Optimasi Isolasi dan Amplifikasi ITS DNA Ribosomal Fungi Karbolitik Isolat Zona Inti Cagar Biosfer Giam Siak Kecil- Bukit Batu
|
|
- Glenna Dharmawijaya
- 7 tahun lalu
- Tontonan:
Transkripsi
1 Prosiding Semirata FMIPA Universitas Lampung, 2013 Optimasi Isolasi dan Amplifikasi ITS DNA Ribosomal Fungi Karbolitik Isolat Zona Inti Cagar Biosfer Giam Siak Kecil- Bukit Batu Titania Tjandrawati Nugroho 1), Evariati Rambe 1), Arfa Dewi 1), Reni M. Fitri 1), Harni Sepryani 1), Fajar Restuhadi 2), Yuli Haryani 1) 1)Jurusan Kimia, FMIPA, Universitas Riau; 2)Jurusan Agroteknologi, FAPERTA, Universitas Riau, Jln. Raya Soebrantaas Km 12,5, Pekanbaru Abstrak. LBKURCC20, LBKURCC21, LBKURCC22, LBKURCC27, LBKURCC28, LBKURCC29, LBKURCC30, LBKURCC34 merupakan fungi karbolitik koleksi laboratorium Biokimia FMIPA Universitas Riau. Fungi-fungi tersebut telah berhasil diisolasi dan dimurnikan dari tanah zona inti hutan cagar biosfer Giam Siak Kecil-Bukit Batu Riau, menggunakan media selektif penghasil karbohidrase tertentu. Identifikasi secara morfologi isolat-isolat tersebut telah dilakukan, tetapi masih perlu dilakukan analisis filogenetik molekuler untuk menentukan hubungan kekerabatan hingga tingkat spesies yang lebih tepat. Hal ini dikarenakan identifikasi morfologi fungi secara tepat baru dapat dilaksanakan hingga tingkat genus. Sebelum dapat dilakukan analisis filogenetik molekuler berdasarkan sekeuens DNA ribosomal (rdna) pada daerah ITS (Internal Transcribed Spacer region), terlebih dahulu harus dilakukan optimasi isolasi DNA dan amplifikasi ITS rdna tersebut. Optimasi ini perlu dilakukan, supaya diperoleh produk amplifikasi PCR ITS rdna yang cukup baik, untuk menghasilkan sekuens DNA yang optimal untuk analisis filogenetik. Isolasi DNA kromosomal dilakukan menggunakan kit Wizard Genomic ex Promega Co. (Madison, USA) dari miselia kultur dengan umur bervariasi. Keberhasilan isolasi dan amplifikasi DNA dengan PCR bergantung pada konsentrasi isolat DNA templat yang cukup, primer, dan temperatur annealling. Hasil penelitian menunjukkan bahwa masing-masing isolat DNA fungi yang berhasil diisolasi dengan baik berasal dari umur miselia kultur yang bervariasi mulai dari 1 hingga 3 hari, yaitu sebelum timbul spora, tetapi dalam jumlah miselia yang cukup. Primer untuk amplifikasi ITS rdna terbaik adalah pasangan primer ITS-4 dan ITS-5, kecuali untuk Penicillium sp. LBKURCC34. Temperatur annealing bervariasi bergantung pada galur dan pasangan primernya, tetapi berada pada rentang antara 44 o C s/d 49 o C. Kata Kunci. ITS rdna, Trichoderma, Penicillium. PENDAHULUAN Trichoderma dan Penicillium merupakan fungi filamen dengan anggota spesies yang memiliki potensi bioteknologi yang tinggi. Hal ini karena kemampuan berbagai spesiesnya untuk menghasilkan enzimenzim industri, maupun untuk kemampuannya menghasilkan berbagai senyawa bioaktif [1-3]. Usaha bioprospecting untuk mengisolasi galur-galur baru Trichoderma dan Penicillium terus dilakukan, karena kemampuan yang sangat beragam, baik dari segi kwantitas maupun sifat enzim yang dihasilkan. Salah satu kawasan yang potensial untuk menemukan galur atau species baru Trichoderma dan Penicillium penghasil enzim karbohidrase tinggi adalah tanah hutan gambut yang kaya selulosa dan sisa-sisa serangga [4,5]. Di antara hutan gambut yang belum banyak dieksplorasi adalah hutan gambut zona inti cagar biosfer Giam Siak Kecil-Bukit Batu (GSKBB) di Riau [6]. Dalam rangka penemuan galur lokal Indonesia Trichoderma dan Penicillium penghasil Semirata 2013 FMIPA Unila 407
2 Titania Tjandrawati Nugroho dkk: Optimasi Isolasi dan Amplifikasi ITS DNA Ribosomal Fungi Karbolitik Isolat Zona Inti Cagar Biosfer Giam Siak Kecil-Bukit Batu karbohidrase tinggi, telah diisolasi 8 isolat fungi dari tanah hutan gambut primer dan sekunder di zona inti cagar biosfer Giam Siak Kecil-Bukit Batu, Riau. Kedelapan isolat tersebut merupakan fungi karbolitik pemecah selulosa atau kitin. Dua isolat telah diidentifikasi secara morfologi sebagai Trichoderma spp. (LBKURCC22 dan 28), sedangkan sisanya merupakan spesiesspesies Penicillium (LBKURCC20, 21, 27, 29, 30 dan 34). Identifikasi secara morfologi baru dapat menentukan genus dari isolat-isolat tersebut. Untuk penentuan spesies, diperlukan identifikasi molekuler. Salah satu cara identifikasi spesies fungi secara molekuler adalah menggunakan sekuens DNA ribosomal (rdna) pada daerah ITS (Internal Transcribed Spacer region). Daerah ITS rdna yang baik untuk diagnostik identifikasi spesies dan analisis filogenetik adalah daerah ITS-1 dan ITS-2 yang bersama-sama mengapit daerah 5.8S rdna fungi. Sebelum dapat dilakukan analisis filogenetik molekuler berdasarkan sekeuens DNA ribosomal (rdna) pada daerah ITS (Internal Transcribed Spacer), terlebih dahulu harus dilakukan optimasi isolasi DNA dan amplifikasi ITS rdna tersebut. Optimasi ini perlu dilakukan, supaya diperoleh produk amplifikasi Polymerase Chain Reaction (PCR) ITS rdna yang cukup baik, untuk menghasilkan sekuens DNA yang baik untuk analisis filogenetik. Keberhasilan isolasi dan amplifikasi DNA dengan PCR bergantung pada konsentrasi isolat DNA templat yang cukup, primer, dan temperatur annealing. Terdapat beberapa primer untuk ITS rdna, yaitu 2 pasang yang mencakup keseluruhan daerah ITS-1, ITS-2 dan 5,8S rdna, dan masingmasing satu pasang primer yang mencakup hanya daerah ITS-1 atau ITS-2 [8]. Untuk keberhasilan identifikasi secara molekuler menggunakan sekuens ITS rdna, diperlukan hasil amplifikasi yang setidaknya memungkinkan sekuensing ITS- 1 dan ITS-2 dari rdna. Pemilihan pasangan yang tepat dengan kondisi temperatur annealing akan sangat mempengaruhi keberhasilan PCR. Makalah