Lebih terperinciII. TINJAUAN PUSTAKA. Bakteri Asam laktat (BAL) yaitu kelompok bakteri gram positif, katalase
5 II. TINJAUAN PUSTAKA A. Bakteri Asam Laktat Bakteri Asam laktat (BAL) yaitu kelompok bakteri gram positif, katalase negatif yang dapat memproduksi asam laktat dengan cara memfermentasi karbohidrat, selnya
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA Hormon Pertumbuhan ( Growth Hormone Teknologi DNA Rekombinan
4 TINJAUAN PUSTAKA Hormon Pertumbuhan (Growth Hormone) Hormon pertumbuhan (GH) merupakan hormon polipeptida penting dengan ukuran sekitar 22 kda yang diproduksi dari somatotropin di dalam kelenjar anterior
Lebih terperinciGENETIKA DASAR Rekayasa Genetika Tanaman. Definisi. Definisi. Definisi. Rekayasa Genetika atau Teknik DNA Rekombinan atau Manipulasi genetik
Definisi GENETIKA DASAR Rekayasa Genetika Tanaman Oleh: Dr. Ir. Dirvamena Boer, M.Sc.Agr. HP: 081 385 065 359 e-mail: dirvamenaboer@yahoo.com Fakultas Pertanian, Universitas Haluoleo, Kendari Dipublikasi
Lebih terperinciPemetaan DNA Plasmid I. Tujuan Memahami pemetaan DNA plasmid dengan pemotongan/restriksi menggunakan beberapa enzim restriksi.
Pemetaan DNA Plasmid I. Tujuan Memahami pemetaan DNA plasmid dengan pemotongan/restriksi menggunakan beberapa enzim restriksi. II. Prinsip DNA yang telah dipurifikasi di inkubasi pada suhu 37 o C dengan
Lebih terperinciBimbingan Olimpiade SMA. Paramita Cahyaningrum Kuswandi ( FMIPA UNY 2012
Bimbingan Olimpiade SMA Paramita Cahyaningrum Kuswandi (email : paramita@uny.ac.id) FMIPA UNY 2012 Genetika : ilmu yang memperlajari tentang pewarisan sifat (hereditas = heredity) Ilmu genetika mulai berkembang
Lebih terperinciAda ORI dan helikase yang membuka pilinan terus sampai terbentuk replication bubble.
Catatan Wane (Berbagi Informasi) Berisi tentang materi-materi yang mungkin bisa bermanfaat buat yang membutuhkan Meliputi tentang kesehatan, penelitian, wisata, budaya, sejarah, bisnis, humor, dan catatan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut:
BAB III METODE PENELITIAN Tahapan-tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel, lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh, amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan
Lebih terperinciFAKULTAS BIOLOGI LABORATORIUM GENETIKA & PEMULIAAN INSTRUKSI KERJA UJI
ISOLASI TOTAL DNA TUMBUHAN DENGAN KIT EKSTRAKSI DNA PHYTOPURE Halaman : 1 dari 5 1. RUANG LINGKUP Metode ini digunakan untuk mengisolasi DNA dari sampel jaringan tumbuhan, dapat dari daun, akar, batang,
Lebih terperinciKONJUGASI PADA BAKTERI
KONJUGASI PADA BAKTERI Konjugasi adalah suatu proses transfer informasi genetik satu arah yang terjadi melalui kontak sel langsung antar suatu sel bakteri donor dan suatu sel bakteri resipien (Russel,
Lebih terperinciADI HADIANA CUCU FITRIANI IGUS JULIUS MOCHAMAD SAEFFULLOH WINDA YUNI DENINTA YANTI SUSILAWATI
ADI HADIANA CUCU FITRIANI IGUS JULIUS MOCHAMAD SAEFFULLOH WINDA YUNI DENINTA YANTI SUSILAWATI 3C Definisi Pewarisan Sitoplasmik adalah pewarisan sifat yang disebabkan oleh bagian eksternal dari nukleus,
Lebih terperinciUNIVERSITAS INDONESIA. SUBKLONING DAN EKSPRESI GEN L-ASPARAGINASE DARI BACILLUS CIRCULANS KE ESCHERICHIA COLI DH5α DI BAWAH KONTROL PROMOTER xyn AQ1
UNIVERSITAS INDONESIA SUBKLONING DAN EKSPRESI GEN L-ASPARAGINASE DARI BACILLUS CIRCULANS KE ESCHERICHIA COLI DH5α DI BAWAH KONTROL PROMOTER xyn AQ1 SKRIPSI ANNISA FAUZIAH 0806327143 FAKULTAS MATEMATIKA
Lebih terperinci4. HASIL DAN PEMBAHASAN
29 4. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Karakteristik isolat bakteri dari ikan tuna dan cakalang 4.1.1 Morfologi isolat bakteri Secara alamiah, mikroba terdapat dalam bentuk campuran dari berbagai jenis. Untuk
Lebih terperinciMetode-metode dalam biologi molekuler : isolasi DNA, PCR, kloning, dan ELISA
Metode-metode dalam biologi molekuler : isolasi DNA, PCR, kloning, dan ELISA Dr. Syazili Mustofa, M.Biomed Lektor mata kuliah ilmu biomedik Departemen Biokimia, Biologi Molekuler, dan Fisiologi Fakultas
Lebih terperinciSintesa protein (ekspresi gen)
1. SINTESA PROTEIN Sintesa protein (ekspresi gen) Merupakan proses dimana DNA mengekspresikan gen nya Secara umum melibatkan dua tahap yaitu TRANSKRIPSI dan TRANSLASI Pada eukaryot, pengendalian ekspresi
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Amplifikasi Gen Mx Amplifikasi gen Mx telah berhasil dilakukan. Hasil amplifikasi gen Mx divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita yang
Lebih terperinciBAB 3 PERCOBAAN 3.1 Bahan 3.2 Alat
BAB 3 PERCOBAAN 3.1 Bahan Bahan yang digunakan memiliki kualitas pro analisis atau pro biologi molekular, yaitu : primer M. tuberculosis forward: 5 GGATCCGATGAGCAAGCTGATCGAA3 (Proligo) dan primer M. tuberculosis
Lebih terperinciPOLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)
POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Disusun oleh: Hanif Wahyuni (1210411003) Prayoga Wibhawa Nu Tursedhi Dina Putri Salim (1210412032) (1210413031) SEJARAH Teknik ini dirintis oleh Kary Mullis pada tahun 1985
Lebih terperinciLAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM)
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI DNA GENOM TUJUAN 16s rrna. Praktikum
Lebih terperinciBab IV Hasil dan Pembahasan
32 Bab IV Hasil dan Pembahasan Penggunaan α-amilase dalam beberapa sektor industri mengalami peningkatan dan sekarang ini banyak diperlukan α-amilase dengan sifat yang khas dan mempunyai kemampuan untuk
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. Ekonomi Pertanian tahun menunjukkan konsumsi daging sapi rata-rata. Salah satu upaya untuk mensukseskan PSDSK adalah dengan
I. PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Ketersediaan bahan pangan asal ternak untuk memenuhi konsumsi protein hewani masyarakat Indonesia masih tergolong rendah. Data Survei Sosial Ekonomi Pertanian tahun 2007-2011
Lebih terperinci