BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. HASIL AMPLIFIKASI DAERAH ITS DENGAN METODE PCR. Pengukuran kualitas dan kuantitas DNA dilakukan menggunakan
|
|
- Benny Sugiarto
- 7 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 37 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. HASIL AMPLIFIKASI DAERAH ITS DENGAN METODE PCR Pengukuran kualitas dan kuantitas DNA dilakukan menggunakan spektrofotometer pada panjang gelombang 260 nm dan 280 nm. Kualitas dan kuantitas cetakan DNA (template) merupakan faktor-faktor yang mempengaruhi keberhasilan amplifikasi fragmen DNA dengan metode PCR (Palumbi 1996: ). Kualitas DNA yang baik memiliki rasio absorbansi 260/280 nm sebesar 1,8--2,0 (1,8 A 260 /A 280 2,0) (Seidman & Moore 2000: ). Hasil pengukuran kualitas dan kuantitas DNA dari 12 isolat dapat dilihat pada Tabel 1. Hasil pengukuran kualitas DNA menunjukkan bahwa dua isolat (W1114 dan W322) memiliki kualitas DNA yang baik karena memiliki nilai rasio absorbansi 260/280 nm sebesar 1,8--2,0, sedangkan sepuluh isolat lainnya memiliki nilai rasio absorbansi < 1,8 atau > 2,0. Menurut Sambrook dan Russell (2001: 4.72), kualitas DNA cetakan yang baik tidak menjadi syarat mutlak dalam proses PCR. Hasil elektroforesis (Gambar 3--4) memperlihatkan pemendaran pita-pita DNA tunggal (single band) yang jelas dari seluruh isolat. Pita-pita DNA tunggal (single band) tersebut adalah fragmen daerah ITS yang teramplifikasi dengan metode PCR. Hasil
2 38 elektroforesis menunjukkan bahwa amplifikasi daerah ITS berhasil dilakukan dengan kualitas cetakan DNA yang bervariasi. Hasil pengukuran kuantitas DNA memperlihatkan bahwa 12 isolat khamir memiliki konsentrasi DNA yang bervariasi (93,5--246,5 µg/ml). Menurut Sambrook dan Russell (2001: 8.6), konsentrasi DNA khamir yang dapat digunakan sebagai cetakan dalam proses PCR minimal adalah 10 ng/ml. Hasil pengukuran kuantitas DNA menunjukkan bahwa konsentrasi DNA yang diperoleh sangat memadai untuk digunakan dalam proses PCR. Hasil elektroforesis (Gambar 3--4) memperlihatkan pemendaran pita-pita DNA tunggal (single band) yang jelas dari seluruh isolat. Hasil elektroforesis (Gambar 3--4, Tabel 2) memperlihatkan panjang fragmen daerah ITS yang bervariasi dari seluruh isolat yaitu pb. Menurut Fujita dkk. (2001: 3619) panjang fragmen daerah ITS pada khamir adalah pb. Isolat W1114 memiliki ukuran pb, isolat W144 dan W3324 memiliki ukuran pb, sedangkan sembilan isolat lainnya (W1126, W127, W314, W322, W324, W325, W3329, W3338 dan W3351) memiliki ukuran pb. Perbedaan panjang fragmen tersebut menunjukkan adanya polimorfisme daerah ITS. Polimorfisme ukuran fragmen daerah ITS dari 12 isolat tersebut mengindikasikan adanya keanekaragaman genetik yang dapat mengindikasikan keanekaragaman spesies. Hal tersebut dapat dibuktikan dengan melakukan sequencing pada fragmen daerah ITS. Fujita dkk. (2001:
3 ) melaporkan bahwa spesies khamir yang berbeda umumnya memiiliki panjang fragmen ITS yang berbeda. Sebagai contoh ditunjukkan oleh spesies yang berbeda dari genus candida yaitu C. famata (633 pb), C. kefyr (722 pb), C. lipolytica (359 pb), C. utilis (554 pb), dan C. rugosa (418 pb). Spesiesspesies tersebut memiliki tingkat homologi sequence yang rendah ( 98%). B. IDENTIFIKASI ISOLAT-ISOLAT KHAMIR DARI CAGAR ALAM PULAU RAMBUT Identifikasi dilakukan dengan pencarian homologi sequence daerah ITS menggunakan program BLASTn pada database DNA GenBank (situs nih.gov). Hasil pencarian homologi sequence dari isolat dapat dilihat pada Gambar Menurut Sugita dkk. (1999: 1990), isolat yang memiliki homologi sequence daerah ITS 99% dengan spesies terdekatnya merupakan spesies yang sama, sedangkan isolat yang memiliki homologi sequence daerah ITS < 99% dengan spesies terdekatnya merupakan spesies yang berbeda. Hasil analisis sequence daerah ITS menunjukkan bahwa 12 isolat dari Cagar Alam Pulau Rambut terdiri atas sepuluh spesies yang termasuk dalam empat genus. Data sequence daerah ITS dapat mendeteksi empat spesies baru, yang termasuk dalam dua genus. Tiga spesies baru tersebut termasuk dalam genus Candida yaitu Candida sp. 1 (isolat W1114), Candida sp. 2 (isolat W144) dan Candida sp.3 (isolat W127), sedangkan satu spesies
4 40 termasuk dalam genus Debaryomyces yaitu Debaryomyces sp. (isolat W3324). Pengamatan morfologi reproduksi seksual dilakukan untuk menambah informasi dari hasil identifikasi molekular. Satu individu khamir dapat memiliki nama genus yang berbeda tergantung pada fase reproduksi yang terlihat pada saat pengamatan morfologi (Yarrow 1998: 84). Berdasarkan hasil identifikasi menggunakan daerah ITS dan data pengamatan morfologi reproduksi, 12 isolat khamir yang diidentifikasi terdiri dari genus anamorfik dan teleomorfik. Tiga genus termasuk genus anamorfik, yaitu Candida, Rhodotorula, dan Trichosporon, sedangkan satu genus termasuk genus teleomorfik yaitu Debaryomyces (Tabel 3). Seluruh isolat khamir yang diteliti tersebar dalam filum Ascomycota dan Basidiomycota. Spesies-spesies khamir yang berhasil diidentifikasi merupakan spesies khamir yang umum terdapat di habitat perairan laut dan mangrove, contohnya R. minuta, R. mucilaginosa, D. hansenii dan anggota genus Candida. Analisis sequence daerah ITS terbukti dapat digunakan untuk mengidentifikasi hingga tingkat spesies pada seluruh isolat dalam penelitian (Tabel 3). Keanekaragaman spesies yang tinggi pada dua belas isolat penelitian ditunjukkan oleh adanya sepuluh spesies yang berbeda dan empat di antaranya adalah spesies baru.
5 41 1. Isolat-isolat dari perairan mangrove Isolat-isolat yang berasal dari perairan mangrove adalah W1114, W144, W1126 dan W127. Elektroferogram hasil sequencing isolat-isolat tersebut dapat dilihat pada Lampiran Hasil identifikasi menunjukkan bahwa empat isolat tersebut termasuk dalam genus Candida (Tabel 3). Berdasarkan taksonomi, genus Candida termasuk dalam famili Candidaceae, ordo Saccharomycetales, kelas Hemiascomycetes, dan filum Ascomycota (Meyer dkk. 1998: 454). Hasil identifikasi dan deskripsi morfologi empat isolat tersebut adalah sebagai berikut. a. Candida Berkhout sp. (1). Sjamsuridzal (2004:122) melaporkan bahwa isolat W1114 memiliki homologi sequence daerah D1/D2 LSU sebesar 90% dengan Metschnikowia sp. Lachance sebagai spesies terdekatnya sehingga diperkirakan sebagai spesies baru yang berbeda dari Metschnikowia sp. Oleh karena itu, perlu dilakukan identifikasi menggunakan daerah ITS untuk memperjelas identitasnya sebagai spesies baru. Berdasarkan identifikasi menggunakan daerah ITS, isolat W1114 memiliki homologi sequence sebesar 82% dengan spesies terdekatnya yaitu Candida akabanensis Nakase dkk (EU100744) (Tabel 2). Terdapat 47
6 42 perbedaan nukleotida antara sequence daerah ITS isolat W1114 dan Candida akabanensis (EU100744). Panjang sequence ITS isolat W1114 yang dikirimkan untuk pencarian homologi dengan program BLAST adalah 491 pb (Tabel 2), sedangkan panjang sequence ITS Candida akabanensis (EU100744) pada database adalah 403 pb. Berdasarkan data tersebut, tingkat homologi yang dihasilkan antara sequence ITS isolat W1114 dan sequence ITS Candida akabanensis (EU100744) diperoleh dari homologi keseluruhan sequence daerah ITS. Berdasarkan hasil homologi sequence daerah ITS tersebut, isolat W1114 merupakan spesies baru yang berbeda dari spesies Candida akabanensis. Oleh karena itu, isolat W1114 diberi identitas sebagai Candida sp. 1 (Tabel 3). Hasil pengamatan morfologi makroskopik pada medium padat YMA dan MEA 5% menunjukkan koloni khamir yang berwarna putih, tekstur koloni seperti mentega, permukaan koloni halus dan mengilap, tepi koloni halus dan menggunung (Gambar 17, Tabel 5--6). Candida akabanensis memiliki koloni khamir berwarna putih atau krem dengan tekstur seperti mentega (Barnett dkk. 2000: 129). Pengamatan makroskopik koloni pada medium cair YMB dan MEB 5% memperlihatkan adanya endapan (Gambar , Tabel 4). Hasil pengamatan mikroskopik pada medium YMB yang diinkubasi selama 48 jam memperlihatkan sel vegetatif dengan bentuk semi bulat dan bulat dengan
7 43 ukuran (3,5--5,5) x(3--5) µm 2 pada medium YMB dan (3--6)x(2--5) µm 2 pada medium MEB 5% dan tipe pertunasan multipolar (Gambar 20, Tabel 7--8). Hasil pengamatan metode slide culture pada medium CMA yang diinkubasi selama tujuh hari tidak menunjukkan adanya miselium palsu maupun sejati (Gambar 20, Tabel 7--8). Hasil pengamatan tersebut berbeda dengan deskripsi C. akabanensis. Menurut Barnett dkk. (2000: 129), Candida akabanensis memiliki miselium palsu. Candida akabanensis pernah dilaporkan diisolasi dari insekta (Barnett dkk. 2000:129). Spesies tersebut belum pernah dilaporkan diisolasi dari perairan. Metschnikowia termasuk nama genus teleomorfik khamir, dengan nama genus anamorfik adalah Candida. Hasil pengamatan morfologi fase reproduksi mendukung hasil identifikasi molekular berdasarkan daerah ITS, bahwa isolat W1114 merupakan anggota Candida karena tidak ditemukan adanya reproduksi seksual berupa askospora. Masih diperlukan tambahan informasi mengenai karakter fisiologi untuk melengkapi deskripsi isolat W1114 sebagai spesies baru. b. Candida Berkhout sp. (2). Menurut Sjamsuridzal (2004: 122), isolat W144 memiliki tingkat homologi sequence daerah D1/D2 LSU sebesar 95% dengan spesies terdekatnya yaitu Candida atmosphaerica Santa Maria sehingga diperkirakan sebagai spesies baru yang berbeda dari C. atmosphaerica. Oleh karena itu,