ini memaparkan hasil optimasi isolasi DNA menggunakan Wizard Genomic Purification kit, yang bergantung pada umur kultur fungi. Makalah ini juga membahas keberhasilan amplifikasi ITS rdna dari segi pemilihan pasangan primer dan temperatur annealing PCR. METODE PENELITIAN Fungi yang digunakan untuk penelitian ini merupakan isolat fungi penghasil selulase dan kitinase dari cagar biosfer Giam Siak Kecil-Bukit Batu, Riau dan dikoleksi di Laboratorium Biokimia, FMIPA, Universitas Riau, dengan kodekode galur LBKURCC20, LBKURCC21, LBKURCC22, LBKURCC27, LBKURCC28, LBKURCC29, LBKURCC30, LBKURCC34. Kultur fungi dipelihara pada media PDA dengan variasi waktu panen. Pada umur kultur tertentu, miselia dipanen dari media agar, dan DNA diekstraksi dari 100 mg miselia menggunakan Wizard Genomic Purification kit (Promega Cat. No. A1120) dengan memecahkan dinding sel menggunakan enzim litikase Artrhobacter luteus (SIGMA-Aldrich, Cat. No. L2524). PCR dilakukan menggunakan Thermal Cycler Techne TC-312 Amplifikasi digunakan dengan pasangan-pasangan primer sesuai deskripsi [8], yaitu untuk primer forward digunakan primer-primer ITS1, ITS3 atau ITS5, sedangkan untuk primer-primer reverse digunakan primer ITS2 atau ITS4. Amplifikasi PCR dilakukan dalam volume 50 µl, yang mengandung 3 µl templat DNA, masingmasing primer 0,4 µm, 200 µm dntp, dan 2,5 U GoTaq Flexi DN Polymerase (Promega Cat. No. M8291) dalam bufer PCR menggunakan MgCl 2 hingga konsentrasi akhir 1,5 mm. PCR dilakukan dengan hot start 5 menit pada 95 o C, diikuti 408 Semirata 2013 FMIPA Unila
3 Prosiding Semirata FMIPA Universitas Lampung, siklus: denaturasi 1,5 menit pada 94 o C, annealing 1 menit pada variasi temperatur 44 o C s/d 49 o C, dan pemanjangan rantai selama 3 menit pada temperatur 72 o C. Setelah 35 siklus, dilakukan reaksi pemanjangan rantai akhir selama 5 menit. Hasil PCR dianalisis secara elektroforesis dengan gel agarosa 1,2% (berat/volume) dalam bufer 1xTAE, diwarnai dengan Etidium Bromida, dan difoto dengan kamera digital SONY DSC-W80. Ukuran fragmen ditentukan dengan membandingkan terhadap standar1 Kb Ladder (Promega Cat. No. G571A). HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA kromosomal dari sel fungi relatif mudah dilakukan menggunakan Wizard Genomic Purification kit, dan enzim Litikase untuk memecahkan dinding sel fungi. Akan tetapi umur kultur fungi pada media PDA sangat menentukan keberhasilan isolasi DNA kromosomal. Hal ini terlihat dari variasi umur kultur berbagai galur isolat fungi zona inti tanah hutan cagar biosfer GSKBB yang dapat memberikan hasil isolasi DNA kromosomal yang baik (Tabel 1). Untuk galur-galur yang pertumbuhannya sangat cepat, dan cepat membentuk spora, maka umur kultur optimum untuk isolasi DNA kromosomal fungi adalah 1 (satu) hari, seperti yang ditunjukkan Penicillium sp. LBKURCC27. Untuk galur yang pertumbuhannya lambat, maka umur kultur optimum untuk isolasi DNA kromosomal fungi adalah 3 (tiga) hari, seperti yang ditunjukkan Penicillium sp. LBKURCC20 dan Trichoderma sp. LBKURCC22. Analisis morfologi koloni menunjukkan bahwa apabila spora telah tumbuh subur (Gambar 1B.), maka sulit sekali memecahkan dinding sel fungi. Hal ini akan menyulitkan isolasi DNA kromosomal fungi, dan konsentrasi DNA yang diperoleh tidak cukup untuk memberikan pita pada elektroforesis. Sebaliknya, apabila pertumbuhan kultur belum cukup banyak, maka jumlah miselia A) B) GAMBAR 23. Kultur Penicillium sp. LBKURCC20 pada media PDA. Panel A) Umur kultur 3 hari, dengan miselia putih tanpa spora; B) Umur kultur 4 hari, dengan miselia telah dipenuhi spora hijau. yang diperoleh akan kurang untuk isolasi DNA optimal. Morfologi koloni yang optimal untuk isolasi DNA ditunjukkan oleh Gambar 1A, yaitu morfologi koloni kultur Penicillium sp. LBKURCC20 berumur 3 hari yang belum ditumbuhi spora, tetapi cukup padat ditumbuhi miselia yang terlihat sebagai benang-benang putih. Gambar 1B adalah morfologi koloni kultur Penicillium sp. LBKURCC20 berumur 4 hari yang telah ditumbuhi banyak spora hijau. Hasil optimasi PCR untuk amplifikasi daerah ITS rdna fungi isolat GSKBB dengan berbagai pasangan primer ditunjukkan Tabel 2. DNA ribosomal dari semua kultur fungi isolat dalam penelitian ini tidak berhasil diamplifikasi dengan pasangan primer ITS1-ITS4 (tidak ditunjukkan dalam tabel). DNA ribosomal semua kultur, kecuali Penicillium LBKURCC34 berhasil diamplifikasi secara PCR menggunakan pasangan primer ITS5- ITS4, pada suhu annealing antara 44 o C s/d 47 o C. Berarti dapat disimpulkan bahwa primer ITS1 kurang homolog dengan sekuens pada bagian 18S rdna yang mengawali ITS-1 dari DNA ribosomal semua fungi isolat hutan zona inti GSKBB. Rata-rata rdna yang dapat diamplifikasi Semirata 2013 FMIPA Unila 409
4 Titania Tjandrawati Nugroho dkk: Optimasi Isolasi dan Amplifikasi ITS DNA Ribosomal Fungi Karbolitik Isolat Zona Inti Cagar Biosfer Giam Siak Kecil-Bukit Batu dengan pasangan primer ITS5-ITS4 adalah 624 s/d 664 pb. Ini sesuai dengan daerah yang mencakup sebagian 18S rdna, ITS-1, 5,8S rdna, ITS-2 dan sebagian dari 28S rdna fungi pada umumnya. Apabila rdna fungi isolat GSKBB berhasil diamplifikasi menggunakan pasangan primer ITS5-ITS4, yang merupakan primer-primer eksternal rdna fungi, maka tidak perlu lagi dilakukan amplifikasi PCR menggunakan pasangan primer ITS5-ITS2 dan ITS3-ITS4, karena primer-primer ITS2 dan ITS3 merupakan primer-primer internal rdna fungi. Oleh karena itu, amplifikasi rdna menggunakan pasangan primer ITS5-ITS2 dan ITS3-ITS4 hanya dilakukan untuk Penicillium sp. LBKURCC34 dan Trichoderma sp. LBKURCC22, yang semula pada suhu 45 o C tidak memberikan produk PCR dengan primer ITS5-ITS4. Meskipun suhu