ANALISIS SSR (Simple Sequence Repeats) PADA KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.) ASAL KLON PLASMA NUTFAH PT. SOCFINDO SKRIPSI OLEH :

Transkripsi

1 ANALISIS SSR (Simple Sequence Repeats) PADA KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.) ASAL KLON PLASMA NUTFAH PT. SOCFINDO SKRIPSI OLEH : DIAN ARVITA / PEMULIAAN TANAMAN PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA MEDAN 2016

2 ANALISIS SSR (Simple Sequence Repeats) PADA KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.) ASAL KLON PLASMA NUTFAH PT. SOCFINDO SKRIPSI OLEH : DIAN ARVITA / PEMULIAAN TANAMAN Skripsi sebagai salah satu syarat untuk dapat memperoleh gelar sarjana di Fakultas Pertanian PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA MEDAN 2016

3 Judul Penelitian : Analisis SSR (Simple Sequence Repeats) Pada Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Asal Klon Plasma Nutfah PT.Socfindo Nama : Dian Arvita NIM : Program Studi : Agroekoteknologi Minat : Pemuliaan Tanaman Disetujui Oleh : Komisi Pembimbing (Dr. Ir. Lollie Agustina P. Putri, M.Si) Ketua (Ir. Eva Sartini Bayu, MP) Anggota Mengetahui, (Prof. Dr. Ir. T. Sabrina, M.Sc. ) Ketua Program Studi Agroekoteknologi

4 ABSTRACT DIAN ARVITA: SSR Analysis (Simple Sequence Repeats) of Oil Palm from Germplasm Clone of PT.Socfindo. Supervised by LOLLIE AGUSTINA P.PUTRI and EVA SARTINIBAYU. The purpose of this research was to find out band pattern of Oil Palm Clone based on Simple Sequence Repeats with marker FR 0783, FR 0779, FR 3663, and FR This research was conduted in genetica laboratory of molekuler, Faculty of Agriculture, University of Sumatera Utara and DNA laboratory Central Selection Bangun Bandar of PT.Socfindo, Dolok Masihol Regency, North Sumatera from March 2016 to June The materials in this research come form Germplasm Clone of PT.Socfindo. The number of materials in this research was 30. DARwin 6.0 and MicrosoftExcel 2007 was used calculated and describe analysis. The result of this research showed that FR 0779 is a monomorphic primer at 320 bp and 243 bp, FR 3663 is a monomrphic primer at 242 bp. While, FR 0783 is a polymorphiv primer at 335 bp, 272 bp, 351bpand 300 bp, FR 3745 is a polymorphic primer at 317 bp and 264 bp. FR 3745 showed difference band pattern of DNA at sampel number 18 and FR 0783 at sampel number 29 Keywords : oil palm clone, SSR, band pattern i

5 ABSTRAK DIAN ARVITA : Analisis SSR (Simple Sequence Repeats) pada Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Asal Klon Plasma Nutfah PT.Socfindo. Dibimbing oleh Lollie Agustina P.Putri dan Eva Sartini Bayu. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pola pita DNA klon kelapa sawit berdasarkan marka Simple Sequence Repeats dengan primer FR 0783, FR 0779, FR 3663, dan FR Penelitian ini telah dilakukan di laboratorium genetika molekuler Fakultas Pertanian dan laboratorium DNA Pusat Seleksi Bangun Bandar PT. Socfindo pada Maret - Juni Bahan tanaman yang digunakan berasal dari klon plasma nutfah PT.Socfindo sebanyak 30 klon. Perhitungan dan analisis deskriptif pada penelitian ini menggunakan sotware DARwin 6.0 dan Microsoft Excel Hasil penelitian menunjukkan bahwa Primer monomorfis ditunjukkan oleh FR 0779 pada 320 bp dan 243 bp serta FR 3663 pada 242 bp sedangkan primer polimorfis ditunjukkan oleh FR 0783 pada 335 bp, 272 bp, 351 bp dan 300 bp serta FR 3745 pada 317 bp dan 264 bp. Primer FR 3745 dapat menunjukkan perbedaan pola pita DNA pada sampel sampel No. 18 serta primer FR 0783 yaitu pada sampel No. 29. Kata Kunci : klon kelapa sawit, SSR, pola pita ii

6 RIWAYAT HIDUP Penulis dilahirkan di Medan pada tanggal 29 Juli 1994 yang merupakan anak kedua dari 2 (dua) bersaudara dari ayahanda Arwin Sudaryono dan Ibunda Laksmita Widoastuti. Tahun 2012 penulis lulus dari SMA Dharmawangsa Medan dan pada tahun tersebut penulis melanjutkan jenjang pendidikan ke Fakultas Pertanian melalui jalur Ujian Masuk Bersama Perguruan Tinggi Negeri (UMBPTN) tertulis. Penulis memilih minat Pemuliaan Tanaman, Program Studi Agroekoteknologi. Selama mengikuti perkuliahan, penulis aktif sebagai asisten praktikum di Laboratorium Dasar Pemuliaan Tanaman, dan Laboratorium Genetika Molekuler serta tergabung sebagai anggota di Himpunan Mahasiswa Agroekoteknologi (HIMAGROTEK). Penulis melaksanakan praktek kerja lapangan (PKL) di PT. Perkebunan Nusantara 6 Unit Usaha Bunut, Jambi pada tahun iii