8 44 perlu dilakukan identifikasi menggunakan daerah ITS untuk memperjelas identitasnya sebagai spesies baru. Berdasarkan identifikasi menggunakan daerah ITS, isolat W144 memiliki tingkat homologi sebesar 97% dengan spesies terdekatnya yaitu Candida atlantica (Siepmann) S.A. Meyer & Simione (AJ539368) (Tabel 2). Hasil BLAST juga menunjukkan bahwa isolat W144 memiliki homologi sequence ITS sebesar 95% dengan Candida atmosphaerica. Namun demikian, homologi sequence ITS antara isolat W144 dan C. atlantica lebih tinggi daripada homologi antara isolat W144 dan C. atmosphaerica. Terdapat sepuluh perbedaan nukleotida antara sequence daerah ITS isolat W144 dan C. atlantica (AJ539368). Panjang sequence ITS yang dikirimkan untuk pencarian homologi dengan program BLAST adalah 649 pb (Tabel 2), sedangkan panjang sequence ITS C. atlantica (AJ539368) pada database adalah 596 pb. Berdasarkan data tersebut, tingkat homologi yang dihasilkan antara sequence ITS isolat W144 dan C. atlantica (AJ539368) diperoleh dari homologi keseluruhan sequence daerah ITS. Berdasarkan hasil homologi sequence daerah ITS tersebut, isolat W144 merupakan spesies baru yang berbeda dari C. atmosphaerica maupun C. atlantica (Tabel 3). Hasil pengamatan morfologi makroskopik pada medium padat YMA dan MEA 5% memperlihatkan koloni khamir yang berwarna putih dengan tekstur seperti mentega, permukaan halus dan mengilap, tepi koloni halus dan elevasi menggunung (Gambar 17, Tabel 5--6). Pengamatan
9 45 makroskopik juga dilakukan pada medium cair YMB dan MEB 5% yang memperlihatkan adanya endapan (Gambar , Tabel 4). Pengamatan mikroskopik dilakukan pada medium YMB pada usia 48 jam, dengan hasil sebagai berikut: sel vegetatif berbentuk bulat, semi bulat, oval, seperti buah lemon, dan elips dengan ukuran (3,5--7)x(2--4) µm 2 pada medium YMB dan (4--10)x(3--10) µm 2 pada medium MEB, dan pertunasan multipolar (Gambar 20, Tabel 7--8). Hasil pengamatan metode slide culture pada medium CMA yang diinkubasi selama tujuh hari tidak menunjukkan adanya miselium palsu maupun sejati (Gambar 20, Tabel 7--8). Menurut Barnett dkk. (2000: ), C. atmosphaerica dan C. atlantica memiliki deskripsi morfologi yang hampir sama, antara lain adalah warna koloni putih atau krem, tekstur seperti mentega, memiliki miselium palsu dan tidak ditemukan adanya reproduksi seksual. Deskripsi morfologi isolat W144 sesuai dengan deskripsi C. atlantica maupun C. atmosphaerica kecuali bahwa kedua spesies tersebut membentuk miselium palsu, sedangkan isolat W144 tidak memiliki miselium palsu (Barnett dkk. 2000: 138 & 139). Candida atlantica diketahui pernah diisolasi dari perairan laut, sedangkan C. atmosphaerica diketahui pernah diisolasi dari atmosfer (Meyer dkk. 1998: 483). Hasil pengamatan morfologi fase reproduksi mendukung hasil identifikasi molekular berdasarkan daerah ITS, bahwa isolat W144 merupakan anggota genus Candida karena tidak ditemukan adanya
10 46 reproduksi seksual berupa askospora. Masih diperlukan tambahan informasi mengenai karakter fisiologi untuk melengkapi deskripsi isolat W144 sebagai spesies baru. c. Candida Berkhout sp. (3). Sjamsuridzal (2004: 122) melaporkan bahwa isolat W127 memiliki tingkat homologi D1/D2 LSU sebesar 98% dengan Candida sp. sebagai spesies terdekatnya sehingga diperkirakan sebagai spesies baru yang berbeda. Oleh karena itu perlu dilakukan identifikasi menggunakan daerah ITS untuk memperjelas identitasnya sebagai spesies baru yang berbeda. Berdasarkan hasil identifikasi menggunakan daerah ITS isolat W127 memiliki tingkat homologi sequence sebesar 98% dengan C. orthopsilosis (AY391846) (Tabel 2). Berdasarkan hasil homologi sequence daerah ITS tersebut, isolat W127 merupakan spesies baru yang berbeda dari spesies Candida orthopsilosis (Tabel 3). Panjang sequence ITS isolat W127 yang dikirimkan untuk pencarian homologi dengan program BLAST adalah 505 pb (Tabel 2), sedangkan panjang sequence ITS C. orthopsilosis (AY391846) pada database adalah 524 pb. Adapun, hasil elektroforesis (Gambar 3, Tabel 2) menunjukkan bahwa panjang fragmen hasil amplifikasi daerah ITS dari isolat W127 adalah pb. Homologi sequence daerah ITS yang lebih rendah dari 99% antara isolat W127 dan C. orthopsilosis (AY391846) disebabkan oleh data sequence yang belum lengkap. Tingkat homologi yang lebih akurat dapat
11 47 diperoleh berdasarkan analisis data sequence seluruh daerah ITS. Oleh karena itu, perlu dilakukan sequencing menggunakan primer ITS4 (reverse) untuk memperoleh data sequence daerah ITS yang lengkap dari isolat W127. Menurut Meyer dkk. (1998: 537), C. orthopsilosis memiliki deskripsi morfologi yang identik dengan C. parapsilosis. Pengamatan morfologi isolat W127 sesuai dengan C. Parapsilosis yang dideskripsikan oleh Meyer dkk Hasil pengamatan morfologi isolat W127B adalah sebagai berikut. Hasil pengamatan morfologi makroskopik pada medium padat YMA dan MEA 5% adalah sebagai berikut: koloni khamir yang berwarna putih agak krem, dengan tekstur seperti mentega, permukaan halus dan mengilap, tepi koloni halus dan elevasi menggunung (Gambar 17, Tabel 5--6). Pengamatan makroskopik juga dilakukan dengan medium cair YMB dan MEB 5% yang memperlihatkan adanya endapan (Gambar , Tabel 4). Pengamatan mikroskopik dilakukan pada isolat yang telah diinkubasi selama 48 jam dalam medium YMB. Hasil pengamatan mikroskopik memperlihatkan sel vegetatif berbentuk bulat, semi bulat, dan oval dengan ukuran (3--6)x(2--5) µm 2 pada medium YMB dan (4--8)x(3--7) µm 2 pada medium MEB, dan tipe pertunasan multipolar. Berdasarkan pengamatan pada medium CMA dengan metode slide culture memperlihatkan adanya miselium palsu (Gambar 20, Tabel 7-- 8). Hasil pengamatan morfologi fase reproduksi mendukung hasil identifikasi
12 48 molekular isolat tersebut sebagai anggota genus Candida karena tidak ditemukan adanya reproduksi seksual berupa askospora. Tavanti dkk. (2005: 290) melaporkan bahwa C. orthopsilosis dan C. metapsilosis adalah dua spesies baru yang dibedakan dari C. parapsilosis berdasarkan analisis data sequence daerah ITS. Candida parapsilosis, C. orthopsilosis, dan C. metapsilosis diketahui pernah diisolasi dari kulit yang terinfeksi (Lin dkk. 1995: 1815). d. Candida fukuyamaensis Nakase dkk. Berdasarkan hasil identifikasi menggunakan daerah ITS isolat W1126 memiliki tingkat homologi sebesar 100% dengan C. fukuyamaensis (AM158923) (Tabel 2). Tingkat homologi sequence yang lebih besar dari 99% menunjukkan bahwa isolat W1126 adalah C. fukuyamaensis (Tabel 3). Panjang sequence ITS yang dikirimkan untuk pencarian homologi dengan program BLAST adalah 603 pb (Tabel 2), sedangkan panjang sequence ITS C. fukuyamaensis (AM158923) pada database adalah 596 pb. Berdasarkan data tersebut, tingkat homologi yang dihasilkan antara sequence ITS isolat W1126 dan C. fukuyamaensis (AM158923) diperoleh dari homologi keseluruhan sequence daerah ITS. Hasil pengamatan morfologi makroskopik pada medium padat YMA dan MEA 5% memperlihatkan koloni khamir yang berwarna putih agak krem, dengan tekstur seperti mentega, permukaan halus dan mengilap, tepi koloni halus dan elevasi menggunung (Gambar 17, Tabel 5--6). Pengamatan
13 49 makroskopik juga dilakukan dengan medium cair YMB dan MEB 5% yang memperlihatkan adanya endapan (Gambar , Tabel 4). Pengamatan mikroskopik dilakukan pada medium YMB setelah diinkubasi selama 48 jam, dengan hasil sebagai berikut: sel vegetatif berbentuk bulat, semi bulat dan elips dengan ukuran (2--5)x(1--4) µm 2, dan pertunasan multipolar. Berdasarkan pengamatan pada medium CMA dengan metode slide culture tidak ada miselium palsu yang terbentuk (Gambar 20, Tabel 7--8). Hasil pengamatan morfologi fase reproduksi mendukung hasil identifikasi molekular isolat tersebut sebagai anggota dari genus Candida karena tidak ditemukan adanya reproduksi seksual berupa askospora. Deskripsi morfologi isolat W1126 sesuai dengan C. guilliermondii (Castellani) Berkhout. Deskripsi morfologi C. fukuyamaensis identik dengan spesies C. guilliermondii. Bai dkk. (2000: 418) melaporkan bahwa kedua spesies tersebut hanya dapat dibedakan berdasarkan analisis sequence daerah ITS, karena sequence D1/D2 LSU kedua spesies tersebut identik. Menurut Nakase dkk. pada tahun 1995 (lihat Bai dkk. 2000: 416), C. fukuyamaensis pernah diisolasi dari air danau, buah, dan insekta. Namun demikian spesies tersebut belum pernah dilaporkan diisolasi pada perairan laut dan mangrove.