annealing diturunkan hingga 44 o C, produk PCR primer ITS5-ITS4 untuk rdna Penicillium sp. LBKURCC34 tetap tidak diperoleh. Hal berbeda ditemukan untuk Trichoderma sp. LBKURCC22 ketika suhu annealing diturunkan ke 44 o C. Pada suhu annealing 44 o C, dapat diperoleh produk PCR untuk rdna Trichoderma sp. LBKURCC22, menggunakan pasangan primer ITS5-ITS4, dengan ukuran 652 pb. Ukuran produk PCR amplifikasi rdna Trichoderma sp. LBKURCC22 menggunakan ITS5-ITS2 berhasil pada suhu annealing 45 o C dengan ukuran produk yang spesifik untuk daerah yang mencakup sebagian 18S rdna, ITS-1, dan sebagian 5,8S rdna, yaitu 384 pb. Amplifikasi rdna Penicillium sp. LBKURCC34 berhasil dilakukan dengan baik menggunakan pasangan primer ITS3- ITS4, pada suhu annealing 44 o C, dengan produk spesifik berukuran 270 pb, yang mencakup daerah 5,8S rdna, ITS-2 dan sebagian 28S rdna. Meskipun produk PCR rdna Penicillium sp. LBKURCC34 dapat diperoleh untuk pasangan primer ITS5-ITS2 pada suhu annealing 47 O C dengan ukuran spesifik 278 pb, terdapat dua produk PCR non-spesifik, dengan ukuran 603 pb dan 502 pb. Kedua produk nonspesifik ini tidak dapat dihilangkan, meskipun suhu annealing dinaikkan hingga 49 o C. Meskipun demikian untuk keperluan sekuensing, kedua produk non-spesifik tidak akan mengganggu, selama dilakukan proses pemurnian pita spesifik 278 pb. Pemurnian pita spesifik 278 pb dapat dilakukan, dengan memisahkan produkproduk PCR ITS5-ITS2 Penicillium sp. LBKURCC34 secara elektroforesis, dan memotong keluar agar pita 278 pb. Produk PCR 278 pb ini kemudian akan dapat dielusi keluar potongan agar sehingga akhirnya diperoleh produk PCR ITS5-ITS2 rdna yang spesifik dan murni. TABEL 5. Umur kultur optimum untuk isolasi DNA kromosomal fungi. Spesies: Galur: Umur Kultur (hari) Penicillium sp. LBKURCC20 3 Penicillium sp. LBKURCC21 2 Trichoderma LBKURCC22 3 sp. Penicillium sp. LBKURCC27 1 Trichoderma LBKURCC28 1 sp. Penicillium sp. LBKURCC29 3 Penicillium sp. LBKURCC30 3 Penicillium sp. LBKURCC TABEL 6. Hasil optimasi PCR amplifikasi daerah ITS rdna fungi isolat GSK-BB dengan berbagai pasangan primer Suhu Ukuran produk PCR dari pasangan primer: Spesies & Galur annealing ( o C) ITS5-ITS4 ITS5-ITS2 ITS3-ITS4 Penicillium sp. LBKURCC20 45 o C 664 pb t.d. t.d. Penicillium sp. LBKURCC21 45 o C 658 pb t.d. t.d. Trichoderma sp. LBKURCC22 45 o C t.d. 384 pb t.d. 410 Semirata 2013 FMIPA Unila
5 Prosiding Semirata FMIPA Universitas Lampung, o C 652 pb t.d. 270 pb Penicillium sp. LBKURCC27 45 o C 604 pb t.d. t.d. 47 o C 604 pb t.d. t.d. Trichoderma sp. LBKURCC28 45 o C 702 pb t.d. t.d. 624 pb 47 o C Penicillium sp. LBKURCC29 45 o C 624 pb t.d. t.d. Penicillium sp. LBKURCC30 47 o C 654 pb t.d. t.d. 624 pb t.d. t.d. Penicillium sp. LBKURCC34 47 o C t.a. 603 pb t.d. 502 pb 278 pb 44 o C t.a. t.d. 270 pb 49 o C t.d. 603 pb 502 pb 278 pb t.d. Keterangan: t.d. = tidak dilakukan PCR dengan pasangan primer tersebut. t.a. = tidak ada produk hasil PCR dengan pasangan primer tersebut. Amplifikasi rdna semua galur Trichoderma sp. isolat tanah zona inti GSKBB memberikan produk PCR dengan pasangan primer ITS5-ITS4 yang baik dengan ukuran 624 pb dan 652 pb. Hal ini konsisten dengan bar code yang telah diciptakan untuk spesies-spesies dari genus Trichoderma. Untuk Penicillium sp. juga diperoleh produk PCR rdna yang baik untuk pasangan primer ITS5-ITS4, kecuali untuk Penicillium sp. LBKURCC34. Identifikasi spesies dan analisis filogenetik fungi filamen tidak hanya dapat dilakukan dengan sekuens-sekuens ITS rdna, tetapi dapat dilakukan juga dengan sekuenssekuens tef1, cal1, chit18-5 dan rbp2 [9]. Untuk Penicillium telah juga diciptakan bar code yang khusus untuknya, dan kemungkinan dapat memberikan analisis identifikasi yang lebih tepat [10]. Meskipun demikian, penggunaan sekuens ITS rdna merupakan langkah pertama untuk identifikasi spesies fungi secara molekuler. Tentunya semakin banyak metode dan sekuens yang digunakan untuk verifikasi spesies, akan semakin baik, tetapi berarti memerlukan biaya yang lebih tinggi. KESIMPULAN DNA kromosomal fungi isolat tanah zona inti GSKBB yang berhasil diisolasi dengan baik berasal dari umur miselia kultur yang bervariasi mulai dari 1 hingga 3 hari, yaitu sebelum timbul spora, tetapi dalam jumlah miselia yang cukup. Primer untuk amplifikasi ITS rdna terbaik adalah pasangan primer ITS-4 dan ITS-5, kecuali untuk Penicillium sp. LBKURCC34. Daerah ITS rdna Penicillium sp. LBKURCC34 dapat diamplifikasi menggunakan pasangan primer ITS5-ITS2 dan ITS3-ITS4. Temperatur annealing bervariasi bergantung pada galur dan pasangan primer yang digunakan, tetapi berada pada rentang antara 44 o C s/d 49 o C. UCAPAN TERIMA KASIH Penelitian ini dibiayai Dana Hibah Guru Besar Lembaga Penelitian Universitas Riau a.n. Titania T. Nugroho, sesuai Surat Perjanjian Pelaksanaan Hibah Program Penelitian Guru Besar 105/UN.19.2/PL/2012, tanggal 3 April 2012, berdasarkan DIPA Universitas Riau tahun 2012, Nomor: 0680/ /04/2012 DAFTAR PUSTAKA Barreiro, C., Martin, J. F., Garcia-Estrada, C. (2012). Proteomics shows new faces for the old Penicillin Produces Penicillium chrysogenum. Journal of Biomedicine and Biotechnology. Vol. Semirata 2013 FMIPA Unila 411