7 KATA PENGANTAR Puji dan syukur penulis kepada Allah SWT atas berkat rahmat dan karunia-nya sekarang penulis dapat menyelesaikan skripsi ini tepat pada waktunya. Judul skripsi ini adalah Analisis SSR (Simple Sequence Repeat) Pada Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Asal Klon Plasma Nutfah PT. Socfindo yang merupakan syarat untuk dapat memperoleh gelar sarjana di Fakultas Pertanian,, Medan. Pada kesempatan ini Penulis mengucapkan terima kasih yang sebesarbesarnya kepada Ayahanda Arwin Sudaryono, Ibunda Laksmita Widoastuti, dan abangda Aldo Sigit Widagdo atas semangat, doa, dan dukungannya. Penulis juga mengucapkan terima kasih ibu Dr. Ir. Lollie Agustina P. Putri, M.Si selaku ketua komisi pembimbing dan ibu Ir. Eva Sartini Bayu, MP selaku anggota pembimbing yang telah membimbing dan memberikan arahan dalam penyelesaian skripsi ini. Disamping itu, penulis juga mengucapkan terimakasih kepada staf dan laboran Lab. DNA PT. Socfindo yang telah banyak membantu, Laboran Kultur Jaringan Asni, SP, Arnen Pasaribu, SP.MP, Muhammad Jamil, Rada Kurniati Harahap, kak Pipit, Pak Eko, kak Fika, Rika Hardianti, Ana Critina Simbolon, Alexander Luthfi, Frynando, serta kepada seluruh teman-teman yang tidak dapat disebutkan namanya yang telah banyak membantu Penulis dalam menyelesaikan skripsi ini. iv

8 Semoga hasil skripsi ini bermanfaat dan dapat memberikan sumbangan bagi kemajuan ilmu dan teknologi. Akhir kata penulis mengucapkan terima kasih. Medan, Oktober 2016 Penulis v

9 DAFTAR ISI Hal. ABSTRACT... ABSTRAK... i ii RIWAYAT HIDUP... iii KATA PENGANTAR... iv DAFTAR ISI... vi DAFTAR TABEL... viii DAFTAR GAMBAR... ix DAFTAR LAMPIRAN... x PENDAHULUAN Latar Belakang... 1 Tujuan Penelitian... 5 Kegunaan Penelitian... 5 TINJAUAN PUSTAKA Botani Tanaman... 6 Syarat Tumbuh... 8 Iklim... 8 Tanah... 9 Kunggulan Minyak Kelapa Sawit Klon Kelapa Sawit Keragaman Genetik Simple Sequence Repeat (SSR) BAHAN DAN METODE PENELITIAN Tempat dan Waktu Penelitian Bahan dan Alat Pelaksanaan Penelitian Pengambilan Sampel Daun Isolasi dan Pemurnian DNA Uji Kualitas DNA Uji Kuantitas DNA Amplifikasi PCR Marka Simple Sequence Repeats (SSR) Elektroforesis Analisis Data Penentuan Ukuran Pasangan Basa vi

10 HASIL DAN PEMBAHASAN Hasil Uji Kualitas DNA Uji Kuantitas DNA Visualisasi Hasil Elektroforesis PCR Primer SSR Analisis Kluster Marka SSR Analisis PCoA Marka SSR Pembahasan KESIMPULAN DAN SARAN Kesimpulan Saran DAFTAR PUSTAKA LAMPIRAN vii

11 DAFTAR TABEL No. Hal. 1. Komponen minor dari minyak kelapa sawit Hasil amplifikasi empat primer SSR Persentase polimorfik viii

12 DAFTAR GAMBAR No. Hal. 1. Profil uji kualitas DNA klon kelapa sawit BTC Profil uji kualitas DNA klon kelapa sawit BTC Profil uji kualitas DNA klon kelapa sawit BTC Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Klon Kelapa Sawit Socfindo dengan menggunakan Primer FR Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Klon Kelapa Sawit Socfindo dengan menggunakan Primer FR Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Klon Kelapa Sawit Socfindo dengan menggunakan Primer FR Elektroforegram amplifikasi 30 DNA Klon Kelapa Sawit Socfindo dengan menggunakan Primer FR Profil Radial Neighbour-Joining Tree (NJtree) 30 DNA Klon Kelapa Sawit Socfindo yang dianalisis berdasarkan matrix dissimilarity simple matching dengan menggunakan marka SSR Analisis factorial Principal Coordinates Analysis (PCoA) aksis 1 (horizontal) dan aksis 2 (vertikal) yang dianalisis berdasarkan matrix dissimilarity simple matching dengan menggunakan marka SSR ix

13 DAFTAR LAMPIRAN No. Hal. 1. Urutan basa 4 primer SSR Pembuatan larutan stok Pembuatan larutan buffer Alur Penelitian Kode sampel klon BTC 60 PT Socfindo Uji kuantitas klon kelapa sawit BTC Gambar sampel klon Kelapa Sawit BTC 60 PT. Socfindo Analisis factorial dengan menggunakan DARwin Analisis kluster metode unweighted Neighbour-Joining dengan Menggunakan DARwin Jarak genetik klon BTC 60 berdasarkan 4 marka SSR x