14 50 2. Isolat-isolat dari perairan laut Isolat-isolat yang berasal dari perairan laut adalah W314, W322, W324, W325, W3324, W3329, W3338 dan W3351. Isolat-isolat tersebut menunjukkan hasil data sequence yang baik karena seluruh basa dari fragmen daerah ITS dapat terbaca. Elektroferogram hasil sequencing isolatisolat tersebut dapat dilihat pada Lampiran Hasil identifikasi menunjukkan bahwa delapan isolat tersebut secara taksonomi tersebar dalam filum Ascomycota (W314, W3324 dan W3351) dan Basidiomycota (W322, W324, W325, W3329, dan W3338) (Tabel 3). Delapan isolat tersebut terdiri atas enam spesies berbeda yang termasuk dalam empat genus yaitu Candida, Debaryomyces, Rhodotorula, dan Trichosporon. Lima spesies yang diidentifikasi merupakan spesies yang sering dilaporkan diisolasi dari habitat perairan, kecuali T. dermatis yang umumnya diisolasi dari kulit yang terinfeksi. Hasil identifikasi dan deskripsi morfologi delapan isolat tersebut adalah sebagai berikut: a. Debaryomyces hansenii (Zopf) Lodder & Kreger-van Rij Hasil identifikasi menggunakan daerah ITS menunjukkan bahwa isolat W3351 memiliki homologi sequence sebesar 99% dengan D. hansenii (DQ249204) sebagai spesies terdekatnya (Tabel 2). Hal tersebut
15 51 menunjukkan bahwa isolat W3351 merupakan D. Hansenii. Panjang sequence ITS isolat W3351 yang dikirimkan untuk pencarian homologi dengan program BLAST adalah 625 pb (Tabel 2), sedangkan panjang sequence ITS D. hansenii (DQ249204) pada database adalah 573 pb. Berdasarkan data tersebut, tingkat homologi yang dihasilkan antara sequence ITS isolat W1126 dan D. hansenii (DQ249204) diperoleh dari homologi keseluruhan sequence daerah ITS. Hasil pengamatan morfologi makroskopik isolat W3351 pada medium padat YMA dan MEA 5% adalah sebagai berikut: koloni berwarna putih, tekstur koloni seperti mentega, permukaan halus dan mengilap, tepi koloni halus dan menggunung (Gambar 17, Tabel 5--6). Pengamatan makroskopik koloni pada medium cair yang diinkubasi selama 48 jam dan satu bulan memperlihatkan adanya endapan serta pulau-pulau pada medium YMB serta endapan dan pelikel pada medium MEB 5% (Gambar , Tabel 4). Pengamatan mikroskopik dilakukan pada medium cair YMB yang diinkubasi selama 48 jam serta pada medium CMA dengan metode slide culture menunjukkan hasil sebagai berikut: sel berbentuk bulat, semi bulat, oval dan menyerupai buah lemon dengan ukuran (4--8)x(3--8) µm 2 pada medium YMB dan (4--6)x(3--5) µm 2 pada medium MEB 5%, pertunasan multipolar dan tidak ditemukan adanya miselium palsu maupun miselium sejati (Gambar 20, Tabel 7--8).
16 52 Deskripsi morfologi makroskopik dan mikroskopik isolat W3351 sesuai dengan deskripsi morfologi D. hansenii yang dilaporkan oleh Barnett dkk. (2000: 177). Menurut Nakase dkk. (1998: 157), D. Hansenii secara taksonomi termasuk dalam famili Saccharomycetaceae, ordo Saccharomycetales, kelas Hemiascomycetes, dan filum Ascomycota. Debaryomyces merupakan salah satu nama genus teleomorfik khamir, akan tetapi pengamatan morfologi mikroskopik pada medium YMB dan MEB tidak memperlihatkan adanya reproduksi seksual isolat W3351. Hal tersebut mungkin disebabkan karena faktor lingkungan yang kurang mendukung. Menurut Kurtzman dkk. (2003: ), beberapa genus teleomorfik memerlukan suhu dan medium tertentu untuk dapat melakukan reproduksi seksual. Oleh karena itu, masih perlu dilakukan pengamatan morfologi lebih lanjut menggunakan berbagai medium untuk menemukan reproduksi seksual dari isolat W3351 yang akan memperkuat identitasnya sebagai D. hansenii. Debaryomyces hansenii merupakan khamir dari Ascomycota yang paling sering ditemukan pada habitat perairan baik perairan darat maupun perairan laut (Spencer & Spencer 1997: 56). Menurut Hagler dan Mendonća- Hagler (1981: 177) spesies tersebut pernah diisolasi dari sedimen dasar laut. b. Debaryomyces Lodder & Kreger-van Rij sp. Hasil pencarian homologi sequence dengan BLASTn menunjukkan bahwa isolat W3324 memiliki homologi sequence daerah ITS sebesar 98% dengan D. hansenii (DQ249204) sebagai spesies terdekatnya. Tingkat
17 53 homologi yang rendah menunjukkan bahwa isolat W3324 adalah spesies baru yang berbeda dari D. Hansenii (Tabel 3). Terdapat perbedaan lima pasangan basa dan satu delesi antara sequence daerah ITS isolat W3324 dengan D. hansenii (DQ249204). Panjang sequence ITS yang dikirimkan untuk pencarian homologi dengan program BLAST adalah 621 pb (Tabel 2), sedangkan panjang sequence ITS Debaryomyces hansenii (DQ249204) pada database adalah 573 pb. Berdasarkan data tersebut, tingkat homologi yang dihasilkan antara sequence ITS isolat W1126 dan Debaryomyces hansenii (DQ249204) diperoleh dari homologi keseluruhan sequence daerah ITS. Hasil pengamatan morfologi makroskopik isolat W3324 pada medium padat YMA dan MEA 5% adalah sebagai berikut: koloni berwarna putih, tekstur koloni seperti mentega, permukaan halus dan mengilap, tepi koloni halus dan menggunung (Gambar 17, Tabel 5--6). Pengamatan makroskopik koloni pada medium cair YMB dan MEB 5% memperlihatkan adanya endapan serta pelikel pada permukaan medium (Gambar , Tabel 4). Pengamatan mikroskopik dilakukan pada medium cair YMB yang diinkubasi selama 48 jam serta pada medium CMA dengan metode slide culture menunjukkan hasil sebagai berikut: sel berbentuk bulat dan semi bulat dengan ukuran (3--5)x(3--5) µm 2 pada medium YMB dan (3--6)x(3--5) µm 2 pada medium MEB 5%, pertunasan multipolar dan tidak ditemukan adanya miselium palsu maupun miselium sejati (Gambar 20, Tabel 7--8). Deskripsi
18 54 morfologi tersebut sesuai dengan deskripsi morfologi genus Debaryomyces yang dideskripsikan oleh Nakase dkk. (1998: 157). Debaryomyces merupakan salah satu nama genus teleomorfik khamir akan tetapi pengamatan morfologi mikroskopik tidak memperlihatkan adanya reproduksi seksual pada isolat W3324. Hal tersebut mungkin disebabkan karena faktor lingkungan yang kurang mendukung. Menurut Kurtzman dkk. (2003: ), beberapa genus teleomorfik memerlukan suhu dan medium tertentu untuk dapat membentuk spora seksual. Oleh karena itu, untuk melengkapi deskripsi isolat W3324 sebagai spesies baru diperlukan pengamatan lebih lanjut mengenai fase reproduksi serta tambahan informasi mengenai karakter fisiologi dan morfologi reproduksi. Deskripsi suatu spesies baru juga memerlukan data karakter molekular yang lengkap. Oleh karena itu, isolat W3324 yang diidentifikasi sebagai Debaryomyces sp. masih memerlukan data molekular berdasarkan daerah D1/D2 LSU gen rrna. c. Candida parapsilosis (Ashford) Langeron & Talice Hasil identifikasi menggunakan daerah ITS menunjukkan bahwa isolat W314 memiliki homologi sequence sebesar 100% dengan spesies terdekatnya yaitu C. parapsilosis (EF190230) (Tabel 2). Tingkat homologi sequence yang lebih besar dari 99% menunjukkan bahwa isolat W314 adalah C. parapsilosis (Tabel 3). Panjang sequence ITS yang dikirimkan untuk pencarian homologi dengan program BLAST adalah 406 pb (Tabel 2), sedangkan panjang sequence ITS C. parapsilosis (EF190230) pada
19 55 database adalah 388 pb. Berdasarkan data tersebut, tingkat homologi yang dihasilkan antara sequence ITS isolat W314 dan C. parapsilosis (EF190230) diperoleh dari homologi keseluruhan sequence daerah ITS. Hasil pengamatan morfologi makroskopik isolat W314 (white) pada medium padat YMA dan MEA 5% memperlihatkan koloni berwarna putih, tekstur koloni seperti mentega, permukaan halus dan kusam pada medium MEA 5% usia satu bulan, permukaan halus dan mengilat pada medium YMA, tepi koloni halus dan menggunung (Gambar 17, Tabel 5--6). Pengamatan makroskopik koloni pada medium cair yang diinkubasi selama 48 jam dan satu bulan memperlihatkan adanya endapan serta pulau-pulau pada medium YMB serta endapan dan pelikel pada medium MEB 5% (Gambar , Tabel 4). Pengamatan mikroskopik dilakukan pada medium cair YMB yang diinkubasi selama 48 jam menunjukkan hasil sebagai berikut: sel berbentuk bulat, semi bulat, dan elips dengan ukuran (2--6)x(2--6) µm 2 pada medium YMB dan (4--6)x(3--5) µm 2 pada medium MEB 5%, pertunasan multipolar dan ditemukan adanya miselium palsu pada medium CMA dengan metode slide culture (Gambar 20, Tabel 7--8). Deskripsi morfologi isolat W314 sesuai dengan C. parapsilosis yang dideskripsikan oleh Meyer dkk. (1998: 537). Hasil pengamatan morfologi mikroskopik mendukung hasil identifikasi molekular isolat tersebut sebagai anggota genus Candida karena tidak ditemukan adanya reproduksi seksual berupa askospora. Candida merupakan genus anamorfik khamir yang secara taksonomi termasuk dalam