6 Titania Tjandrawati Nugroho dkk: Optimasi Isolasi dan Amplifikasi ITS DNA Ribosomal Fungi Karbolitik Isolat Zona Inti Cagar Biosfer Giam Siak Kecil-Bukit Batu 2012, Article ID , doi: /2012/ Berrin, J., Navarro, D., Couturier, M., Olive, C., Grisel, S., Haon, M., Taussac, S., Lechat, C., Courtecuisse, R., Favel, A., Coutinho, P. M., Lesage-Meessen. (2012). Exploring the natural fungal biodiversity of tropical and temperate forests toward improvement of biomass conversion. Appl. Environ. Microbiol., Vol. 78, Issue 18, July 2012 p Gal-Hemed, I., Atanasova, L., Komon- Zelazowska, M. K., Druzhinina, I. S., Viterbo, A., Yarden, O. Marine isolates of Trichoderma spp. As potential halotolerant agents of biological control for arid-zone agriculture. (2011). Appl. Environ. Microbiol., Vol. 77, Issue 15, August 2011 p Hoyos-Carvajal, L., Orduz, S., & Bissett, J. (2009). Genetic and metabolic biodiversity of Trichoderma from Colombia and adjacent neotropic regions. Fungal Genetics and Biology,Vol. 46, May 2009 p Kubicek, C. P., Komon-Zelazowska, M., & Druzhinina, I. S. (2008). Fungal genus Hypocrea/Trichoderma: from barcodes to biodiversity. J. Zhejiang Univ. Sci. B., Vol. 9, Issue 10, October 2008 p Liu, G., Zhang, L., Wei, X., Zou, G., Qin, Y., Ma, L., Li, J., Zheng, H., Wang, S., Wang, C., Xun, L., Zhao, G-P., Zhou, Z., Qu, Y. (2013). PLOS One, Vol. 8, February 2013 p. e Schuster, A., & Schmoll, M. (2010). Biology and biotechnology of Trichoderma. Appl. Microbiol. Biotechnol., Vol. 87, May 2010 p Seifert, K. A., Samson, R. A., dewaard, J. R., Houbraken, J., Levesque, C. A., Moncalvo, J-M., Louis-Seize, G., Hebert, P. D. N. (2007). Prospects for fungus identification using CO1 DNA barcodes, with Penicillium as a test case. Proc. Nat. Acad. Sci., Vol. 104, Issue 10., March 2007 p Sukara, E., & Purwanto, Y. (2009). Biosphere reserve: The management of conservation areas for sustainable economic development. The 3rd Humanosphere Science School: Scientific Exploration and Sustainable Management of Peat and Land Resources in Giam Siak Kecil-Bukit Batu Biosphere Reserve, Riau. (pp. 1-20). Pekanbaru. August White, T., Bruns, T., Lee, S., & Taylor, J. (1990). Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. Dalam: M. Innis, D. Gelfand, J. Sninsky, & T. White (Eds.), PCR protocols: A guide to methods and applications (pp ). San Diego: Academic Press. 412 Semirata 2013 FMIPA Unila
Arfa Dewi*, Fajar Restuhadi dan Titania T. Nugroho
OPTIMASI PCR DAN AMPLIFIKASI ITS DNA RIBOSOMAL Penicillium sp.lbkurcc29 DAN LBKURCC30 PENGHASIL SELULOSA ISOLAT HUTAN PRIMER GAMBUT CAGAR BIOSFER BUKIT BATU RIAU Arfa Dewi*, Fajar Restuhadi dan Titania
Lebih terperinciEKSTRAKSI DNA DAN AMPLIFIKASI ITS rdna ISOLAT FUNGI ENDOFIT LBKURCC67 UMBI TANAMAN DAHLIA (DAHLIA VARIABILIS)
EKSTRAKSI DNA DAN AMPLIFIKASI ITS rdna ISOLAT FUNGI ENDOFIT LBKURCC67 UMBI TANAMAN DAHLIA (DAHLIA VARIABILIS) Senjavi Rakhmana 1, Saryono 2, Titania T. Nugroho 2 1 Mahasiswa Program Studi S1 Kimia 2 Bidang
Lebih terperinciISOLASI DNA DAN AMPLIFIKASI PCR DAERAH ITS rdna FUNGI ENDOFIT UMBI TANAMAN DAHLIA (Dahlia variabilis) LBKURCC69
ISOLASI DNA DAN AMPLIFIKASI PCR DAERAH ITS rdna FUNGI ENDOFIT UMBI TANAMAN DAHLIA (Dahlia variabilis) LBKURCC69 Fitri Rahayu 1, Saryono 2, Titania T. Nugroho 2 1 Mahasiswa Program Studi S1 Kimia 2 Bidang
Lebih terperinciAMPLIFIKASI DNA DAN SEKUENSING DAERAH ITS-1 rdna TRICHODERMA Sp. LBKURCC22
AMPLIFIKASI DNA DAN SEKUENSING DAERAH ITS-1 rdna TRICHODERMA Sp. LBKURCC22 Evariati Rambe *), Fajar Restuhadi, Titania Tjandrawati Nugroho Program Studi Pascasarjana Kimia, Universitas Riau. Jalan Binawidya,
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN
14 BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Konfirmasi bakteri C. violaceum dan B. cereus dilakukan dengan pewarnaan Gram, identifikasi morfologi sel bakteri, sekuensing PCR 16s rdna dan uji kualitatif aktivitas
Lebih terperinciMETODE ISOLASI FUNGI PENGHASIL KITINASE DARI SAMPEL TANAH. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Kampus Binawidya Pekanbaru, 28293, Indonesia
METODE ISOLASI FUNGI PENGHASIL KITINASE DARI SAMPEL TANAH R. Uliya 1, T. T. Nugroho 2, A. Dahliaty 2 1 Mahasiswa Program Studi S1 Kimia 2 Bidang Biokimia Jurusan Kimia Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Hasil 4.1.1. Ekstraksi DNA Ekstraksi DNA kromosomal diiakukan dengan metode kit Wizard Genomic yang menggunakan enzim litikase sebagai pemecah dinding sel. Isolasi DNA
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan Metode Isolasi C. gloeosporioides dari Buah Avokad
15 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Balai Besar Karantina Pertanian (BBKP) Tanjung Priok Wilayah Kerja Bogor, mulai bulan Oktober 2011 sampai Februari 2012. Bahan
Lebih terperinciBAB III. METODOLOGI PENELITIAN. Pengambilan sampel. Penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel
16 BAB III. METODOLOGI PENELITIAN Bab ini menggambarkan tahapan penelitian yang terdiri dari pengambilan sampel, penyiapan templat mtdna dengan metode lisis sel, amplifikasi D-loop mtdna dengan teknik
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Sintesis fragmen gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur
20 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Sintesis fragmen 688--1119 gen HA Avian Influenza Virus (AIV) galur A/Indonesia/5/2005 dilakukan dengan teknik overlapping extension
Lebih terperinciKATAPENGANTAR. Pekanbaru, Desember2008. Penulis
KATAPENGANTAR Fuji syukut ke Hadirat Allah SWT. berkat rahmat dan izin-nya penulis dapat menyelesaikan skripsi yang beijudul "Skrining Bakteri Vibrio sp Penyebab Penyakit Udang Berbasis Teknik Sekuens
Lebih terperinciBAB III METODOLOGIPENELITIAN
BAB III METODOLOGIPENELITIAN 3.1. Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Biokimia Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Riau-Pekanbaru dan dilakukan
Lebih terperinciSEMINAR NASIONAL BASIC SCIENCE II
ISBN : 978-602-97522-0-5 PROSEDING SEMINAR NASIONAL BASIC SCIENCE II Konstribusi Sains Untuk Pengembangan Pendidikan, Biodiversitas dan Metigasi Bencana Pada Daerah Kepulauan SCIENTIFIC COMMITTEE: Prof.