20 56 famili Candidaceae, kelas Hemiascomycetes, dan filum Ascomycota (Meyer dkk. 1998: 537). Patricia (2007: 44) melaporkan bahwa C. Parapsilosis pernah ditemukan di periaran laut Cagar Alam Pulau Rambut, Indonesia. Candida parapsilosis merupakan salah satu khamir penyebab infeksi pada manusia (Lin dkk. 1995: 1815). Keberadaan khamir patogen pada manusia di habitat perairan dapat dijadikan indikator adanya pencemaran lingkungan di habitat tersebut (Spencer & Spencer 1997: 56). d. Rhodotorula minuta (Saito) F.C Harrison Sjamsuridzal (2004: 122) melaporkan bahwa isolat W3329 memiliki tingkat homologi sequence daerah D1/D2 LSU sebesar 98% dengan R. minuta sebagai spesies terdekatnya sehingga diperkirakan sebagai spesies yang berbeda. Oleh karena itu, diperlukan identifikasi menggunakan daerah ITS untuk memperjelas identitas isolat tersebut sebagai spesies berbeda. Berdasarkan identifikasi mengunakan daerah ITS, isolat W3329 memiliki tingkat homologi sebesar 99% dengan spesies terdekatnya yaitu R. minuta (AF444620) (Tabel 2). Tingkat homologi sequence tersebut menunjukkan bahwa isolat W3329 adalah R. minuta (Tabel 3). Panjang sequence ITS isolat W3329 yang dikirimkan untuk pencarian homologi dengan program BLAST adalah 588 pb (Tabel 2), sedangkan panjang sequence ITS R. minuta (AF444620) pada database adalah 574 pb.
21 57 Berdasarkan data tersebut, tingkat homologi yang dihasilkan antara sequence ITS isolat W3329 dan R. minuta (AF444620) diperoleh dari homologi keseluruhan sequence daerah ITS. Hasil pengamatan morfologi makroskopik isolat W3329 dilakukan pada medium padat YMA dan MEA 5% yang berusia satu bulan adalah sebagai berikut: koloni berwarna peach-oranye dengan tekstur berlendir pada medium YMA usia satu bulan, koloni berwarna -oranye dengan tekstur seperti mentega pada medium MEA 5% usia satu bulan, permukaan halus dan mengilap, tepi koloni halus dan menggunung (Gambar 17, Tabel 5--6). Pengamatan makroskopik koloni pada medium cair YMB dan MEB 5% yang diinkubasi selama 48 jam dan satu bulan memperlihatkan adanya endapan (Gambar , Tabel 4). Pengamatan mikroskopik dilakukan pada medium cair YMB yang diinkubasi selama 48 jam serta pada medium CMA dengan metode slide culture menunjukkan hasil sebagai berikut: sel berbentuk bulat, semi bulat dan elips dengan ukuran (4--11)x(3--11)µm 2 pada medium YMB dan (4--7)x(3--6)µm 2 pada medium MEB 5%, pertunasan polar dan tidak ditemukan adanya miselium palsu (Gambar 20, Tabel 7--8). Deskripsi morfologi isolat tersebut sesuai dengan deskripsi R. minuta yang dilaporkan oleh Fell dan Statzell-Tallman (1998: 820). Hasil pengamatan morfologi mikroskopik mendukung hasil identifikasi molekular isolat W3329 sebagai anggota Rhodotorula karena tidak ditemukan
22 58 adanya reproduksi seksual. Genus Rhodotorula merupakan genus anamorfik khamir yang secara taksonomi termasuk dalam clade Erythrobasidium, kelas Urediniomycetes, dan filum Basidiomycota (Fell dkk. 2000: 1362). Rhodotorula minuta merupakan khamir yang sering diisolasi dari perairan laut (Spencer & Spencer (1997: 56). Patricia (2007: 49) melaporkan bahwa R. minuta pernah ditemukan pada perairan laut Cagar Alam Pulau Rambut, Indonesia. Menurut Kohlmeyer dan Kohlmeyer (1979: 556), R. minuta berasal dari habitat terestrial meskipun seringkali diisolasi dari habitat perairan. e. Rhodotorula mucilaginosa (Jorgensen) F.C. Harrison Berdasarkan hasil identifikasi menggunakan daerah ITS, isolat W322, W324 dan W325 memiliki homologi sequence yang tinggi dengan R. mucilaginosa. Tingkat homologi sequence ketiga isolat tersebut adalah sebagai berikut: isolat W322 memiliki homologi sequence sebesar 100% dengan R. mucilaginosa (AF444541), isolat W324 memiliki homologi sequence sebesar 99% dengan R. mucilaginosa (EF174517) dan isolat W325 memiliki homologi sequence sebesar 99% dengan R. mucilaginosa (AF444614) (Tabel 2). Tingkat homologi 99% menunjukkan bahwa isolat W322, W324 dan W325 merupakan R. mucilaginosa. Data sequence daerah ITS isolat W325 memiliki perbedaan dengan R. mucilaginosa (AF444614) sebanyak tiga nukleotida, dan isolat W324 hanya memiliki perbedaan dengan
23 59 R. mucilaginosa (EU177580) satu nukleotida saja. Adapun Isolat W322 memiliki sequence daerah ITS yang identik dengan R. mucilaginosa (AF444541). Panjang sequence ITS ketiga isolat tersebut yang dikirimkan untuk pencarian homologi dengan program BLAST adalah 620 pb (isolat W322), 605 pb (isolat W324) dan 618 pb (isolat W325) (Tabel 2), sedangkan panjang sequence ITS R. mucilaginosa pada database adalah 620 pb (Rhodotorula mucilaginosa AF dan AF444614) dan 616 pb (R. mucilaginosa EF174517). Berdasarkan data tersebut, tingkat homologi yang dihasilkan antara sequence ITS isolat W322 dan R. mucilaginosa (AF444541)diperoleh dari homologi keseluruhan sequence daerah ITS. Tingkat homologi yang dihasilkan antara sequence ITS isolat W324 dan W325 dengan R. mucilaginosa (EF dan AF444614) belum diperoleh dari homologi keseluruhan daerah ITS. Akan tetapi, dari tingkat homologi sequence ITS yang dihasilkan (99%), sudah dapat diketahui identitas kedua isolat tersebut sebagai R. mucilaginosa. Hasil pengamatan morfologi makroskopik isolat W322 pada medium padat YMA dan MEA 5% adalah sebagai berikut: koloni berwarna merahmuda oranye pada medium MEA 5% usia satu bulan dan berwarna oranye pada medium YMA usia satu bulan, tekstur koloni berlendir, permukaan halus dan mengilap, tepi koloni halus dan menggunung (Gambar 17, Tabel 5--6). Pengamatan makroskopik koloni pada medium cair yang diinkubasi selama 48 jam dan satu bulan memperlihatkan adanya endapan (Gambar ,
24 60 Tabel 4). Pengamatan mikroskopik dilakukan pada medium cair YMB yang diinkubasi selama 48 jam serta pada medium CMA dengan metode slide culture menunjukkan hasil sebagai berikut: sel berbentuk bulat, semi bulat, dan oval dengan ukuran (3--6)x(3--5) µm 2 pada medium YMB dan (2--5)x(2-- 5) µm 2 pada medium MEB 5%, pertunasan multipolar dan tidak ditemukan adanya miselium palsu maupun miselium sejati (Gambar 20, Tabel 7--8). Hasil pengamatan morfologi makroskopik isolat W324 pada medium padat YMA dan MEA 5% adalah sebagai berikut: koloni berwarna oranye pada medium YMA dan MEA 5% usia satu bulan, tekstur koloni berlendir, permukaan halus dan mengilap, tepi koloni halus dan menggunung (Gambar 17, Tabel 5--6). Pengamatan makroskopik koloni pada medium cair yang diinkubasi selama 48 jam dan satu bulan memperlihatkan adanya endapan, pulau-pulau, dan cincin tipis pada permukaan medium YMB dan memperlihatkan adanya endapan pada medium MEB 5% (Gambar , Tabel 4). Pengamatan mikroskopik dilakukan pada medium cair YMB yang diinkubasi selama 48 jam serta pada medium CMA dengan metode slide culture menunjukkan hasil sebagai berikut: sel berbentuk bulat, semi bulat, dan elips dengan ukuran (4--6)x(3,5--5 ) µm 2 pada medium YMB dan (3,5-- 6)x(2,5--6) µm 2 pada medium MEB 5%, pertunasan polar dan tidak ditemukan adanya miselium palsu maupun miselium sejati (Gambar 20, Tabel 7--8).
25 61 Hasil pengamatan morfologi makroskopik isolat W325 pada medium padat YMA dan MEA 5% adalah sebagai berikut: koloni berwarna oranye pada medium MEA 5% dan oranye-merah bata pada medium YMA usia satu bulan, tekstur koloni berlendir, permukaan halus dan mengilap, tepi koloni halus dan menggunung (Gambar 17, Tabel 5--6). Pengamatan makroskopik koloni pada medium cair yang diinkubasi selama 48 jam dan satu bulan memperlihatkan adanya endapan (Gambar , Tabel 4). Pengamatan mikroskopik dilakukan pada medium cair YMB yang diinkubasi selama 48 jam serta pada medium CMA dengan metode slide culture menunjukkan hasil sebagai berikut: sel berbentuk bulat, semi bulat, oval dan elips dengan ukuran (4--6)x(3--5) µm 2 pada medium YMB dan (4--8)x(3--7,5) µm 2 pada medium MEB 5%, pertunasan polar dan tidak ditemukan adanya miselium palsu maupun miselium sejati (Gambar 20, Tabel 7--8). Deskripsi morfologi isolat W322, W324 dan W325 sesuai dengan R. mucilaginosa yang dideskripsikan oleh Fell dan Statzell-Tallman (1998: 821). Rhodotorula adalah salah satu nama genus anamorfik khamir. Hasil pengamatan morfologi mikroskopik mendukung hasil identifikasi molekular isolat tersebut sebagai anggota genus Rhodotorula karena tidak ditemukan adanya reproduksi seksual. Rhodotorula mucilaginosa secara taksonomi termasuk ke dalam clade Sporidiobolous, kelas Urediniomycetes, dan filum Basidiomycota (Fell dkk. 2000: 1362).
26 62 Rhodotorula mucilaginosa merupakan khamir yang umum diisolasi dari habitat perairan laut dan diperkirakan sebagai spesies pendatang (allochtonous) dari habitat terestrial (Nagahama 2006: ). Patricia (2007: 51) melaporkan bahwa R. mucilaginosa pernah ditemukan di perairan laut Cagar Alam Pulau Rambut, Indonesia. f. Trichosporon dermatis Sugita, Takashima, Nakase & Shinoda. Hasil identifikasi menggunakan daerah ITS menunjukkan bahwa isolat W3338 (yellow) memiliki homologi sequence sebesar 100% dengan spesies terdekatnya yaitu T. dermatis (AY143557) (Tabel 2). Tingkat homologi sequence ITS yang lebih tinggi dari 99% menunjukkan bahwa isolat W3338 merupakan T. dermatis. Hasil identifikasi isolat W3338 menggunakan daerah ITS memperjelas hasil identifikasi sebelumnya yang dilakukan menggunakan daerah D1/D2 LSU oleh Sjamsuridzal (2004). Sjamsuridzal (2004: 122) melaporkan bahwa berdasarkan data sequence daerah D1/D2 LSU rdna, isolat W3338 (yellow) menunjukkan homologi sebesar 98% dengan spesies terdekatnya yaitu Trichosporon sp. Panjang sequence ITS yang dikirimkan untuk pencarian homologi dengan program BLAST adalah 528 pb (Tabel 2), sedangkan panjang sequence ITS Trichosporon dermatis (AY143557) pada database adalah 528 pb. Berdasarkan data tersebut, tingkat homologi yang dihasilkan antara sequence ITS isolat W314 dan C. parapsilosis (EF190230) diperoleh dari homologi keseluruhan sequence daerah ITS dan sequencenya identik.
27 63 Pertumbuhan isolat pada medium padat YMA dan MEA 5% memperlihatkan morfologi makroskopik koloni berwarna kuning dengan tekstur seperti mentega, permukaan halus dan mengilap, tepi koloni halus pada medium YMA usia satu bulan, serta berfilamen pada medium MEA 5% usia satu bulan, dan profil koloni menggunung (Gambar 5, Tabel 6--9). Morfologi makroskopik isolat dalam medium YMB dan MEB 5% yang diinkubasi dalam suhu ruang selama 48 jam dan satu bulan memperlihatkan adanya endapan dan cincin yang tipis (Gambar 6--7, Tabel 4--5). Morfologi mikroskopik isolat yang diinkubasi selama 48 jam memperlihatkan sel vegetatif yang berbentuk bulat, semi bulat dan elips, dengan ukuran (3,5-- 9)x(3--7) µm 2 pada medium MEB dan (3--6)x(2--6) µm 2 pada medium YMB; pertunasan multipolar; dan adanya miselium palsu (Gambar 8, Tabel ). Pengamatan pada slide culture juga menunjukkan adanya arthrokonidia (Gambar 8). Deskripsi morfologi isolat W3338 sesuai dengan spesies T. dermatis yang dideskripsikan oleh Sugita dkk. (2001: 1224). Hasil pengamatan morfologi mikroskopik isolat W3338 memperlihatkan adanya miselium sejati dan arthrokonidia. Arthrokonidia adalah sel yang terbentuk dari miselium yang terfragmentasi dan merupakan ciri khas yang dimiliki oleh anggota genus tertentu, contohnya Trichosporon (Sugita dkk. 2001: 1226). Trichosporon dermatis adalah spesies baru dalam genus Trichosporon yang diidentifikasi berdasarkan hasil analisis sequence daerah ITS (Sugita dkk.
28 : 1224). Trichosporon dermatis secara taksonomi termasuk dalam famili Trichosporonaceae, ordo Trichosporonales, kelas Hymenomycetes, filum Basidiomycota (Fell dkk. 2000: 1362). Hasil identifikasi menggunakan analisis sequence daerah ITS pada 12 isolat khamir dari perairan mangrove dan laut Cagar Alam Pulau Rambut memperlihatkan keanekaragaman spesies yang tinggi. Hal tersebut ditunjukkan oleh adanya sepuluh spesies berbeda yang termasuk dalam empat genus. Selain itu, analisis data sequence daerah ITS juga mendeteksi adanya empat spesies baru dari sepuluh spesies tersebut. Empat spesies baru yang diidentifikasi termasuk dalam genus Candida dan Debaryomyces.
BAB II TINJAUAN PUSTAKA. Taksonomi adalah ilmu yang mempelajari tentang klasifikasi dan
5 BAB II TINJAUAN PUSTAKA A. TAKSONOMI DAN IDENTIFIKASI KHAMIR 1. Taksonomi khamir Taksonomi adalah ilmu yang mempelajari tentang klasifikasi dan identifikasi (Barnett dkk. 2000: 15). Khamir merupakan
Lebih terperinciIsolasi, Identifikasi dan Uji Potensi Yeast dari Rhizosfer Rhizophora mucronata Wonorejo dalam Mendegradasi Lipid, Selulosa dan Lignin
TUGAS AKHIR SB091358 Isolasi, Identifikasi dan Uji Potensi Yeast dari Rhizosfer Rhizophora mucronata Wonorejo dalam Mendegradasi Lipid, Selulosa dan Lignin Disusun oleh: NANING WIDIASTUTIK 1509 100 705
Lebih terperinci`BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. isolatnya ditunjukkan dalam table 4.1 di bawah ini;
4.1 Hasil Isolasi Bakteri Endofit `BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan terhadap 6 isolat dari tanaman umbi kentang, hasil isolasi serta bentuk morfologi koloni bakteri
Lebih terperinci4. HASIL DAN PEMBAHASAN
29 4. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Karakteristik isolat bakteri dari ikan tuna dan cakalang 4.1.1 Morfologi isolat bakteri Secara alamiah, mikroba terdapat dalam bentuk campuran dari berbagai jenis. Untuk
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN CARA KERJA. Penelitian dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi dan Laboratorium
21 BAB III BAHAN DAN CARA KERJA A. LOKASI DAN WAKTU PENELITIAN Penelitian dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi dan Laboratorium Genetika, Departemen Biologi, FMIPA-UI, Depok. Lama penelitian dari awal
Lebih terperinciUNIVERSITAS INDONESIA
UNIVERSITAS INDONESIA IDENTIFIKASI ISOLAT-ISOLAT KHAMIR DARI SALURAN PENCERNAAN Apis cerana (FABRICIUS, 1793) DI APIARI BERDASARKAN DATA SEQUENCE DAERAH ITS rdna SKRIPSI IRVAN MAULANA 0305040412 FAKULTAS
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN. Tabel 1.2 Hasil Pengamatan Bentuk Sel dan Pewarnaan Gram Nama. Pewarnaan Nama
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Pada pengujian awal, terhadap 29 bakteri dilakukan pewarnaan Gram dan pengamatan bentuk sel bakteri. Tujuan dilakukan pengujian awal adalah untuk memperkecil kemungkinan
Lebih terperinciKhamir. Karakteristik Khamir
Khamir Termasuk kapang, namun berbentuk sel tunggal/uniseluler. Dari kelompok Ascomycetes dan Basidiomycetes Tersebar luas di alam. Ada yang bermanfaat adapula yg merugikan bagi manusia. Manfaat: untuk
Lebih terperinciJAMUR (FUNGI) KHAMIR (YEAST)
JAMUR (FUNGI) KHAMIR (YEAST) Arista Pasisingi 821412005 JAMUR Ilmu yang mempelajari fungi disebut mikologi. Jamur ada yang uniseluler dan multiseluler. Kapang merupakan jenis jamur MULTISELULER yang bersifat
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN
14 BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Konfirmasi bakteri C. violaceum dan B. cereus dilakukan dengan pewarnaan Gram, identifikasi morfologi sel bakteri, sekuensing PCR 16s rdna dan uji kualitatif aktivitas
Lebih terperinci4 HASIL DAN PEMBAHASAN
4 HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Karakteristik Morfologi Pada penelitian ini digunakan lima sampel koloni karang yang diambil dari tiga lokasi berbeda di sekitar perairan Kepulauan Seribu yaitu di P. Pramuka
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Pengujian Kuantitas dan Kualitas DNA
HASIL DAN PEMBAHASAN Gen sitokrom b digunakan sebagai pembawa kode genetik seperti halnya gen yang terdapat dalam nukleus. Primer tikus yang dikembangkan dari gen sitokrom b, terbukti dapat mengamplifikasi
Lebih terperinciIsolasi dan Identifikasi Yeast dari Rhizosfer Rhizophora mucronata Wonorejo
JURNAL SAINS DAN SENI POMITS Vol. 2, No.1, (2013) 2337-3520 (2301-928X Print) 1 Isolasi dan Identifikasi Yeast dari Rhizosfer Rhizophora mucronata Wonorejo Naning Widiastutik dan Nur Hidayatul Alami Jurusan
Lebih terperinciKhamir Lebih sering dikenal sebagai ragi/yeast Termasuk kapang, namun berbentuk sel tunggal/uniseluler. Dari kelompok Ascomycetes dan Basidiomycetes T
Khamir Lebih sering dikenal sebagai ragi/yeast Termasuk kapang, namun berbentuk sel tunggal/uniseluler. Dari kelompok Ascomycetes dan Basidiomycetes Tersebar luas di alam. Ada yang bermanfaat adapula yg
Lebih terperinciBAB II TINJAUAN PUSTAKA. dicampurkan dengan bahan-bahan lain seperti gula, garam, dan bumbu,
BAB II TINJAUAN PUSTAKA A. Kecap Kedelai 1. Definisi Kecap Kedelai Kecap merupakan ekstrak dari hasil fermentasi kedelai yang dicampurkan dengan bahan-bahan lain seperti gula, garam, dan bumbu, dengan
Lebih terperinci4 HASIL DAN PEMBAHASAN
24 4 HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Isolasi dan Purifikasi Bakteri Isolasi merupakan proses pemindahan organisme dari habitat asli ke dalam suatu habitat baru untuk dapat dikembangbiakkan. Purifikasi merupakan
Lebih terperinciHasil dan Pembahasan
Bab IV Hasil dan Pembahasan Lumbrokinase merupakan enzim fibrinolitik yang berasal dari cacing tanah L. rubellus. Enzim ini dapat digunakan dalam pengobatan penyakit stroke. Penelitian mengenai lumbrokinase,
Lebih terperinciBiosaintifika 4 (1) (2012) Biosantifika. Berkala Ilmiah Biologi.