Lebih terperinciPOLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)
POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Disusun oleh: Hanif Wahyuni (1210411003) Prayoga Wibhawa Nu Tursedhi Dina Putri Salim (1210412032) (1210413031) SEJARAH Teknik ini dirintis oleh Kary Mullis pada tahun 1985
Lebih terperinciOPTIMASI PCR (Polymerase Chain Reaction) FRAGMEN 724 pb GEN katg MULTI DRUG RESISTANCE TUBERCULOSIS UNTUK MENINGKATKAN PRODUK AMPLIFIKASI
OPTIMASI PCR (Polymerase Chain Reaction) FRAGMEN 724 pb GEN katg MULTI DRUG RESISTANCE TUBERCULOSIS UNTUK MENINGKATKAN PRODUK AMPLIFIKASI Deniariasih, N.W. 1, Ratnayani, K. 2, Yowani, S.C. 1 1 Jurusan
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN. Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN BAHASAN Oligonukleotida sintetis daerah pengkode IFNα2b sintetis dirancang menggunakan program komputer berdasarkan metode sintesis dua arah TBIO, dimana proses sintesis daerah
Lebih terperinciOPTIMASI SUHU ANNEALING PRIMER UNTUK AMPLIFIKASI DNA GEN LINAMARASE
OPTIMASI SUHU ANNEALING PRIMER UNTUK AMPLIFIKASI DNA GEN LINAMARASE Fitri Ramsela 1, Dewi Indriyani Roslim 2, Herman 2 1 Mahasiswa Program Studi S1 Biologi 2 Dosen Genetika Jurusan Biologi Fakultas Matematika
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon
HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Genomik Sengon DNA genomik sengon diisolasi dari daun muda pohon sengon. Hasil uji integritas DNA metode 1, metode 2 dan metode 3 pada gel agarose dapat dilihat pada Gambar
Lebih terperinciKloning Domain KS dan Domain A ke dalam Sel E. coli DH5α. Analisis Bioinformatika. HASIL Penapisan Bakteri Penghasil Senyawa Antibakteri
3 selama 1 menit, dan elongasi pada suhu 72 0 C selama 1 menit. Tahap terakhir dilakukan pada suhu 72 0 C selama 10 menit. Produk PCR dielektroforesis pada gel agarosa 1 % (b/v) menggunakan tegangan 70
Lebih terperinciBAB 1 PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Masalah
BAB 1 PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Masalah Selulase merupakan salah satu enzim yang dapat dihasilkan oleh beberapa kelompok hewan yang mengandung bakteri selulolitik, tumbuhan dan beberapa jenis fungi.
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Sebelum melakukan PCR, terlebih dahulu dilakukan perancangan primer menggunakan program DNA Star. Pemilihan primer dilakukan dengan mempertimbangkan parameter spesifisitas,
Lebih terperinciIII. METODE PENELITIAN
III. METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan November 2007 hingga Juli 2009, bertempat di Laboratorium Reproduksi dan Genetika Organisme Akuatik Departemen
Lebih terperinciSeminar Nasional Biologi 2010 SB/P/BF/08 GREEN FLUORESCENT PROTEIN PADA UBUR-UBUR LOKAL SEBAGAI ALTERNATIF MARKA DNA Cahya Kurnia Fusianto 1, Zulfikar Achmad Tanjung 1,Nugroho Aminjoyo 1, dan Endang Semiarti
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN Bagan Alir Penelitian ini secara umum dapat digambarkan pada skema berikut:
BAB III METODE PENELITIAN Tahapan-tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel, lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh, amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan
Lebih terperinciBAB 1 PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Masalah
BAB 1 PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Masalah Enzim selulase termasuk dalam kelas hidrolase (menguraikan suatu zat dengan bantuan air) dan tergolong enzim karbohidrase (menguraikan golongan karbohidrat)
Lebih terperinciKEANEKARAGAMAN DAN AKTIVITAS MIKROBA DI KAWASAN CAGAR BIOSFER GIAM SIAK KECIL-BUKIT BATU: SEBAGAI INDIKATOR TERHADAP TEKANAN PENGGUNAAN LAHAN
LAPORAN PENELITIAN TAHUN KE III HIBAH KOMPETITIF PENELITIAN SESUAI PRIORITAS NASIONAL BATCH II KEANEKARAGAMAN DAN AKTIVITAS MIKROBA DI KAWASAN CAGAR BIOSFER GIAM SIAK KECIL-BUKIT BATU: SEBAGAI INDIKATOR
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Bahan dan Alat
12 BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Survei penyakit klorosis dan koleksi sampel tanaman tomat sakit dilakukan di sentra produksi tomat di daerah Cianjur, Cipanas, Lembang, dan Garut. Deteksi
Lebih terperinciGuarro, J., Gene, J., dan Stchigel, A. M Developments in fungal taxonomy. Clinical Microbiology Reviews. 12: Harman, G. E
DAFTARPIJSTAKA Boyer, R. 2000. Modern experimental biochemistry. 3rd ed. Addison Wesley- Longman Inc., San Francisco. Benita, Y., Costing, R. S., Lok, M. C, Wise, M. J., Humphery-Smith, L 2003. Regionalized
Lebih terperinciDAFTAR ISI DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN...
DAFTAR ISI Bab Halaman DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN... ix x xii I II III PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang... 1 1.2 Identifikasi Masalah... 2 1.3 Tujuan Penelitian... 2 1.4 Kegunaan Penelitian...
Lebih terperinciPRAKATA. Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas
PRAKATA Alhamdulillah syukur senantiasa penulis panjatkan kepada Allah swt., atas segala nikmat dan karunia-nya, penulisan Tugas Akhir dengan judul Keragaman Genetik Abalon (Haliotis asinina) Selat Lombok
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan, Fakultas Peternakan,
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Jenis penelitian yang dilakukan termasuk dalam penelitian dasar yang. dilakukan dengan metode deskriptif (Nazir, 1998).
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian Jenis penelitian yang dilakukan termasuk dalam penelitian dasar yang dilakukan dengan metode deskriptif (Nazir, 1998). B. Populasi dan Sampel 1. Populasi yang
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober Amplifikasi gen Growth
III. MATERI DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Pengambilan sampel darah domba dilakukan di Kecamatan Koto Tengah Kota Padang Sumatera Barat pada bulan Oktober 2012. Amplifikasi gen Growth Hormone menggunakan
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap
BAB III METODE PENELITIAN Dalam penelitian ini dilakukan lima tahap utama yang meliputi tahap penyiapan templat mtdna, amplifikasi fragmen mtdna pada daerah D-loop mtdna manusia dengan teknik PCR, deteksi
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini
BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah D-loop
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
39 BAB III METODE PENELITIAN A. Desain Penelitian Penelitian yang dilakukan merupakan penelitian deskriptif. Penelitian membuat deskripsi secara sistematis, faktual dan akurat mengenai fakta-fakta dan
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Hasil 4.1.1 Hasil pengamatan peremajaan jamur Kultvir mumi hasil isolasi laboratorium Biokimia FMIPA Universitas Riau yaitu jamur Trichoderma asperellum TNC52 dan TNJ63.
Lebih terperinciANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI
1 ANALISA HASIL TRANSFORMASI DENGAN MENGGUNAKAN PCR KOLONI DAN RESTRIKSI PENDAHULUAN Polimerase Chain Reaction (PCR) PCR adalah suatu reaksi invitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu
Lebih terperinciBAB II TINJAUAN PUSTAKA
BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1 Jamur Trichoderma sp. Jamur tanah merupakan salah satu golongan yang penting dari golongangolongan populasi tanah yang tersebar secara luas. Bentuk-bentuk tertentu merupakan
Lebih terperinciPengujian DNA, Prinsip Umum
Pengujian DNA, Prinsip Umum Pengujian berbasis DNA dalam pengujian mutu benih memang saat ini belum diregulasikan sebagai salah satu standar kelulusan benih dalam proses sertifikasi. Dalam ISTA Rules,
Lebih terperinciAMPLIFIKASI GEN CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT I (COI) DARI SAMPEL SIRIP IKAN HIU DENGAN MENGGUNAKAN BEBERAPA PASANGAN PRIMER
AMPLIFIKASI GEN CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT I (COI) DARI SAMPEL SIRIP IKAN HIU DENGAN MENGGUNAKAN BEBERAPA PASANGAN PRIMER (Amplification of Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) Gene from Shark Fin Samples
Lebih terperinciBAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN Pada bab ini akan disajikan hasil dan pembahasan berdasarkan langkah-langkah penelitian yang telah diuraikan dalam bab sebelumnya dalam empat bagian yang meliputi; sampel mtdna,
Lebih terperinci4 HASIL DAN PEMBAHASAN
4 HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Karakteristik Morfologi Pada penelitian ini digunakan lima sampel koloni karang yang diambil dari tiga lokasi berbeda di sekitar perairan Kepulauan Seribu yaitu di P. Pramuka
Lebih terperinciPenelitian akan dilaksanakan pada bulan Februari-Agustus 2010 di Laboratorium Zoologi Departemen Biologi, FMIPA, IPB.
Kolokium Ajeng Ajeng Siti Fatimah, Achmad Farajallah dan Arif Wibowo. 2009. Karakterisasi Genom Mitokondria Gen 12SrRNA - COIII pada Ikan Belida Batik Anggota Famili Notopteridae. Kolokium disampaikan
Lebih terperinciIII. METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk
56 III. METODOLOGI PENELITIAN A. Rancangan Penelitian Penelitian ini menggunakan metode eksperimental yang bertujuan untuk mengamplifikasi Gen FNBP1L. B. Tempat dan Waktu Penelitian 1. Tempat Penelitian
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN. amplifikasi daerah HVI mtdna sampel dengan menggunakan teknik PCR;
BAB III METODE PENELITIAN Secara garis besar, langkah-langkah yang dilakukan dalam penelitian ini adalah: pengumpulan sampel; lisis terhadap sampel mtdna yang telah diperoleh; amplifikasi daerah HVI mtdna
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu
BAB III METODOLOGI PENELITIAN Pada penelitian ini terdapat lima tahapan penelitian yang dilakukan yaitu pengumpulan sampel berupa akar rambut, ekstraksi mtdna melalui proses lisis akar rambut, amplifikasi
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. SINTESIS DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN tat HIV-1 MELALUI
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. SINTESIS DAN AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN tat HIV-1 MELALUI TEKNIK PCR OVERLAPPING 1. Sintesis dan amplifikasi fragmen ekson 1 dan 2 gen tat HIV-1 Visualisasi gel elektroforesis
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Penggunaan mikroorganisme antagonis sebagai agen pengendali hayati
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Penggunaan mikroorganisme antagonis sebagai agen pengendali hayati memberikan harapan baru untuk pengendalian hama pertanian terutama fungi yang bersifat patogen. Secara
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN METODE
BAB III BAHAN DAN METODE 3.1. Tempat dan Waktu Penelitian 3.1.1. Tempat Penelitian Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi Perikanan dan Kelautan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas
Lebih terperinciBABm METODE PENELITIAN
BABm METODE PENELITIAN 3.1 Jenis Penelitian Penelitian ini merupakan penelitian analitik dengan desain cross-sectioned, yaitu untuk mengetahui apakah terdapat perbedaan distnbusi genotipe dan subtipe VHB
Lebih terperinciKolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria
Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Ria Maria Ria Maria (G34090088), Achmad Farajallah, Maria Ulfah. 2012. Karakterisasi Single Nucleotide Polymorphism Gen CAST pada Ras Ayam Lokal. Makalah Kolokium
Lebih terperinciMETODOLOGI PENELITIAN. Tempat dan Waktu Penelitian. Bahan dan Alat Penelitian
14 METODOLOGI PENELITIAN Tempat dan Waktu Penelitian Tempat penelitian dilakukan di Laboratorium Unit Pelayanan Mikrobiologi Terpadu, Bagian Mikrobiologi Kesehatan, Departemen Ilmu Penyakit Hewan dan Kesehatan
Lebih terperinciIdentifikasi Gen Abnormal Oleh : Nella ( )
Identifikasi Gen Abnormal Oleh : Nella (10.2011.185) Identifikasi gen abnormal Pemeriksaan kromosom DNA rekombinan PCR Kromosom waldeyer Kromonema : pita spiral yang tampak pada kromatid Kromomer : penebalan
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN METODE PENELITIAN
BAB III BAHAN DAN METODE PENELITIAN 3.1 Waktu dan Lokasi Penelitian 3.1.1. Lokasi Penelitian Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Perikanan dan Kelautan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Lebih terperinciBab IV Hasil dan Pembahasan
32 Bab IV Hasil dan Pembahasan Penggunaan α-amilase dalam beberapa sektor industri mengalami peningkatan dan sekarang ini banyak diperlukan α-amilase dengan sifat yang khas dan mempunyai kemampuan untuk
Lebih terperinciBAB 1 PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Penelitian
BAB 1 PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Penelitian Selulase merupakan enzim yang menghidrolisis ikatan glikosidik -β- 1,4 pada rantai selulosa. Selulase dapat diproduksi oleh fungi, bakteri, protozoa, tumbuhan
Lebih terperinci4 HASIL DAN PEMBAHASAN
24 4 HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Isolasi dan Purifikasi Bakteri Isolasi merupakan proses pemindahan organisme dari habitat asli ke dalam suatu habitat baru untuk dapat dikembangbiakkan. Purifikasi merupakan
Lebih terperinciIII. METODE PENELITIAN. Wajwalku Wildlife Laboratory, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Kasetsart
III. METODE PENELITIAN A. Waktu dan Lokasi Penelitian Penelitian dilakukan pada bulan Februari hingga Maret 2016. Preparasi penelitian ini dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler, Fakultas Teknobiologi
Lebih terperinciBAB III METODE PENELITIAN
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian deskriptif. Jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian dasar dengan metode B. Objek Penelitian Objek penelitian ini adalah sampel DNA koleksi hasil
Lebih terperinciIdentifikasi mikroba secara molekuler dengan metode NCBI (National Center for Biotechnology Information)
Identifikasi mikroba secara molekuler dengan metode NCBI (National Center for Biotechnology Information) Identifikasi bakteri pada saat ini masih dilakukan secara konvensional melalui studi morfologi dan
Lebih terperinciMETODE PENELITIAN. Tabel 1 Sampel yang digunakan dalam penelitian
12 METODE PEELITIA Waktu dan Tempat Penelitian dilaksanakan pada bulan Mei sampai dengan April 2010, bertempat di Bagian Fungsi Hayati dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN METODE
9 BAB III BAHAN DAN METODE 3.1 Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian dilaksanakan pada bulan September 2011 sampai dengan Juli 2012. Kegiatan ekstraksi DNA sampai PCR-RFLP dilakukan di laboratorium Analisis
Lebih terperinciBAB II TINJAUAN PUSTAKA
4 BAB II TINJAUAN PUSTAKA A. Babi Babi adalah sejenis hewan ungulata yang bermoncong panjang dan berhidung leper dan merupakan hewan yang aslinya berasal dari Eurasia. Didalam Al-Qur an tertera dengan
Lebih terperinciIII. BAHAN DAN METODE
III. BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian dilakukan di Laboratorium BIORIN (Biotechnology Research Indonesian - The Netherlands) Pusat Penelitian Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi IPB. Penelitian
Lebih terperinciHALAMAN JUDUL HALAMAN PENGESAHAN PERNYATAAN KEASLIAN PENULISAN PRAKATA DAFTAR ISI DAFTAR GAMBAR DAFTAR TABEL DAFTAR LAMPIRAN INTISARI ABSTRACT BAB I
DAFTAR ISI HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... ii PERNYATAAN KEASLIAN PENULISAN... iii PRAKATA... iv DAFTAR ISI... vi DAFTAR GAMBAR... viii DAFTAR TABEL... ix DAFTAR LAMPIRAN... x INTISARI... xi ABSTRACT...