Biosaintifika 4 (1) (2012) Biosantifika Berkala Ilmiah Biologi http://journal.unnes.ac.id/nju/index.php/biosaintifika ISOLASI DAN IDENTIFIKASI KHAMIR SECARA MORFOLOGI DI TANAH KEBUN WISATA PENDIDIKAN UNIVERSITAS
Lebih terperinciJAMUR (fungi) Oleh : Firman Jaya,S.Pt.,MP 4/3/2016 1
JAMUR (fungi) Oleh : Firman Jaya,S.Pt.,MP 4/3/2016 1 JAMUR FUNGI KAPANG MOLD KHAMIR YEAST JAMUR MUSHROOM 4/3/2016 2 OUTLINE PENDAHULUAN CIRI-CIRI KHAMIR Struktur/ morfologi Pengelompokkan Cara Reproduksi
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Deteksi Fabavirus pada Tanaman Nilam Deteksi Fabavirus Melalui Uji Serologi Tanaman nilam dari sampel yang telah dikoleksi dari daerah Cicurug dan Gunung Bunder telah berhasil diuji
Lebih terperinciBab IV Hasil dan Pembahasan
Bab IV Hasil dan Pembahasan A. Isolasi Bakteri Sampel yang digunakan adalah bakteri simbion penghasil pigmen yang diisolasi dari lamun Enhalus acoroides. Sampel lamun diambil dari perairan Teluk Awur,
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Ekstraksi dan Purifikasi DNA Total DNA total yang diperoleh dalam penelitian bersumber dari darah dan bulu. Ekstraksi DNA yang bersumber dari darah dilakukan dengan metode phenolchloroform,
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon DNA genomik sengon diisolasi dari daun muda pohon sengon. Hasil uji integritas DNA metode 1, metode 2 dan metode 3 pada gel agarose dapat dilihat pada Gambar
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Isolasi DNA Metode isolasi dilakukan untuk memisahkan DNA dari komponen sel yang lain (Ilhak dan Arslan, 2007). Metode isolasi ini sesuai dengan protokol yang diberikan oleh
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Fenotipe organ reproduktif kelapa sawit normal dan abnormal.
HASIL DAN PEMBAHASAN Fenotipe organ reproduktif kelapa sawit normal dan abnormal. Dalam perkembangannya, organ reproduktif mengalami perubahan yang mengakibatkan terjadinya perbedaan fenotipe antara kelapa
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Virus Hepatitis B Gibbon Regio Pre-S1 Amplifikasi Virus Hepatitis B Regio Pre-S1 Hasil amplifikasi dari 9 sampel DNA owa jawa yang telah berstatus serologis positif terhadap antigen
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. telah banyak dilakukan sebelumnya menunjukkan bahwa fenomena munculnya
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN Penelitian terhadap urutan nukleotida daerah HVI mtdna manusia yang telah banyak dilakukan sebelumnya menunjukkan bahwa fenomena munculnya rangkaian poli-c merupakan fenomena
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. PENGAMATAN MAKROSKOPIK KOLONI DAN MIKROSKOPIK SEL
37 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. PENGAMATAN MAKROSKOPIK KOLONI DAN MIKROSKOPIK SEL Pengamatan makroskopik dilakukan untuk mengetahui warna, tekstur, permukaan, tepi, dan profil koloni lima strain khamir
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Eksplorasi Cendawan Rhizosfer Hasil eksplorasi cendawan yang dilakukan pada tanah rhizosfer yang berasal dari areal tanaman karet di PT Perkebunan Nusantara VIII, Jalupang, Subang,
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. Bawang merah (Allium cepa L. Aggregatum group) salah satu komoditas sayuran penting di Asia Tenggara karena seringkali
I. PENDAHULUAN 1. Latar belakang Bawang merah (Allium cepa L. Aggregatum group) merupakan salah satu komoditas sayuran penting di Asia Tenggara karena seringkali digunakan sebagai bahan penyedap masakan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
14 HASIL DAN PEMBAHASAN Gejala Penyakit oleh B. theobromae Penyakit yang disebabkan oleh B. theobromae pada lima tanaman inang menunjukkan gejala yang beragam dan bagian yang terinfeksi berbeda-beda (Gambar
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Penggunaan mikroorganisme antagonis sebagai agen pengendali hayati
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Penggunaan mikroorganisme antagonis sebagai agen pengendali hayati memberikan harapan baru untuk pengendalian hama pertanian terutama fungi yang bersifat patogen. Secara
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Sebelum melakukan PCR, terlebih dahulu dilakukan perancangan primer menggunakan program DNA Star. Pemilihan primer dilakukan dengan mempertimbangkan parameter spesifisitas,
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Kualitas DNA
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Sumber DNA pada Aves biasanya berasal dari darah. Selain itu bulu juga dapat dijadikan sebagai alternatif sumber DNA. Hal ini karena pada sebagian jenis Aves memiliki pembuluh
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN. Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan program komputer berdasarkan metode sintesis dua arah TBIO, dimana proses sintesis daerah
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi Bakteri Endofit Asal Bogor, Cipanas, dan Lembang Bakteri endofit yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari tiga tempat yang berbeda dalam satu propinsi Jawa Barat. Bogor,
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Amplifikasi ini membutuhkan primer spesifik (sekuen oligonukelotida khusus) untuk daerah tersebut. Primer biasanya terdiri dari 10-20 nukleotida dan dirancang berdasarkan daerah konservatif
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Masalah Riska Lisnawati, 2015
1 BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Masalah Ikan dan produk olahan dari ikan memiliki nilai gizi yang sangat tinggi dan bermanfaat bagi kesehatan. Meskipun merupakan makanan yang bergizi, namun kontaminasi
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE,
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE, NIPPONBARE, DAN BATUTEGI Isolasi DNA genom padi dari organ daun padi (Oryza sativa L.) kultivar Rojolele, Nipponbare,
Lebih terperinciHASIL Isolat-isolat Bakteri yang Didapatkan
50 HASIL Isolatisolat Bakteri yang Didapatkan Tanah sawah diambil dari Leuwisadeng dan Sipak yang berada di wilayah Kabupaten Bogor, Situgede 1 dan Situgede 2 di Kota Bogor serta Belendung dan Cipete yang
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode
16 BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian yang dilakukan dengan metode deskriptif. Penelitian deskriptif adalah suatu metode penelitian untuk membuat deskripsi,
Lebih terperinciMORFOLOGI DAN STRUKTUR MIKROORGANISME. Dyah Ayu Widyastuti
MORFOLOGI DAN STRUKTUR MIKROORGANISME Dyah Ayu Widyastuti Mikrobiologi Micros: kecil/renik Bios: hidup Mikrobiologi kajian tentang mikroorganisme meliputi aspek: morfologi, fisiologi, reproduksi, ekologi,
Lebih terperinciSINTESIS cdna DAN DETEKSI FRAGMEN GEN EF1-a1 PADA BUNGA KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.)