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE,
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. ISOLASI DNA GENOM PADI (Oryza sativa L.) KULTIVAR ROJOLELE, NIPPONBARE, DAN BATUTEGI Isolasi DNA genom padi dari organ daun padi (Oryza sativa L.) kultivar Rojolele, Nipponbare,
Lebih terperinciII. MATERI DAN METODE. Tempat pengambilan sampel daun jati (Tectona grandis Linn. f.) dilakukan di
II. MATERI DAN METODE 2.1 Waktu dan Tempat Penelitian Tempat pengambilan sampel daun jati (Tectona grandis Linn. f.) dilakukan di enam desa yaitu tiga desa di Kecamatan Grokgak dan tiga desa di Kecamatan
Lebih terperinciSKRIPSI DETEKSI CEMARAN DAGING BABI PADA PRODUK SOSIS SAPI DI KOTA YOGYAKARTA DENGAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION
SKRIPSI DETEKSI CEMARAN DAGING BABI PADA PRODUK SOSIS SAPI DI KOTA YOGYAKARTA DENGAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION Disusun oleh : Vallery Athalia Priyanka NPM : 130801398 UNIVERSITAS ATMA JAYA YOGYAKARTA
Lebih terperinciPEMEKATAN ENZIM SELULASE Penicillium sp. LBKURCC20 DENGAN PENGENDAPAN AMONIUM SULFAT 80% JENUH
PEMEKATAN ENZIM SELULASE Penicillium sp. LBKURCC20 DENGAN PENGENDAPAN AMONIUM SULFAT 80% JENUH Masdalena Sinaga, Titania T. Nugroho, Andi Dahliaty Mahasiswa Program Studi S1 Kimia Bidang Biokimia Jurusan
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. Keragaman bakteri dapat dilihat dari berbagai macam aspek, seperti
1 BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Keragaman bakteri dapat dilihat dari berbagai macam aspek, seperti morfologi, fisiologi, dan genetik. Setiap habitat yang berbeda memberikan keragaman yang berbeda
Lebih terperinci3 Metodologi Penelitian
3 Metodologi Penelitian 3.1 Alat Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Penelitian Biokimia, Program Studi Kimia, Institut Teknologi Bandung. Peralatan yang digunakan pada penelitian ini diantaranya
Lebih terperinciBAB III BAHAN DAN CARA KERJA. Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and
23 BAB III BAHAN DAN CARA KERJA A. LOKASI DAN WAKTU PENELITIAN Penelitian dilakukan di Laboratorium Institute of Human Virology and Cancer Biology of the University of Indonesia (IHVCB-UI), Jl. Salemba
Lebih terperinciBAB III METODOLOGI PENELITIAN. Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling
16 BAB III METODOLOGI PENELITIAN Penelitian akan diawali dengan preparasi alat dan bahan untuk sampling sel folikel akar rambut. Sampel kemudian dilisis, diamplifikasi dan disekuensing dengan metode dideoksi
Lebih terperinciI. PENDAHULUAN. A. Latar Belakang. Pasar pangan yang semakin global membawa pengaruh baik, namun
I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang Pasar pangan yang semakin global membawa pengaruh baik, namun masyarakat patut berhati-hati dengan bahan makanan dalam bentuk olahan atau mentah yang sangat mudah didapat
Lebih terperinciBAB 3 METODOLOGI PENELITIAN
20 BAB 3 METODOLOGI PENELITIAN 3.1. Desain Penelitian Penelitian ini bersifat deskriptif cross sectional molekuler. Data yang diperoleh berasal dari pemeriksaan langsung yang dilakukan peneliti sebanyak
Lebih terperinci4 Hasil dan Pembahasan
4 Hasil dan Pembahasan Dalam bab ini akan dipaparkan hasil dari tahap-tahap penelitian yang telah dilakukan. Melalui tahapan tersebut diperoleh urutan nukleotida sampel yang positif diabetes dan sampel
Lebih terperinciBAB 1 PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang
BAB 1 PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang Enzim merupakan suatu biokatalisator yang banyak dimanfaatkan saat ini. Bioteknologi enzim telah banyak digunakan dalam industri. Banyak industri telah mengganti proses
Lebih terperinciV, DISKUSI DAN KESIMPULAN
V, DISKUSI DAN KESIMPULAN V. 1. Diskusi V.1.2. Produksi Kitinase Kitinase termasuk enzim ekstraseluler, yaitu enzim yang dihasilkan di dalam sel, tetapi dikeluarkan ke medium tumbuhnya. Mikroba akan terinduksi
Lebih terperinci2014 KINETIKA PERTUMBUHAN DAN ISOLASI GENOMIK KONSORSIUM BAKTERI HYDROTHERMAL VENT KAWIO MENGGUNAKAN MEDIUM MODIFIKASI LB
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Selama beberapa dekade ini, manusia beranggapan laut dalam itu merupakan lingkungan yang tidak layak huni untuk berbagai jenis organisme. Hal ini disebabkan antara lain
Lebih terperinciMATERI DAN METODE. Lokasi dan Waktu. Materi. Tabel 1. Jumah Sampel Darah Ternak Sapi Indonesia Ternak n Asal Sapi Bali 2 4
MATERI DAN METODE Lokasi dan Waktu Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor. penelitian ini
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. DNA Genom
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Isolasi DNA Metode isolasi dilakukan untuk memisahkan DNA dari komponen sel yang lain (Ilhak dan Arslan, 2007). Metode isolasi ini sesuai dengan protokol yang diberikan oleh
Lebih terperinciSuraya Chairunisa, Priyo Wahyudi, Supandi Fakultas Farmasi dan Sains Universitas Muhammadiyah Prof. Dr. Hamka
MOLECULAR IDENTIFICATION USING PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION) AND DNA SEQUENCING OF STRAIN DETERMINATION PATHOGENIC BACTERIA CAUSE ACUTE RESPIRATORY INFECTION (Klebsiella pneumoniae) IDENTIFIKASI MOLEKULAR
Lebih terperinciKLONING DAN OVEREKSPRESI GEN celd DARI Clostridium thermocellum ATCC DALAM pet-blue VECTOR 1
PROPOSAL METODOLOGI PENELITIAN (BM-3001) KLONING DAN OVEREKSPRESI GEN celd DARI Clostridium thermocellum ATCC 27405 DALAM pet-blue VECTOR 1 Penyusun: Chandra 10406014 Dosen Narasumber: Dra. Maelita Ramdani
Lebih terperinciOPTIMASI KONSENTRASI MgCl2 DAN SUHU ANNEALING PADA PROSES AMPLIFIKASI MULTIFRAGMENS mtdna DENGAN METODA PCR
OPTIMASI KONSENTRASI MgCl2 DAN SUHU ANNEALING PADA PROSES AMPLIFIKASI MULTIFRAGMENS mtdna DENGAN METODA PCR Mukhammad Asy ari 1) dan A. Saifuddin Noer 2) 1) Laboratorium Biokimia jurusan Kimia FMIPA UNDIP
Lebih terperinciBAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Bahan dan Alat
12 BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian ini dilakukan dari bulan April 2006 sampai dengan bulan April 2007. Penelitian dilakukan di rumah kaca, laboratorium Biologi Molekuler Seluler Tanaman, dan
Lebih terperinci(A) 530C-550C; (B) 560C, 570C, 580C, 600C; (C) 590C, 610C, 620C; (D)
2 melawan mikroba. Peran flavonol dalam bidang kesehatan sebagai antiinflamatori, antioksidan, antiproliferatif, menekan fotohemolisis eritrosit manusia, dan mengakhiri reaksi rantai radikal bebas (Albert
Lebih terperinciDAFTAR ISI DAFTAR SINGKATAN DAN LAMBANG
DAFTAR ISI ABSTRAK... Error! ABSTRACT... Error! KATA PENGANTAR... Error! DAFTAR ISI... i DAFTAR SINGKATAN DAN LAMBANG... Error! BAB I PENDAHULUAN... Error! 1.1 Latar Belakang... Error! 1.2 Rumusan Masalah...
Lebih terperinciABSTRAK. ISOLASI, OPTIMASI AMPLIFIKASI DAN KLONING GEN phoq PADA Salmonella typhi
ABSTRAK ISOLASI, OPTIMASI AMPLIFIKASI DAN KLONING GEN phoq PADA Salmonella typhi Patrisia Puspapriyanti, 2008. Pembimbing I : Ernawati A.Girirachman, Ph.D. Pembimbing II : Johan Lucianus, dr., M.Si. Salmonella
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
15 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Analisis DNA 4.1.1 Ekstraksi DNA Ekstraksi DNA merupakan langkah awal dalam analisis molekuler. Masalah-masalah yang timbul dalam ekstraksi DNA merupakan hal yang penting
Lebih terperinciOPTIMASI SUHU ANNEALING PRIMER UNTUK AMPLIFIKASI DNA GEN MEISA1
OPTIMASI SUHU ANNEALING PRIMER UNTUK AMPLIFIKASI DNA GEN MEISA1 Shinta Oktavia 1, Dewi Indriyani Roslim 2, Herman 2 1 Mahasiswa Program S1 Biologi 2 Dosen Bidang Genetika Jurusan Biologi Fakultas Matematika
Lebih terperinciBAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN. Tabel 1.2 Hasil Pengamatan Bentuk Sel dan Pewarnaan Gram Nama. Pewarnaan Nama
BAB 4 HASIL PERCOBAAN DAN PEMBAHASAN Pada pengujian awal, terhadap 29 bakteri dilakukan pewarnaan Gram dan pengamatan bentuk sel bakteri. Tujuan dilakukan pengujian awal adalah untuk memperkecil kemungkinan
Lebih terperinciBAB I PENDAHULUAN. komunitas mikroba dari sampel tanah yang dapat diisolasi dengan kultivasi sel
BAB I PENDAHULUAN I.1 Latar Belakang Pendekatan klasik untuk memperoleh akses biokatalis baru adalah dengan menumbuhkembangkan mikroorganisme dari sampel lingkungan, seperti tanah dalam media berbeda dan
Lebih terperinciKATA PENGANTAR. Pada kesempatan ini penulis mengucapkan terima kasih kepada: 1. Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi
KATA PENGANTAR Puji syukur ke hadirat Allah SWT yang telah memberikan kekuatan serta kesehatan sehingga penulis dapat menyelesaikan rangkaian penelitian sampai pada selesainya laporan penelitian ini dengan
Lebih terperinciSaintek Vol 5, No 6, Tahun 2010 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Zuhriana K.Yusuf
Saintek Vol 5, No 6, Tahun 2010 POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Zuhriana K.Yusuf Staf Pengajar Jurusan Kesehatan Masyarakat FIKK Universitas Negeri Gorontalo Abstrak (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah
Lebih terperinciHASIL DAN PEMBAHASAN. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA
6 konsentrasinya. Untuk isolasi kulit buah kakao (outer pod wall dan inner pod wall) metode sama seperti isolasi RNA dari biji kakao. Uji Kualitatif dan Kuantitatif Hasil Isolasi RNA Larutan RNA hasil
Lebih terperinciDAFTAR ISI Halaman HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... KATA PENGANTAR... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN...
DAFTAR ISI HALAMAN JUDUL... i HALAMAN PENGESAHAN... KATA PENGANTAR...... DAFTAR ISI... DAFTAR TABEL... DAFTAR GAMBAR... DAFTAR LAMPIRAN... INTISARI... ABSTRACT... PENDAHULUAN... 1 A. Latar Belakang...
Lebih terperinciBAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN. Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan
30 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. KONDISI OPTIMAL REAKSI AMPLIFIKASI Deteksi genom virus avian influenza pada penelitian dilakukan menggunakan primer NA. Primer NA dipilih karena protein neuraminidase,
Lebih terperinciANALISIS JARAK GENETIK DAN FILOGENETIK KAMBING JAWA RANDU MELALUI SEKUEN DAERAH DISPLACEMENT LOOP (D-LOOP) DNA MITOKONDRIA.
ANALISIS JARAK GENETIK DAN FILOGENETIK KAMBING JAWA RANDU MELALUI SEKUEN DAERAH DISPLACEMENT LOOP (D-LOOP) DNA MITOKONDRIA Skripsi Untuk memenuhi sebagian persyaratan guna memperoleh derajat Sarjana Peternakan
Lebih terperinci