SINTESIS cdna DAN DETEKSI FRAGMEN GEN EF1-a1 PADA BUNGA KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.) SKRIPSI Diajukan untuk memenuhi salah satu syarat mencapai derajat Sarjana Sains (S.Si) pada Jurusan Biologi
Lebih terperinciKATAPENGANTAR. Pekanbaru, Desember2008. Penulis
KATAPENGANTAR Fuji syukut ke Hadirat Allah SWT. berkat rahmat dan izin-nya penulis dapat menyelesaikan skripsi yang beijudul "Skrining Bakteri Vibrio sp Penyebab Penyakit Udang Berbasis Teknik Sekuens
Lebih terperinciIDENTIFIKASI ISOLAT BAKTERI DARI PANTAI BANDEALIT JEMBER BERDASARKAN SEKUEN DNA PENGKODE 16S rrna SKRIPSI. Oleh Dina Fitriyah NIM
IDENTIFIKASI ISOLAT BAKTERI DARI PANTAI BANDEALIT JEMBER BERDASARKAN SEKUEN DNA PENGKODE 16S rrna SKRIPSI Oleh Dina Fitriyah NIM 061810401071 JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Amplifikasi Gen Mx Amplifikasi gen Mx telah berhasil dilakukan. Hasil amplifikasi gen Mx divisualisasikan padaa gel agarose seperti terlihat pada Gambar 4.1. Ukuran pita yang
Lebih terperinciPIEDRA PUTIH TRICHOSPORON BEIGELII
PIEDRA PUTIH TRICHOSPORON BEIGELII Penyebab Piedra putih ialah infeksi jamur pada rambut yang disebabkan oleh Trichosporon beigelii. Piedra putih ditemukan pada rambut ketiak dan pubis, jarang mengenai
Lebih terperinciKARAKTERISTIK MORFOLOGI, BIOKIMIA, DAN MOLEKULER ISOLAT KHAMIR IK-2 HASIL ISOLASI DARI JUS BUAH SIRSAK (Annona muricata L.)
Hal. 1825 KARAKTERISTIK MORFOLOGI, BIOKIMIA, DAN MOLEKULER ISOLAT KHAMIR IK2 HASIL ISOLASI DARI JUS BUAH SIRSAK (Annona muricata L.) Vivi Suryaningsih 1, Rejeki Siti Ferniah 1, Endang Kusdiyantini 1 Laboratorium
Lebih terperinciPENGEMBANGAN DATABASE MIKROORGANISME INDIGENOS INDONESIA
PENGEMBANGAN DATABASE MIKROORGANISME INDIGENOS INDONESIA Wellyzar Sjamsuridzal 1, Ariyanti Oetari 1, Gatot F. Hertono 2, dan Sitaresmi 1 1. Departemen Biologi, FMIPA, Universitas Indonesia, Depok 16424,
Lebih terperinciII. TINJAUAN PUSTAKA. Patogen serangga adalah mikroorganisme infeksius yang membuat luka atau
II. TINJAUAN PUSTAKA 2.1 Patogen Serangga Patogen serangga adalah mikroorganisme infeksius yang membuat luka atau membunuh inangnya karena menyebabkan penyakit pada serangga. Patogen masuk ke dalam tubuh
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA. Menurut Agrios (1996) taksonomi penyakit busuk pangkal batang
TINJAUAN PUSTAKA Biologi Jamur Busuk Pangkal Batang Menurut Agrios (1996) taksonomi penyakit busuk pangkal batang (Ganoderma spp.) adalah sebagai berikut: Kingdom Phylum Class Subclass Order Family Genus
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Analisis Kekerabatan Rayap Tanah M. gilvus dengan Pendekatan Perilaku
BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Sampel rayap diambil dari Cagar Alam Yanlappa-Jasinga dan Kampus IPB- Dramaga, Bogor. Rayap diidentifikasi dan diuji perilaku agonistiknya di Laboratorium Biosistematika
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut:
BAB III METODE PENELITIAN Tahapan-tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel, lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh, amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan
Lebih terperinciKEMAMPUAN ANTAGONISME KHAMIR FILUM Basidiomycota DARI TANAMAN SAEH (Broussonetia papyrifera Vent.) ASAL TROWULAN TERHADAP Aspergillus spp.
UNIVERSITAS INDONESIA KEMAMPUAN ANTAGONISME KHAMIR FILUM Basidiomycota DARI TANAMAN SAEH (Broussonetia papyrifera Vent.) ASAL TROWULAN TERHADAP Aspergillus spp. UICC SKRIPSI SEYLA FENINA 0806453365 FAKULTAS
Lebih terperinciPenelitian akan dilaksanakan pada bulan Februari-Agustus 2010 di Laboratorium Zoologi Departemen Biologi, FMIPA, IPB.
Kolokium Ajeng Ajeng Siti Fatimah, Achmad Farajallah dan Arif Wibowo. 2009. Karakterisasi Genom Mitokondria Gen 12SrRNA - COIII pada Ikan Belida Batik Anggota Famili Notopteridae. Kolokium disampaikan
Lebih terperinciKELOMPOK G EUKARYOTA. Yudi Prasetiyo Dony Pratama Akhira Yanti Ningsih Ritonga Mey Laurentya Manalu Ramsiah Diliana Cahaya Mora Siregar
KELOMPOK G EUKARYOTA Yudi Prasetiyo Dony Pratama Akhira Yanti Ningsih Ritonga Mey Laurentya Manalu Ramsiah Diliana Cahaya Mora Siregar 1. Pengertian Sel yang mempunyai struktur yang kompleks. Inti dan
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. 4.1 Jumlah Jamur yang Terdapat pada Dendeng Daging Sapi Giling dengan Perlakuan dan Tanpa Perlakuan
IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Jumlah Jamur yang Terdapat pada Dendeng Daging Sapi Giling dengan Perlakuan dan Tanpa Perlakuan Jumlah jamur yang terdapat pada dendeng daging sapi giling dengan perlakuan dan
Lebih terperinciEFEKTIVITAS PENGGUNAAN METODE PENGUJIAN ANTIBIOTIK ISOLAT STREPTOMYCES DARI RIZOSFER FAMILIA POACEAE TERHADAP Escherichia coli
EFEKTIVITAS PENGGUNAAN METODE PENGUJIAN ANTIBIOTIK ISOLAT STREPTOMYCES DARI RIZOSFER FAMILIA POACEAE TERHADAP Escherichia coli SKRIPSI Untuk Memenuhi Sebagian Persyaratan Guna Mencapai Derajat Sarjana
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Uji Kuantitas DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah dengan Spektrofotometer Pengujian kualitas DNA udang jari (Metapenaeus
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Sintesis fragmen gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur
20 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 dilakukan dengan teknik overlapping extension
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
HASIL DAN PEMBAHASAN Kisaran Inang Potyvirus Isolat Nilam Bogor Tanaman nilam sakit banyak terdapat di daerah Bogor yang memperlihatkan gejala mosaik dengan ciri-ciri hampir sama dengan yang pernah diutarakan
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA Tikus ( Rattus norvegicus Gen Sitokrom b
TINJAUAN PUSTAKA Tikus (Rattus norvegicus) Tikus termasuk ke dalam kingdom Animalia, filum Chordata, subfilum Vertebrata, kelas Mamalia, ordo Rodentia, dan famili Muridae. Spesies-spesies utama yang terdapat
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Pewarnaan Gram
46 HASIL DAN PEMBAHASAN Pewarnaan Gram Hasil pewarnaan Gram menunjukkan bahwa 14 isolat lokal yang diduga sebagai S. aureus (AS, NU1, NU2, NU3, NU4, NU5, NU6, NU7, NU8, NU9, NU10, NU11, NU13 dan NU14)
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN
7 Gambar 3 Diagram alir identifikasi bakteri Gram Positif Sumber: Bergey dan Breed 1994; Lay 1994 Analisis Data Analisis data dengan menggunakan metode deskriptif. HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi Bakteri
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
15 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Analisis DNA 4.1.1 Ekstraksi DNA Ekstraksi DNA merupakan langkah awal dalam analisis molekuler. Masalah-masalah yang timbul dalam ekstraksi DNA merupakan hal yang penting
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Isolasi Promoter -Aktin Ikan Mas Promoter -Aktin dari ikan mas diisolasi dengan menggunakan metode PCR dengan primer yang dibuat berdasarkan data yang ada di Bank Gen. Panjang
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN 1. Latar Belakang
I. PENDAHULUAN 1. Latar Belakang Secara umum kerabat durian (Durio spp.) merupakan tanaman buah yang memiliki nilai ekonomi tinggi di Indonesia. Jangkauan pasarnya sangat luas dan beragam mulai dari pasar
Lebih terperinciBAB 5. HASIL DAN PEMBAHASAN. Percobaan 1 : Isolasi dan identifikasi bakteri penambat nitrogen nonsimbiotik
Tahap I BAB 5. HASIL DAN PEMBAHASAN Percobaan 1 : Isolasi dan identifikasi bakteri penambat nitrogen nonsimbiotik Hasil pengukuran sampel tanah yang digunakan pada percobaan 1 meliputi ph tanah, kadar
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Keragaman bakteri dapat dilihat dari berbagai macam aspek, seperti
1 BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Keragaman bakteri dapat dilihat dari berbagai macam aspek, seperti morfologi, fisiologi, dan genetik. Setiap habitat yang berbeda memberikan keragaman yang berbeda
Lebih terperinci4.1. Alat dan Bahan Penelitian a. Alat Penelitian. No. URAIAN ALAT. A. Pengambilan sampel
7 IV. METODE PENELITIAN Ikan Lais diperoleh dari hasil penangkapan ikan oleh nelayan dari sungaisungai di Propinsi Riau yaitu S. Kampar dan S. Indragiri. Identifikasi jenis sampel dilakukan dengan menggunakan
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Indonesia merupakan negara tropis dengan keanekaragaman hayati sangat
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Indonesia merupakan negara tropis dengan keanekaragaman hayati sangat tinggi (megabiodiversity) termasuk di dalamnya tanaman obat. Banyak tanaman yang dipercaya masyarakat
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN Latar Belakang Masalah Maesaroh, 2013
1 BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Masalah Aeromonas hydrophila merupakan bakteri gram negatif berbentuk batang yang tersebar luas di lingkungan, terutama di air tawar dan memiliki sifat patogen pada
Lebih terperinciTINJAUAN PUSTAKA. Ikan Lele Dumbo (Clarias gariepinus) Menurut Kottelat dkk., (1993), klasifikasi dari ikan lele dumbo adalah.
TINJAUAN PUSTAKA Ikan Lele Dumbo (Clarias gariepinus) Menurut Kottelat dkk., (1993), klasifikasi dari ikan lele dumbo adalah sebagai berikut: Kingdom Filum Kelas Ordo Family Genus : Animalia : Chordata
Lebih terperinciA. Reproduksi Vegetatif : yaitu reproduksi dengan cara Pertunasan, Pembelahan, Pembelahan tunas dan Sporulasi aseksual B. Reproduksi Seksual : yaitu
A. Reproduksi Vegetatif : yaitu reproduksi dengan cara Pertunasan, Pembelahan, Pembelahan tunas dan Sporulasi aseksual B. Reproduksi Seksual : yaitu reproduksi dengan Spora seksual. A. Reproduksi Vegetatif
Lebih terperinciI. TINJAUAN PUSTAKA. Gladiol (Gladiolus hybridus L) tergolong dalam famili Iridaceae yang
I. TINJAUAN PUSTAKA 1.1 Botani Gladiol Gladiol (Gladiolus hybridus L) tergolong dalam famili Iridaceae yang mempunyai jenis 180 jenis. Tanaman gladiol ditemukan di Afrika, Mediterania, dan paling banyak
Lebih terperinci4 Hasil dan Pembahasan
4 Hasil dan Pembahasan Danau Kakaban menyimpan berbagai organisme yang langka dan unik. Danau ini terbentuk dari air laut yang terperangkap oleh terumbu karang di sekelilingnya akibat adanya aktivitas
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Melon (Cucumis melo L.) merupakan salah satu tanaman hortikultura yang
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Melon (Cucumis melo L.) merupakan salah satu tanaman hortikultura yang telah banyak dikonsumsi oleh masyarakat Indonesia. Melon termasuk familia Cucurbitaceae yang menjadi
Lebih terperinciBAB II TINJAUAN PUSTAKA
BAB II TINJAUAN PUSTAKA A. Candida albicans 1. Klasifikasi Berdasarkan toksonomi menurut Dumilah (1992) adalah sebagai berikut : Divisio Classis Ordo Familia Sub Familia Genus Spesies : Eumycotina : Deuteromycetes
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Eleotridae merupakan suatu Famili ikan yang di Indonesia umum dikenal
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Eleotridae merupakan suatu Famili ikan yang di Indonesia umum dikenal sebagai kelompok ikan bakutut atau belosoh. Secara morfologis, anggota Famili ini mirip dengan
Lebih terperinciIII. HASIL DAN PEMBAHASAN M
III. HASIL DAN PEMBAHASAN 3.1. Hasil 3.1.1. Profil RAPD Keragaman profil penanda DNA meliputi jumlah dan ukuran fragmen DNA. Hasil amplifikasi dengan menggunakan primer OPA-02, OPC-02, OPC-05 selengkapnya
Lebih terperinciIII. HASIL DAN PEMBAHASAN
III. HASIL DAN PEMBAHASAN 3.1 HASIL 3.1.1 Isolasi Vibrio harveyi Sebanyak delapan isolat terpilih dikulturkan pada media TCBS yaitu V-U5, V-U7, V-U8, V-U9, V-U24, V-U27, V-U41NL, dan V-V44. (a) (b) Gambar
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Pola Pita DNA Monomorfis Beberapa Tanaman dari Klon yang Sama
121 HASIL DAN PEMBAHASAN Pola Pita DNA Monomorfis Beberapa Tanaman dari Klon yang Sama Tiga tanaman yang digunakan dari klon MK 152 menunjukkan morfologi organ bunga abnormal dengan adanya struktur seperti
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Februari sampai Juli 2012 di Laboratorium Mikrobiologi Departemen Biologi,
BAB III METODE PENELITIAN 3.1 Tempat dan Waktu Penelitian Penelitian ini akan dilaksanakan selama 6 (enam) bulan yaitu pada bulan Februari sampai Juli 2012 di Laboratorium Mikrobiologi Departemen Biologi,
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Metode penelitian yang digunakan pada penelitian ini adalah deskriptif. Penelitian deskriptif bertujuan untuk membuat deskripsi, gambaran, atau lukisan secara
Lebih terperinciLAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM)
LAPORAN PRAKTIKUM REKAYASA GENETIKA LAPORAN II (ISOLASI DNA GENOM) KHAIRUL ANAM P051090031/BTK BIOTEKNOLOGI SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2010 0 ISOLASI DNA GENOM TUJUAN 16s rrna. Praktikum
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA
6 konsentrasinya. Untuk isolasi kulit buah kakao (outer pod wall dan inner pod wall) metode sama seperti isolasi RNA dari biji kakao. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA Larutan RNA hasil
Lebih terperinciHASIL. Karakteristik, Morfologi dan Fisiologi Bakteri Nitrat Amonifikasi Disimilatif
HASIL Karakteristik, Morfologi dan Fisiologi Bakteri Nitrat Amonifikasi Disimilatif Hasil konfirmasi kemurnian dari keempat isolat dengan metoda cawan gores, morfologi koloninya berbentuk bulat, elevasi
Lebih terperinciPERNYATAAN SKRIPSI...
DAFTAR ISI PERNYATAAN SKRIPSI... i LEMBAR PENGESAHAN... ii MOTTO... iii PERSEMBAHAN... iv RIWAYAT HIDUP... v ABSTRAK... vi KATA PENGANTAR... vii DAFTAR ISI... x DAFTAR TABEL... xiii DAFTAR GAMBAR... xiv
Lebih terperinciSUATU MODEL PENGEMBANGAN MEDIA PEMBELAJARAN SLIDE CULTURE UNTUK PENGAMATAN STRUKTUR MIKROSKOPIS KAPANG PADA MATAKULIAH MYCOLOGI
SUATU MODEL PENGEMBANGAN MEDIA PEMBELAJARAN SLIDE CULTURE UNTUK PENGAMATAN STRUKTUR MIKROSKOPIS KAPANG PADA MATAKULIAH MYCOLOGI SUNDARI 1 1 Dosen Pada Program Studi Pendidikan Biologi Email: sundari_sagi@yahoo.co.id
Lebih terperinciMikroorganisme dalam Industri Fermentasi
Mikroorganisme dalam Industri Fermentasi Mas ud Effendi Agroindustri Produk Fermentasi TIP FTP - UB Mikrobia yang sering digunakan dalam fermentasi Bakteri (bacteria) Khamir (yeast) Jamur (fungi) 1 Bakteri
Lebih terperinciFungi/Jamur/Mycota. Perkuliahan Kapita Selekta Biologi SMA 1
Fungi/Jamur/Mycota Perkuliahan Kapita Selekta Biologi SMA 1 Karakteristik Habitat luas (akuatik terestrial ) Punya sifat hewan & tumbuhan sifat hewan.? sifat tumbuhan.? Sifat hidup : - Parasit (?) obligat/fakultatif
Lebih terperinciIV. HASIL DAN PEMBAHASAN. Pada penelitian ini isolat actinomycetes yang digunakan adalah ANL 4,
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Identifikasi Actinomycetes Pada penelitian ini isolat actinomycetes yang digunakan adalah ANL 4, isolat ini telah berhasil diisolasi dari sedimen mangrove pantai dengan ciri
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. (a)
8 tampak diskor secara manual. Kriteria penskoran berdasarkan muncul tidaknya lokus, lokus yang muncul diberi skor 1 dan yang tidak muncul diberi skor 0. Data biner yang diperoleh selanjutnya diolah menjadi
Lebih terperinciIdentifikasi mikroba secara molekuler dengan metode NCBI (National Center for Biotechnology Information)
Identifikasi mikroba secara molekuler dengan metode NCBI (National Center for Biotechnology Information) Identifikasi bakteri pada saat ini masih dilakukan secara konvensional melalui studi morfologi dan
Lebih terperinciLaboratorium Budidaya Tanaman Anggrek DD Orchids Nursery Kota. mahasiswa dan dosen, termasuk bidang kultur jaringan tanaman.
BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Mikroorganisme terdapat di berbagai tempat seperti tanah, debu, air, udara, kulit dan selaput lendir. Mikroorganisme dapat berupa bakteri, fungi, protozoa dan lain-lain.
Lebih terperinciMakalah I PENGUJIAN KEMAMPUAN ANTAGONISTIK KHAMIR EPIFIT ASAL KEBUN RAYA CIBODAS TERHADAP KAPANG DARI TANAMAN TOMAT TERINFEKSI
Makalah I PENGUJIAN KEMAMPUAN ANTAGONISTIK KHAMIR EPIFIT ASAL KEBUN RAYA CIBODAS TERHADAP KAPANG DARI TANAMAN TOMAT TERINFEKSI Handarini e-mail: handa.rini@yahoo.com ABSTRACT Investigation on the ability
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE. Metode Penelitian
BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Penelitian dilakukan di Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan dan Rumah Kaca University Farm, Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian
Lebih terperinci4 Hasil dan Pembahasan
4 Hasil dan Pembahasan Dalam bab ini akan dipaparkan hasil dari tahap-tahap penelitian yang telah dilakukan. Melalui tahapan tersebut diperoleh urutan nukleotida sampel yang positif diabetes dan sampel
Lebih terperinciKeanekaragaman Genetika Ikan Lais Cryptopterus spp. dari Propinsi Riau Berdasarkan Sitokrom-b DNA Mitokondria
Ill Keanekaragaman Genetika Ikan Lais Cryptopterus spp. dari Propinsi Riau Berdasarkan Sitokrom-b DNA Mitokondria Yusnarti Yus' dan Roza Elvyra' 'Program Studi Biologi, Fakultas MIPA, Universitas Riau,
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Isolasi Enterobacter sakazakii dari Susu Formula dan Makanan Bayi
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi Enterobacter sakazakii dari Susu Formula dan Makanan Bayi Isolasi E.sakazakii dilakukan dari beberapa sampel susu formula dan makanan bayi yang ditujukan untuk bayi yang berusia
Lebih terperinci